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EJERCICIO 1
Reconocimiento de caracteres, estados y construccin manual de un
cladograma
EJERCICIO 2
Alineacin manual de secuencias de ADN.
T
T
T
T
T
G
G
G
T
C
G
G
G
G
G
T
A
A
A
A
T
T
T
C
C
G
T
T
A
T
A
G
G
A
C
C
A
A
C
A
A
C
C
C
A
A
A
A
G
T
C
A
A
T
T
C A T G
C C A T G
C C G T A
G T G
EJERCICIO 3
Alineacin mltiple de secuencias I
EJERCICIO 4
Alineacin mltiple de secuencias II
Acoela es considerado un orden del phylum Platyhelminthes o como una clase del
phylum Acoelomorpha, e incluye animales muy simples. Son considerados los
animales bilaterales ms primitivos, por eso su estudio es importante para
comprender la evolucin y desarrollo de los animales bilaterales.
Hooge et al. (2002) reconstruyeron la filogenia de Acoela utilizando secuencias del
gen 18S rDNA, un gen que haba proporcionado interesantes resultados en otros
grupos de Platyhelminthes, pero que no haba sido utilizado en Acoela.
1. Ingrese
GenBank
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)
baje
las
secuencias del gen 18S rDNA de algunas de las especies utilizadas en el estudio
mencionado:
Nemertinoides
elongatus
(AY078381.1);
Pelophila
lutheri
(AY078366.1);
Anaperus
gardineri
(AY078365.1);
Aphanostoma
bruscai
EJERCICIO 5
Cladogramas para tres taxones
Sobre la base de la siguiente matriz de datos de tres taxones (A, B y C) por seis
caracteres:
1. Plantee todas las hiptesis de relaciones genealgicas posibles.
2. Vuelque los caracteres en las mismas.
3. Seale qu caracteres producen homoplasias y elija la hiptesis de mayor
simplicidad.
EJERCICIO 6
Taxones mono, para y polifilticos
Sobre la base de los siguientes rboles escritos en notacin parenttica complete
el cuadro:
1.
(A (((B C) D)(E(F(GH)))))
Grupo
Monofiltico
Parafiltico
Polifiltico
BD
BCD
HGF
BG
EFGH
EFG
DCB
EJERCICIO 7
Topologa y notacin parenttica
Figura 3.
EJERCICIO 8
Comparacin de topologas
Considerando el rbol A de la Figura 4:
1. Cules de los rboles (B-E) tiene igual topologa que A?
2. Cules seran los cambios mnimos para convertir cada uno de los rboles de
la figura 4 en el rbol A?
3. Alguno de los rboles de la figura 4, diferentes a A, puede hacerse idntico a A
mediante un cambio en la posicin de la raz?, cul/es?, qu cambio/s?
Figura 4.
EJERCICIO 9
Cladogramas, raz y polaridad
Figura 5.
EJERCICIO 10
Construccion de rboles de Wagner
La matriz de datos correspondiente a 4 taxones hipotticos incluye cinco
caracteres doble estado cuya polaridad no fue establecida.
Construya un rbol no enraizado utilizando el algoritmo de Wagner.
A partir del rbol obtenido en el punto 1, dibuje la topologa final del rbol
considerando:
1.
2.
EJERCICIO 11
Topologa y tipos de grupos
1. Indique cules de los siguientes grupos son monofilticos: defgh; efgh; fgh; ef;
abc y abcd.
2. Cules de los grupos mencionados son monofilticos si el rbol se enraiza en
el taxn c?
3. Cules de los grupos mencionados son monofilticos si el rbol se enraiza en
el taxn g?
4. Cules de los grupos mencionados son monofilticos si el rbol se enraza en
el taxn e?
EJERCICIO 12
Comparacin de topologas.
EJERCICIO 13
Clculo de parmetros del rbol
1
outgroup 0
A
0
B
1
C
1
D
1
E
1
F
1
2
0
0
1
1
1
0
1
3
0
0
1
1
1
1
1
4
0
0
0
0
1
1
0
5
0
0
0
0
1
1
0
6
0
0
1
1
1
0
0
7
0
0
1
1
0
0
0
8
0
0
0
0
1
1
1
9
0
0
0
0
1
1
1
10
0
0
0
1
0
0
0
11
0
1
0
1
0
0
1
EJERCICIO 14
Interpretacin de cladogramas
especies, nueve como grupo interno (ingroup) en donde se incluyen las cuatro
especies conocidas del gnero Thoreyella y dos nuevas.
El anlisis filogentico de los datos (Figura 7) fue realizado mediante el uso del
programa TNT. Se trabaj con el criterio de parsimonia, realizando una bsqueda
por enumeracin implcita.
EJERCICIO 15
Anlisis filogentico de la familia Typhloplanidae
Norea et al. (2005) describieron una nueva especie de Platyhelminthes de vida
libre que habita ambientes acuticos continentales temporarios de Uruguay. Esta
especie, con caractersticas de la familia Thyphloplanidae (Rhabdocoela), tiene
caracteres que no estn presentes en ninguno de los gneros o subfamilias de la
familia. Para evaluar la posicin de la nueva especie entre las subfamilias
existentes los autores realizaron un anlisis cladstico con caracteres de la
morfologa externa e interna (Apndice, Matriz 1).
1. Realice una bsqueda heurstica a partir de la matriz de datos (37 caracteres),
considerndolos desordenados.
2. Cuntos rboles obtuvo?
3. Indique los parmetros del/los rboles obtenidos.
4. Los resultados obtenidos, confirman la existencia de un nuevo taxn?, qu
ubicacin tiene esta especie dentro de la familia?
EJERCICIO 16
Optimizacin de caracteres
EJERCICIO 17
Cladstica y biologa evolutiva
EJERCICIO 18
Construccin de rboles de consenso
El phylum Mollusca incluye una gran variedad de formas del cuerpo y estructuras.
Sin embargo, las relaciones filogenticas entre los principales clados de moluscos
2.
Figura 10. Filogenias de los principales clados de moluscos actuales segn: (a)
Scheltema; (b) Salvini-Plawen and Steiner y (c) Waller (modificado de Smith et al.,
2011).
EJERCICIO 19
Interpretacin de medidas de soporte
las relaciones entre los taxones de Siboglinidae y mejor soporte de las ramas?
3.
SERSerpulidae,
SABSabellidae,
SIBSiboglinidae,
OWE
EJERCICIO 20
Interpretacin de medidas de soporte e inferencia Bayesiana
EJERCICIO 21
Interpretacin de resultados. rbol de Mxima Verosimilitud.
Existen numerosos estudios sobre las relaciones filogenticas de los anlidos. Sin
embargo los resultados de diferentes autores, basados en diferentes conjuntos de
datos, no son coincidentes. En particular, en la mayora de ellos no se recuperan
los Sedentaria y Errantia como grupos monofilticos. Kvist y Siddal (2013)
realizaron un estudio basado en caracteres moleculares aplicando un anlisis de
Mxima Verosimulitud.
A partir de los resultados presentados en la figura 13:
1.
taxones
considerados
anlidos
Errantia,
Sedentaria,
Clitellata
Phyllodocida.
2.
en el punto 1.
3.
EJERCICIO 22
Anlisis de parsimonia I. Relaciones filogenticas en Dichroplus
4. Cul de los tres anlisis realizados brinda mejor resolucin de las relaciones
de los taxones bajo estudio y mejor soporte de los clados?
EJERCICIO 23
Anlisis de Parsimonia II. Anlisis filogentico del gnero Chlorus
A partir de esta matriz de datos (Apndice, Matriz 5), utilizando el programa TNT,
realice un anlisis filogentico.
1.
3.
4.
Realice el consenso estricto, describa las relaciones entre las especies del
gnero Chlorus.
EJERCICIO 24
Anlisis de parsimonia III. Anlisis filogentico del gnero Eurotettix
A partir de esta matriz (Apndice, Matriz 6), utilizando el programa TNT, realice un
anlisis filogentico
1.
de la misma.
3.
4.
sinapomorfas.
6.
Qu
cambios
nomenclaturales
taxonmicas adoptadas?
deberan
acompaar
las
decisiones
EJERCICIO 2
Decisiones taxonmicas II
EJERCICIO 3
Decisiones taxonmicas III
EJERCICIO 4
Decisiones taxonmicas IV
EJERCICIO 5
Decisiones taxonmicas V
La crisis del lmite Cretcico/Palegeno (K/P) ha sido reconocida como una de las
cinco grandes extinciones en masa del Fanerozoico (Raup y Sepkoski, 1982). A
dicha extincin se correlaciona la desaparicin, por ejemplo, de los dinosaurios.
Como causa probable de este evento se ha sealado el impacto de un gran blido
sobre la Tierra que habra ocasionado disturbios ambientales catastrficos a corto
plazo.
5. De acuerdo con los resultados de la figura 5, cuntos linajes de cocodrilos
habran sobrevivido a la extincin K/P?
EJERCICIO 6
Decisiones taxonmicas VI
Los mosasaurios fueron grandes lagartos depredadores que habitaron los mares
clidos epicontinentales durante la ltima parte de la Era Mesozoica (Cretcico
tardo). Se trata de un grupo muy diverso y su registro es muy abundante en
Amrica del Norte, Europa y frica del Norte. Por el contrario, el registro del
Hemisferio Sur es muy escaso y en su mayora corresponde a restos hallados en
Nueva Zelanda. Entre ellos, el gnero de mosasaurio tylosaurino Taniwhasaurus,
(especie tipo T. oweni Hector 1874 por monotipa) es endmico de esta regin.