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Evolucion Molecular
http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/
Universidad de Granada
Jos L. Oliver
http://www.ugr.es/~oliver/
4 transiciones ()
8 transversiones ()
DESDE
ATCTAGATCTAGTGCATAGCATGCA
|*|||*||*|||||*|||*|||*||
HASTA
ACCTAAATTTAGTGAATATCATCCA
Desde/Hasta
--
AT
AC
AG
TA
--
TC
TG
CA
CT
--
CG
GA
GT
GC
--
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G A (en 1)
T G (en 1)
Se excluye
Se excluye
Se excluye
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Genes funcionales:
Gen 1
Consenso
Gen 2
Gen 3
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ATCTAGATCTAGTGCATAGCATGCA
|*|||*||*|||||*|||*|||*||
ACCTAAATTTAGTGAATATCATCCA
p = nd / n
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nd nmero de posiciones
con nucletidos diferentes
probabilidad = 1/3
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No vale Poisson
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=1
=1
=1
=1
siendo p = nd / n
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=1
=1
=1
=1
R+P+Q=1
K = - ln [(1 2P Q) 1 2Q]
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Mtodo de Tamura
El contenido en G+C () de las secuencias puede ser 0.5
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JC
0.64
0.64
0.68
II
0.42
0.42
0.52
III
III
0.88
0.92
Inaplicable
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K2P
GIN (6 parmetros)
Divergencia
II
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Divergencia
II
I
III
III:
altos
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muy
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(36.8 87.9)
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Secuencia
ancestral
Simulacin
mutaciones
...n veces
Alineamientos
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Simulacin
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Tasa de sustitucin
K
Tasa de sustitucin de nucletidos:
r = K / 2T
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-globina
SS > NS
Mayor dispersin en SS
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Histona H4
Gen:
55 sustituciones
SS > NS
Protena:
2 sustituciones
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NS
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Filogenias entre
especies prximas:
primates, etc.
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