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MATERIALES Y MTODOS
Pacientes con TEA y evaluacin fenotipo
En nuestro estudio, hemos considerado 10 familias multiplex con TEA: nueve
con dos
probandos afectados y una con tres probandos afectados. Los datos clnicos son
resumen en la T abla 1, y ms detalles se proporcionan en el Suplemento
Informacin mentaria.
El anlisis CNV con CytoScan HD matriz
Anlisis del nmero de copias de ADN de todo el genoma se realiz en todos los
TEA
de los pacientes en nuestro estudio (21 individuos), utilizando la matriz de
CytoScan HD
(Affymetrix, Santa Clara, CA, EE.UU.). Este estudio se llev a cabo para
descartar
familias con anomalas cromosmicas se inform anteriormente en el autismo.
Los detalles de este estudio se resumen en la informacin complementaria.
La captura y la secuenciacin del exoma
Un total de 41 personas, incluidos 21 probandos y sus padres eran
procesado por enriquecimiento exoma con 3 mg de ADN genmico de
sangre. los
ADN TruSeq kit de preparacin de la muestra (Illumina, San Diego, CA,
EE.UU.) y la
Kit v.1.0 NimbleGen SeqCap EZ Biblioteca Exoma Humano (Roche, Basilea,
Suiza), que se dirige a unos 20 000 genes correspondientes a
34 Mb, se utilizaron de acuerdo con las instrucciones del fabricante. los
bibliotecas exoma resultantes se aplicaron a una celda de flujo para Illumina
clster
generacin. Secuenciacin de extremo emparejado se realiz en un HiSeq2000
instrumento (Illumina) usando 76-base lee.
Anlisis de datos exoma
Las lecturas fueron alineados al genoma de referencia (GRCh37) usando
BurrowsWheeler anlisis con la misma opcin,
19
MT_76 (sib.3-sib.4)
M (22) / M (29)
PDD-NOS / Asp
81/85
No / no
MT_109 (sib.3-sib.4)
M (13) / M (25)
Aut / aut
64/35
S S
MT_160 (sib.3-sib.4)
M (14) / M (11)
PDD-NOS / PDD-NOS
68/105
No / no
MT_28 (sib.3-sib.4)
M (16) / M (14)
PDD-NOS / Asp
105/107
No / no
MT_151 (sib.3-sib.4)
M (20) / M (11)
Asp / asp
98/92
No / no
SJD_49 (sib.3-sib.4)
M (6) / M (4)
Asp / PDD-NOS
129/112
No / no
SJD_10 (sib.3-sib.4)
M (13) / M (10)
PDD-NOS / PDD-NOS
105/95
No / no
SJD_34 (sib.3-sib.4)
M (13) / M (9)
Asp / asp
107/139
No / no
SJD_50 (sib.3-sib.4-sib.5)
la posicin AA
segundo
Efecto
MT_109
5
180 477 255
BTNL9
208/535
fs (del-C)
MT_109
6
28 962 882-886
ZNF311
632/666
fs (del-TTCTT)
MT_109
11
133 712 408
SPATA19
137/167
Disparates
MT_109
19
11 943 225
do
ZNF440
412/595
Disparates
MT_151
1
152 883 252
IVL
327/585
fs (del-G)
MT_151
3
113 652 385
do
GRAMD1C
413/662
Disparates
MT_151
4
17 606 229-232
LAP3
400/519
fs (del-TGGG)
MT_151
7
99 489 859
TRIM4
477/500
Disparates
MT_151
8
144 642 836
GSDMD
158/484
Disparates
MT_151
incgnita
100 503 119
DRP2
432/957
Disparates
MT_160
8
10 557 940-941
C8orf74
282/294
fs (INS-C)
MT_160
8
101 936 203-204
YWHAZ
220/245
fs (INS-T)
MT_160
12
75 892 479
GLIPR1
209/266
Disparates
MT_28
2
114 392 641
do
RABL2A
78/238
fs (del-G)
MT_28
10
91 162 622-623
IFIT1
197/478
fs (INS-A)
MT_69
3
49 274 079
CCDC36
52/594
Disparates
MT_69
8
67 813 550
C8orf45
579/681
fs (del-G)
MT_69
11
2 339 146-147
TSPAN32
319/320
fs (del-TC)
MT_69
11
114 577 559
do
FAM55B
529/559
Disparates
MT_69
15
42 154 996
SPTBN5
2419/3674
Disparates
MT_69
22
26 890 166-169
TFIP11
700/837
fs (del-AGAT)
MT_76
5
38 412 639-642
EGFLAM
462/1017
fs (del-AAGT)
MT_76
5
74 882 867
POLK
415/870
fs (del-A)
MT_76
10
88 703 106
MMRN2
479/949
Disparates
MT_76
19
7 965 639-640
LRRC8E
745/796
fs (del-CA)
SJD_10
8
131 921 998
ADCY8
532/1251
Disparates
SJD_10
11
34 167 721-722
NAT10
949/953
fs (INS-A)
SJD_10
12
54 756 741
GPR84
299/396
fs (del-G)
SJD_10
22
18 609 783
TUBA8
346/449
Disparates
SJD_34
1
160 143 953
atp1a4
682/1029
Disparates
SJD_34
11
121 028 796
TECTA
1518/2155
Disparates
SJD_34
19
53 644 208-209
ZNF347
626/840
fs (del-AA)
SJD_49
13
20 796 930-931
GJB6
231/261
fs (INS-T)
SJD_49
19
10 610 629-633
KEAP1
27/624
fs (del-TGCCC)
SJD_50
15
76 225 440-443
FBXO22
402/403
fs (del-ATAA)
SJD_50
re
17
71 205 688
FAM104A
202/207
Disparates
Abreviaturas: AA, aminocidos; o del ins, delecin o insercin seguido de los
nucletidos implicados; fs, cambio de marco.
un
Las posiciones se indican segn el montaje / hg19 GRCh37 de la UCSC Genome
Browser (genome.ucsc.edu).
segundo
La posicin del aminocido alterado por la
mutacin / polipptido completo codificado por la transcripcin.
do
Variantes raras ya descritas en dbSNP 137.
re
Familia Multiplex con tres probandos: variante encontrada en
dos de cada tres afectados.
Secuenciacin del exoma en familias con autismo multiplex
C Toma et al
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Y 2013 Macmillan Publishers Limited
Molecular Psychiatry (2013), de 1 - 7
pgina 4
FHIT
MT_76.3-76.4
5
1 742 845
1 849 924
p15.33
Ganancia
107.079
MRPL36, NDUFS6
SJD_34.3-34.4
5
11 619 568
12 183 983
p15.2
Ganancia
564.415
CTNND2
SJD_49.3-49.4
6
146 309 359
146 373 644
q24.3
Prdida
64.285
GRM1
SJD_50.3-50.4
8
17 908 916
17 946 695
p22
Prdida
37.779
ASAH1
Abreviatura: CNV, copia variante nmero.
un
Las posiciones se indican segn el montaje / hg19 GRCh37 de la UCSC Genome
Browser (www.genome.ucsc.edu).
Figura 1. Los genes identificados en nuestro estudio que ya han sido
asociado con el autismo o con otras condiciones psiquitricas
conforme
a
Neurocarta
(http://gemma-doc.chibi.ubc.ca/
neurocarta /). Trastorno de hiperactividad TDAH, por dficit de atencin; TEA,
desorden del espectro autista; EP, la epilepsia; SCZ, la esquizofrenia; DYS,
dislexia; Identificacin, discapacidad intelectual.
Secuenciacin del exoma en familias con autismo multiplex
C Toma et al
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Molecular Psychiatry (2013), de 1 - 7
Y 2013 Macmillan Publishers Limited
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Figura 2. Distribucin del nmero promedio de variantes raras por caso ndice
para cada intervalo de coeficiente de inteligencia no verbal (NVIQ) en cuatro
categoras variantes: (1) truncar mutaciones, que incluyen sin sentido y
mutaciones de cambio; (2) no syn perjudicial, no sinnimos
mutaciones predichos a ser perjudicial por SIFT o PolyPhen; (3) no syn
mutaciones benignas, no es sinnimo prev que sea benigna y por SIFT
PolyPhen; y (4) Syn, variantes sinnimo raras. La piscina de variantes raras
analizados son los que heredan dos o tres hermanos afectados en una
familia. El anlisis de regresin lineal mltiple de estos datos mostraron que el
nmero de variantes truncar contribuye significativamente a NVIQ
(P 0,007). En contraste, la contribucin de los otros tipos de mutaciones no fue
significativa (P40.385). Los coeficientes de correlacin entre NVIQ
y tambin se presentan cada tipo de mutacin con sus significados.
Figura 3. Anlisis de la interaccin protena-protena (Ingenuity Pathway
Analysis, IPA), que incluye todos los genes que se encuentran mutados en
nuestro estudio. Solamente
se consideraron interacciones directas entre las protenas. Las protenas en gris o
de color representan los genes identificados en nuestro estudio, con lo que indica
una roja
anterior asociacin con el autismo, la epilepsia y verde con azul con la
esquizofrenia. Las protenas representadas en blanco son los que no estn
presentes en nuestra
estudiar. Efectos Upregulatory estn representados por flechas apuntando hacia
afuera, los efectos downregulatory estn representados por garrapatas hacia el
exterior, y
flechas circulares indican interacciones homotipica.
Secuenciacin del exoma en familias con autismo multiplex
C Toma et al
5
Y 2013 Macmillan Publishers Limited
El riesgo de recurrencia para los trastornos del espectro autista: una Investigacin
Hermanos del beb
. Consorcio estudio de Pediatrics 2011; 128 : E488-E495.
4 Ronald A, Hoekstra RA. trastornos del espectro autista y rasgos autistas: una
dcada de
nuevos estudios de gemelos. Am J Med Genet B 2011; 156B : 255-274.
5 SJ Sanders, Ercan-Sencicek AG, Hus V, R Luo, Murtha MT, Moreno-De-Luca
D et al.
Mltiple recurrente de novo CNVs, incluyendo la duplicacin de la 7q11.23
Williams
Sndrome regin, estn fuertemente asociados con el autismo. Neurona 2011; 70 :
863-885.
6 O'Roak BJ, Vives L, W Fu, Egertson JD, Stanaway IB, Phelps IG et
al. Multiplex
secuenciacin dirigida identifica de forma recurrente mutado genes en el espectro
del autismo
trastornos. Science 2012; 338 : 1619-1622.
7 O'Roak BJ, Vives L, S Girirajan, Karakoc E, N Krumm, Coe BP et al. Autismo
espordico
exomas revelan una red de protenas altamente interconectada
de novo mutaciones.
Naturaleza 2012; 485 : 246-250.
8 Neale BM, Kou Y, Liu L, Ma'ayan A, Samocha KE, Sabo A et al. Patrones y
tasas
de exonic de novo mutaciones en los trastornos del espectro
autista. Naturaleza 2012; 485 :
242-245.
9 Iossifov I, Ronemus M, Levy D, Wang Z, Hakker I, Rosenbaum J et al. De
novo gen
trastornos en nios en el espectro autista. Neurona de 2012; 74 : 285-299.
10 Sanders SJ, Murtha MT, Gupta AR, Murdoch JD, Raubeson MJ, Willsey AJ et
al.
De novo mutaciones reveladas por la secuenciacin del exoma se asocian
fuertemente
. con autismo Naturaleza 2012; 485 : 237-241.
secuenciacin del exoma en familias con autismo multiplex
C Toma et al
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Molecular Psychiatry (2013), de 1 - 7
Y 2013 Macmillan Publishers Limited
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