Geomtica para la biodiversidad

Recursos en lnea para la geomtica en ecologa y biologa

Software

ESRI Inicio del ArcGIS popular y el software Arc / Info.

Quantum GIS es un programa de SIG libre, de cdigo abierto que trabaja bajo
Windows, MacOS y Linux. Puede ser altamente personalizado con scripts de Python y se
puede utilizar para llamar a funciones de GRASS. Funciona con tramas y vectores y puede
trabajar sin problemas con archivos shape y varios otros formatos de archivo.
GRASS GIS es otro programa de SIG libre, de cdigo abierto que trabaja bajo
Windows, MacOS y Linux. Cuenta con una extensa lista de mdulos para el
procesamiento vectorial y raster y anlisis. Un gran nmero de complementos pueden
ampliar las capacidades de HIERBA
Recursos SIG de cdigo abierto muy grande, pero sobre todo anticuado, lista de
proyectos SIG de cdigo abierto.
OpenEV Una biblioteca de software libre y aplicacin para ver, la conversin y el
anlisis de raster y vectoriales datos geoespaciales.

Datos espaciales en lnea

GeoConnections Descubrimiento Portal es su primera parada para los datos

geoespaciales. Permite descubrir y acceder a la informacin geogrfica de Canad en el
Internet.
Geobase es una iniciativa del gobierno federal, provincial y territorial para el suministro
de datos geoespaciales a los canadienses.Ofrece acceso gratuito a mltiples mapas
vectoriales y raster-GIS listo, incluyendo: cobertura del satlite SPOT sobre todo Canad,
los datos de elevacin, hidrologa nacional y redes de carreteras.
GeoGratis es un portal de datos geoespaciales operado por Recursos Naturales de
Canad que ofrece acceso gratuito a los mapas GIS. Los ejemplos incluyen NTS 1: 50.000
y 1: 250.000 mapas vectoriales y raster, modelo digital de elevacin sobre Canad, los
datos de satlite y datos de cobertura terrestre.
Base de datos de GADM de reas Administrativas Global es una base de datos
espacial que contiene los lmites administrativos de la palabra (pases, provincias,
etc.). Los archivos estn incluso disponibles como archivos RDATA para su uso en
investigacin con el paquete 'sp'.
WorldClim - Global de Datos del Clima es un conjunto de capas climticos globales
(rejillas climticas) con una resolucin espacial de un kilmetro cuadrado.
ASTER DEM contiene modelos de elevacin digital para todo el mundo.
USGS Earth Explorer es un mega almacn de datos geoespaciales donde se puede
descargar, entre otras cosas, Landsatimgenes.

Datos climticos y predicciones por el Laboratorio de Ciencias Forestales de

Mosc, ID, EE.UU. proporciona datos climticos histricos y pronosticados para cualquier
ubicacin personalizada especificada por el usuario.

http://qcbs.ca/wiki/geomaticsMtodos estadsticos para la investigacin de la

biodiversidad

informacin general

Mtodos de ordenacin para los ecologistas

Estadsticas para los ecologistas Una coleccin de enlaces tiles a sitios con
material estadstico o matemtico relevante para los ecologistas.

Libros

Anlisis de datos Ecolgica - Este libro est disponible en lnea aqu.

Ecologa numrica segunda edicin - por Pierre y Louis Legendre. Un texto clsico
de referencia en ecologa cuantitativa.
Mida la Diversidad Biolgica - por Anne E. Magurran.
rbol anlisis de la diversidad - Un manual libre y software para mtodos
estadsticos comunes para los estudios ecolgicos y de biodiversidad.

Recursos para Python

Pgina oficial de NumPy El paquete fundamental necesaria para la computacin

cientfica con Python.
SciPy Otra biblioteca de Python que utiliza NumPy hacer matemticas avanzadas,
procesamiento de seales, la optimizacin, las estadsticas. Se proporciona la lista de
funciones staticical aqu.

matplotlib Una pitn biblioteca de trazado 2D que produce figuras de calidad de

publicacin.
R / SPlus - Python Interfaz Una interfaz que permite que el cdigo Python para llamar
a funciones de investigacin y el cdigo R para crear objetos de Python y llamar a
funciones y mtodos de Python.

http://qcbs.ca/wiki/statisticsR para la investigacin de la biodiversidad

Libros en R

Utilice R - Las colecciones de libros - Estos libros estn disponibles en lnea de

forma gratuita si la biblioteca es un suscriptor. Los ttulos incluyen "Analytics forestales con
R", "Anlisis de datos funcional con R y MATLAB", "Una cartilla de la ecologa con R",
"Anlisis de Datos Aplicada espacial con R", etc.
R libro de cocina - Serie O'reilly - Este libro contiene ms de 200 "recetas" (ejemplos
prcticos cortos). Gran libro para empezar.
Ecologa numrica con R - Este nuevo libro de Borcard et al. de la Universidad de
Montreal discutir tanto una teora sobre los mtodos cuantitativos en la ecologa y la forma
en que se implementan en el lenguaje R.
rbol anlisis de la diversidad - Un manual libre y software para mtodos
estadsticos comunes para los estudios ecolgicos y de biodiversidad.
Modelos ecolgicos y de datos en R - Este es un gran libro de Benjamin Bolker que
abarca mltiples reas de modelos ecolgicos, sobre todo en el marco bayesiano. El wiki
asociado se puede encontrar aqu.
Extendiendo el Modelo Lineal con R: lineales generalizados, efectos mixtos y
modelos de regresin no paramtricas
Efectos mixtos modelos y extensiones en Ecologa con R por Zuur et al.

Recursos para R

Pgina web oficial del proyecto R

R buscan un gran motor de bsqueda de R.
Stackoverflow proporciona a los usuarios la capacidad de formular y responder
preguntas relacionadas con R. Las preguntas que estn bien articulados generalmente se
responden con prontitud. Asegrese de que usted busca los archivos de preguntas para
determinar si su pregunta se hizo previamente, antes de la publicacin de una nueva
pregunta.
R listas de correo Usted tiene un problema? Lo ms probable es que alguien ms
tena el mismo problema antes. Los archivos de las listas de correo proporcionan una gran
cantidad de informacin. Ellos pueden buscar aqu.
R para los usuarios de Matlab para los que ya estn familiarizados con el lenguaje
de Matlab.
Programacin R para los que vienen de otros idiomas

Interfaz de usuario / IDEs para R

R estudio - Una gran nueva interfaz / IDE para R que funciona en Windows, Mac y
Linux.
R comandante - Una solucin multiplataforma, sino que tambin proporciona una
interfaz con mens desplegables para realizar anlisis comunes de una manera fcil de
usar.
Tinn-R nica interfaz grfica de usuario para R. Un buen, pero Windows RKWard - Este es un agradable, interfaz limpia para R. Funciona en Linux y Windows,
pero la versin de Windows tiene algunos problemas conocidos.

R paquetes para los grficos

ggplot2 - Un paquete de grficos muy elaborados y de gran alcance basado en el

sistema descrito en "Gramtica de Grficos" por Leland Wilkinson.
Entramado - Otro paquete de grficos de gran alcance que permite muchos tipos de
parcelas con diseos sofisticados.

Paquetes de R para la ecologa general

ADE4 - Anlisis de Datos Ecolgica: mtodos exploratorios y euclidianas en ciencias

ambientales.
imprimacin - Un paquete de apoyo a Stevens Una cartilla de la ecologa con R,
Springer '. Proporciona funciones para sistemas de ecuaciones diferenciales ordinarias,
ecuaciones en diferencias y anlisis propio y proyeccin de matrices demogrficos.

Paquetes de R para la Comunidad de Ecologa y

Biodiversidad

vegana - Muy amplio paquete R para la ecologa de la comunidad

BiodiversityR - Interfaz grfica de usuario para la biodiversidad y ecologa de
comunidades anlisis.
vegetarianas - Medidas Jost Diversidad de Datos de la Comunidad.
FD - Medicin de la diversidad funcional (DF) de mltiples rasgos, y otras herramientas
para la ecologa funcional.
UNTB - Una coleccin de utilidades para datos de biodiversidad. Incluye la simulacin
de la deriva ecolgica bajo Teora Neutral Unificado de Hubbell de la Biodiversidad.

Paquetes de R para el anlisis espacial

anuncios - espacial anlisis patrones de punto.

raster - Anlisis Geogrfico y modelado con datos raster.
gdistance -: distancias y rutas en redes geogrficas.
GeoXp - Interactivo exploratoria de anlisis de datos espaciales.
espaciales - Funciones para Kriging (mtodo geoestadstico de interpolacin) y
anlisis de patrones Point.
spatstat - Anlisis del patrn espacial Point, modelo apropiado, simulacin, pruebas.
spatgraphs - Grficos de patrones de puntos espaciales.
MarkedPointProcess - Anlisis de las marcas de procesos puntuales marcados.

spatgraphs - Anlisis del patrn espacial Point, modelo apropiado, simulacin,

pruebas.
geodist - Calcula una matriz de distancia geogrfica de una tabla de informacin de
latitud y longitud usando la ley de los cosenos.Escrito por Simon Joly.

Paquetes de R para Estudios sobre animales

adehabitat - Anlisis de seleccin de hbitat por los animales.

Paquetes de R para el Anlisis Multivariante

labdsv - Ordenacin y Anlisis Multivariante de Ecologa.

racimo - El anlisis de conglomerados extendido.
AMAP - Otro paquete Anlisis Multidimensional, herramientas para la agrupacin y
anlisis de componentes principales.

Paquetes de R para Gentica y anlisis de

secuencia

adegenet - Clases y mtodos para el anlisis multivariado de marcadores genticos.

adephylo - exploratorio analiza por el mtodo comparativo filogentico.
hierfstat - exploratorio analiza por el mtodo comparativo filogentico. - Jerrquicas Festadsticas de los datos genticos (por ejemplo, valor Fst)
ape - Leer, escribir, trazar, y la manipulacin de los rboles filogenticos. Los anlisis
de datos comparativos en un marco filogentico en general.
bordeadora - Un paquete Bioconductor para el anlisis de la expresin diferencial de
los datos de expresin de genes digital.
DESeq - Otro paquete Bioconductor para el anlisis de expresin diferencial de datos
de expresin gnica digitales, basado en la distribucin binomial negativa.
DEGseq - Sin embargo, otro paquete de Bioconductor para identificar los genes
expresados diferencialmente a partir de datos de ARN-ss.

http://qcbs.ca/wiki/resources_for_rQu ms con mi rbol filogentico" club de lectura

SBCC de 21 de junio 2011
El 21 de junio 2011, siete miembros de SBCC se reunieron para un club de lectura sobre el
tema "Qu hay que hacer ms con mi filogentico rbol". Annie inici la reunin presentando
una breve introduccin a las principales etapas y software disponibles para llevar a cabo un
anlisis filogentico, para permitir que los no iniciados para navegar en la literatura
cientfica. Para ver nuestro canal de Vimeo
Reconstituter las especies de rboles
Simon Joly, investigador del Jardn Botnico de Montreal, nos ha mantenido desde la falta de
correspondencia entre las especies de rboles filogenticos y los rboles de genes. Maddison
artculo 1), sin antes hacer avanzar la idea realmente ha solidificado. Simon present las cifras de un artculo de Degnan y
Rosenberg 2) lo que sugiere que el anlisis de ms datos no siempre aproximar la verdadera

historia de la evolucin. A veces los rboles filogenticos ms probables son los que reflejan la
evolucin. Simon tambin present un mtodo que l mismo desarroll 3), que permite, mediante la incorporacin de las
distancias genticas, para dar una probabilidad para la explicacin de lneas de clasificacin al azar o explicacin de hibridar en caso de incompatibilidad entre los rboles de genes y especies.
l
nos ha demostrado una vez ms los riesgos que los rboles de genes no tienen en cuenta la
evolucin de las especies depender del tamao de las poblaciones y los tiempos de
divergencia. Simon termin con diferentes formas de incluir variables bioclimticas y nichos en
la historia evolutiva de las especies estrechamente relacionadas.
Determinar la contribucin de la diversidad filogentica y funcional para las
comunidades
Marielle y Stephen Babineau Lveill-Bourret, los estudiantes de la Biologa Vegetal del
Instituto de Investigacin present un documento sobre la diversidad y las lneas filogenticas
lo largo de un gradiente altitudinal 4). El objetivo del estudio fue determinar la contribucin de la
diversidad filogentica y la diversidad de rasgos funcionales en la estructura de las
comunidades ecolgicas que evolucionan los diferentes hbitats. Marielle y Stephen nos
mostraron una revisin muy crtica de los mtodos y conclusiones del artculo. Los datos del
estudio que consiste en una matriz de diversidad filogentica basada en "El rbol de
la Vida", que no sabe la longitud de las ramas, as como una matriz de diversidad funcional a
partir de los datos de la literatura y divididas en clases cualitativas . Marielle y Stephen nos
mostraron que las conclusiones del estudio, que no demuestra la relacin entre la diversidad
filogentica con altitud o diversidad funcional podra ser debido principalmente a la mala
mtodo filogentico de recopilacin de datos. Que figuran en nuestro Vimeo canal.
Deducir las variables climticas y microvolutives fuerzas que actan sobre la
estructura de la poblacin
Aurlien Moreau Lauron Tahiana y tambin a los estudiantes de Biologa Vegetal del Instituto
de Investigacin present un documento sobre el modelado de flujo de genes como el
paisaje 5). El objetivo del estudio fue comprender las fuerzas micro-evolutiva que operan dentro
de una poblacin o entre poblaciones cuando estn influenciadas por el medio ambiente; que
identificara corredores de dispersin. Simulaciones para tres mediciones de distancia entre
genticos poblacin TFS, CD y DMC se analizaron por regresin mltiple sobre las matrices
de distancia y demuestran la superioridad de EGC. Datos empricos genticas en el estudio se
obtuvieron de 311 individuos de lomellii Euphorbiasecuenciados hasta loci nucleares de seis
co-dominante, y se analizaron las distancias genticas condicionales (DMC). Es entonces la
variacin residual, despus de deducir la influencia de la historia filogeogrfica, se realizaron
las regresiones mltiples con variables bioclimticas, lo que permiti identificar las
temperaturas y precipitaciones extremas son predictor principal. Simon destac que teniendo
en cuenta la complejidad de los anlisis ofrecidos por los autores del artculo, y Aurlien
Tahiana tena la tarea difcil, y particularmente bien rendido los resultados del estudio. Que
figuran en nuestro Vimeo canal.

Para determinar el efecto del cambio climtico sobre la diversidad filogentica

proyectado
Ccile Albert, del Departamento de Biologa de la Universidad McGill, present un documento
sobre las consecuencias proyectadas de que el cambio climtico tendr hasta 2080 sobre la
diversidad filogentica de plantas, aves y mamferos en Europa 6). Cecilia se encarg de
presentar al grupo algunos de los mtodos de anlisis de la distribucin de las especies. Los
modelos de prediccin del clima y la distribucin de las especies y los mtodos de
reconstruccin filogentica del estudio son robustos. Una serie de resultados muestra que las
especies en peligro de extincin se distribuyen casi al azar en los rboles filogenticos. Otro
conjunto de resultados muestra, sin embargo, que las regiones geogrficas no se vern
afectados de la misma manera. Europa del Sur ver su diversidad filogentica reducida si bien
puede aumentar ligeramente en las regiones nrdicas o alpinas. Ccile destac la dificultad de
analizar estos grandes conjuntos de datos, lo que hace que la interpretacin arriesgada.
Detectar cuando su historia los genes duplicados estn bajo presin de seleccin
Annie Archambault, profesional de investigacin de SBCC, a continuacin, present un
artculo que se centra en la presin evolutiva sobre los genes duplicados 7). Desde 10204
familias de genes, los autores extrajeron cerca de 3.000 "sub-rboles" que contienen paralogs
nica duplicados en una lnea de clulas de mamferos. El sesgo principal se eliminaron una a
una, por ejemplo los relacionados con los problemas de alineacin, la convergencia de los
ensayos de deteccin de seleccin positiva, la mala calidad del genoma del macaco, el
desequilibrio en el nmero de genes duplicados con respecto a la orthologs solo ejemplar, o
recombinacin en paralogs. Simon seal que los autores podran haber tenido que restar de
establecer sus datos utilizando todo el tiempo. La comparacin muestra que los genes
recientemente duplicados se someten a seleccin positiva ortlogos mucho ms agudo que
copia nica. Los autores compararon la ubicacin ms en el genoma de genes duplicados y
se identificaron aquellos que se mantuvo en el mismo lugar (gen padre) y los que se duplican
en una nueva ubicacin en el genoma (hijo de genes). La comparacin de las dos clases de
genes (padre e hijo) indica la presin positiva por lo general ocurre despus de un gen se ha
movido en el genoma, lo que corrobora el modelo nofonctionalisation. Annie Concluy
afirmando que la particularidad de este estudio radica en el anlisis de las duplicaciones
especficas en las lneas y la presencia de la duplicacin tiene implicaciones para la eleccin y
el anlisis filogentico de los genes nucleares en la sistemtica molecular.
WP Maddison. rboles en 1997. Gen especies Arboles. Biologa Sistemtica 46:. 523 a
536 10.1093 / SysBio / 46.3.523
1)

Degnan JH, NA Rosenberg. 2009. gen rbol de discrepancia, la inferencia filogentica y la

coalescencia de mltiples especies. Tendencias en Ecologa y Evolucin. 24: 332-340 10.1016
/ j.tree.2009.01.009
2)

Joly S, McLenachan PA, Lockhart PJ. Un enfoque estadstico para el ao 2009. hibridacin
Distincin y clasificacin incompleta linaje. La American Naturalist 174:. E54-70 10.1086 /
600082
3)

Kluge J, M. Kessler 2011. diversidad filogentica, respetar la diversidad y nichos: especies

de helechos de montaje a lo largo de un gradiente altitudinal tropical. Revista de Biogeografa.
38: 394-405 10.1111 / j.1365-2699.2010.02433.x
4)

Dyer RJ, JD Nason, Garrick RC. 2010. Paisaje modelado del flujo de genes: Mejora de la
distancia gentica condicional utilizando la energa derivada de la poblacin de las redes de
topologa. Ecologa Molecular. 19: 3.746-3759 10.1111 / j.1365-294X.2010.04748.x
5)

Thuiller W, S Lavergne, Pug C Boulangeat me Lafourcade B, Araujo MB. 2011. Las

consecuencias del cambio climtico en el rbol de la vida en Europa. Naturaleza 470:. 531534 10.1038 / nature09705
6)

Han MV, Demuth JP McGrath CL, Casola C. Hahn MW. 2009. adaptativa Evolucin de
jvenes genes duplicados en los mamferos.Investigacin del Genoma. 19: 859-867 10.1101 /
gr.085951.108
7)

http://qcbs.ca/wiki/phylogeny_journal_clubTalleres SBCC R | R SBCC Talleres

Esta serie de 10 talleres de guiar a los participantes a travs de los pasos necesarios para
controlar el software R para una amplia variedad de anlisis de las investigaciones pertinentes
en las estadsticas de la biologa y ecologa. Estos talleres de libre acceso han sido creadas
por los miembros de SBCC, tanto para los miembros y para la comunidad SBCC gran usuario
de R.
Esta serie de 10 talleres camina participantes a travs de los pasos necesarios para utilizar R
para una amplia variedad de anlisis estadsticos relacionados con la investigacin en la
biologa y la ecologa. Estos talleres de libre acceso fueron creados por miembros de las
SBCC Tanto para los miembros de la SBCC y la comunidad en general.
Inspiracin: McGill BGSA stats Talleres - https://sites.google.com/site/mcgillbgsa/

Otoo | Otoo
1. Introduccin a R | Introduccin a R

2. Cargar y manipular datos | Carga y Manipulacin de datos

3. Los modelos lineales | modelos lineales
4. Introduccin a ggplot2, remodelar y plyr | Introduccin a ggplot2, remodelar y plyr

Invierno | Invierno
5. Modelos lineales mixtos | modelos mixtos lineales (LMMS)
6. modelos mixtos lineales generalizados | generalizadas modelos lineales mixtos (GLMMs)
7. generalizadas modelos aditivos | modelos aditivos generalizados (GAM)

Primavera | Primavera
8. Mtodos de ordenacin | Ordenacin
9. anlisis multivariado avanzada | anlisis multivariado Avanzada
10. Programacin con R | Programacin en R

Horarios | Horarios (2015-2016)

Registrarse | Registro

http://qcbs.ca/wiki/rIntroduccin a los sistemas abiertos de informacin geogrfica

Fuente: QGIS y HIERBA
Centro de Quebec para la Biodiversidad Ciencia, http://qcbs.ca
Guillaume Larocque, Investigacin Profesional. (guillaume.larocque@mcgill.ca)
28 de noviembre y 5 de diciembre de 2014. Universidad McGill

Entrega
Enlace a la presentacin en Prezi
Enlace para la presentacin simultnea en Prezi

1 - Instalacin de QGIS y HIERBA

Quantum GIS 2.6 y GRASS 6.4.2 (o 6.4.3) se utilizarn para este taller. Por favor, asegrese
de que tiene las versiones adecuadas instaladas antes del taller.

Para usuarios de Windows: Simplemente instale QGIS y GRASS utilizando el instalador

OSGeo4W disponible aqu.
Para usuarios de Mac: Instrucciones para instalar QGIS y GRASS en Mac OS X
estn aqu. Por favor, instale GDAL y hierba antes de instalar QGIS.
Instrucciones para Mac OSX Leopard ->
Para usuarios de Linux: Instalacin de QGIS y HIERBA siguiendo estas instrucciones.

2 - Recursos
Recursos generales

El Geoespacial de escritorio - Un libro reciente que cubre QGIS y GRASS.

SIG Pila de Cambio - Un sistema que permite a los usuarios publicar preguntas y

recibir respuestas de la comunidad.

QGIS
La gua del usuario QGIS.
El Manual de Capacitacin QGIS. Gua en lnea completa de QGIS con tutoriales
detallados. Una versin del libro de este manual es tambin disponible

El Geoespacial de escritorio - libro que proporciona una visin general de las

diferentes herramientas SIG de cdigo abierto, incluyendo QGIS y GRASS. Esta pgina
web est dedicada al libro.

QGIS Stackexchange Preguntas y respuestas sitio

Suscrbase a la lista de correo QGIS-usuario aqu.

Planet QGIS - QGIS blogs agregador.

spatialgalaxy.net - Exploracin de los Reinos de los SIG,

Divagaciones libre y abierto GIS Fuente

CSPED

HIERBA manual de usuario

Leer Open GIS Fuente: El enfoque Hierba en lnea de Springer.

Suscrbase a la lista de correo de GRASS.

Acceder al wiki HIERBA.

Portales para la descarga de datos

Geobase
Portal Descubrimiento GeoConnections.
GeoGratis.
reas administrativas globales.
Tierra Natural.

3 - software GIS Open Source

El Sistema de Apoyo Anlisis de Recursos geogrfica (GRASS) es uno de los sistemas de

informacin geogrfica ms antigua todava en existencia hoy. Fue desarrollado originalmente
en la dcada de 1980 por el ejrcito estadounidense como herramienta de gestin de software
para aplicaciones militares. Lo que originalmente era un programa de lnea de comandos que
se ejecutan en sistemas Unix ahora ha evolucionado hasta convertirse en un sistema de
cdigo abierto multi-plataforma con capacidades de raster y vector de presentacin y anlisis,
procesamiento de imgenes, sensores remotos, gestin de base de datos, y ms. En los
ltimos aos, HIERBA convirti en parte de la Fundacin Geoespacial de Cdigo
Abierto (OSGeo), una organizacin sin fines de lucro cuya misin es apoyar y promover el
desarrollo colaborativo de tecnologas y datos geoespaciales abiertos. Esta fundacin tambin
es compatible con varios otros proyectos de cartografa web y SIG de escritorio, as como
varias bibliotecas geoespaciales para datos espaciales de conversin, almacenamiento y la
interoperabilidad.Uno de los proyectos apoyados por OSGeo es Quantum GIS (QGIS), un SIG
de escritorio fcil de usar, multi-plataforma, raster y vector que ofrece un punto y hacer clic
interfaz con todas las funciones para la visualizacin, edicin y anlisis de datos
geoespaciales. Estas funcionalidades se pueden ampliar en gran medida a travs de plugins
que son o parte de QGIS o que son suministrados por terceros. Un aspecto interesante de
QGIS es la integracin con GRASS, lo que permite al usuario realizar una serie de
operaciones de GRASS desde dentro de QGIS. La combinacin de diversos plugins y soporte
HIERBA su vez QGIS en un SIG-nido completo con una caja de herramientas de anlisis
fuerte.
Lista de otros programas de escritorio GIS libres de potencial inters de cdigo abierto o:

uDig - Un SIG interesante y fcil de usar, escrito en Java para el acceso de datos,
edicin y visualizacin. Se encuentra bajo desarrollo activo en este momento.
SAGA GIS - (Sistema de Anlisis Automatizado geocientficos) Un SIG potente dirigido
principalmente a anlisis de datos y algoritmos espaciales.
ILWIS abierto - Un software de deteccin remota y SIG que integra imgenes, vectores
y datos temticos en un solo paquete en el escritorio.
gvSIG - Un SIG actualmente en desarrollo que tiene una interfaz fcil de usar,
pudiendo acceder a los formatos ms comunes, y que ofrece una amplia gama de
herramientas para la consulta, la creacin de diseo, geoprocesamiento, redes, etc.
OpenJUMP SIG - La versin actual de OpenJUMP puede leer y escribir shapefiles
otros archivos simples, ha limitado el apoyo a la visualizacin de las imgenes y un buen
soporte para mostrar los datos recuperados de servicios web. Se puede utilizar como un
visor de datos GIS, o para la edicin de la geometra y el atributo de datos.

Nota: Puede comparar las posibilidades que ofrece la moderna SIG da con el primer SIG
nunca, creado en 1965 para el Inventario de Canad Land. Ver estos videos en Youtube: Los
datos para la toma de la Parte I, Parte II y Parte III.

4 - Primeros pasos

Abrir QGIS - Haga clic en Plugins> Administrar complementos, y activar fTools y

GdalTools plugins.
Ahora vers un men desplegable en QGIS con opciones para el anlisis vectorial
(fTools), el anlisis de la trama (GdalTools) y varios otros plugins (menores de plugins).
Vaya a Configuracin> Opciones> CRS, y haga clic en "Habilitar en la reproyeccin
mosca por defecto '.
Inicie un proyecto nuevo o cierre y vuelva a abrir QGIS.

Capas en diferentes sistemas de referencia sern entonces reproyectados sobre la marcha.

Descargar archivos necesarios para ejercicios

Haga clic aqu para descargar un archivo ZIP que contiene todos los archivos necesarios para
los ejercicios siguientes.}}

5 - Ejercicios
Ejercicio 1 - Digitalizacin y visualizacin de mapa
Ojective: Crear un mapa de los dos bosques de McGill en Montreal West Island: The
Morgan Arboretum y la Reserva Molson.Elaborar un plan para la expansin de estas
reservas y crear buenos mapas esbozar su plan.
Paso 1: Instalar y activar el plugin OpenLayers Python desde Plugins> Administrar e instalar
plugins> Obtener Ms
Si eso no funciona para usted
Paso 2: Abra un editor de texto (por ejemplo, el Bloc de notas en Windows o TextEdit en Mac)
y copiar el siguiente latitud, longitud coordenadas en grados decimales a la misma.
Identificacin, Nombre, Long, Lat
1, MorganArboretum, -73.9541,45.4303
2, MolsonReserve, -73.9763,45.3943

A continuacin, guarde como un archivo de texto con una extensin .csv y aadir esto como
una capa vectorial al mapa de QGIS lienzo con la> Capa> "Aadir capa de texto delimitado"
funcin (si esto no se muestra para usted, activarla en el plugins). Utilice Longitud como la
columna de la X y latitud como la columna de la Y. Especifique> coordenada geogrfica
sistemas> WGS 84 como el CRS. Ahora, ver que hay dos puntos en la pantalla que indica el
centro de cada reserva.

Paso 3: Aadir una capa de Google satlite usando el plugin Openlayers (Web> OpenLayers
Plugin>). Tenga en cuenta que el CRS de la vista del mapa cambia a Google Mercator (WGS
84 / Pseudo Mercator) cuando se aade la capa. Mover esta capa a la parte inferior del lienzo
mapas haciendo clic en l en la lista de capas a la izquierda y arrastrndolo por debajo de la
otra capa.
Paso 5: Para digitalizar las dos reservas, es necesario agregar una nueva capa de polgonos
vaca (> Capa> Crear Capa> Capa Shapefile> Polgono). Especifique el CRS como NAD 83 /
zona UTM 18N. Una columna de ID (nmero entero) ya se ha especificado, agrega uno para
Nombre (datos de texto). Dar la capa shapefile un nombre apropiado (ej.
McGill_Reserves.shp). Activar el modo de edicin haciendo clic izquierdo sobre el nombre de
la capa en el men de la izquierda y seleccionar "Activar edicin". Digitalizar la Molson
Reserva McGill y el Morgan Arboretum de la imagen por satlite. Para ayudar a localizar las
reas, utilice los puntos que ha importado desde el archivo CSV. Para la Reserva Molson,
digitalizar la zona boscosa situada entre la calle residencial (Blvd. Perrot) y la carretera 20
haciendo clic en el icono de
digitalizar:. Para el Arboretum, digitalizar la zona forestal
contigua que rodea el punto. El Arboretum es de aproximadamente 250 hectreas. Ahora
aadir polgonos adyacentes a aquellos polgonos que muestran lo que usted propone como
extensiones de las reservas existentes. Durante dos polgonos adyacentes compartan
adecuadamente una frontera comn, es necesario digitalizar el segundo polgono con el fin de
hacer que se superponen ligeramente la primera. Para que esto funcione, es importante
seleccionar el 'Evitar intersecciones. para esa capa en el dilogo> Ajustes> Opciones de
rotura.
Paso 6: Una vez hecho, el modo de edicin de salida y guardar la capa.
Paso 7: Inicie un nuevo proyecto, y establecer los CRS a NAD 83 / zona UTM 18N.
Paso 8: Aade tus nuevas reservas shapefile a este proyecto.
Paso 9: En el men Capas propiedades, cambie los colores de las dos reservas, aadir los
nombres de las reservas como etiquetas, y poner etiquetas adecuadas para la ampliacin de
las reservas que usted propone.
Paso 10: Asignar colores apropiados para cada capa en la pestaa Estilo del men
Propiedades de capa. Aadir las carreteras (Routes.shp), otras reas boscosas
(region_boise.shp) y cuerpos de agua (Region_hydrique.shp) a la vista del mapa. Luego,
utilizando el compositor de impresin (> Proyecto> Nuevo Imprimir Compositor), generar un
mapa que muestra las reservas que tiene digitalizada, con un ttulo, un norte de la flecha,
Etiquetas, y una leyenda. Nota: Al abrir la impresin Compositor, se le presenta una pgina
vaca. Para agregar el mapa, es necesario hacer clic en el Aadir nuevo mapa lienzo y haga
clic-arrastrar la zona en el mapa donde desea que el mapa aparezca.

RETO: Aadir las tuberas y lneas elctricas al mapa, que va a descargar de Open
Street Maps mediante el plugin OSM rpida.

Ejercicio 2 - Los tampones y anlisis bsicos

Objetivo: Conocer el porcentaje de votantes que viven unos 500 metros de una zona
forestal de ms de 10 hectreas en el distrito electoral provincial Jacques-Cartier en
Occidente Isla de Montreal.
Paso 1: Inicie un nuevo proyecto y abrir los archivos denominados 'sections_vote_31h5.shp' y
'regions_boise.shp'. Convertir estos archivos en el 18N CRS NAD83 / UTM guardndolos
como archivos nuevos (clic derecho sobre el nombre de la capa en el men de la izquierda>
Guardar como).
Paso 2: Inicie un nuevo proyecto de nuevo y establece las CRS proyecto para NAD83 / UTM
18N. Agregue los dos archivos que acaba de guardar.
Paso 3: Abra la tabla de atributos de las Regiones boises y aadir una columna que contiene
el rea en hectreas de cada bosque. Para ello, alternar la edicin de capa y utilizar la
Calculadora de campo (pequeo icono de la calculadora en la parte inferior) para crear la
nueva columna (utilice la Geometra> $ operador de rea). Tenga en cuenta que el sistema de
coordenadas UTM est en metros y 1 hectrea = 10.000 metros cuadrados. Importante:
Especificar 'Decimal Number (real) ", poner el ancho de salida a los 15 y aumentar la precisin
de 2.
Paso 4: el modo de edicin Salir y crear una consulta (> Capa> Consulta) para aislar las reas
forestales de ms de 10 hectreas. Tenga en cuenta que no se puede realizar una consulta
mientras se encuentra en modo de edicin.
Paso 5: Crear un nuevo archivo de forma con un buffer de 500 m que rodea las reas
forestales (> Vector> herramientas de geoprocesamiento> Buffer).
Paso 6: Agregar una columna de rea a la tabla de atributos sections_vote_31h5.
Paso 7: Crear una consulta para seleccionar slo (columna TRI_CEP) del distrito electoral
Jacques-Cartier.
Paso 8: Ejecute la funcin 'Estadstica Bsica' para calcular el nmero total de votantes en
Jacques-Cartier (2008_12_08 columna). Anote este nmero.
Paso 9: Utilice la funcin Clip (> Vector> herramientas de geoprocesamiento> Clip) para
generar un vector que contiene slo las secciones de zonas electorales del distrito de
Jacques-Cartier en el bfer. Usted se dar cuenta que el tamao de algunos distritos ha
disminuido significativamente.

Paso 10: Para estimar el nmero de votantes en el bfer, supondremos que el nmero de
votantes es proporcional a la superficie de cada zona y calculamos la proporcin de cada zona
situada dentro del buffer. Abra la tabla de atributos del Shapefile creado en el paso 9. Crear
una columna que contiene la nueva zona ($ rea) de cada disctrict despus del clip. Ahora,
crear una columna con el nmero de votantes (2008_12_08 columna) multiplicado por el que
la proporcin de la superficie de cada zona comprendida en el buffer:
2008_12_08 * (rea despus de pinza) / (rea total creado previamente en el paso
6).

Paso 11: Use la 'Estadstica Bsica "funcin (Vector> Herramientas de anlisis) para encontrar
la suma de la columna de la 2008_12_08.Calcular la proporcin a mano con la respuesta del
Paso 8.
Responder
RETO: Encuentre cul de los Distritos de electorales que se muestran en el mapa
contiene la mayor longitud acumulada de las carreteras. Utilice las longitudes Disolver y
Suma de lnea (en Vectores de men) funciones.
Responder

Exercice 3 - Interpolacin y la manipulacin de la trama con QGIS

Objetivo: crear dos mapas de dos comparar la distribucin espacial
de hornero poblaciones en Quebec 1980-1994 y desde 1.995 hasta 2.010, utilizando los
datos de la encuesta de cra de aves (BBS).
Paso 1: Inicie un nuevo proyecto.
Paso 2: Agregar el province.shp al lienzo y seleccione la provincia de Quebec con el
"Seleccionar funcin"
icono. Ahora guardarlo como un nuevo shapefile con el NAD 83 /
Quebec Lambert CRS, haciendo clic derecho sobre el nombre de la capa y seleccionando la
opcin "Guardar como .." y luego haga clic en "Guardar caractersticas slo seleccionados".
Paso 3: Aadir la coma separ archivo de valor denominado 'BBS_Routes_QC.csv' a la vista
del mapa usando la funcin Agregar capa> "Aadir capa de texto delimitado" (Elija coma
'delimitadores seleccionados') y especifique el CRS WGS84 (geogrfica).
Paso 4: Guardar esta capa como un shapefile llamado 'BBS_Routes_QC.shp' con el CRS:
NAD83 / Quebec Lambert.

Paso 5: Inicie un nuevo proyecto y especifique el CRS NAD83 / Quebec Lambert. Agregue los
archivos de los pasos 2 y 3 a la lona.
Paso 6: Aadir la (no espacial) tabla 'BBS_Ovenbird_QC.csv' a la lona usando 'Capas> Aadir
Capa> Aadir capa vectorial "y haciendo una lista de todos los tipos de archivo (s, esto es
contrario a la intuicin ...)
Paso 8: En el men "Propiedades de capa 'de la tabla' BBS_Routes_QC.shp ', busque la
pestaa nete y unirse a los BBS_Routes de mesa y BBS_Ovenbird_QC utilizando la
columna compartida' Ruta '(seleccionar la ruta como la fuente y las columnas de
destino). Desactivar la opcin "Cach unirse a la capa en la memoria virtual". Ahora debera
ver el nmero de observaciones hornero por ao en la tabla de atributos de archivo
'BBS_Routes_QC'.
Paso 9: Activar el modo de edicin y utilice la "Calculadora de campo" para aadir una nueva
columna (entero) para los BBS_Routes tabla que contiene la suma del nmero de
observaciones de aves entre 1980 a 1994 y de 1.995 a 2010. Cada campo tiene que
seleccionar uno a uno de los campos y la lista (lo siento) Valores. El tipo de datos debe ser un
nmero entero (longitud de 10 o ms). Los nombres de columna deben tener menos de 10
caracteres, debe empezar con una letra y no deben contener espacios o caracteres
especiales.
Paso 10: Guardar los cambios y salir del modo de edicin. Tenga en cuenta que slo las
columnas nuevas que se crearon son realmente parte de la tabla BBS_Routes_QC. Ahora
quite la unin (en el men Propiedades) para eliminar las observaciones anuales. Si usted ve
una serie de valores NULL en las columnas recin calculadas, cierre la tabla de atributos y
abrirlo de nuevo.
Paso 11: Ahora crear una superficie interpolada continua que muestra la distribucin de los
horneros para cada perodo. Asegrese de que la vista del mapa utiliza el mismo CRS que la
del archivo BBS_Routes_QC, o simplemente desactivar el Reproyeccin en la opcin de la
mosca.Encuentre> Cuadrcula (interpolacin) bajo> Raster> Anlisis. Especifique
BBS_Routes_QC como la entrada y seleccione la columna correspondiente al primer periodo
como el campo Z. Utilice "distancia inversa a un poder" como el algoritmo. Es necesario definir
el ancho (nmero de columnas), Altura (nmero de filas) y extensin para obtener una trama
de salida con una resolucin de 2 kilometros x 2 kilometros * exactamente * para que pueda
incluir la mayor parte de los puntos (se puede excluir puntos en norte de Quebec), pero sin
extender demasiado las afueras de las sustancias mencionadas en los puntos. No dude en
utilizar una calculadora y la imagen de abajo:

Paso 12: Utilice la funcin Clipper (bajo Raster> Extraccin) para quitar la parte del mapa
raster interpolada que acaba de crear que cae fuera de los lmites de la provincia. Elija
province.shp como la capa de mscara.
Repita el paso 11 a 12 para el posterior periodo (desde 1995 hasta 2012) el tiempo.
Paso 13: En las propiedades de la primera capa, desarrollar una nueva paleta de colores
adecuada para los valores de la lyaer (Tab Estilo> Render Type> Individual pseudocolor
banda). Elija una interpolacin lineal de color, haga clic en el smbolo "+" y definir tres valores
numricos relevantes asociados con cada color (puede hacer clic en la trama con la
herramienta 'Identificar Caractersticas' para ver el rango de valores).Elija tres colores
asociados que le dan un buen contraste. Seleccione si desea guardar el estilo (abajo a la
derecha). Para la otra trama que abarca el perodo posterior acceso a las propiedades de
estilo y cargar el estilo que acaba de guardar. Ahora la misma paleta debe asignarse a los dos
perodos. Notas alguna diferencia en la distribucin espacial de los horneros con el tiempo?
RETO: Crear un grfico de dispersin (en Excel o R) muestra la relacin entre la
temperatura media anual (de la capa Quebec_mat_tenths.txt en grados C x 10) y la
abundancia hornero en los sitios BBS. Usted necesitar la 'herramienta de muestreo Point'
extensin que se puede encontrar en '> Vector> Anlisis "una vez instalado.

Exercice 4 - Descarga de archivos, recapitulacin y el desafo!

Para este ejercicio, usted tendr que extraer la elevacin media y la cobertura de la tierra en
los sitios de ocurrencia de la Global Biodiversity Information Facility (GBIF) que entran en el
territorio aborigen Wemindji, en el rea de la Baha James de Quebec. Para ello, tendr que
completar los siguientes pasos:

Por Geobase sitio web, archivos de cobertura terrestre descarga vectorial y raster de

elevacin para las zonas 33D y 33E en la escala 1: 250.000. Es necesario crear una
cuenta en Geobase para descargar archivos. La descripcin de las categoras de
cobertura del suelo es en este archivo.
En esta misma pgina web, descargar el mapa de los territorios aborgenes de

Quebec (en la seccin de los lmites administrativos).Tenga en cuenta que Wemindji est
en la frontera de las zonas 33D y 33E.
Descargar este archivo contiene los GBIF especies ocurrencias en la regin Wemindji.

Crear un mapa que muestra nicamente la cobertura de la tierra en el territorio

aborigen Wemindji. Primero debe recortar los dos mapas de cobertura terrestre para aislar
la cubierta de la tierra dentro de Wemindji. Entonces, usted puede unirse a estos dos
archivos juntos utilizando la funcin "Combinar shapefiles a uno".
A continuacin, puede combinar las capas raster de elevacin (.dem) en una
sola. Guardar la salida como un archivo .tif.
Uso de la latitud, longitud coordenadas, aadir las ocurrencias de GBIF a la lona.
Clip las ocurrencias de obtener slo aquellos dentro del territorio Wemindji.
Utilice el plugin 'herramienta de muestreo punto' para extraer el nombre de cada
especie en la cobertura del suelo latino y la elevacin en cada lugar ocurrencia. Tenga en
cuenta que algunos lugares contienen un gran nmero de ocurrencias.

Ejercicio 5 - La manipulacin de tramas y de introduccin a las imgenes de satlite

Objetivo: crear una imagen compuesta en falso color RGB y un NDVI (Normalized
Difference Vegetation Index) mapa, asociarlo con una paleta de colores y extraer la
media NDVI para parques y campos de la regin. Encuentra que el parque es menos con
vegetacin
Paso 1: En primer lugar, vamos a crear una imagen compuesta en falso color para visualizar
mejor los contrastes. Para ello, encontrar la funcin de fusin bajo Raster> Otros. Elegir
imgenes Landsat 4,3 y 2 (haga clic en ellos en ese orden), como los archivos de entrada,
especifique Landsat_432.tif como el de salida, y seleccione la opcin de pila de capa. Si ha
seleccionado los archivos en el orden correcto, la banda Landsat 4 debera convertirse en la
banda 1 (rojo), banda Landsat 3 debe convertirse en la banda 2 (verde) y la banda de Landsat
2 debe convertirse en la banda 3 (azul). S, esto es confuso.
Paso 2: En las propiedades de estilo de esta nueva capa, te dars cuenta de que "el color
multibanda" se utiliza como el tipo de Render.Puedes jugar con el brillo, el contraste y la
saturacin para mejorar el aspecto visual de la imagen. Observe cmo esta imagen puede
permitir fcilmente a distinguir la vegetacin, suburbios, ciudades y ros. Tambin puede crear
una combinacin 5-4-3 y comparar las dos imgenes.
Ahora vamos a crear una imagen ndice de Vegetacin de Diferencia Normalizada.
Paso 3: Encuentre funcin de calculadora de la trama. Especifique "NDVI" como el nombre de
la capa de salida. A continuacin, deber encontrar bandas 3 y 4 en el men de la izquierda, y
llegar a esta frmula en el cuadro Expresin:
(Band4-Band3) / (Band3 + Band4)

Seleccionar para agregar la imagen de NDVI a la lona.

Paso 4: En el men de propiedades de esa capa, seleccione Individual de pseudo banda de

color como el tipo Render, elegir el mapa de color RdYlGn y haga clic en Clasificar. En este
mapa, las reas verdes oscuros representan reas que estn con vegetacin densa, mientras
que las zonas rojizas no estn con vegetacin.
Paso 5: Aadir la capa que contiene los parques y campos (parcs_terrains_sports.shp) al
lienzo y guardarlo como un archivo nuevo con el / UTM 18N CRS NAD83. Aadir el nuevo
archivo a la lona y quitar el viejo.
Paso 6: Instalar y habilitar el "estadsticas zonales" plugin.
Paso 7: Busque el men de estadsticas Zonal bajo Raster. Elija los parques et terrenos como
la capa de vectores y la imagen NDVI como la capa raster.
Paso 8: Al observar la tabla de atributos de la capa de terrenos y parques, ver que las
columnas se han aadido a las estadsticas de las clulas del NDVI para cada campo y el
parque. Qu tiene el parque de los ms bajos de NDVI medio? Donde est localizado?
Responder
RETO: Ir a la pgina web EarthExplorer http://earthexplorer.usgs.gov/ y crear una cuenta,
haga clic en registro. A continuacin, seleccione una regin en todo el mundo sobre el tamao
de la regin de Montreal que usted piensa que podra haber visto un montn de uso de la
tierra en los ltimos 30 aos. Buscar una Landsat 4-5TM imagen de citas en cualquier lugar
entre 1980 a 1984 para esa regin y llevado en el mes de julio o agosto (preferiblemente de
agosto) que contiene menos de 10% nubes. Descargar el archivo como un producto de nivel
1. Tenga en cuenta la informacin de la ruta / fila de esta imagen y la bsqueda de una
imagen equivalente para el perodo 2010-2014 (mismos meses, fila y ruta). Traiga a QGIS, y
calcular un valor de NDVI para cada perodo de tiempo. Restar el NDVI tarde del NDVI
anterior y ver el archivo conesta paleta (haga clic en el enlace ... guardar como) para ver la
diferencia en la cobertura vegetal entre los dos perodos de tiempo.

Ejercicio 6 - Uso de GRASS en QGIS

Objetivo: Aislar el mayor parche contigua de tierra que no est cubierto por el agua y que sea
al menos 1 km de carreteras.
Paso 1: Asegrese de que la extensin de GRASS se activa, que se selecciona la barra de
iconos de GRASS en> Ver> Barra de herramientas, y que no est escondido en algn lugar de
la barra de iconos. Haga clic en el icono Nuevo directorio de mapas y definir una nueva base
de datos de GRASS, una nueva ubicacin (nombre que Workshop2), elija el CRS NAD83 /
UTM 18 N, especifique el valor por defecto HIERBA Regin mediante el uso de la medida
QGIS actual y especificar un nombre para el Mapset.

Paso 2: Guardar el routes.shp archivo como una nueva capa con el / UTM 18N CRS
NAD83. Haga lo mismo con el archivo de forma Region_Hydrique.
Paso 3: Ahora tendr que importar los archivos en GRASS. Haga clic en "herramientas de
GRASS Abiertas ', haga clic en el" rbol del mdulo ">" Gestin de archivos ">" Importar a
GRASS'> 'Importar un vector en GRASS'> 'v.in.ogr.qgis'. Seleccione el archivo de ruta que
cre en el paso 2 y especifique un nombre para el archivo de salida. Repita este paso para el
archivo hydrique Regin. Agregue los archivos de GRASS de nueva creacin a la vista del
mapa haciendo clic en el icono de "Aadir capa vectorial Grass.
Paso 4: Encuentre la funcin llamada r.in.gdal e importar el archivo 31h05dem.tif a
GRASS. Aadir esta nueva capa HIERBA a la vista del mapa de QGIS.
Paso 5: Busque el g.region.multiple.raster funcin y utilizar el archivo importado en el paso 4
para definir la regin actual (especificar el nombre exacto de la capa de trama en el cuadro).
Paso 6: Convertir el archivo de rutas a formato raster utilizando la funcin
v.to.rast.constant. Haga lo mismo con los hydriques regiones.
Paso 7: Utilice la funcin r.grow.distance para crear un mapa de trama continua en la que se
asigna cada pxel la distancia de la ruta ms cercano. Utilice la capa de rutas en formato raster
(Paso 6) como entrada.
Paso 8: Use la funcin r.null.to para reemplazar el valor de NULL con 0 en el archivo de trama
Regin hydrique.
Paso 9: Utilice la funcin r.mapcalculator para eliminar las reas cubiertas con agua formar el
mapa la distancia que acaba de crear. Capa de la serie A como la capa raster Regin hydrique
y B como el archivo creado en el paso 7. Haga clic en la "regin El uso de este mapa" icono
junto capa A. En el cuadro de frmula, el tipo
((A-1) * - 1) * B

y dar un nombre al archivo de salida.

Paso 10: Para excluir zonas ms cerca de 1 km de carreteras, crear un archivo de texto (en
edicin de texto o el Bloc de notas) con el siguiente contenido:
0-1000 = 0
1.000 a 99.999 = 1

Paso 11: Utilice la funcin r.reclass reclasificar la trama que ha creado en el paso 9 y utilizando
el archivo de reglas RECLASS (Paso 10).
Paso 12: Utilice la funcin r.clump para dar a cada rea contigua aislado un identificador
nico.
Paso 13: Utilice la funcin r.stats obtener el rea de cada rea contigua, o parche. Tienes que
hacer clic en Opciones avanzadas, seleccione "totales de rea de impresin" y poner "-" como
el nombre de archivo de salida. Tambin puede especificar el nombre de archivo con la
extensin .txt si desea que la salida se pueda guardar en un archivo de texto.
Paso 14: Identificar el parche con el rea ms grande. Encuentra la HIERBA Shell en la lista
de funciones y escribir el siguiente comando:
r.mapcalc "Largest_patch = if (Step_12 == ID, 1, null ())"

donde se reemplaza la identificacin con el ID de la ms grande de parches y Step_12 con el

nombre que le dio a la trama en el Paso 12. Para ello se han creado un mapa raster llamado
Largest_patch en el que el mayor parche est aislado con un valor de 1. Usted ahora puede
mostrar este raster y cambiar la simbologa para ver el parche aislado.
Paso 15: Convertir este archivo vectorial mediante la funcin r.to.vect.area.

HIERBA Terminologa
BASE DE DATOS (geodatabase): Directorio Principal HIERBA.
UBICACIN (Sector): Directorio de trabajo. SCR nico.
DIRECTORIO DE MAPAS (Jeu de donnes): Sub-directorio bajo la UBICACIN.
REGION (regin): dfinie par une tendue et une rsolution spcifiques.

pref
jo

Descripcin

Ejemplo

d. *

pantalla (salida
grfica)

d.rast: vistas de mapas raster, d.vect: vistas

de vectores mapa

db. *

Administracin de la
base de datos

db.select: selecciona el valor (s) de la tabla

g. *

las operaciones de
archivos en general

g.rename: cambia el nombre de mapa

r. *

procesamiento de

r.buffer: amortiguamiento alrededor

datos de trama

caractersticas de trama, r.mapcalc: lgebra

de mapas

yo.*

procesamiento de
imgenes

i.smap: Imagen clasificador

v. *

procesamiento de
datos vector

v.overlay: mapa vectorial intersecciones

ps. *

mapa posdata
formato de creacin

ps.map: Mapa de la creacin en Postscript,

r3. *

raster de
procesamiento de
datos vxel

r3.mapcalc: mapa de volumen lgebra

La lista completa de los comandos de GRASS est aqu.

http://qcbs.ca/wiki/introgisIntroduccin a los Sistemas de Informacin Geogrfica con

QGIS y HIERBA
Centro para la Diversidad Biolgica Ciencia Quebec
Guillaume Larocque, profesional de investigacin. (guillaume.larocque@mcgill.ca)
9 y 16 de febrero de 2015, de la Universidad McGill.

Entrega
Enlace a la presentacin Prezi
Enlace a la presentacin simultnea Prezi

1 - Instalacin de QGIS y HIERBA

Quantum GIS 2.6 se utilizar para este taller. Por favor, asegrese de que tiene el software
adecuado instalado en su equipo antes del taller.
Para los usuarios de Windows. Basta con instalar GRASS y QGIS con la OSGeo4W
instalador disponible aqu: OSGeo4W.
Para los usuarios de Mac: Instrucciones para la instalacin de QGIS y GRASS en
Max OS X est disponible aqu. Debe instalar GDAL y HIERBA QGIS antes de instalar.

Instrucciones para Mac OSX Leopard ->

Para utlisateurs de Linux: Instalar QGIS y HIERBA acuerdo con estas instrucciones.

2 - Recursos
General

El Geoespacial de escritorio - Un libro reciente que cubre QGIS y GRASS.

SIG Pila de Cambio - Un sistema en el que los usuarios pueden hacer preguntas y

recibir respuestas de la comunidad.

QGIS
El uso de QGIS 2.6 gua en francs es disponible aqu.
Ir a la SIG StackExchange
El QGIS Training Manual. Gua detallada del usuario QGIS, con ejemplos para ayudar
en el aprendizaje. Una versin en papel esttambin disponible.

El Geoespacial de escritorio - Papel que proporciona una buena introduccin al

software SIG libre. Esta pgina web est dedicada al libro.

nete a la lista de correo QGIS-usuario aqu.

QGIS Planet - blogs agregador QGIS.

spatialgalaxy.net - Exploracin de los Reinos de GIS

Divagaciones libre y abierto GIS Fuente

A Quantum de SIG.
HIERBA

Leer Open GIS Fuente: El enfoque Hierba en lnea en el sitio web Springer (acceso

restringido de acuerdo a su institucin).

Inscrbete la lista de correo de GRASS.

Ir a Wiki HIERBA.
Portales para descarga de datos geoespacial

Geobase (SITIO CERRADO!)

Descubrimiento GeoConnections Portal.
GeoGratis.
Administrativos Globales reas.
Natural Tierra.

3 - Historia de SIG Libre

El "Recursos Geogrficos Sistema de Apoyo Anlisis" (GRASS) es uno de los SIG ms
antiguo que todava est en uso activo hoy. Este software fue desarrollado originalmente en la
dcada de 1980 por el ejrcito estadounidense como herramienta de gestin para
aplicaciones militares. Lo que originalmente era un software con la lnea de comandos que
operan slo en sistemas Unix ha evolucionado hasta convertirse en una herramienta gratuita y

multiplataforma que proporciona oportunidades para la visualizacin y anlisis de datos

vectoriales y raster, por procesamiento de imgenes, la telemetra, gestin de base de datos, y
mucho ms. En los ltimos aos, GRASS est integrado con el OSGeo(Open Source
Geospatial Foundation), una organizacin sin fines de lucro que se ha fijado la misin de
apoyar y promover el desarrollo colaborativo de tecnologas y datos geoespaciales libres y
abiertas. La fundacin tambin es compatible con muchos otros proyectos para el mapeo y
SIG Web, as como varias bibliotecas para la conversin, el almacenamiento y la
interoperabilidad de los datos geoespaciales. Uno de los proyectos apoyados por OSGeo es
Quantum GIS (QGIS) SIG con una interfaz amigable y multi-plataforma para la visualizacin,
edicin y procesamiento raster y datos geoespaciales vectoriales. Las posibilidades que
ofrece QGIS se pueden ampliar en gran medida a travs de mltiples extensiones
desarrolladas por los usuarios del software. Uno de los aspectos interesantes de QGIS es
posible integracin con GRASS, lo que permite al usuario realizar varias operaciones en
HIERBA QGIS. Estas mltiples posibilidades lo convierten en un QGIS SIG muy verstil.
Potencialmente interesantes Sistemas de Informacin Geogrfica gratuitos y otros:

uDig - Un SIG interesante y agradable escrito en Java para acceder, edicin y

visualizacin de datos geoespaciales. Este software se encuentra actualmente en
desarrollo activo.
SAGA GIS - (Sistema de Anlisis Automatizado geocientficos) Un SIG tiene muchas
funciones para el anlisis de datos espaciales avanzados.
ILWIS abierto - SIG y software para la telemetra que integra datos raster, vector y
temtica.
gvSIG - El software que se encuentra actualmente en fase de desarrollo que tiene una
interfaz fcil de usar que soporta los formatos ms comunes de archivos y ofrece muchas
herramientas para consultar, crear modelos, hacer anlisis, las redes de procesos, etc.
OpenJUMP SIG - La versin actual de OpenJUMP puede leer y escribir archivos de
forma y otros archivos vectoriales y ofrece pocas oportunidades para el procesamiento de
imgenes. En su estado actual, este software se puede utilizar para visualizar los datos de
SIG o edicin simple de atributos de datos de geometra y vectoriales.

Nota: usted puede comparar las posibilidades con el software de hoy con el primer SIG
establecida en 1965 para el Inventario de Canad Land. Ver estos videos en Youtube: datos
para la toma de la Parte I, Parte II y Parte III.

4 - Inicio

QGIS abierto - Seleccione Extensiones> Administrar extensiones, y activar (mnimo)

fTools 'Aadir una capa de texto delimitado "y" GdalTools.

Los mens aparecen ahora en QGIS con opciones para el anlisis vectorial (fTools), el anlisis
de la trama (GdalTools) y muchas otras extensiones (en la pestaa de extensin).

Seleccione Preferencias> Opciones> SCR, y haga clic en 'Activar reproyeccin' sobre

la marcha 'por defecto'.
Inicie un nuevo proyecto o cierre y vuelva a abrir QGIS.

Ahora las capas a diferentes sistemas de referencia sern re-proyecta dinmicamente.

Descargar los archivos que se utilizar para los ejercicios

Haga clic aqu para descargar el archivo ZIP que contiene todos los archivos necesarios
para los ejercicios.

5 - Ejercicios
Ejercicio 1 - Escanear y pantalla
Objetivo: Crear una tarjeta que se puede ver tanto los bosques que pertenecen a la
Universidad McGill, en el oeste de la isla de Montreal: The Morgan Arboretum y Molson
Reserva. Hacer una propuesta para ampliar las reservas y crear una tarjeta con las
reservas y ampliaciones.
Paso 1: Encienda OpenLayers Plugin "en las extensiones.
Paso 2: Crear un archivo en un editor de texto (por ejemplo, el Bloc de notas en Windows o
TextEdit en Mac) y copiar el siguiente:
Identificacin, Nombre, Long, Lat
1 MorganArboretum, -73.9541,45.4303
2 MolsonReserve, -73.9763,45.3943

Gurdelo a continuacin, con una extensin .csv. En QGIS, agregar este archivo como una
capa vectorial al seleccionar "Aadir una capa de texto delimitado". Utilice para la columna de
longitud y latitud X de la columna de Y e indicar que el archivo est separado por comas. En la
siguiente ventana, especifique sistema de coordenadas geogrficas> WGS 84 como
SCR. Ahora debera ver dos elementos aparecen indicando la ubicacin de la Reserva Molson
y el Morgan Arboretum.
Paso 3: Aadir una capa de 'Google Satellite' OpenLayers usando extensin (> Web>
OpenLayers plugin). Tenga en cuenta que el SCR es ahora el lienzo 'Google Mercator (WGS
84 / Pseudo Mercator). Mover esta capa debajo de la tela haciendo clic y arrastrando el
nombre de la capa en la tabla de capas de izquierda.

Paso 4: Analizar la Reserva Molson y el Morgan Arboretum. Primero debe aadir una nueva
capa de polgono shapefile (CRS NAD83 / UTM 18N) y aadir una columna para el nombre
(datos de texto, ancho 80). Dar este archivo shapefile un nombre apropiado (por ejemplo
Reserves_McGill). Gire la edicin (> Capa> Activar modo de edicin) y escanear las dos
reservas haciendo clic en el
icono. Para ayudarle a analizar ambas reservas, utilice los
puntos que ha importado desde el archivo CSV. Para reservas de Molson, explorar el bosque
situado entre el bulevar residencial (Boul Perrot) y la autopista 20. Para el Arboretum, la
exploracin de la zona boscosa alrededor del punto central. El Arboretum es de
aproximadamente 250 hectreas. Ahora agregue polgonos adyacentes para indicar cmo va
a ampliar las reservas. Para ello, es importante seleccionar el 'Evitar intersecciones "(" Evite
int.) Para esta capa> Preferencias> Opciones de archivo adjunto.
Paso 5: Salir del modo de edicin y guardar esta capa.
Paso 6: Inicie un nuevo proyecto y especifique el SCR NAD lienzo 83 / UTM 18N.
Paso 7: Agregue el archivo de formas con las reservas que acaba de crear.
Paso 8: En el men "Propiedades de capa ', cambie los colores de las dos reservas de la ficha
Estilo. Elija 'En la Categora "y especifique la columna que contiene los nombres de las
reservas antes de hacer clic clasificar. En la ficha Etiquetas. A continuacin, aadir etiquetas
que especifican el nombre de las reservas y definir etiquetas para extensiones de reservas
que ofrece.
Paso 9: Crear un mapa que muestra las reservas que haya escaneados. Aadir las carreteras
(Routes.shp), otras reas boscosas (region_boise.shp) y cuerpos de agua
(Region_hydrique.shp). Establecer colores apropiados para cada capa utilizando la ficha Estilo
en el men Herramientas> Propiedades de capa. Crear una tarjeta agradable con el marcador
de impresin, aadiendo una flecha del norte, etiquetas y una leyenda. Guarde esta tarjeta
archivo PNG. Nota: Para agregar la tarjeta al diseador de impresin, debe hacer clic en el
icono 'Aadir un nuevo mapa' y haga clic y arrastre en el Libro Blanco para definir el alcance
de la tarjeta en la hoja.
RETO: Aadir tuberas y en los derechos de lneas hidroelctricas (lneas elctricas),
primero se han descargado de Open Street Maps mediante el plugin OSM rpida.

Ejercicio 2 - Pads y simples anlisis

Objetivo: Encontrar la proporcin de votantes que viven dentro de 500 m de ms de 10
hectreas arboladas en el rea del distrito electoral de Jacques Cartier en el oeste de la
isla de Montreal.

Paso 1: Inicie un nuevo proyecto y agregue capas nombradas 'sections_vote_31h5.shp' y

'regions_boise.shp'. Convertir estos archivos a NAD 83 / UTM 18N en el ahorro de bajo
nuevos archivos (botn derecho del ratn sobre el nombre del botn de capa> Guardar
como ... y seleccione SCR).
Paso 2: Inicie un nuevo proyecto y especificar NAD83 / UTM 18N para el SCR del
lienzo. Aadir los dos nuevos archivos que ha guardado.
Paso 3: Abra la tabla de atributos de la capa de bosques (haciendo clic en el nombre de la
tabla de atributos de la capa ...) y agregue una columna que especifica el tamao de cada
rea en hectreas. Para ello, vaya al modo de edicin, utilice la Calculadora de campo (icono
inferior calculadora) y utilizar el operador rea $ Geometra. Nota: la UTM sistema de
coordenadas est en metros y 1 hectrea = 10.000 metros cuadrados. Importante: Especificar
Decimal (Real) y aumentar la precisin de 2. Salga del modo de edicin.
Paso 4: Llenar una solicitud (> Capa> Filtro) para aislar el arbolado de ms de 10
hectreas. Tenga en cuenta que no se puede realizar consultas en el modo de edicin.
Paso 5: Crear un nuevo archivo de forma con un buffer de 500 m en torno a estas reas
boscosas (> Vectores> Herramientas de geoprocesamiento> sellos).
Paso 6: Agregar una columna que define el rea de cada polgono en la tabla de atributos
sections_vote_31h5.
Paso 7: Realizar una consulta (filtro) para seleccionar slo el distrito electoral Jacques-Cartier
(columna TRI_CEP).
Paso 8: Use la funcin vectorial> Herramientas de exploracin> Estadsticas Bsicas para
encontrar la suma de la columna de la 2008_12_08.
Paso 9: Utilice las "herramientas de geoprocesamiento vectorial ... ... Cut (Clip) 'para generar
una capa de vector que contiene slo la parte de las divisiones electorales de distrito electoral
Jacques-Cartier que se encuentran dentro de la memoria intermedia de 500 metros
Paso 10: Para estimar el nmero de electores dentro de la memoria intermedia de 500 m,
vamos a suponer que el nmero de votantes es proporcional a la superficie de cada zona y
calculamos la proporcin de cada zona que est dentro buffer. Abra la tabla de atributos de la
capa shapefile creado en el Paso 9. Aadir una nueva columna que contiene el nmero de
votantes (Columna 2008_12_08) multiplicado por la proporcin de la superficie de cada zona
(rea del paso 6 / $ rea) situado dentro de la memoria intermedia.
Paso 11: Utilice el vector> Herramientas de anlisis> 'Estadsticas Bsicas' para encontrar la
suma de la columna de la 2008_12_08, utilizando slo las entidades seleccionadas. Calcular

el porcentaje de votantes que viven dentro de 500 m de ms de 10 hectreas arboladas en el

rea del distrito electoral de Jacques Cartier.
Responder
RETOS: Encontrar qu distrito electoral (TRI_CEP Columna) en esta tarjeta contiene la
mayor longitud total de carreteras (archivo 'routes.shp'). Utilice las funciones de
'Reagrupar' y 'la longitud total de la lnea' (en el men> Vectores).
Responder

Ejercicio 3 - Interpolacin y manipular QGIS trama

Objetivo: crear dos mapas que comparan la distribucin espacial de la
poblacin Ovenbird en Qubec 1980-1995 y 1995-2010, con datos de la Encuesta de
aves Cra (BBS).
Paso 1: Crear un nuevo proyecto.
Paso 2: Agregar el archivo CSV denominado 'BBS_Routes_QC.csv al lienzo con la' Aadir una
capa de texto delimitado "(Elija 'delimitadores slectionns-> comas) y especifique el CRS
NAD83 (Latitud, Longitude- Geographic).
Paso 3: Guarde esta capa como archivo shape 'BBS_Routes_QC.shp' con SCR: NAD83
Lambert Quebec.
Paso 4: Aadir el 'province.shp archivo en lienzo. Seleccione la provincia de Quebec y Save
the polgono como un nuevo shapefile con SCR Quebec Lambert (NAD83).
Paso 5: Inicie un nuevo proyecto y especifique el SCR Quebec Lambert (NAD83). Agregue los
archivos en los pasos 3 y 4.
Paso 6: Agregue la tabla 'BBS_Ovenbird_QC.csv en lienzo usando'> Capa> Aadir una capa
vectorial "y una lista de todos los tipos de archivos (s, este paso es contra-intuitivo!).
Paso 7: En el men "Capa Propiedades 'de la tabla de archivos' BBS_Routes_QC.shp ',
encontrar la ficha de Ingreso y adjuntar la tabla BBS_Routes y BBS_Ovenbird_QC utilizando
la columna compartida' Ruta '(elija' Ruta 'para las dos tablas). Desactive la casilla de
verificacin que dice "Pon la capa de cach en memoria virtual". Ahora debera ver la
observacin currucas nmeros al ao aparecer en la tabla de atributos de archivo
'BBS_Routes_QC'.
Paso 8: Active el modo de edicin y el uso de la 'Campos calculadora "para aadir una nueva
columna (entero) a la mesa BBS_Routes que contiene la suma del nmero de aves avistadas

entre 1.980 a 1.994 y 1995 hasta 2.010. Cada campo debe slectionnn uno por uno de los
"Campos y Valores" (lo siento!). La columna de tipo debe ser 'entero' (10 o ms de
longitud). Los nombres de columna deben contener menos de 10 caracteres, debe empezar
con una letra y no deben contener espacios o caracteres especiales.
Paso 9: Guardar los cambios y salir del modo de edicin. Las observaciones por ao se
pueden eliminar mediante la desactivacin de la combinacin. Tenga en cuenta que slo los
nuevos campos creados son realmente parte del archivo BBS_Routes_QC.
Paso 10: Ahora crear una superficie interpolada (continua) para mostrar la distribucin de
currucas coronadas por cada perodo. Asegrese de que la lona SCR usa la misma que la de
archivo BBS_Routes_QC. Encuentra Raster> Anlisis> Cuadrcula (interpolacin). Especificar
BBS_Routes_QC con la columna para el perodo 1980-1994 como el Z. campo Especificar el
contrario Distancia a la potencia 'para el algoritmo. Debe establecer el ancho (nmero de
columnas), la altura (nmero de lneas) y la extensin, para obtener un raster de salida con
una resolucin de exactamente 2 kilometros x 2 kilometros, para incluir la mayora de las
carreteras ( puede excluir los puntos en el norte), pero dentro de los lmites de los puntos de
cobertura. Usa una calculadora para revisar sus clculos. Esta imagen tambin puede
ayudarle a:

Paso 11: Use la 'Corte' sub Raster> Extraccin para eliminar el interpolado asignar las
secciones que se encuentran fuera de Quebec. Utilice el archivo como capa de mscara
province.shp.
Repita los pasos 10-11 para el perodo 1995-2010.
Paso 12: Haga clic en el mapa con la herramienta 'Identificar entidades' para estudiar los
valores de la tarjeta y tome nota de los valores extremos. En la ventana Propiedades de la
primera capa interpolada, ampliar una paleta de colores mediante la combinacin de los
valores de la capa (Estilo> Render Type> pseudo-color de una sola banda). Elija una
interpolacin lineal, haga clic en el smbolo "+" y establecer tres nmeros que cubren la
difusin de los valores de la tarjeta. Elija tres colores correspondientes que proporcionan un
buen contraste. Guarde este estilo y darle un nombre. Para trama que abarca el perodo 19952010, cargue el estilo que acaba de guardar. La misma paleta de colores debe aparecer en
ambos perodos.

Usted nota una diferencia en el rango de horneros entre los dos perodos?
RETO: Generar un diagrama de dispersin (en Excel o R) que muestra la relacin entre
la temperatura media anual (de Quebec_mat_tenths.txt capa x 10 grados centgrados) y
la abundancia de sitios horneros a los registros de aves reproductoras (BBS). Usted
necesitar la 'herramienta de muestreo in situ' de extensin que se encuentra en> Vectores>
Anlisis Una vez activado.

Ejercicio 4 - Descarga de archivos, resumen y desafo!

Para este ejercicio, debe extraer la elevacin media y la cobertura del suelo a los sitios de
ocurrencia de Infraestructura Mundial de Informacin en Biodiversidad (GBIF), situados en el
territorio indgena de Wemindji, en la regin de la Baha de James en Quebec . Para ello, debe
seguir los siguientes pasos:

En el sitio de GeoGratis, mapas de cobertura descarga de datos de elevacin del

suelo y de trama (Canadian Elevacin Digital Datos) para 33D y 33E zonas en escala 1:
250.000.
En el mismo sitio, descargue el mapa de las tierras indgenas de Quebec. Tenga en
cuenta que la zona Wemindji se encuentra en la frontera entre la 33D y 33E zonas.
Descargar el archivo que contiene la lista de ocurrencias presentes en GBIF en la
zona Wemindji. Tenga en cuenta que este archivo se define por "TAB".
Crear un mapa que muestra la cobertura de la tierra en el territorio indgena de
Wemindji. Primero debe cortar los dos mapas de cobertura del suelo para la extraccin de
la zona en el territorio de Wemindji. Entonces usted puede 'consolidar' las dos cartas para
eliminar la lnea central zonas 33D y 33E. Para ello, utilice el 'unir varios archivos de forma
en uno'.
A continuacin, puede combinar los archivos de elevacin (.dem) en un nico archivo
de trama.
Utilizando la latitud coordenadas, longitud, se suman las ocurrencias de GBIF a la
lona.
"Cortar" ocurrencias obtener slo aquellos presentes en el territorio de Wemindji.
Use la 'herramienta de muestreo in situ' de extensin para extraer el nombre de cada
especie en Amrica, la cobertura del suelo y la altitud en cada punto donde hay una
ocurrencia de GBIF. Tenga en cuenta que algunos puntos contienen un gran nmero de
ocurrencias.

Ejercicio 5 - la manipulacin de la trama y la introduccin de imgenes de satlite

Objetivo: Crear una imagen en falso color RGB y un mapa NDVI (Normalized ndice de
Vegetacin de Diferencia), la asociacin de una paleta de colores y extraer el NDVI
promedio para parques y campos de la zona. Averige qu parque cuenta con la
vegetacin menos abundante.

Paso 1: En primer lugar vamos a crear una imagen de color falso con el fin de visualizar los
contrastes. Para ello, encontrar el Raster funcin> Otros> Merge. Elija bandas Landsat 4,3 y 2
(haciendo clic en su nombre en ese orden) como archivo de origen, especifique el archivo de
salida commme Landsat_432.tif, y permitir la "pila de capas '. Asegrese de que el orden de
las capas es bueno en el control GDAL abajo es el derecho (4, 3, 2). Si no, cambiarlo. Si ha
seleccionado capas en el orden correcto, la banda Landsat 4 es la banda 1 (Rojo), la banda 3
se convierte en banda de Landsat 2, y la banda de Landsat 2 es banda 3 (azul). Nota: El
orden de las bandas de acuerdo con el orden de seleccin puede ser diferente dependiendo
del sistema operativo.
Paso 2: En la ventana de ste estilos de capa, te dars cuenta de que el tipo de registro se
define como mltiples bandas de colores '. Puede cambiar los valores de intensidad, contraste
y saturacin para mejorar la apariencia de la imagen. Usted se dar cuenta de que es fcil
distinguir la vegetacin, los suburbios, ciudades y ros en este mapa. Tambin puede crear
una imagen compuesta 5-4-3 y comparar las dos imgenes.
Ahora crear un mapa de NDVI (Normalized Diferencia ndice de Vegetacin).
Paso 3: Encuentre la funcin Calculadora rster. Especifique NDVI.tif como el nombre del
archivo de salida. Encontrar las cintas 3 y 4 en el men de la izquierda, consiga la siguiente
ecuacin en el cuadro de expresin:
(bande4-bande3) / (+ bande3 bande4)

Aadir este lienzo de la imagen NDVI.

Paso 4: En la ventana Estilo de esta capa, elija pseudo-color de banda nica, como
prestacin. Elija paleta RdYlGn y haga clic en clasificar. En este mapa, las reas verdes
oscuros representan lugares donde la vegetacin es abundante. Las reas rojizas no estn
cubiertas de vegetacin.
Paso 5: Aadir capa parcs_terrains_sports.shp a la lona y luego guardar un nuevo archivo con
el SCR NAD 83 / UTM 18N. Aadir este nuevo archivo a la lona y quitar el viejo.
Paso 6: Instalar y activar la extensin "Estadsticas zonas / estadsticas zonales".
Paso 7: Encontrar el men Raster> Estadsticas de Zona. Elija los parques de archivos y la
tierra como imagen raster capa vectorial y como NDVI.
Paso 8: En la tabla de atributos de los parques y capa de tierra, se dar cuenta de que los
ajustes columnas se han aadido a las estadsticas de las clulas del NDVI para cada campo
y el parque. Qu parque tiene el NDVI promedio ms bajo? Dnde se encuentra? Puede

hacer clic en el icono 'zoom mapa en lneas seleccionadas desde encima de la tabla de
atributos para encontrar el parque en cuestin.
Responder
RETO: Ir a la pgina web del USGS EarthExplorer http://earthexplorer.usgs.gov/ y crear una
cuenta haciendo clic en "registro". A continuacin, seleccione una regin en cualquier lugar en
el mundo en el tamao de la isla de Montreal, donde se cree que ha habido muchos cambios
en los ltimos 30 aos. Busque una imagen Landsat 4-5TM data de algn lugar entre 1980 y
1984, esta regin y tomada en julio o agosto, que contiene menos de 10% en la
nube. Descargar este formato de archivo "Nivel 1 producto". Anote la ruta / fila de la imagen y
subir una foto para 2010-2014 equivalente (fila mismo mes y ruta). Abre en QGIS y calcular
NDVI para cada perodo. Reste el mapa NDVI de la posterior menos el primer mapa
NDVI. Visualice la tarjeta resultante con esta gama para ver reas donde los cambios en la
vegetacin han sido los ms importantes.

Ejercicio 6 - Uso HIERBA QGIS

Paso 1: Asegrese de que el complemento de GRASS est habilitada y los iconos de GRASS
son visibles en el men. Haga clic en el icono 'establecidos Nuevos datos' y crear una nueva
base de datos de GRASS, un nuevo sector, elegir el / UTM 18N SCR NAD83, especifique la
regin HIERBA predeterminado mediante la medida QGIS actual y elegir un nombre para el
juego datos.
Paso 2: Guarde el archivo como un nuevo routes.shp capa con SCR NAD83 / UTM 18N. Haga
lo mismo con el Region_Hydrique shapefile.
Paso 3: Ahora usted tiene que importar los archivos en GRASS. Haga clic camarillas
'herramientas de GRASS abiertas' en los mdulos de rboles ">" Administracin de archivos
">" Importar GRASS '>' Importar vector HIERBA '>' v.in.ogr.qgis '. Seleccione el archivo con las
rutas creadas en el paso 2 y especifique un nombre para el archivo de salida. Repita este
paso para el archivo Rgion_Hydrique. Agregue los archivos de nueva creacin en el lienzo
haciendo clic en el icono de "Aadir capa vectorial de GRASS '.
Paso 4: Encuentre el focntion llamado 31h05dem.tif r.in.gdal e importar el archivo en
GRASS. Aadir este nuevo lienzo de QGIS capa.
Paso 5: Encontrar la funcin g.region.multiple.raster y utilizar el archivo importado en el paso 4
para ajustar la regin actual (introduzca el nombre exacto de la capa en el cuadro).
Paso 6: Convertir la capa en formato raster utilizando la funcin de carreteras
v.to.rast.constant. Haga lo mismo con las zonas de agua.

Paso 7: Utilice el r.grow.distance para crear una superficie de trama continua en la que se
asigna el valor de la distancia a la carretera ms cercana a cada pxel. Utilice las carreteras de
archivos raster (Paso 6) como archivo de entrada y especifique un nombre para la distancia de
un mapa raster de salida (dejar que la capa de valores vacos).
Paso 8: Use el r.null.to para reemplazar el valor NULL a 0 en el archivo de trama masas de
agua.
Paso 9: Uso r.mapcalculator para eliminar zonas de agua cubierto Paso 7. Especifique el
archivo de archivos raster hydrique Regin como la capa A y el archivo creado en el paso 7
como una capa B. Haga clic en "Uso regin de esta capa "al lado de la capa A. En el cuadro
Frmula, escriba:
((A-1) - 1) * B

y el nombre del archivo de salida.

Paso 10: Para excluir reas a 1 km de caminos, crear un archivo de texto (en el Bloc de notas
de nuestro Editar texto) con este contenido:
0-1000 = 0
1.000 a 99.999 = 1

Paso 11: Utilice el r.reclass para volver a clasificar la trama creada en el paso 9, y utilizando el
archivo desde el paso 10 para establecer las reglas de re-clasificacin.
Paso 12: Utilice el r.clump hacerle un identificador nico a todas las reas contiguas.
Paso 13: Utilice la funcin r.stats obtener el rea de cada zona contigua. Debe hacer clic en
"Opciones avanzadas", seleccione "Mostrar rea total" y poner "-" como el nombre del archivo
de salida. Tambin puede especificar un nombre de archivo con la extensin .txt si desea
guardar los resultados en un archivo de texto.
Paso 14: identificar el rea con la mayor superficie. Para ello, encontrar el monitor HIERBA
"HIERBA Shell" en la lista de funciones y escriba el siguiente comando:
r.mapcalc "Largest_patch = si (== Etape_12 ID, 1, null ())"

Reemplace Identificacin con el identificador de la zona ms grande y Etape_12 con el

nombre que le dio la trama en el Paso 12. Esto crear un archivo llamado Largest_patch
donde la regin con la mayor superficie se aislar con un valor de 1. A continuacin, puede ver
esta trama y cambiar la paleta para ver esta informacin.

http://qcbs.ca/wiki/introsighttp://qcbs.ca/wiki/introsigIntroduccin a la gestin de
bases de datos con herramientas de cdigo abierto
Taller ofrecido por Guillaume Larocque (guillaume.larocque@mcgill.ca), la investigacin
profesional en elcentro de Quebec para la Biodiversidad Ciencia el 9 de marzo de 2015.
Enlace a la presentacin simultnea Prezi
Enlace a la presentacin Prezi

Recursos tiles

PostgreSQL 9.4 Manual de Referencia

Empezando con bases de datos PostgreSQL
PostgreSQL wiki
PGSearch para buscar sitios web y listas de PostgreSQL relacionados.

Instalacin de PostgreSQL
En Windows y Mac

Visite el sitio EntrepriseDB y descargar la versin apropiada para su plataforma. Optar

para descargar la versin de 64 bits.

Ejecute el archivo y pasar por los pasos de instalacin, acepte las opciones

predeterminadas.
Cuando se le solicite, elija una contrasea adecuada para el usuario postgres y
escribir esta contrasea abajo.

En Linux / Ubuntu
En un terminal, escriba:

sudo apt-get install postgresql-9.3 libreoffice libreoffice-sdbc-postgresql

Es posible que la versin de postgresql disponible en los repositorios es anterior a la

9.3. Puede instalar la versin que tiene disponible.
Para otras distribuciones, consulte esta pgina.

Instalacin de MySQL

Instalar LibreOffice

Haga clic aqu, descargar e instalar LibreOffice.

PSQL Acceso
En Windows y Mac:
Encuentra PostgreSQL 9.X en el men Inicio y haga clic en "shell SQL (psql)"
En el shell, acepte los valores por defecto pulsando ingrese el nombre de usuario y
servidor y escriba la contrasea correcta postgres (elegido anteriormente).
Si eso no funciona ...

En Linux, escriba simplemente:

psql

en un terminal.
Si eso no funciona ...

Discusin de grupo
Haga clic aqu para descargar la hoja de clculo original

Crear un nuevo usuario y base de datos

Si lo desea, puede crear un usuario que no sea el usuario postgres predeterminados. Para
ello, escriba el siguiente comando, sustituyendo su_nombre_de_usuario y su_contrasea con
los valores de su eleccin.

CREAR USUARIO su_nombre_de_usuario CON SUPERUSER CONTRASEA

'su_contrasea';

Creacin de una nueva base de datos para el taller

CREAR taller de base de datos;

Conexin PSQL y Libre Oficina de Base

Abrir Libre Oficina de Base y "Nuevo ... base de datos".
Conectarse a una base de datos> PostgreSQL existente
Por origen de datos URL, escriba lo siguiente:

dbname = hostaddr taller = puerto 127.0.0.1 = 5432

Haga clic en Siguiente y poner el nombre de usuario correspondiente y haga clic en

'contrasea necesaria'. A continuacin, puede hacer clic en "Probar conexin" para
asegurarse de que la conexin funciona correctamente.
A continuacin, puede mismo la informacin de conexin de base de datos como un
archivo en su ordenador para que sea fcil de conectar a ella ms tarde.

Comandos bsicos
Enumere todas las bases de datos

\l

Conectarse a una base de datos

\ taller c

Enumerar y describir todas las tablas en la base de datos actual

\ dt

... Ms detalles

\ dt +

Ver una lista de todas las tablas de la base de datos

\d+

Describir una tabla en particular

\ d nombretabla

Lista de todos los usuarios

\ du

Salir Postgresql

\q

Para ejecutar comandos SQL en LibreOffice Base

Uno que se conecta a la base de datos usando las instrucciones de arriba, puede hacer clic en
la herramienta de ... SQL en LibreOffice Base y escriba su comando all. Si crea o elimina una
tabla nueva, es posible que tenga que hacer clic en Ver ... Actualizar Tablas para ver los
cambios.

Declaraciones crear e insertar - Ejercicio 1

Tipos de datos ms comunes

llamada de
funcin

significado

ejemplo

entero

Desde -2147483648 hasta 2147,483647

millones

decimal (,)

decimal (cifras totales, dgitos despus

perodo)

122,52 decimal (5,2)

real

6 dgitos decimales de precisin

122.527964

varchar ()

de caracteres (longitud mxima)

'golondrina rbol'

texto

texto de longitud no especificada

'Habia una vez'

marca de tiempo

fecha y hora

'10/21/2012 10:03:21

"
Lista completa de tipos de datos PostgreSQL.

CREAR TABLA bird_sightings (SERIAL sight_id PRIMARIA CLAVE,

obs_time marca de tiempo, las especies de texto, sp_count entero, lat verdadera,
"Long" reales);

Utilizamos "" cuando queremos almacenar un nombre de columna o una tabla que es una
palabra reservada o que contenga espacios o caracteres especiales.
MySQL
Tenga en cuenta que no especificamos el campo sight_id ya que se ajusta a SERIE
(incremento automtico) y se le asignar un valor de forma automtica.

INSERTAR EN bird_sightings (obs_time, Especies, sp_count, Lat, "Long") VALUES

('2012-06-19 12:31:16', 'Sturnus vulgaris', 40, 45,3522, - 73.7930);

Para ver la tabla:

SELECT * DESDE bird_sightings;

Si necesita eliminar la tabla

DROP TABLE bird_sightings;

Pregunta 1
reproducir la siguiente tabla en PostgreSQL, el nombre de "actores" y
visualizarlo en PostgreSQL

Nombre
de pila

apellid
o

Fecha de
nacimiento

gner
o

altur
a

trade_mark

Bruce

Willis

03/19/1955

1.81

Juega frecuentes un hombre que

sufri una tragedia, haba
perdido algo o tena una crisis
de confianza o de conciencia.

Emma

Watson

04/15/1990

1.65

A menudo retrata personajes

literarios

Ejercicio 2 - Importacin de datos en PostgreSQL

Descargue los siguientes archivos en sus computadoras (botn derecho, guardar enlace como
...): Lakes.csv Lakes_Species.csvSpecies_Acro.csv
En Windows: Copie los tres archivos a una carpeta llamada 'opendbwork' en la carpeta C: (por
ejemplo C: \ opendbwork) En Mac o Linux: Copie los tres archivos en una carpeta en tu
camino que te puedes identificar fcilmente (por ejemplo, / home / minombre /
opendbwork).Modificar los siguientes comandos en consecuencia mediante la sustitucin
de "C: / opendbwork" con su camino.
Crear la tabla que contiene la informacin ambiental de cada lago - Lagos

CREAR TABLA lagos (lake_id SERIE PRIMARIA CLAVE, numero INT, lake_name
texto,
provincia de texto, latitud diciembre (10, 5), longitud diciembre (10, 5),
number_of_species INT, ecoprov VARCHAR (50),
ecozone VARCHAR (50), GSS diciembre (10, 2), DEC GSE (10, 2), gsl diciembre (10,
2), gdd10 diciembre (10, 2), egdd diciembre (10, 2),
mean_ele diciembre (10, 2), pe_ann_p diciembre (10, 2), totp_ann diciembre (10,
2), srann_me diciembre (10, 2), shann_me diciembre (10, 2),
tmax_ann diciembre (10, 2), tmean_an diciembre (10, 2), vpann_me diciembre (10,
2));

MySQL
Cargue el archivo CSV en esta tabla

COPIA lagos DE 'C: /opendbwork/Lakes.csv' CON csv CABECERA DELIMITADOR

AS ',';

Si este comando se da un mensaje de error de acceso denegado en Windows

Si este comando se da un mensaje de error de acceso denegado en Mac

MySQL
Crear la tabla que contiene la presencia de especies en cada lagos y carga CSV en l
- lakes_species

CREAR TABLA lakes_species (lake_id INT NOT NULL, species_id varchar ( 25 )

NOT NULL ) ;
COPY lakes_species FROM 'C:/opendbwork/Lakes_Species.csv' WITH csv HEADER
DELIMITER AS ',' ;

MySQL
Para la tercera tabla, podramos utilizar la lnea de comandos con el siguiente:
Comando
Sin embargo, vamos a utilizar LibreOffice en lugar ...

Importacin de una mesa

Abra el archivo Species_Acro.csv con LibreOffice Calc (En Windows, busque

LibreOffice Calc en el men de inicio). Especifica que el archivo est separado por comas
y especifique utf8 como el conjunto de caracteres (codificacin).
Seleccione toda la hoja de trabajo con ctrl-a;
Abra LibreOffice Base e ir a Edicin ... pasta. Llame a la nueva public.species_acro
mesa. Seleccione 'Definicin y datos'. Seleccione para utilizar la primera lnea como
nombres de columna. No cree una clave principal en este punto.
Siga el asistente ... Mueve todas las columnas a la derecha para seleccionarlos. A
continuacin, especifique el formato de datos adecuado (verificar los tipos de atributos en
la tabla) para las otras columnas. Haga clic derecho en la columna llamada 'id_exclusivo "y
seleccione" clave principal ". Ajuste el id_exclusivo como int [int4], FULL_NAME como
texto [varchar] con 200 caracteres y species_id como texto [varchar] con 30 caracteres.

REFERENCIAS
MATEMTICAS Y GROUP BY (de agregacin) Funciones

avg ()

Devolver el valor medio de la discusin

count (DISTINCT)

Devolver el recuento de un nmero de diferentes valores

count ()

Devolver un recuento del nmero de filas devueltas

GROUP_CONCAT ()

Devuelve una cadena concatenada

max ()

Devuelve el valor mximo

min ()

Devuelve el valor mnimo

STD Dev()

Devuelva la desviacin estndar de poblacin

stddev_pop ()

Devuelva la desviacin estndar de poblacin

stddev_samp ()

Devuelva la desviacin estndar de la muestra

sum ()

Volver a la suma

VAR_POP ()

Devuelva la varianza estndar de la poblacin

VAR_SAMP ()

Devuelva la varianza de la muestra

varianza ()

Devuelva la varianza estndar de la poblacin

Lista completa
selecciones condicionales se utilizan en la clusula donde

Igualdad

>

Mas grande que

<

Menos que

>=

Mayor o igual

<=

Menor o igual

<> O! =

No igual a

COMO

Juego de cuerdas

Orden de los operadores en una sentencia SELECT:

Columnas Selecciona de mesas donde las condiciones de unirse a grupo por

columnas TIENEN condicin ORDER BY columnas;

Ejercicio 3 - instruccin SELECT

SELECT 'Bonjour';

SELECT cos (4 * 3);

Seleccione todas las filas de la tabla lagos.

SELECT * DESDE lagos;

En la terminal, cuando haya terminado de navegar por una mesa, pulsa 'q' para volver al
indicador.
Seleccione slo los nombres de lagos y provincia.

SELECT lake_name, provincia DE lagos;

Mostrar todos los nombres de la provincia en la tabla

SELECT DISTINCT provincia de los lagos;

Mostrar todos los nombres de la provincia en la tabla, utilice un alias para la provincia y el
orden por orden alfabtico descendente.

SELECT DISTINCT provincia como "nombre de la provincia" DE lagos ORDEN POR

provincia DESC;

Mostrar el ao de nacimiento de cada actor

SELECT first_name, last_name, EXTRACTO (AO DE birth_date) DE actores;

Mostrar las iniciales de cada actor

SELECT first_name, last_name, concat (substr (first_name, 1, 1), '', substr

(apellidos, 1, 1)) como las iniciales DESDE actores;

Seleccionar todos los lagos de Quebec, donde la temperatura media anual est por debajo de
-5.

SELECT lake_name, tmean_an DE lagos DONDE provincia = 'QUEBEC' Y tmean_an

<- 5;

O simplemente, para contar el nmero de lagos

SELECT count ( * ) FROM lakes WHERE province = 'QUEBEC' AND tmean_an < 5;
or equivalently:
SELECT count ( lake_id ) FROM lakes WHERE province = 'QUEBEC' AND
tmean_an < - 5 ;

Pregunta 1
- Cmo muchos lagos en Columbia Britnica reciben ms de 3000 mm de
precipitacin (totp_ann columna)? ContestarPregunta 2 - Cul es la elevacin media
(columna mean_ele) de todos los lagos de la Montane Cordillera Ecozona (utilizar el operador
avg ()) ? respuesta Nota: el operador% es un comodn utilizado para sustituir el principio o el
final de una cadena. Seleccione todos los nombres de los lagos que contienen la palabra
'Pequeo'

SELECT lake_name DE lagos DONDE lake_name como '% Small%';

Seleccionar todos los nombres de los lagos que contienen la palabra 'Pequeo' y que no se
encuentra en Ontario.

SELECT lake_name, provincia

DE lagos
DONDE lake_name como '% Small%' Y provincia! = 'ONTARIO';

otra posibilidad:
SELECT lake_name, provincia
DE lagos
DONDE lake_name como '% Small%' Y PROVINCIA NO LIKE 'ONTARIO';

Pregunta 3
- Cul es la latitud mxima de todos los lagos Ecozonas con nombres que
comienzan con 'Taiga' respuesta Pregunta 4 - Cuntas especies de Daphnia hay en la mesa
species_acro? Respuesta

Ejercicio 4 - AGRUPACIN
Calcular la temperatura media anual de todos los lagos dentro de cada provincia

SELECT provincia, AVG (tmean_an) como mean_an_t

DE lagos
GRUPO POR provincia;

Misma tabla ordenada por el aumento de las temperaturas

SELECT provincia, AVG (tmean_an) como Mean_AN_T

DE lagos
GRUPO POR provincia ORDEN POR AVG (tmean_an);

Pregunta 5
- Cul provincia tiene el lago con la temperatura mxima ms alta (tmax_ann
columna)? Respuesta

Modificar una declaracin: Dar todas las filas donde el nombre de la provincia incluye NWT el
mismo nombre de la provincia 'NWT' - Cuidado, esto en realidad modifica la tabla!

ACTUALIZACIN lagos
SET provincia = 'NWT'
DONDE provincia como '% NWT%';

Ejercicio 5 - Trabajar con varias tablas

Cuente el nmero de especies en cada lago. Mostrar nombre de lago y el nmero de
especies.

SELECT lake_name, COUNT (DISTINCT species_id) como num_species DE lagos,

lakes_species
DONDE lakes.lake_id = lakes_species.lake_id
GRUPO POR lakes.lake_id
ORDEN POR num_species DESC;

Misma consulta, pero slo mostrar los primeros 20.

SELECT lake_name, COUNT (DISTINCT species_id) como num_species DE lagos,

lakes_species
WHERE lakes.lake_id = lakes_species.lake_id
GROUP BY lakes.lake_id
ORDER BY num_species DESC LIMIT 20 ;

Cuente el nmero de especies en cada Ecozona y Ecoprovince. Mostrar nombre de lago y el

nmero de especies.

SELECT ecozona, ecoprov, COUNT (species_id) como num_species DE lagos,

lakes_species
DONDE lakes.lake_id = lakes_species.lake_id
GRUPO POR ecozona, ecoprov
ORDEN POR ecozona, COUNT (species_id);

Pregunta 6
Generar una tabla que muestra el nombre completo de cada especie de
Daphnia y el nmero de lagos donde esta especie est presente?
Responder

Ejercicio 6 - NETE Operaciones

NETE (innner NETE,
CROSS JOIN)

Mantenga todas las combinaciones posibles de las filas de A

yB

LEFT JOIN

Mantenga todos los registros de la tabla A, se unen con

elementos de B que estn presentes en A

RIGHT JOIN

Mantenga todos los registros de la tabla B, se unen con

elementos de A que estn presentes en B

OUTER JOIN

Mantenga todos los registros de la tabla A y B

Crear una lista de todas las especies que se encuentran en los lagos en Quebec, con los
nombres completos de la especie y el nmero de ocurrencias

SELECT full_name, count ( full_name )

FROM species_acro,lakes_species,lakes
WHERE species_acro.species_id = lakes_species.species_id AND lakes.lake_id =
lakes_species.lake_id AND province = 'QUEBEC'
GROUP BY full_name;

Alternativamente, y de forma equivalente ...

SELECT full_name, count ( full_name )

FROM lakes
LEFT JOIN lakes_species ON ( lakes.lake_id = lakes_species.lake_id )
LEFT JOIN species_acro ON ( species_acro.species_id = lakes_species.species_id )
WHERE province = 'QUEBEC'
GROUP BY full_name;

Para todas las combinaciones posibles de los lagos se encuentra en el lago de los bosques
Ecoprovince, devuelva la diferencia de temperatura media anual

SELECT concat (a.lake_name, '-', b.lake_name) como lagos, a.TMEAN_ANb.TMEAN_AN como temp_diff
DE lagos unos, lagos b
DONDE a.ecoprov = 'Baffin Tierras Altas' Y b.ecoprov = 'Lago de the Woods ';

Ejercicio 7 - Subconsultas
Generar una tabla que contiene la cuenta de la presencia de cada especie en los lagos del
Norte y del Sur del paralelo 50 (latitud).

SELECT a.SPECIES_ID, count_50south, count_50north

DE
(SELECT SPECIES_ID, contar (d.SPECIES_ID) como count_50south DE lagos c,
lakes_species e, f lakes_species DONDE e.lake_id = f.lake_id Y `latitude`> 50
GRUPO POR species_id) b
DONDE a.species_id = b.species_id;

De manera equivalente,

SELECT SPECIES_ID, conteo (d.SPECIES_ID) como count_50south DE lagos c,

lakes_species e, f lakes_species DONDE e.lake_id = f.lake_id Y `latitude`> 50
GRUPO POR species_id;

Pregunta 7 Uso de una subconsulta, encontrar la elevacin media de lagos (columna

MEAN_ELE) donde son especies de Daphnia est presente respuesta

Utilizando el front-end LibreOffice

Base
Creacin de tablas y formularios
Se le da un conjunto de datos en el siguiente formato:

Parcela 1
species_name

dap

estado

comentario

Acer rubrum

12.4

vivo

Acer saccharum

25.3

vivo

Fagus grandifolia

14.1

muerto

Fagus grandifolia

66.0

vivo

Fraxinus americana

30.1

vivo

Quercus rubra

12.4

vivo

Fraxinus americana

64.2

vivo

gran agujero en el tronco

Fraxinus americana

53.1

muerto

desarraigados

Carpinus caroliana

10.3

vivo

corteza enferma

Parcela 2

Le dicen que miles de rboles tendrn que ser ingresados en este camino. Cmo hara
usted para disear un sistema de base de datos y la forma de almacenar esta informacin?
Cree la siguiente tabla en PostgreSQL. A continuacin, puede llenar la tabla con sus valores
haciendo clic en el nombre de la tabla en la base y la introduccin de valores
manualmente. Nombre de la tabla: tree_species

species_id

species_name

nombre ingls

Quercus rubra

Roble rojo

Acer saccharum

El azcar de arce

Acer rubrum

Arce rojo

Fagus grandifolia

Haya americana

Fraxinus americana

ceniza blanca

Carpinus caroliana

Musclewood

Crear esta estructura de la tabla y crear un formulario para llenar en la vista de diseo de
formularios, con un men desplegable (cuadro de lista) para seleccionar los nombres de las
especies y los botones de radio para la salud de los rboles. tree_id es la clave principal. Por
razones tcnicas, asegrese de que se especifica varchar como formato para el campo de
estado. Nombre de la tabla: tree_plots

plot_id

tree_id

species_id

dap

salud

comentario

12.4

vivo

25.3

vivo

14.1

muerto

66.0

vivo

30.1

vivo

40.1

vivo

64.2

vivo

gran agujero en el tronco

53.1

muerto

desarraigados

10.3

vivo

corteza enferma

Uso de Microsoft Access con

PostgreSQL

En Windows, descargar el PostgreSQLODBC controlador e instalarlo en su ordenador.

Crear tablas en PostgreSQL.
En Access, haga clic en los datos externos ... base de datos ODBC y seleccione
"Enlace a la fuente de datos creando una tabla vinculada" y luego elija el nombre de
Nueva DSN. Especifique un nombre para el archivo, y luego llenar la informacin para
conectarse a la base de datos. A continuacin, puede elegir las tablas que desea vincular.

Aquellos tabla a continuacin, se vincula a PostgreSQL y se puede editar entonces

como lo hara con otras tablas de Access.

Conceptos bsicos para la creacin

de formularios web?

Acceder a la presentacin de Prezi aqu

Enlace til

Cdigo Academia Gran sitio web para aprender HTML, CSS, PHP, Javascript, JQuery

u otro.
A partir de PHP y PostgreSQL 8. libro que se puede descargar en formato e-book. Un

poco anticuado.
Principales pasos
1.
2.
3.

Creacin de una interfaz web con cdigo HTML y CSS.

Creacin de una base de datos para aceptar los datos del formulario.
Creacin de cdigo PHP para recibir los datos del formulario y enviarlo a la base de
datos.
4.
Posibilidad de enriquecer la forma con Javascript / jQuery

La instalacin de PHP, PostgreSQL, Apache y

phpPgAdmin
Descargar e instalar el servidor WAPP para verter Windows o para Mac MAPP.
Para Linux:

sudo apt-get install postgresql-9.3 apache2 phpPgAdmin php5 php5-pgsql

Parte 1 - formulario HTML

Principales componentes necesarios para un HTML archivo

<! DOCTYPE html>

<html>
<cabeza>
<Ttulo> Ttulo del documento </ titulo>

</ cabeza>
<cuerpo>
El contenido de la pgina est aqu!
</ Cuerpo>
</ html>

Creacin de un formulario
La forma bsica

<Formulario mtodo = "POST" accin = "phpfile.php">

<input de tipo = "text">
</ formar>

Lista de los tipos de entrada html

Entrada de texto

<Input de tipo = "text" nombre = "name_text">

Men desplegable

<Seleccione el nombre = "nom_select">

<opcin de valor = "1"> Opcin 1 </ opcin>
<opcin de valor = "2"> Opcin 2 </ opcin>
<opcin de valor = "3"> Opcin 3 </ opcin>

</ seleccione>

Casilla de verificacin

<Input de tipo = "checkbox" nombre = "poutine" valor = "oui">

poutine
<input de tipo = "checkbox" nombre = "sushi" valor = "oui">

Me gusta

Me gusta el sushi

<input de tipo = "checkbox" nombre = "poutine_sushis" valor = "oui">

gusta poutine remat con sushi

Me

Los botones de radio

Soy una ...

<input de tipo = "radio" nombre = "gnero" valor = "h">

hombre

<input de tipo = "radio" nombre = "gnero" valor = "f">

Mujer

rea de texto

<Textarea nombre = "text_zone">

</ textarea>

Formulario estilo con CSS

Referencia CSS
En donner peut ONU "id" quel n'importe elemento HTML. Importante: il ne peut y avoir
Identificacin qu'un par nica lment

<Input de tipo = "text" nombre = "nombre de campo" Identificacin = "fieldID">

A continuacin, puede hacer referencia a ella en el encabezado del archivo css con el smbolo
numeral (#)

<Cabeza>
<estilo>
#fieldid {
Ancho: 300px;
altura: 30px;
color rojo;
background-color: # ffff00;
font-family: verdana, arial;
font-size: 14px;
font-weight: bold;
padding: 0px 0px 5px 5px; #top derecha abajo a la izquierda
}
</ Estilo>
</ cabeza>

Tambin podemos dar una clase a cualquier elemento html. Esta clase se puede repetir para
mltiples elementos.

< input type = "text" name = "name_text1" class = "class_text" >

< input type = "text" name = "name_text2" class = "class_text" >
< input type = "text" name = "name_text3" class = "class_text" >

Et en peut faire y rfrence dans l'Entte de estilo css du fichier html avec le punto "." A
continuacin, puede hacer referencia a ella en la seccin de estilo de la cabecera HTML con el
"."

<Cabeza>
<estilo>
.class_text {
Ancho: 300px;
altura: 30px;
color rojo;
background-color: # ffff00;
font-family: verdana, arial;
font-size: 14px;
font-weight: bold;
padding: 0px 0px 5px 5px; #top derecha abajo a la izquierda
}
</ Estilo>
</ cabeza>

Parte 2 - Creacin de la base de datos

asociada
Enlace a phpPgAdmin

Parte 3 - PHP conceptos bsicos del

lenguaje PHP
Todos los comandos php deben estar contenidos dentro

<? php
Cdigo PHP est aqu
?>

Comentarios

<? php
// Los comentarios en una lnea
/*
Seccin Comentarios
*
/?>
<? php
// Creacin de variables
$ mivar = 5;
$ mivar = 'Este es el texto';

// Creacin de un array
$ myarray = array('valor1', 'valor2', 'valor3');

echo $ myarray [0];

// valor1

$ myarray = [];
$ myarray [0] = 'valor1';
$ myarray [1] = 'valor2';

// Creacin de una "clave-valor" array

$ myarray = array('key1'
=> 'key1',
'key2' => 'key2',
'key3' => 'key3',);

echo $ myarray ['key1'];

//
valor1>?

Loops y si / else

<? php

si ($ f == 5) {// Hacer

algo} otro {// Hacer algo

ms}

de ($ i = 0; $ i <10; $ i ++) {echo

'i ='. $ i;}

// i = 0
// i = 1
// ...
// i = 9

foreach ($ myarray como $ mi) {// Hacer algo aqu con mi

$?>

Partie 4 - La insercin en PostgreSQL

a travs de PHP

Funciones de PostgreSQL en PHP

Este archivo PHP es el que se especifica en la parte de "accin" de la etiqueta <form> campo

<? php
// Connexion y seleccin de la base de datos
$ dbconn = pg_connect("host = localhost dbname = usuario de base de datos =
nombre de usuario contrasea = my_password");

// El $ _POST contiene todos los datos del formulario. Cada "clave" en esta matriz
se corresponde con el nombre dado a cada html

// Inserta en el databse
$ consulta = "INSERT INTO (column1, column2) VALUES ma_table ($ element1, $
elemento2)";
$ resultado = pg_query($ consulta);
// Cierre la conexin
pg_close($ dbconn);
echo " formar escrito correctamente en la base de datos | ";?>

Acceder a este diffrents tipos d'lments

// Comprobar cajas
foreach ($ _POST ['casilla'] como $ cheque) {// Faire quelque eligieron ici avec $

cheque}
// Convertir les valeurs en liste spare par des vrgulas
$ cheque = implosin('', $ _POST ['casilla']);

Retrouver des lments dans la base de donnes

// Connexion et Seleccin de la base de donnes

$ dbconn = pg_connect("host = localhost dbname = base_donnees user =
nom_usager password = mot_de_passe");

$ consulta = "SELECT * FROM nom_table";

// Insercin dans la base de donnes
$ resultado = pg_query($ consulta);
mientras que ($ t = pg_fetch_array($ resultado)) {echo
$ t ['prenom']. ' '. $ T [' nom_famille '];}

// Fermer la conexin
pg_close($ dbconn);

Vinculacin de R con PostgreSQL

Desde dentro de R: Slo en el primer uso:
instalar el paquete RMySQL

install.packages ('RPostgreSQL')

Cdigo R

biblioteca (RPostgreSQL)
DRV <- dbDriver ("PostgreSQL")
con <- Conexin BD (DRV, usuario = "su_nombre_de_usuario", password =
"su_contrasea", dbname = "taller");
lagos <- dbGetQuery (en contra, 'SELECT * FROM lagos ");

Trazar algunos datos

lakesqc <- dbGetQuery (en contra, "SELECT * FROM lagos DONDE provincia
= 'QUEBEC'")
hist (lagos $ tmean_an)

http://qcbs.ca/wiki/opendbIntroduccin a la gestin de bases de datos con el software

libre
Taller ofrecido por Guillaume Larocque, la investigacin profesional para SBCC, en la
Universidad de McGill, el 23 y 30 de marzo, de 2015.

Entrega
Enlace a la presentacin Prezi
Enlace a la presentacin simultnea

Recursos

PostgreSQL 9.3 Manual de Referencia

A partir de bases de datos PostgreSQL

PostgreSQL wiki
PGSearch para encontrar sitios web relacionados con PostgreSQL.

Instalacin de PostgreSQL
En Windows y Mac

Visita la pgina web EntrepriseDB y descargar la versin apropiada para su

plataforma. Elija la versin de 64-bit.
Ejecute el archivo y siga los pasos de la instalacin al aceptar las opciones por
defecto.
Cuando se le solicite, elija una contrasea adecuada para el usuario postgres. Anote
esta contrasea.

En Linux / Ubuntu
En un terminal de control, escriba:
sudo apt-get install postgresql-9.3 libreoffice libreoffice-sdbc-postgresql

Es posible que PostgreSQL versin disponible para su distribucin es anterior a la 9.3. En este
caso, instale la versin disponible.
Para otras distribuciones, marque esta pgina.

Instalar LibreOffice

Haga clic, descargar e instalar LibreOffice.

Instalacin de MySQL

PostgreSQL Acceso
En Windows y Mac:

Encuentra PostgreSQL 9.3 en el men Inicio / Buscador y haga clic en "shell SQL
(psql)"
Acepte la configuracin predeterminada e introduzca la contrasea adecuada

Linux escriba simplemente:

psql

en un terminal.
Si no funciona en Mac o Linux ...
Otras instrucciones en Linux ...

Grupo de Discusin
Haga clic aqu para descargar el conjunto de datos (hoja de clculo formato de LibreOffice
Calc)

Ejercicios de PostgreSQL
Crear una nueva base de datos:
Si lo desea, puede crear un nombre de usuario distinto de 'postgres'. Para ello, escriba el
comando siguiente en psql, reemplazando nom_usager y la contrasea con los valores
seleccionados.
CREAR USUARIO su_nombre_de_usuario CON SUPERUSER CONTRASEA
'su_contrasea';

Crear un taller de base de datos '

CREAR BASE DE DATOS taller;

Conectarse a esta base de datos

\ Taller c

Consulte la lista de bases de datos disponibles:

\L

Ver la lista de tablas:

\D+

Ver las columnas en una tabla

\ D nombretabla

Listar Todos los Usuarios

\ La

Salir Postgresql
\Q

Conecte PSQL y Oficina Libre

Open Office Base y gratuito seleccione "Nueva base de datos ...".

Conectarse a una existencia basada> PostgreSQL
Para la direccin URL del origen de datos, escriba:

dbname = taller hostaddr = 127.0.0.1 Puerto = 5432

Haga clic en Siguiente y escriba el nombre de usuario y seleccione 'contrasea

necesaria'. A continuacin, puede hacer clic en "Probar conexin" para comprobar que
funciona.
A continuacin, puede guardar la informacin de conexin a la base de datos en un
archivo en su ordenador, por lo que fcilmente puede volver a abrir la base de datos a
partir de entonces.

Declaraciones crear e insertar - Ejercicio 1

Formatos de las columnas ms comunes

funcin

descripcin

ejemplo

int

entero

decimal (,)

decimal (longitud total, el nmero de

decimales)

122.52

varchar ()

de caracteres (longitud mxima)

'Swallow'

texto

texto de una longitud no definida

"rase una vez ... un

trago '

marca de
tiempo

Fecha y hora

'10/21/2012
10:03:21 "

Lista completa de tipo de datos PostgreSQL.

Crear una tabla
CREAR TABLA obs_oiseaux (obs_id SERIE PRIMARIA CLAVE,
obs_time marca de tiempo, las especies de texto, nmero entero, lat reales, "de
largo" real);

Nota: utilizamos comillas "" para marcar el uso de una palabra reservada, una palabra con
caracteres especiales o espacios en el nombre de una tabla o columna.
Inserte una nueva fila en la tabla
INSERTAR EN obs_oiseaux (obs_time, especie, nmero, lat, "largo") VALUES
('2012-06-19 12:31:16', 'Sturnus vulgaris, 40, 45,3522 - 73,7930);

Tenga en cuenta que no hemos entrado en el campo desde obs_id introduce automticamente
el tipo de SERIAL carcter como se especifica al crear la tabla.
Para ver la tabla
SELECT * FROM obs_oiseaux;

Pregunta 1
PostgreSQL.

Reproduzca la mesa de al lado en PostgreSQL, nombre el 'Actor' y ver all en

Nomb
re

FAMILY_NA
ME

Fecha_Nacim
iento

se
xo

grand
eza

marque_distinctive

Bruce

Willis

03/19/1955

1.81

Juega con frecuencia

los hombres que
sufren una tragedia,
perdi algo, o tiene
una crisis de
confianza o de la
conciencia.

Emma

Watson

04/15/1990

1.65

Reproduce personajes
literarios a menudo.

Nota: al introducir texto, debe duplicar el 'en el texto (' ') para evitar PostgreSQL utiliza
como marcador de la final de la entrada de texto.

Ejercicio 2 - Importar datos en PostgreSQL

Descargue los siguientes archivos al ordenador (utilice el botn derecho para hacer clic en el
enlace de abajo ... sauvergarder). Lakes.csvLakes_Species.csv Species_Acro.csv
En Windows: Copie estos tres archivos en una carpeta llamada 'bdlibre' en el directorio C: (por
ejemplo C: \ bdlibre). En Mac o Linux: Copie estos tres archivos a una carpeta de fcil acceso
(por ejemplo, / home / votrenome / bdlibre). Cambie las clases bajas, reemplazando "C: /
bdlibre" con la ruta a esa carpeta.
Crear una tabla que contiene la informacin ambiental de cada lago. - Lagos.
CREAR TABLA lagos (lake_id SERIE PRIMARIA CLAVE, nmero INT, lake_name
texto,
Provincia de texto, latitud diciembre (10, 5), la longitud diciembre (10, 5),
number_of_species INT, varchar ecoprov (50),
ecozone varchar (50), GSS diciembre (10, 2), GSE en diciembre (10, 2), gsl
diciembre (10, 2), gdd10 diciembre (10, 2), EGDD diciembre (10, 2),

mean_ele diciembre (10, 2), pe_ann_p diciembre (10, 2), totp_ann diciembre (10,
2), srann_me diciembre (10, 2), shann_me diciembre (10, 2),
tmax_ann diciembre (10, 2), tmean_an diciembre (10, 2), vpann_me diciembre (10,
2));

MySQL
Cargue el archivo CSV en la tabla.
COPIA lagos DE 'C: /bdlibre/Lakes.csv' CON CSV CABECERA DELIMITADOR AS '';

Si este comando le da un mensaje de "acceso denegado" en Windows

Si este comando le da "acceso denegado" un mensaje de error en Mac y Linux
MySQL
Cree la tabla meramente especies presencias para cada lago y cargar el archivo CSV en este
table.- lakes_species
CREAR TABLA lakes_species (lake_id INT NOT NULL, varchar species_id (25) NOT
NULL); COPIA lakes_species DE 'C: /bdlibre/Lakes_Species.csv' CON CSV
CABECERA DELIMITADOR AS '';

MySQL
Para la tercera tabla, podramos utilizar este comando:
Solicitar
Por contra, vamos a utilizar LibreOffice para familiarizarse con la interfaz.

Importacin de datos en LibreOffice Base, LibreOffice Calc utilizando

Importacin de una mesa

Abra el archivo con LibreOffice Calc Species_Acro.csv (En Windows, busque

LibreOffice Calc en el men de inicio). Especifique el archivo est separado por comas.

Seleccione toda la hoja de clculo con CTRL-A.

Abra LibreOffice Base e ir a Edicin ... pasta. Nombre de la tabla
"public.species_acro". Elija utilizar los nombres de columna como encabezados de la
tabla. No especifique la clave principal por ahora.
Siga los pasos ... Mover columnas de la derecha. A continuacin, especificar el
formato de datos (comprobar el formato de los datos en el archivo .csv). Haga clic en el
botn derecho del ratn en la columna 'id_exclusivo "y seleccione" clave principal
". Especifique int [int4] para UNIQUE_ID, texto [varchar] FULL_NAME y 200 caracteres
para el texto [varchar], 30 caracteres para species_id.

REFERENCIAS
Funciones matemticas y agregacin (GROUP BY)

AVG ()

El promedio

COUNT (DISTINCT
COLUMNA)

El nmero de entradas distintas en una

columna

COUNT ()

El nmero de filas

GROUP_CONCAT ()

La concatenacin de mltiples entradas de

texto

MAX ()

El valor mximo

MIN ()

Valor mnimo

STDDEV_POP ()

La desviacin estndar de la poblacin

STDDEV_SAMP ()

Desviacin estndar de la muestra

SUM ()

Sum

VAR_POP ()

Varianza de la poblacin

VAR_SAMP ()

Varianza de la muestra

Lista completa
seleccin condicional para su uso en una clusula 'WHERE'

Igualdad

>

Mayor que

<

Menos

>=

Mayor o igual

<=

Menor o igual

<> O!
=

No la igualdad

COMO

Solicitud de equivalencia de las entradas de texto (cadena

coincidente)

Orden de las operaciones en una consulta SELECT:

Columnas SELECT FROM tabla WHERE condicin de unin GROUP BY HAVING
condicin ORDER BY columnas columnas;

Ejercicio 3 - SELECT
Show 'Hola'
SELECT 'Hola';

Los clculos matemticos

SELECT cos (4 * 3);

Seleccione todas las filas de los Lagos de mesa

SELECT * DESDE lagos;

Seleccione todas las filas, pero slo muestra los nombres de los lagos y la provincia

SELECT lake_name, provincia DE lagos;

Ver todos los diferentes nombres de las provincias

SELECT DISTINCT provincia de los lagos;

Ver todos los nombres de las provincias, el uso de alias (cambiar el nombre de esta columna
en los resultados) y clasificar por orden de Nombre descendente.
SELECT DISTINCT provincia tiene "nombre de la provincia" DE lagos ORDEN POR
provincia DESC;

Ver el ao de nacimiento de cada actor

SELECT first_name, last_name, EXTRACTO (ao de Fecha_Nacimiento) DESDE el
actor;

Ver las iniciales de cada actor

SELECT first_name, last_name, concat (substr (first_name, 1, 1), '', substr
(FAMILY_NAME, 1, 1)) como inicial DESDE el actor;

Seleccionar todo desde lagos Quebec Cuando la temperatura media anual es inferior a
-5. Seleccionar todos los lagos de Quebec, donde la temperatura media anual es baja de -5 C.
SELECT lake_name, tmean_an DE lagos DONDE Provincia = 'QUEBEC' Y tmean_an
<- 5;

O bien, cuente el nmero de lago

SELECT count (*) DE lagos DONDE Provincia = 'QUEBEC' Y tmean_an <- 5;
Otra alternativa:
SELECT count (lake_id) DE lagos DONDE Provincia = 'QUEBEC' Y tmean_an <- 5;

Pregunta 1
- Cuntas lagos en la Columbia Britnica recibir ms de 3000 mm de
precipitacin (columna totp_ann)?
responder
Pregunta 2
- Cul es la altitud media (columna mean_ele) de todos los lagos de la
ecozona 'Montane Cordillera' (utilizar la funcin avg ())?
responder

Nota:. El smbolo% se utiliza para sustituir el principio o el final de una entrada de texto
Seleccione todos los nombres de lagos que contienen la palabra 'Pequeo'
SELECT lake_name DE lagos DONDE lake_name como '% Pequeo%';

Seleccionar todos los nombres de lagos que contienen la palabra 'Pequeo', y que no se
encuentran en Ontario
SELECT lake_name, provincia
DE lagos
DONDE lake_name como '% Small%' Y provincia! = 'ONTARIO';
Otra posibilidad:
SELECT lake_name, provincia
DE lagos
DONDE lake_name como '% Small%' Y PROVINCIA NO DESEA ONTARIO ';

Pregunta 3
- Cul es la latitud mxima de todos los lagos de la ecozona cuyo nombre
comienza con "Taiga"
responder
Pregunta 4
responder

- Cuntos son especies Daphnia enumerados en el species_acro mesa?

Ejercicio 4 - CONSOLIDACIN
Calcular la temperatura media anual de todos los lagos en cada provincia
SELECT provincia avg (tmean_an) han mean_an_t
DE lagos
GRUPO POR provincia;

Incluso mesa, pero ordenada por orden de aumento de las temperaturas

SELECT provincia avg (tmean_an) han mean_an_t
DE lagos
GRUPO POR provincia ORDEN POR promedio (tmean_an);

Pregunta 5
alto?

- Cul provincia tiene el lago con la temperatura mxima (tmax_ann) el ms

responder
Comando de la "actualizacin"
Cambie todos los nombres que contengan provincia 'NWT', por lo que tienen el mismo nombre
('NWT'). - Ten cuidado, esta operacin modifica la tabla!
ACTUALIZACIN lagos
SET provincia = 'NWT'
DONDE provincia como '% NWT%';

Ejercicio 5 - Trabajar con varias tablas

Cuente el nmero de especies en cada lago. Ver el nombre del lago y el nmero de caso.

SELECT lake_name, COUNT (DISTINCT species_id) tienen num_species DE lagos,

lakes_species
DONDE lakes.lake_ID = lakes_species.lake_id
GRUPO POR lakes.lake_id
ORDEN POR num_species DESC;

Misma consulta, pero limitar la visualizacin de las primeras 20 entradas.

SELECT lake_name, COUNT (DISTINCT species_id) tiene num_species DE lagos,
lakes_species
WHERE lakes.lake_ID = lakes_species.lake_id
GROUP BY lakes.lake_id
ORDER BY Num_Species DESC LIMIT 20 ;

Cuente el nmero de especies en cada ecozona y Ecoprovince. Ver el nombre del lago y el
nmero de caso.
SELECT ecozona, ecoprov, COUNT (species_id) tiene num_species DE lagos,
lakes_species
DONDE lakes.lake_id = lakes_species.lake_id
GRUPO POR ecozona, ecoprov
ORDEN POR ecozona, COUNT (species_id);

Pregunta 6
Generar una tabla que muestra el nombre completo de cada especie de
Daphnia y el nmero de lagos donde se encuentra esta especie.
Responder

Ejercicio 6 - Une Operaciones (JOIN)

NETE (innner
NETE, CROSS
JOIN)

Mantenga todas las combinaciones posibles de las filas de

las tablas A y B.

LEFT JOIN

Mantenga todas las entradas en la tabla A, B y terminar con

las entradas que se encuentran tambin en un (a travs de
un identificador de las articulaciones).

RIGHT JOIN

Mantenga todas las entradas de la Tabla B, y adjuntar

entradas Avce de A tambin se encuentran en B (a travs
de un identificador de las articulaciones).

OUTER JOIN

Guarde todas las tablas de entradas A y B

Crear una lista de todas las especies en los lagos de Quebec, con los nombres completos de
las especies y el nmero de lagos en los que operan.
SELECT full_name, count ( full_name )
FROM species_acro,lakes_species,lakes
WHERE species_acro.species_id = lakes_species.species_id AND lakes.lake_id =
lakes_species.lake_id AND province = 'QUEBEC'
GROUP BY full_name;

De manera equivalente ...

SELECT full_name, count ( full_name )
FROM lakes
LEFT JOIN lakes_species ON ( lakes.lake_id = lakes_species.lake_id )
LEFT JOIN species_acro ON ( species_acro.species_id = lakes_species.species_id )
WHERE province = 'QUEBEC'

GROUP BY full_name;

Para todas las combinaciones posibles de los lagos ubicados en el Baffin altiplanicies
Ecoprovince, calcular la diferencia entre sus temperaturas medias anuales.
SELECT concat (a.lake_name, '-', b.lake_name) como lagos, a.tmean_anb.tmean_an han temp_diff
DE lagos a, b lagos
DONDE a.ecoprov = Baffin Tierras Altas 'Y b.ecoprov = Baffin Tierras Altas ';

Ejercicio 7 - Subconsultas (subconsultas)

Crear una tabla que contiene la frecuencia de cada especie en los lagos al sur y al norte del
paralelo 50 (latitud).
SELECT a.species_id, count_50south, count_50north
DE
(SELECT species_id, contar (d.species_id) tienen count_50south DE lagos c
lakes_species e, f lakes_species DONDE e.lake_id = f.lake_id Y latitud> 50 GRUPO
POR species_id) b
DONDE a.species_id = b.species_id;

Pregunta 7 Uso de una subconsulta, encontrar la elevacin media (MEAN_ELE columna)

lagos en los que al menos una especie de Daphnia estn presentes. Respuesta

Mediante la interfaz de LibreOffice Base

Crear tablas y formularios
Se le da una serie de datos en el siguiente formato

Parcela 1

Especies

DHP

Condicin

Comentarios

Acer rubrum

12.4

viviente

Acer saccharum

25.3

viviente

Fagus grandifolia

14.1

viviente

Fagus grandifolia

66.0

muerto

Fraxinus americana

30.1

viviente

Quercus rubra

12.4

viviente

Fraxinus americana

64.2

viviente

gran agujero en el tronco

Fraxinus americana

53.1

muerto

desarraigados

Carpinus caroliana

10.3

viviente

Corteza daada

Parcela 2

Miles ms rboles se dice que se le ha introducido. Cmo se construye una base de datos
para almacenar esta informacin?
Siga estos pasos para crear la forma bsica en LibreOffice

Uso de Microsoft Access con PostgreSQL

En Windows, descargue el controlador PostgreSQLODBC e instalarlo en su ordenador.

Crear tablas en PostgreSQL.
En Access, haga clic en "datos externos ... de bases de datos ODBC" y luego
seleccione "Enlace a la fuente de datos Creacin de una tabla vinculada por" y elegir un
nuevo nombre DSN. Especifique un nombre para el archivo y la informacin completa para
conectarse a la base de datos. El servidor es localhost si la base de datos est en su
propia computadora. A continuacin, puede elegir las tablas que desea vincular.
Estas tablas se enlazan con PostgreSQL y se puede cambiar de Access o a travs del
formulario de acceso.

Creacin de formularios para la Web

Acceder a la presentacin de Prezi aqu.

Presentacin simultnea.

Enlaces tiles

Cdigo Academia impresionante sitio web para aprender HTML, CSS, PHP, Javascript,
jQuery o de otra manera.
A partir de PHP y PostgreSQL 8. libro descargable e-book. Un poco viejo.

Principales pasos
1.
2.
3.

Creacin de una interfaz web con el HTML y CSS.

Creacin de una base de datos para almacenar los datos del formulario.
Creacin de un cdigo PHP que recibir los datos del formulario y se los envan a la
base de datos.
4.
El enriquecimiento puede formar Javascript / jQuery

Instalacin de PHP, PostgreSQL, Apache y phpPgAdmin

Descargar e instalar el servidor WAPP para Windows, para Mac o MAPP.
Para Linux:
sudo apt-get install php5 postgresql-9.3 apache2 php5-pgsql phpPgAdmin

Parte 1 - Formulario HTML

Componentes necesarios para un archivo HTML
<! DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title> Ttulo del documento </ title>
</ head>
<body>

El contenido del archivo ya est aqu!

</ Body>
</ html>

Creacin de un formulario
La forma bsica
<Forma mtodo = "POST" Accin = "fichierphp.php">
<-input type = "text">
</ form>

Lista de tipos de entrada de html

Entrada de texto
<Tipo de entrada = "text" nombre = "nom_texte">

Men desplegable
<Seleccionar nombre = "nom_select">
<option valor = "1"> Opcin 1 </ option>
<option valor = "2"> Opcin 2 </ option>
<option valor = "3"> Opcin 3 </ option>
</ select>

Casilla de verificacin

<Tipo de entrada = "checkbox" nombre = "poutine" valor = "yes">

poutine
<-input type = "checkbox" nombre = "sushi" valor = "yes">

Me encanta

Me encanta el sushi

<input Tipo = "casilla" nombre = "poutine_sushis" valor = "yes">

sushi poutine

Me encanta el

Radio Botones de presin

Yo un(e)
< input type = "radio" name = "nom_radio" value = "h" > Homme
< input type = "radio" name = "nom_radio" value = "f" > Femme

rea de texto
<Textarea nombre = "zone_texte">
</ textarea>

Styling con CSS

CSS Referencia
Podemos dar un "id" a cualquier elemento html. Importante: Slo puede haber un elemento de
identificacin
<Tipo de entrada = "text" nombre = "nom_texte" Identificacin = "nom_texte">

Y se puede hacer referencia en el encabezado del archivo css html con el hash "#"
<Head>
<style>

{#nom_texte
Ancho: 300px;
altura: 30px;
color: red;
background-color: # ffff00;
font-family: Verdana, Arial;
font-size: 14px;
font-weight: bold;
padding: 0px 5px 5px 0px; #top derecha abajo a la izquierda
}
</ Style>
</ head>

Tambin se puede dar una "clase" a cualquier elemento html. Esta clase se puede repetir por
varios elementos
< input type = "text" name = "nom_texte1" class = "classe_texte" >
< input type = "text" name = "nom_texte2" class = "classe_texte" >
< input type = "text" name = "nom_texte3" class = "classe_texte" >

Y se puede hacer referencia en el encabezado del archivo css html con el punto "."
<Head>
<style>

{.classe_texte
Ancho: 300px;
altura: 30px;
color: red;
background-color: # ffff00;
font-family: Verdana, Arial;
font-size: 14px;
font-weight: bold;
padding: 0px 5px 5px 0px; #top derecha abajo a la izquierda
}
</ Style>
</ head>

Parte 2 - Crear la base de datos asociada

Enlace phpPgAdmin

Parte 3 - Conceptos bsicos de PHP

Todos los archivos deben empezar con:
<? Php
cdigo PHP aqu.?>

Comentarios

<? Php
// comentario en una lnea
/*
Seccin comentarios
*
/?>
<? Php
// Crear las variables
$ mivar = 5;
$ mivar = 'Este es el texto ";

// Crear una matriz

$ myarray = array('valor1', 'valor2', 'valor3');

echo $ myarray [0];

// valor1

$ Myarray = [];
$ myarray [0] = 'valor1';
$ myarray [1] = 'valor2';

// Crear una matriz "clave-valor"

$ myarray = array('key1'
=> 'valor1',
'key2' => 'valor2',
'Key3' => 'valor3',);

echo $ myarray ['key1'];

//
valor1>?

Loops y si / else
<? Php
si ($ f == 5) {// hacer

algo} otro {// Hacer algo

else}

de ($ i = 0; $ i <10; $ i ++) {echo

'i ='. $ i;}

// i = 0
// i = 1
// ...
// i = 9

foreach ($ myarray como $ mi) {// hacer algo con mi

$?>

Parte 4 - Introducir en PostgreSQL a travs de PHP

Funciones de PostgreSQL en PHP
Este archivo PHP es que se especifica en el formulario html "ACCIN".
<? Php
// Conexin y seleccionando la base de datos
$ dbconn = pg_connect("host = localhost dbname = nombre_base_datos user =
contrasea nom_usager = contrasea");

// El array $ _POST contiene todos los datos del formulario. Cada "clave" de esta
matriz es el nombre dado a cada tipo de entradas

// La insercin en la base de datos

de consulta $ = "INSERT INTO mitabla (column1, column2) VALUES ($ element1, $
elemento2)";
$ resultado = pg_query($ consulta);
// Cerrar la conexin
pg_close($ dbconn);
echo "Formulario entr con xito en la base de datos!";?>

Varios tipos de acceso de los artculos

// Comprobar cajas
foreach ($ _POST ['casilla'] como $ cheque) {// Hacer algo aqu con $

cheque}
// Convertir la lista de valores separados por comas
$ cheque = implosin('', $ _POST ['casilla']);

Encuentra elementos en la base de datos

// Connect y seleccione la base de datos

$ dbconn = pg_connect("host = localhost dbname = nombre_base_datos user =
contrasea nom_usager = contrasea");

$ Consulta = "SELECT * FROM nombretabla";

// insertar en la base de datos
$ result = pg_query($ consulta);
mientras que ($ t = pg_fetch_array($ resultado)) {echo
$ t. ['Nombre'] ' '. $ T [' apellidos '];}

// Cerrar la conexin
pg_close($ dbconn);

Vincular R PostgreSQL
En R: en el primer uso solamente:
| Instale el paquete RMySQL

instalar. paquetes('RPostgreSQL')

| Cdigo R

biblioteca (RPostgreSQL)
DRV <- dbDriver ("PostgreSQL")

con <- Conexin BD (DRV, usuario = "su_nombre_de_usuario", password =

"su_contrasea", dbname = "taller");
lagos <- dbGetQuery (con, 'SELECT * FROM lagos ");

Asegrese de cambiar el nombre de usuario y la contrasea si es necesario.

Generar un grfico de los datos extrados

lakesqc <- dbGetQuery (en contra, "SELECT * FROM DONDE provincia lagos
=" QUEBEC ")
hist (lagos tmean_an $)

http://qcbs.ca/wiki/bdlibreIntroduccin a la geoestadstica con R

Guillaume Larocque - Universit Laval, 26 de febrero 2014

Entrega
Presentacin sobre Prezi
Presentacin simultnea

Recursos

Anlisis espacial Aplicada de datos con R, Bivand, Pebesma y Gmez-Rubio. - Buena

visin general de las herramientas de anlisis espacial en I y un buen captulo sobre
geoestadstica.
Geoestadstica para la Evaluacin de los Recursos Naturales, Pierre Goovaerts. - Muy
buen libro para un conocimiento profundo de la geoestadstica.
Pgina web gstat.
Gstat Paquete - Paquete gstat utiliza para el taller.
Paquete Geor - Otro paquete de geoestadstica para R.
Georges Matheron - La teora de las variables regionalizadas y sus aplicaciones
(PDF). - Texto original que describe los conceptos bsicos de la geoestadstica.
Anlisis espacial bajo R - Preparado por Nicolas Casajus para un curso ofrecido en la
UQAR en invierno de 2013.

Cdigo R

Haga clic aqu para descargar el archivo zip que contiene los scripts y otros archivos que se
utilizar en el taller. Por favor extraer este archivo en una carpeta accesible en el equipo.

Cmo crear una mscara en QGIS

Escanear un polgono que define los lmites de su rea de estudio
Puede escanear el permetro de su rea de estudio a partir de una capa de Google Satellite
siguiendo estos pasos:
1.
2.
3.

QGIS Abrir.
Activar el plugin OpenLayers 'en las extensiones.
Aadir una capa de 'Google Satellite' OpenLayers utilizando la extensin (>
Extensiones> OpenLayers). Tenga en cuenta que el SCR es ahora el lienzo 'Google
Mercator (WGS 84 / Pseudo Mercator). Mover esta capa debajo de la tela haciendo clic y
arrastrando el nombre de la capa en la tabla de capas de izquierda. Si usted tiene otras
capas vectoriales o raster pueden ayudarle a definir los lmites del rea de estudio, aadir
a la lona Ao clic sobre los iconos adecuados (vector o capa raster ADD).
4.
Explore el rea de la definicin de su rea de estudio. Primero debe aadir una nueva
capa de texto polgono shapefile bajo Capa> Nueva> Nueva capa shapefile. Establecer el
sistema de referencia adecuado en funcin de la escala de sus datos y dar al archivo un
shapefile nombre apropiado. Siempre es mejor trabajar con un sistema de referencia con
unidades en metros UTM, MTM y Lambert, y no como grados de latitud / longitud. Activar
el modo de edicin (> Capa> Activar modo de edicin) y escanear el polgono haciendo
clic en el icono
y especificar "1" como un identificador (ID).
Convertir la trama polgono
1.

Encuentra la funcin Rasterizar en Raster> Conversin. Especificar archivo de

polgono que acaba de crear en el paso anterior que el archivo de entrada y especifique
un nombre de archivo con una extensin de archivo .tif como saliente. Elija 'resolucin
expresada en unidades de la tarjeta por pxel'. A continuacin, especifique el tamao
deseado de cada pxel en el mapa en unidades del sistema de referencia del archivo de
polgono de entrada. Por ejemplo, si el archivo polgono es en coordenadas UTM, esta
resolucin es en metros. Asegrese de elegir una solucin razonable que le permite
obtener un archivo raster con un nmero manejable de pxeles (par.ex. pocos cientos de
filas y columnas, mximo desde 2000 hasta 3000). Por ejemplo, si su rea de estudio est
a unos 2 km x 3 kilometros, puede especificar 5 (metros) como la resolucin con el fin de
tener un archivo raster de 400 pxeles x 600 pxeles.
2.
Ahora archivo tif se guarda en el ordenador. En el rea de estudio, todos los pxeles
tienen un valor de 1, mientras que los pxeles en el exterior tienen un valor de 0.
Importe la mscara en I
1.

Ahora puede importar la mscara en I:

mscara <-readGDAL (file.choose ())

y seleccione el archivo raster en formato tif.

Entonces usted puede
@ Datos de mscara [@ mscara == datos 0] = NA

cambiar todos los ceros en los valores de NA (cero).

Su mscara es ahora listo para usar!

http://qcbs.ca/wiki/geostatsIntroduccin a la geoestadstica con R

Guillaume Larocque, 10 de noviembre de 2014. Universidad McGill

Entrega
Presentacin Prezi
Presentacin simultnea
Versin PDF

Ressources
Libros

Anlisis de datos espaciales Aplicada con R, Bivand, Pebesma et Gmez Rubio. -

Proporciona una buena visin general de las herramientas de estadstica espacial en R.

Contiene un buen captulo sobre geoestadstica.
Geoestadstica para la Evaluacin de los Recursos Naturales, Pierre Goovaerts. - Muy

buen libro, que provices una cobertura ms a fondo de la teora geoestadstica.

Una gua prctica para Cartografa Geoestadstica de variables ambientales (PDF)
Georges Matheron - La teora de las variables regionalizadas y su aplicacin (PDF). -

Texto original estbalishing los fundamentos bsicos de la geoestadstica.

Anlisis Espaciales sous R - Documento prpar par Nicolas Casajus verter cours

ONU offert l'UQAR l'hiver 2013.

Documentos de inters

Herramientas geoestadsticas para Modelado e Interpretacin Ecolgica Territorial de

Dependencia

SIG y geoestadstica: socios esenciales para el anlisis espacial

Autocorrelacin espacial y las pruebas estadsticas en ecologa
Covarianza espacial en las comunidades de plantas: la ordenacin intergrating,
geoestadstica y pruebas de varianza

Anlisis corregionalizacin con una deriva para la evaluacin multi-escala de las

relaciones espaciales entre las variables ecolgicas
Paquetes R

Pgina web gstat.

Paquete gstat - paquete gstat R.

Geor paquete de Geor - Otro paquete de geoestadstica en R.

El software educativo
EZ-Kriging software Pequeo de Windows que facilita la comprensin de las ecuaciones
kriging.

Cdigo R
Haga clic aqu para descargar el archivo zip que contiene los scripts y los conjuntos de datos
que se utilizarn durante el taller.
Por favor, extraer este archivo zip en una carpeta de fcil acceso en el equipo.

Cmo crear una mscara en QGIS

Digitalizar un polgono que define el lmite de su sitio de estudio
Puede digitalizar los lmites de su sitio de estudio a partir de una capa de Google Satellite
siguiendo los siguientes pasos:
1.
2.
3.

QGIS Abrir.
Active el 'OpenLayers Plugin "en la lista de extensiones
Aadir una capa de Google satlite utilizando la extensin OpenLayers (Web /
OpenLayers Plugin).
4.
Tenga en cuenta que el CRS del lienzo es ahora 'Google Mercator' (WGS 84 /
mercator Pseudo).
5.
Si tiene otra capa vectorial que puede ayudarle a definir los lmites de su rea de
estudio, se puede aadir a la lona haciendo clic en el icono "aadir capa vectorial.
6.
Digitalizar la zona de la definicin de su rea de estudio. Primero tiene que aadir una
nueva capa shapefile de polgonos bajo Capa> Nueva capa> Nuevo
Shapefile. Especifique los CRS adecuadas en funcin de la extensin de su rea de
estudio y especificar un nombre para la capa. Siempre es preferible trabajar con un
sistema de referencia que utiliza metros como unidades, tales como UTM (medio punto),

MTM (pequea medida, en Quebec) o Lambert (en gran medida). Abstenerse de utilizar un
sistema de latitud / longitud.
7.
Activar Editar mote (Capa> Activar la edicin) y digitalizar el polgono (s) haciendo clic
en el icono
y especificar "1" como ID.
Convertir el polgono a formato raster
1.

Encuentra la funcin Rasterizar bajo Raster> Conversin. Especifique el polgono que

acaba de crear como la capa de entrada, y elegir un nombre de archivo con la extensin
.tif que el archivo de salida. Elija "resolucin de la trama en unidades de mapa por pxel
'. A continuacin, deber elegir una resolucin en unidades del sistema de referencia
utilizado para el polgono de entrada. Por ejemplo, si ha especificado UTM como el CRS
del polgono, la resolucin se especifica en metros. Elija una resolucin que dar lugar a
una trama con un tamao manejable, con un mximo de unos pocos cientos de lneas y
columnas (hasta 2000-3000max). Por ejemplo, si su rea de estudio est a 2 km por 3 km,
se puede especificar 5 m. como la resolucin, que dar lugar a una trama de 400 pxeles
por 600 pxeles.
2.
Despus de haber hecho clic en Aceptar, esta trama se guardar en su computadora
como un archivo .tif. Todos los pxeles dentro de la zona de estudio tendrn un valor de 1,
y los pxeles fuera tendrn un valor de 0.
Importe la mscara en I
1.

Ahora puede importar la mscara en I:

mscara <-readGDAL (file.choose ())

y seleccione el archivo .tif trama.

Entonces, usted puede hacer
@ enmascarar los datos [mscara @ datos == 0] = NA

para cambiar todos los valores de cero a NA (valores nulos).

Su mscara es ahora listo para usar!

http://qcbs.ca/wiki/geostatisticsPasos bsicos para la construccin de un

rbol filogentico
Un taller SBCC dada por Annie Archambault, a los estudiantes e investigadores SBCC
Inscrbete en esta pgina del sitio web SBCC.

Sobre el taller
El pblico objetivo son los investigadores y estudiantes que tendrn que construir un
rbol filogentico para sus prximos proyectos, pero que no s muy bien qu programa o
qu parmetro a utilizar.

El taller tendr lugar el lunes 16 de septiembre 2013, 1:00 PM a 4: PM. El segundo

da, 17 de septiembre de 9:30 AM a 12:30 AM.

La sala de informtica se encuentra en la Universidad Laval, Local 3434-E, Pavillon

Paul Comtois

Las diapositivas estn en Ingls, pero la presentacin ser en francs.

Ningn alimento o bebida se permite en el aula de informtica.

Para utilizar su propio ordenador

Estudiantes de la UdeM, UQAM y Concordia sern capaces de conectarse a Internet a

travs de Eduroam, con su conexin universidad de costumbre.

Si usted planea usar su propio ordenador, slo tiene que descargar los siguientes
programas

JalView con el lanzamiento JalViewD de escritorio que utiliza Java Web

Start; o BioEdit; o SuiteMSAhttp://bioinfolab.unl.edu/~canderson/SuiteMSA/

JModelTest2 https://code.google.com/p/jmodeltest2/

ClustalX http://www.clustal.org/download/current/

Muscle http://www.drive5.com/muscle/

Sate http://phylo.bio.ku.edu/software/sate/sate.html (usar la versin de lnea de

comandos)

PRANK http://code.google.com/p/prank-msa/

FSA http://sourceforge.net/projects/fsa/

MEGA 5,2 http://www.megasoftware.net/

RaxML GUI http://sourceforge.net/projects/raxmlgui/files/?source=navbar

Garli https://code.google.com/p/garli/

BESTIA http://beast2.cs.auckland.ac.nz/index.php/Main_Page

FIGTREE http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/
Gua para instalar los programas

He sido capaz de instalar los siguientes programas en un Mac OS X 10.6.8 (64 bits). No he
probado ningn otro sistema operativo. Usted encontrar aqu las rdenes exactas que us,
pero cada usuario es bienvenido a modificarlas en funcin de su sistema operativo.
JalView Waterhouse, AM, et al. 2009. Jalview Versin 2 - un editor de alineacin de
secuencias y anlisis de banco de trabajo mltiple.Bioinformtica. 25: 1189/91
Este programa aqu simplemente se utiliza para ver una secuencia de alineacin creado por
otros programas de lnea de comandos.
Haga clic en la "Launch Jalview Desktop" esquina superior derecha y haga clic en "Abrir con
Java Web Start". Permite que la aplicacin acceder a su ordenador.

Cierre las ventanas de ejemplo que se muestran. Haga clic en Archivo / Entrada de
alineacin / Desde archivo.
ClustalX Larkin, MA, G. Blackshields, NP Brown, R. Chenna, PA McGettigan, H. McWilliam, F.
Valentin, et al. 2007. Clustal W y Clustal X versin 2.0. Bioinformtica. 23: 2947-2948
En http://www.clustal.org/, siga los enlaces a ClustalX. Cargue sus secuencias en formato
FASTA.
Elija parmetros de alineacin seleccionando: parmetros Alineacin / Alineacin / Parmetros
de alineamiento mltiple /
Alinear las secuencias seleccionando: Alineacin / Hacer la alineacin completa / Usted puede
elegir un nombre para el archivo de salida.Despus de la alineacin se hace, puede guardar
las secuencias alineadas como un archivo de formato FASTA y el formato phylip
seleccionando Archivo / Guardar como secuencias.
PRANK Lytynoja, A. y N. Goldman. 2010. webPRANK: un mltiplo alineador secuencia de
filogenia cuenta con el navegador alineacininteractivo. BMC Bioinformatics 11: 579.
Lytynoja, A. y N. Goldman. 2005. Un algoritmo para la alineacin mltiple progresiva de
secuencias con inserciones. Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados
Unidos de Amrica 102: 10.557 hasta 10.562
dowload el programa http://code.google.com/p/prank-msa/downloads/list. El README est
aqu http://code.google.com/p/prank-msa/wiki/PRANK?tm=6
En el directorio de la terminal, el cambio hacia donde se encuentra el archivo
comprimido. Descomprimir escribiendo:
tar -zxvf prank.osx_108.130410.tgz (o la versin que haba descargado para su propio
sistema)
Cambie el directorio a donde el archivo bin est escribiendo:
broma cd / bin
Muchos opcin se puede aplicar, pero el mnimo comando para llamar a una alineacin de
PRANK es:
sequencefilefullpath ./prank
tuve xito escribiendo:
sudo ./prank
el Fungal_ITS_ref_sequence_nl.fasta_.txt, cambiar el nombre de las secuencias con nombres
ms cortos escribiendo este comando:
cortar -f 1-3 -d '' Fungal_ITS_ref_sequence_nl.fasta_.txt>
Fungal_ITS_ref_sequence_nl_trim.fasta
El archivo de salida ser nombrado output.best.fas. Abrirlo en cualquier visor de secuencia. Mi
favorito es Geneious, pero es comercial.JalView es gratuito.
en Windows, escriba:
sequencefilefullpath prank.exe

SATE Liu, K., TJ Warnow, MT Holder, SM Nelesen, J. Yu, AP Stamatakis, y CR

Linder. 2012. SATE-II: Estimacin simultnea muy rpida y precisa de alineamientos de
secuencias mltiples y rboles filogenticos. Biologa Sistemtica. 61: 90-106
Hay una bonita interfaz grfica de usuario para saciar, pero he sido incapaz de hacer que
funcione en un Mac. Yo en cambio utilizado la versin de lnea de comandos. Esta primera
requiere para instalar los
setupetoolshttps://pypi.python.org/pypi/setuptools/0.6c11~~number=plural
Descargue el archivo que te corresponde versin de Python. Luego, en la terminal, el cambio
de directorio donde se encuentra el archivo y escriba:
sudo sh setuptools-0.6c11-py2.6.egg
sudo easy_install -U dendropy
La pgina de inicio SATE est aqu: http://phylo.bio.ku.edu/software/sate/sate.html
Descargar el cdigo fuente Sat (NO EL .dmg) para su sistema, desde esta pgina: http: //
phylo. bio.ku.edu/software/sate/downloads2/. En la terminal, descomprimir escribiendo:
tar -zxvf satesrc-v2.2.7-2013Feb15.tar.gz
satesrc-v2.2.7-2013Feb15 cd / sate-core /
sudo python setup.py desarrollar
para probar SATE, cambie el directorio a satesrc- v2.2.7-2013Feb15 / sate-core, escriba:
python run_sate.py -i small.fasta -t small.tree -j prueba data / data / -auto
aline el archivo "Protea_Faurea_ITS_trnL_75seq.fasta" escribiendo:
run_sate pitn. py -i -auto prueba -j
Muscle Edgar, RC 2004. MUSCULAR: alineacin de secuencias mltiples con alta precisin y
alto rendimiento. Nucleic Acids Research 32: desde 1792 hasta 1797.
Descargue el programa en: http://www.drive5.com/muscle/ en la terminal, escriba:
tar -zxvf muscle3.8.31_i86darwin64.tar.gz
chmod + x muscle3.8.31_i86darwin64
Trate de alinear:
./muscle3.8.31_i86darwin64 -en salida privado -en salida privado

Para ver rpidamente la alineacin en el terminal, escriba:

./muscle3.8.31_i86darwin64 -en -clw
FSA Bradley, RK, A. Roberts, M. Smoot, S. Juvekar, J. Do, C. Dewey, I. Holmes, y L.
Pachter. 2009. La alineacin de Estadstica rpida.PLoS Comput Biol. 5: e1000392
Descargue el programa en http://sourceforge.net/projects/fsa/. Descomprimir y configurar
escribiendo en la terminal
tar -xvzf FSA-1.15.7.tar.gz
cd FSA-1.15.7
./configure --with-mummer -con-exonerate
sudo make
sudo make install

fsa
para numerosas secuencias:
fsa -fast
Slo para este programa, he sido incapaz de completar la instalacin, y que he utilizado en
lugar del servidor webhttp://orangutan.math.berkeley.edu/fsa/
Cargue su secuencia, alinear y guardar el archivo a tu fsa.mfa computadora.
jModelTest Darriba, D., GL Taboada, R. Doallo, y D. Posada. 2012. jModelTest 2: ms
modelos, nuevas heursticas y computacin paralela.Nature Methods 9:. 772 a 772
Descargue el programa en https://code.google.com/p/jmodeltest2/downloads/list. Instalar y
abierta.
Cargue el archivo de secuencias de alineacin, y calcular la probabilidad para todos los
modelos (tomar mucho tiempo) Calcular qu modelo es mejor para sus datos, eligiendo
Anlisis / hacer clculos AIC, o hacer clculos BIC Mira los resultados , subir en la ventana de
bfer

MEGA TAMURA, K., D. PETERSON, N. PETERSON, G. STECHER, M. NEI, Y S.

Kumar. 2011. MEGA5: Molecular Evolutiva Gentica Anlisis Uso de mxima verosimilitud,
Evolutiva Distancia, y mtodos de mxima parsimonia. Biologa Molecular y Evolucin. 28:
2731-2739
Descargar MEGA de http://www.megasoftware.net/. Descomprimir haciendo doble clic, y luego
abrir el programa.
Primero convertir el .nex o los archivos .fasta al formato .meg, a continuacin, abra el
archivo .meg recin creado.
Hacer grupos de taxones o particiones de secuencia si es relevante para sus datos.
MEGA es uno de los programa gratuito pocos para ofrecer anlisis de parsimonia. Para ello
parsimonia, seleccione Filogenia / Construir / rbol de prueba mxima parsimonia. Elija entre
las opciones "MP mtodo de bsqueda":-y-atado Max-mini-rama: Garantizado para encontrar
todos los rboles MP, es demasiado consumir durante ms de 15 secuencias de tiempo. MinMini heurstica: una rama intercambio bsqueda heurstica (Cerrar -Neighbor-Interchange)
mtodo que comienza con un rbol inicial propuesta por el mini-Min. Es ms rpido que la
rama y atado, y suele ser la opcin seleccionada. SPR examina ms rboles de Primer
Vecino-Intercambio y tarda ms tiempo en completarse. Busca nivel: los nmeros ms altos se
inicia una bsqueda ms compleja

Garli Zwickl, DJ 2006. Algoritmo Gentico enfoques para el anlisis filogentico de grandes
conjuntos de datos de secuencias biolgicas bajo el criterio de mxima verosimilitud. Ph.D. .

disertacin, la Universidad de Texas en Austin

Descargar el programa desde aqu http://garli.googlecode.com En el terminal, escriba
tar -xvzf FSA-1.15.7.tar.gz
Descargar el "hoja de trucos" de aqu http:
//www.molecularevolution.org/software/phylogenetics/GARLI o el manual completo de
aquhttp://www.nescent.org/informatics/download.php?software_id=4.
Coloca el alineamiento de secuencias (nexo, phylip, fasta) en el mismo directorio que el
archivo garli.conf que va a utilizar; y copiar el programa Garli-2.0 (que se encuentra aqu
Aplicaciones / Garli-2,0-anyOSX / bin / Garli-2.0) tambin en el mismo directorio.
Un archivo de configuracin se da como ejemplo en la carpeta /Garli-2.0anyOSX/example/basic /garli.conf. Modifique el archivo .conf para su comodidad, esto puede
tomar algn tiempo. Opciones por defecto funcionan bien para la mayora de la alineacin de
secuencias. Algunas opciones (por ejemplo, nombre, tipo de datos, etc.) realmente dependen
de su conjunto de datos. Como se mencion en la "Hoja de Trucos", los ajustes de las cuatro
opciones que se enumeran a continuacin le llame a una intensa bsqueda, que se llevar
mucho tiempo en grandes conjuntos de datos. Para reducir el tiempo de bsqueda, reducir el
nmero para cada una de la opcin.
Attachmentspertaxon = 50
genthreshfortopoterm = 20.000 a 100.000
numberofprecreductions = 20 a 40
treerejectionthreshold = 100
Tu ejecutar Garli, en la terminal, cambie el directorio a donde sus tres archivos son (programa
Garli, archivo .conf, archivo de alineacin), escriba:
sudo ./Garli-2.0
o
./Garli-2.0
o simplemente
Garli
En Windows, haga doble clic sobre el ejecutable.
Para el ejercicio, crear una nueva carpeta, copiar en ella el programa garli, el archivo
ProteaFaurea_trnL.nex y tgarli.conf archivo que se encuentra /Applications/Garli-2.0anyOSX/example/basic. Abra la garli.conf en un editor de texto, y cambiar el "datafname =
rana.nex" a "datafname = ProteaFaurea_trnL.nex", y el "ofprefix = rana.nuc.GTRIG" a "ofprefix
= Protea_Faurea.nuc.GTRIG" . Ejecutar Garli!
RAxML Stamatakis, A. 2006. RAxML-VI-HPC: mxima filogentico basado en la probabilidad
analiza con miles de taxones y modelos mixtos.Bioinformtica 22: desde 2688 hasta 2690.
La versin ms actualizada se encuentra en esta
pgina: https://github.com/stamatak/standard-RAxML, mientras que la lista de los otros

sabores RAxML y versiones aqu: http://www.exelixis-lab.org/ Por esta taller, vamos a trabajar
con el RaxMlGUI que tiene una interfaz grfica de usuario fcil de usar.
Descargue el RAxMlGUI de http://sourceforge.net/projects/raxmlgui/,
descomprimir y abierto. Asegrese de que su secuencia de alineacin se guarda en el formato
Phylip y cargarlo en RaxMlGUI. Elija las opciones deseadas, y comenzar la bsqueda.
El RAxML ofrece la eleccin entre muchos modelos de sustituciones, por ejemplo: GTR, BIN,
MULTI, o PROT, con GAMMA [I] o CAT [I] tasa de heterogeneidad, o sin tasa de
heterogeneidad. Sin embargo, la motivacin tpico usar RAxML es tomar ventaja de la tasa de
heterogeneidad CAT, que puede acelerar el anlisis de miles de secuencias. En la opcin de
CAT, las tasas de sustitucin de sitio por individuales se clasifican en categoras. Como se
explica en el archivo README, es un trabajo en torno computacional para el modelo intensivo
de GTR, pero es una aproximacin en lugar de un modelo genuino.
BEAST2.0 Drummond, AJ, MA Suchard, D. Xie, y A. Rambaut. 2012. bayesianos
Phylogenetics con Beauti y la Bestia 1.7. Biologa Molecular y Evolucin 29: 1969-1973.
Descripciones y tutoriales estn disponibles en esta
pgina http://beast2.cs.auckland.ac.nz/index.php/Main_Page y el propio programa se puede
descargar desde aqu: http://code.google.com/p/beast2 /
Al usar BESTIA, la mayor parte de los trabajos para el usuario es elegir entre las muchas
opciones posibles y priores. Como est escrito en la pgina principal BEAST2.0, la fuerza de
los mtodos filogenticos bayesianas como BEAST es que tambin es un marco para probar
hiptesis evolutivas sin condicionar en una sola topologa de rbol.
Descripcin larga para usar BEAST2.0 se da en el Ejemplo utilizando BEAST2.0 pgina del
wiki SBCC. Para comenzar, descargue los dos archivos para el ejercicio, y cambiar el nombre
de cada uno con .nex vez de .txt

Descargar archivos de ejercicios

Descargar cada uno de los siguientes archivos (botn derecho, guardar enlace como), y
cambiar el nombre de cada uno con la extensin .fasta en lugar de la extensin .txt.
http://qcbs.ca/wp-content/uploads/2013/06/Protea_Faurea_ITS_trnL_75seq.txt
http://qcbs.ca/wp-content/uploads/2013/06/PR10_Fabaceae_11seqs.txt
http://qcbs.ca/wp-content/uploads/2013/06/Oxytropis_ITSsequences_84seq.txt
http://qcbs.ca/wp-content/uploads/2013/09/Fungal_ITS_ref_sequence_nl.fasta_.txt
Archivos de secuencias ya alineados - para los tramposos!

http://qcbs.ca/wiki/buildingaphylogenyhttp://qcbs.ca/wiki/buildingaphylogenyhtt
p://qcbs.ca/wiki/rqda