Una especie nativa, tambin llamada autctona o indgena, se define
como una especie que vive en una determinada zona de forma natural, es decir, que su presencia en esa zona no se debe a la intervencin humana, ya sea directa o indirecta. Esta definicin no excluye especies que se encuentren en diferentes regiones, incluso separadas entre s, siempre que se hayan establecido en esa regin de forma natural. Con el paso del tiempo, las especies nativas que comparten un ecosistema evolucionan hasta estar perfectamente adaptadas entre s y con el medio. Incluso se desarrollan subespecies adaptadas a pequeas variaciones en hbitats similares que, en ocasiones, siguen evolucionando hasta originar nuevas especies. Especies nativas en Colombia Entre los mamferos que slo viven en Colombia, hay muchos tipos de murcilagos, por ejemplo, el murcilago colombiano de cola corta, musaraas, como la musaraa de Medelln de orejas pequeas, las ardillas, al igual que la ardilla enana de Santander, y los ratones, como el Handleyomys fuscatus. Colombia tambin tiene un alto nmero de ardillas terrestres nativas, por ejemplo, la taltuza de Choc, el puerco espn, como el enano peludo marrn y ratas como la rata espinosa minca. Las selvas colombianas tambin estn densamente pobladas por monos. Entre estas especies de monos estn el colombiano titi de manos negras y el mono nocturno Hershkovitz, tambin conocido como el mono del vientre gris.
El reino de las aves tambin tiene un gran nmero de representantes en Colombia.
Segn Tesoros Nacionales Vivientes, el descubrimiento de aves ms reciente en Colombia ocurri en el 2007, cuando fue confirmada la existencia del gorrin Monts Paisa. Aparte de eso, Colombia es el hogar de muchos loros, como el loro coroniazul, y los pericos ms pequeos, como el periquito de Santa Marta. En Colombia se originan un nmero de colibres, como el colibr de vientre de zafiro. Las tangaras, los pinzones y las currucas tambin son especies colombianas.
Debido a la agricultura y a la industria, una gran cantidad de rboles nativos
colombianos estn en peligro de extincin. Algunas de las especies de rboles que crecen en toda Colombia son la castaa de Brasil, el caimarn, platonia y la nuez mantequilla. Hay un nmero de rboles que producen frutos comestibles que crecen tambin en los bosques colombianos. Las frutas ms comunes en Colombia incluyen, pero no se limitan a, las castaas de caj, maracuy y a la grosella.
Colombia es el pas con el mayor nmero de orqudeas en el mundo. Ms de un
centenar de ejemplares diferentes de orqudeas crecen en forma silvestre, la mayora de ellas escondidas en lo profundo de la selva. Incluso la flor nacional del pas es una especie de orqudea llamada Cattleya trianae, tambin conocida como la orqudea de Navidad. Fue nombrada como la flor oficial, debido al color de sus ptalos, que son los mismos que los de la bandera de Colombia.