o

Strategie: Verwijderen tumor, tumorcellen transfecteren

en terug toedienen, behandeling met gancyclovirtrifosfaat
(om DNA polymerase te inhiberen)

Chemoprotectie

In gezonde cellen genen aanbrengen waardoor ze bestand zijn tegen

chemotherapie
Tumorsuppresiegen

Vervang verloren gegaan gen

Forensische genetica
Forensisch DNA onderzoek

Sporen: bloed, speeksel, sperma, haren

Het DNA-onderzoek in n van de acht erkende en geaccrediteerde forensische

DNAlaboratoria in Belgie
Stappen
1. Sporenonderzoek en orintatietesten

Groepen sporen
1. Lichaamsvloeistoffen: sperma, bloed, speeksel
2. Haren
3. Biologische contactsporen (huid onder nagels bij verdedigen)
4. Lichaamsvloeistoffen als vaginale secretie en zweet
2. DNA-isolatie

DNA isolatie biologische sporen & referentiestalen gescheiden (2 laboranten)

Isolatie mbv. Silica membraan (bindt geladen molecule
Isolatie mbv. Protenase K (detergent = cellyse spermacellen)
3. DNA kwantificatie

Bepaling concentratie met real-time PCR

Taqman probes
Quantificatie nucleair DNA
4. PCR DNA-merkers en analyse

Eigenschappen DNA onderzoeken op erfelijke merkers

STR (short tandem repeats

PCR + Gelelectroforese genotypes bepalen voor 16 STRs

PCR + capillaire elektroforese

mtDNA: HV1 en HV2

hoog variabele regios op mitochondriaan DNA

informative over 600-700 basen

Sanger sequencing

Wanneer mtDNA boven nuclair DNA?

Oude stalen

Haren zonder wortel

Voorouder afstammeling relatie onderzoeken

Nadelen mtDNA

Bij match zijn alle maternale verwanten niet uit te sluiten

= Kleine discriminatiekracht

Groot gevaar voor contaminatie

Omslachtig en arbeidsintensief
5. Interpreteren

Vergelijken sporenprofielen en referentieprofielen

Zuivere profielen
Alles komt wel of niet overseen

Mengprofielen LOD score bepalen

6. Rapportering

7.

Statische evaluatie

Toekomst gerechtelijk DNA onderzoek

Y-STRs bepalen met hoge mutatiesnelheden

Om zo onderscheid te kunnen maken tussen mannelijke verwanten

Voorspelling fenotype

Iriskleur: 37SNPs

Haarkleur: 46 SNPs

Lichaamslengte: 54 SNPs

Gezichtsvorm, kaalheid, haarmorfologie (5 genen)

Complexe genetica
Monogene ziektebeelden zeldzaam, meeste multifactorieel = meerdere genen = moeilijk
bestuderen
Is de eigenschap familiaal?

In familie vaak voorkomen van ziekte =familialiteit

kans op ziekte familie ( stamboom )

kans op ziekte gehele populatie

meest gebruikt is s = siblings (broers/zussen), vaak hoog door genetische component

maar ook door omgeving Familiaal is niet gelijk aan genetisch
Tweelingstudies

veel onderzoek naar complexe ziekten mbv. Tweelingstudies

o vergelijking monozygoten en dizygoten hoe groter verschil concordantiegraad
(tussen 0 en 1) (in hoeveel van totaal aantal tweelingen de ziekte in alletwee
aanwezig is) hoe groter kans genetisch

concordantie = h2
o

h2=

Vg
Vp

as

Vg = variantie door genen

Vp= totale variantie
Ve = variantie door omgeving

Beperkingen tweelingstudies
o Omgeving MZ tweelingen kan meer gelijk zijn dan DZ tweelingen

Oplossing: Tweelingen die bij geboorte gescheiden zijn

o Intra-uteriene omstandigheden altijd gelijk studies naar invloed hormonen
prenataal is niet te onderzoeken
Adoptiestudies
2 manieren van aanpak

Individuen met ziekte bestudeer kinderen beschermt adoptie van de ziekte?

Geadopteerde mensen met een ziekte in de familie is de ziekte familial?

Limitaties

Gebrek aan informatie biologische ouders

Privacy

Selectieve plaatsing: agency kiest vaak plaats die qua omgeving gelijkaardig is

h2=

Vg
=2 ( CmzCdz )
Vp

Theoretische benadering

1918: Fischer: Complexe eigenschappen als lengte en postuur worden door meerdere
mendeliaanse factoren (genen) overgerfd.
Huidig: Na verschillende genoomwijde associatiestudies is dit bevestigd

Vb. Lichaamslengte
o 80-90% heritabiliteit (grootste & kleinste verschilt 27 cm) kleine bijdrage genen
o 200 allelen betrokken
o Invloed van 1 SNP maar beperkt

Discontinue kenmerken
o Ziekte is aan of afwezig

Vatbaarheidsdistributie (liability) is normaal verdeeld raar bij discontinu

Er is een vatbaarheidsdrempel (een natuurlijke drempel op een continu

variabel proces)

meer aangetaste genen = ziek, minder is niet ziek

Drempel kan verschillen voor mannen en vrouwen

Herhalingsrisico voor multifactorile ziekten
Niet zo makkelijk als voor monogene ziekten

Gebaseerd op empirische gegevens (stambomen)

Herhalingsrisicos variren per populatie

o Verschil in genfrequenties
o Verschil in omgevingsfactoren
Kenmerken herhalingsrisico
1. HR neemt toe wanneer meer dan 1 familielid is aangetast
2. HR neemt toe wanneer er een ernstigere variant aanwezig is

Ernstiger aangetast meer extreem gelegen op de vatbaarheidscurve

3. HR is afhankelijk van het geslacht van de proband

Aangetast individu van minder vatbare geslacht ligt meer extreem op

vatbaarheidscurve (meer zieke genen nodig voor ziekte)
4. HR vermindert sneller bij minder verwante familieleden

Monogeen: 50% 1e graad, 25% 2e graad, 12,5% 3e graad

Bij complexe ziekten daalt dit veel sneller

o Meerdere genen en omgevingsfactoren nodig
5. De incidentie in eerstegraads verwanten is de vierkantswortel van de incidentie in de hele
populatie

Vb. populatie incidentie = 1/100

incidentie eerste graad is 1/10
Voorbeeld: Pylorische stenose

Sympotomen
o Kort na geboorte:

Braken

Constipatie

Gewichtsverlies
o Oorzaak: vernauwing maaguitgang

Incidentie
o 1/200 jongens
o 1/1000 meisjes

HR hoger wanneer aangetaste kind meisje

is
o Meerdere ziektegenen aanwezig
o Wanneer tweede kind jongetje is,
nog hogere kans omdat er zoveel
ziektegenen aanwezig zijn
o Moeder aangetast: kans op aangetast kind groter

Congenitale malformaties

1/50 geboortes

Multifactorieel

Voorbeeld: Neuraalbuis defecten

o Soorten

Spina bifida

Anencephalie

Encefalocoele
o Incidentie 1-3/1000
o Voorkomen door extra foliumzuur in
te nemen 50%
Identificatie genen multifactorile
aandoeningen

Associatiestudies
o Verzamel groep patinten en groep
controles
o Analyseer merkers
o Test associatie (chi-kwadraat test) tussen merker en ziekte
o Hele genoom testen?

Nee, ivm Linkage Disequilibrium ook merkers rondom het geassocieerde

gen kunnen significant verband opleveren
Linkage Disequilibrium

o
o

o
o

Genotypes nabijgelegen SNPs gecorreleerd door LD

SNP tagging

Bapalen van SNP genotypes aan de hand van nabijgelegen SNPs

=haplotype tagging

Tag SNPs al bepaald over heel

genoom

= HapMap project
1e een A, dan daarna C, 2e een T,
dan daarvoor A en erna G enz

Genoomwijdte Associatie studies GWAS

o Over hele genoom 500.000 SNPs
verdeeld

Volautomatisch kits
meegeleverd ed
o Vroeger: uitgaande van vorige hypothese andere onderzoeker op zoek gaan in die
regio
o Nadelen

Onderscheiden echte signalen tov vals positieven

Multiple testing correctie

Significante associatie dient bevestigd te worden in tweede

populatie

Enkel frequente varianten

Missing Heritability
o GWAS onderzoekt alleen frequente varianten met kleine bijdrage aan de ziekte
o LOD zoekt niet frequente varianten met grote bijdrage aan ziekte (100%)

Lage allelfrequentie moeilijk te testen

Oncogenetica
Behouden van genomische integriteit
Dagelijkse blootstelling aan schadelijke stoffen niet iedereen krijgt kanker
herstelmechanismen
Oorzaken verlies integriteit

Foutenlast DNA replicatie

o DNA polymerase maakt fouten

Bezit wel proofreading (controlemechanisme)

o DNA mismatch herstel mist fouten
o Gezamelijke foutenlast 1/109 nucleotiden

Endogene dreiging
o Hydrolyseren van basen
o Deaminaties
o Oxidatieve reacties
o Reactieve componenten vormen binding met DNA
o Endogene defensielinie niet voldoende bescherming

Superoxide dismutase

Katalase

Glutathionperoxidase

Exogene mutagenen
o Straling (UV, ioniserende X stralen)
o Chemisch

Alkylerende agantia

Polycyclische aromatische koolwaterstoffen

covalente binding DNA vorming DNA adducten

Gevolgen DNA schade

DNA leasie transcriptionele blokkade herstelsysteem: transcriptional coupled repair

niet opgelost activatie p53 apoptose
Instabiliteit van nucleotidensequentie en kanker

Veranderingen/mutaties opsporen mbv. Sequencing

o Sanger sequencing
Max 500 nucleotiden
o NGS
Mismatch Repair Mechanismen (MMR)
o 2 fouten DNA polymerase: verkeerde base, verkeerd aantal basen
o Microsatellieten
Korte herhalende sequenties (herhaling 1nt-2nt of complex
patroon)
Over heel genoom verspreid
Functie onbekend
Zorgen voor stutter bij DNA polymerase verhoogde kans op
fouten
MMR nodig voor herstel
Microsatellietinstabiliteit belangrijke merker voor defecten
MMR bij kanker
Vb. Lynch syndroom
Hoog risico op vroegtijdige kanker (colon, rectum,
maag, ovaria)
Veel microsatellietinstabiliteit ontdekt
o Inactiverende mutaties MMR gevonden
Base Exisie Repair (BER)
o Endogene DNA schade (geen helix schade)

Vb. MUTYH geassocieerde Polyposis

Autosomaal recessief
Ontwikkeling benigne poliepen colon hoge kans op maligne
tumoren
MUTYH
Codeert een DNA glycosylase GC TA inversies
Klinisch: vaak compound heterozygoot (2 verschillende
mutaties op 2 allelen)
Minder ernstig dan FAP
Nucleotide Exision Repair (NER)
o Herstellen multipele laesies aan 1 enkele DNA streng tgv. Exogene
oorzaken
o Geassocieerde aandoeningen
Xeroderma Pigmentosum
Syndroom van Cockayne
Trichothiodystrofie
allen gekenmerkt door overgevoeligheid aan zonlicht
Vorming huidtumoren op jonge leeftijd
o

Dubbelstreng DNA breuken en ontstaan van translocaties in kanker

2 types chromosomale translocaties

Specifieke structurele herstellingen

o Frequent
o Essentieel voor ontwikkeling neoplasmen

Willekeurige chromosomale herschikkingen

o Vaak gain/loss van grote segmenten
o Vaak ontstaan van markerchromosomen
Dubbelstreng DNA breuken

Kan fysiologisch zijn

o Isotypeswitching en somatische recombinatie

Inductie door ioniserende straling

Herstel dubbelstrenginge DNA breuken

Homologe recombinantie (10&)

o Complex, vereist meerdere eiwitten
o Vereist informatie zusterchromatide (alleen tijdens S en G2 fase)
o Fouten in herstelmechanismen

Ataxia telangietacsia

Neurodegeneratieve aandoening
o Immuundeficinties, groeiachterstand, rolstoelgebonden +
verhoogde kans kanker

Verantwoordelijk gen: ATM

Gelegen op chromosoom 11

Codeert voor eiwit die een sensor is voor dubbelstrengbreuken

BRCA1 en BRCA2

Non Homologous End Joining (NHEJ)

o Actief tijdens G1 fase van celcyclus
o Belangrijke fysische rol T & B lymfocyten (mechanismen voor variatie)
Euplodie, Aneuplodie en kanker

Aneuplodie: Niet kanker veroorzakend, wel fasciliterend

Vaak aanwezig in solide tumoren

Gevolg van chromosomale instabiliteit

Mitosespoel en delingsspoelcontrolepunt

Checkpoint tijdens cyclus

o Controleert ruimtelijke orintatie chromosomen
Chromosomale instabiliteit en Microsatellietinstabiliteit


MSI: diplode tumoren toenemende MSI

CSI: aneuplode tumoren normale stabiliteit MSI

SNP arrays

Verlies van heterozygositeit

o Verlies maternaal/paternaal allel in tumor

Dysmorfien
Dysmorfien/ minor anomalies = ongewone uiterlijke kenmerken zonder serieuze medische of
cosmetische gevolgen voor de patient

Vaak familiaal
Malformatie = primaire morfologische stoornis tgv. Een intrinsieke ontwikkelingsstoornis

Vb. schisis of polydactylie

Dysplasie = stoornis van de organisatie van cellen in weefsel
Sequentie = primair defect met secundair structurele veranderingen
Deformatie = verandering in vorm of positie van een normaal lichaamsdeel tgv. Mechanische
krachten (klompvoet)
DIsruptie = morfologisch defect van orgaan of lichaamsdeel door onderbreking van normale
ontwikkeling door een factor van buitenaf (hydroplasie van een been door afsluiting bloedvat)
Syndroom = patroon van multipele primaire malformaties met 1 oorzaak
Ogen

Afstand

Kleur

Stand van de ogen (lateraal omhoog gericht = mongolide)

Vorm
Mond

Grootte

Schisis (hazenlip)

Macrostomie = horizontale spleet = jokermond

Oren

Stand

Vorm

Aanhangsels, putjes
Handen en voeten

Handlijnen

Stand & vorm tenen en vingers

o Lengte vingers, kromming vingers

Te veel/ te weinig vingers of tenen