Grfico de Ramachandran.

Configuracin de aminocidos en
Las protenas
Introduccin
Las estructuras secundarias que los polipptidos pueden adoptar en las
protenas se rigen por interacciones de enlaces de hidrgeno entre los tomos
de oxgeno carbonilo y electronegativos los electropositivos tomos de
hidrgeno de amida en la cadena principal de la molcula. Estas interacciones
de enlaces de hidrgeno pueden formar la estructura que estabiliza la
secundaria estructura. Muchas estructuras secundarias con las redes de
enlaces de hidrgeno razonable podraSe propondrn pero vemos slo unas
pocas posibilidades de polipptidos compuestos por L-amino cidos (protenas).
La mayora de las posibles estructuras secundarias no son posibles debido a los
lmites de la configuracin de la columna vertebral de cada residuo de
aminocido. La comprensin de estos limitaciones ayudarn a entender las
estructuras secundarias de protenas.
La mayora de los libros de texto de bioqumica mencionan brevemente este
importante tema, pero he encontrado que muchos estudiantes necesitan ms
ejemplos que se proporcionan en el libro de texto para un buen comprensin
de este tema. El propsito de este tutorial es proporcionar ejemplos adicionales
de las limitaciones estructurales y una descripcin detallada de las regiones en
el conjunto de posibles configuraciones de aminocidos que estn permitidos y
no permitidos. Este conjunto de valores es a menudo representado
grficamente como un diagrama de Ramachandran. Los temas de este tutorial
se tratan en el libro de texto: Stryer, captulo 3 (3.1, 3.2, 3.3); Bruice, captulo
21 (21.1, 21.7, 21.13). saber que manejaba
Este tutorial asume lo siguiente ...
1. Que a entender los grupos de funciones correspondientes a los aminocidos:
carboxlico cidos, aminas, alcoholes, tioles, los heterociclos de nitrgeno
(imidazol, indol), grupos guanidina y amidas. Es especialmente importante
estar familiarizado con amidas. (Stryer, 3,2; Bruice, 21.7). Ver la Revista de
Qumica Orgnica para obtener ms sobre el tema.
2. Que est familiarizado con las estructuras de los aminocidos y las
protenas. Es especialmente importante que est familiarizado con el primario
y el secundario estructuras de las protenas. (Stryer, captulo 3.1 a 3.3; Bruice,
captulo 21.1, 21.2, 21.12, 21.13).
3. Que est familiarizado con la representacin convencional de estructuras
moleculares de los aminocidos y pptidos. Esto incluye estructuras de Kekul
perspectiva y proyecciones de Fischer para representar las estructuras en 3
dimensiones de las molculas. (Stryer, pginas 16 a 17; Bruice, captulo 2; ver
el Tutorial de proyeccin de Fischer y la Qumica Orgnica de la opinin).
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Enlaces amida en pptidos

A continuacin se muestra una representacin grfica tpica de una cadena de
polipptido en una protena. El R grupos son las cadenas laterales de los
aminocidos. Los enlaces amida son los vnculos entre los aminocidos
individuales. Usted debe ser capaz de reconocer las uniones amida en una
pptido.
Figura 1. Representacin perspectiva Kekul de un polipptido.

Por lo general se trazo la molcula anterior es una manera grfica ms simple

al no escribir los tomos de hidrgeno en las alfa-carbonos. Todava est all y
siempre se debe recordar que debe existir.
Figura 2. Representacin Perspectiva Kekul con tomos de hidrgeno
implcitos.

Hay muchos enlaces en el esqueleto de amida de este pptido, y muchos,

muchos ms en una protena. Con todos esos grados de libertad (cada bono
que puede girar un cierto grado de la libertad) nos esperara una casi infinita
variedad de estructuras secundarias en las protenas. Todava vemos slo 2
clases principales de la estructura secundaria definida: la -hlice y la -hoja.
Que pasa con eso?
Lmites a la rotacin en Amidas
No tener tantos grados de libertad ya que tenemos bonos. Un tipo de enlace en
el columna vertebral no gira libremente. Los enlaces amida se llevan a cabo en
una orientacin plana debido a la solapamiento orbital entre las pi orbitales
del SP2 hibrid tomos del grupo carbonilo y el -orbital de la hibridacin sp2
grupo amina (Stryer, captulo 3.2.2). Esta sistema -orbital distribuido resiste la
rotacin, ya que el solapamiento orbital tendra que ser roto. La naturaleza
distribuida del sistema tambin hace que el enlace amida resistente a
hidrlisis.
El grupo amida se prefiere tener todos los tomos conectados a l en el mismo
plano que la enlace amida (sin rotacin). Esto puede resultar en un '' cis o la
configuracin trans '. Debido a estrico y las razones de la configuracin
electrnica 'trans' es la forma predominante de la amida enlace.
La Figura 3 muestra las dos configuraciones planas posibles. Tenga en cuenta
el choque estrico entre los grupos de cadena lateral en la forma 'cis'.

Por lo que podemos ver una cadena de polipptido como una serie de
estructuras planas conectadas por giratoria articulaciones en las alfa-carbonos
de cada residuo de aminocido. Los dos tomos de cada enlace amida y los
cuatro tomos conectados a ellos son coplanares para cada enlace amida
individual. Alguna dos grupos amida planas comparten un tomo comn - el carbono de un residuo de aminocido.

Estas juntas de rtula tienen dos conexiones que pueden girar libremente. Al
igual que en una junta universal el tren de transmisin de un automvil, estos
dos (cilndricos) rotaciones circulares puede permitir una plena esfrica rango
de movimiento. Vamos a considerar cada uno de estos dos enlaces que giran
por separado.
Los ngulos Ramachandran
Cada residuo tendr dos enlaces que pueden girar libremente. Estos dos
ngulos definen el conformacin de que los residuos en una protena y son
llamados los ngulos Ramachandran, (psi) y (phi). El (psi) ngulo El
enlace de la -carbono del grupo carbonilo (en el extremo C-terminal) del cido
amino residuo puede girar y girar todo el plano del grupo amida, que incluye la
de carbono de carbonilo, en un rango de 360 grados. Este ngulo se mide por
el tiempo que busca enlace con el carbono del grupo carbonilo en la parte
trasera y la -carbono en la parte delantera. Nosotros medir el ngulo aparente
entre los dos enlaces de nitrgeno que se puede ver que viene fuera del eje de
la C (= O C) enlace C?. Este ngulo est etiquetado (psi) y se mide desde
-180 a + 180 con la direccin positiva es cuando se enciende la parte
posterior hacia la derecha grupo de modo que el enlace nitrgeno trasera es a
la derecha del enlace nitrgeno frontal (o cuando se enciende el grupo
delantero en sentido antihorario de modo que el enlace nitrgeno trasera es
hacia la derecha de la parte delantera.) 990781029

El (phi) ngulo
El enlace del nitrgeno (en el extremo N-terminal) a la -carbono del residuo
de aminocido puede girar y girar todo el plano del otro grupo amida, que
incluye la nitrgeno, en un rango de 360 grados. Este ngulo se mide
observando a lo largo de ese vnculo con el tomo de nitrgeno en el frente y
la -carbono en la parte trasera. Medimos el ngulo aparente entre los dos
enlaces a los tomos de carbono de carbonilo que se puede ver que sale del
eje de el enlace N? C. Este ngulo est etiquetado (phi) y se mide desde
-180 a + 180 con siendo la direccin positiva cuando se enciende la parte
posterior hacia la derecha grupo de modo que la parte posterior del frente.)
enlace carbonlico es hacia la derecha del enlace carbonilo frontal (o cuando se
enciende el grupo delantero la izquierda de modo que el enlace carbonilo
trasera es hacia la derecha de la parte delantera.)

Podemos variar de -180 a 180 y podemos variar desde -180 a 180

(es decir 360 de rotacin para cada uno). Sin embargo, muchas
combinaciones de estos ngulos casi nunca se ven y se otros son muy, muy
comn en las protenas.
Si se dibuja los valores de frente a los valores de para una protena
globular ejemplo. Lo haremos obtener un conjunto de datos de las posiciones
de cada tomo en el espacio. Podemos obtener estos datos de una varios de
los depositarios de datos estructurales de protenas. Vamos a utilizar la
cristalografa de rayos X de datos, ya que es el ms preciso. (Aunque puede
que no sea completamente exacta, como crystalpacking fuerzas generalmente
distorsionan ligeramente protenas. datos de RMN para protenas en solucin
no son muy preciso pero se consideran para ser ms exactos ya que la protena
est en su nativa ambiente.)
Podemos tomar estos datos y detectar los residuos de aminocidos (esto se
suele hacer por nosotros como el
La cristalografa de rayos X formato de datos "PDB" etiquetas de todos los
tomos y las asigna a los residuos). A continuacin, utilizamos un ordenador
para calcular los ngulos diedros que definen y . Una universidad curso de
lgebra lineal le mostrar muchas maneras fciles de hacer esto, pero estamos

bioqumicos as que simplemente comprar un programa de software en lugar

de escribir uno.
Por lo que un programa de ordenador puede tener un archivo "PDB" y reportar
el de ngulos phi y para cada y cada residuo. Permite trazar estos valores
para la hexoquinasa protenas de la levadura. Una parcela de vs. se llama
un grfico de Ramachandran.

Observar el grfico de Ramachandran en la figura 7. Hay grandes reas donde

no hay es ejemplos de ciertas combinaciones de y . Por qu esto es tan?

Lmites estricas de y Los tomos ocupan espacio y no pueden ocupar el

mismo espacio al mismo tiempo. Covalente bonos y los conectan estos bonos
no pueden ser rotos. Por lo que los movimientos que somos preocupados por
implican solamente rotaciones. Y nosotros hemos visto anteriormente que slo
hay dos ngulos que giran en un determinado residuo, y . Pero no todas las
combinaciones son posibles debido a choques fsicos de tomos en el espacio
3-dimensional. Estos choques fsicos son llamada interacciones estricas y el
lmite de los valores disponibles para y .

Caso 1.
Dejemos de a cero y variar . La Figura 12 muestra algunos ejemplos de
ngulos Psi con
? =? 0 . Observe que cuando es cerca de 0 tenemos muy graves
enfrentamientos estricos entre la N-H grupo del resto de aminocido unido al
extremo C-terminal del residuo de aminocido en pregunta (su posicin en el
espacio est controlado por ) y el grupo carbonilo unido a la N-terminal (su
posicin en el espacio est controlado por ). Este choque se marca un choque
O1-H2 (Para la columna vertebral S en un residuo de chocar con la columna
vertebral amida H en la siguiente residuo debido a la y ngulos phi).
Observe que cuando es cerca de 180 tenemos muy graves enfrentamientos
estricos entre el de oxgeno del grupo carbonilo en el C-terminal del residuo y
el grupo carbonilo unido al extremo N-terminal. Este choque se marca un
choque O1-O2 (para la columna vertebral S en un residuo de chocar con la
columna vertebral S en la siguiente residuo debido a la y ngulos phi).
Observe que para cualquier valor de tendremos enfrentamientos estricos
significativas con el carbono tomo del grupo carbonilo en el C-terminal y el
grupo carbonilo unido a la Nterminus.
Este choque se marca un choque O1-C2 (para la columna vertebral S en un
residuo chocando con la columna vertebral C del grupo carbonilo en el prximo
residuo debido a la y anglos).
Figura 12. Un residuo de aminocido con varios ngulos con varphi = 0 . De
izquierda a
derecha: O1-H2 choque; choque O1-O2; choque O1-C2.

Sin embargo, podemos ajustar el ngulo para evitar estos enfrentamientos

estricos. Si eliminamos el oxgeno y la amina del grupo amida, que tendr
slo un grupo metilo fue. No habr posibilidad de un choque O1-H2 o un
choque O1-O2. Ahora podemos explorar la gama de ms de lo que el choque
O1-C2 est presente. Podemos ver en la figura 13 que el habr una O1-C2
entrar en conflicto cuando = 0 , pero no cuando = 180 . en figura14
podemos ver el rango aproximado sobre la que el choque O1-C2 es
significativo.

Debido al tamao del tomo de carbono, que es ms grande que en la foto con
respecto al enlace longitudes (Van der Waal, ver Stryer, pginas 16 y 17;

Bruice, 2.12, 2.13), tenemos un choque O1-C2 entre aproximadamente = -45

y 45 . Apliquemos esta prohibido estricamente regin en nuestro grfico de
Ramachandran de la figura 9. El resultado es la figura 15.
Para el choque O1-H2 y el choque O1-O2 habr regiones de la parcela donde
una combinacin de valores Psi y phi dar lugar a colisiones estricos. Como se
ve en la figura 16, el O1- regin de choque H2 incluye = 0 y = 0 y la
regin de choque O1-O2 incluye = 180 y = 0 . La Figura 12 muestra las
estructuras que corresponden a estos puntos.

As que hemos explorado la regin a lo largo de los ejes = 0 phi y hemos

determinado estricamente regiones prohibidas asociados con ese eje. Ahora
vamos a explorar los ejes = 0 y variar Psi el valor de para encontrar
regiones prohibidas.
Caso 2.
Dejemos de a cero y variar . La Figura 17 muestra algunos ejemplos de
ngulos phi con ? =? 0 . Observamos que cuando es cerca de 0 tenemos
exactamente el mismo choque O1-H2 observado en el caso 1. El y Psi son
ambos 0 ngulos , los mismos que en el ejemplo en el caso1. Observe que
cuando es cerca de 180 tenemos muy graves enfrentamientos estricos
entre el hidrgeno en el nitrgeno de la amida del extremo C-terminal del
residuo y el hidrgeno en el nitrgeno de la amida en el extremo N-terminal del
residuo. Este choque se marca un choque H1-H2 (Para la columna vertebral H
en un resto de chocar con la columna vertebral H en el siguiente residuo
debido a la y ngulos phi). Observe que para cualquier valor de tendremos
enfrentamientos estricos significativas con el hidrgeno en el tomo de
nitrgeno del grupo amida en el C-terminal y el nitrgeno unido a el N-terminal.
Este choque se marca un choque N1-H2 (para la columna vertebral en un
residuo de N chocando con la columna vertebral H del grupo amida en el
prximo residuo debido a la y anglos).

Sin embargo, podemos ajustar el ngulo para evitar estos enfrentamientos

estricos. Si eliminamos el carbonilo grupo del grupo amida, que tendr slo
una izquierda amina. No habr ninguna posibilidad de un choque O1-H2 o un
choque H1-H2. Ahora podemos explorar la gama de sobre las que el N1-H2
choque est presente. Podemos ver en la figura 17 que la habr un choque N1H2 cuando = 0 pero no cuando = 180 . En la figura 19 podemos ver el
rango aproximado sobre las que la 01-C2 choque es significativa.

El tomo de hidrgeno es ms pequeo que un tomo de carbono por lo que

hay menos impedimento estrico involucrado. Tenemos un choque N1-H2
entre aproximadamente = -20 y 20 . Apliquemos esto estricamente
prohibido regin en nuestro grfico de Ramachandran de la figura 20.

Para el H1-H2 choque habr regiones de la parcela donde una combinacin de

y valores darn lugar a colisiones estricos. Como se ve en la figura 17 y
18, la regin de choque H1-H2 incluye = 0 y = 180 . La regin de choque
O1-O2 incluye = 180 y = 0 (idntico al caso 1, ver figura 16).

Pptido columna vertebral interacciones-Backbone

As hemos determinado las regiones de la parcela Ramachandran, donde los
valores de la y los ngulos phi dan lugar a enfrentamientos estricos. Si
combinamos las regiones prohibidas de las cifras 12, 13, 17 y 18 veremos la
regin del grfico que est prohibido debido a las interacciones entre tomos
en la cadena principal peptdica.

La figura 22 muestra las regiones prohibidas para combinaciones de y

ngulos phi para backbonebackbone enfrentamientos estricos. Si hubiramos
un polipptido compuesto en su totalidad de los residuos de glicina
esperaramos que esta descripcin de las restricciones conformacionales para
definir las regiones donde se podra observar puntos de datos en el terreno. Sin
embargo, se observa que de la derecha; lado y el tercio inferior del grfico de
Ramachandran de la hexoquinasa (figura 9 y 19) no contienen muchos
ejemplos de Psi y ngulo combinaciones de estas regiones.
Que pasa con eso?
La glicina es el nico aminocido aquiral (no quiral). No hay un grupo de
cadena lateral. Ya que glicina es simtrica, se esperara observar un conjunto
simtrico de las limitaciones estricas en un grfico de Ramachandran.
Examinar la trama en la figura 22. Son las regiones prohibidas
simtrico?
Cada otro aminocido no es simtrica. Hay un grupo de cadena lateral en la carbono. Este grupo de cadena lateral tiene el potencial de entrar en conflicto
con el tomo de hidrgeno en la amida grupo en el C-terminal de un residuo (RH2 choque) o el oxgeno del grupo amida de la N-terminal de un residuo (O1-R
choque).

Caso 3.
Vamos a variamos y determinar los valores que dan como resultado un
choque estrico R-H2. R es el lado cadena y H2 es el hidrgeno en el grupo
amida de la C-terminal. La figura 23 muestra algunos ejemplos de ngulos Psi
utilizando el compuesto modelo de las figuras 15 y 16.

El grupo R puede ser voluminosos o muy voluminosos dependiendo del

aminocido. Para un promedio que consideran que excluye un arco de 90
debido a las interacciones estricas con el hidrgeno amida. Observamos en la
figura 23 que los ngulos que resultan en Psi significativa choque estrico R-H2
interacciones son el intervalo de aproximadamente = -65 a Psi = -175 .

Caso 4.
Vamos a variamos y determinar los valores que dan como resultado un
choque estrico O1-R. R es la cadena lateral y O1 es el oxgeno en el grupo
amida de la N-terminal. La figura 25 muestra algunos ejemplos de ngulos phi
utilizando el compuesto modelo de las figuras 10 y 11.
Como en el caso 3, el grupo R puede ser voluminosos o muy voluminosos
dependiendo del aminocido. Por un promedio consideramos que excluye un
arco de 90 debido a las interacciones estricas con la oxgeno amida.
Observamos en la figura 25 que los ngulos phi que se traducen en
importantes O1-R interacciones estricas choque estn en el intervalo de
aproximadamente = 65 a phi = 175 .

Las interacciones de cadena lateral pptido-Backbone

Combinemos las regiones prohibidas para las interacciones de cadena lateralespina dorsal (enfrentamientos R-H2 y O1-R choca) en una sola parcela. El
resultado se muestra en la figura 27. La regin sombreada es el conjunto de Psi
y ngulo combinaciones que dan lugar a enfrentamientos estricos. Esta
regin no es simtrica con respecto a los ejes de la trama. La trama no es
simtrica, puesto que el residuo de aminocido quiral no es simtrica.
Se imaginan lo que las regiones prohibidas choque O1-R y R-H2 se vera como
para una polipptido compuesto de cidos amino-R?

Las regiones permitidas en un grfico de Ramachandran

Ahora vamos a combinar todas las regiones en un grfico de Ramachandran
donde el conjunto de y combinaciones de ngulos resultan en
enfrentamientos estricos. Los resultados se muestran en la figura 28.
Por qu hay puntos de datos en las regiones prohibidas? Estas regiones
representan de alta energa combinaciones de y ngulo, pero eso no quiere
decir que las energas son imposiblemente alto. torceduras leves en el enlace
amida plana puede recorrer un largo camino para ayudar a reducir estrico
enfrentamientos de cierta prohibido y combinaciones ngulo F. intraresidue
muy favorable interacciones pueden tirar de la conformacin de un residuo en
un territorio de alta energa si el energa combinada est en un mnimo.
Algunas cadenas laterales de aminocidos son menos voluminosos y ms
indulgente. La mayora de la de Psi y ngulo combinaciones observadas
estar en el permitido a las regiones, pero algunos puntos de datos aparecern
en las regiones prohibidas en virtud especial las condiciones locales de una
cadena polipeptdica.

conformacionalmente restringido debido a la parte que se anillo de la cadena

principal. En general la prctica, los datos residuo de prolina no se representa
en las parcelas de Ramachandran.
As que vamos a examinar las regiones permitidas en la parcela Ramachandran
de hexoquinasa de levadura. Las estructuras de -hoja cuentan Psi y ngulo
combinaciones que aparecen en la parte superior izquierda esquina de las
regiones de -hlice trama y han Psi y combinaciones ngulo F que aparecen
en las el cuadrante inferior izquierdo, como se muestra en la figura 29.

Podemos ver en la figura 29 que hexoquinasa tiene dos -hlices y regiones hoja. Por qu son las estructuras secundarias ms comunes observados en las
protenas y las hojas beta-hlices alfa?
Debido a que esas estructuras han Psi y combinaciones ngulo F que evitan
estrico grave choques entre los tomos de los grupos de cadena principal y la
cadena lateral amida.
Conclusin
La comprensin de las limitaciones estricas en residuos de aminocidos
individuales revela cmo estos limitaciones resultan en los tipos observados de
estructuras secundarias que se encuentran en la naturaleza. Los plegamiento
de las protenas complejas es controlada, en gran parte, por las limitaciones en
el y ngulos disponibles para cada residuo de aminocido.
Si uno inspecciona el Psi y phi combinaciones de ngulos que existen en
estructuras secundarias idealizadas podemos colocar los sitios en un grfico de
Ramachandran donde esperaramos ver datos relacionados a estas estructuras.
En una protena verdadera esperaramos que los puntos de datos a partir de
estos definido estructuras secundarias que aparezcan cerca de la ubicacin
ideal

En la figura 50 vemos las combinaciones Psi y ngulo ubicado para el

siguiente secundaria estructuras: A, -hoja antiparalela; P, -hoja en paralelo;
T, de la derecha paralelo retorcido y -hojas antiparalelas (el tipo ms comn,
ver Stryer, pginas 59, 60); , el diestros a-hlice; L, la -hlice con la mano
izquierda (muy raro); C, colgeno de triple hlice. Compararel grfico de
Ramachandran que hemos creado con los de Stryer, captulo 3.3.
Una observacin de la diversin es reconocer que una -hlice a derechas de
poliglicina y un zurdo -hlice de poliglicina son imgenes especulares entre s.
Ellos serian enantimeros y sean idnticas en energa. Vemos en la figura 50
que tanto se admiten.
Mira de cerca la figura 50, cul es la relacin entre las posiciones alfa y la L
ubicacin en el diagrama? Qu operacin de simetra sera intercambiar los
dos? Los respuesta es que son simtricos alrededor de un centro de inversin

en el origen. Un -hlice a derechas y una -hlice con la mano izquierda en

una protena natural no son espejo imgenes de la otra. Ellos no son
enantimeros y no son idnticos en energa. Los diestro -hlice es mucho ms
estable y es mucho ms comn en las protenas. Por que es esto es as? Tenga
en cuenta las diferencias entre los residuos de glicina y de los otros
aminocidos en tu respuesta.
Problemas y ejercicios
1. Qu es una reaccin de condensacin? D un ejemplo usando dos
aminocidos. Dar un ejemplo de la reaccin que es el reverso neto de una
reaccin de condensacin. Qu tipo de reaccin es?
2. Por qu es la rotacin del enlace amida entre dos residuos de aminocidos
restringido? 3. Por qu es el patrn de las regiones prohibidas en un grfico
de Ramachandran para una poliglicina protena simtrica? Por qu es el
patrn de las regiones prohibidas en un Ramachandran Grfico de un
asimtrico protena de origen natural?
4. Por qu es la variedad de estructuras secundarias en una protena limita?
5. Un -hlice a derechas y una -hlice con la mano izquierda en una protena
natural no son imgenes especulares entre s. Ellos no son enantimeros y no
son idnticos en energa. Por qu no son enantimeros? La -hlice a derechas
es mucho ms estable y es mucho ms comn en las protenas. Por qu esto
es tan?