Universidad Pedaggica Nacional

Departamento de Qumica
Qumica Computacional.
Andrs Camilo Ospina Medina cdigo: 2010215049
MOLEKEL versin 5.3
En qu consiste Molekel?
Es un software gratuito multiplataforma de visualizacin
molecular.
Desarrollado en la Universidad de Ginebra por Peter F. Flkiger en la dcada
de 1990 para Silicon Graphics Informtica. En 1998, Stefan Portmann asumi
la responsabilidad y lanz la versin 3.0. La versin 4.0 es una versin
independiente de la plataforma casi. Otros desarrollos conducen a la versin
4.3, antes de que Stefan Portman pas y dej de desarrollar los cdigos. En
2006, el Centro Nacional de Supercomputacin suizo (CSCS) reinicia el
proyecto y la versin 5.3 fue lanzado el 21 de diciembre de 2006.
Enlace de descarga para Windows.
ftp://ftp.cscs.ch/out/molekel/molekel_5.3
Tipo de licencia:
El programa maneja un tipo de Licencia Pblica General de GNU (GNU GPL o
GPL) es la licencia ms utilizado software libre, lo que garantiza a los usuarios
finales (personas, organizaciones, empresas) las libertades de usar, estudiar,
compartir (copia), y modificar el software.
Que permite realizar:
Representa molculas como marco de alambre, palo, bola y el palo.
Permite realizar grficos moleculares tridimensionales
Distancias: medidas molekel tomo-tomo, ngulos y ngulos de torsin.
Puede superponer molculas.
Calcula y muestra isosuperficies de electrones y densidades de giro, as como
orbitales moleculares a partir de la salida de los diversos programas de clculo
de estructura electrnica.
Asigna texturas de cdigo de colores de un acuerdo por ejemplo superficie, el
potencial electrosttico molecular.
Capaz de cortar cualquier superficie por un plano de recorte y para poder
observar en transparencia la molcula.
Permite animar y mostrar los modos vibracionales.
Puede animar optimizaciones de geometra y coordinar mltiples xyz
Muestra el momento dipolar de una molcula

 Exporta coordenadas en formato pdb y xyz en el original, o modificada

orientacin.
Guarda imgenes en rgb, tiff y jpeg.
Puede hacer fotos en cualquier tamao, es decir, ms grande que el tamao
de pantalla.
Beneficios del Software
EL uso del software favorece el desarrollo de algunas destrezas y habilidades,
difciles de lograr con los medios tradicionales en trminos de teora molecular.
En concreto, aquellas habilidades que permiten buscar, seleccionar, organizar y
manejar nueva informacin; la autonoma en el proceso de aprender; actitudes
necesarias para un buen aprendizaje como el auto-concepto y la autoestima, la
motivacin interna, la disposicin a aceptar un mtodo de aprendizaje distinto
al tradicional.
Adems Fomenta:
1. Intereses y posibilidades del estudiante.
2. Puede estimular ms el pensamiento crtico.
3. La combinacin de textos, grficos, sonido, fotografas, animaciones y
videos permite transmitir el conocimiento de manera mucho ms natural,
vvida y dinmica, lo cual resulta crucial para el aprendizaje.
4. Hacen del estudiante un aprendiz ms activo.
5. Favorece el desarrollo de algunas destrezas y habilidades, difciles de
lograr con los medios tradicionales.
6. Estimula y ofrece condiciones para el aprendizaje exploratorio.
7. Estilo de aprendizaje ms libre y autnomo.
Gua de usuario (breve)

Requerimientos de la maquina

Resolucin de pantalla de al menos 768 x 1024 pxeles

Procesador a 2 GHz

1 GB de RAM (Se recomiendan 2 GB de RAM o ms para Windows

Vista y Windows 7.)

77.7 MB de espacio libre en el disco duro

Tarjeta grfica compatible con Shader 2.0

Requerimientos Disciplinares
Qumicos: Teora Atmica, Propiedades inter - intra moleculares, Teora
Molecular, Nomenclatura IUPAC.
Fsicos: Teora Cuntica
Matemticos: Teora de
Operaciones aritmticas

Nmeros

Tema a trabajar
Espectro Infrarrojo del cido actico.

Pdf de investigacin en el cual se utilizo

Reales,

Teora

de

ngulos,

1. Molekel se ha implementado en la universidad de Linkping de Suecia, en el

departamento de qumica, en la asignatura de qumica computacional del ao
2010, denominada Quantum chemical calculations, con el objetivo de realizar
un segundo ejercicio de laboratorio informtico, promoviendo la familiarizacin
de los estudiantes con un programa para realizar qumica cuntica clculos ab
initio y realizar clculos en diferentes molculas para estudiar propiedades
electrnicas y mecanismos de reaccin.
Se utiliz la versin 4.3 con el fin apreciar:
Orbitales moleculares de H2 y F2
Orbitales moleculares, cargas de Mulliken y momentos dipolares de H 2O
Identificar los modos vibracionales OH del monmero y dmero del cido
frmico
2. En la Universidad de Cantabria en Espaa, Junquera & Postnikov (s.f.),
emplearon la visualizacin molecular que proporciona Molekel en el desarrollo
del proyecto de investigacin denominado Analysis, post-processing
andvisualization tools", en donde describieron el lenguaje de GAUSSIAN para
modelar aspectos de la teora molecular de la molcula del agua.
3. En la Universidad de la Republica de Uruguay en Montevideo, la facultad de
ciencias, dentro de su espacio de lab de qumica terica y computacional
implementaron Molekel para el curso taller de qumica computacional del 2004.
Se utiliz la versin 4.2 en el Practico 11: Visualizacin de propiedades
moleculares vinculadas con la estructura electrnica con el programa Molekel.
En donde se describi, generalidades del programa y un sencillo tutorial del
modo de uso, y en especfico se utiliz parar:
Visualizacin de Orbitales moleculares.
Comando Gaaussian para generar archivos nuevos (estructuras).
Visualizacin de superficies.
4. Paniagua & Mota (2008). En su investigacin denominada Practicas de
introduccin a la qumica cuntica, cuyo objetivo era describir por medio de
prcticas resolver la ecuacin de Schrdinger electrnica de distintos sistemas
para diferentes geometras, interpretar los resultados de estos clculos y
determinar, a partir de la superficie de energa potencial correspondiente,
algunos parmetros relacionados con el movimiento nuclear. En donde
implementaron a Molekel para visualizar grficamente los resultados de los
clculos.

Bibliografia.
IFM.
(2010).
Quantum
chemical
calculations.
Recuperado
http://www.ifm.liu.se/compchem/courses/NKEC70/Laborations/Lab2/Lab2QuantChem.pdf

de

Junquera, J. & Postnikov, A. (s.f.). Analysis, post-processing andvisualization

tools.
Recuperado
de
http://personales.unican.es/junqueraj/JavierJunquera_files/Talks/Visualization.p
df
Molekel. (s.f.). Molekel: caractersticas generales y men principal. Recuperado
de:http://ugovaretto.github.io/molekel/wiki/pmwiki.php/ReferenceGuide/Menu.ht
ml
Molekel. (s.f.). Molekel: Plittong vibrational normal modes. Recuperado de
http://www4.ncsu.edu/~franzen/public_html/CH795Z/module/lec15/Molekel.pdf
Paniagua, J. & Mota, F. (2008). Prcticas de introduccin a la qumica cuntica.
Recuperado de http://diposit.ub.edu/dspace/bitstream/2445/4721/7/guion200809.pdf
Universidad de la Repblica de Uruguay. (2004). Practico 11: Visualizacin de
propiedades moleculares vinculadas con la estructura electrnica con el
programa
Molekel.
Recuperado
de
http://lqtc.fcien.edu.uy/cursos/Ct1/Practico11.PDF

Tutoriales.
http://fisica.ehu.es/ag/siesta-extra/denchar.pdf
http://ugovaretto.github.io/molekel/wiki/pmwiki.php/Main/Build.html
http://211.81.48.173//education/gamess/doc/molekel.swf
http://ugovaretto.github.io/molekel/video/vibrational_modes_big.htm
http://ugovaretto.github.io/molekel/video/eldens_big.htm
http://ugovaretto.github.io/molekel/video/eldens_rt_update_big.htm
http://ugovaretto.github.io/molekel/video/orbitals_big.htm
http://ugovaretto.github.io/molekel/video/eldens_shader_apply_big.htm
http://www.yourepeat.com/watch/?v=Aan97dvvVqk
http://ugovaretto.github.io/molekel/video/radiation_spectrum_big.htm
http://ugovaretto.github.io/molekel/video/addremovebond.html
http://es.slideshare.net/molekel/molekel-august-2009-acs-meeting
http://ugovaretto.github.io/molekel/wiki/pmwiki.php/ReferenceGuide/RadiationS
pectra.html
https://www.lrz.de/services/software/comp-chemistry/molekel/
http://www.univie.ac.at/columbus/documentation/tutorial.pdf