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Bioqumica

Estructural y Metablica
Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

Bioqumica Estructural y Metablica


Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

TEMA 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas.


Composicin qumica de los seres vivos. Principales biomolculas:
aminocidos, azcares, lpidos, bases y nucle>dos. Grupos funcionales.
Isomera. Propiedades Bsico-qumicas del agua. Solubilidad de las
biomolculas. Interacciones dbiles en los sistemas acuosos. Regulacin
del pH en los uidos biolgicos. Soluciones tampn. Principales tampones
biolgicos.

Jess Navas Mndez

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

RELACION ESTRUCTURA-FUNCIN
Conocer la estructura de las biomolculas permite explicar
cul es su funcin biolgica en el organismo.

Jess Navas Mndez

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

IMPORTANCIA DEL METABOLISMO


La Bioqumica ayuda a entender cmo funciona el
organismo y a mejorar su funcionamiento mediante la
nutricin y el ejercicio Bsico.
Los ciclos alimentacin/ayuno marcan la direccin de
las vas metablicas.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

Los seres vivos son muy variados y muy complejos.


Sus componentes estn muy organizados.
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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

BIOQUMICA: DEFINICIN Y PRINCIPIOS


La Bioqumica es la ciencia que estudia los seres
vivos a nivel molecular mediante tcnicas y
mtodos Bsicos, qumicos y biolgicos.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

COMPOSICIN DE LOS SERES VIVOS


Solamente unos 30 elementos qumicos, de los ms de 90 presentes en la
naturaleza son, esenciales para los seres vivos.
La mayora >enen un nmero atmico bajo, por debajo de 34.
Los ms abundantes son: H, O, C, N (estos cuatro cons>tuyen ms del 95%
de la masa celular), P, S, Na, K, Cl (3% de la masa celular).
Oligoelementos: Fe, Mn, Mg, Zn, Mo, Se, etc. (> 0,01% de la biomasa).
Imprescindibles para la ac>vidad de ciertas protenas.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

EL CARBONO
Poco abundante en la corteza terrestre (0,027%). Se encuentra puro
(grato, diamante) y combinado formando sales (carbonatos).
Su importancia radica en su presencia en los seres vivos.
Hace 150 aos se le denomin compuesto orgnico.
Gran facilidad para enlazarse con otros tomos pequeos. Forma enlaces
sencillos, dobles y triples.
El dixido de carbono (CO2) es un componente secundario de la atmsfera.
Contribuye al llamado efecto invernadero. Es la fuente de C para todas las
molculas orgnicas halladas en los organismos.
El monxido de carbono (CO) es un gas txico porque interere en la
capacidad de la hemoglobina de unirse al oxgeno.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

BIOMOLCULAS
La mayora son compuestos
orgnicos (esqueleto
carbonado).
Los C pueden formar cadenas
lineales, ramicadas y
circulares.
Al esqueleto carbonado se le
aaden grupos de otros
tomos, llamados grupos
funcionales.
Las propiedades qumicas
vienen determinadas por los
grupos funcionales.
H de carbono, protenas, lpidos y cidos nucleicos.
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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

GRUPOS FUNCIONALES EN QUMICA ORGNICA

(Lehninger)
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PRINCIPALES GRUPOS FUNCIONALES


Hidroxilo.
Carbonilo.
Carboxilo.
Amino.
Sulgidrilo.
Fosfato.
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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

ESTRUCTURA

EJEMPLO

(puede escribirse HO)



Etanol, el alcohol presente en las
bebidas alcohlicas.

NOMBRE DE LOS COMPUESTOS


PROPIEDADES FUNCIONALES

Alcoholes (sus nombres especcos


normalmente terminan en ol).

Es polar, como resultado del tomo de


oxgeno electronegabvo que arrastra
electrones hacia s mismo.

Atrae molculas de agua, lo que
ayuda a disolver compuestos
orgnicos, como los azcares.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

EJEMPLO

ESTRUCTURA

Acetona, la cetona ms simple.

NOMBRE DE LOS COMPUESTOS


Propanal, un aldehdo

Cetonas, si el grupo carbonilo est


dentro del esqueleto carbonado.

PROPIEDADES FUNCIONALES

Aldehdos, si el grupo carbonilo est


al nal del esqueleto carbonado.

Una cetona y un aldehdo son


ismeros estructurales con diferentes
propiedades, como es el caso de la
acetona y el propanal.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

ESTRUCTURA

EJEMPLO

cido acbco, que le da al vinagre


su gusto agrio.

NOMBRE DE LOS COMPUESTOS


PROPIEDADES FUNCIONALES

cidos carboxlicos, o cidos orgnicos.


Tiene propiedades cidas porque es una fuente


de iones hidrgeno.

El enlace covalente entre el oxgeno y el
hidrgeno es tan polar que los iones hidrgeno
benden a disociarse de forma reversible.

cido acbco
In acetato

En las clulas se encuentra en forma inica y


se denomina grupo carboxilato.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

ESTRUCTURA

EJEMPLO

Glicina.

Debido a que tambin bene un grupo carboxilo,
la glicina es tanto una amina como un cido
carboxlico; los compuestos con ambos grupos se
denominan aminocidos.

PROPIEDADES FUNCIONALES

NOMBRE DE LOS COMPUESTOS


Acta como una base; puede captar


un protn de la solucin circundante:

Amina.

(no ionizado)
(ionizado)

Ionizado, con carga 1+, en condiciones celulares.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

EJEMPLO

ESTRUCTURA

(puede escribirse HS)



Etanobol.

NOMBRE DE LOS COMPUESTOS



Tioles.

PROPIEDADES FUNCIONALES

Dos grupos suleidrilos pueden
interactuar para ayudar a
estabilizar la estructura proteica.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

ESTRUCTURA

EJEMPLO

Glicerol fosfato.

NOMBRE DE LOS COMPUESTOS


PROPIEDADES FUNCIONALES

Fosfatos orgnicos.

Forma un anin en la molcula de


la que forma parte.

Puede transferir energa entre
molculas orgnicas.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

NIVELES DE COMPLEJIDAD DE LAS


BIOMOLCULAS
Molculas sencillas: metabolitos y unidades estructurales (glucosa,
piruvato, cidos grasos).
Macromolculas: cidos nucleicos, lpidos, protenas, polisacridos.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL
Estereoqumica: distribucin de los tomos de una molcula en el
espacio tridimensional.
Estereoismeros: molculas que con>enen los mismos enlaces
qumicos pero con diferente conguracin o distribucin espacial.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

Ismeros estructurales

Ismeros geomtricos

Enanbmeros

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

CONFIGURACIN MOLECULAR
Relacin espacial entre los grupos sus>tuyentes de un C. Viene denida
por la presencia de dobles enlaces o centros quirales. La nica manera
de cambiar la conguracin es mediante la rotura de enlaces covalentes.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

CONFORMACIN MOLECULAR
Posicin de los tomos en el espacio resultante de la rotacin
alrededor de enlaces simples y sin que implique rotura de enlaces
covalentes.
H

H
C

H
H

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

LAS ESTRUCTURAS DE LAS BIOMOLCULAS ESTN DEFINIDAS


POR SU CONFIGURACIN Y CONFORMACIN

La estructura tridimensional de las biomolculas (combinacin de


conguracin y conformacin) es clave para sus interacciones biolgicas.
Ejemplo: uniones enzima-sustrato y hormona receptor.
CristalograBa de rayos X.
En el citoplasma las molculas estn disueltas o asociadas con otros
componentes celulares.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

LAS INTERACCIONES ENTRE


BIOMOLCULAS SON ESTEREOESPECFICAS

HEXOQUINASA

D-glucosa
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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

IMPORTANCIA DE LA BIOQUMICA EN
LAS CIENCIAS DE LA SALUD
Todas las enfermedades (excepto las
traum>cas), >enen un componente
molecular.
Los modernos mtodos de
diagns>co y las nuevas terapias han
sentado las bases de la Patologa
Molecular.

Jess Navas Mndez

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

EJEMPLOS DE ENFERMEDADES
MOLECULARES
Enfermedades de origen hereditario (hemolia, anemias hemol>cas).
Grandes enfermedades som>cas (diabetes, cncer).
Enfermedades de e>ologa exgena (infecciones, dcits de vitaminas).
Enfermedades neurolgicas (esquizofrenia, enfermedades
neurodegenera>vas).

Jess Navas Mndez

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

AVANCES EN PATOLOGA MOLECULAR


Las lesiones moleculares que originan la anemia falciforme, brosis
qusbca, hemolia y otras enfermedades gen>cas han sido
determinadas a nivel bioqumico.
Se han iden>cado algunos de los mecanismos moleculares que
contribuyen al desarrollo del cncer (entre ellos, mutaciones en algunos
enzimas del CTC).
Diseo racional de nuevos frmacos, por ejemplo, inhibidores de
enzimas necesarios para la replicacin o el ciclo vital de los virus, como
el VIH, o inhibidores de protein-kinasas como an>cancerosos.
Bacterias y otros organismos pueden usarse como factoras para
producir protenas de gran valor, como la insulina y es>muladores del
desarrollo de clulas sanguneas.
Jess Navas Mndez

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

DIAGNSTICO
Modicaciones del pH de udos biolgicos (orina y sangre) reejo
de una patologa.
Deteccin de microorganismos (bacterias y virus) mediante ensayos
enzim>cos, moleculares (protenas y AN) e inmunolgicos
(an>cuerpos).
Prevencin y diagns>co de malformaciones congnitas por anlisis
de clulas fetales.
Deteccin de marcadores de clulas tumorales.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

El agua es el medio biolgico de la Tierra y,


posiblemente, de otros planetas tambin.
El agua es el disolvente de la vida.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

IMPORTANCIA DEL AGUA PARA LOS


SERES VIVOS
Adaptacin de los organismos vivos al medio acuoso y
aprovechamiento de las propiedades del agua.
El agua cons>tuye el 60% del peso total de nuestro organismo.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

COMPARTIMENTOS LQUIDOS EN EL
ORGANISMO DE UN VARN MEDIO (70 KG)
Agua corporal total (40 litros):
- 25 litros de lquido intracelular.
- 15 litros de lquido extracelular.
Lquido extracelular (15 litros):
- 10 litros de lquido inters>cial.
- 5 litros de sangre.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

EL AGUA ES EL DISOLVENTE
DE LA VIDA
Baa nuestras clulas.
Disuelve y transporta compuestos en la sangre.
Proporciona un medio para el transporte de molculas al
interior de la clula y por los compar>mentos celulares.
Separa las molculas cargadas.
Disipa el calor.
Par>cipa en las reacciones qumicas.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

Agua
Metanol
Acetona
Butano
CH Cl3

Pto. Fusin
C

Pto. Ebull.
C

Q vaporiz.
(J/g)

100

2.260

-98

65

1.100

-95

56

523

-135

-0,5

381

-63

61

247

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

PROPIEDADES DEL AGUA

Elevados calor especco y de


vaporizacin.
Elevada conduc>vidad trmica.
Mxima densidad a 4C.
Cohesin. Elevada tensin
supercial.

(Lehninger + Garret)
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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

ENLACES POR PUENTE DE HIDROGENO

(Lehninger)
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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

ORDEN DE ELECTRONEGATIVIDAD
ENTRE ELEMENTOS
F (4,0) > O (3,5) > N, Cl (3,0) > C, S, (2,5) ~ H (2,2), P (2,1)

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

EL AGUA COMO DISOLVENTE


- Compuestos polares no cargados: son solubles, debido a los
puentes de H en los que par>cipan otros tomos
electronega>vos como O o N.
- Compuestos inicos: son solubles.
- Compuestos lipdicos: se asocian entre s alejados del agua.
- Molculas anp>cas: forman micelas.
- Los gases apolares (O2 y CO2) se disuelven mal en agua.
- Los gases NH3, NO y H2S son solubles en agua.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

EL AGUA DISUELVE SALES CRISTALINAS


HIDRATANDO SUS IONES
Capa de hidratacin alrededor de los iones

(Lehninger)
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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

UNA MOLCULA APOLAR:


LIMONENO

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

UNIN ENTRE MOLCULAS HIDROFBICAS EN MEDIO ACUOSO

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

UNA MOLCULA ANFIPTICA:


PALMITATO SDICO

(Lehninger)
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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

FORMACIN DE MICELAS POR MOLCULAS


ANFIPTICAS EN SOLUCIN ACUOSA

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

El agua es una molcula polar, forma puentes de H


consigo misma y con otros solutos. El agua es un buen
disolvente para molculas polares y solutos cargados.
Los compuestos no polares se disuelven mal en agua.
En contacto con ese lquido forman micelas.
Las interacciones o enlaces dbiles son fundamentales
para el plegamiento de macromolculas como cidos
nucleicos y protenas.
Algunas sustancias hidrlas no se disuelven realmente
en el agua. Grandes molculas o estructuras del
citoplasma no se disuelven sino que forman un coloide
(suspensin estable de parpculas slidas en un lquido).

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

LA LISOZIMA ES UNA PROTENA


SOLUBLE EN AGUA

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

EN CONDICIONES NATURALES EL AGUA


SE ENCUENTRA DISOCIADA
H20 = 0H + H+
En el agua pura se disocia solamente una
molcula de cada 554 millones.
[H+] = [OH] = 10 7 M
Aunque la disociacin del agua es
reversible y estads>camente rara, es
muy importante para la vida, ya que los
iones producto son muy reac>vos.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

Escala de pH y valores de pH de algunas soluciones acuosas.


Jess Navas Mndez

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

CURVA DE TITULACIN DEL


CIDO ACTICO

Intervalo de tamponamiento: pH 3,76 - 5,76


Jess Navas Mndez

(Garret and Grisham)

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

La regulacin del pH es una ac>vidad universal y


esencial de los seres vivos.
Tampones biolgicos: sistemas acuosos que
amor>guan las variaciones en el pH cuando se
aaden pequeas can>dades de cido o de base.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

EFECTO DEL pH SOBRE LA


ACTIVIDAD ENZIMTICA

(Garret and Grisham)


Jess Navas Mndez

Bioqumica Estructural y Metablica


Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

VALORES DE pH FISIOLGICO
Sangre: entre 7,36 y 7,44.
Intracelular: 7,1 (entre 6,9 y 7,4).
Entre 6,8 y 7,8 pueden mantenerse la
ac>vidad metablica del hgado, los
la>dos del corazn y la conduccin
de los impulsos nerviosos.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

(Garret and Grisham)

Jess Navas Mndez

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

CIDOS METABLICOS Y
AMORTIGUADORES

La ac>vidad metablica produce H+ y CO2.


El cido producido se elimina como CO2 en el
aire expirado y como iones en la orina pero
antes necesita amor>guarse.

Jess Navas Mndez

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

PRINCIPALES SISTEMAS
AMORTIGUADORES DEL ORGANISMO
Bicarbonato (lquido extracelular).
Hemoglobina (glbulos rojos).
Fosfato (intracelular).
Protenas (intracelular y plasma).

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

TAMPN BICARBONATO
pka=6,1

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(Lehninger)

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas
CO2

HIPERVENTILACIN baja la conc. H2CO3 alcalosis metablica.


HIPOVENTILACIN sube la conc. H2CO3 acidosis metablica.

CO2
H2O

Anhidrasa
Carbnica
H2CO3

HCO3

Reacciones metablicas
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H+
(Marks, Marks and Smith)

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

CURVA DE TITULACIN DEL


CIDO FOSFRICO

(Garret and Grisham)


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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

CONTROL DEL pH INTRACELULAR


Tampn fosfato.
H2PO4 = HPO42 + H+ pKa = 7,2
Protenas.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

EL IMIDAZOL DE LAS HISTIDINAS


ACTA COMO TAMPN

pKa = 6,0

Imidazol

(Lehninger)
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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

EQUILIBRIO CIDO-BASE
Pulmones. Controlan el intercambio de dixido de carbono
y oxgeno entre la sangre y la atmsfera exterior.
Eritrocitos. Transportan gases entre los pulmones y los
tejidos (hemoglobina).
Riones. Controlan la concentracin de bicarbonato en el
plasma y excretan el in hidrogeno en la orina.

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

ACIDOSIS Y ALCALOSIS METABLICAS


Acidemia (pH sangre <7,35). Causas:
- Produccin excesiva de cidos en los tejidos.
- Prdida de bases de los lquidos corporales.
- Fallo de los riones para excretar cidos.
En la diabetes mellitus y en situaciones de inanicin el pH<7,
depresin del SNC que conduce al coma y a la muerte.
Alcalemia (pH sangre >7,45).
- Vmitos prolongados.
- Inges>n de frmacos alcalinos en exceso.
Se sobreexcita el SNC y los msculos entran en estado de espasmo.
Si no se corrige, se producen convulsiones y parada respiratoria.
Jess Navas Mndez

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Tema 1. Estructura y propiedades de las principales biomolculas

CURVA DE TITULACIN DEL


CIDO FOSFRICO

(Garret and Grisham)


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PRINCIPALES SISTEMAS
AMORTIGUADORES DEL ORGANISMO
Bicarbonato (lquido extracelular).
Hemoglobina (glbulos rojos).
Fosfato (intracelular).
Protenas (intracelular y plasma).

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BIBLIOGRAFA
Lehninger Principles of Biochemistry. 5 ed. Freeman, 2009. Caps 1, 2.
Marks Basic Medical Biochemistry. A clinical approach. 3 ed. LWW., 2008. Caps 4, 5.
Feduchi y cols. Bioqumica: conceptos esenciales. Panamericana, 2011. Cap 3.
Berg, Tymoczko and Stryer. Biochemistry. 7 ed. WH. Freeman, 2011. Cap 1.
Voet and Voet. Biochemistry. 4 ed. Wiley, 2011. Caps 1, 2.
Garrey and Grisham. Biochemistry. 4 ed. 2009. Caps 1, 2.
Devlin. Textbook of Biochemistry with Clinical correlaCons. 7 ed. Wiley, 2010. Cap 1.

Jess Navas Mndez