Los aminocidos y la estructura

primaria de las protenas

aminocido
s
1 Estructura
general de
Los aminocidos se llaman as porque son derivados aminados de cidos
carboxlicos. En los 20 aminocidos comunes, los grupos amino y carboxilo estn
unidos al mismo tomo de carbono: el tomo de carbono a. As, todos los
aminocidos estndar que contienen las protenas son a-aminocidos. Al carbono
a se unen otros dos sustituyentes: un tomo de hidrgeno y una cadena lateral
(R) que es nica para cada aminocido.
El nombre qumico correcto, o nombre sistemtico, se apega a reglas establecidas
por la Unin Internacional de Qumica Pura y Aplicada (IUPAC, de International
Union of Pure and Applied Chemistry) y la Unin Internacional de Bioqumica y
Biologa Molecular (IUBMB, de International Union of Biochemistry and
Molecular Biology))]. Si el grupo R es CH3, el nombre sistemtico de ese
aminocido sera cido 2-aminopropanoico. (El cido propanoico es CH3
CH2COOH). El nombre trivial de CH3CH(NH2)COOH es alanina.

1a muestra la estructura general de un aminocido en perspectiva.

Los tomos de carbono de una cadena lateral se identifican en sucesin como b, g,
d y e, que indican los carbonos 3, 4, 5 y 6, respectivamente. El nombre

sistemtico de la serina es cido 2-amino-3-hidroxipropanoico. En 19 de

los 20 aminocidos que se usan en la biosntesis de protenas, el tomo de
carbono a es quiral, o asimtrico, porque tiene cuatro grupos diferentes unidos a
l.
La excepcin es la glicina, cuyo grupo R slo es un tomo de hidrgeno
(la molcula no es quiral, porque el tomo de carbono a est unida a dos tomos
idnticos de hidrgeno).
Los

19

aminocidos

quirales

pueden,

en

consecuencia,

existir

como

estereoismeros. Los estereoismeros son compuestos que tienen la misma

frmula molecular pero difieren en el orden o configuracin de sus tomos en el
espacio. Los dos estereoismeros son molculas distintas que no se pueden
interconvertir con facilidad entre s ya que un cambio de configuracin requiere

romper uno o ms enlaces. Los estereoismeros de aminocidos no son imgenes

especulares (es decir, imgenes en espejo) superponibles; a dichos
estereoismeros se les llama enantimeros.
Dos de los 19 aminocidos quirales, la isoleucina y la treonina, presentan dos
tomos quirales de carbono cada uno. La isoleucina y la treonina pueden formar,
cada una, cuatro estereoismeros diferentes.
La configuracin del aminocido de la figura 3.1a es L; la de su imagen especular
es D. Para asignar la identificacin estereoqumica se traza la frmula del
aminocido en direccin vertical, con su grupo a-carboxilato en la parte superior
y su cadena lateral en la parte inferior, ambas alejndose del espectador. En esta
orientacin, el grupo a-amino del ismero L est a la izquierda del carbono a y el
del ismero D est a la derecha.

Estructura de los 20 aminocidos

Algunas cadenas laterales son no polares, y en consecuencia
hidrofbicas, mientras que otras son polares o ionizadas a pH
neutro y en consecuencia son hidroflicas. Las propiedades de las
cadenas laterales tienen gran influencia sobre l

2 Ionizacin de los aminocidos

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4 Las propiedades fsicas de los aminocidos reciben influencias de los
estados inicos de los grupos a-carboxilo y a-amino y de todos los grupos
ionizables que haya en las cadenas laterales. Cada grupo ionizable guarda
relacin con un valor especfico de pKa, que corresponde al pH al que son
iguales las concentraciones de las formas protonada y no protonada.
5 Cuando el pH de la solucin es menor que el pKa, predomina la forma
protonada y el aminocido es entonces un cido real, capaz de donar un
protn. Cuando el pH de la solucin es mayor que el pKa del grupo ionizable,
la forma no protonada de ese grupo predomina, y el aminocido existe en
forma de base conjugada, que es aceptora de protones. Cada aminocido
tiene al menos dos valores de pKa que corresponden a la ionizacin de los
grupos a-carboxilo y a-amino. Adems, siete de los aminocidos comunes
tienen cadenas laterales ionizables con valores adicionales y medibles de
pKa. Esos valores difieren entre los aminocidos. As, a determinado pH, con
frecuencia los aminocidos tienen cargas netas diferentes. Los estados
inicos de las cadenas laterales de los aminocidos influyen sobre las
estructuras tridimensionales de las protenas. Adems, ya que varios
residuos ionizables de aminocido intervienen en catlisis por enzimas, la
comprensin de las propiedades inicas de los aminocidos ayuda a
comprender los mecanismos enzimticos.
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7 Unin de aminocidos por

peptdicos en las protenas

enlaces

9 La secuencia lineal de aminocidos en una cadena polipeptdica se llama

estructura primaria de una protena. A los niveles ms altos de estructura se
les llaman estructura secundaria, terciaria y cuaternaria. La estructura de
las protenas se describir con ms detalle en el siguiente captulo, pero es
importante comprender los enlaces peptdicos y la estructura primaria antes
de describir algunos de los temas restantes en este captulo. El enlace que se
forma entre los aminocidos es un enlace de amida y se llama enlace
peptdico, o enlace de pptido
10 Esta unin se puede concebir como el resultado de una condensacin
simple del grupo carboxilo a de un aminocido con el grupo amino a del otro.
11 Las mitades de aminocido unidas en una cadena polipeptdica se
llaman residuos de aminocido. Los nombres de los residuos se forman
sustituyendo la terminacin -ina o -ato por -ilo (o -il, en nombres
compuestos).
12 El grupo amino libre y el grupo carboxilo libre en los extremos opuestos
de una cadena de pptido se llaman N-terminal (o terminal N, terminal
amino) y C-terminal (o terminal C, terminal carboxilo), respectivamente. Por
convencin, los residuos de aminocido en una cadena peptdica se numeran
desde el N-terminal hasta el C-terminal y se suelen escribir de izquierda a
derecha. Esta convencin corresponde a la direccin de la sntesis de la
protena para describir la secuencia de residuos de aminocidos en pptidos
y polipptidos se usan tanto las abreviaturas normales de tres letras de los
aminocidos (por ejemplo GlyArg-Phe-Ala-Lys) como las abreviaturas de una
letra (como GRFAK). Los trminos dipptido, tripptido, oligopptido y
polipptido indican cadenas de dos, tres, varios (hasta unos 20) y muchos a
mayor parte de las cargas inicas asociadas a una molcula de protena se
deben a las cadenas laterales de los aminocidos componentes. Ello significa
que la solubilidad y las propiedades inicas de una protena estn
determinadas en gran parte por su composicin de aminocidos. Adems, las
cadenas laterales de los residuos interaccionan y esas interacciones
contribuyen a determinar la forma tridimensional y la estabilidad de una
molcula de protena.

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14 Tcnicas
protenas:

de

purificacin

de

las

15
16 El primer paso en la purificacin de una protena es preparar una
solucin de protenas.

17 La fuente de una protena suele ser clulas enteras donde la

protena deseada constituye menos del 0.1% del peso total
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19 El aislamiento de una protena intracelular requiere suspender las

clulas en una solucin amortiguadora y homogeneizarlas o romperlas en
fragmentos de clula. Bajo estas condiciones se disuelve la mayor parte de
las protenas. (Entre las excepciones principales estn las protenas de
membrana, que requieren procedimientos especiales de purificacin).
Supngase que la protena que se pretende purificar es una entre varias que
hay en la solucin amortiguadora en estudio.
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Fraccionamiento: procedimiento que aprovecha las distintas solubilidades de las
protenas en soluciones salinas. Con frecuencia se usa sulfato de amonio en esos
fraccionamientos. Se mezcla suficiente sulfato de amonio con la solucin de protenas para
precipitar a las impurezas menos solubles, que se eliminan por centrifugacin. La protena
objetivo, y otras ms, con mayor solubilidad, permanecen en el lquido que se llama fraccin
sobrenadante. A continuacin se aade ms sulfato de amonio a la fraccin sobrenadante y
se precipita la protena que se desea. La mezcla se centrifuga, se separa el lquido y el
precipitado se disuelve en un volumen mnimo de solucin amortiguadora.
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Cromatografa en columna para fraccionar la mezcla de protenas que resta

despus de la precipitacin con sulfato de amonio y la dilisis. Una columna cilndrica se
llena con un material insoluble, como fibras de celulosa sustituida o esferillas de material
sinttico. La mezcla de protenas se agrega a la columna y se lava haciendo pasar por la
matriz de material insoluble un solvente. A medida que el solvente fluye por la columna, el
eluido (que es el lquido que sale por el fondo de la columna) se recolecta en muchas
fracciones
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Las tcnicas cromatografas se clasifican de acuerdo con el

tipo de matriz.
1

2.1. Cromatografa de intercambio inico

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La matriz tiene cargas positivas (resinas de intercambio de aniones)

o cargas negativas (resinas de intercambio de cationes) matrices de

intercambio aninico se unen con protenas con carga negativa y las retienen
para su posterior elucin. Por el contrario, los materiales de intercambio
catinico se enlazan con protenas con carga positiva. Las protenas
enlazadas se pueden eluir en serie si se aumenta la concentracin salina del
solvente en forma gradual. A medida que aumenta la concentracin de la sal,
llega a una concentracin en la que sus iones superan a las protenas en la
unin a la matriz. A esa concentracin la protena se libera y es recolectada
en el eluido. Las protenas unidas individualmente se eluyen a distintas
concentraciones

de

sal,

este

fraccionamiento

determina

que

la

cromatografa de intercambio inico constituya un mtodo poderoso para

purificar protenas.
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La Cromatografa por filtracin
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En gel separa a las protenas con base en su tamao molecular. El
gel es una matriz de esferillas porosas. Las protenas que son menores que el
tamao promedio del poro penetran en gran parte del volumen interno de
las perlas, y de ese modo se retardan por la matriz cuando la solucin
amortiguadora fluye por la columna. Mientras menor sea la protena, se
eluye con ms retraso de la columna. Hay menos poros accesibles a las
molculas mayores de protena. En consecuencia, las protenas ms grandes

rodean a las perlas y se eluyen primero.

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La cromatografa de afinidad es el tipo de cromatografa en columna ms
selectivo. Se basa en interacciones especficas de unin entre la protena
deseada y alguna otra molcula enlazada en forma covalente a la matriz de la
columna. La molcula unida a la matriz puede ser una sustancia o ligando que

se une a una protena in vivo; un anticuerpo que reconozca a la protena

deseada u otra protena de la cual se conozca el modo de interaccin con la
protena deseada dentro de la clula. A medida que la mezcla de protenas pasa
por la columna, slo la protena deseada se une en forma especfica a la matriz.
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Aminocidos

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Se puede determinar la composicin de aminocidos de una
protena en forma cuantitativa hidrolizando los enlaces peptdicos y
analizando el hidrolizado mediante cromatografa. La secuencia de
una cadena polipeptdica se determina con el procedimiento de
degradacin de Edman, en el que se separan e identifican
sucesivamente los residuos N-terminales.
Las secuencias de
polipptidos grandes se pueden determinar por rompimiento selectivo
de enlaces peptdicos usando proteasas o reactivos qumicos, y
despus la degradacin de Edman de los fragmentos que resulten.
Una comparacin de secuencias procedentes de distintas especies
revela relaciones evolutivas.
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