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Enzima

Estructura de la triosafosfato isomerasa. Conformacin en forma de diagrama de cin


tas rodeado por el modelo de relleno de espacio de la protena. Esta protena es una
eficiente enzima involucrada en el proceso de transformacin de azcares en energa e
n las clulas.
Las enzimas1 son molculas de naturaleza proteica que catalizan reacciones qumicas,
siempre que sean termodinmicamente posibles: una enzima hace que una reaccin qumic
a que es energticamente posible (ver Energa libre de Gibbs), pero que transcurre a
una velocidad muy baja, sea cinticamente favorable, es decir, transcurra a mayor
velocidad que sin la presencia de la enzima.2 3 En estas reacciones, las enzima
s actan sobre unas molculas denominadas sustratos, las cuales se convierten en molc
ulas diferentes denominadas productos. Casi todos los procesos en las clulas nece
sitan enzimas para que ocurran a unas tasas significativas. A las reacciones med
iadas por enzimas se las denomina reacciones enzimticas.
Debido a que las enzimas son extremadamente selectivas con sus sustratos y su ve
locidad crece solo con algunas reacciones, el conjunto (set) de enzimas presente
s en una clula determina el tipo de metabolismo que tiene esa clula. A su vez, est
a presencia depende de la regulacin de la expresin gnica correspondiente a la enzim
a.
Como todos los catalizadores, las enzimas funcionan disminuyendo la energa de act
ivacin (?G ) de una reaccin, de forma que la presencia de la enzima acelera sustanci
almente la tasa de reaccin. Las enzimas no alteran el balance energtico de las rea
cciones en que intervienen, ni modifican, por lo tanto, el equilibrio de la reac
cin, pero consiguen acelerar el proceso incluso en escalas de millones de veces.
Una reaccin que se produce bajo el control de una enzima, o de un catalizador en
general, alcanza el equilibrio mucho ms deprisa que la correspondiente reaccin no
catalizada.
Al igual que ocurre con otros catalizadores, las enzimas no son consumidas en la
s reacciones que catalizan, ni alteran su equilibrio qumico. Sin embargo, las enz
imas difieren de otros catalizadores por ser ms especficas. La gran diversidad de
enzimas existentes catalizan alrededor de 4000 reacciones bioqumicas distintas.4
No todos los catalizadores bioqumicos son protenas, pues algunas molculas de ARN so
n capaces de catalizar reacciones (como la subunidad 16S de los ribosomas en la
que reside la actividad peptidil transferasa).5 6 Tambin cabe nombrar unas molcula
s sintticas denominadas enzimas artificiales capaces de catalizar reacciones qumic
as como las enzimas clsicas.7
La actividad de las enzimas puede ser afectada por otras molculas. Los inhibidore
s enzimticos son molculas que disminuyen o impiden la actividad de las enzimas, mi
entras que los activadores son molculas que incrementan dicha actividad. Asimismo
, gran cantidad de enzimas requieren de cofactores para su actividad. Muchas dro
gas o frmacos son molculas inhibidoras. Igualmente, la actividad es afectada por l
a temperatura, el pH, la concentracin de la propia enzima y del sustrato, y otros
factores fsico-qumicos.
Muchas enzimas son usadas comercialmente, por ejemplo, en la sntesis de antibitico
s o de productos domsticos de limpieza. Adems, son ampliamente utilizadas en diver
sos procesos industriales, como son la fabricacin de alimentos, destincin de vaque
ros o produccin de biocombustibles.
ndice
1 Etimologa e historia
2 Estructuras y mecanismos
2.1 Especificidad

2.1.1 Modelo de la "llave-cerradura"


2.1.2 Modelo del encaje inducido
2.2 Mecanismos
2.2.1 Estabilizacin del estado de transicin
2.2.2 Dinmica y funcin
2.3 Modulacin alostrica
3 Cofactores y coenzimas
3.1 Cofactores
3.2 Coenzimas
4 Termodinmica
5 Cintica
6 Inhibicin
7 Funcin biolgica
8 Control de la actividad
9 Implicaciones en enfermedades
10 Clasificacin y nomenclatura de enzimas
11 Aplicaciones industriales
12 Vase tambin
13 Referencias
14 Lecturas complementarias
15 Enlaces externos
Etimologa e historia
Eduard Buchner.
Desde finales del siglo XVIII y principios del siglo XIX, se conoca la digestin de
la carne por las secreciones del estmago8 y la conversin del almidn en azcar por lo
s extractos de plantas y la saliva. Sin embargo, no haba sido identificado el mec
anismo subyacente.9 aunque la primera enzima fue descubierta por Anselme Payen y
Jean-Franois Persoz en 1833.10
En el siglo XIX, cuando se estaba estudiando la fermentacin del azcar en el alcoho
l con levaduras, Louis Pasteur lleg a la conclusin de que esta fermentacin era cata
lizada por una fuerza vital contenida en las clulas de la levadura, llamadas ferm
entos, e inicialmente se pens que solo funcionaban con organismos vivos. Escribi q
ue "la fermentacin del alcohol es un acto relacionado con la vida y la organizacin
de las clulas de las levaduras, y no con la muerte y la putrefaccin de las clulas"
.11 Por el contrario, otros cientficos de la poca como Justus von Liebig, se mantu
vieron en la posicin que defenda el carcter puramente qumico de la reaccin de ferment
acin.
En 1878 el fisilogo Wilhelm Khne (1837-1900) acu el trmino enzima, que viene del grie
go e????? "en levadura", para describir este proceso. La palabra enzima fue usada
despus para referirse a sustancias inertes como la pepsina. Por otro lado, la pa
labra "fermento" sola referirse a la actividad qumica producida por organismos viv
ientes.
En 1897 Eduard Buchner comenz a estudiar la capacidad de los extractos de levadur
a para fermentar azcar a pesar de la ausencia de clulas vivientes de levadura. En
una serie de experimentos en la Universidad Humboldt de Berln, encontr que el azcar
era fermentado inclusive cuando no haba elementos vivos en los cultivos de clulas
de levaduras.12 Llam a la enzima que causa la fermentacin de la sacarosa, zimasa .13
En 1907 recibi el Premio Nobel de Qumica "por sus investigaciones bioqumicas y el
haber descubierto la fermentacin libre de clulas". Siguiendo el ejemplo de Buchner
, las enzimas son usualmente nombradas de acuerdo a la reaccin que producen. Norm
almente, el sufijo "-asa" es agregado al nombre del sustrato (p. ej., la lactasa
es la enzima que degrada lactosa) o al tipo de reaccin (p. ej., la ADN polimeras
a forma polmeros de ADN).
Tras haber mostrado que las enzimas pueden funcionar fuera de una clula viva, el

prximo paso era determinar su naturaleza bioqumica. En muchos de los trabajos inic
iales se not que la actividad enzimtica estaba asociada con protenas, pero algunos
cientficos (como el premio Nobel Richard Willsttter) argumentaban que las protenas
eran simplemente el transporte para las verdaderas enzimas y que las protenas per
se no eran capaces de realizar catlisis. Sin embargo, en 1926, James B. Sumner d
emostr que la enzima ureasa era una protena pura y la cristaliz. Summer hizo lo mis
mo con la enzima catalasa en 1937. La conclusin de que las protenas puras podan ser
enzimas fue definitivamente probada por John Howard Northrop y Wendell Meredith
Stanley, quienes trabajaron con diversas enzimas digestivas como la pepsina (19
30), la tripsina y la quimotripsina. Estos tres cientficos recibieron el Premio N
obel de Qumica en 1946.14
El descubrimiento de que las enzimas podan ser cristalizadas permita que sus estru
cturas fuesen resueltas mediante tcnicas de cristalografa y difraccin de rayos X. E
sto se llev a cabo en primer lugar con la lisozima, una enzima encontrada en las
lgrimas, la saliva y los huevos, capaces de digerir la pared de algunas bacterias
. La estructura fue resuelta por un grupo liderado por David Chilton Phillips y
publicada en 1965.15 Esta estructura de alta resolucin de las lisozimas, marc el c
omienzo en el campo de la biologa estructural y el esfuerzo por entender cmo las e
nzimas trabajan en el orden molecular.
Estructuras y mecanismos
Diagrama de cintas que representa la estructura de una anhidrasa carbnica de tipo
II. La esfera gris representa al cofactor zinc situado en el centro activo.
Las enzimas son generalmente protenas globulares que pueden presentar tamaos muy v
ariables, desde 62 aminocidos como en el caso del monmero de la 4-oxalocrotonato t
automerasa,16 hasta los 2500 presentes en la sintasa de cidos grasos.17
Las actividades de las enzimas vienen determinadas por su estructura tridimensio
nal, la cual viene a su vez determinada por la secuencia de aminocidos.18 Sin emb
argo, aunque la estructura determina la funcin, predecir una nueva actividad enzi
mtica basndose nicamente en la estructura de una protena es muy difcil, y un problema
an no resuelto.19
Casi todas las enzimas son mucho ms grandes que los sustratos sobre los que actan,
y solo una pequea parte de la enzima (alrededor de 3 a 4 aminocidos) est directame
nte involucrada en la catlisis.20 La regin que contiene estos residuos encargados
de catalizar la reaccin es denominada centro activo. Las enzimas tambin pueden con
tener sitios con la capacidad de unir cofactores, necesarios a veces en el proce
so de catlisis, o de unir pequeas molculas, como los sustratos o productos (directo
s o indirectos) de la reaccin catalizada. Estas uniones de la enzima con sus prop
ios sustratos o productos pueden incrementar o disminuir la actividad enzimtica,
dando lugar as a una regulacin por retroalimentacin positiva o negativa, segn el cas
o.
Al igual que las dems protenas, las enzimas se componen de una cadena lineal de am
inocidos que se pliegan durante el proceso de traduccin para dar lugar a una estru
ctura terciaria tridimensional de la enzima, susceptible de presentar actividad.
Cada secuencia de aminocidos es nica y por tanto da lugar a una estructura nica, c
on propiedades nicas. En ocasiones, protenas individuales pueden unirse a otras pr
otenas para formar complejos, en lo que se denomina estructura cuaternaria de las
protenas.
La mayora de las enzimas, al igual que el resto de las protenas, pueden ser desnat
uralizadas si se ven sometidas a agentes desnaturalizantes como el calor, los pH
s extremos o ciertos compuestos como el SDS. Estos agentes destruyen la estructu
ra terciaria de las protenas de forma reversible o irreversible, dependiendo de l
a enzima y de la condicin. Una consecuencia de la desnaturalizacin es la prdida o m
erma de la funcin, de la capacidad enzimtica.
Especificidad

Las enzimas suelen ser muy especficas tanto del tipo de reaccin que catalizan como
del sustrato involucrado en la reaccin. La forma, la carga y las caractersticas h
idroflicas/hidrofbicas de las enzimas y los sustratos son los responsables de dich
a especificidad. La constante de especificidad, es una medida de la eficiencia d
e una enzima, ya que la velocidad de la reaccin se encuentra directamente relacio
nada con la frecuencia con la que se encuentran las molculas de enzima y sustrato
. Las enzimas tambin pueden mostrar un elevado grado de estereoespecificidad, reg
ioselectividad y quimioselectividad.21
Algunas de estas enzimas que muestran una elevada especificidad y precisin en su
actividad son aquellas involucrados en la replicacin y expresin del genoma. Estas
enzimas tienen eficientes sistemas de comprobacin y correccin de errores, como en
el caso de la ADN polimerasa, que cataliza una reaccin de replicacin en un primer
paso, para comprobar posteriormente si el producto obtenido es el correcto.22 Es
te proceso, que tiene lugar en dos pasos, da como resultado una media de tasa de
error increblemente baja, en torno a 1 error cada 100 millones de reacciones en
determinadas polimerasas de mamferos.23 Este tipo de mecanismos de comprobacin tam
bin han sido observados en la ARN polimerasa,24 en la ARNt aminoacil sintetasa25
y en la actividad de seleccin de los aminoacil-tRNAs.26
Aquellas enzimas que producen metabolitos secundarios son denominadas promiscuas
, ya que pueden actuar sobre una gran variedad de sustratos. Por ello, se ha sug
erido que esta amplia especificidad de sustrato podra ser clave en la evolucin y d
iseo de nuevas rutas biosintticas.27
Modelo de la "llave-cerradura"
Las enzimas son muy especficas, como sugiri Emil Fischer en 1894. Con base a sus r
esultados dedujo que ambas molculas, la enzima y su sustrato, poseen complementar
iedad geomtrica, es decir, sus estructuras encajan exactamente una en la otra,28
por lo que este modelo ha sido denominado como modelo de la "llave-cerradura", r
efirindose a la enzima como a una especie de cerradura y al sustrato como a una l
lave que encaja de forma perfecta en dicha cerradura. Una llave solo funciona en
su cerradura y no en otras cerraduras. Sin embargo, si bien este modelo explica
la especificidad de las enzimas, falla al intentar explicar la estabilizacin del
estado de transicin que logran adquirir las enzimas.
Modelo del encaje inducido
Diagrama que esquematiza el modo de accin del modelo del encaje inducido.
En 1958, Daniel Koshland sugiere una modificacin al modelo de la llave-cerradura:
las enzimas son estructuras bastante flexibles y as el sitio activo podra cambiar
su conformacin estructural por la interaccin con el sustrato.29 Como resultado de
ello, la cadena aminoacdica que compone el sitio activo es moldeada en posicione
s precisas, lo que permite a la enzima llevar a cabo su funcin cataltica. En algun
os casos, como en las glicosidasas, el sustrato cambia ligeramente de forma para
entrar en el sitio activo.30 El sitio activo continua dicho cambio hasta que el
sustrato est completamente unido, momento en el cual queda determinada la forma
y la carga final.31
Mecanismos
Las enzimas pueden actuar de diversas formas, como se ver a continuacin, siempre d
ando lugar a una disminucin del valor de ?G :32
Reduccin de la energa de activacin mediante la creacin de un ambiente en el cual
el estado de transicin es estabilizado (por ejemplo, forzando la forma de un sus
trato: la enzima produce un cambio de conformacin del sustrato unido el cual pasa
a un estado de transicin, de modo que ve reducida la cantidad de energa que preci
sa para completar la transicin).
Reduciendo la energa del estado de transicin, sin afectar la forma del sustrat
o, mediante la creacin de un ambiente con una distribucin de carga ptima para que s

e genere dicho estado de transicin.


Proporcionando una ruta alternativa. Por ejemplo, reaccionando temporalmente
con el sustrato para formar un complejo intermedio enzima/sustrato (ES), que no
sera factible en ausencia de enzima.
Reduciendo la variacin de entropa necesaria para alcanzar el estado de transic
in (energa de activacin) de la reaccin mediante la accin de orientar correctamente lo
s sustratos, favoreciendo as que se produzca dicha reaccin.
Incrementando la velocidad de la enzima mediante un aumento de temperatura.
El incremento de temperatura facilita la accin de la enzima y permite que se incr
emente an ms su velocidad de reaccin. Sin embargo, si la temperatura se eleva demas
iado, la conformacin estructural de la enzima puede verse afectada, reduciendo as
su velocidad de reaccin, y solo recuperando su actividad ptima cuando la temperatu
ra se reduce. No obstante, algunas enzimas son termolbiles y trabajan mejor a baj
as temperaturas.
Cabe destacar que este efecto entrpico implica la desestabilizacin del estado basa
l,33 y su contribucin a la catlisis es relativamente pequea.

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