3.

BACTERIAS
3.3. Clasificacin
3.3.1. Definicin sistemtica

Definicin sistemtica: taxonoma

Taxonoma: ciencia de la clasificacin de seres vivos
3 partes
Taxonoma
1. Clasifica
Clasifica: agrupa a los organismos en grupos o taxones (similitud)
2. Nombra
Nombra: aplica reglas para nombrar y describir taxones (Cdigos
Internacionales de Nomenclatura )

3. Identifica
Identifica: determina que un aislado pertenezca a un taxn conocido

Especie: grupo taxonmico bsico

Especie
Org. superiores: grupos de poblaciones que pueden cruzarse entre s,
aisladas de otros grupos en cuanto a reproduccin
Bacterias: grupo de cepas que comparte propiedades estables y
Bacterias
difiere significativamente de otros grupos

Cepa
Cepa: poblacin de organismos
que desciende de un organismo o
de una sola clula

Denominacin de especies
Sistema binomial de nomenclatura
cada especie biolgica
tiene un nombre en latn que consta de dos palabras:
1. Gnero
grupo bien definido de una o ms especies, separado
de otros gneros
2. Especie de ese gnero
categora taxonmica bsica

En la clasificacin taxonmica de un grupo, las especies se

agrupan sucesivamente en categoras taxonmicas de orden
superior
clasificacin jerrquica:
jerrquica
gnero
familia
orden
clase
divisin
reino
dominio
(phylum)

Jerarquas establecidas con base en relaciones evolutivas

clasificacin filogentica (base en la relacin genotpica
genotpica)

Clasificacin filogentica
gnero
familia
orden
clase
divisin
reino
dominio
Categora nivel jerrquico en el que se sita un grupo de
Categora:
organismos. P. ej.
Categoras seran:

Pas

Estado

Municipio

Familia
Gnero
Especie

Taxn:
Taxn grupo de organismos emparentados agrupados en una
clasificacin (nombres especficos de las categoras)
Taxones seran:
Mxico

Michoacn

Morelia

Enterobacteriaceae
Escherichia
coli

Categoras taxonmicas
Categora

Taxn

Dominio
Bacteria
Reino

Proteobacteria

Phylum

Gamma proteobacteria

Clase

Zymobacteria

Orden

Enterobacteriales

Familia

Enterobacteriaceae

Gneros
Escherichia
Especies
coli
Subespecies


Escherichia coli o E. coli

Sistema binomial:
binomial:
SIEMPRE en cursivas

Antgenos, fagos, diferencias bioqumicas,

fisiolgicas y morfolgicas, patogenicidad

Gnero:
Gnero 1 letra SIEMPRE en maysculas
Especie
Especie: 1 letra SIEMPRE en minsculas

3. BACTERIAS
3.3. Clasificacin
3.3.2. Sistemas de clasificacin

Sistemas de clasificacin
No consideran relacin evolutiva

Taxonoma clsica
(fentica)

Taxonoma
numrica

Taxonoma
molecular

Similitud entre
caractersticas
fenotpicas

Similitud entre
caractersticas
fenotpicas

Similitudes en la
composicin del ADN
(caract. genotpicas
genotpicas)

Agrupa en taxones con

base en caracteres
fenotpicos con valor
taxonmico

Agrupa en taxones
mediante el uso de
mtodos numricos

Agrupa con base en

caractersticas
genticas: varios
mtodos

Morfologa, fisiologa/
metabolismo, ecologa

Semejanzas y diferencias:
coeficientes de asociacin

Comparacin entre
secuencias de ADN

Taxonoma numrica
Unidades taxonmicas
semejanzas y diferencias organismos:
Caracteres fenotpicos
cada carcter tiene igual peso
Similitud entre organismos
f(proporcin de caracteres comunes)
Significancia: depende del no. de caracteres estudiados ( 50)

Comparacin entre organismos:

Presencia /ausencia
ausencia de caracteres seleccionados
Coeficiente de asociacin
grado de similitud los organismos

Coeficientes ms usados en bacteriologa (valores de 0 a 1):

Semejanza (CSM): proporcin de caract. comunes
2 organismos
(+) en ambos o (-) en ambos

CSM =

Jaccard (CJ): proporcin de caract. presentes en

ambos (caracteres ausentes se ignoran)

a+d
a+b+c+d

CJ =

a
a+b+c

Taxonoma molecular
Composicin del ADN
tres mtodos importantes:
1. Contenido de guanina y citosina
citosina: tcnica ms simple
% GC
secuencia de bases que vara con cambios en la secuencia
completa (en bacterias: % GC
24 - 76%)
Variacin: < 3%
misma especie; > 10%
diferente gnero

2. Hibridacin del ADN:

ADN tcnica ms directa
Desnaturalizacin de ADNbc
mezcla de ADNmc
enfriamiento

se reasocian cadenas con secuencias complementarias
ADNbc
hbrido

2. Hibridacin del ADN:

ADN
> 70% de similitud y < 5% de diferencia en Tm
misma especie

Tm: temperatura de fusin

ADNbc: ADN bicatenario
ADNmc: ADN monocatenario
Determinacin de
Tm o del % de
hibridacin

3. Secuenciacin del ARNr (mtodo ms usado):

Objetivo secuencias de ARNr 5S y 16S aisladas de subunidades
Objetivo:
50S y 30S, respectivamente (ribosomas bacterianos)
Secuencias obtenidas: comparacin con bases de datos mundiales

97% de similitud (ARNr 16S)
misma especie
Ribosomas: presentes en todos los organismos y con estructura
Ribosomas
muy estable

3. BACTERIAS
3.3. Clasificacin
3.3.2. Manual de Bergey

Manual de Bergey
Bergeys Manual of Systematic Bacteriology
Clasifica las clulas procariotas
???
Sistema ms usado y aceptado para su identificacin

Caractersticas ms importantes de cada grupo

1984:
1984 1 Ed.
clasificacin: tincin Gram
1 Reino (4 divisiones)
2001:
2001 2 Ed.
clasificacin: secuenciacin de ARNr
5 volmenes
Grandes cambios desde 1984
2200 nuevas especies y 390 gneros
Edicin reorganizada (taxonoma procariota)
rearreglos y cambios
en nomenclatura:
26 filos o divisiones

2 Archaea
26 Bacteria

Volumen I
Introduccin (taxonoma)
Clasificacin de Archaea (463 spp. en 165 gneros) y bacterias fottrofas

Volumen II
Clasificacin de proteobacterias (Gram [-]): 2000 spp. en 538 gneros
Parte B: -proteobacteria
proteobacteria: grupos importantes para el ambiente y medicina
(Enterobacteriaceae)
Parte C: - - - -proteobacterias
proteobacterias: grupos importantes para ambiente y
medicina (Agrobacterium, Rhizobium)

Volumen III
Clasificacin de Firmicutes (Gram [+] con  %GC): 1346 spp. en 250 gneros y
40 familias
(Staphylococcus, Streptococcus, Clostridium, Bacillus)

Volumen IV
Bacterias Gram (-) sin caractersticas comunes: 153 gneros, 29 familias
(planctomicetes, espiroquetas, bacteroides, fibro- y fuso-bacterias)

Volumen V
Actualmente en revisin
Clasificacin de actinobacterias
actinobacterias: 200 gneros en 49 familias

3. BACTERIAS
3.3. Clasificacin
3.3.3. Grupos ms importantes
en Biotecnologa

Enterobacterias:: caractersticas
Enterobacterias
Clasificacin

Phylum: -proteobacteria
Orden: Enterobacteriaceae

Gram

Negativo

Forma

Bacilos

Hbitat

Tracto intestinal de mamferos

Movilidad

Inmviles y mviles (flag. pertricos)

Esporulacin

No

Req. O2

Anaerobios facultativos

Req. nutricionales

Simples

T ptima

22 - 37 C

Caracterstica
distintiva:
fermentan lactosa y
viven en el intestino

Fermentan azcares (lactosa)
2 grupos:

grupos
cidocido-mixta
cidos lctico, actico y succnico (NO
NO butanodiol):
Escherichia, Salmonella, Shigella
Butanodiolica
EtOH, CO2, butanodiol: Erwinia, Enterobacter

Importancia
Algunas causan intoxicaciones alimentarias
Patgenos para humanos y para plantas:
Escherichia coli:


Algunas cepas causan infecciones en el tracto intestinal

Microorganismo modelo
estudios genticos y bioqumicos

Parte de la flora normal del intestino
sintetiza vitaminas del

complejo B e impide el desarrollo de orgs. proteolticos

Shigella dysenteriae: disentera bacilar (dolor abdom., fiebre, diarrea)

Salmonella typhimurium: gastroenteritis (infeccin del tracto digest.)
Salmonella typhi: fiebre tifoidea (fiebre, diarrea, lceras)
Yersinia pestis: peste bubnica (no habitan en el intestino)
Erwinia: todas las especies son patgenas de plantas

Bacterias lcticas:
lcticas: caractersticas
Clasificacin

Phylum: Firmicutes
Orden: Lactobacillales

Gram

Positivo (bajo G-C)

Forma

Cocos y bacilos

Hbitat

Lcteos, plantas, boca

Movilidad

Inmviles

Esporulacin

No

Req. O2

Anaerobias aerotolerantes

Req. nutricionales

Complejos

T ptima

22 - 37 C

Gneros ms importantes:
Streptococcus y Lactobacillus
 Algunas especies
flora normal de la boca (placa y caries)
 Algunos estreptococos
patgenos

Caracterstica distintiva:
fermentacin lctica

Fermentan azcares
con base en el producto final: dos grupos

Homolcticas
un solo producto: cido lctico
Heterolcticas
varios productos: cido lctico + EtOH + CO2 +
acetaldehdo

Importancia: industria alimentaria

Probiticos organismos vivos que tienen efectos benficos en
Probiticos:
la salud (BL como Streptococcus termophilus y Lactobacillus)
Produccin de quesos
quesos:
Cuajada:  el pH
consecuencia de la fermentacin lctica
Maduracin: cambios qumicos en la cuajada por BL y hongos
Quesos curados: dureza
grado de metabolizacin de la casena

Enologa
fermentacin malolctica:

Leuconostoc, Lactobacillus y Pediococcus
de uvas, mostos o vinos
Transforman cido mlico en cido lctico y CO2

Sabores y aromas:
cido lctico:
lctico sabor en el alimento
alimentos fermentados
Acetaldehdo: aroma y sabor
Acetaldehdo

Conservadores:  de pH por la formacin de cido lctico

Producto

Bacteria lctica

Microflora secundaria

Quesos
Cheddar, cottage,
crema

Lactococcus lactis subsp. cremoris

Lactococcus lactis subsp. lactis

Azul

Lactococcus lactis subsp. cremoris

Lactococcus lactis subsp. lactis

Mozzarella,
provolone,
parmesano

Streptococcus thermophilus
Lactobacillus delbrueckii
Lactobacillus helveticus

Suizo

Streptococcus thermophilus
Lactobacillus delbrueckii
Lactobacillus helveticus

Penicillium roqueforti

Propionibacterium
freudenreichii

Leche fermentada
Streptococcus thermophilus
L. delbrueckii subsp. bulgaricus

Yogurt

Lactococcus lactis subsp. cremoris

Mantequilla

Leuconostoc + L. lactis

Lactococcus lactis subsp. lactis

Lactococcus lactis subsp. cremoris
Lactococcus lactis subsp. lactis

Crema agria

Formadoras de endosporas
endosporas::
caractersticas
Clasificacin

Phylum: Firmicutes
Clase: Bacilli, Clostridia, Mollicutes

Gram

Positivo (bajo G-C)

Forma

Bacilos

Hbitat

Suelos, sedimentos, intestinos

Movilidad

Mviles e inmviles

Esporulacin

Si

Req. O2

Aerobios y anaerobios estrictos

Req. nutricionales

Requieren vitaminas y aa

T ptima

30 - 45C (la mayora)

Caracterstica
distintiva: produccin
de endosporas

Gneros ms importantes:
 Bacillus (aerobios obligados y facultativos) y Clostridium (anaerobios)
 Otros gneros importantes: Sporosarcina, Saccharopolyspora
 Algunas especies son patgenas para animales
exotoxinas

Importancia
Bacillus anthracis (aerobio, inmvil)
exotoxina
exotoxina: ntrax
Endospora central no deformante
En productos derivados de animales (lana)

Bacillus subtilis (aerobio, inmvil): organismo modelo

Estudios de esporulacin y regulacin de expresin de genes

Bacillus thuringensis (Bt): patgeno de insectos: control biolgico

Produce un cristal de protena txico para insectos
-endotoxina
Larvas
ingesta de cristales
activacin de toxina
protelisis
del intestino
lisis celular del aparato digestivo
Plantas letales: insercin del gen Bt que codifica para la -endotoxina

Clostridium botulinum (anaerobio, mvil, flagelos pertricos y esporas

botulina)
subterminales deformantes): botulismo
neurotoxina (botulina

Actinomicetos:: caractersticas
Actinomicetos
Clasificacin

Phylum: Actinobacteria
Clase: Actinomycetales

Gram

Positivo (alto contenido de G-C)

Forma

Bacilos y cocos

Hbitat

Principalmente suelos + boca

Movilidad

Mviles e inmviles

Esporulacin

La mayora

Req. O2

Aerobios y anaerobios facultativos

Req. nutricionales

Muy verstiles (pueden degradar

sustratos complejos)

T ptima

25 - 30C (algunos 55 65C)

Caracterstica
distintiva: formacin
de filamentos
ramificados (micelio)

Gneros ms importantes:
 Streptomyces: producen el mayor nmero de antibiticos: bactericidas (neomicina,
estreptomicina) y fungicidas (nistatina), muchos metabolitos secundarios

 Frankia: bacterias filamentosas fijadoras de N2
viven en simbiosis con plantas

 Algunos patgenos: Mycobacterium, Corynebacterium, Nocardia, Rhodococcus

Importancia
Descomposicin de residuos animales y vegetales
Participan en procesos de humificacin
liberan molculas tiles
para la nutricin de las plantas
En ecologa
descomponen materia orgnica en el suelo
Enzimas que degradan material vegetal, lignina y quitina
Importantes para la produccin de composta
Producen el olor a tierra mojada (geosmina)

En salud
producen antibiticos y compuestos

bioactivos (anti-helmnticos y anti-cncer):
Gnero ms importante: Streptomyces
produce
~ 70% de los antibiticos comercialmente
importantes
estreptomicina
Gota de antibitico en
colonia de Streptomyces