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The Nature of Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

2.1
Structure and Quantity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.1.1 The Generation of Information . . . . . . . . .
2.1.2 Conditional and Unconditional Information
2.1.3 Experiments and Observations . . . . . . . . .
2.2
Constraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2.1 The Value of Information. . . . . . . . . . . . .
2.2.2 The Quality of Information. . . . . . . . . . . .
2.3
Accuracy, Meaning, and Effect . . . . . . . . . . . . . . .
2.3.1 Accuracy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.3.2 Meaning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.3.3 Effect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.3.4 Significs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.4
Further Remarks on Information Generation . . . . . .
2.5
Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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31

The Transmission of Information . . . . . . . . . . . . . . . .

3.1
The Capacity of a Channel . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2
Coding . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3
Decoding . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.4
Compression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.4.1 Use of Compression to Measure Distance
3.4.2 Ergodicity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.5
Noise. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.1
What is Bioinformatics?. . . . .
1.2
What Can Bioinformatics Do?
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Part I

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Information

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xiii

xiv

Contents

3.6
Error Correction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.7
Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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48

Sets and Combinatorics. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

4.1
The Notion of Set . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2
Combinatorics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2.1 Ordered Sampling with Replacement . . . . .
4.2.2 Ordered Sampling Without Replacement . .
4.2.3 Unordered Sampling Without Replacement.
4.2.4 Unordered Sampling with Replacement . . .
4.3
The Binomial Theorem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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Probability and Likelihood . . . . . . . . . . . . . . .

5.1
The Notion of Probability . . . . . . . . . . .
5.2
Fundamentals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.2.1 Generalized Union . . . . . . . . . .
5.2.2 Conditional Probability . . . . . . .
5.2.3 Bernoulli Trials. . . . . . . . . . . . .
5.3
Moments of Distributions. . . . . . . . . . . .
5.3.1 Runs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3.2 The Hypergeometric Distribution
5.3.3 Multiplicative Processes . . . . . . .
5.4
Likelihood . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.5
The Maximum Entropy Method . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Randomness and Complexity.

6.1
Random Processes. . . .
6.2
Markov Chains . . . . . .
6.3
Random Walks . . . . . .
6.4
Noise. . . . . . . . . . . . .
6.5
Complexity . . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . .

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Systems, Networks, and Circuits . . . .

7.1
General Systems Theory . . . . .
7.1.1 Automata . . . . . . . . . .
7.1.2 Cellular Automata . . . .
7.1.3 Percolation . . . . . . . . .
7.2
Networks (Graphs) . . . . . . . . .
7.2.1 Trees . . . . . . . . . . . . .
7.2.2 Complexity Parameters
7.2.3 Dynamical Properties. .

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Contents

xv

7.3

Synergetics. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.3.1 Some Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.3.2 Reception and Generation of Information .
7.3.3 Habituation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.4
Evolutionary Systems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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Algorithms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.1
Evolutionary Computing . . . . . . . . . . . .
8.2
Pattern Recognition . . . . . . . . . . . . . . . .
8.3
Botryology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.3.1 Clustering . . . . . . . . . . . . . . . .
8.3.2 Principal Component and Linear
Discriminant Analyses . . . . . . . .
8.3.3 Wavelets . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.4
Multidimensional Scaling and Seriation . .
8.5
Visualization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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112

Introduction to Part II . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.1
Genotype, Phenotype, and Species . . . . . . . . . . . . . .
9.2
Adaptation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.3
Timescales of Adaptation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.3.1 The Rle of Memory. . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.3.2 The Integrating Rle of Directive Correlation .
9.4
Regulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.5
The Concept of Machine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.6
The Architecture of Functional Systems . . . . . . . . . . .
9.7
Biological Complexity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.8
Self-Organization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.9
Cybernetics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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133

Part II
9

Biology

10 The Nature of Living Things . . . . . . . .

10.1
The Cell . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.1.1 The Structure of a Cell .
10.2
Mitochondria . . . . . . . . . . . . . .
10.2.1 Observational Overview .
10.3
Metabolism . . . . . . . . . . . . . . .

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xvi

Contents

10.4

The Cell Cycle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

10.4.1 The Chromosome . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.4.2 The Structures of Genome and Genes . . . .
10.4.3 The C-Value Paradox . . . . . . . . . . . . . . .
10.4.4 The Structure of the Chromosome . . . . . . .
10.5
The Immune System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.6
Molecular Mechanisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.6.1 Replication. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.6.2 Proofreading and Repair . . . . . . . . . . . . .
10.6.3 Recombination . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.6.4 Summary of Sources of Genome Variation.
10.7
Gene Expression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.7.1 Transcription . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.7.2 Regulation of Transcription . . . . . . . . . . .
10.7.3 Prokaryotic Transcriptional Regulation. . . .
10.7.4 Eukaryotic Transcriptional Regulation . . . .
10.7.5 mRNA Processing. . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.7.6 Translation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.8
Ontogeny (Development) . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.8.1 Stem Cells . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.8.2 Epigenesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.8.3 The Epigenetic Landscape . . . . . . . . . . . .
10.8.4 r and K Selection . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.8.5 Homeotic Genes . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.9
Phylogeny and Evolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.9.1 Group and Kin Selection . . . . . . . . . . . . .
10.9.2 Models of Evolution . . . . . . . . . . . . . . . .
10.9.3 Further Remarks on Sources
of Genome Variation . . . . . . . . . . . . . . . .
10.9.4 The Origin of Proteins . . . . . . . . . . . . . . .
10.9.5 Taxonomy and Geological Eras . . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
11 The Molecules of Life . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
11.1
Molecules and Supramolecular Structure . . . .
11.2
Water . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
11.3
DNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
11.4
RNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
11.5
Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
11.5.1 Amino Acids . . . . . . . . . . . . . . . . .
11.5.2 Protein Folding and Interaction . . . . .
11.5.3 Experimental Techniques for Protein
Structure Determination . . . . . . . . . .
11.5.4 Protein Structure Overview. . . . . . . .

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Contents

xvii

11.6
Polysaccharides. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
11.7
Lipids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Part III

191
192
194

Applications

12 Introduction to Part III. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

197
201

13 Genomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
13.1
DNA Sequencing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
13.1.1 Extraction of Nucleic Acids . . . . . . .
13.1.2 The Polymerase Chain Reaction . . . .
13.1.3 Sequencing. . . . . . . . . . . . . . . . . . .
13.1.4 Expressed Sequence Tags. . . . . . . . .
13.2
DNA Methylation Profiling . . . . . . . . . . . . .
13.3
Gene Identification . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
13.4
Extrinsic Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
13.4.1 Database Reliability. . . . . . . . . . . . .
13.4.2 Sequence Comparison and Alignment
13.4.3 Trace, Alignment and Listing . . . . . .
13.4.4 Dynamic Programming Algorithms . .
13.5
Intrinsic Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
13.5.1 Signals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
13.5.2 Hidden Markov Models . . . . . . . . . .
13.6
Beyond Sequence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
13.7
Minimalist Approaches . . . . . . . . . . . . . . . .
13.8
Phylogenies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
13.9
Metagenomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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221

14 Proteomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
14.1
Transcriptomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
14.2
Proteomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
14.2.1 Two-Dimensional Gel Electrophoresis . . . .
14.2.2 Column Chromatography . . . . . . . . . . . . .
14.2.3 Other Kinds of Electrophoresis . . . . . . . . .
14.3
Protein Identification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
14.4
Isotope-Coded Affinity Tags. . . . . . . . . . . . . . . . .
14.5
Protein Microarrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
14.6
Protein Expression PatternsTemporal and Spatial .

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xviii

Contents

14.7
The Kinome . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
14.8
Biochemical Signalling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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16 Interactomics: Interactions and Regulatory Networks.

16.1
Inference of Regulatory Networks . . . . . . . . . . .
16.2
The Physical Chemistry of Interactions . . . . . . .
16.3
Intermolecular Interactions . . . . . . . . . . . . . . . .
16.4
In Vivo Experimental Methods . . . . . . . . . . . . .
16.4.1 The Yeast Two-Hybrid Assay. . . . . . . .
16.4.2 Crosslinking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
16.4.3 Correlated Expression . . . . . . . . . . . . .
16.4.4 Other Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . .
16.5
In Vitro Experimental Methods . . . . . . . . . . . . .
16.5.1 Chromatography . . . . . . . . . . . . . . . . .
16.5.2 Direct Affinity Measurement . . . . . . . .
16.5.3 Protein Chips . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
16.6
Interactions from Sequence. . . . . . . . . . . . . . . .
16.7
Global Statistics of Interactions. . . . . . . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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17 The Nervous System . . . . . . . . . . . . . . .

17.1
The Neuron and Neural Networks .
17.2
Outstanding Problems . . . . . . . . .
17.3
Artificial Neural Networks . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

15 The Glycome, Lipidome and Microbiome.

15.1
Glycomics . . . . . . . . . . . . . . . . . .
15.2
Lipidomics . . . . . . . . . . . . . . . . . .
15.3
Microbiomics . . . . . . . . . . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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18 Metabolomics and Metabonomics . . . . . .

18.1
Data Collection. . . . . . . . . . . . . . .
18.2
Data Analysis . . . . . . . . . . . . . . . .
18.3
Metabolic Regulation. . . . . . . . . . .
18.3.1 Metabolic Control Analysis
18.3.2 The Metabolic Code . . . . .
18.4
Metabolic Networks . . . . . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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Contents

19 Phenomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
19.1
Polygenic Disease . . . . . . . . . .
19.2
Activity-Based Protein Profiling
19.3
Phenotype Microarrays . . . . . .
19.4
Ethomics . . . . . . . . . . . . . . . .
19.5
Modelling Life . . . . . . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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20 Medical Applications. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
20.1
The Genetic Basis of Disease . . . . . . . . . . . . . . .
20.2
Cancer. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
20.3
Toward Automated Diagnosis . . . . . . . . . . . . . . .
20.4
Drug Discovery and Testing . . . . . . . . . . . . . . . .
20.5
Nanodrugs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
20.6
Personalized Medicine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
20.7
Bacterial Multiresistance . . . . . . . . . . . . . . . . . .
20.8
Toxicogenomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
20.9
Reprogramming Stem Cells . . . . . . . . . . . . . . . .
20.10 Tracing Genetically Modified Ingredients in Food .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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285

21 Ecosystems Management . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

287
289

22 The Organization of Knowledge . . . . . . . . .

22.1
Ontology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
22.2
Knowledge Representation . . . . . . . . .
22.3
The Problem of Bacterial Identification
22.4
Text Mining . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
22.5
The Automation of Research . . . . . . .
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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298

Bibliography . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

299

Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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