FISIOLOGA

GENERAL
Jess Merino Prez y Mara Jos Noriega Borge

BIOMOLCULAS. PROTENAS
BIOMOLCULAS
Los bioelementos se unen para formar biomolculas, tambin denominadas principios inmediatos. En los seres vivos las molculas se caracterizan por presentar una gran diversidad, a diferencia del mundo inorgnico que es mucho ms uniforme y montono.
La clasificacin de las molculas se realiza tambin segn mltiples criterios, uno de los cuales
es que su presencia sea exclusiva de los seres vivos, biomolculas orgnicas: glcidos, lpidos,
protenas y cidos nucleicos; o bien que carezcan de dicha exclusividad y formen tambin
parte del mundo mineral, biomolculas inorgnicas, como el agua y sales inorgnicas como
fosfatos, carbonatos, sulfatos, etc.
Del conjunto de molculas que forman parte de los seres vivos, el agua es sin duda la mayoritaria y aparte de ella, el resto de las biomolculas, porcentualmente relevantes, son las orgnicas, que son compuestos derivados del carbono.
Biomolculas

% peso celular total

Tipos de molculas

Agua

70 %

Metabolitos

0,2 %

300

Monmeros

2,8 %

550

Macromolculas

26%

~ 3000

Desde el punto de vista de su tamao, las biomolculas son denominadas como:

1) Precursores: Molculas de peso molecular bajo, tales como el H2O, o el CO2.
2) Metabolitos: Molculas de peso molecular intermedio, de vida corta e intermediarios de
las reacciones metablicas.
3) Monmeros estructurales: Molculas de peso molecular intermedio, que son unidades de
construccin de las macromolculas, como los monosacridos, aminocidos, etc.,
4) Macromolculas o supramolculas: Molculas de elevado peso molecular, como las protenas, cidos nucleicos, etc. que presentan una gran variabilidad estructural (Tabla 1) y
consecuentemente de funcin. Las propiedades de estas macromolculas dan lugar a las
caractersticas que definen y diferencian a los seres vivos como son: el autoensamblaje,
la utilizacin de energa y la autopropagacin.
Las biomolculas desarrollan funciones muy variadas, desde un papel estructural o arquitectnico, consistente en el mantenimiento de la morfologa del organismo; a una funcin energtica, para sostener las funciones vitales, o bien una actividad reguladora o de control ajustando
todos los requerimientos de materia, energa e informacin para el organismo.

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PROTENAS
Las protenas son las biomolculas ms abundantes, ms variadas y con mayor diversidad de
funciones dentro del organismo. Desempean papeles fundamentales tanto en el interior de la
clula como en el espacio extracelular. El conocimiento del funcionamiento del organismo exige un estudio detallado de la estructura y propiedades de las protenas.
Todos los tipos conocidos de protenas estn formados por tan slo 20 aminocidos, denominados aminocidos comunes, que al unirse forman polmeros. Con tan slo veinte unidades
elementales de construccin se puede realizar tal variedad de combinaciones, que pueden contarse por miles las estructuras distintas diseadas para desarrollar multitud de actividades biolgicas.

1. AMINOCIDOS
Desde el punto de vista qumico, se definen como cidos orgnicos con un grupo funcional amino.

Estructura general de los aminocidos

Los aminocidos comunes tienen una estructura general similar para todos, formada por un tomo de carbono central o tomo de carbono alfa
(), unido de forma covalente a un grupo cido o carboxlico (-COOH), un
grupo bsico o amino (-NH2) y un tomo de hidrgeno. Su cuarta valencia se encuentra saturada por una cadena lateral (R), que es el elemento
que diferencia cada uno de los 20 aminocidos.
La existencia de los dos grupos funcionales cido y amino, adems de para obtener su denominacin, caracteriza a estas molculas qumicamente, y proporciona a las mismas una serie de
propiedades que les permitir la formacin de grandes polmeros.

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Clasificacin de los aminocidos

Las estructuras de las cadenas laterales son muy variadas y sus propiedades qumicas sirven para clasificar a los aminocidos en cuatro
grupos, dependiendo de la carga o
polaridad que presentan a pH fisiolgico. Esta carga determina su relacin con las molculas de agua,
existiendo aminocidos hidrfobos
o insolubles en agua y aminocidos
hidrfilos muy solubles en agua. Los
cuatro grupos son los siguientes:
1) Aminocidos apolares
o hidrfobos.
Constituyen el mayor grupo
de aminocidos, y se distinguen porque su cadena lateral no presenta carga, ya que
est formada por una cadena
hidrocarbonada ms o menos
larga e insoluble en agua.
Dentro de este grupo y de menor a mayor complejidad estaran: Glicina o glicocola, alani-

Twenty-One Amino Acids ( Dan Cojocari).

na, valina, leucina, isoleucina,

prolina, fenilalanina, triptfano y metionina.

2) Aminocidos polares con carga neutra o sin carga.

Este grupo de aminocidos tiene en sus cadenas laterales grupos hidroflicos que forman
puentes de hidrgeno con las molculas de agua, aumentando su solubilidad, seran: Serina, treonina y tirosina (con un grupo hidroxilado -OH), cisteina (con un grupo sulfhidrilo
-SH) y asparragina y glutamina (con un grupo amida -NH2).
3) Aminocidos aninicos o cidos, con carga negativa.
Presentan en su cadena lateral un grupo carboxilo que al disociarse a pH 7,0, les proporciona carga neta negativa y propiedades cidas. Son: Acido asprtico (o aspartato) y cido glutmico (o glutamato).

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4) Aminocidos catinicos o bsicos, con carga positiva.

Este grupo al contrario que el anterior tiene en su cadena lateral un grupo nitrogenado o
amino que le da carga neta positiva y propiedades bsicas. Son: Histidina, lisina y arginina.
Las propiedades polares y apolares de los aminocidos tienen una gran importancia para la
comprensin del papel jugado por cada uno de ellos en la estructura y propiedades de las protenas. Los ms hidrofbicos tienden a plegarse situndose en el centro de la molcula proteica, lejos de las molculas de agua; mientras que, por el contrario, los aminocidos polares tienden a situarse en el exterior de las molculas proteicas.

Aminocidos derivados
Adems de los aminocidos comunes, en algunas protenas hay aminocidos derivados. Cada
uno de stos se obtiene por una reaccin qumica en la cadena lateral. Las modificaciones que
se observan son muy variadas, y se producen despus de constituida la protena con el objeto
de mejorar la funcin de la misma.
Dentro de las modificaciones ms frecuentes se encuentran las incorporaciones de diferentes
grupos o radicales como los metilo, acetilo, hidroxilo, fosfato, carboxilo, etc. O bien las ciclaciones, las dimerizaciones como es el caso de la cistina formada por un puente disulfuro entre
las dos cadenas laterales de dos cisteinas.
Algunos aminocidos no se encuentran formando parte de protenas; comparativamente son
muy minoritarios, y puede apreciarse en ellos pequeos cambios respecto a los aminocidos
comunes. En algunos casos, desarrollan funciones claramente diferenciadas, como es, por
ejemplo, el cido gamma-amino-butrico (GABA) que acta como neurotransmisor; la creatina
que deriva de la glicocola y es un importante metabolito de reserva energtica de las clulas
musculares, o la taurina que unida a los cidos biliares es un componente de las sales biliares.

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2. EL ENLACE PEPTDICO

Para construir un pptido o una protena, los aminocidos deben unirse a travs de un enlace
covalente que permita su estabilidad y, como se podr observar, tambin su amplia versatilidad.
El enlace se establece entre un grupo carboxilo de un aminocido y un grupo amino de un segundo aminocido mediante una condensacin que provoca la liberacin de una molcula de
agua, quedando formado un enlace amida. La formacin de un nico enlace da lugar al pptido
ms pequeo, o dipptido, constituido tan slo por dos aminocidos. Las uniones de sucesivos
aminocidos da lugar a tripptidos, tetrapptidos, oligopptidos, polipptidos y en ltimo extremo protenas.
El enlace peptdico es la base para
justificar todas las caractersticas
tanto estructurales como funcionales de las protenas. La posicin que
adoptan los electrones del nitrgeno
con respecto al carbono le proporcionan algunas caractersticas de los
enlaces dobles, entre ellas la imposibilidad de rotacin de un tomo con
respecto al otro, obligando a situarse a dichos tomos y sus sustituyentes en un mismo plano.
Sin embargo los enlaces que establece el tomo de carbono , con el N del grupo amino (enlace ) y con el C del grupo carboxilo (enlace ), s presentan posibilidades de giro, ya que son enlaces sencillos que permiten
una gran libertad de rotacin a los lados del rgido plano del enlace peptdico.

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3. PPTIDOS
Con el nombre de pptidos se definen las molculas formadas por menos de 100 residuos
de aminocidos, mientras que las molculas de
mayor tamao son descritas como protenas.
Existe un ilimitado nmero de pptidos posibles, que se pueden formar con los 20 aminocidos comunes, sin embargo en el organismo
su nmero es bastante ms concreto.

Estructura y denominacin
de los pptidos
La estructura simplificada de un pptido podra resumirse en un esqueleto formado por los enlaces peptdicos y los carbonos . Las cadenas laterales unidas a estos carbonos forman ramificaciones que cuelgan de dicho esqueleto, designndoselas residuos o restos aminoacdicos.
La denominacin en sentido estricto de un pptido vendra dada por la descripcin de sus aminocidos constituyentes, comenzando por convenio por el aminocido que tiene su grupo amino libre, y terminando por el que tiene el grupo carboxilo libre, (2 HN-Glu-Asn-Pro-Met-Gly-HisLeu-COOH); a pesar de esta regla, los pptidos de inters fisiolgico tienen nombres comunes
mantenidos por el uso.
Entre los pptidos con funcin biolgica bien caracterizada merecen destacarse:
a) Glutation (GSH). Tripptido (-glutamil-cisteinil-glicina) que acta como antioxidante y
destoxificante en el interior celular por su capacidad de unirse entre s formando dmeros
a travs de la cistena.
b) Oxitocina y Vasopresina: Dos nonapptidos muy parecidos entre s, que producidos en la
hipfisis, desarrollan diferentes acciones hormonales.
c)

Encefalinas: Pentapptidos producidos en el sistema nervioso central que al unirse a determinadas neuronas inducen analgesia (eliminacin de las sensaciones de dolor). Metencefalina (2 HN-Tyr-Gly-Gly-Phe-Met-COOH) y Leu-encefalina (2 HN-Tyr-Gly-Gly-Phe-LeuCOOH).

d) Bradiquinina: Nonapptido que inhibe la inflamacin tisular (2 HN- Arg-Pro-Pro-Gly-PheSer-Pro-Phe-Arg-COOH)

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Propiedades de los pptidos

Sus propiedades derivan en buena parte de las propiedades de los aminocidos que los componen; as, su solubilidad depende del nmero de aminocidos hidrfilos que contengan, y
tambin de la longitud de la cadena peptdica, ya que cuanto ms larga sea tendrn menor solubilidad.
Su polaridad depende de sus grupos carboxilo y amino terminales, y de la carga de las cadenas laterales de los aminocidos componentes de su estructura, y al igual que en los aminocidos tienen pKs caractersticos que son utilizados en mltiples procedimientos bioqumicos para
lograr su aislamiento o separacin.

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4. CONFORMACIN DE LAS PROTENAS

Las protenas son molculas, en general, muy grandes pudiendo llegar a tener miles de aminocidos, y por lo tanto sus miles de tomos pueden adoptar una variedad de posiciones en el espacio
extremadamente amplia.
Cada protena presenta una estructura
espacial caracterstica y nica, que se
denomina estructura o conformacin nativa, y que resulta absolutamente necesaria para que pueda desarrollar su funcin. Por ello, la descripcin de esta estructura permite un conocimiento prcticamente completo de la molcula. Sin
embargo, desde el punto de vista prctico resulta una tarea costosa y difcil, de
ah que en la actualidad, tan slo se conozca ntegramente una pequea parte
de todas las protenas existentes.
Para llevar a cabo el estudio estructural
de las protenas se parcela el anlisis en
cuatro escalones o niveles, de menor a
mayor complejidad, que se denominan:
Estructura primaria, secundaria, terciaria
y cuaternaria, yuxtaponindose uno sobre otro para completar la imagen tridimensional o arquitectnica de la molcula.

Main protein structures levels (Mariana Ruiz Villarreal).

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Estructura primaria
Consiste en la determinacin de la secuencia de aminocidos de una protena, es el nivel de
conocimiento ms bsico y ms importante. Las protenas se diferencian entre s porque cada
una tiene un nmero de aminocidos y una secuencia de los mismos distinta. Una serie determinada de aminocidos dar lugar a una configuracin espacial tambin nica y determinada,
lo que llevar en ltimo extremo a una funcin especfica y concreta.

Estructura secundaria
Define las posiciones regulares y repetitivas de aminocidos adyacentes en una cadena peptdica. Podra suponerse que las posibilidades de
colocacin en el espacio, que tiene un residuo aminoacdico con respecto a sus vecinos ms prximos, son infinitas; sin embargo, la rigidez del plano del enlace peptdico y las limitadas posibilidades de giro
alrededor del carbono , reducen en gran medida las estructuras estables que pueden existir en la realidad. Las rotaciones posibles se miden
mediante ngulos de rotacin denominados por convencin ngulo
(phi) al enlace N-C , y (psi) al enlace C -C. Y aunque las posibilidades tericas permitiran valores entre -180 y +180, en la realidad
muchas de las mismas son imposibles, debido a las interferencias espaciales entre los tomos del esqueleto peptdico y los tomos de las
cadenas laterales. Por dicho motivo, las dos estructuras ms importantes y abundantes en las protenas son: La hlice y la conformacin .
(Estudio individual de ambas).

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Estructura terciaria
Describe las relaciones espaciales entre todos los aminocidos de la cadena peptdica, proporciona una imagen tridimensional completa de la molcula. En este nivel se analizan las posiciones en el espacio de aminocidos que no son consecutivos.
A lo largo de una cadena peptdica existen zonas de cambio que estn determinadas por la
presencia de un nmero y posicin de aminocidos concretos como son habitualmente Pro,
Ser, Thr y Gly. Una protena grande normalmente contiene varios tipos de estructura secundaria, el plegamiento de la cadena en las zonas de cambio da lugar a que residuos muy alejados
en la secuencia primaria aparezcan juntos.
Los segmentos de la cadena peptdica plegada se
mantienen en posicin mediante una serie de enlaces, de naturaleza dbil en su mayora, que se establecen entre residuos aminoacdicos y entre stos y
el entorno. Los enlaces pueden ser puentes de hidrgeno, interacciones hidrofbicas, fuerzas de Van
der Waals, e incluso enlaces covalentes a travs de
puentes disulfuro.
La frontera entre estructura secundaria y terciaria
resulta a veces muy difuminada, dependiendo del
tipo de molcula que se est analizando. Existe una
clasificacin morfolgica de las protenas en dos grupos denominadas protenas fibrosas y protenas globulares. Dentro de las fibrosas se encontraran el colgeno, la queratina o la elastina, protenas todas ellas que aportan resistencia y/o
elasticidad a los medios donde se encuentran. En estas protenas la conformacin queda descrita analizando los dos niveles iniciales de estructura, ya que sus cadenas polipeptdicas tienen una secuencia nica y repetitiva de hlice alfa.
En cambio las protenas globulares, que son las ms abundantes, disponen de nivel de estructuracin terciaria donde se describe la posicin y estructura de cada segmento con una estructura
secundaria caracterstica. En stas se describen diferentes regiones denominadas Dominios,
que son cadenas de 50 a 350 aminocidos, formadas por una combinacin de hlices alfa y lminas beta, que adoptando diversas posiciones en el espacio dan lugar a una unidad globular.

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Estructura cuaternaria
Cuando una protena est formada por varias cadenas polipeptdicas, cada una recibe el nombre de monmero o subunidad, y la descripcin de sus posiciones espaciales y su forma de
asociarse determina este ltimo nivel de estructuracin. Las interacciones entre los monmeros son del mismo tipo que las que estabilizan las estructuras terciarias, en general interacciones de tipo no covalente.
Los monmeros que componen una protena pueden ser iguales, o anlogos, como es el caso
de la molcula de hemoglobina formada por cuatro subunidades o monmeros muy parecidos,
iguales dos a dos (dos cadenas y dos cadenas , 22); o bien ser totalmente diferentes.
Existe un nivel de estructuracin que estara por encima del nivel molecular y que corresponde
a las grandes estructuras formadas por autoensamblamiento, que dan lugar a tubos, filamentos, lminas, anillos, etc. Una de estas estructuras complejas sera, por ejemplo, el ribosoma,
orgnulo intracelular construido por dos tipos de macromolculas que son los cidos nucleicos
y las protenas, su formacin se realiza de manera automtica al acoplarse sus elementos
constituyentes.

5. CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS

Adems de su clasificacin morfolgica en protenas fibrosas y globulares, existen otros criterios para su clasificacin.
Desde el punto de vista qumico se las cataloga en dos grupos:
1) Protenas simples, formadas nicamente por aminocidos.
2) Protenas conjugadas, en las que adems de los aminocidos, contienen otro tipo de molculas denominados grupos prostticos, recibiendo la fraccin peptdica el nombre de apoprotena. Dependiendo de la naturaleza del grupo prosttico, las protenas conjugadas se
clasifican en:
a) Glicoprotenas, si es de naturaleza glucdica.
b) Lipoprotenas, si es de naturaleza lipdica.
c) Nucleoprotenas, asociadas a los cidos nucleicos.
d) Cromoprotenas, el grupo prosttico es una molcula orgnica, porfirina, asociada
normalmente con un tomo metlico.
e) Fosfoprotenas: Su grupo prosttico es un ster fosfato.
f) Otras, con grupos muy variados, metales, vitaminas o derivados de las mismas, etc.

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