Aminocidos y protenas

Los -aminocidos son los constituyentes (sillares

moleculares) de las protenas. Los aminocidos proteicos son
20 y son todos ismeros L-.
Conviene diferenciarlos segn sus caractersticas de polaridad
o hidrofobicidad. El COOH es ms cido que el de un cido
monocarboxilco comn y el NH2 ms bsico que el de una
amina comn. Son anfteros y tienen un punto isoelctrico.
Otras funciones: son componentes de ciertos lpidos (ej. serina
en fosfolpidos), algunos son neurotransmisores (ej.
glutamato) y otros precursores de neurotransmisores y
hormonas (ej. epinefrina derivada de la tirosina).

pH= -log [H+]

pH + pOH= 14

pOH= -log [OH-]

Kw= [H+][OH]=1014

pI. pH al cual existe la mayor

concentracin de la especie con
carga neta igual a cero.
(pK1 + pK2)/2 !!!XXX!!!XXX

Niveles estructurales de protenas

Estructura primaria. Secuencia de aminocidos
unidos por enlaces peptdicos.
Estructura secundaria. Disposicin espacialque
adopta la cadena polipeptdica.

Estructura terciaria. Forma que se arrolla en el

espacio la protena.
Estructura cuaternaria. Arreglo oligomrico de
subunidades (iguales o distintas) de una protena.

Las protenas se pueden separar aprovechando sus propiedades

fisicoqumicas:
- Por tamao. Tanto separacin grosera entre una
macromolcula y una molcula pequea (dilisis), como
separacin ms fina entre macromolculas (filtracin por
geles).
- Por carga. Distintos procedimientos. Las protenas tienen un
punto isoelctrico y por encima o debajo del mismo tienen
carga => migran al aplicar un campo elctrico =>
electroforesis. Tambin se pueden unir por carga a matrices
con la carga opuesta => cromatografa de intercambio
inico.
- Por solubilidad diferencial. Fraccionamientos salinos o por
cambios de pH.
- Por diferente estabilidad trmica o a solventes en el medio.
- Por afinidad a distintos compuestos, por ejemplo sustratos
en el caso de enzimas => cromatografa de afinidad

Caracterizacin estructural de protenas

Para qu purificar una protena?
Qu hacer con una protena homognea?
No dilapidar pensamientos brillantes en enzimas sucias
Efraim Racker

Estudios estructurales y funcionales. Caracterizacin de

relaciones de estructura a funcin
Funcin Estructura

Estructura Funcin
Protemica

Estudios de estructura y relaciones funcionales

Mtodos. Qumica de protenas.
Fsica de protenas. Ej. fluorescencia,
absorcin de luz, resonancia magntica nuclear,
difraccin de rayos-X.
Especialmente Funcin Estructura
Herramientas de biologa molecular.
Especialmente Estructura Funcin
Es cuestin de diagramar estrategias en funcin de los
mtodos disponibles y de los objetivos buscados.

Determinacin de estructuras:
Primaria. Secuencia de aminocidos y despus
caracterizar residuos funcionales.
Secundaria. Arreglos estructurales, incluyendo
estructuras supersecundarias, determinando
dominios funcionales.
Terciaria. Arreglos y dominios tridimensionales.
Cuaternaria. Caractersticas oligomricas, con
relaciones funcionales.
El anlisis es integral e importa la identificacin de
residuos y su localizacin en los distintos niveles
estructurales.

Determinacin de niveles estructurales.

Estructura cuaternaria.
Determinacin de masa molecular en condiciones
nativas
(ej.
filtracin
molecular)
y
desnaturalizadas (ej. SDS-PAGE). Es necesario
estar seguros sobre la pureza de la muestra.
Variantes
de
electroforesis
2-D
y
determinacin de secuencias de N-term.

Determinacin de estructura primaria. Mtodos

qumicos
- Determinacin del contenido de aminocidos.
Hidrlisis completa cida y alcalina. Separacin y
cuantificacin.
- Determinacin de SH y S-S-. Tratamiento con
reductor (2-ME o DTT) y posterior alcohilacin
(iodoacetato). Oxidacin a cido cisteico con cido
perfrmico.
- Determinacin de extremos N- y C-term.

C-term.
Formacin de steres (butanol).
Reduccin a -amino-alcohol (borohidruro).
Enzimtico, con carboxipeptidasa.
N-term.
Sanger, dinitro-fluorbenceno.
Cloruro de dansilo.
Degradacin de Edman, feniltio-isocianato.

Protelisis para la obtencin de pptidos.

Qumica. Bromuro de ciangeno.
Enzimtica. Proteasas: tripsina, quimotripsina,
pepsina, V8, etc.
Armado de la secuencia por solapamiento de pptidos
parciales.
Actualmente, uso de la biologa molecular.

Anlisis comparativo de secuencias.

Identificacin de dominios funcionales.
Anlisis evolutivo.
Diseo de mutagnesis, protenas quimricas,
intercambio de dominios, modelado molecular, etc.