Modelado y Simulacin Computacional

para Ciencias e Ingenieras

Informe Final
1) Explique cules son las caractersticas del modelo de grano
grueso que utilizamos para llevar a cabo la simulacin de Monte
Carlo de la solucin de sal. Compare en un grafico las funciones de
distribucin radial para una solucin de sal (++ () y +- ())
obtenidas mediante la simulacin de Monte Carlo y las obtenidas
con la teora de Debye-Hukel. Esta comparacin la debe realizar
para la concentracin de sal asignada a su grupo de trabajo.
Las interacciones entre los tomos se describen usando el concepto
de superficie de energa potencial, una funcin que indica cmo vara la
energa con las posiciones atmicas. Es posible describir esa superficie
mediante diferentes modelos. Los ms precisos estn basados en las leyes
de la mecnica cuntica, vlidas en la escala de los tomos y sus ncleos.
Su principal desventaja es la complejidad de sus ecuaciones, por la que los
clculos requieren mucho tiempo y recursos de computacin. Existen
modelos ms sencillos, basados en las leyes de la fsica clsica, que
consideran las interacciones entre tomos y los describen valindose, por
ejemplo, de las leyes de Coulomb. Son menos demandantes de recursos de
computacin, pero permiten estudiar sistemas de miles de tomos, como
las protenas, justificando a su vez el uso de aproximaciones clsicas. Son
mtodos especialmente adecuados para fenmenos que no incluyan ruptura
o formacin de enlaces qumicos. Tambin es posible disear modelos de
superficies de energa potencial cuya unidad mnima de interaccin no sea
un tomo, sino un grupo de ellos. Esos modelos se denominan de grano
grueso, y permiten estudiar sistemas aun ms complejos, o en escalas de
tiempo ms largas.
Ferreyra Susana, Perez Rodrigo, Morcillo Luciano, Lopez Sebastin

Modelado y Simulacin Computacional

para Ciencias e Ingenieras
Informe Final
Modelo de Grano Grueso o Grosso Modo: es una simplificacin del modelo
integrando los grados de libertad cunticos. Esto lo logramos por medio de
la funcin de distribucin radial

dando una representacin

de

las

propiedades estructurales del sistema. El problema de esta simplificacin es

que no considera la presin original del sistema y al sustituir una molcula
por una esfera no se tienen en cuenta la estructura interna de la molcula,
ni si estructura intramolecular y por consiguiente su contribucin a la
presin. Por esta razn se hace una correccin de la presin para obtener la
distribucin radial adecuada.
Calculamos la distribucin radial para una solucin de sal de concentracin
100mM.

Si en 100 mM tenemos 0,06022part/nm3 en un volumen de 1nm3.

Ferreyra Susana, Perez Rodrigo, Morcillo Luciano, Lopez Sebastin

Modelado y Simulacin Computacional

para Ciencias e Ingenieras
Informe Final

G(r) catin-catin y catin-anin Simulacin de Monte Carlo

g(r) catin-catin y catin-anin Simulacin por Debye-Hukel

2) Simule mediante la tcnica de Monte Carlo la conducta de un

Ferreyra Susana, Perez Rodrigo, Morcillo Luciano, Lopez Sebastin

Modelado y Simulacin Computacional

para Ciencias e Ingenieras
Informe Final
polielectrolito que acta como una barra rgida. Para ello construya
un polielectrolito Nm monmeros cargados positivamente (con un
nmero equivalente de contra iones, esferas rgidas d=0.2nm
cargadas negativamente) con distancia entre monmeros vecinos
igual a l0. Medir y graficar la condensacin promedio de contra
iones en funcin de Nm para (m=10, 20, 40, 50, 60, 80, 100, 120,
150, 200). Recuerde que a cada grupo se le asigno una 0 especfica.
L0= 0,60nm.
Para la simulacin del orden de condensacin del polielectrolito realizamos
un programa en Fortran donde un polielectrolito lineal en presencia de
contra iones interactan dentro en un determinado radio l 1nm dando
como resultado la condensacin en ese punto.

Como la simulacin es

dinmica, se cuentan sistemticamente la cantidad de interacciones (ion

polmero) al realizar el movimiento de los electrolitos entorno a la cadena
polimrica.
La simulacin se basa en un estado macroscpico (Termodinmico) que
obedece a las leyes de la mecnica (Newtoniana o cuntica) para entregar
el equilibrio final del sistema. Los estados macroscpicos son el resultado
del comportamiento estadstico de las partculas (Mecnica Estadstica). El
estado macroscpico del sistema esta descripto por una variable vectorial
aleatoria que corresponden a los distintos puntos en el espacio de las fases
en los que puede encontrarse el sistema. La Mecnica Estadstica estudia la
distribucin de probabilidades de dichas variables vectoriales.
teniendo en cuenta:

Ecuacin de estado (Funcin de particin cannica (N.V,T) Es

sistema es cerrado (V) con energa variable, numero de particulaes(N) y
temperatura fijas (T).

Ferreyra Susana, Perez Rodrigo, Morcillo Luciano, Lopez Sebastin

Modelado y Simulacin Computacional

para Ciencias e Ingenieras
Informe Final
La trayectoria de los contra iones en el Espacio de las Fases est
dada por las ecuaciones de movimiento del Hamiltoniano, donde se
puede conocer la posicin inicial y final de un contra ion dada una de
las posiciones de la trayectoria, el mtodo de Monte Carlo es un
proceso estocstico, donde la sucesin de estado viene dada por
sucesos al azar.

Se sigue el esquema de Metrpolis: 1. calculamos la energa 2.

Seleccionamos al azar una partcula en la caja. 3. Dar a la partcula
un desplazamiento aleatorio. 4. Calculamos la energa final 5.
Aceptar la movida en funcin a una probabilidad.

Se

tienen

en

cuenta

el

comportamiento

del

electrolito

por

Teora de Debye-Hckel teniendo presente que las distribuciones de

iones responden a una estadstica Boltzmann.

Se usa el modelo Primitivo e los iones (para darle volumen y que no

sean cargar puntuales donde los radios se solapen)

Para polielectrolitos se usa el Modelo de grano grueso (Grosso modo).

En el programa primero definimos y cargamos los valores de la

simulacin, en nuestro caso definimos las esferas rgidas como
d=0.2nm y el poliectrolito con separacin entre monmeros de
l0=0.60nm, adems definimos nmero de partculas el que iremos
incrementando para los distintos Nm donde npart corresponde al
doble de Nm por haber igual cantidad de contra iones.

1. Luego damos dimensiones de la caja de simulacin, centrado el

Ferreyra Susana, Perez Rodrigo, Morcillo Luciano, Lopez Sebastin

Modelado y Simulacin Computacional

para Ciencias e Ingenieras
Informe Final
polmero en la caja.
2. Se asignan las cargas y se posicionan dentro de la caja: las cargas +
se dejan fijas y las cargas se posicionan inicialmente al azar. Se
tienen en cuenta que no pueden superponerse.
3. Comienza el loop principal donde se mueven los contra iones
evitando su superposicin y siguiendo la distribucin de Boltzmann
hasta que despus de una cantidad de movimientos se llega al
equilibrio del sistema.
4. Se define el comportamiento electro estadstico.
5. Se establece el gradiente de distribucin radial donde analizamos el
grado de condensacin una vez alcanzado el equilibrio que lo
definimos que etapas/2. Cada vez que la distancia al polielectrolito
es menor a 1nm contamos la etapa como condesada.
El grado de condensacin es igual al promedio de las condensaciones
sobre el nmero de monmeros

=<nmero de

concentraciones>/Nm
En nuestro caso:

<sncond/(netapas/2)>

(npart/2)

Al realizar todas las corridas para las Nm partculas y graficarlas

obtenemos:

Ferreyra Susana, Perez Rodrigo, Morcillo Luciano, Lopez Sebastin

Modelado y Simulacin Computacional

para Ciencias e Ingenieras
Informe Final

Podemos

observar

que

el

grado

de

condensacin

aumentan

exponencialmente al crecer en nmero los monmeros hasta Nm=40

pero luego el grado de condensacin se incrementa de forma
logartmica hacindose asinttico independientemente del nmero de
monmeros.
Teniendo en cuenta este comportamiento con las condiciones dadas y
con

un

largo

de

enlace

l0=0.6nm

podramos

concluir

polielectrolitos de gran tamao no condensaran ms de un 30%

Ferreyra Susana, Perez Rodrigo, Morcillo Luciano, Lopez Sebastin

que