Genótipo, Fenótipo & Ambiente:

um pouco além do “Dogma Central” com uma pitada de epigenética

Richard Hemmi Valente

Lab. Toxinologia – IOC - FIOCRUZ
 Dogma central

DNA

RNA PROTEIN

1970 – Francis Crick and James Watson – Linhas sólidas indicam

sentido da transferência de informação em todas as células. Linhas
pontilhadas indicam transferência em casos especiais.
 “Dogma” central
DOGMA

“Proposição apresentada como incontestável e

indiscutível.”
Dicionário Michaelis

“… that a dogma was an idea for which there was no

reasonable evidence.”
Francis Crick
The eighth day of creation - Makers of the revolution in biology
Horace Freeland Judson
 Genótipo x Fenótipo

A visão linear

Mutação no DNA (genótipo) gera modificação

na estrutura/função da proteína (fenótipo)

Fatore ambientais podem gerar mutações no

DNA
Fibrose Cística

Pedro Cabello – IOC/FIOCRUZ - 2010

Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
(CFTR)

http://prometheus.mse.uiuc.edu/glossary/cf/
Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
(CFTR)
 Mutações no Gene da Fibrose Cística

• Mais de 1600 mutações

distribuídas ao longo do gene
já foram descritas no CFMDB
(agosto/2009)*.
• A mutação F508 é mais
freqüente em populações
caucasóides. Presente em ±
70% dos cromossomos FC
europeu.

* CFMDB – Cystic Fibrosis Mutation Database (www.genet.sickkids.on.ca/cftr)

Pedro Cabello – IOC/FIOCRUZ - 2010

 Freqüências de mutações FC em Latino-
Latino-América

Mutação RJ Arg Col Chi Equ Ven Mex

DF508 28,31 58,60 35,40 29,20 20,00 29,60 41,60
3120+1 G>A 3,31
G85E 3,01 0,50
G542X 2,11 3,94 6,30 3,70 5,60
R334W 2,11
3849+10kbC-T 0,60 1,50
P205S 0,60 0,50
G551D 0,30
N1303K 0,30 1,75 2,10 1,70
R1162X 0,30 0,43
R347P 0,30
R553X 0,30 0,43 4,20 0,50
S4X 0,30
S549R 0,30
W1282X 0,30 3,07 2,10
W1282R 0,30
Y1092X 0,30 0,50

Pedro Cabello – IOC/FIOCRUZ - 2010

 Anemia Falciforme

Glóbulos vermelhos (GV) com vida útil diminuída de 120 para 20 dias

GVs apresentam forma de foice (falcis) e podem levar à vaso-oclusão de capilares,

induzindo isquemia, dor e necrose além de outros eventos patológicos.
Anemia Falciforme
Anemia Falciforme

Hemoglobina (Hb)

Estrutura Quaternária

2 cadeias alfa
2 cadeias beta

Transporte de Oxigênio
Anemia Falciforme
Anemia Falciforme
Anemia Falciforme
WHO 2010 – Genomics – Monogenic Diseases
WHO 2009 - Malaria Report
 O traço S como vantagem adapativa

• AA, AS, SS

• AS e SS conferem resistência à malária. Há que dosar

relação custo-benefício…

• GBs se rompem antes do plasmódio completar seu

ciclo reprodutivo

• Digestão de hemoglobina polimerizada pelo

plasmódio é ineficiente
Complicando a linearidade...
Banks, R.E. et al. (2000) The Lancet 356:1749.
Riedel, K. (2006)

25,000

150,000

Milhôes
 Modificações Pós-traducionais

• Representam quase 5% do genoma de eucariotos superiores

• Mais de 200 modificações diferentes conhecidas até agora

• Regulação da atividade protéica

• Interação proteína/proteína

• Localização subcelular

• Envelhecimento

• etc.
 PTM em uma frase

“O padrão de modificações pós-traducionais em

proteínas constitui um código molecular que
dita a conformação da proteína, sua
localização celular, suas interações
macromoleculares e atividades, dependendo do
tipo celular, do tecido e das condições
ambientais”
Ole N. Jensen - 2006
Modificações Pós-traducionais

Jensen, O.N. (2004) Nature Rev. Mol .Cell Biol., 7:391.

Nelson & Cox Lehninger Principles of biochemistry

Jensen, O.N. Nature Reviews in Mol Cell Biol (2004) 7:391.

 2
3

1
PTM adicionada por enzima in vivo

Jensen, O.N. Nature Reviews in Mol Cell Biol (2004) 7:391.

Jensen, O.N. Nature Reviews in Mol Cell Biol (2004) 7:391.
Walsh, C.T. et al. (2005) Angew. Chem. Int. Ed., 44:7342.
http://en.wikipedia.org/wiki/P53
http://www.nature.com/reviews/posters/p53/pdf/p53_poster.pdf
http://www.nature.com/reviews/posters/p53/pdf/p53_poster.pdf
Walsh, C.T. et al. (2005) Angew. Chem. Int. Ed., 44:7342.
PTM adicionada como peptídeo ou proteína

Walsh, C.T. et al. (2005) Angew. Chem. Int. Ed., 44:7342.

Geiss-Friedlander, R. & Melchior, F. (2007) Nature Rev. Mol. Cell Biol., 8:947.
Seeler, J-S. & Dejean, A. (2003) Nature Rev. Mol. Cell Biol., 4:690.
PTM induzindo mudança estrutural

Forma inativa

Forma ativa
Fortini, M.E. (2002) Nature Rev. Mol. Cell Biol., 3:673.
Inteínas / Exteínas

Perler, F.B. et al. (1994) Nucleic Acids Research, 22(7):1125.

Intein Homing

Starokadomskyy, P.L. (2007) Molecular Biology (Moscow), 41(2):278.

A especiação de uma proteína

Jungblut, P.R. (2008) Chemistry Central Journal, 2:16.

 Genótipo x Fenótipo

• Vários fatores ambientais podem regular

PTMs

• Quinases: pelo menos 20 diferentes substratos

por enzima.

• Mutações no DNA do substrato, da enzima ou

de ambos? Haveria vantagem evolutiva?
 Epigenética
In biology, epigenetics is the study of inherited changes in
phenotype (appearance) or gene expression caused by
mechanisms other than changes in the underlying DNA sequence,
hence the name epi- (Greek: επί- over, above) -genetics. These
changes may remain through cell divisions for the remainder of the
cell's life and may also last for multiple generations. However, there
is no change in the underlying DNA sequence of the organism;[1]
instead, non-genetic factors cause the organism's genes to behave
(or "express themselves") differently.[2]

http://en.wikipedia.org/wiki/Epigenetics
O que o autor da referência 1 realmente escreveu…

The structural adaptation of chromosomal

regions so as to register, signal or perpetuate
altered activity states. This definition is inclusive
of chromosomal marks, because transient
modifications associated with both DNA repair or
cell-cycle phases and stable changes
maintained across multiple cell generations
qualify. It focuses on chromosomes and genes,
implicitly excluding potential three-dimensional
architectural templating of membrane systems
and prions, except when these impinge on
chromosome function. Also included is the
exciting possibility that epigenetic processes are
buffers of genetic variation, pending an
epigenetic (or mutational) change of state that
leads an identical combination of genes to
produce a different developmental outcome. An
implicit feature of this proposed definition is that
it portrays epigenetic marks as responsive, not
proactive.
Bird, A. (2007) Nature, 447:396.
 Metilação de DNA
Metiltransferase de DNA – Enzima que transfere grupamento metil para CpG

http://nihroadmap.nih.gov/EPIGENOMICS/images/epigeneticmechanisms.jpg
Bird, A. (2007) Nature, 447:396.
Remodelamento de cromatina (histonas)

Bernstein, B.E. et al. (2007) Cell, 128:669.

 The Histone Code Hypothesis

• Post-translational covalent modification of

histone N-terminal tails

– Acetylation

– Methylation

– Phosphorylation

– Ubiquitination
http://www.umanitoba.ca/institutes/manitoba_institute_cell_biology/MICB/davie_jim_2.htm
Heat Shock Proteins – Phenotipic Buffers

Direto Indireto

Rutherford, S.L. et al. (2007) Crit. Reviews Biochem. Mol. Biol., 42:355.
Heat Shock Proteins – Phenotipic Buffers

Rutherford, S.L. (2003) Nature Reviews Genetics, 4:263.

Príons (Proteinaceous Infection)

PrP PrP*
Halfmann, R. et al. (2007) Trends in Cell Biol., 20(3):125.
 Sup35 / [PSI+] - Levedura
• Indução ambiental – alta [salina], stress oxidativo, alta
temperatura etc.;

• Modificador epigenético da terminação da tradução –

Ribossomos não param a transcrição ao sinal de STOP em boa
parte das vezes, gerando uma horda de novos fenótipos;

• Novos fenótipos são vantajosos em cerca de 25% dos casos

para aquele ambiente que gerou resposta;

• Fenótipos são hereditários pois príon é passado para progênie

pelo citoplasma, aonde continua o processo de modificação
conformacional baseado em seu próprio molde.
Tyedmers, J. et al. (2008) PLoS Biology, 6(11):2605.
 Príon

Mecanismos propostos na
adaptação e consequente evolução
de novos traços

Halfmann, R. et al. (2007) Trends in Cell Biol., 20(3):125.

 Bet-hedging
• Apostar dos dois lados para se prevenir das
perdas.

• Organismo pode existir como diferentes

fenótipos em diferentes ambientes,
maximizando sua chance de sobrevivência.

• [psi-] está sempre presente para o caso do novo

ambiente não favorecer [PSI+].
Halfmann, R. et al. (2007) Trends in Cell Biol., 20(3):125.
 Capacitor evolucionário

“An evolutionary capacitor is any entity that normally

hides the effects of genetic polymorphisms (allowing
for their storage in a silent form) and releases them in
a sudden stepwise fashion”.

[PSI+] permite que polimorfismos genéticos

“silenciosos” venham a ser fenotipicamente expressos
e sujeitos aos rigores da seleção/evolução.

Halfmann, R. et al. (2007) Trends in Cell Biol., 20(3):125.

Condição para hereditariedade

Bird, A. (2007) Nature, 447:396.

Rando, O.J. & Verstrepen, K.J. (2007) Cell, 128:655.
 Em suma

• Mecanismos epigenéticos respresentam uma maneira

rápida de adaptação a estímulos do ambiente;

• Existe epigenética com hereditariedade? Se sim:

- Trabalha em conjunto com seleção natural?
- Pode ter sido um mecanismo anterior que foi
suplantado pelo atualmente aceito?
 Wishful thinking?

“Despite the paucity of data from animal

studies, this type of epigenetics has caught the
general imagination because, in principle, it is
stable but potentially affected by the
environment. The possibility that acquired
‘marks’ can be passed from parents to children
has a deliciously lamarckian flavour that has
proved difficult to resist as a potential antidote
to genetic determinism.”

Bird, A. (2007) Nature, 447:396.

Ambiente e “seus alvos”

Riedel, K. (2006)