Kevin de Jess Serrano Ramrez [de.serrao@uabc.edu.

mx]
Tarea 4
Bioinformtica
1-Realice una bsqueda blastp en ncbi utilizando la siguiente columna de slo 12 minocidos:
PNLHGLFGRKTG. Por defecto, los parmetros se ajustan para las consultas cortas. Revise
el resumen de bsqueda de la salida.
Cul es el valor de corte E?
El valor de E es de 200,000.
Cul es el tamao de la palabra (Word)?
El tamao es de 2
Cul es la matriz de puntuacin?
La matriz es la PAM30.
Informacin obtenida del apartado searh summary de blastp.

Tabla 1. Obtenida de la bsqueda en Blastp a la secuencia de aminocidos propuesta

2- Las bsquedas de protenas suelen ser ms informativos que bsquedas de ADN. Haga una
Bsqueda blastp usando RBP4 (NP_006735), restringiendo la salida a Artrpodos (insectos). A
continuacin, hacer una bsqueda blastn utilizando la secuencia de nucletidos RBP4
(NM_006744); seleccionar slo los nucletidos correspondientes a la regin del ADN
codificante).
Cul es la bsqueda ms informativa?
Al realizar la comparacin se observ que al realizar las bsquedas de RBP4(NP_006735) la que
nos presenta mayor informacin es blastp.
Cuntas bases de datos coinciden con un valor de E inferior a 1?0 en cada bsqueda?

NP_006735: Valor de 1e-09 a 3e-3

NM_006744: Valor de 0

3- "The Iceman" es un hombre que vivi hace 5,300 aos y cuyo cuerpo fue recuperado de los
Alpes italianos en 1991. Parte del material fngico se recuper de su ropa y se secuenci. A
qu especies modernas se les puede relacionar con el ADN fngico (fungal) encontrado?
Segn la consulta se encontr que las secuencias de ADN fngico que se parecen al de las especies
modernas encontradas en las ropas del iceman son:

Mrakia Frigida
Psychrophilia Mrakia
Cryptococcus aquaticus

Cada uno con 114/117 nucleotidos de identidad y esperan un valor de e-51.

Bibliografia
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
https://www.clubensayos.com/Ciencia/BLAST/2007976.html