Transcripcin en procariotas

Como en la mayora de las reas de la biologa molecular, estudios de E. coli han proporcionado el
modelo para las posteriores investigaciones de la transcripcin en clulas eucariticas. Como se revis
en el captulo 3, mRNA fue descubierto primero en E. coli. E. coli fue tambin el primer organismo
que polimerasa del RNA fue purificada y estudiada. Los mecanismos bsicos por los cuales se regula
transcripcin fueron asimismo aclados por pioneros experimentos en E. coli, que regulado gene
expresin permite a la clula responder a las variaciones en el entorno, como cambios en la
disponibilidad de nutrientes. Una comprensin de la transcripcin en E. coli as ha proporcionado la
base para los estudios de los ms complejos mecanismos que regulan la expresin gnica en las
clulas eucariotas.
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Polimerasa del RNA y transcripcin

La principal enzima responsable de la sntesis de ARN es el ARN polimerasa, que cataliza la
polimerizacin de ribonuclesido 5-trifosfatos (PNT), como se indica por una plantilla de ADN . La
sntesis del ARN es similar a la del ADN y como la ADN polimerasa, ARN polimerasa cataliza el
crecimiento de las cadenas de RNA en el 5 a 3 direccin. A diferencia de la ADN polimerasa, ARN
polimerasa no exigir una cartilla preformada para iniciar la sntesis de ARN. En cambio, transcripcin
inicia de novo en sitios especficos en el comienzo de los genes. El proceso de iniciacin es
particularmente importante porque este es el paso principal en el que se regula la transcripcin.
E. coli polimerasa del RNA, como la ADN polimerasaes una enzima compleja formada por varias
cadenas polipeptdicas . La enzima intacta consiste en cuatro tipos diferentes de subunidades,
llamadas , , y (figura 6.1). La subunidad es relativamente dbil limitado y puede estar
separada de las otras subunidades, rindiendo una polimerasa ncleo que consta de dos , una y
subunidades uno . La polimerasa ncleo es completamente capaz de catalizar la polimerizacin de la
PNT en el ARN, lo que indica que no es necesaria para la bsica actividad cataltica de la enzima.
Sin embargo, la polimerasa ncleo no se une especficamente a las secuencias de ADN que sealan el
inicio normal de la transcripcin; por lo tanto, la subunidad es necesaria para identificar los sitios
correctos para la iniciacin de la transcripcin. La seleccin de estos sitios es un elemento crtico de la
transcripcin porque la sntesis de un ARN funcional deben empezar por el principio de un gen.

Figura 6.1
E. coli polimerasa del RNA. La enzima completa consta de cinco subunidades: dos , una , un y
uno . La subunidad es relativamente dbil limitado y puede estar disociado de las otros cuatro
subunidades, que (ms...)
La secuencia de ADN que ARN polimerasa se une para iniciar la transcripcin de un gen se denomina
promotor. Las secuencias de ADN implicadas en la funcin de promotor primero fueron identificadas
por comparacin de las secuencias de nucletido de una serie de genes diferentes aislados de E. coli.
Estas comparaciones revelaron que la regin corriente arriba del sitio de iniciacin de transcripcin
contiene dos conjuntos de secuencias que son similares en una variedad de genes. Estas secuencias
comunes abarcan seis nucletidos y se encuentran aproximadamente 10 y 35 pares de bases corriente
arriba de la transcripcin Inicio sitio (figura 6.2). Se llaman los elementos-10 y -35, que denota su
posicin en relacin con el sitio de iniciacin de transcripcin, que se define como la posicin + 1.

Las secuencias en las posiciones-10 y -35 en promotores diferentes no son idnticas, pero son todos
bastante similares para establecer secuencias de consenso las bases ms frecuentes en cada
posicin.

Figura 6.2
Secuencias de E. promotores de coli . E. coli promotores se caracterizan por dos conjuntos de
secuencias situado 10 y 35 pares de bases corriente arriba del sitio de inicio de transcripcin (+ 1). Las
secuencias consenso mostradas corresponden a las bases ms frecuentes en diferentes (ms...)
Varios tipos de evidencias experimentales apoyan la importancia funcional de los -10 y -35 promotor
elementos. En primer lugar, los genes con promotores que difieren de las secuencias de consenso se
transcriben menos eficientemente que genes cuyos promotores coinciden con las secuencias consenso
ms de cerca. En segundo lugar, las mutaciones introducidas en el -35 o secuencias de consenso-10
tienen fuertes efectos sobre la funcin de promotor. En tercer lugar, los sitios en que ARN polimerasa
se une a los promotores se han identificado directamente por huella de experimentos, que es
ampliamente utilizado para determinar los sitios en que unen protenas al DNA (figura 6.3). En
experimentos de este tipo, un fragmento de ADN es radiactiva en un extremo. El ADN marcado es
incubado con la protena del inters (e.g., RNA polimerasa) y despus sometido a digestin parcial
con DNasa. El principio del mtodo es que las regiones de ADN que se une la protena sean
protegidas de digestin ADNsa. Estas regiones pueden identificarse por lo tanto, por comparacin de
los productos de la digestin del ADN unida a las protenas con las resultantes de idntico tratamiento
de DNasa de una muestra paralela de ADN que no se incub con protena. Variaciones de este mtodo
bsico, que emplean reactivos qumicos para modificar y hender la DNA en nucletidos particular,
pueden utilizarse para identificar las bases especficas de ADN que estn en contacto con la protena.
Anlisis huella ha demostrado que eso polimerasa del RNA se une generalmente a promotores sobre
aproximadamente una regin par de base 60, que se extiende desde -40 a + 20 (es decir, de 40
nucletidos ro arriba a 20 nucletidos corriente abajo del sitio de inicio de transcripcin ). La
subunidad se une especficamente a secuencias en la -35 y -10 promotor regiones, que justifique la
importancia de estas secuencias en funcin del promotor. Adems, algunos E. coli promotores tienen
una tercera secuencia, ubicado aguas arriba de la regin-35, que sirve como un sitio de Unin
especfico para la subunidad de ARN polimerasa.

Figura 6.3
Huella de ADN. Una muestra que contiene fragmentos de la DNA radiactiva en un extremo se divide
en dos y una mitad de la muestra se incuba con una protena que se une a una secuencia especfica de
ADN dentro del fragmento. Ambas muestras son digeridos luego con DNasa, (ms...)
En la ausencia de , polimerasa del RNA ata un ADN con baja afinidad. El papel de es dirigir la
polimerasa a los promotores al unirse especficamente a las secuencias-35 y -10, conduce a la
iniciacin de la transcripcin en el inicio de un gen (figura 6.4). La Unin inicial entre la polimerasa y
un promotor se denomina un complejo promotor cerrado porque el ADN no se desenrolla. La

polimerasa entonces desenrolla aproximadamente 15 bases de ADN alrededor del sitio de iniciacin
para formar un complejo promotor abierto en el que est disponible como una plantilla para la
transcripcin ADN. Transcripcin se inicia por la Unin de dos PNT gratis. Despus de la adicin de
acerca de los 10 primeros nucletidos, es liberado de la polimerasa, que deja el promotor y se mueve
a lo largo de la plantilla de ADN para continuar la elongacin de la cadena creciente de RNA.
Mientras que viaja, la polimerasa desenrolla la plantilla de ADN delante de l y rebobina el ADN
detrs de l, manteniendo una regin desenrollada de unos 17 pares de bases en la regin de
transcripcin.

Figura 6.4
Transcripcin de E. coli Polimerasa del RNA. Inicialmente, la polimerasa se une un ADN y migra a lo
largo de la molcula hasta la subunidad se une a la -35 y -10 promotor elementos, formando un
complejo promotor cerrado. La polimerasa entonces (ms...)
Sntesis de ARN contina hasta que la polimerasa encuentra una seal de terminacin, en que punto
de transcripcin se detiene, el ARN es liberado de la polimerasa, la enzima se disocia de su plantilla
de la DNA . El tipo ms simple y ms comn de la seal de terminacin en E. coli consiste en una
repeticin invertida simtrica de una secuencia rica en GC seguida de cuatro o ms residuos de A
(figura 6.5). Transcripcin de los GC-ricos invertidas de repetir resultados en la formacin de un
segmento de ARN que pueden formar una estructura estable de lazo del vstago por apareamiento
complementario de la base. La formacin de una estructura de auto-complementarias en el ARN
interrumpe su asociacin con la plantilla de ADN y termina la transcripcin. Porque hidrgeno de la
vinculacin entre A y U son ms dbil que entre G y C, la presencia de un residuos aguas abajo de la
invertida repetir secuencias est pensado para facilitar la disociacin del ARN de su plantilla. Otros
tipos de seales de terminacin de transcripcin, tanto procariotas y clulas eucariotas, dependen en la
Unin de las protenas que terminar transcripcin a las secuencias especficas de ADN, en lugar de en
la formacin de una estructura de lazo del vstago en el ARN.

Figura 6.5
Terminacin de transcripcin. La terminacin de la transcripcin se seala por un rico GC invertido
repetir seguido por cuatro residuos de una. La invertida repetir estructura formas un lazo estable del
vstago en el RNA, causando el ARN para disociar de la plantilla de la DNA.
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Represores y Control negativo de la transcripcin

Los estudios pioneros de regulacin gnica en E. coli se llevaron a cabo por Franois Jacob y Jacques
Monod en los aos 1950. Estos investigadores y sus colegas analizaron la expresin de enzimas
implicadas en el metabolismo de la lactosa, que puede ser utilizado como una fuente de carbono y

energa a travs de escote a la glucosa y galactosa (figura 6.6). La enzima que cataliza la ruptura de la
lactosa (-galactosidasa) y otras enzimas implicado en metabolismo de lactosa se expresan slo
cuando la lactosa est disponible para el uso de las bacterias. De lo contrario, la clula es capaz de
economizar por no invertir energa en la sntesis de innecesarios RNAs y protenas. As, la lactosa
induce la sntesis de enzimas involucradas en su metabolismo. Adems de requerir la -galactosidasa,
metabolismo de la lactosa consiste en los productos de otros dos genes estrechamente relacionados:
lactosa permeasa, que transporta la lactosa en la clula y una transacetylase, cuya funcin en el
metabolismo de la lactosa sigue siendo desconocido. Sobre la base de experimentos puramente
genticos, Jacob y Monod deducen el mecanismo por el que se regula la expresin de estos genes, as,
formular un modelo que sigue siendo fundamental para nuestra comprensin de la regulacin
transcripcional.

Figura 6.6
Metabolismo de la lactosa. -galactosidasa cataliza la hidrlisis de la lactosa a glucosa y galactosa.
El punto de partida en este anlisis fue el aislamiento de mutantes que eran defectuosos en la
regulacin de los genes implicados en la utilizacin de la lactosa. Estos mutantes fueron de dos tipos:
constitutivas mutantes, que expresan los tres genes incluso cuando la lactosa no estaba disponible, y
noninducible mutantes, que no pudieron expresar los genes incluso en presencia de lactosa. Mapeo
gentico localizado estos mutantes regulatorios para dos loci distintos, llamado o y , o situado
inmediatamente aguas arriba del estructural gen de la -galactosidasa. Las mutaciones que afectan o
dio lugar a la expresin constitutiva; mutantes de los fueron ya sea constitutiva o noninducible.
La funcin de estos genes reguladores fue sondada por los experimentos en que se aparearon dos
cepas de bacterias, dando lugar a clulas diploides que contienen genes derivados de ambos padres
(figura 6.7). Anlisis de expresin gnica en tales bacterias diploides proporcionan penetraciones
crticas definiendo que los alelos de estos genes reguladores son dominantes y cuales recesivos. Por
ejemplo, cuando las bacterias que contienen un gen normal (+) se aparearon con las bacterias
portadoras de un gen mutacin dando por resultado la expresin constitutiva (una i- mutacin), la
bacteria diploide resultante muestra inducibilidad normal; por lo tanto, la normal + gen era dominante
sobre el - mutante. En contraste, apareamientos entre bacterias normales y con una oc mutacin
(expresin constitutiva) rindi diploides con la expresin constitutiva de fenotipo, que indica que oc es
dominante sobre o+. Experimentos adicionales que mutaciones en o y se combinan con diversas
mutaciones en los genes estructurales mostraron que o afecta a la expresin de slo los genes a los que
fsicamente est vinculado, mientras afecta a la expresin de genes en ambas copias del cromosoma en
las bacterias diploides. As, en una oc/o+ clula, solamente los genes estructurales que estn vinculados
oc se expresa constitutivamente. En cambio, en una +/me- clulas, genes estructurales en ambos
cromosomas son reguladas normalmente. Estos resultados llevaron a la conclusin de que o representa
una regin del ADN que controla la transcripcin de genes adyacentes, mientras que el gen codifica
un factor de regulacin (por ejemplo, una protena) que puede difundir a travs de los genes de la
clula y el control en ambos cromosomas.

Figura 6.7
Regulacin de la -galactosidasa en diploide E. coli. El apareamiento de dos cepas bacterianas como
resultado clulas diploides que contienen genes de ambos padres. En estos ejemplos, se supone que
los genes que codifican -galactosidasa (los genes de z ) (ms...)
El modelo de regulacin gnica desarrollado sobre la base de estos experimentos se ilustra en la figura
6.8. Los genes que codifican -galactosidasa, permeasa y transacetylase se expresan como una sola
unidad, que se denomina un opern. Transcripcin de la opern es controlada por o (el operador), que
es adyacente al sitio de iniciacin de transcripcin . El gen codifica una protena que regula la
transcripcin al unirse al operador. Desde que- mutantes (que resultan en la expresin gnica
constitutiva) son recesivos, se concluy que estos mutantes se ha podido hacer un producto gnico
funcional. Este resultado implica que el producto del gene normal i es un represor, que bloquea la
transcripcin cuando enlazado a o. La adicin de lactosa conduce a la induccin del operon porque la
lactosa se une al represor, impidiendo de atar al operador de la DNA. En noninducible mutantes (que
son dominantes sobre +), el represor es incapaz de enlazar la lactosa, por lo que expresin del operon
no puede ser inducida.

Figura 6.8
Control negativo del operon lac . El gen codifica un represor que, en ausencia de lactosa (superior), se
une al operador (o) y transcripcin de bloques de los tres genes estructurales (z, -galactosidasa; y,
permeasa; y una, transacetylase). (ms...)
El modelo encaja perfectamente los resultados de los experimentos genticos de los cuales fue
derivado. En- las clulas, el represor no se hace, por lo que el lac opern se expresa constitutivamente.
Diploide +/me- las clulas son normalmente inducibles, puesto que el represor funcional est
codificada por el + alelo. Por ltimo, en oc mutantes un funcional operador se ha perdido y represor no
puede obligarse. En consecuencia, oc mutantes son dominantes pero afectan a la expresin de genes
estructurales vinculadas.
Confirmacin de este modelo bsico puesto que proviene de una variedad de experimentos,
incluyendo aislamiento, Walter Gilbert, en la dcada de 1960, de la lac represor y anlisis de su unin
al operador de ADN. El anlisis molecular ha definido el operador como unos 30 pares de bases del
ADN, a partir de unas bases antes del sitio de iniciacin de la transcripcin . Anlisis de la huella ha
identificado esta regin como el sitio que se une al represor, bloqueando la transcripcin. Como
predijo, la lactosa se une al represor, que entonces ya no se une al operador de ADN. Tambin como
predijo, oc las mutaciones alteran secuencias dentro del operador, evitando represor vinculante y
dando por resultado la expresin constitutiva de genes .
El principio central de la regulacin gnica , ejemplificado por el opern de la lactosa es que control
de la transcripcin est mediada por la interaccin de reguladoras protenas con secuencias especficas
de ADN . Este modo general del Reglamento es ampliamente aplicable a ambos procariotas y clulas
eucariotas. Secuencias reguladoras como el operador se llaman cis-elementos de control de calidad,
porque afectan la expresin de slo genes vinculados en la misma molcula de ADN. Por otro lado,

las protenas como el represor se llaman transacciones factores porque puede afectar la expresin de
genes en otros cromosomas dentro de la clula. El opern lac es un ejemplo de control negativo
porque el enlace del represor bloquea la transcripcin. Esto, sin embargo, no siempre es as; muchos
trans-actuar factores son activadores inhibidores de la transcripcin.
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Control positivo de la transcripcin

El ejemplo mejor estudiado de control positivo en e. coli es el efecto de la glucosa sobre la expresin
de genes que codifican las enzimas implicadas en la degradacin (catabolismo) de otros azcares
(incluida la lactosa) que ofrecen fuentes alternativas de carbono y energa. Preferentemente se utiliza
glucosa, as como la glucosa est disponible, no se expresan las enzimas implicadas en el catabolismo
de fuentes alternativas de energa. Por ejemplo, si e. coli se cultivan en medio que contiene glucosa y
lactosa, el lac operon no es inducida y slo la glucosa es utilizada por las bacterias. As, la glucosa
reprime al opern lac incluso en presencia del normal inductor (lactosa).
Represin de glucosa (generalmente llamado represin catablica) ahora se sabe que ser mediado por
un sistema de control positivo, que se acopla a los niveles de AMP cclico (cAMP) (figura 6.9). En
bacterias, la enzima cyclase del adenylyl, que convierte el ATP en cAMP, se regula que los niveles de
campo aumentan cuando bajan los niveles de glucosa. Campo entonces se une a una regulador
transcripcional de la protena llamada protena activadora de catabolito (CAP). La Unin de campo
estimula la Unin de tapa a sus secuencias de la DNA de la blanco, que en el lac opern son
aproximadamente 60 bases situados aguas arriba del sitio de inicio de transcripcin . TAPA luego
interacta con la subunidad de la polimerasa del RNA, facilitando la Unin de la polimerasa al
promotor y activar la transcripcin.

Figura 6.9
Control positivo del opern lac por glucosa. Niveles bajos de glucosa activan cyclase del adenylyl,
que convierte el ATP en AMP cclico (cAMP). AMP cclico se une a la protena activadora de
catabolito (CAP) y estimula su unin a secuencias reguladoras (ms...)
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Atenuacin transcripcional
Tanto los mecanismos de control positivos y negativos que hemos discutido acto en el nivel de
iniciacin de la transcripcin. Un mecanismo adicional, atenuacin transcripcional, regula la
expresin de algunos genes controlando la capacidad de la ARN polimerasa pase alargamiento de
sitios especficos. Este modo de regulacin se ha descrito en E. coli trp opern, que codifica las cinco
enzimas implicadas en la biosntesis del aminocido triptfano. Estos genes se expresan slo cuando

triptfano no est disponible para la clula en su medio ambiente, ya que de lo contrario la sntesis de
triptfano adicional es innecesaria.
El trp opern est regulada en parte por un represor que, cuando se enlaza al triptfano, bloquea la
transcripcin (figura 6.10). Sin embargo, la atenuacin transcripcional proporciona un nivel adicional
de control que se traduce en ms estricto reglamento que podra lograrse por la represin de la
iniciacin solo. El sitio de atenuacin es 162 nucletidos ubicados aguas abajo del sitio de inicio de
transcripcin. Si el triptfano es abundante, la mayora de la transcripcin termina en este sitio; Si
escasea el triptfano transcripcin continan rendimiento funcional ARNm Trp.

Figura 6.10
Regulacin de la opern triptfano. El opern contiene cinco genes estructurales implicados en la
biosntesis del triptfano: PVC, D, C, By A. Expresin de estos genes es controlado en dos niveles. El
gen trpR codifica un represor que, en la presencia (ms...)
El mecanismo de atenuacin depende del hecho que la traduccin en bacterias es junto con
transcripcin, as que los ribosomas comienzan a traducir el extremo 5 de un mRNA, mientras que
todava est siendo sintetizada. As, la tasa de traduccin puede afectar la estructura de la cadena
creciente de RNA , que a su vez determina si otros transcripcin puede continuar. Terminacin de la
transcripcin se seala por una estructura de lazo del vstago que se forma por la base de la
vinculacin complementaria entre dos secuencias especficas de la creciente cadena de ARNm Trp
(figura 6.11). Esta estructura se forma si la traduccin de la cadena creciente es proceder a un ritmo
normal, como lo hace cuando el triptfano est presente en cantidad adecuada. Si el triptfano es
escaseado, sin embargo, la sntesis de protenas se detiene en una regin crtica del mensaje. Si esto
ocurre, los ribosomas vinculado a la formacin del bloque de mRNA del lazo del vstago terminacin
de transcripcin, que permite la sntesis de ARNm Trp continuar.

Figura 6.11
Mecanismo de atenuacin transcripcional. El trp mRNA se traduce mientras que todava siendo
sintetizada. En presencia de altos niveles de triptfano, los ribosomas continuar por el mensaje un
poco por detrs del sitio de transcripcin. En estas condiciones, (ms...)
La regin crtica de ARNm Trp contiene dos codones de triptfano adyacentes, por lo que la tasa de
traduccin es altamente dependiente de los niveles de triptfano; Este es el enlace entre atenuacin
transcripcional y la disponibilidad de triptfano. Si son bajos los niveles de triptfano en la clula, el
ribosoma se detiene en este punto y transcripcin de ARNm Trp contina. Si el triptfano es
abundante, traduccin contina y termina la transcripcin.
De acuerdo con la editorial, este libro es accesible por la funcin de bsqueda, pero no puede ser
navegado.
Copyright 2000, Geoffrey M Cooper.