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atravs de espectrometria de
massa
Proteomica
Durante o curso vimos que possvel realizar medidas de presena e
abundancia de molculas de mRNA e deste modo realizar inferncias
sobre a presena de protenas que so os verdadeiros efetores da maioria
dos processos celulares.
Entretanto existem mecanismos ps-transcrionais que podem afetar o
nvel de protenas e que no so levados em conta quando medimos o
nvel de mRNAs
Os dados de mRNA do indicao de presena de uma protena, mas no
do nenhuma informao sobre a localizao da protena dentro da celula.
Proteomica
Existem metodologias utilizando espectrometria de massa que permitem
a identificao de seqncias proticas a partir da medida de sua massa
A conjuno desta metodologia com tcnicas de separao de protenas
permitem o estudo do contedo protico de um organismo, constituindo
assim a chamada proteomica
Tcnicas de fracionamento celular permitem que diferentes pores da
clula sejam separadas e que seu contedo seja determinado
Proteomica
A separao de protenas pode ser
realizada atravs de mtodos
eletroforeticos ou cromatogrficos
Tratamento com proteases permitem
com que peptdeos de pequeno
tamanho sejam formados
Analises com espectrometria de
massa permitem com que estes
peptdeos (e no a protena inteira)
sejam identificados
Analise de gis 2D
Espectrometria de massa
Molculas dos peptdeos
so ionizadas utilizando
diferentes mtodos
Molculas ionizadas so
aceleradas e diferentes
mtodos
espectrometricos podem
ser utilizados para
medida da sua massa
Espectrometria de massa
Espectrometria de massa
No entanto para molculas muito grandes muito difcil detectar molculas com a
massa isotopica e por isso a massa mdia passa a ser considerada
Analise de dados de MS
100
LASSLSVVVSLLLIPEDVCEK
80
IIGGNEVTPHSR
PYMVLLSLDR
60
TICAGALIAK
40
DWVLTAAHCNLNKR
20
ITTTYEEPTK
0
QIMLVK
EFPYPCYDPATR
EGDLKLL
100
80
%TIC
%TIC
MRNSYRFLASSL
SVVVSLLLIPED
VCEKIIGGNEVT
PHSRPYMVLLSL
DRKTICAGALIA
KDWVLTAAHCNL
NKRSQVILGAHS
ITYEEPTKQIML
VKKEFPYPCYDP
ATREGDLKLLQL
60
40
20
m/z
0
m/z
Espectroscopia MS/MS
Espectroscopia MS/MS
Espectroscopia MS/MS
Realiza seleo de
fragmento de tamanho
desejado
Cmara de coliso
Deteco de fragmento
formados
Espectroscopia MS/MS
Espectro inicial de
massa passa a ter
espectros associados
ao resultado da
fragmentao do on
detectado
Shotgun proteomics
MASCOT
Programa de busca em bases de dados a partir de um
conjunto de espectros de massa(verso web somente em
bases de dados predefinidas, verso local (Paga) tem
possibilidade de utilizar bases prprias)
Fornece escores de modo que possvel realizar uma
avaliao da significncia do resultado
Permite a integrao de dados em casos de buscas em
experimento de shotgun proteomics
MASCOT
Banco de dados a ser
procurado
Modificaes existentes
nos aminocidos
MASCOT
MASCOT
MASCOT