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Diapositivas Tericas
Dra. Marina Ciancia Dr. Hugo Chludil - Dra. Silvia R. Leicach
Qumica de Biomolculas
2013
1
clula
Agua: 70%
Iones inorgnicos ( Na+ , K+ , Cl- , H2PO4 ):- 1%
Molculas orgnicas pequeas: 6%
Molculas orgnicas
pequeas
polimerizacin
Metabolitos primarios
reproduccin
Interacciones con el
entorno
Metabolitos
secundarios
Regulacin metablica
Macromolc
ulas
Monosac
rido
Amino
cido
Biomasa,
Nucle
tido
NH2
CH2O
H
OH
H2N
COOH
P
O
O
O
O
CH CH3
O
CH2
OH
CH3
c
ido
gra
so
(C1
8)
O
OH
N
O
OH
O
OH
Aumento de la electronegatividad
Escala de
electronegatividades
de Linus Pauling.
Aumento de la electronegatividad
Estructura qumica: cadenas de tomos de carbono unidos entre s y/o a tomos de hidrgeno,
oxgeno, nitrgeno y azufre, por enlaces covalentes, con una geometra caracterstica.
o H
1,54A
H C
C H
H
H
110kcal
agua
1,33 A
etano
geometra tetradrica
(enlaces simples)
metano
eteno o etileno
geometra plana (enlace doble)
93kcal
hibridizacin
promocin
antes de la promocin
orbitales hbridos
se hibridizan 4 orbitales
hibridizacin
Se obtienen 4 orbit
estables oque los or
En el etano la unin C-C se produce por superposicin frontal de dos orbitales sp3, dando lugar a la
formacin de un enlace covalente sigma).
hibridizacin
se hibridizan 3 orbitales
orbitales hbridos
Vista de arriba
Enlace
Enlace
enlace
enlace
enlace
enlace
Para que la superposicin entre los orbitales p sea mxima, stos se disponen en forma paralela entre s.
As los restantes 6 tomos quedan en un mismo plano. Los electrones del orbital se ubican en el
espacio por encima y por debajo de ese plano.
complejo
En este caso, 4 electrones mantienen los tomos deLpidos
carbono
unidos, mientras que en un enlace simple CC, participan solo dos. Esto implica que el enlace doble C=C es mas fuerte y mas corto que el enlace
simple C-C.
En el etino (o acetileno) los tomos de
hibridizacin
carbono estn unidos slo a otros dos
tomos. Solo un orbital s y uno p se
hibridizan, dando dos orbitales hbridos
orbitales hbridos
se hibridizan 2 orbitales
sp y quedan dos orbitales p sin hibridizar.
Como los tomos de carbono de una triple unin se mantienen unidos por medio de 6 electrones, las
uniones triples son ms fuertes y cortas que las dobles y las simples.
ESTRUCTURAS CCLICAS DE 6 C
Benceno, C6H6
H
Ciclohexano, C6H12
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H H
H H H
HH
1
0
Polaridad
Cada enlace es polar o no polar dependiendo de los tomos involucrados.
Interacciones entre molculas (estado de agregacin y solubilidad)
dependen del tipo de fuerza a travs de las que interaccionan, directamente
relacionadas a las caractersticas qumicas que determinan su polaridad.
etano
agua
10
11
Tipos de interaccin intra o intermolecular: determinados por polaridad de las uniones interatmicas
en cada molcula, que dependen de la electronegatividad de los tomos involucrados
Macromolculas
Interacciones intra e intermoleculares
Estructuras supramoleculares
pared celular
Distintos tipos de molculas pueden
interaccionar entre s para formar
estructuras supramoleculares
metano
etano
propano
butano
H
H
H
H
hexadecano
Fuerzas de Van der Waals: incluyen fuerzas entre dipolos permanentes, entre las
que estn los puentes de hidrgeno (fuerzas de Van der Waals de mayor energa)
R'
C
R
_O
R'
_O
R
R'
Temp eratu ra
Variacin de Puntos de
Ebullicin
Alcanos (R-
100
50
0
-50
-100
-150
-200
H)
C loroalcanos
(R- C l)
Alco
holes
(RO H)
Grupo A lquilo
HO H
..
O:
R C O
.. H
..
H
H O
H O H
H
H
O
H
O
H
..
H O..
:O C R
..
H O
O
H
O
R
O
H
O
H
Interacciones dipolo-dipolo
metilamina-agua
metanol-agua
Alcanos
C-C y C-H: unin (enlace) sigma (). Octeto de e- completo por 4 uniones covalentes simples.
En cada unin cada tomo aporta un e- y comparten el par de e- . (C con geometra tetradrica).
:
H C:
H
metano
H
H
H
H
H
H
etano
prefijo met 1C, et 2C, prop 3C, but 4C, pent 5C, hex 6C, etc., terminacin ano.
Alquenos
C=C: unin covalente doble cada C aporta dos e- y comparten los 4 e-. Dos e- forman una unin
entre los dos C, el otro par forma la segunda unin (, no es tan fuerte. El par de e- es ms mvil
y reactivo que el par de e- (C con geometra plana), terminacin eno.
H
eteno (etileno)
H
H
Alquino
s
C C:unin covalente triple cada C aporta tres e- y comparten
los 6 e- (C con geometra lineal), terminacin ino.
H C
C H etino (acetileno)
Estados de oxidacin
Reacciones metablicas:
Reacciones de oxidacin (catablicas) o de reduccin (anablicas)
alcano
H
<
alcohol
H
<
HO
C
R
C
H
R
Enlaces C-C y C-H comunes y abundantes en biomolculas, por su gran estabilidad no intervienen
en las reacciones biolgicas.
La parte de la molcula que reacciona qumica biolgicamente se denomina grupo funcional.
Grupo funcional
Compuestos
Frmula general
enlace
Alquenos
RHC=CHR
-OH
hidroxilo
Alcohol
-OH
hidroxilo
Fenol
C6H5 OH
Cetona
R2CO
Aldehdo
RHC=O
-COOH carboxilo
cido carboxlico
RCOOH
-NH2
amino
Amina
RNH2
-CN
ciano
Nitrilos
RCN
-OR alcoxilo
ter
ROR`
-COOR alcoxicarbonilo
ster
RCOOR`
-NHCO carboxamido
Amida
RCONHR`
C C
Simples
Familia de compuestos
O carbonilo
-CHO
formilo
18
-COOCOAnhdrido
RCOOCOR
`
hidroxilo
R3
OH
OH
OH
R
H
R2
R''
R'
Alcoholes
OH
R'
primario
secundario
terciario
Fenoles
CH2OH
HCOH
HC OH
HO CH
HC OH
HC OH H2COH
19
Glicerol
H2N
C H
CH2OH
D- glucosa
L-Serina
HO
colesterol
29
H O
H O
Punto de ebullicin
O
H
O
H
O
H
H
O
R
O
R
O
H
O
H
Solubilidad en agua
Tioles
COOH
cistena
NH2 CH
CH SH
2
[O ]
COOH
COOH
H2N-CH H2N-CH
CH2SS
CH2
cistina
20
tiol
puente disulfuro
30
Aldehdos y Cetonas
formilo
O
R C
carbonilo
+2
NaOH,H2O
+
R
C
Na
tartrato de sodio y potasio
O
+ Cu
+ Cu2O
R
C O
R'
aldehdo
cetona
O
HO
H
OH
OH
OH
CH2OH
D-glucosa
CH 2OH
C O
HO CH
HC OH
HC OH
CH 2OH
D-fructosa
CO2
C O
CH3
piruvato
enlace
Enlace
cidos carboxlicos: Representantes cidos entre las biomolculas, se disocian liberando protones (H+).
..
O:
O
R C
Grupo carboxilo
OH
+ H 2O
-+
O H O
.. 3
:
ion carboxilato
C O
2)
ion alcxido
Relativamente
estable
pKa 5
O
RC
Relativamente inestable
carboxilato desplaza el
equilibrio, aumentando el
valor de la Ka
Estabilizacin
adicional por
resonancia del ion
cidos grasos
C
..
O:
R C ..
O.. H
OH
..
H O..
:
CH3
C R
OH
O..
puente de hidrgeno
cidos monocarboxlicos
COOH
cido pirvico
cidos dicarboxlicos
COOH
HCOH
CH3
COOH
C O
(CH2)n
COOH
cido tricarboxlico
COOH
COOH
COOH
CH2
CH2
cido oxlico C O
CH2 COOH
HO C COOH cido ctrico
CH2 COOH
cido lctico
CH3
COOH
cido -cetoglutrico
fitohormonas (divisin y expansin celular)
cido indolactico
CH2COOH
HO
CO
CH3 CO2H
CH3 CH3
CH3
OH
OH
CH2
giberelinas
CH3
cido abscsico
CO2H
steres
Grupo funcional compuesto que resulta de la reaccin de una molcula de cido carboxlico con
una de alcohol, con prdida de una molcula de agua.
CH CH C
3 2
CH
ster
O
OCH2(CH2)n
2
3
CH3
+ ROH
OH
O O
HO P OR
OH
Tiosteres
tiol
CH3
HC
H2C
O
HO P OH
O
O C (CH2)n CH3
O
R(CH2)nC
OCH
steres fosfato
ceras
H2
C
S CoA
)n
C (CH
CH
3O2
O C (CH2)n CH3
grasas y aceites
Co
A
SH
Coenzima A
acetil-CoA
Anhdridos
Grupo funcional compuesto que resulta de la reaccin de dos molculas de cido, con
prdida de una molcula de agua.
anhdrido
CH 3
CH 3 C
O
OH
-H2O
O
HO P OH
CH 3
OH
C
OH
CH 3
OH
O
+ CH3C
anhdrido mixto
O
O
HO P O OH
O
HO P OH
OH
O
O
O
HO P O P O P OH
O O
O P O
H2O
2 HO P OH
OH
OH
OH
H2O
OH
OH
OH
HO
CH
OO
cido pirofosfrico
cido trifosfrico
H 2C O
P O
O-
1,3-difosfoglicerato
Aminas
Derivan del amonaco por sustitucin de uno o ms H por grupo/s R
Representan el carcter bsico en las biomolculas
..
..
RR`NH
RR`R``N
N
R N
RNH2
secundaria
H
R
H
terciaria
primaria
R'
H
Reaccin cido-base
3
(CH3) N
:
COOH
HOCH2CH2NH2
alanina
etanolamina
g
r
a
m
i
n
a
(CH3) N : H+ Cl
HCl
NH2
N
CH3
amino
H2N CH
..
N
HOCH2CH2N(CH3)3
N
H
adenina
colina
CH2
N(CH3)
CH
CH
N(C
H
hordenina
O
H
CH3O
CH3O
CH3O
CH2CH2NH2
mezcalina
26
C
O
C
O
Amidas
Grupo funcional compuesto que resulta de la reaccin de una molcula de cido carboxlico
con una de amina con prdida de una molcula de agua.
O
amida
catalizador
CH2
R'
enzima
unin peptdica
COOH
NH2
O C NH
2
H2NCH
(CH2)n
O
C
NH2
O
C
H COOH
N CH
H2N CH
R'
R
O
NH2
asparragina n=1
glutamina n=2
urea
nicotinamida
27
Biomolculas:
Metabolitos primarios
El desarrollo de un organismo vegetal a partir de la semilla que resulta en la creacin de biomasa
acompaada por el cambio irreversible del tamao de la planta ocurre a travs de los procesos de
divisin, crecimiento y diferenciacin celular. El crecimiento y la reproduccin exigen gran cantidad de
recursos (luz, agua y nutrientes) para la biosntesis de metabolitos primarios (hidratos de carbono, lpidos,
protenas y cidos nucleicos) en base a los cuales se forman los diferentes rganos.
Las rutas metablicas primarias son comunes a todas las plantas y tambin a otros organismos.
Metabolitos secundarios
Fundamentales en la interaccin planta-entorno, particularmente en las estrategias defensivas, a pesar de
ser minoritarios. Pueden estar presentes en todos los rganos de las plantas, almacenados lejos de sus
rutas metablicas primarias, o transformados qumicamente en compuestos menos txicos. Tiene adems
funciones como reguladores de crecimiento, seales qumicas, etc.)
Las rutas metablicas secundarias varan considerablemente entre las distintas especies reflejando su
historia evolutiva y permitiendo una clasificacin en base a sus caractersticas qumicas. La
taxonoma qumica clasifica las especies en base a los metabolitos secundarios que producen.
Glucsidos
Fotosntesis
Eritrosa 4P
Acido
Sikimico
Carbohidratos
Gluclisis
Aminocidos
aromticos
Acidos
Cinmicos
Fosfoenol piruvato
Protenas y Acidos
Nucleicos
Aminocidos
Piruvato GA3P
Terpenos
Ciclo cidos
tricarboxlicos
Taninos
Grasas
Fenoles
(C6-C1)
Ligninas
Alcaloides
Cumarinas
Acetato/ Malonato
Acetato/ Mevalonato
Flavonoides, Estilbenos,
Taninos condensados
Polictidos
Fenoles
29