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Universidade Federal de Goias

Instituto de Cincias Biolgicas


Curso: Biomedicina
Disciplina: Bioinformtica
Paula Cristina da Mata Lopes

Relatrio I
No site do Ncbi (National Center for Biotechnology Information), temos os Popular Resources
que so os recursos populares que nos levam diretamente aos sites:

PubMed: Compreende mais de 23 milhes de citaes de literatura biomdica do


MEDLINE, revistas de cincias da vida, e livros on-line. As citaes podem incluir links
para contedo de texto completo da PubMed Central e sites de editores.
Bookshelf: oferece acesso gratuito a livros e documentos em cincias da vida e da sade.
Um n vital na rede de recursos riqueza de dados em NCBI, Bookshelf permite aos usurios
navegar facilmente, recuperar e ler o contedo, e estimula a descoberta de informaes
relacionadas.
PubMed Central ( PMC): um arquivo livre de texto completo da literatura revista
cincias biomdicas e da vida no Instituto Nacional de Biblioteca Nacional de Sade de
Medicina (NIH / NLM) dos Estados Unidos.
PubMed Health: fornece informaes para os consumidores e mdicos sobre a preveno e
o tratamento de doenas e condies. um servio prestado pelo Centro Nacional de
Informaes sobre Biotecnologia (NCBI), na Biblioteca Nacional de Medicina dos EUA
(NLM).
BLAST: Encontra regies de similaridade local entre as sequncias. O programa compara as
sequncias de nucletidos ou a bases de dados de sequncias de protenas e calcula a
significncia estatstica dos resultados. BLAST pode ser utilizado para inferir relaes
funcionais e evolutivas entre sequncias, bem como ajudar a identificar os membros de
famlias de genes.
Nucleotide: O banco de dados de nucleotdeos uma coleo de seqncias de vrias
fontes, incluindo o GenBank, RefSeq, TPA e PDB. Dados da seqncia do genoma, genes e
transcritos fornecem a base para a pesquisa biomdica e descoberta.
Genome: Este recurso organiza informaes sobre genomas, incluindo seqncias, mapas,
cromossomos, montagens e anotaes.
SNP: Banco de dados de polimorfismos de nucleotdeo nico (SNPs) e mltiplas variaes
de pequena escala que incluem inseres / delees, microssatlites e variantes nopolimrficas.
Gene: Gene integra informaes de uma ampla gama de espcies. Um registro pode incluir
nomenclatura, seqncias de referncia (RefSeqs), mapas, percursos, variaes, fentipos, e
links para genoma, fentipo, e de recursos especficas para um local no mundo inteiro.
Protein: O banco de dados Protein uma coleo de seqncias de vrias fontes, incluindo
tradues de regies codificantes anotadas no GenBank, RefSeq e TPA, bem como registros
de SwissProt, PIR, PRF e PDB. As sequncias de protenas so os determinantes

fundamentais da estrutura e funo biolgica.


PubChem: Lanado em 2004, fornece informaes sobre as atividades biolgicas de
pequenas molculas. organizada como trs bancos de dados ligados dentro do sistema de
recuperao de informao Entrez do NCBI. Estes so PubChem Substncia, PubChem
Composto e PubChem bioensaio. PubChem tambm fornece uma estrutura ferramenta de
busca rpida semelhana qumica. Mais informaes sobre o uso de cada banco de dados
componente pode ser encontrado usando os links na pgina inicial.

Alm de uma coluna de Recursos populares localizado na parte direita do site. J na parte esquerda
se encontra uma coluna de Resource List (A-Z), ou seja Lista de recursos de (A-Z). Nesta lista
contm :

All Resources (Todos os recursos) : Bioproject (anteriormente Genome Project)


Uma coleo de genmica, genmica funcional e estudos de gentica e links para os seus
conjuntos de dados resultantes. Este recurso descreve o escopo do projeto , material, e os
objetivos e fornece um mecanismo para recuperar conjuntos de dados que muitas vezes so
difceis de encontrar devido anotao inconsistente, submisses mltiplas independentes ,
ea natureza variada de diversos tipos de dados que muitas vezes so armazenados em bancos
de dados diferentes.
A base de dados biosample contm descries de materiais de origem biolgica utilizados
em ensaios experimentais .
Base de dados que os grupos de literatura biomdica , pequenas molculas, e dados de
sequncias em termos de relaes biolgicas .
prateleira de livros
Uma coleo de livros biomdicos que podem ser pesquisados diretamente ou a partir de
dados ligados em outros bancos de dados do NCBI . A coleo inclui livros didticos
biomdicos, outros ttulos cientficos , recursos genticos , como GeneReviews e manuais
NCBI ajuda.
Um recurso para fornecer um pblico , acompanhou recorde de relacionamentos relatados
entre variao humana e estado de sade observado com elementos de prova. Informao
relacionada no Genetic Testing Registro NIH ( GTR ) , MedGen , Gene , OMIM , PubMed e
outras fontes acessvel atravs de hiperlinks nos registros.
Chemicals & Bioassays (Qumica e Bioensaios) : BioSystems :Base de dados que os
grupos de literatura biomdica , pequenas molculas, e dados de sequncias em termos de
relaes biolgicas .
Recursos computacionais de Estrutura do Grupo do NCBI
Uma pgina centralizado fornecendo acesso e links para recursos desenvolvidos pela
Estrutura do Grupo de Biologia Computacional Filial NCBI ( CBB ) . Esses recursos
cobrem as bases de dados e ferramentas para ajudar no estudo de estruturas
macromoleculares , domnios conservados e classificao de protenas, pequenas molculas
e sua atividade biolgica , e as vias e sistemas biolgicos .
PubChem bIOENSAIO :Consiste de dados de bioactividade depositados e as descries de
testes de bioactividade utilizados para pesquisar as substncias qumicas contidas no banco
de dados de substncias PubChem , incluindo descries das condies e as leituras (nveis
de bioactividade ) especficas para o procedimento de triagem .
PubChem Composto: Contm estruturas nicas , validados qumicas (molculas pequenas)
que podem ser pesquisados utilizando nomes, sinnimos ou palavras-chave. Os registros
compostos podem vincular a mais de um registro PubChem Substncia se diferentes
depositantes fornecido a mesma estrutura. Esses registros compostos refletir validado
informaes representao qumica fornecido para descrever substncias em PubChem

Substncia. Estruturas armazenados dentro Compostos PubChem so pr- agrupadas e com


referncias cruzadas por grupos de identidade e similaridade. Alm disso, propriedades
calculadas e descritores esto disponveis para a busca e filtragem de estruturas qumicas .
PubChem registros de substncias contm informaes substncia enviadas eletronicamente
para PubChem pelos depositantes. Isto inclui qualquer informao sobre a estrutura qumica
apresentada , bem como nomes qumicos , comentrios e links para o site do depositante .
Data & Software (Dados e Software): Um manual completo sobre o NCBI C + + kit de
ferramentas, incluindo a sua concepo e estrutura de desenvolvimento, um C + + referncia
biblioteca, exemplos de software e demos, FAQs e notas de verso. O manual pesquisvel
on-line e pode ser baixado como uma srie de documentos PDF.
DNA & RNA: Bioproject (anteriormente Genome Project): Uma coleo de genmica,
genmica funcional e estudos de gentica e links para os seus conjuntos de dados
resultantes. Este recurso descreve o escopo do projeto, material, e os objetivos e fornece um
mecanismo para recuperar conjuntos de dados que muitas vezes so difceis de encontrar
devido anotao inconsistente, submisses mltiplas independentes, ea natureza variada de
diversos tipos de dados que muitas vezes so armazenados em bancos de dados diferentes.
Base de dados sobre variaes genticas curtas (dbSNP) :Inclui variaes de nucleotdeo nico,
microssatlites e inseres de pequena escala e excluses. dbSNP contm freqncias genotpicas e
dados especficos da populao, condies experimentais, o contexto molecular, e informaes de
mapeamento para ambas as variaes neutras e mutaes clnicos.
GenBank :O banco de dados de seqncia gentica NIH, uma coleo anotada de todas as
seqncias de DNA disponveis publicamente. GenBank faz parte do Banco de Dados de
Colaborao Internacional Nucleotide Sequence, que compreende o DNA DataBank do Japo
(DDBJ), o Laboratrio Europeu de Biologia Molecular (EMBL) e GenBank pelo NCBI. Estas trs
organizaes trocar dados em uma base diria. GenBank composto por vrias divises, a maioria
das quais podem ser acessados por meio do banco de dados de nucleotdeos. As excees so as
divises EST e GSS, que so acessados atravs dos bancos de dados de nucleotdeos EST e
Nucleotide GSS, respectivamente.
Domains & Structures (Domnios e Estruturas): BioSystems: Base de dados que os
grupos de literatura biomdica, pequenas molculas, e dados de sequncias em termos de
relaes biolgicas. Conservada Domnio de Banco de Dados (CDD) : Uma coleo de
alinhamentos de seqncia e perfis que representam domnios de protenas conservadas na
evoluo molecular. Tambm inclui os alinhamentos dos domnios a estruturas de protenas
de 3 dimenses conhecidas no banco de dados MMDB.
Estrutura (Modelagem Molecular Banco de Dados) : Contm estruturas 3D
macromoleculares derivados da Protein Data Bank, assim como ferramentas para a sua
visualizao e anlise comparativa
Genes & Expression (Gene e expresso) :Bioproject (anteriormente Genome Project):
Uma coleo de genmica, genmica funcional e estudos de gentica e links para os seus
conjuntos de dados resultantes. Este recurso descreve o escopo do projeto , material, e os
objetivos e fornece um mecanismo para recuperar conjuntos de dados que muitas vezes so
difceis de encontrar devido anotao inconsistente, submisses mltiplas independentes ,
ea natureza variada de diversos tipos de dados que muitas vezes so armazenados em bancos
de dados diferentes.
BioSystems :Base de dados que os grupos de literatura biomdica , pequenas molculas, e
dados de sequncias em termos de relaes biolgicas .
Banco de dados de gentipos e fentipos ( dbGaP ): Um centro de arquivamento e
distribuio para a descrio e os resultados dos estudos que investigam a interao entre
gentipo e fentipo . Esses estudos incluem associao do genoma ( GWAS ) ,
resequenciamento mdica, exames de diagnstico molecular , bem como associao entre o

gentipo e os traos no- clnicos.


Gene :Um banco de dados pesquisvel de genes , com foco em genomas que foram
completamente seqenciados e que tm uma comunidade de investigao activa para
contribuir dados especficos de genes. As informaes incluem nomenclatura, cromossmica
localizao, produtos de genes e seus atributos (por exemplo , interaes protena) ,
marcadores associados , fentipos , interaes e links para citaes , seqncias, detalhes de
variao , mapas , relatrios de expresso, homlogos , contedo domnio da protena , e
bancos de dados externos .
Gene Expression Omnibus (GEO) do banco de dados :Um repositrio de dados genmica
funcional pblico apoiando apresentao dos dados Miame conformes. Dados baseados em
seqncia de matriz e so aceitas e ferramentas so fornecidas para ajudar os usurios a
consulta e descarregue experincias e perfis de expresso gnica com curadoria .
Genetics & Medicine (Gentica e Medicina) : Prateleira de livros : Uma coleo de livros
biomdicos que podem ser pesquisados diretamente ou a partir de dados ligados em outros
bancos de dados do NCBI. A coleo inclui livros didticos biomdicos, outros ttulos
cientficos, recursos genticos, como GeneReviews e manuais NCBI ajuda.Banco de dados
de gentipos e fentipos (dbGaP) : Um centro de arquivamento e distribuio para a
descrio e os resultados dos estudos que investigam a interao entre gentipo e fentipo.
Esses estudos incluem associao do genoma (GWAS), resequenciamento mdica, exames
de diagnstico molecular, bem como associao entre o gentipo e os traos no-clnicos.
Gene : Um banco de dados pesquisvel de genes, com foco em genomas que foram
completamente seqenciados e que tm uma comunidade de investigao activa para
contribuir dados especficos de genes. As informaes incluem nomenclatura, cromossmica
localizao, produtos de genes e seus atributos (por exemplo, as interaes protena),
marcadores associados, fentipos, interaes e links para citaes, seqncias, detalhes de
variao, mapas, relatrios de expresso, homlogos, contedo de domnio protenas e
externo. Herana Mendeliana online em Man (OMIM) : Um banco de dados de genes
humanos e distrbios genticos. NCBI mantm contedo atual e continua a apoiar a sua
busca e integrao com outros bancos de dados do NCBI. No entanto, OMIM agora tem
uma nova casa em omim.org, e os usurios so direcionados a este local para gravar telas
completas. PubMed : Um banco de dados de citaes e resumos da literatura biomdica do
MEDLINE e de cincias da vida adicional revistas. Os links so fornecidos quando ntegra
dos artigos esto disponveis via PubMed Central (descrito abaixo) ou outros sites.
Genomes & Maps (Genoma e mapas): Bioproject (anteriormente Genome Project) : Uma
coleo de genmica, genmica funcional e estudos de gentica e links para os seus
conjuntos de dados resultantes. Este recurso descreve o escopo do projeto, material, e os
objetivos e fornece um mecanismo para recuperar conjuntos de dados que muitas vezes so
difceis de encontrar devido anotao inconsistente, submisses mltiplas independentes,
ea natureza variada de diversos tipos de dados que muitas vezes so armazenados em bancos
de dados diferentes. Banco de Dados de Variao Genmica Estrutural (dbVar) : O banco de
dados dbVar foi desenvolvido para arquivar informaes associado variao genmica em
larga escala, incluindo grandes inseres, delees, translocaes e inverses. Alm de
arquivamento descoberta variao, dbVar tambm armazena associaes de variantes
definidas com informaes fentipo. Genoma : Contm seqncia e mapa de dados de todo
o genoma de mais de 1000 organismos. Os genomas representam ambos os organismos
completamente seqenciados e aqueles aos quais a sequenciao est em andamento. Todos
os trs principais domnios de vida (bactrias, arqueobactrias, e Eucariotas) esto
representadas, bem como diversos vrus, fagos, virides, plasmdeos, e organelos.
Nucleotide Banco de Dados : Uma coleo de seqncias de nucleotdeos de vrias fontes,
incluindo o GenBank, RefSeq, o banco de dados (TPA) Terceiros Anotao, e PDB.

Pesquisando na Nucleotide banco de dados trar resultados disponveis de cada um dos seus
bancos de dados que o compem. Popset : Banco de dados de sequncias de DNA
relacionados que se originam de estudos comparativos: filogenticos, populacionais,
ambientais e, em menor grau, de mutao. Cada registro no banco de dados um conjunto
de seqncias de DNA. Por exemplo, um conjunto da populao fornece informao sobre a
variao gentica dentro de um organismo, enquanto que um conjunto filogentica pode
conter sequncias, e o seu alinhamento, de um nico gene, obtido a partir de vrios
organismos relacionados.
Homology (Homologoia): Conservada Domnio de Banco de Dados (CDD) : Uma coleo
de alinhamentos de seqncia e perfis que representam domnios de protenas conservadas
na evoluo molecular. Tambm inclui os alinhamentos dos domnios a estruturas de
protenas de 3 dimenses conhecidas no banco de dados MMDB.
HomoloGene : Uma ferramenta de homologia do gene que compara as sequncias de
nucletidos entre os pares de organismos, a fim de identificar os ortlogos putativos.
Ortlogos Curadoria so incorporadas a partir de uma variedade de fontes, atravs da base
de dados Gene.
Clusters de protena : Uma coleo de seqncias de protenas relacionadas (clusters),
composta por protenas seqncia de referncia codificadas por plasmdeos procariotas e
organelas completos e genomas. O banco de dados fornece acesso fcil a informaes de
anotaes, publicaes, domnios, estruturas, links externos e ferramentas de anlise.
Literature ( Literatura) : Prateleira de livros : Uma coleo de livros biomdicos que
podem ser pesquisados diretamente ou a partir de dados ligados em outros bancos de dados
do NCBI. A coleo inclui livros didticos biomdicos, outros ttulos cientficos, recursos
genticos, como GeneReviews e manuais NCBI ajuda. Revistas em NCBI Databases :
Subconjunto do banco de dados do Catlogo NLM fornecendo informaes sobre as revistas
que so referenciados nos registros do banco de dados do NCBI, incluindo resumos
PubMed. Este subconjunto pode ser pesquisado usando o ttulo da revista, MEDLINE ou
abreviatura ISO, ISSN, ou o ID de catlogo NLM.
Base de dados MeSH : MeSH (Medical Subject Headings) a Biblioteca Nacional de
Medicina do vocabulrio controlado para indexao de artigos para MEDLINE / PubMed
EUA. Terminologia MeSH fornece uma maneira consistente para obter informaes que
podem usar uma terminologia diferente para os mesmos conceitos. NCBI Handbook : Uma
extensa coleo de artigos sobre bancos de dados e software NCBI. Projetado para um
usurio iniciante, cada artigo apresenta uma viso geral dos recursos e seu design,
juntamente com dicas para a pesquisa e utilizao de ferramentas de anlise disponveis.
Todos os artigos podem ser pesquisados on-line e baixado em formato PDF, o manual pode
ser acessado atravs do NCBI Bookshelf.
NCBI Manual de Ajuda : Acessado atravs do NCBI Bookshelf, o Manual de Ajuda contm
documentao de muitos recursos, incluindo NCBI PubMed, PubMed Central, o sistema
Entrez Gene, SNP e LinkOut. Todos os captulos pode ser baixado em formato PDF.
Proteins (Protena): uma coleo de sequncias de vrias fontes, incluindo tradues de
regies codificantes anotadas no GenBank, RefSeq e TPA, bem como registros de
SwissProt, PIR, PRF e PDB. As sequncias de protenas so os determinantes fundamentais
da estrutura e funo biolgica. PubChem, lanado em 2004, fornece informaes sobre as
atividades biolgicas de pequenas molculas. Organizado como trs bancos de dados ligados
dentro do sistema de recuperao de informao Entrez do NCBI. Estes so PubChem
Substncia, PubChem Composto e PubChem bioensaio. PubChem tambm fornece uma
estrutura ferramenta de busca rpida semelhana qumica. Mais informaes sobre o uso de
cada banco de dados componente pode ser encontrado usando os links na pgina inicial.
Sequence Analysis ( Analises Sequenciais): Vrus da Influenza Uma compilao de dados

do NIAID Influenza Seqenciamento do Genoma do projeto e GenBank. Ele fornece


ferramentas para anlise da seqncia da gripe, anotao e submisso ao GenBank. Este
recurso tambm tem links para outros recursos de seqncia de gripe, e as publicaes e
informaes gerais sobre o vrus da gripe. Taxonomy - Contm os nomes e linhagens
filogenticas de mais de 160.000 organismos que tm dados moleculares nos bancos de
dados do NCBI. Novas espcies so adicionados base de dados como dados de Taxonomia
so depositados por eles. Training e Tutorials - Um manual completo sobre o NCBI C + +
kit de ferramentas, incluindo a sua concepo e estrutura de desenvolvimento, um C + +
referncia biblioteca, exemplos de software e demos, FAQs e notas de verso. O manual
pesquisvel on-line e pode ser baixado como uma srie de documentos PDF.
Training e Tutorials (Formao e tutoriais): - Um manual completo sobre o NCBI C + +
kit de ferramentas, incluindo a sua concepo e estrutura de desenvolvimento, um C + +
referncia biblioteca, exemplos de software e demos, FAQs e notas de verso. O manual
pesquisvel on-line e pode ser baixado como uma srie de documentos PDF.
Variation (Variao): Bioproject (anteriormente Genome Project) Uma coleo de
genmica, genmica funcional e estudos de gentica e links para os seus conjuntos de dados
resultantes. Este recurso descreve o escopo do projeto , material, e os objetivos e fornece um
mecanismo para recuperar conjuntos de dados que muitas vezes so difceis de encontrar
devido anotao inconsistente, submisses mltiplas independentes , ea natureza variada
de diversos tipos de dados que muitas vezes so armazenados em bancos de dados
diferentes. Banco de Dados de Variao Genmica Estrutural ( dbVar ) O banco de dados
dbVar foi desenvolvido para arquivar informaes associado variao genmica em larga
escala , incluindo grandes inseres, delees , translocaes e inverses . Alm de
arquivamento descoberta variao , dbVar tambm armazena associaes de variantes
definidas com informaes fentipo. Banco de dados de gentipos e fentipos ( dbGaP ) Um
centro de arquivamento e distribuio para a descrio e os resultados dos estudos que
investigam a interao entre gentipo e fentipo . Esses estudos incluem associao do
genoma ( GWAS ) , resequenciamento mdica, exames de diagnstico molecular , bem
como associao entre o gentipo e os traos no- clnicos. Base de dados sobre variaes
genticas curtas ( dbSNP ) Inclui variaes de nucleotdeo nico , microssatlites e inseres
de pequena escala e excluses. dbSNP contm freqncias genotpicas e dados especficos
da populao, condies experimentais , o contexto molecular , e informaes de
mapeamento para ambas as variaes neutras e mutaes clnicos.