Instituto Tecnolgico de La Paz

Ingeniera Bioqumica
Bioinformtica
Practica data monkey
Arriola Machado Jos Bernardo

Laboratorio
Vamos a utilizar la herramienta en lnea Datamonkey (www.datamonkey.org) para observar
el efecto de la seleccin en las secuencias de nuestro inters. Datamonkey es una
herramienta muy sencilla y de gran alcance que proporciona acceso a analices complejos y
sofisticados respecto a la evolucin. Estos anlisis se llevan a cabo en un mando a distancia
servidor de forma que no es necesario el acceso a una estacin de trabajo de alta potencia.
Datamonkey utiliza el paquete HyPhy (Pond et al., 2005), que es un paquete multiplataforma muy potente para llevar a cabo los anlisis basados en la verosimilitud de las
tasas y patrones de evolucin de secuencias.
1. Ir al sitio www.datamonkey.org/dataupload.php.

2.-Carga el archivo del alineamiento mltiple de secuencias.

* Utilice el botn Examinar para buscar el archivo de datos en su computadora

* Seleccione Codn como Tipo de datos
* Seleccione el cdigo gentico, en este caso universal.
* Haga clic en cargar;
* Examine sus datos. Datamonkey reporta algunas estadsticas sobre el
alineamiento.
Resultado
Se us el archivo DataMonkey_DNA_alligned.fas

- El nmero de secuencias;
- Columnas (sitios de codones);
- Particiones. Esto es slo para alineaciones con secuencias recombinantes,
donde habr uno para cada fragmento no recombinante;
- Una traduccin de aminocidos de la alineacin en mltiples formatos. La

versin pdf ofrece un buen informe en de la secuencia consenso. Los pequeos nmeros al
lado de cada letra
de aminocidos indican el nmero de casos en la alineacin.
- Frecuencias de base;
- Tambin puede verificar que la alineacin se ha subido correctamente al
seleccionar una secuencia utilizando el men desplegable, y realizar un alineamiento
empleando BLAST contra
la base de datos de secuencia de nucletidos NCBI no
redundante;
3. Seleccionar ir al menu de analices.

4. SLAC Analysis Setup.

* Datamonkey asigna un identificador (Job ID) a cada archivo cargado
exitosamente. Este IDs puede ser usado para seguir todos los analices realizados en el
alineamiento. Darle click en el link resultara en estatus de este alineamiento.

Para este caso para analicis de SLAC no tiene disponible alineamiento de nucleotidos
* Datamonkey provee un rango de diferentes analices, estos pueden ser seleccionado en la
ventana donde dice mtodo. En esta prctica utl
Investigar que es seleccin natural positiva y que es seleccin natural negativa.
Los rasgos o caracteres de un organismo estn sometidos a una seleccin natural positiva,
negativa o neutra. As, unos rasgos pueden quedar seleccionados para beneficiar la
reproduccin de un organismo (positiva), o perjudicarla (negativa), caso este ltimo que
tender y culminar con su marginacin o desaparicin. Por su parte, un rasgo puede
acompaar a otros rasgos seleccionados, pero no influir para nada en el resultado final de la
accin selectiva (neutra).

Investigar en que consiste el paquete HyPhy.

HYPHY es un software multiplataforma libre (Mac, Windows y UNIX) filogentica
computacional destinado a realizar anlisis de mxima verosimilitud de datos de secuencias
genticas y equipado con las herramientas para poner a prueba diversas hiptesis
estadsticas. El nombre HYPHY es una abreviatura de "pruebas de hiptesis utilizando
filogenias".
La prueba dN/dS (tambin conocido en la Ka / Ks o ) calcula la relacin de la tasa de
sustituciones no sinnimo (dN, el nmero de sustituciones no sinnimas por no sinnimo
sitio) a la tasa de sustituciones sinnimas (dS, el nmero de sustituciones sinnimas por
sinnimo sitio).
Las sustituciones sinnimas en general, no estn expuestas a fuertes presiones selectivas, ya
que no resultar en un cambio en la secuencia de la protena; por lo tanto, tienden a
acumularse en ms o menos
una velocidad constante. Piense de esta tasa como la lnea de base por el que vamos a
comparar la tasa de sustituciones que cambian la secuencia de la protena (sustituciones no
sinnimas). En el caso de una secuencia completamente neutral (una que es libre de
cambiar sin restricciones), que se puede esperar dN sea igual que dS, o la relacin dN / dS
= 1.
Cuando hay restricciones selectivas en una secuencia (seleccin negativa), que se puede
esperar un nmero menor de sustituciones que cambien la secuencia de la protena, o un dN
inferior; por lo tanto, dN / dS <1. Mientras que en el caso de la seleccin positiva, se puede
esperar ver una mayor proporcin de aminocidos sustituidos en su poblacin (porque se
est incrementando por la seleccin positiva), por lo que resulta en un dN superior; por lo
tanto, dN / dS> 1.
Podemos determinar si un gen est bajo la seleccin positiva o negativa mediante la
medicin del radio de dN / dS. dN / dS> 1 es un fuerte indicador de la seleccin positiva.
dN / dS <1 es un fuerte indicador de seleccin negativa.