Jerarqua estructural de

las protenas

Jerarqua estructural de
las protenas
David Arboledas Brihuega
Qumico

Jerarqua estructural de las protenas

David Arboledas Brihuega
ISBN: 978-84-9948-455-6
Depsito legal: A-732-2011
Edita: Editorial Club Universitario. Telf.: 96 567 61 33
C/ Decano, 4 03690 San Vicente (Alicante)
www.ecu.fm
ecu@ecu.fm
Printed in Spain
Imprime: Imprenta Gamma. Telf.: 965 67 19 87
C/ Cottolengo, 25 03690 San Vicente (Alicante)
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reproducirse o transmitirse por ningn procedimiento electrnico o mecnico,
incluyendo fotocopia, grabacin magntica o cualquier almacenamiento de
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titulares del Copyright.

Sapere aude

in memoriam
A veces los acontecimientos se arremolinan a nuestro alrededor sin
poder evitarlos en modo alguno. Mientras comenzaba a preparar este libro
sobrevino la muerte de mi to. Era ya esperada, pero cuando llega, un enorme
vaco queda en el corazn. Las personas que conocemos siempre dejan una
huella en l; algunas imborrables. Hoy, 16 de junio de 2010, con lgrimas en los
ojos y un profundo dolor, no puedo sino recordar todo lo que emocionalmente
debo a mi to, Pedro Salas Morante. Fue mi padrino y estuvo en todos los
acontecimientos importantes de mi vida: la defensa de mi tesis de licenciatura,
all por abril de 1997, donde comenz a gestarse la idea de escribir algo
como esta monografa; mi boda, ms cercana en el tiempo, y el nacimiento
de mis hijas, hace tres aos. Hoy, por tanto, por el respeto que me mereca,
por su enorme valor y entereza hasta el final y con el profundo desconsuelo
que siento, no puedo ms que agradecerle su ejemplo durante los treinta y
siete aos en los que hemos compartido viaje y legar al futuro su nombre y su
recuerdo; no puedo ms que dedicarle pstumamente esta obra. Nunca podr
olvidarte. Descansa en paz, to.
David Arboledas Brihuega

NDICE
Introduccin.....................................................................................13
Captulo 1. Aminocidos.................................................................15
1.1 Caractersticas.........................................................................15
1.2 Clasificacin............................................................................18
1.2.1 Cadenas laterales apolares..............................................18
1.2.2 Cadenas laterales polares sin carga................................19
1.2.3 Cadenas laterales polares con carga...............................19
1.3 Nomenclatura..........................................................................20
1.4 Actividad ptica........................................................................20
1.4.1 Clasificacin operacional..................................................21
1.4.2 Proyecciones de Fischer..................................................21
1.4.3 Sistema de Cahn, Ingold y Prelog....................................23
1.5 Aminocidos modificados........................................................25
Captulo 2. Estructura primaria......................................................27
2.1 Composicin de aminocidos..................................................27
2.2 Cuantificacin de aminocidos................................................30
2.3 Identificacin del aminocido N-terminal.................................32

2.4 Identificacin del aminocido C-terminal.................................33

2.5 Secuenciacin de pptidos.....................................................35
2.6 Determinacin de puentes disulfuro........................................37
2.6.1 Determinacin de Cys totales...........................................37
2.6.2 Determinacin de Cys libres.............................................38
2.7 Enlace peptdico......................................................................39
2.8 Fuerzas que determinan la estructura de una protena..........44
2.8.1 Fuerzas intramoleculares de naturaleza intrnseca..........44
2.8.2 Fuerzas intramoleculares de naturaleza extrnseca.........45
2.8.3 Fuerzas intramoleculares determinadas por el disolvente.....46
2.8.4 Interacciones intermoleculares protena-disolvente.........46
Captulo 3. Estructura secundaria.................................................47
3.1 Estructura secundaria ordenada repetitiva..............................47
3.1.1 Hlice ............................................................................48
3.1.2 Lmina ...........................................................................51
3.2 Estructura secundaria ordenada no repetitiva.........................55
3.2.1 Giros ..............................................................................55
3.2.2 Comba ...........................................................................58
3.2.3 Bucle .............................................................................62
Captulo 4. Estructura supersecundaria.......................................65
4.1 Motivos con hlices ..............................................................65
4.1.1 Mano EF...........................................................................67
4.1.2 Hlice superenrollada.......................................................68
4.2 Motivos con lminas .............................................................69
4.2.1 Horquilla ........................................................................72
4.2.2 Meandro ........................................................................73
4.2.3 Greca griega.....................................................................74
4.2.4 Barril ..............................................................................74
4.3 Motivos con hlices y lminas ...........................................76
4.3.1 Motivo ........................................................................76
4.3.2 Plegamiento de Rossmann..............................................78

Captulo 5. Dominios.......................................................................79
5.1 Dominios estructurales y funcionales......................................81
5.2 Clasificacin estructural...........................................................82
5.3 Los dominios como unidades evolutivas.................................84
5.4 Los dominios son unidades autnomas de plegamiento........87
5.5 Dinmica de dominios.............................................................89
5.6 Identificacin de dominios.......................................................91
Captulo 6. Estructura terciaria......................................................93
6.1 Secuencia de aminocidos y estructura terciaria....................96
6.2 Las protenas se pliegan en un proceso en varias etapas......98
6.2.1 El postulado de Anfinsen y la paradoja de Levinthal........99
6.2.2 Intermediarios del plegamiento proteico.........................100
6.2.3 Modelos clsicos de plegamiento...................................101
6.2.4 Paisaje y embudo de plegamientos................................105
6.3 Plegamiento in vivo...............................................................107
6.4 Modelos estructurales terciarios comunes............................109
6.5 Plegamiento y desnaturalizacin........................................... 110
6.5.1 Mtodos directos............................................................ 112
6.5.2 Mtodos indirectos......................................................... 113
Captulo 7. Estructura cuaternaria............................................... 115
7.1 Interacciones entre subunidades.......................................... 116
7.2 Simetra de las protenas....................................................... 117
7.2.1 Simetra cclica............................................................... 118
7.2.2 Simetra didrica............................................................. 119
7.2.3 Simetra icosadrica....................................................... 119
7.2.4 Simetra helicoidal..........................................................120
7.3 Determinacin del nmero de subunidades..........................121
7.4 Clasificacin de protenas oligomricas................................122
7.5 Existen lmites al tamao de las protenas............................123
7.6 Las protenas forman complejos supramoleculares..............123
Captulo 8. Clasificacin de las protenas..................................125
8.1 Por su composicin...............................................................125

8.1.1 Simples u holoprotenas.................................................125

8.1.2 Conjugadas o heteroprotenas.......................................126
8.2 Por sus propiedades fsicas..................................................127
8.3 Por su conformacin..............................................................128
8.3.1 Fibrosas..........................................................................128
8.3.2 Globulares......................................................................128
8.4 Por su funcin biolgica........................................................129
Captulo 9. Protenas fibrosas y globulares...............................131
9.1 Protenas fibrosas..................................................................131
9.1.1 Queratinas......................................................................132
9.1.2 Elastina...........................................................................135
9.1.3 Colgeno........................................................................137
9.2 Protenas globulares..............................................................140
9.2.1 Mioglobina......................................................................140
9.2.2 Hemoglobina..................................................................143
Captulo 10. Anlisis y determinacin estructural.........................149
10.1 Anlisis de baja resolucin..................................................150
10.1.1 Espectroscopa UV-visible............................................151
10.1.2 Fluorescencia...............................................................154
10.1.3 Dicrosmo circular.........................................................157
10.1.4 Espectroscopa infrarroja..............................................160
10.1.5 RMN de 1H 1D y 2D......................................................161
10.2 Criomicroscopa electrnica................................................164
10.3 Tcnicas de alta resolucin.................................................165
10.3.1 Cristalografa de rayos x...............................................166
10.3.2 RMN multidimensional..................................................169
10.4 Bases de datos de protenas...............................................172
Bibliografa.....................................................................................175
ndice alfabtico............................................................................181

introduccin
Las protenas naturales son polmeros lineales de -l-aminocidos.
Desempean una gran cantidad de funciones: estructurales, como el colgeno;
transportadoras, como la hemoglobina o los citocromos; adems de aquellas
funciones catalticas que ejecutan las enzimas y que resultan esenciales en la
homeostasis del metabolismo.
En una protena podemos distinguir varios niveles de organizacin. Una
estructura primaria, que hace referencia a la secuencia de aminocidos en la
cadena polipeptdica y en la que se incluyen todos los enlaces covalentes entre
los diversos residuos: los enlaces peptdicos y los puentes disulfuro.
Una estructura secundaria, que se refiere a las disposiciones regulares
en el espacio de residuos adyacentes en la cadena polipeptdica. Ciertas
secuencias de aminocidos favorecen las hlices o las cadenas , as como
giros que conectan unas estructuras regulares con otras. Algunos elementos
con estructura secundaria forman agregados regulares consecutivos que
determinan un nivel de organizacin superior, que denominamos estructura
supersecundaria o motivos. Algunos de estos se combinan, generalmente,
para formar compactas estructuras globulares que llamamos dominios.
Dominios con secuencias de aminocidos homlogas en diferentes protenas
tienen casi invariablemente la misma estructura terciaria. Un dominio se define,
entonces, como una parte de una cadena polipeptdica que puede plegarse
independientemente en una estructura terciaria estable. Los dominios pueden
ser tambin unidades de funcin independientes dentro de la estructura de las
protenas.

13

Jerarqua estructural de las protenas

Durante mucho tiempo el dogma central del plegamiento de las

protenas se ha centrado en el primer nivel de organizacin estructural, la
estructura primaria, en la que se supone toda la informacin necesaria para
que la protena adopte una y solo una estructura terciaria. Recientemente,
sin embargo, se han encontrado algunas protenas, las chaperonas, que se
requieren durante el plegamiento de muchas protenas para que adopten la
estructura tridimensional apropiada.
Un nivel de estructuracin superior a estos es la estructura terciaria,
o disposicin espacial de todos y cada uno de los tomos que componen la
molcula. Una protena con una determinada estructura terciaria puede estar
constituida por uno o varios dominios, que pueden llegar a tener funciones
especficas y separadas. La estructura terciaria constituye el ltimo nivel de
organizacin estructural de una protena monomrica. Sin embargo, existen
macromolculas oligomricas, formadas por la asociacin no covalente de
varias cadenas polipeptdicas. Este nivel de jerarquizacin superior se llama
estructura cuaternaria. Representa, por tanto, la disposicin espacial de las
diversas subunidades de una protena oligomrica.
Es cierto que las protenas se pliegan en el espacio para adoptar una
estructura tridimensional que depende fundamentalmente de la secuencia;
pero tambin de las propiedades fsicoqumicas del medio, de la presencia
de cofactores, e incluso de la participacin de otras protenas, como las
chaperonas.
El problema del plegamiento es, por tanto, tremendamente complicado
y, hasta la fecha, no resuelto. No obstante, tenemos mtodos de aproximacin
directos e indirectos para conocer la estructura tridimensional de las mismas.
Para formar una protena de 100 aminocidos existen 20100 posibilidades,
o lo que es lo mismo, 1,27 10130; una cantidad superior al nmero de tomos
que se prev que existen en el Universo. Este dato nos sugiere la importancia
de la presin de la seleccin natural para elegir una secuencia, de entre todas
las posibles, que se pliegue de manera nica para realizar una funcin propia.
Lamentablemente, no conocemos an qu reglas gobiernan ese proceso.
El objetivo del presente libro es proporcionar, de manera secuenciada,
los principios bsicos necesarios para el entendimiento de la organizacin
estructural de las protenas y su funcionalidad.

14

1Captulo 1

aminocidos
Las protenas son biomolculas polimricas lineales constituidas por
-l-aminocidos. Se encuentran tanto en clulas animales como en vegetales
y se pliegan en una estructura tridimensional caracterstica que les confiere una
enorme variedad de funciones. Actan como componentes estructurales y como
receptores moleculares; algunas participan en la replicacin, transcripcin y traduccin de la informacin gentica; otras forman parte de la primera lnea de defensa de nuestro sistema o transportan el oxgeno a todas nuestras clulas. Entre
todas las protenas, quiz, son las enzimas las ms importantes, pues regulan
todo el metabolismo y son piezas esenciales en todos los aspectos bioqumicos.
Todos estos papeles pueden clasificarse, en ltimo trmino, como
estructurales o funcionales.

1.1 caractersticas
Los aminocidos, como indica su nombre, son molculas orgnicas
que contienen un grupo amino (-NH2) y un grupo carboxilo (COOH). Como
hemos dicho, los aminocidos proteicos son -aminocidos, es decir, que
estn formados por un carbono alfa unido a un grupo amino, a otro carboxilo,
a un hidrgeno y a una cadena lateral R con la que forma su cuarto enlace
covalente (Figura 1.1 A). Normalmente en la naturaleza solo est presente
uno de los dos enantimeros de la mayora de los compuestos biolgicos

15

Jerarqua
estructural de las protenas
16JERARQUAESTRUCTURALDELASPROTENAS

16JERARQUAESTRUCTURALDELASPROTENAS

ECU
ECU

quirales. En las protenas naturales todos los aminocidos, excepto la

compuestos biolgicos quirales. En las protenas naturales todos los
compuestos
las ismeros
protenasl, naturales
todos que
los
glicina,
que esbiolgicos
aquiral, sequirales.
presentanEn
como
lo que no indica
aminocidos, excepto la glicina, que es aquiral, se presentan como
aminocidos,
excepto o lalevgiros,
glicina, como
que es
aquiral,unsepoco
presentan
como
deban
ser
dextrgiros
veremos
ms
adelante
ismeros L, lo que no indica que deban ser dextrgiros o levgiros, como
ismeros
L, lo que no indica que deban ser dextrgiros o levgiros, como
(Figura
1.1
veremos
unB).
poco ms adelante (Figura 1.1 B).
veremos un poco ms adelante (Figura 1.1 B).

Figura 1.1. Estructura de un -aminocido. (A) Los aminocidos son molculas

Figura
Estructura
de
un
(A)
son molculas
molculas
Figura1.1.
1.1.
Estructura
degrupo
un -aminocido.
-aminocido.
(A) Los Los
aminocidos
orgnicas
formadas
por un
amino y uno carboxilo.
diferentes son
radicales R se
orgnicas
formadas
porlos
grupo
carboxilo.
Los
diferentes
radicales
R se
se
orgnicas
por
un aminocidos
grupo amino
aminoyque
yuno
uno
carboxilo.
Los
diferentes
radicales
R
unen
al Cformadas
.
(B)
Todos
aparecen
en
las
protenas
naturales

unen
al alCC. (B)
Todos
los
aminocidos
que
aparecen
en
las
protenas
naturales
se
se
unen
.
(B)
Todos
los
aminocidos
que
aparecen
en
las
protenas
naturales
se
presentan como enantimeros L, salvo para la glicina, que es aquiral.
, salvopara
paralalaglicina,
glicina,que
queesesaquiral.
aquiral.
presentancomo
comoenantimeros
enantimerosl,Lsalvo
presentan

A pH bajo los aminocidos se encuentran mayoritariamente en su

ApH
pH bajo
bajo los
los aminocidos
aminocidos se
se encuentran
encuentran mayoritariamente
mayoritariamente en su
su
forma Acatinica
y a pH
altos en su forma
aninica. Las molculasenque
forma
catinica
y
a
pH
altos
en
su
forma
aninica.
Las molculas
que
forma
catinica
y a pHcidos
alto, en
su forma
Las
molculas
que pueden
pueden
actuar como
y bases
se aninica.
denominan
anfteras.
Existe
un pH
pueden actuar
comoycidos
y se
bases
se denominan
anfteras.
Existe
unpara
pH
actuar
cidos
bases
denominan
anfteras.
Existe
un pH
para elcomo
cual estos
anfolitos
presentan
carga neta
cero, lo que
ocurre
cuando
para
elestos
cual estos
anfolitos
presentan
cero,
lo que
ocurre
cuando
ellos
cual
anfolitos
presentan
cargacarga
neta neta
cero,
lo que
ocurre
cuando
los
grupos
amino
y carboxilo
se encuentran
completamente
ionizados.
Ese
los grupos
amino
y carboxilo
se encuentran
completamente
ionizados.
grupos
amino
ycomo
carboxilo
encuentran
completamente
ionizados.
EseEse
pH
pH se conoce
puntoseisoelctrico
(pI).
A este pH todas
las molculas
pH se conoce
como
punto
isoelctrico (pI).
A este
todas las
molculas
se
como
punto
A este
pH pH
todas
de
deconoce
los aminocidos
se isoelctrico
presentan en(pI).
forma
dipolar
y se las
dicemolculas
que es un
deaminocidos
los aminocidos
se presentan
en dipolar
forma ydipolar
y que
se es
dice
es un
los
se presentan
se dice
unque
zwitterin
zwitterin
(Figura
1.2). Una en
de forma
las consecuencias
fundamentales
de este
zwitterin (Figura 1.2). Una de las consecuencias fundamentales de este
(Figura
Unason
de muy
las consecuencias
fundamentales
de este
hecho
es que
hecho 1.2).
es que
solubles en disolventes
polares,
como
el agua,
y
hecho es que son muy solubles en disolventes polares, como el agua, y
poco
solubles
en disolventes
orgnicos.
son
muy
solubles
en disolventes
polares, como el agua, y poco solubles en
poco solubles en disolventes orgnicos.
disolventes orgnicos.

Figura 1.2. Reacciones cido-base en un aminocido. A pH bajos los aminocidos

Figura
1.2.Reacciones
Reacciones
cido-base
aminocido.
A aninica.
pH
bajos
aminocidos
Figura
1.2.
unun
aminocido.
A pH
bajos
loslos
se
se
encuentran
en formacido-base
catinica
y en
a en
pH
altos
en su forma
Alaminocidos
pH
en el que
se encuentran
en forma
catinica
y a altos
pH
altos
enforma
su forma
aninica.
Alen
pHelen
el que
encuentran
forma
catinica
y a pH
en
su
aninica.
Al pH
que
solo
slo
existe en
la forma
dipolar
(zwitterin)
se le
denomina
punto
isoelctrico.
slo existe
la forma
(zwitterin)
se le denomina
isoelctrico.
existe
la forma
dipolardipolar
(zwitterin)
se le denomina
punto punto
isoelctrico.

Los aminocidos y las protenas que forman poseen por tanto unas
Losaminocidos
aminocidos yy las
las protenas
protenas que
que forman poseen
poseen por
unas
Los
por tanto
tanto
unas
marcadas
propiedades cido-bsicas.
Todosforman
los -aminocidos
presentan
marcadas propiedades cido-bsicas. Todos los -aminocidos presentan
marcadas
Todos los -aminocidos
al menos propiedades
dos grupos cido-bsicas.
funcionales cido-bsicos,
tres los que presentan
tienen unaal
al menos dos grupos funcionales cido-bsicos, tres los que tienen una
menos
grupos
funcionales cido-bsicos, tres los que tienen una cadena
cadenados
lateral
ionizable.
cadena lateral ionizable.
lateral ionizable.
A pH bajos los grupos amino y carboxilo de un aminocido estn muy
A pH bajos los grupos amino y carboxilo de un aminocido
estn muy
+
A
protonados,
por lolosque
su forma
+H3N-CHR-COOH.
A pH bajos
grupos
aminopredominante
y carboxilo deser
un aminocido
estn muy
H N-CHR-COOH.
A
protonados,
por lo que
su forma
predominante
ser
+ 3
protonados, por lo que su forma predominante ser H3N-CHR-COOH. A

16

Aminocidos
CAPTULO1.AMINOCIDOS17
CAPTULO1.AMINOCIDOS17

ECU
ECU

medida que se sigue la titulacin las molculas van perdiendo sucesivamente

medida
que
sese sigue
lala
titulacin
laslas
molculas
van
medida
que primero
sigue
titulacin
molculas
van perdiendo
dos
protones;
el del
grupo
funcional
carboxilo
y despus
elperdiendo
del grupo
sucesivamente
dos
protones;
primero
el
del
grupo
funcional
carboxilo
sucesivamente
dos
protones;
primero
el
del
grupo
funcional
carboxiloy y
amonio.
despus
elel
del
grupo
amonio.
despus
del
grupo
amonio.
Como las diferencias entre pK1 y pK2 son considerables, podemos
y ypKpK
son
podemos
Como
las
diferencias
entre
1 1
2 2
sonconsiderables,
considerables,
diferencias
entrepKpK
suponerComo
que lalas
ecuacin
de Henderson-Hasselbach
se
aproxima conpodemos
bastante
suponer
que
lalaecuacin
dedeHenderson-Hasselbach
seseaproxima
con
suponer
que
ecuacin
Henderson-Hasselbach
aproxima
fidelidad a cada tramo de titulacin de la curva. Por ello, en cada pasocon
de
bastante
fidelidad
a
cada
tramo
de
titulacin
de
la
curva.
Por
ello,
en
cada
bastante
fidelidad
a
cada
tramo
de
titulacin
de
la
curva.
Por
ello,
en
cada
ionizacin,
pK
es
el
que
corresponde
al
punto
medio
de
su
tramo
en
la
curva
paso
dede
ionizacin,
pKpK
eses
elel
que
corresponde
alal
punto
medio
dede
susu
tramo
enen
paso
ionizacin,
que
corresponde
punto
medio
tramo
titulacin.
En el ejemplo
de la figura
1.3 debe
cumplirse
que para
un pH
lade
curva
dede
titulacin.
EnEn
elel
ejemplo
dede
lala
figura
1.3
debe
cumplirse
que
para
la
curva
titulacin.
ejemplo
figura
1.3
debe
cumplirse
que
para
de pH
2,33,
las
concentraciones
de la forma catinica catinica
y zwitterinica +H3N-CHRun
dede
2,33,
laslasconcentraciones
un pH
2,33,
concentracionesdedelalaforma
forma catinicay yzwitterinica
zwitterinica

+COO
sean
de
la
Ala
iguales;
lo
mismo
debe
ocurrir
lasocurrir
concentraciones
+

H3HN-CHR-COO
de la Ala son iguales; lo mismo con
debe
ocurrircon
conlaslas
3N-CHR-COO de la Ala son iguales; lo mismo debe

9,71
de
las formas zwitterinica
y zwitterinica
aninica
H2N-CHR-COO
para
un pH de
para
concentraciones
dede
laslas
formas
y aninica
H2HN-CHR-COO
concentraciones
formas
zwitterinica
y aninica
2N-CHR-COO para
(Figura
1.3).
un
pHpH
dede
9,71
(Figura
1.3).
un
9,71
(Figura
1.3).

Figura
Curva
dedetitulacin
de la laalanina.
Los
con
Figura1.3.
1.3.Curva
Curva
titulacin
alanina.
Losaminocidos
aminocidos
concadenas
cadenas
Figura
1.3.
decarga
titulacin
de lade
alanina.
Los
aminocidos
con cadenas
apolares
apolares
y polares
sin
sese
ionizan
de
manera
similar.
y polares
sinionizan
carga
manera
similar.
yapolares
polares sin
carga se
deionizan
manerade
similar.

ElEl
punto
isoelctrico,
pI,pI,
debe
dede
ser, por
tanto:
punto
isoelctrico,
debe
por
tanto:
El punto
isoelctrico,
pI, debe
ser, ser,
por tanto:
pIpI

pKpK
 pK 2
1 1  pK
2
22

Donde pK1 y pK2 son las constantes de disociacin de las ionizaciones

Donde
constantes
disociacin
dedelaslas
1 1y ypK
2 2son
DondepK
pK
pK
sonlaslasrespectivamente
constantesdede(Figura
disociacin
de los grupos
carboxilo
y amonio,
1.2). Para
los
ionizaciones
dede
loslos
grupos
carboxilo
y amonio,
respectivamente
(Figura
1.2).
ionizaciones
grupos
carboxilo
y
amonio,
respectivamente
(Figura
1.2).
aminocidos cidos (Asp y Glu), equivalen a pK1 y pKR, mientras que para
los
pKR, Rmientras
Para
aminocidos
cidos
(Asp
equivalen
1 y
Paraloslos
aminocidos
cidos
(Aspyy yGlu),
Glu),
equivalena apKpK
, mientras
1 y pK
bsicos
(Arg,
His
y
Lys)
seran
pK
pK
.
R
2
pK2. 2.
que
para
loslos
bsicos
(Arg,
His
y Lys)
seran
pKpK
R y
que
para
bsicos
(Arg,
His
y Lys)
seran
R y pK
Una
consecuencia
inmediata
de
lo
anteriormente
explicado es
que los
Una
Unaconsecuencia
consecuenciainmediata
inmediatadedeloloanteriormente
anteriormenteexplicado
explicadoesesque
que
aminocidos
nunca
asumen
en en
disolucin
acuosa
su su
forma
neutra.
los
aminocidos
nunca
asumen
disolucin
acuosa
forma
neutra.
los aminocidos nunca asumen en disolucin acuosa su forma neutra.

17

Jerarqua
estructural de las protenas
18JERARQUAESTRUCTURALDELASPROTENAS

ECU

1.2
1.2clasificacin
CLASIFICACIN

El mtodo ms comn y probablemente ms sencillo de clasificar los

El mtodo
ms comn
y probablemente
ms sencillo
depolaridad
clasificar de
los
20 aminocidos
presentes
en las
protenas naturales
es por la
20
aminocidos
presentes
en
las
protenas
naturales
es
por
la
polaridad
sus cadenas laterales, R. Este modo de agrupar los aminocidos obedece de
al
sus cadenas laterales, R. Este modo de agrupar los aminocidos obedece al
hecho de que en el proceso de plegamiento hacia la conformacin nativa de
hecho de que en el proceso de plegamiento hacia la conformacin nativa de
la protena, esta va enterrando sus cadenas laterales hidrfobas para evitar el
la protena, sta va enterrando sus cadenas laterales hidrfobas para evitar
contacto con el agua, a la vez que expone los residuos cargados hacia el medio
el contacto con el agua, a la vez que expone los residuos cargados hacia el
externo.
este
puntoeste
de vista
entonces,
grupos tres
principales
medio Desde
externo.
Desde
puntoexisten,
de vista
existen, tres
entonces,
grupos
deprincipales
aminocidos.
de aminocidos.

1.2.1Cadenas
Cadenaslaterales
laterales
apolares
1.2.1
apolares
acuerdo
concriterio
este de
criterio
de clasificacin
tenemos
nueve
DeDe
acuerdo
con este
clasificacin
tenemos nueve
aminocidos
aminocidos
con cadenas
apolares.
El deesmenor
tamao
lacuya
glicina
(Gly,
con
cadenas apolares.
El de menor
tamao
la glicina
(Gly,es
G),
cadena
G), cuya
lateral
es un La
tomo
de hidrgeno.
La alanina
A),
lateral
es uncadena
tomo de
hidrgeno.
alanina
(Ala, A), valina
(Val, V), (Ala,
leucina
valina
(Val,
V),
leucina
(Leu,
L)
e
isoleucina
(Ile,
I)
poseen
cadenas
(Leu, L) e isoleucina (Ile, I) poseen cadenas alifticas de diferentes longitudes.
alifticas de diferentes longitudes. La metionina (Met, M) presenta un
La metionina (Met, M) presenta un tomo de azufre en su cadena. La prolina
tomo de azufre en su cadena. La prolina (Pro, P), con una cadena cclica,
(Pro, P), con una cadena cclica, destaca por sus restricciones conformacionales.
destaca por sus restricciones conformacionales. La fenilalanina (Phe, F),
La fenilalanina (Phe, F), con su radical bencilo y el triptfano (Trp, W), con su
con su radical bencilo y el triptfano (Trp, W), con su cadena indlica, son
cadena
indlica,deson
aminocidos
de(Figura
cadena1.4).
aromtica (Figura 1.4).
aminocidos
cadena
aromtica

Figura 1.4. Frmulas y smbolos de los aminocidos con cadena lateral apolar.
Figura
1.4. Frmulas
y smbolos
de los
conpara
cadena
apolar. Se
Se recogen
las frmulas
y smbolos
de aminocidos
una y tres letras
los -lateral
L-aminocidos
de
recogen
frmulas
y smbolos
de una y tres letras para los -l-aminocidos de cadena
cadenalas
apolar
en su
forma neutra.
apolar en su forma neutra.

18

ECU

CAPTULO1.AMINOCIDOS19

ECU

CAPTULO1.AMINOCIDOS19

Aminocidos

1.2.2 Cadenas
Cadenaslaterales
lateralespolares
polaressin
sincarga
carga
1.2.2
1.2.2
Cadenas
laterales
polares
sin
carga
Eneste
estegrupo
grupotenemos
tenemosseis
seisaminocidos.
aminocidos.La
Laasparagina
asparagina
(Asn,N)N)y yla
En
(Asn,

la glutamina
(Gln,
Q) presentan
cadenas
laterales
amida.
La serina
(Ser,
glutamina
Q) presentan
cadenas
laterales
amida.
La serina
(Ser,
y la
En (Gln,
este grupo
tenemos
seis aminocidos.
La asparagina
(Asn,S)N)
y
S)
y
la
treonina
(Thr,T)
poseen
grupos
hidroxilo.
La
tirosina
(Tyr,
Y)
posee
treonina
(Thr,T)(Gln,
poseen
grupos hidroxilo.
Lalaterales
tirosina amida.
(Tyr, Y)La
posee
un anillo
la glutamina
Q) presentan
cadenas
serina
(Ser,
un anillo
fenlico
junto aaromticos
los gruposdearomticos
de es
la responsable
Phe y Trp es
fenlico
junto(Thr,T)
aque,
los grupos
la Phe
Trp,
de
S) y la que,
treonina
poseen grupos hidroxilo.
Laytirosina
(Tyr, Y) posee
responsable
de casi todaenlalaabsorbancia
enlalafluorescencia
regin UV y mostrada
la fluorescencia
casi
toda
la
absorbancia
regin
UV
y
por las
un anillo fenlico que, junto a los grupos aromticos de la Phe y Trp
es
mostrada por las protenas. La cistena (Cys, C) presenta un grupo tilico
protenas.
La cistena
(Cys,laC)absorbancia
presenta unen
grupo
tilicoUV
queylelapermite
formar
responsable
de casi toda
la regin
fluorescencia
que le permite formar puentes disulfuro con cadenas laterales de otras Cys
puentes
disulfuro
cadenasLa
laterales
de(Cys,
otras C)
Cyspresenta
(Figura 1.5).
mostrada
por lascon
protenas.
cistena
un grupo tilico
(Figura 1.5).
que le permite formar puentes disulfuro con cadenas laterales de otras Cys
(Figura 1.5).

Figura
de los
aminocidos
con cadena
polar polar
sin carga.
Figura1.5.
1.5.Frmulas
Frmulasy smbolos
y smbolos
de los
aminocidos
con cadena
sin
Se
recogen
las
frmulas
y
smbolos
de
una
y
tres
letras
para
los
l-aminocidos de
carga. Se recogen las frmulas y smbolos de una y tres letras para los -Lcadena
carga
enpolar
forma
neutra.
Figurapolar
1.5. sin
Frmulas
ysusmbolos
de
aminocidos
aminocidos
de
cadena
sin carga
en los
su forma
neutra. con cadena polar sin
carga. Se recogen las frmulas y smbolos de una y tres letras para los -Laminocidos de cadena polar sin carga en su forma neutra.

1.2.3 Cadenas laterales polares con carga

1.2.3
Cadenas
laterales polares
con carga
1.2.3
Cadenas
polares
carga
Este
ltimo grupo laterales
lo forman cinco
aminocidoscon
(Figura
1.6): dos
ltimo
lo forman
cinco
aminocidos
(Figura 1.6):
dos
cidos,Este
como
son grupo
el cido
asprtico
(Asp,
D) y el glutmico
(Glu,
E)cidos,
y tres
Este ltimo grupo lo forman cinco aminocidos (Figura 1.6): dos
como
sonlaellisina
cido (Lys,
asprtico
D) y (Arg,
el glutmico
(Glu, E) y(His,
tres H).
bsicos, la
bsicos,
K), la(Asp,
arginina
R) y la histidina
cidos, como son el cido asprtico (Asp, D) y el glutmico (Glu, E) y tres
lisina (Lys, K), la arginina (Arg, R) y la histidina (His, H).
bsicos, la lisina (Lys, K), la arginina (Arg, R) y la histidina (His, H).

Figura 1.6. Frmulas y smbolos de los aminocidos con cadena polar cargada.
Figura 1.6. Frmulas y smbolos de los aminocidos con cadena polar cargada.
Figura 1.6. Frmulas y smbolos de los aminocidos con cadena polar cargada.

19

Jerarqua
estructural de las protenas
20JERARQUAESTRUCTURALDELASPROTENAS

ECU

1.3
1.3nomenclatura
NOMENCLATURA

En las figuras 1.4, 1.5 y 1.6 se han indicado las abreviaturas de tres y
las figuras 1.4, 1.5
y 1.6
se aminocidos
han indicado que
las abreviaturas
deen
tres
una letraEn
correspondientes
a los
veinte
se encuentran
lasy
una
letra
correspondientes
a
los
veinte
aminocidos
que
se
encuentran
en
protenas naturales. Es importante memorizarlos, pues en todos los tratados
las protenas naturales. Es importante memorizarlos, pues en todos los
o publicaciones de bioqumica se recoger una u otra forma de referirse a los
tratados o publicaciones de bioqumica se recoger una u otra forma de
distintos residuos. El cdigo de una letra se usa ms a menudo para comparar
referirse a los distintos residuos. El cdigo de una letra se usa ms a
secuencias de aminocidos de diferentes protenas.
menudo para comparar secuencias de aminocidos de diferentes protenas.
EsMencionar,
necesario asimismo,
mencionar,que
asimismo,
muchas
veceslos
aparecern
muchas que
veces
aparecern
smbolos
Asx,
que
hacen
referencia
tanto
a
Glu
o
Gln
en
el primer
los
smbolos
Glx
y
Glx y Asx, que hacen referencia tanto a Glu o Gln en el primer caso,
como
caso,
en el segundo.
a la propia
experiencia
Asp como
o AsnAsp
en oelAsn
segundo.
Esto se Esto
debesea debe
la propia
experiencia
en el
enlaboratorio,
el laboratorio,
como
indicaremos
en captulo
el captulo
siguiente,
durante
puespues
como
indicaremos
en el
siguiente,
durante
el
elproceso
procesode
dehidrlisis
hidrlisisde
de protenas
protenas lala Asn
Asn yy la
la Gln
Gln se
se oxidan
oxidan aa Asp
Asp yy Glu,
Glu,
respectivamente;
respectivamente;por
porloloque
queaapriori
priorino
nopodemos
podemos saber
saber si
si un
un residuo
residuo de
de Asp
Asp
detectado
Asn.
detectadoera
erarealmente
realmenteAsp
Aspo oproviene
provienededeuna
una
Asn.
En
En los
los polipptidos,
polipptidos, los
los nombres
nombres de
de los
los residuos
residuos se
se nombran
reemplazando
reemplazandoelelsufijo
sufijo-ina
-inade
desu
sunombre
nombrepor
por -il.
-il. Las
Las cadenas
cadenas se
se describen
empezando
aa
la la
izquierda
y
empezandopor
porelelextremo
extremoamino,
amino,o oN-terminal,
N-terminal,que
quequedar
quedar
izquierda
se sigue
el orden
al extremo
carboxilo,
o C-terminal.
Este
sey sigue
el orden
hastahasta
llegarllegar
al extremo
carboxilo,
o C-terminal.
Este ltimo
ltimo se
residuo
se nombra
su aminocido
de(Figura
origen 1.7).
(Figura 1.7).
residuo
nombra
como sucomo
aminocido
de origen

Figura 1.7. Ejemplo de un tripptido. Se representa el tripptido alanil-fenilalanilFigura

deseun
tripptido.
Se representa
el tripptido
glicina.1.7.
En Ejemplo
abreviatura
escribira
Ala-Phe-Gly
si se utilizan
las tres alanil-fenilalanilletras, o AFG si
glicina.
En abreviatura
se escribira
Ala-Phe-Gly
si se utilizan las tres letras, o AFG si se
se emplean
los smbolos
de una sola
letra.
emplean los smbolos de una sola letra.

1.4 ACTIVIDAD PTICA

Como ya hemos dicho,
todos los aminocidos, con excepcin de la
1.4 actividad
ptica

Gly, presentan actividad ptica; es decir, que desvan el plano de la luz

Comoen
yauna
hemos
dicho, todos
los aminocidos, con excepcin de la Gly,
polarizada
determinada
direccin.
presentan actividad ptica; es decir, que desvan el plano de la luz polarizada
en una determinada direccin.
20