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ndice
As clulas e as fundaes da bioqumica ...................................................................................3
A clula .................................................................................................................................3
A gua como solvente e reagente .........................................................................................5
Aminocidos, Pptidos e Protenas ........................................................................................... 7
Aminocidos nas protenas ...................................................................................................7
Pptidos e protenas ........................................................................................................... 12
Enzimas .................................................................................................................................. 37
Cintica enzimtica ............................................................................................................. 41
Cintica Qumica ................................................................................................................. 42
Cinticas dos estados iniciais............................................................................................... 43
Inibio da Actividade Enzimtica........................................................................................ 49
Fosforilao de protenas .................................................................................................... 55
Folding de protenas e doena humana: ..............................................................................56
Glcidos .................................................................................................................................. 61
Oses como agentes redutores: ............................................................................................64
Disidos .............................................................................................................................. 65
Polisidos............................................................................................................................67
Lpidos .................................................................................................................................... 72
Membranas biolgicas ........................................................................................................ 79
Protenas membranas ......................................................................................................... 80
Modelo do mosaico fluido ...................................................................................................81
Outros lpidos...................................................................................................................... 82
Nucletidos e cidos nucleicos ................................................................................................ 85
Qumica dos cidos nucleicos .............................................................................................. 89
Transcrio ......................................................................................................................... 99
Traduo e sntese proteica .............................................................................................. 102
Sntese Proteica ................................................................................................................ 103
Ribossoma ........................................................................................................................ 104
tRNA ................................................................................................................................. 105
Metabolismo ........................................................................................................................ 112
Gliclise ............................................................................................................................ 114
Bioqumica I
As clulas e as fundaes da bioqumica
A clula
Molculas Quirais (R e S)
o Possuem o C ligado a quatro
substituintes diferentes o
carbono apresenta-se como
centro quiral.
o Cada molcula quiral possui
dois enantimeros (imagem
um do outro no espelho).
Molculas Quirais (L e D)
o Compara-se a molcula que se pretende
classificar com a classificao do
gliceraldedo
Relativamente apolares.
O OH da tirosina pode estabelecer ligaes de hidrognio em alguns enzimas.
Absorvem preferencialmente a 280 nm, facto este usado para os mtodos de
doseamento de protenas (fenilalanina absorve menos que os outros dois aa).
Hidroflicas.
Serina e treonina tm polaridade devido ao OH.
Cistena possui SH.
Asparagina e glutamina possuem NH2.
Zonas tampo: para estes valores de pH, o sistema funciona como um tampo;
Correspondem aos valores de pKa dos terminais carboxilo e amina.
11
Pptidos e protenas
12 20 aminocidos oligopptidos
+ 20 aminocidos polipptidos
12
Nomenclatura:
Ao considerar-se o pptido serina-glicina-tirosina-alanina-leucina , l-se do
terminal amina para o carboxilo: Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu, SGYAL,
serilgliciltirosilalanilleucina.
Os pptidos podem ser distinguidos pelo comportamento ionizvel.
Pptidos de interesse
Aspartame (adoante artificial).
Hormonas TRH (hormona da libertao da tirotropina, forma-se no hipotlamo a
partir de Glu-His-Pro), oxitocina, bradicinina, insulina, glucagina, corticotropia).
Venenos amanitina, antibiticos.
13
proteica. Este processo tem como vantagem diminuir o volume de extracto celular,
o que leva a um aumento da concentrao da amostra.
Salting in - usando concentraes baixas de sais pequenos: os anies e caties vo
conseguir ligar-se a zonas carregadas das protenas diminuio da interaco
entre cadeias polipeptdicas aumento da solubilidade.
Salting out usando concentraes altas de sais de grandes dimenses
(geralmente (NH4)2SO4): os ies formados, ao serem solvatados, roubam a esfera
de solvatao/hidratao das protenas protenas agregam-se atravs das zonas
hidrfobas precipitao.
o Este processo depende do nmero e do tipo de AAs na protena.
o O sulfato de amnia usado em concentraes altas para protenas mais
pequenas e concentraes baixas para protenas maiores.
o O salting-out geralmente realizado a 4C; no envolve desnaturao
(provvel inactivao) de protenas e envolve agregao reversvel.
O ajustamento do valor de pH de uma soluo para o valor de PI da protena pode
contribuir para a sua precipitao selectiva:
o PI pH - - repulso
o pI = pH + - agregao e precipitao
Mtodos cromatogrficos
14
o
o
15
o
o
o
Passo 2
Oxidao de um resduo de cistena com cido perfrmico.
16
Passo 3
Por hidrlise cida: HCl 6M, 110C, 24h/ 48h/ 72h
Neste processo Trp destrudo.
Torna-se dificil a distino entre Asp/ Asn e Gln/ Glu
Passo 4
Identificao do N-terminal:
Mtodo de Sanger.
Identificao do C-terminal:
Levada a cabo pela degradao da ligao peptdica do
ltimo AA com o penltimo pelo carboxipeptidase.
Passo 5
Certos reagentes reconecem AAs especficos e clivam a ligao
peptdica. Exemplo da actuao da tripsina:
Cliva: Lys, Arg (C)
Espectrometria de massa
1. Evaporar e ionizar as molculas sob vcuo, criando ies na fase gasosa (fase +
difcil no pode ocorrer degradao das biomolculas).
2. Separar os ies tendo por base a sua razo m/2.
o
Protenas homlogas
o Desempenham a mesma funo.
o Apresentam, em geral, uma grande semelhana nas suas sequncias.
o Protenas com estruturas idnticas no tm necessariamente funo
idnticas.
Exemplo de evoluo divergente (protenas com funes
diferentes podem partilhar uma origem evolucionria comum
distante) -lactalbumina/ lisozima.
17
Ligao peptdica:
o Devido a efeitos de ressonncia existe um plano que contm os 6 tomos que
estabelecem a ligao peptdica.
18
ngulos de rotao:
N-C
C-C
1) Hlice
o Eixo imaginrio no seu centro.
o Hlice direita.
o Ligao H intracadeia
Carbonilo resduo i
Aminaresduo i+4
o 3, 6 resduos/ volta.
o 5, 4 entre resduos no mesmo local da
volta.
o 57 ; 47
o ngulo: 100
o As hlices podem ser anfipticas tendo
faces polares e outras apolares.
o Os grupos R esto localizados para o
exterior da hlice minimizao de
impedimentos estereoqumicos.
o As hlices no so ocas (considerando o
raio de Van der Walls).
o Pode haver destabilizao da hlice com
base na:
1 . Repulso/ atraco de AA
carregados
o carbonilo e a amina
do mesmo AA
19
2 . Dimenso de Rs
3 . Interaco entre Rs
A prolina e a Gly no favorecem as hlices
Prolina rompe a hlice (formando um kink)
Gly confere demasiada rotao
Nos terminais das hlices existem interaces dos resduos dos terminais do
segmento helicoidal com o dipolo da hlice
Terminal carbonilo resduos positivos
Terminal amina resduos negativos
2) Conformao
o
o
o
o
o
o
2.1) Dobras
o Elementos de ligao.
o Tipo I Pro como 2 resduo.
o Tipo II Gly como 3 resduo.
o Ligaes de H garantem a dobra entre o 1 e o 4 AA da dobra; os 2 do meio
no fazem ligao para a dobra.
o Os restantes AAs com propenso para a ligao de H fazem-nos com o
solvente.
o Em termos de isomeria, 6% das Pro encontra-se na configurao cis, que
garante a dobra (note-se que 99,95% das ligaes, excluindo a da Pro,
encontram-se na trans).
20
1) Protenas fibrosas
-queratina
Colagnio
Fibrona
-Queratina
o Encontrada no cabelo, penas, unhas, chifres, l, pele, etc. (no entanto s
encontrada em animais).
o Pertencem famlia dos filamentos intermdios.
o Hlice direita.
o 2 hlices encontram-se enroladas (enrolamento esquerdo), gnero corda, com
orientao paralela (com os seus terminais do mesmo lado).
o Este enrolamento garante o aumento da rigidez.
o principalmente constituda por AA hidrfobos que se aglomeram na
estrutura.
o Existem ligaes covalentes a fortificar a protena (por exemplo: ligaes
persulfureto nos cross-links).
o 18% dos AA no corno de rinoceronte so Cys.
o No caso do cabelo:
A reduo das ligaes persulfureto leva formao de 2 resduos de
Cys (presentes na -queratina).
Procede-se ao enrolamento do cabelo.
Oxida-se as Cys formao de novas ligaes persulfureto.
21
Colagnio
o
o
o
o
o
o
o
o
o
o
o
2) Protenas globulares
Mioglobina
Citocromo c
Ribonuclease
Lisozima
o
A principal fora matriz para o folding de protenas acaba por ser o efeito
hidrfobo, no qual AA hidrfobos se matm no centro da protena e os
hidrfilos se mantm na sua periferia.
Com o folding fica a existir uma menor rea superficial acessvel ao
solvente; para alm disso forma-se um n mais elevado de pontes de
hidrognio.
Existe, depois do folding um empacotamento mesmo eficiente dos tomos
no interior da protena. Quaisquer cavidades resultam de defeitos de
empacotamento e garantem a flexibilidade da protena.
A proximidade dos tomos leva a que as foras predominantes e de maior
importncia so as de curto alcance, as de van der Walls.
Mioglobina
o Presente do msculo (armazena O2 ).
o 153 res aa + grupo heme.
23
o
o
o
o
o
o
o
o
Citocromo C
o Componete da cadeia transportadora de electres do mitocndrio.
o Protena hmica.
o 104 res AAs.
o 40% helices .
o Sem folhas .
Lisozima
o Abundante na clara de ovo, lgrimas humanas, saliva.
o Agente bactericida (hidrlise das paredes celulares bacterianas).
o 129 res aa.
o 40% hlices .
o Algumas folhas .
o Com cavidade para substrato.
o 4 ligaes S-S extracelular precisa destas ligaes para no sofrer
desnaturao.
o Enzima extracelular.
Ribonuclease
o Enzima pancretico e activo no intestino delgado.
o 124 res aas.
o Poucas hlices .
o Muitas folhas .
o 4 ligaes S-S.
24
Loops
Longos segmentos de resduos de aa que no apresentam uma estrutura regular.
Presentes na superfcie das protenas.
Centros de:
1. Reconhecimento entre protenas.
2. Ligao de ligandos.
3. Ligao a membranas.
Como no contribuem muito para a estabilizao global da protena, toleram
melhor a ocorrncia de mutaes permite a evoluo de novas funes.
Motivo hlice-loop-hlice
o Ligao ao DNA/clcio.
Motivo em gancho
o 2 ou mais conformaes adjacentes ligadas entre si por loop curto.
o Inibidor da tripsina do bovino/ erabutoxina do veneno da cobra.
Motivo chave-grega
Motivo loop --
o 2 conformaes adjacentes ligadas entre si por uma hlice que vai do
terminal C da conformao 1 at ao terminal N da conformao 2.
Motivos complexos
o Exemplo: arranjo do motivo loop -- de modo a que as folhas formem
um barril motivo particulamente estvel e comum, presente em muitas
enzimas (local de ligao do cofactor ou substrato ao enzima).
Domnios
o Segmentos dentro da cadeia polipeptdica que podem adquirir a sua
conformao correcta independentemente do resto da cadeia.
o Diferentes domnios tm diferentes funes dentro da protena.
o O nmero de folds dos domnios no ilimitado.
o Estes so usados repetidamente, numa combinao diferente, dando origem
grande variedade de protenas.
o A protena pode ser descrita com base nos domnios que a constituem e pelo
modo como estes se ligam/ interactuam entre si.
o Muitas protenas so constitudas de forma modular a partir de 2 ou mais
domnios.
Classes:
o S estrutura
o S estrutura
o / (segmentos esto alternados)
26
+ (segmentos segregados)
S estrutura
Citocrmo b562
Hormona do crescimento humano
Mioglobina
S estrutura
Barris: protena que liga retinol
Sandwichs: fold das imunoglobulinas pelo motivo da chave grega
/
Presente em 10% dos enzimas
Local de ligao para um cofactor ou substrato
+
GFP
Enzima da conjugao da ubiquitina
Outras funes
Grande complexo proteco envolvido na sntese proteca (ribossoma).
Ligandos
Qualquer substncia que se liga reversivelmente a uma protena (io, molculas
pequenas, macromolculas).
Ligaes no covalentes e em grande nmero
Anticorpos/imunoglobinas
Classe de protenas produzidas pelo sistema imunitrio (linfcitos B) que
funcionam como um mecanismo de defesa do nosso organismo.
Cada mecanismo interactua como uma e s uma molcula estranha ao organismo.
29
A flexibilidade da estrutura terciria permite a uma protena adaptarse ao seu ligando ligao mais forte.
3.
4.
5.
6.
Interaces electrostticas
Interaces com molculas de H2O
Efeito hidrfobo
Entropia conformacional
Aps ocorrer o folding, ainda se podem formar ligaes persulfureto e ligaes a ies
metlicos.
Note-se ainda que os estados nativos das protenas no so completamente estveis.
Nos processos de desnaturao ocorre cooperatividade. Isto faz com que, aps
determinado valor, a percentagem de protenas desnaturadas cresa mais depressa:
o Esta cooperatividade prende-se com o facto de, aps uma protena estar
desnaturada, esta nova conformao destabiliza outras protenas ainda folded,
forando a sua desnaturao.
Pelo facto de a energia de Gibbs no estado folded ser relativamente perto de zero,
uma alterao no meio no qual a protena se encontra inserida, leva facilmente ao
unfolding (desnaturao).
Efeitos desnaturantes
1. Aumento da temperatura aumento da vibrao quebra de interaces fracas
(Ex: ligaes de H), j que estas necessitam de direccionalidade. No caso de
mecanismos termfilos, a no desnaturao de protenas a temperaturas elevadas
deve-se a uma maior resistncia das cadeias.
2. Desnaturao por solutos interaco do soluto com grupos que se encontram a
estabelecer ligaes, afectando interaces fracas. Por exemplo, a ureia perturba
as interaces hidrfobas estveis, libertando o pptido da sua conformao
folded.
3. pH altera a carga global de AAs destabiliza interaces electrostticas
4. Solventes orgnicos perturbam as interaces hidrfobas que constituem o
cone estvel das protenas
5. Detergentes perturbam as interaces hidrfobas que constituem o cone
estvel das protenas. No caso do SDS desnatura e liga-se volta das protenas,
formando um gnero de micelas, como detergente que .
31
Folding in vivo
Auxiliado por chaperones facilitam o folding correcto, fornecem microambientes
no qual o folding pode ocorrer, previne a agregao proteica (em cadeias em
sntese mais cadeias parcialmente desnaturadas).
Tambm podem estar envolvidas no re-arranjo de ligaes persulfureto no
nativas (PPI).
Se houver alguma protena com folding incorrecto, ocorre uma das seguintes
opes:
1. Degradao no citoplasma pelo complexo enzimtico proteossoma, com
reciclagem dos AAs.
2. Agregao doena.
Mioglobina + CO
Mioglobina + O2
2. Hemoglobina
Faz o transporte de O2 pelo sangue. Tem uma sensibilidade elevada a
pequenas variaes na [O2], devido existncia de vrias subunidades.
33
Alosteria e cooperatividade
o Propriedade das protenas poderem existir em dois estados estruturais com
actividade diferente. O equilbrio entre estados estacionrios modulado pela
ligao de ligandos.
o Interaces entre dois centros de uma protena de tal modo que o que acontece
num centro repercute-se nas propriedades do segmento.
35
o
o
o
Equao de Hill
Anemia falciforme
o Substituio de um glutamato (hidroflico) pela colina (hidrfoba).
o Forma protuberncia polimerizao formao de fibras menos
flexibilidade pouca tendncia para alterao conformacional.
36
Enzimas
classe
subclasse
sub-subclasse
37
Exemplo: Hexocinase
EC 2 . 7 . 1 . 2
transferase
transfere grupos
contendo fosfato
grupo aceitador: OH
Folding
38
Eficincia cataltica
Go = RT ln K eq
se G 0 reaco exegnia
substrato transforma-se no produto e no
o contrrio
se G 0 reaco endergnia
39
40
Regulao
1) Condies reaccionais suaves
2) No h formao de produtos secundrios
o Interaces de vrios enzimas para um fim comum
Cintica enzimtica
2A
P
2
41
A+B
Cintica Qumica
Ordem O:
Ordem 1:
Ordem 2:
2
ES
passo de
ligao
E+P
passo
cataltico
42
Vmx = K2[E]t
v0 = K2[E]
V0 =
() * $
%)' $
"
%&' $
V0 =
() * $
%)' $
[E]t nM
Equao de Michaelis-Menten:
[S]t >>> [E]t
[S]t [S]
ES
E+P
Quando [S]t >>> 103 [E]t , a velocidade inicial reflecte um estado estacionrio no
qual [ES] aproximadamente constante.
43
Havendo manuteno do complexo [ES] como uma constante, ento daqui se tira que
a taxa de formao e degradao do complexo igual:
K1[E][S]
K 1[ES] + K2[ES]
Formao de ES
Consumo de ES
%+ #
V0 = K2[E]
%+%, #
V0 = %+ $ ' %
V0 =
%, #
$ '
+'%,
$
-./-0
-.
Equao de Michaelis-Menten:
V0 =
() * $
%)' $
44
Casos limite:
o
o
o
[S] <<< Km Vo = %)
Reaco de 1 ordem
[S] >>> Km V0 = V
Reaco de ordem zero
Kcat =
n de turnover = Kcat = K2
%23
Constante de especificidade 1
o
o
o
o
%)
Constante que multicada por [S].[E] permite conhecer Vo (quando [S] <<< Km).
O seu limite superior o valor de K1.
Os enzimas atingem a perfeio cataltica quando atingem os valores mximos
da constante de especifidade.
Nestes casos (em que tambm K2 >>> K -1) existe geralmente, no centro activo
cargas opostas ao do substrato, havendo portanto ligaes electrostticas.
m-
%)
b-(
Desvantagens:
o Com o clculo do inverso altera-se por completo a distribuio dos erros
experimentais, j que a recta de calibrao toma como certos esses
valores dispares.
46
2) Mtodo de Hanes/Hanes-Woolf
Multiplica-se a equao de Lineweaver por [S]:
o
(5
%)
(
! "
(5
%)
1 4
3) Mtodo de Eadie-Hofstee
Multiplica-se a equao de Lineweaver por V:
o
(5
%)
$
(5
$
Os problemas com os erros associados aos inversos pode ser resolvido usando um
maior n de replicados para valores de Vo baixos.
O mtodo de Eadie-Hofstee til quando se querem detectar desvios equao
de Michaelis-Menten (obm-se curvas cncavas ou comvexas): o facto de Vo
aparecer em ambas as coordenadas implica que o erro de Vo afecte ambas as
coordenadas.
Este mtodo tem a particularidade de revelar qualquer desvio, em particular se for
sistemtico.
(5
y = mx + b
47
5) Regresso no-linear
o Determinao da equao de Michaelis-Menten pelo mtodo do mnimo dos
quadrados
Enzimas que no obedecem cintica Michaeliana:
o Enzimas alostreos
Com curvas sigmoides
Reaco multisubstrato
o Vrios molculas de substrato ligam-se ao enzima.
o Uso de cintica Michaeliana para determinao do Km de cada S
2 mtodos:
o Sequencial: ligao de 2 substratos ao enzima.
Formao do complexo ternrio.
o No-sequencial: liga-se 1 a um substrato (ping-pong).
Este sai, liga-se o 2 substrato ao enzima.
o Channeling consiste na ligao de um substrato a um centro activo do
enzima o produto desta reaco vai ser o substrato de uma nova reaco da
mesma via metablica. Este produto passa por canais do enzima para um 2
centro activo, onde sa o susbtrato da 2 reaco.
o O mtodo sequencial pode ocorrer:
Ao acaso (no interessando a ordem de entrada de substrato).
De forma ordenada (onde tm de existir 2 centros de ligao).
o Cintica para reaco multisubstrato: (variando S1 e mantendo constante o S2).
o A interseco das
vrias linhas indica a formao de um
complexo tercirio (modo
sequencial)
48
49
1) Inibio Reversvel
I.
Inibio competitiva
Tipo de inibio mais comum; o inibidor compete com o substrato pelo centro
activo do enzima; os inibidores so geralmente semelhantes ao substrato; com
inibidor competitivo:
II.
Inibio anti-competitiva
O inibidor s se liga ao enzima quando este se encontra ligado ao substrato, num
sitio diferente do centro activo.
50
Vmx vai descer a concentraes muito altas de [S] Vo= Vmax/ cresce.
Km cresce, j que [S] para igual Vo=1/2 Vmx vai aumentar.
III.
Inibio mista
O inibidor liga-se a um centro de ligao distinto do centro activo, quer o enzima
tenha ou no ligado o substrato.
IV.
Inibio no competitiva
Raramente encontrada experimentalmente. Ocorre quando =.
Neste caso:
51
Sem inibidor
Competitivo
Anti-competitivo
Misto
V
V
V
v/
v/
Km
Km
Km
Km/
Km/
V/Km
V/Km
1/Km (diminui)
V/Km
V/Km (diminui)
2) Inibio irreversvel
O inibidor
1. Liga-se covalentemente ao enzima, no desligando.
2. No covalentemente, mas de forma no estvel.
3. Destruindo um grupo funcional do c.a. do enzima, inactivando-o.
52
2. Marcadores de afinidade.
Apresentam semelhana estrutural
elevada com o substrato e ligam-se
covalentemente aos resduos do c.a.
(mais especifico que molculas com
especificidade de grupo.
3. Inibidores suicidas
Ligam-se ao enzima, sofrem reaco de catlise produto formado
(intermedirio) torna-se extremamente reactivo inactivao do enzima
de forma covalente. Deste modo, o enzima contribui para a sua prpria
inactivao irreversvel.
Possuem um espectro de aco muito variado; o seu tempo de meiavida suficientemente alto para actuarem como se pretende;
53
Enzimas Alostricos
Molculas reguladoras com estrutura diferente da do substrato prev a
existncia de centros de ligao reguladores diferentes dos centros activos. Estes
centros, no entanto, tm a capacidade de comunicar com o c.a.
A ligao de molculas reguladoras leva a uma alterao conformacional.
Existe, portanto, um centro alostreo:
1. Ou na subunidade cataltica.
2. Ou numa subunidade reguladora que influencia a cataltica.
Ex: o aspartato possui 6 unidades catalticas e 6 reguladoras.
Colando modulador = substrato homotrpico substrato heterotrpico.
A cintica dos enzimas alostreos representada por uma curva sigmide.
Enzimas heterotrpicos:
1. Sistema K no h mudana de Vmx,, mas h decrscimo de K0,5.
54
Fosforilao de protenas
A adio de fosfato (que traz consigo carga negativa) leva geralmente alterao
conformacional da protena.
Os fosfatos so adicionados a grupos OH. A fosforilao ocorre como resposta a um
sinal exterior.
Geralmente existe um par cinase/fosfatase para cada protena no grupo de protenas.
Os processos de fosforilao e desfosforilao so quase sempre cclicos
A degradao do glicognio no msculo esqueltico e no fgado regulada pela
quantidade relativa de duas formas de enzima:
o Fosforilase A mais activa
o Fosforilase B menos activa
Alguns enzimas so sintetizados na sua forma inactiva e a sua activao prende-se com
a ciso de ligaes no enzima inactivo. o caso das proteases a sua inactivao
prende-se com a ligao do enzima a inibidores com pequenos valores de Kd
ligao muito forte.
Os enzimas inactivos chamam-se:
1. Zimognio
2. Proproteina
3. Proenzima
As cascatas de amplificao enzimticas so frequentemente empregues pelos
sistemas bioqumicos para se obter uma resposta rpida, sendo o sinal amplificado a
cada passo, usada na:
1. Digesto de protenas no intestino: activao de vrios proteases com
especificidade para alguns AAs.
2. Coagulao Sangunea A trombina catalisa a hidrlise de 4 ligaes
peptdicas Arg-Gly no fibrognio, libertando-se 4 fibrinopeptidos formao
de ligaes amida entre monmeros de fibrina estabilizao do cogulo.
55
Amiloidoses:
Existe uma protena numa conformao activa, por exemplo: rica em hlices . Uma
mudana conformacional leva ao enriquecimento da estrutura em folhas (estrutura
misfolded associada doena). Este processo lento (sintomas tardios), O processo
pode ser acelerado com a presena de uma mutao.
A formao de fibras amilides deve-se geralmente interaco entre folhas
insolveis perpendiculares ao eixo da fibra. A fibra no ramificada.
Doena de Alzheimer:
Doena neurodegenerativa progressiva.
Deve-se deposio extracelular de -amilide (A-).
A formao de - amilide (A-) requer uma sequncia de eventos proteolticos pelas
e - secretases numa zona hidrfoba da protena precursora de amilide (APP).
57
Uma protena tau tem influncia na doena de Alzheimer -> a sua forma fosforilada
nas dendrites potencia a toxicidade dos agregados de -amilide.
Doena de Parkinson:
Encefalopatias espongiformes:
58
Fibrose Qustica:
Doena autossmica recessiva letal mais comum na populao caucasiana.
1)
2)
3)
Fentipo clnico:
Pele ([Cl-]>60 mmol/L)
Pulmes (infeces recorrentes)
Fgado
59
Classes de mutao:
I.
Ausncia da sntese
II.
Trfego deficiente
III.
Regulao deficiente
IV.
Alterao da condutncia
V.
Reduo na sntese
Hipercolesterolmia familiar:
Mutao nos receptores das LDL.
60
Glcidos
Monossacardeos/oses:
Uma nica polihidroxicetona (aldedo).
D-glucose mais abundante (tambm chamada de dextrose).
Com 4 carbonos tendem a formar ciclos.
Oligossacardeos/Oligsidos:
Cadeias curtas de monossacridos unidas por ligaes glicosdicas.
Os dissacridos so os mais abundantes. Ex: Sacarose.
Nas clulas, os oligossacridos com 3 ou mais oses geralmente no ocorrem
individualmente encontram-se ligados a molculas no-glicosdicas
(lpidos/protenas) englicoconjugados.
Polissacridos/Polisidos:
Cadeias com 20 ou mais oses.
Existem sob a forma: - Linear: celulose.
Ramificada: glicognio.
Polmeros de D-glucose
Oses:
61
Solveis em H2O.
Alguns com sabor doce.
Cadeia no ramificada.
Ligao C-C, C-O, C=O, C-H, O-H.
Com a excepo da dihidroxicetona todas as oses tm certas quirais.
O mais simples o gliceraldedo, com um centro quiral e dois enantimeros:
62
Formas cclicas:
Na ciclizao da glusose:
o Reaco do hidroxilo em C-5 com a funo aldedo em C-1.
o Um novo carbono assimtrico em C-1 dois estereoismeros e .
o Anmeros -> diferem apenas no carbono da ciclizao (carbono anomrico).
o Anel de 6 membros piranose.
o A classificao em ou prende-se com se o grupo OH no carbono
anomrico est na mesma posio do grupo OH do carbono mais longe.
63
o
o
o
A necessidade de fosforilar a glucose prende-se com o facto de, com a nova carga
negativa a glucose no possua membrana sai da clula.
64
Disidos
Nomenclatura de disidos:
O nome descreve o disido com a extremidade no redutora esquerda.
Indicar:
1) A configurao ( ou ) do carbono anomrico que junta a ose mais
esquerda segunda ose.
2) O nome do resduo de ose no redutor (inserindo a designao forano ou
pirano)
3) Entre parntesis quais os tomos do carbono envolvidos na reaco.
4) O nome do segundo resduo.
5) Na mesma sequncia, caso haja mais do que dois resduos.
65
Maltose
D glucopiranosil (1 4) D glucopiranose.
Glc ( 1 4) Glc
Como abreviaturas tambm se podem denominar glcidos (assim como smbolos com
cores).
Ex: Arabinose Ara
Frutose Fru
Galactose Gal
Glucose Glc
Manose Man
Lactose
o D galactopiranosil (1 4) D glucopiranose
o Gal (1 4) Glc
o Disido redutor.
o Existe no leite.
Sacarose
o Fru (2 1) Glc --- Glc (1 2) Fru
o No redutor.
o Formado por plantas e no por animais.
o Intermedirio na fotossntese.
Trealose
o Glc (1 1) Glc
o Constituinte maioritrio na hemolinfa, servindo para
acumulao de energia.
66
Polisidos
Heteropolisidos
Mais do que um tipo de ose
Parte estrutural (suporte extracelular)
homopolisidos
S um tipo de ose
Armazenamento; alguns estruturais
1)
2)
3)
4)
Homopolisidos de armazenamento
Amido
Glicognio
Dextranos
Inulinas
1) Amido:
Cadeias longas no ramificadas de resduos de D-glucose com ligao (14)
Contm dois tipos de polmeros de Glc (amilose e amilopectina)
Amilose: cadeia no ramificada de resduos de D-glucose ligados por (14);
uma extremidade redutora.
Amilopectina: altamente ramificada; ligao (14); as ramificaes ocorrem
de 24-30 resduos em 24-30 resduos e so (16); uma extremidade
redutora; muitas que no o so.
As extremidades redutoras so as que so removidas enzimaticamente
quando o amido mobilizado para a produo de energia.
Estrutura helicoidal entre os dois polisidos.
2) Glicognio
Principal polissacrido de armazenamentos nos animais.
Estrutura semelhante da amilopectina mas mais compacta (ramificao (
(16)) a cada 8-12 resduos).
Especialmente abundante no fgado (7% de massa seca) e no msculo
esqueltico.
Uma nica extremidade redutora (um glicognio com n ramificaes tem n+1
no redutoras).
A degradao em glucose feita nas extremidades no redutoras.
Armazena-se na forma de glicognio e no de glucose j que:
67
3) Dextranos
Polisidos bacterianos e de leveduras.
Poli-D-glucose em ligao (16) e ramos em (13), (14) ou (12).
Existem na placa bacteriana dentria.
Faz parte da matriz slida usada em cromatografia de excluso molecular
(baseada no tamanho das macromolculas)
4) Inulinas
Polisido de armazenamento em vegetais (sobretudo nas razes).
Poli-D-frutose em ligao (21) e um resduo de D-glucose terminal.
Homopolisidos de estrutura
1) Celulose
2) Quitina
1) Celulose
Insolvel em H2O ligaes de hidrognio intracadeia.
Parede celular de plantas (caules, troncos e mais partes lenhosas).
H semelhana com a amilose linear, sem ramificao.
Diferente da amilose todos os resduos se encontram na folha .
Ligao (14) isto leva a que a celulose no possa ser degradada
enzimaticamente.
o O glicognio e o amido ingeridos so digeridos pelos amilases e
glicosidases (com ligao (14)).
Trmitas conseguem digerir celulose devido unicamente presena de
microorganismos com os quais se encontram em simbiose.
o
2) Quitina
Linear, composto por resduos de N-acetilglucosamina em (14).
Tambm no pode ser digerida por vertebrados.
Esqueleto duro de muitos artrpodes.
68
Folding de homopolisidos
1) Ligaes covalente (osdicas) entre oses nvel primrio.
2) Estabilizao por interaes fracas intra e intermoleculares: ligaes de hidrognio
com especial papel devido quantidade de grupos OH.
Existe rotao em torno da ligao C-O na ligao glucosdica, havendo no
entando posies proibidas.
Continuam a haver ngulos caractersticos e , anlogos aos da ligao
peptdica.
o Na amilose os ngulos de so de tal ordem que existem seis resduos
por volta o centro das voltas tem o tamanho apropriado para
-
Heteropolisidos estruturais
1) Peptidoglicanos
2) Agar
3) Glicosaminoglicanos
1) Pptidoglicanos
Presentes nas paredes celulares bacterianas.
Polmero de NAG (N-acetilglucosamina) e NAM (cido N-acetilmurmico) com
(14).
Fazem ligao com pequenos pptidos que servem de cross-link entre cadeias
de NAG+NAM previne inchamento e lise celular ligaes cruzadas so
hidrolizadas pelo lizosima e so impedidas de se formarem pela penicilina que
actua no transpeptidase, capaz de formar estes cross-links.
2) Agar
3) Glicosaminoglicanos
Famlia de polmeros lineares formados por repeties de resduos de
disidos.
o 1 ose (obrigatria) NAG ou NAM
69
1) Proteoglicanos
Macromolculas da superfcie celular os matriz extracelular com uma ou mais
cadeias de glicosaminoglicanos ligados covalentemente a uma protena da
membrana ou secretada.
O glicosaminoglicano muito maior que o resduo proteico e o centro principal
de funo.
Existe no tecido conjuntivo (cartilagem).
Proteoglicanos na membrana.
o ncora peptdica e presena de sulfato de condroitina.
o ncora lipdica.
2) Glicoprotenas
Associao covalente de um ou mais oligsidos (de complexidade varivel) a uma
protena
70
3) Glicolpidos
Lipidos da membrana cujas cabeas hidrfilas so oligsidos
Funo semelhante s glicoproteinas (reconhecimento)
As zonas glicdicas de alguns esfingolipidos determinam o grupo sanguneo:
R0
antignio O
R GalNAc
antignio A
R Gal antignio B
Lectinas
Protenas ubquas que usam glcidos com elevada capacidade de especificidade.
Envolvidas nos processos de reconhecimento e na sinalizao e adeso celular e no
targeting intracelular de protenas recm sintetizadas.
Alguns agentes patognicos microbianos possuem lectinas que medeiam a adeso
bacteriana s clulas do hospedeiro.
71
Lpidos
Funo:
o Armazenamento Triacilgliceris
o Estrutura membranar Fosfolpidos/ Esfingolpidos/ colesterol
o Regulao hormonas
Em baixa concentrao:
Receptores especficos;
Cascatas de amplificao.
cidos gordos:
Constituintes fundamentais dos lpidos
cidos carboxlicos com longas cadeias de carbono
Cadeias em geral lineares com n par (mais comum devido ao Acetil-CoA) ou
mpar de carbonos
Em alguns casos existem anis de 3 carbonos, grupos metilo e grupos hidroxilo
Existem mais comummente cadeias com n par de carbonos devido sua
prpria sntese (pelo Acetil-CoA)
As ligaes duplas de cidos gordos polinsaturados raramente so conjugadas,
mas sim separadas por um grupo metileno.
-CH=CH-CH=CH-
-CH=CH-CH2-CH=CH-
72
cido hexadecanoico
16 : 0
N de duplas
16 Carbonos
Saturado
cidos cis-9-octadecenoico
N de carbonos
18 : 1 (9)
Duplas no carbono 9
N de duplas
18 Carbonos
Insaturado
N de carbonos
20 : 4 (5,8,4,11)
cido araquidnico
-3
o
A presena de uma ligao dupla do tipo cis
introduz uma dobra na molcula de cidos gordos -> o empacotamento
torna-se menos eficiente.
o
Estas diferenas nos empacotamentos
influenciam as propriedades fsicas dos cidos gordos (nomeadamente o
ponto de fuso)
73
74
Ceras
steres de longas cadeias (C14 a C36) de cidos gordos saturados/insaturados
com alcois de cadeia longa (C16 at C80).
Ponto de fuso geralmente mais altos que os triacilgliceris.
So a principal fonte de armazenamento de energia no plncton.
Esto presentes nas folhas de algumas plantas, nas penas dos pssaros, na pele
de alguns animais tm propriedades impermeveis.
Cinco
lpidos
membranares
principais:
1) Glicerofosfolpidos
75
76
3) Esfingolpidos
Cabea polar e duas caudas apolares.
No contm glicerol mas sim esfingolina como unidade base (a esfingolina
um lcool insaturado com 15 carbonos e 1 grupo amina).
Os carbonos 2 e 3 so semelhantes ao glicerol.
3 classes de esfingolipidos (todos so derivados da ceramida com OH no C1 e
com cido gordo ligado ao NH2 do C2).
Esfingomielina
o Contm fosfocolina ou fosfoetanolamina na cabea polar (C1).
o Semelhantes s fosfotildicolinas nas suas propriedades; arranjo
tridimensional e pelo facto de no terem carga na sua cabea.
o So um componente abundante nas membranas plasmticas
de clulas animais em particular na bainha de mielina que
rodeia e isola os axnios de alguns neurnios.
Glicoesfingolipidos
o Abundantes na membrana exterior.
o Possuem um ou mais oses ligadas ao OH no C1 da ceramida.
o No contm fosfato.
1) Cerebrsidos tm um nico glcido ligado ceramida.
Os que contm galactose so encontrados na membrana
77
Ganglisidos
o As suas cabeas polares possuem oligossacridos ligados ao
OH da ceramida por um resduo de glucose.
o Estes possuem um ou mais resduos de cido silico.
4) Esterides
Vitamina D
Esteris
o Esterides com OH no C3 do ncleo.
o Cadeia aliftica no C17.
Colesterol
o Molculas anfipticas.
o A sua planaridade e rigidez permite controlar a fluidez das
membranas plasmticas das clulas animais obriga a que a
cadeia acil dos fosfolpidos (entre outros) tome uma estrutura
mais alongada.
o Tambm tem funo em termos de permeabilidade (o
aumento de colesterol causa a diminuio da permeabilidade).
O tipo de esterol presente nas membranas plasmticas depende
do tipo de organismo.
Bactrias no conseguem sintetizar esteris, podendo no entanto
incorporar esteris exgenos na sua membrana.
Membranas biolgicas
Funo:
o Compartimentalizao
o Comunicao entre o meio externo e o interior da clula.
o Comunicao clula-clula.
o Forma celular e mobilidade.
o Composio e arquitectura.
79
Protenas membranas
Perifricas/extrnsecas.
Integrais/intrnsecas.
Com ncoras lipdicas.
Anfitrpicas.
ncoras lipdicas
Algumas protenas membranares possuem um ou mais lpidos ligados a si
covalentemente.
Estes lpidos garantem uma ncora hidrfoba que se insere na bicamada e
mantm a protena na superfcie da membrana.
A ancoragem pode ser fraca e em alguns casos reversvel.
Protenas anfitrpicas
Encontram-se tanto no citosol como ligadas membrana.
80
Protenas integrais
Classes:
o Feixes de hlices
o Barris
Presentes na membrana externa de Gram negativo.
Porinas: permitem a passagem de solutos polares.
Por norma as regies hidrfobas da protena encontram-se a atravessar a
membrana.
Resduos de aminocidos aromticos (Trp, Tyr, Phe) encontram-se na fronteira
entre os lpidos e o meio aquoso as cadeias laterais actuam
simultaneamente com a fase lipdica e aquosa.
Resduos carregados negativamente encontram-se geralmente em contacto
com a fase aquosa.
81
Outros lpidos
Eicosanides
Derivados de cidos gordos que actuam como hormonas parcrinas (aco a
curta distncia).
Envolvidos em processos como a funo reprodutora, inflamao, febre, dor
associada a um trauma ou doena, etc.
Derivados do cido araquidnico 20:4 (5, 8, 11, 14) produzido por hidrlise de
fosfolpidos de membrana em resposta a sinais externos.
A degradao dos fosfolpidos assegurada pelo fosfolipase A2.
Classes:
1) Prostaglandinas
o Regulam a sntese de cAMP (mensageiro secundrio)
2) Tromboxanos
o Produzidos pelas plaquetas
o Induzem a constrio dos vasos sanguneos e a agregao das
plaquetas.
82
3) Leucotrienos
o Responsveis por choques anafilticos.
Hormonas esterides
Derivados oxidados dos esteris.
Possuem o ncleo esterol mas no a cadeia aliftica ligada ao anel D, pelo que
so compostos mais polares.
So transportadas na corrente sangunea (ligadas a protenas) desde o seu
local de produo at ao rgo alvo.
Ligam-se a receptores no ncleo, desencadeando alteraes ao nvel da
expresso gnica e, logo, no metabolismo.
Exemplos:
o Andrognios
o Estrognios
o Glucocorticides
o Mineralocorticides.
Vitaminas
D
o
o
A
o
o
o
Retinol.
Obtida a partir do -caroteno.
Percursos do cido retinico pigmento visual presente na retina dos
vertebrados e que est envolvido na resposta luz.
K
o
Transportadores electrnicos
Transportadores electrnicos isoprenides envolvidos nas reaces de
oxidao-reduo que conduzem sntese de ATP.
Ubiquinona (ou coenzima Q) mitocndrios.
83
Plastoquinona cloroplastos.
Pigmentos
Longos sistemas de ligaes duplas conjugadas responsveis pela absoro de
radiao na regio visvel do espectro electromagntico, o que lhes confere a
sua cor caracterstica.
Esto presentes nas plantas e nas penas dos pssaros.
84
Funo:
o DNA armazenamento e transmisso da informao biolgica.
o RNA rRNA composio dos ribossomas
mRNA intermedirio da informao gentica
tRNA
molculas
adaptadoras envolvidas
na sntese proteica
Nucletido: pentose [(desoxir)ribose] +
base azotada (prica ou pirimdica) +
fosfato.
Nuclesido: pentose + base azotada.
A ligao da base pentose d-se no C1
da pentose (ligao tipo ) com o azoto 1
das bases pirimidicas ou o azoto 9 das
bases pricas.
A ligao da pentose com o fosfato no
carbono 5 e uma ligao ster.
Os carbonos das bases so numerados de 1 a ; os das pentoses so
numerados com 1, 2, 3, etc.
Pode ocorrer (raramente) uracilo no DNA e timina no RNA a grande distino
entre o RNA e o DNA pois a pentose.
A diferena entre as bases a presena de um grupo OH no carbono 2 na
ribose e a presena de um s um H no 2 da desoxirribose.
4 dos 5 tomos da pentose esto no mesmo plano o C2 ou o C3 ou esto
endo (na mesma posio do C5) ou exo (fora do plano/posio do C5).
Pirimdicas planas.
importante para a estrutura terciria
Pricas quase planas.
Nvel primrio de estrutura do DNA e do RNA.
o O grupo fosfato na posio 5 liga-se ao grupo OH do C3 ligao
fosfodister.
o O back-bone tanto do DNA como do RNA hidrfilo grupos OH das
pentoses formam ligaes de H como a gua.
o O grupo fosfato tem pka 0 ionizado a pH=7 ligao a protenas
bsicas (histonas), caties (Mg2+) e poliaminas (espermina).
o Conveno de escrita de 5 para 3.
o O RNA rapidamente hidrolisado (na ligao fosfodister) em condies
alcalinas, ao contrrio do DNA (no possui OH no C2).
Bases nucleotdicas:
o Bases fracas.
o Absorvem na zona do UV (260nm) devido ao carcter parcial das ligaes
duplas.
85
o
o
o
Estrutura do DNA
Nvel primrio cadeia de poli(desoxir)ribonucletidos (sequncia de bases e
ligaes covalentes).
Nvel secundrio qualquer estrutura regular e estvel formada por todos ou
alguns resduos de nucletidos num cido nucleico.
Nivel tercirio folding (complexo) de cromossomas na cromatina
(eucariotas) ou nos nucleides (bactria).
Dupla hlice:
o O anel da desoxirribose est na conformao endo.
o Hlices anti-paralelas.
Estrutura 3D do DNA
Molcula muito flexvel
Rotao em torno do esqueleto ose-fosfato
Flutuao trmica consegue produzir dobragem, esticagem e
desemparelhamento.
Rotao entre as ligaes do esqueleto pentose-fosfato.
Tambm existe rotao em torno da ligao da pentose base.
Devido a constrangimentos estereoqumicos , as purinas esto
restritas s conformaes syn e anti; as pirimidinas esto
restritas s anti.
86
o
o
Palindromas
Repetio em espelho
87
DNA-H: podem ocorrer zonas com tripla hlice que produzem uma dobra no DNA.
Estas zonas so geralmente zonas de ligao a protenas.
So regies particularmente envolvidas na regulao da expresso gnica.
DNA
Transcrio
RNA
Estrutura do RNA
O RNA comeou a ser pensado como o intermedirio entre protenas e
DNA porque:
1. Existe tanto no ncleo como no citosol.
2. O aumento na sntese proteica aumento na sintese de RNA
aumento da taxa de turnover.
88
90
Nucletidos funcionais
1) Transportadores de energia
o O fosfato ligado covalentemente ao C5 de um ribonucletido pode ter
mais um ou dois fosfatos ligados a si (fosfatos , , ).
o A hidrlise destas ligaes fornece bastante energia.
o O maior exemplo a adenosina trifosfato (ATP).
o Pode tambm ocorrer na forma de GTP, UTP e CTP.
o As ligaes entre fosfatos so fosfoanidrido.
o A ligao do fosfato com o C5 da ribose so ligaes ster.
2) Componentes de cofactores enzimticos
o A adenosina tem um papel muito importante.
o Os cofactores enzimticos aos quais ela se liga no apresentam
semelhana estrutural, exceptuando a sua presena.
o A adenosina no participa directamente na reaco mas a sua remoo faz
com que a taxa desta diminua acentuadamente.
o A remoo do nucletido de adenosina no 3-difosfato do acetoacetil-coA
reduz a sua reactividade como substrato para o -cetoacil-coA transferase
num factor de 10%.
o Embora se desconhea o papel certo da adenosina esta pode ter efeitos na
potenciao da ligao do substrato ao enzima.
3) Mensageiros qumicos
o Geralmente o segundo mensageiro na sinalizao celular um nucletido.
o O mais comum o 3, 5-monofosfato cclico de adenosina, cAMP.
o O cAMP formado a partir do ATP numa reaco catalisada pelo adenilil
ciclase.
o O cAMP regulador em quase todas as clulas excepto nas vegetais.
o Outros exemplos: cGMP, ppGPP (produzido em bactrias aquando da falta
de a.a. impede a sntese proteica desnecessria).
92
o Vectores
1) Plasmdeos
2) Bacterifagos
3) Cromossomas artificiais bacterianos
1) Plasmdeos
Molculas circulares de DNA que se replicam separadamente do resto do
cromossoma bacteriano.
Podem ser inseridas em bactrias por um processo chamado transformao
Como nem todas as bactrias fazem o uptake do plasmdeo inserido, este
normalmente possui tambm um gene com resistncia a um antibitico (ou
outra substancia necessria ao crescimento bacteriano em determinadas
condies) s as bactrias com o plasmdeo resistem a ambientes
antibiticos. Este gene chamado mercador selectivo.
94
2) Bacterifagos
Usados para molculas maiores de DNA.
Cerca de 1/3 do genoma do fago no essencial, podendo ser substitudo.
Introduzem-se no fago 3 pedaos de DNA: 2 essenciais e 1 filler o filler
(que se encontra entre os 2 essenciais) depois ignorado, juntando-se e
inserindo-se entre os 2 essenciais DNA foreign para que o DNA possa ter
tamanho suficiente. Com estes pedaos de DNA, os fagos so colocados em
contacto com um extracto bacteriano.
Replicao de DNA
o Dogma central da biologia molecular (alguns vrus podem fugir a este dogma)
96
As clulas so lavadas e
passam a crescer com 14N
o
o
97
Fases de replicao
1) Iniciao
2) Elongao
3) Terminao
1. Iniciao
Reconhecimento da origem de replicao (zona bem conservada rica em A=T).
Ligao do DNAA (complexo proteico).
Desnaturao da dupla hlice.
Ligao do DNAb e do DNAc para manter a desnaturao.
98
2. Elongao
3. Terminao
Em E. Coli os dois garfos de reparao eventualmente encontram-se num local
com 20 bp chamado Ter .
Os ter servem de locais de ligao para a protena Tus o complexo Ter Tus
perde o primeiro garfo de reparao que chegar a si impede que um garfo
comece a repetir de mais caso um outro se atrase (por exemplo com processos de
proof reading).
As duas molculas de DNA resultantes esto interligadas (catenanos).
Os catenanos so separados pelo topoisomerase IV.
Transcrio
Rna
o
o
o
o
99
RNA polimerase
Necessita de:
o
o
o
o
o
o
o
o
o
o
o
o
o
100
101
Processamento de RNA
o Os mRNAs em eucariotas so modificados pela adio de um resduo de 7
metilguanosina na 5 e uma cauda de polia na 3 preveno em relao
aco de exonucleases
o No existe proteco em procariotas j que aps a sua transcrio estes so
quase imediatamente traduzidos no existe compartimentao celular.
o Os mRNAs sintetizados contm intres, removidos por splicing (complexo RNA
protena snRNPs
o rRNAs e tRNAs so formados por hidrlise de molculas maiores (pelos
nucleases)
o A eliminao de intres prende-se com a presena de sequncias especficas
no seu incio e no seu fim
Sntese de DNA/RNA depende de RNA:
Pelo transcriptase reverso (presente nalguns vrus)
O transcriptase reverso permite a sntese de cDNA a um molde
de RNA
Hiptese de Wobble
o Quando vrios codes tm mesmo aa a diferena entre eles geralmente o 3
ribonucletido na posio 3
o O tRNA emparelha com o mRNA atravs de uma sequncia de 3 bases
anticodo. A primeira base do codo emparelha com a terceira base do anti codo.
o Se fossem seguidas as regras de emparelhamento de watson e cricK deveria existir
um tRNA para cada codo no o caso!
o Os anticodes de alguns tRNas contm o nucletido inosinato (coma base
hipoxantina)
102
o
o
Este inosinato tem a capacidade de formar ligao com A, U e G, se bem que estas
ligaes sejam mais fracas que as previstas por Watson e Crick.
Assim, a primeira base de um anti-codo forma uma ligao baloiante (wobble)
coma terceira base do codo
o Hiptese de wobble:
1) As duas primeiras bases do codo formam emparelhamentos fortes Watson-Crick
2) A primeira posio do anti-codo determina o nmero de codes reconhecidos
pelo tRNA. Se aa da primeira posio se encontar:
a) C;A emparelhamento especfico, s um codo reconhecido
b) U; G emparelhamento menos especfico e dois codes podem ser
reconhecidos
c) I podem ser reconhecidos 3 codes
Sntese Proteica
5 passos:
1) Activao de aas
2) Iniciao
3) Elongao
4) Transcrio e reciclagem ribossomal
5) Folding e processamento ps-traducional
1) Activao de aas
a) O grupo carboxilo dos aas tem de ser activado para facilitar a formao de
ligao peptdica
b) Tem de ser criada uma ligao entre cada novo aa e a informao que o
codifica ao nvel do mRNA
o Ambos os requisitos so conseguidos ligando o aa a um tRNA no
primeiro passo da sntese proteica (no citosol) cada aa encontra-se
ligado covalentemente a um tRNA especfico custa de ATP, e usando
enzimas dependentes de Mg 2+ (aminoacil tRNA sintetases)
103
2) Iniciao
3) Elongao
o
o
o
O pptido vai sendo formado pela ligao covalente entre os vrios aas,
cada um dos quais levado at ao ribossoma correctamente posicionado
graas ao seu tRNA que emparelha com o codo certo de mRNA.
A elongao necessita de outras protenas citoslicas (factores de
elongao)
A ligao de cada aminoacil tRNA e o movimento do ribossoma so
processos facilitados pela hidrlise do ATP
Ribossoma
o
o
o
16S
rRNA+ 21
protenas
60S
5S + 28S + 5,8 S +
aproximadamente
49 protenas
40S
18S +
aproximadamente
33 protenas
tRNA
Relativamente pequenos
Uma cadeia de RNA num folding 3D (73 93 nucletidos)
8 ou mais bases ou acares so modificadas (ex. metilao)
A maior parte possui um guanilato (pG) na extremidade 5 e tem a sequncia CCA na
extremidade 3.
Estrutura em trevo de 4 folhas devido s ligaes de H
Os mais longos possuem um 5 brao
2 das bases tm papel crucial na funo adaptadora: braa do aa (leva um aa
esterificado pelo grupo carboxilo no 2 ou 3 do tRNA) bastante afastados
Brao do anticodo antes o anticodo (7 nucletidos desemparelhados)
- Brao D contm nucletido pouco comum dihidrouridina)
- Brao T
); com residuidade.
105
2) Iniciao da sntese
Comeam no terminal amina vo sendo adicionados resduos
sucessivamente ao terminal carboxilo
Assim, o o codo de iniciao AUG especifica um resduo de metionina no
terminal amina (caso esta metionina no seja hidrolisada, ps
traducionalmente)
Embora a metionina s tenha um codo (AUG) todos os organismos tm 2
tRNAs por metionina (1 para quando AUG o codo de iniciao e outro
quando a metionina tem posio no meio da cadeia)
Em bactrias os dois tipos de tRNA para a metionina so designadas por tRNA
Fnet (para iniciao) e tRNA met
O aa incorporado no tRNA Fmet o N- formilmetionina
A formao deste complexo serve os seguintes passos:
a) Metionina ligada ao tRNA Fmet pelo Met tRNA sintetase
b) Um transformilase transfere um grupo formil do N10
formiltetrahidrofolato para o terminal amina da metionina
O transformilase mais especcifico que o metionina tRNA
sintetase especifico para metionizao ligadas ao tRNA
Fmet
A adio do grupo formil permite a entrada da Fmet no meio
da cadeia
Para alm disso, s o Fmet tRNA F met que tem a
capacidade para se ligar a um local no ribossoma especfico
para a iniciaoda sintese
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O 5 (AUG) posicionado na posio P (nico stio onde se consegue ligar o F met tRNA
F met, sendo este o nico aminoacil RNA que se liga primeiro ao stio P . Esses outros
ligam-se primeiro ao A. O IF 1 impede a ligao do F met tRNA F met no local A
2 o complexo com 30S + If 3 mRNA unido pelo IF 2 ligado a ATP e pelo Fmet tRNA
Fmet emparelhanmento do anticodo com o codo.
3 este complexo liga-se com 50S ao memso tempo que o ATP libertado do IF 2 e
hidrolisado em ADP+ Pi , e todos os 3 IFs saiam agora do complexo
Est assim formado o complexo de iniciao: a ligao correcta do Fmet tRNA F met ao
local P no complexo ribossomal 70S assegurada:
1) Pela interaco codo- anticodo com o AUG no stio p do mRNA
2) Interaco entre sequncia de Shine- Dalgarmo no mRNA e o RNA 16S
3) Interaco entre o local P e o F met tRNA F met
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A traduo em eucariotas tem algumas diferenas, sendo que a maior parte delas est
na iniciao, onde existem pelo menos 9 IFs; pode dar-se aligao entre as 5 e a 3 do
mRNA pelas PAB (poly a binding protenas); existem factores de iniciao (eIF4A) com
funo de velocidade destruindo a estrutura secundria do mRNA (o que no ocorre
em procariotas, as tradues seguidas de transcries no h compartimentao
celular).
3) Elongao
Necessita de:
o O complexo de iniciao descrito acima.
o Aminoacil-tRNAs.
o Um conjunto de 3 factores de elongao (EF-Tu, EF-Ts, EF-G).
o GTP.
Elongao em eucariotas:
o 3 factores de elongao citoslicos (eEF1 EF-Tu; eEF1 - EF-Ts; eEF2 EFG)
o No possui stio E o tRNA so directamente do stio P.
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Proofreading no ribossoma
Dissociao de aminoacil-tRNAs incorrectos.
Grande parte de energia gasta na sntese deve-se garantia da fidelidade do
processo.
o Note-se que a energia fornecida menor necessria para a formao
da ligao peptdica.
4) Terminao
Sinalizada pea presena de um dos trs codes stop (UAA; UAG; UGA)
Em bactrias quando um codo de terminao ocupa o local A, trs factores de
terminao/factores de libertao RF-1, RF-2, RF-3, contribuem para:
o Hidrlise da ligao terminal peptidil-tRNA;
o Libertao da protena livre e do tRNA agora descarregado do stio P;
o Dissociao do ribossoma 70S em 30S e em 50S (feita provavelmentepelo RF3)
RF-1: reconhece UAG e UAA
RF-2: reconhece UGA e UAA
Estes ligam-se ao codo stop e induzem o peptidiltransferase a
transferir o pptido para uma molcula de H2O em vez de para outro
aminocido.
Os RFs tm domnios que imitam a estrutura do tRNA.
Em eucariotas um nico RF reconhece os trs codes stop.
o Polissomas Agregados de 10 a 100 ribossomas ligados mesma molcula de
mRNA.
Sntese simultnea de vrias cadeias polipeptdicas a partir do mesmo
mRNA.
Modificao do terminal N e C.
o O grupo fornilo e o resduo de metionina so removidos.
o Acetilao do grupo amina em N (eucariotas)
Perda da sequncia de sinal.
o Sequncia que se encontra no incio do pptido para que este chegue sua
localizao celular removida por peptidades.
Adio de grupos prostticos.
Formao de ligaes persulfureto (proteco contra a desnaturao principalmente
por protenas extracelulares).
Fosforilao enzimtica de AA (ocorre nos OH Thr, Tyr, Ser).
Carboxilao de Glu (comum na protrombina usa Ca2+).
Metilao de Lys e Glu.
Ligao de resduos osdicos.
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111
Metabolismo
o
Objectivos
Obter energia qumica
Converter molculas dos nutrientes em molculas caractersticas das
clulas
Polimerizar os percursores monomricos
Sintetizar e degradar biomolculas necessrias para funes celulares
especializadas
No metabolismo, a escolha de vrios passos numa via serve para por
exemplo, oxidar a glucose prende-se com o facto de que no 1 processo
existem vrias pequenas Eact; se a reaco fosse realizada como um todo
existiria uma grande Eact nica
Vias metablicas srie de reaces consecutivas, catalisadas
enzimaticamente e reguladas de forma articulada
um percursos A convertido num produto final F atravs de
uma srie de intermedirios B, C, D, E (metabolitos)
A organizao dos enzimas nas vias metablicas feita de modo a que se
possa separar de alguma forma reacoes de anabolismo e catabolismo
(tambem com o auxilio, em eucariontes, de compartimentao celular). Para
alem disso costuma existir um complexo de enzimas. Neste costume existir
chaneling do produto, para um segundo enzima, onde P1=S2
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Gliclise
o
o
1) Fosforilao da glucose
A glucose activada com a sua fosforilao em C6
O ATP dona o fosfato forma-se glucose 6-fosfato
Reaco irreversvel, catalisada pelo hexocinase
Tambm precisa de Mg2+ o verdadeiro substrato do hexocinase o
MgATP2+ e no o ATP4 O Mg2+ tira carga negativa ao fosfato este fica mais susceptvel a ataque
nucleoflico do OH da glucose
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3) Fosforilao a 1,6-bisP-frutose
A fosfofrutose cinase (PFK-1) catalisa a transferncia de um fosforilo do
ATP para a frutose-6-P
Reaco essencial/irreversvel
1,6-bisP-frutase s tem como destino a gluclise (ao contrrio da
glucose-6-P + frutose-6-P)
O PFK1 um dos enzimas de regulao mais complexos activao em
[ATP] baixa.
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4)
Hidrlise do 1,6-bisP-frutose
O enzima frutose 1,6-bisfosfato aldolase (aldolase) catalisa a condensao aldlica
reversvel
A frutose 1,6-bisP-frutose clivada em 2 trioses fosfatadas (gliceraldeido 3-fosfato
e fosfato de dihidroxiacetona)
Como existe pouco produto e este pouco consumido existe uma certa tendncia
para a irreversibilidade
5) Interconverso de trioses
O fosfato de dihidroxiacetona rpida e reversivelmente convertido a
gliceraldeido 3-P pelo quinto enzima da via glicoltica triose fosfato isomerase
6) Oxidao a 1,3-bisP-glicerato
Oxidao do 3-P-gliceraldedo a 1,3-bisP-glicerato catalisada pelo 3-P-gliceraldedo
desidrogenase
A oxidao do aldedo forma um cido carboxlico anidrido com alto potencial
energtico na sua hidrlise
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8) Converso a 2-P-glicerato
O enzima fosfoglicerato mutase catalisa a mudana reversvel do grupo fosforilo de
C-2 para C-3 no glicerato
Mg2+ essencial
A reaco ocorreu em dois passos:
o Um grupo fosforilo ligado a uma His do mutase transferida para o OH do
glicerato -> 2,3-bisfosfatoglicerato
o O fosforilo do C-3 transferido para o mesmo resduo de His
9) Desidratao a fosfoenolpirulato
O enolase promove a remoo reversvel de um H2O do 2-P-glicerato, formando-se
fosfoenolpirulato
A perda de H2O leva redistribuio de energia no substrato, aumentando
significativamente a energia que resultar da hidrlise do grupo fosforilo.
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Reaco global: glucose + 2ADP + 2AND+ + 2Pi -> 2pirulato + 2NADH + 2H+ + 2ATP +
2H20
G0=-85Kj.mol-1 (muita energia ainda contida no pirulato)
Importncia da fosforilao:
o Todos os intermedirios glicolticos so fosforilados:
1) No h transportadores para derivadas fosforilados das oses-> a
clula no gasta energia na manuteno dos intermedirios no seu
interior
2) Os grupos fosforilo so componentes essenciais da conservao
enzimtica de energia metablica -> a funo de intermedirios
fosforilados de elevado contedo energtico (1,3-bisP-glicerato e
PEP) essencial para sntese de ATP
3) A energia de ligao dos grupos P ao centro activo das enzimas
baixa a energia de activao e aumenta a especificidadecomplexas Mg2+ desempenham papel importante.
Em anaerobiose gasta-se muito mais glucose para obter a mesma energia efeito
de Pasteur.
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