DESARROLLADO POR: LUCA B.

CHEMES, GABRIEL IGLESIAS Y ROSANA ROTA

Tutorial Avogadro
Barra de herramientas:
Consejo: mantener los mens Preferencias de herramientas y Preferencias de
pantalla siempre activas.

Herramienta de dibujo (F8)

Insertar tomo

Para la molcula

Herramienta de navegacin (F9)

Agrandar/achicar

Rotar
o

Herramienta de manipulacin (F10)

Rotar

Borrar tomo

Mover

Para tomos

Agrandar/achicar

Mover

Herramienta de seleccin (F11)

Pulsar para seleccionar tomos individuales y arrastrar para seleccionar varios tomos.

Herramienta de rotacin automtica

Permite rotar la molcula con el botn izquierdo del mouse, el largo y la direccin de la
lnea que se dibuja indica la direccin y la velocidad de la rotacin.

Herramienta de optimizacin automtica

Pulsar para optimizar la estructura.

Herramienta para medir

Seleccionar hasta 4 tomos: distancias, ngulos y diedros.

Actividad 1: Crear una molcula de CO2 y optimizar su estructura.

Seleccionar la herramienta de dibujo
Seleccionar elemento carbono y dibujarlo

Aclaracin:
si
quisiramos seleccionar
algn elemento que no
se encuentra en la lista,
seleccionamos la opcin
Otro de la solapa
Elemento
y
se
despliega una tabla
peridica completa para
seleccionar el tomo
deseado.

Luego cambiar elemento a oxgeno enlace doble y dibujar 2 tomos de oxgeno partiendo
del tomo de carbono. Para ello presionar el mouse sobre el tomo de carbono, arrastrar y
soltar para producir el enlace.

Luego optimizar la estructura seleccionando "Optimizar geometra" dentro del men

"Extensiones" como muestra la impresin de pantalla:

Actividad 2: Dibujar una molcula vitamina A

Primero dibujar la estructura con la herramienta de dibujo

a la estructura dibujada arriba

Una vez dibujada la molcula a mano, hay que

agregarle los tomos de hidrgeno, para ello
seleccionar "Aadir hidrgenos" del men
"Construir":

Se obtiene
estructura:

la

siguiente

Luego hay que optimizar la

geometra de la molcula del
mismo modo que se explic en
la actividad 1:

lo ms parecido posible

Se obtiene la molcula terminada

Para visualizarla de otra manera debe estar activa la pestaa "Preferencia de pantalla", al
hacerlo es posible seleccionar diferentes modos de visualizacin (ver panel izquierdo)
Aparece esta ventana

Seleccionar "Esferas de Van der Waals" clickeando en el cuadrado

Se obtiene:

Para
animar
presionar
la
herramienta
de
rotacin
automtica y comenzar animacin
dibujando una lnea con el botn
izquierdo del mouse, la molcula
comenzar a girar:

Para guardar una imagen de la estructura

obtenida ir a Archivo, luego Exportar y luego
Grfico

Actividad 3: Construir el aminocido metionina. Para ello insertaremos el aminocido que

se encuentra como parte de templados de moleculas que tiene Avogadro y lo copiaremos.
Ir a la opcin "Construir",
luego "insertar" y luego
"Fragmento".

Aparecer la siguiente ventana:

Ir a share/avogadro/fragments/amino_acids y
seleccionar D-methionine.cml. Se cargar el
aminocido en la ventana.

Actividad 4: Construir una molcula de aspartamo (N-(L--Aspartil)-L-fenilalanina,

1-metil ester). Para ello pueden partir de un pptido formado por los aminocidos cido
asprtico (Asp) y fenilalanina (Phe).

Para ello ir a "Construir",

"insertar", "Pptido":

Crear el pptido Asp-Phe cliqueando en el panel izquierdo y finalizar la molcula

agregando un grupo metilo (CH3) en el lugar correspondiente.

Actividad 5: Construir una molcula de adenosina trifosfato (ATP).

Actividad 6: Clculo de propiedades moleculares. Determinar si las siguientes molculas

poseen un dipolo permanente: agua (H2O); disulfuro de carbono (CS2); metano (CH4);
amonaco (NH3); trifluoruro de boro (BF3).
Para esto, dibujar cada una de las molculas y, luego de optimizar su geometra, activar la
opcin dipolo de Preferencias de pantalla.
Para saber la magnitud del vector momento dipolar, ir al men "Ver"/ "Propiedades"/
"Propiedades de la molcula". Se abrir una ventana que reporta varios parmetros de la
molcula, entre ellos el momento dipolar en Debyes:

Actividad 7: Integrando herramientas.

Muchas veces resulta ms amigable dibujar las molculas en el ChemSketch, pero la
visualizacin es ms eficiente con el Avogadro. Esto se puede realizar guardando en el
formato correcto la estructura generada en ChemSketch.
a) Dibuje su molcula de inters dentro del ChemSketch como hicimos en la gua anterior.
b) Optimice su geometra presionando el botn correspondiente en la barra de herramientas.
c) Guarde la estructura en el formato de archivo de extensin .mol. Para esto vaya al
men File/Save As y seleccione el formato .mol.
d) Vuelva al programa Avogadro y pruebe abrir este archivo para su visualizacin.