COMO PODEMOS USAR LOS RAYOS X PARA VER LOS TOMOS DENTRO

DE UN CRISTAL?

Andrs Vega
Departamento de Qumica Facultad de Ciencias
Universidad de Tarapac
email: avegac@uta.cl

Resumen
Los cristales representan una forma del estado slido caracterizada por el
ordenamiento peridico de los tomos o molculas en su estructura, lo que les confiere
propiedades muy interesantes, ya sea en su aspecto (como su asombrosa regularidad y
armona geomtrica) como en sus propiedades fsicas.
Una de las propiedades ms notables de un cristal es su capacidad para difractar los
rayos X. Esta propiedad ha permitido desentraar los aspectos estructurales ms ntimos de
la geometra molecular, la forma de las molculas dentro del cristal.
El acabado conocimiento de los factores que determinan la conformacin de las
molculas dentro de un cristal ha permitido establecer slidamente cual es la estrecha
relacin que existe entre la estructura molecular y las propiedades de la materia.
En el presente artculo se discute cuales son las metdicas empleadas para conocer
la estructura molecular de un cristal a partir de su patrn de difraccin de rayos x. Adems
se analiza las principales dificultades tanto prcticas como analticas que se encuentra
normalmente durante este proceso. Finalmente se muestra un ejemplo en los que la
informacin obtenida a partir de la difraccin de rayos-X puede encontrar aplicaciones en
la solucin de problemas del mundo que nos rodea a diario.

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Los cristales y los rayos-X

Un cristal es una forma del estado slido de la materia que por su belleza llam
poderosamente la atencin del hombre desde tiempos inmemoriales. La forma de un cristal
normalmente incluye poliedros, de caras regulares y lustrosas que forman ngulos bien
definidos. En otras palabras, una sinfona de geometra, perfeccin y armona (ver Figura
1). Esta marcada atraccin pronto deriv en materia de estudio: la cristalografa, rama del
conocimiento que se dedic en forma sistemtica a estudiar las relaciones entre los distintos
parmetros geomtricos propios de cada cristal: nmeros de caras, ngulos definidos por
estas, etc. A pesar del gran xito de la cristalografa en cuanto a la sistematizacin del
conocimiento sobre los cristales, pronto result obvio que no poda responder a la ms
importante de todas las preguntas, Qu es lo que hace a un determinado slido tomar la
forma de cristal? Qu es lo que existe a escala atmica tras esta enigmtica belleza?

Figura 1. Cristales de Cuarzo (SiO2).

La respuesta a esta pregunta claramente no estaba al alcance de los cristalgrafos
que la formularon, ms an, la respuesta solo vino a encontrarse hacia fines del siglo XIX,
que justamente corresponde a una de las etapas ms brillantes en el desarrollo de la Fsica.
Hacia fines del siglo XIX y mientras realizada experiencias con tubos de descarga (ver
Nota (a)), Wilhelm C. Roentgen descubri un tipo de radiacin desconocido, de alto poder
penetrante y capaz de ennegrecer una placa fotogrfica, a la que bautiz con la X,
smbolo reservado por los matemticos para identificar a la incgnita. Una de las
propiedades ms desconcertantes de los rayos X result ser la capacidad de un cristal
para difractarlos, es decir desviarlos en direcciones bien definidas del espacio (Figura 2).

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Figura 2. Difraccin de los rayos X por un cristal

Esta interesante propiedad contribuy a aclarar la naturaleza tanto de los rayos X
como la de los slidos cristalinos: a comienzos del siglo XX, Max Von Laue sugiri que la
difraccin de los rayos X por los cristales era consecuencia que los tomos del cristal (ver
Nota (b)) estn organizados de forma ordenada y repetitiva en el espacio, de forma que
pueden actuar como una suerte de rendijas de difraccin para los rayos X, que en esta
interpretacin no son otra cosa que una forma de la ya conocida radiacin electromagntica,
cuya longitud de onda es semejante a las distancias entre los tomos en el cristal.
De este forma, el patrn de difraccin (el conjunto de haces de rayos X producidos)
debe ser entendido como el producto de la interaccin de la radiacin con la materia y de la
naturaleza ordenada de un cristal. Aunque esta explicacin para el fenmeno de la
difraccin permite entenderlo de forma satisfactoria, sugiere nuevas y ms interesantes
preguntas: sern iguales los patrones de difraccin de dos cristales distintos?. De no ser
as, ser posible obtener informacin del ordenamiento de los tomos en el espacio dentro
del cristal a partir del patrn de difraccin de ste?
La respuesta a la primera cuestin es afortunadamente no, distintas sustancias
cristalinas producen distintos patrones de difraccin. La segunda interrogante equivale a
preguntarse si la sombra de un cuerpo al ser expuesto a la luz nos puede dar alguna
informacin sobre ste. La respuesta es claramente s, aunque bajo algunas condiciones.
El procedimiento por el cual podemos obtener informacin de la geometra de un
compuesto a nivel atmico mediante el anlisis cuidadoso de su patrn de difraccin posee
algunas complejidades matemticas, las cuales no se pretende abarcar en esta Charla.
En las secciones siguientes introduciremos algunos conceptos tiles para describir
un slido cristalino y discutiremos algunos aspectos, tanto tericos como experimentales
del proceso de difraccin, su aplicabilidad, sus limitaciones y la interpretacin de la
informacin obtenida.

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La celda unitaria.
Segn se ha comentado anteriormente, un cristal no es otra cosa que un
ordenamiento atmico repetitivo y peridico en las tres dimensiones del espacio. De esta
forma para describir completamente un cristal no es necesario describir los miles de
millones de tomos que hay en su interior, si no solo una pequea fraccin de stos, la cual
se conoce como celda unitaria (ver Nota (c)). El cristal completo puede ser descrito como
una red formada por la repeticin de esta celda unitaria en cada una de las tres dimensiones
del espacio. Una comparacin apropiada para comprender este concepto puede ser un piso
con baldosas: el piso en su totalidad no es ms que la repeticin de la palmeta bsica.
Los elementos que definen a la celda unitaria son seis, tres longitudes de celda,
a, b, c y tres ngulos , y definidos por los ejes de la celda, tal como se ve en la
Figura 3.

Figura 3. Celda unitaria

Los distintos valores posibles para los parmetros de celda definen un total de 7
tipos distintos de sistemas cristalinos, segn se detalla en el siguiente listado:
- Triclnico: a b c ,
- Monoclnico: a b c , = = 90; 90
- Ortorrmbico: a b c , = = = 90
- Tetragonal: a = b c , = = = 90
- Cbico: a = b = c , = = = 90
- Trigonal a = b = c , = = 90 ( >120)
- Hexagonal: a = b c , = = 90, =120

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La adicin de elementos de simetra a la celda conduce a un total de 234 grupos

espaciales de simetra, que corresponden a todas las formas posibles en que un compuesto
qumico puede cristalizar.

La Ley de Bragg.
La ley de Bragg representa la condicin matemtica para la ocurrencia de la
difraccin. Para que sta se produzca, la diferencia de distancia recorrida por dos rayos X
que inciden en el ngulo de Bragg () y que son difractados por planos sucesivos (ver Nota
(d)) separados por la distancia d debe ser un mltiplo entero (n) de la longitud de onda
de la radiacin-X, pues de otra forma se producir interferencia destructiva y cancelacin
(Figura 4):
2d sen = n (Ley de Bragg)

Figura 4. Representacin esquemtica de la ley de Bragg

La ley de Bragg representa la condicin en la cual se produce difraccin por un
cristal, pero por s misma no entrega informacin detallada acerca de cmo estn ordenados
los tomos en la intimidad del cristal. La obtencin de esta informacin requiere de algunas
consideraciones adicionales, especficamente la introduccin del factor de estructura (F).

El Factor de Estructura y el Problema de la Fase.

En trminos fsicos, la difraccin de los rayos X es un fenmeno producido por los
electrones de un tomo. El aporte que puede realizar un tomo dentro de un cristal en
trminos de producir un haz de rayos difractados depende de su naturaleza (en principio de
cuantos electrones tiene) y de su ubicacin dentro de este. En trminos matemticos esto se
resume a travs de lo que se conoce como factor de estructura (F), cuya forma es:

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en donde fi y xi, yi, zi representan, respectivamente, el factor de dispersin (naturaleza) y las

coordenadas del tomo i (ubicacin) dentro de la celda unitaria. Normalmente la forma del
factor de estructura puede ser ms compacta debido a la existencia de relaciones de simetra
entre los tomos en una celda unitaria.
El factor de estructura es un nmero complejo, es decir, posee un mdulo y una
fase. Desde el punto de vista experimental, no es posible medir directamente el factor de
estructura F completo, slo es posible relacionar el cuadrado de su modulo, |F|2, con la
intensidad difractada por cada familia de planos hkl dentro del cristal.
La imposibilidad experimental de determinar el factor de estructura completo se
conoce como problema de la fase, y es la principal dificultad a resolver por quien quiera
determinar qu es lo que existe dentro de una celda unitaria y dnde esto est ubicado. Las
estrategias para la solucin del problema de la fase son bsicamente dos:

El mtodo de Patterson o del tomo pesado: Emplea como aproximacin el

hecho que el factor de estructura puede aproximarse por la componente del tomo
ms pesado (con mayor nmero de electrones).

Los mtodos directos: utilizan relaciones de desigualdad entre las intensidades

difractadas por varios planos para establecer un conjunto aproximado de fases.

La densidad electrnica
Cualquiera sea el caso, la resolucin del problema de las fases permite construir un
mapa de densidad electrnica dentro de la celda unitaria (por ende dentro del cristal)
mediante la expresin de la densidad electrnica:

donde V es el volumen de la celda unitaria y hkl es la fase del plano hkl.

La funcin de densidad electrnica posee mximos en las coordenadas x,y,z (ver
Figura 5) que corresponden a los tomos de una molcula, de forma que encontrando
matemticamente estos mximos puede deducirse las posiciones de cada tomo dentro del
cristal.

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Figura 5. Mapa de Densidad electrnica en un compuesto de cobre.

Ver los tomos

La informacin que se puede extraer a partir de las coordenadas para cada tomo
dentro del cristal es mltiple: las distancias de existentes entre los tomos, los ngulos que
stos definen, los ngulos definidos por agrupaciones especficas de tomos, etc. Esto
equivale a ver o tomar una fotografa de una molcula.
La informacin extrable a partir de los resultados del experimento de difraccin en
un cristal es la forma ms completa de indagar la geometra de una molcula particular. La
utilizacin de esta informacin como contraparte de la teora cuntica del enlace ha
permitido sentar las bases del conocimiento que hoy existe en torno a cules son las bases
fundamentales que determinan la geometra de una molcula.
Cul es la importancia de conocer en detalle la geometra de una molcula dentro
de un cristal?. Bsicamente, las propiedades fsicas y qumicas de todo tipo de un
compuesto dependen de cul es su estructura. De esta forma, un acabado conocimiento de
esta relacin entre estructura y propiedades permite, en ltimo caso, el diseo de
molculas con propiedades a la medida.
Esta aproximacin ha sido empleada con mucho xito a nivel farmacutico, en
donde la informacin estructural de ciertas protenas permite, por ejemplo, disear
inhibidores especficos para sus sitios activos, que pueden tener valor medicinal, tal como
se discute ms adelante.

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Preparacin de cristales
La completa informacin estructural que entrega la experiencia de rayos X sobre
una molcula se encuentra normalmente con un obstculo no menor: preparar cristales
apropiados de una sustancia para el experimento de difraccin es en parte importante de
los casos muy difcil.
Por cristales apropiados se entiende cristales del orden de las dcimas de milmetro
y que sean nicos, es decir, que correspondan a una sola operacin de traslacin de la
celda unitaria. Es frecuente encontrar que, antes que cristales, muchas sustancias tienden a
convertirse en polvo en el estado slido. Las ms modernas tcnicas de cristalizacin de
protenas se realizan en el espacio a bordo de los transbordadores espaciales, en donde la
ausencia de gravedad facilita el proceso (Figura 6 y ver Nota (d)).

Figura 6. Cristales de una Protena obtenidos en el espacio

Twins o Maclas
An cuando se obtengan cristales adecuados, en muchas ocasiones, esto no
garantiza el xito del experimento de difraccin, pues tampoco es infrecuente encontrar
casos en que los cristales se descomponen en tiempos ms cortos que el necesario para
realizar un experimento de difraccin (que en general est en el rango de las horas). Otro
problema frecuentemente hallado es lo que se conoce como maclado, en ingls twin
(gemelo). Esta situacin consiste en la obtencin de cristales que no son del tipo nico, sino
que ms bien corresponden a dos cristales unidos que aparentan ser uno. La figura 7a
muestra la fotografa de un cristal aparentemente normal, pero cuyo patrn de difraccin
muestra reflexiones provenientes de dos cristales distintos (colores distintos, Figura 7b)

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Figura 7. a) Un cristal de compuesto de cobre y fosfato. b) El diagrama de difraccin de

este compuesto muestra reflexiones pertenecientes a dos cristales, marcadas
intencionadamente en blanco y rosado.
Ya que toda la sistemtica expuesta para obtener las coordenadas atmicas a partir
del patrn de difraccin de un cristal se basa en que ste sea monocristalino, el fenmeno
de maclado, en general, impide la extraccin de la informacin estructural. Sin embargo, la
situacin puede ser salvada cuando los dos o ms componentes en un cristal nico pueden
separarse completamente e identificarse las reflexiones que pertenecen a cada cristal. La
relacin matemtica que une a los dos componentes de un twin se conoce como ley de
twin.

Otros casos problemticos

Adicionalmente a lo expuesto en los prrafos anteriores, existen algunas otras
situaciones que dificultan la extraccin de la informacin estructural desde un slido
cristalino. Las dos ms importantes son

Compuestos que son sensibles a los rayos X, o que se descomponen rpidamente

por algn motivo.

Muestras con una celda unitaria de gran tamao (mayor de 25 , 1 = 10-10 m) y

con un bajo nivel de simetra.

La solucin de ambos problemas en general pasa por el uso de radiacin de

sincrotrn (ver Nota (e)) y de detectores de rea (ver Nota (f)).

En el Mundo Real
Un interesante ejemplo acerca del uso de la informacin obtenida del proceso de
difraccin de rayos-X por cristales de protena en la bsqueda de medicamentos se da para

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un mal que es muy comn y que constituye un problema de salud pblica en muchas
regiones de Amrica latina.
Se trata del temido Mal de Chagas, causante de numerosas incomodidades e incluso
la muerte en quienes estn infectados. El mal es causado por un pequeo parsito: el
trypanosoma, que es transmitido a travs de la mordida de la vinchuca.
El tratamiento farmacutico existente en las primeras etapas de la enfermedad posee
desagradables efectos secundarios que le hacen la mayora de las veces intolerables. En las
etapas ms avanzadas del mal simplemente no se conoce terapia efectiva.
Desde 1995 un conjunto de grupos cientficos latinoamericanos ha estado
trabajando en este problema con el siguiente enfoque: un conocimiento adecuado de la
estructura de ciertas enzimas (protenas) vitales para el parasito, permitira desarrollar
inhibidores adecuados que pudiesen frenar su proliferacin dentro del cuerpo.
Las principales dificultades experimentales de este enfoque estn en la dificultad
que existe para obtener cantidades significativas y puras de la enzima y una vez que esto se
ha logrado, en obtener cristales adecuados para la experiencia de difraccin.
Este obstculo ha sido superado mediante la cristalizacin en el espacio, posible por
la cooperacin de la Nasa y su programa de transbordadores. La ausencia de gravedad en el
espacio permite obtener cristales prcticamente libres de defectos, de los cuales se puede
extraer la informacin estructural de la enzima y luego disear los frmacos adecuados en
base a la informacin obtenida.

Observaciones finales
La difraccin de rayos X por un slido cristalino resulta ser una poderosa
herramienta que permite conocer en detalle la estructura de la materia a nivel molecular.
Este conocimiento puede ser empleado con diversos objetivos, que van desde la tecnologa
computacional al diseo de nuevos frmacos.

Notas
(a) Un tubo de descarga es bsicamente un tubo de vidrio sellado dentro del cual se ha
hecho alto vaco. Dentro del tubo se ubican dos electrodos metlicos entre los cuales al
aplicar una gran diferencia de potencial se genera una corriente de electrones (descarga).
(b) La hiptesis de que la materia est compuesta por tomos se remonta al tiempo de los
griegos (siglo V A.C.), algunos de cuyos pensadores decidieron que la materia no poda ser
subdividida en partes ms pequeas en forma indefinida, sino que deba haber un lmite al
que llamaron tomo (indivisible). Ms an y, solo sobre la base del pensamiento,
llegaron a afirmar que distintos tipos de materia estaban compuestos por distintos tipos de
tomos, estableciendo por primera vez la idea de que las propiedades macroscpicas de la

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materia no son sino el resultado de su composicin microscpica, concepto que cruza

transversalmente la ciencia moderna.
(c) La celda unitaria constituye la ms simple unidad repetitiva dentro de un cristal.
(d) Normalmente se utiliza el concepto de planos cristalinos. Estos se identifican con las
letras hkl o ndices de Miller. Se les utiliza para identificar familias de planos dentro del
cristal de la forma siguiente: un plano de ndices hkl corresponde a aquel que intercepta
con la unitaria en 1/h, 1/k y 1/l.
(e) El sincrotrn es un acelerador de partculas del cual se puede obtener (entre otras
cosas) una fuente de radiacin-X muy potente, de longitud de onda sintonizable y de la
cual se pueden programar pulsos.
(f) Un detector de rea es un dispositivo electrnico capaz de medir a un mismo tiempo
varios haces de rayos X difractados.

Bibliografa
1. Giacovazzo, C. (Ed.). Fundamentals of Crystallography 2nd edition. Oxford
University press, New York, 2002.
2. Glusker, J. P., Lewis, M., Rossi, M.. Crystal Structure Analysis for Chemists and
Biologists (Methods in Stereochemical Analysis) Wiley VCH Inc, USA, 1994.
3. Massa, W., Gould, R. (Traductor) Crystal Structure Determination 2nd edition,
Springer, USA 2004.
4. Rhodes , G.. Crystallography Made Crystal Clear Academica Press, San Diego,
California, Usa, 2000.

Algunos recursos interesantes en el Web:

Cristalografa
5. http://www.uned.es/cristamine/inicio.htm
6. http://161.116.85.21/crista/castella/index_es.htm
7. http://www.xtal.iqfr.csic.es/Cristalografia/index2.html

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Celda Unitaria y Redes de Bravais

8. http://es.wikipedia.org/wiki/Redes_de_Bravais

ndices de Miller
9. http://www.ysbl.york.ac.uk/~cowtan/sfapplet/frame_miller.html

El Factor de Estructura
10. http://www.iucr.org/iucr-top/comm/cteach/pamphlets/9/node2.html

Cristalizacin en el Espacio
11. http://www.dicat.csic.es/rdcsic/rdrn07esp.htm

El problema de Chagas en Latino Amrica

12. http://www.oei.org.co/sii/entrega7/art09.htm

Radiacin de Sincrotrn
13. http://www.esrf.fr/

Detectores de Rayos-X
14. http://www.airynothing.com/high_energy_tutorial/detection/detection04.html

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