Fundamentals of

Biochemistry
Third Edition
Donald Voet Judith G. Voet Charlotte W. Pratt

Captulo 6: Protenas Estructura 3D

Prof. Rosa V. Flores
Universidad de Puerto Rico, Recinto de Ro Piedras

Cap 6

Bosquejo de Temas

I. Estructura 2 de las Protenas

A. Grupo Peptdico Plano y Rgido
B. Hlice a, Hoja b Plegada, Vueltas
C. Protenas Fibrosas y Globulares
II. Estructura 3 de las Protenas
A. Cristalografa de Rayos X y NMR Cap 6: Protenas Estructura 3D
B. Localizacin de las Cadenas Laterales
C. Combinaciones de Estructura 2
III. Estructura 4 de las Protenas

(ocurre cuando hay subunidades)

IV. Estabilidad de las Protenas

A. Fuerzas Envueltas
B. Desnaturalizacin, Renaturalizacin

Estructura de las Protenas:

Niveles de Organizacin
Estructura Primaria (1):
Captulo 5
La secuencia de aminocidos en la cadena polipptida o en
las cadenas polipptidas si hay ms de una.
Captulo 6 Estructura Secundaria (2):
El arreglo espacial local del espinazo del polipptido sin
tomar en cuenta las conformaciones de los Grupos R.
Estructura Terciaria (3):
El arreglo tridimensional del polipptido completo,
incluyendo sus cadenas laterales (i.e., Grupos R).

Estructura Cuaternaria (4):

El arreglo espacial de las diversas cadenas polipptidas
(i.e., subunidades) que componen la protena.

Niveles de Organizacin en las Protenas

Primary structure (amino acid sequence in a polypeptide chain)

Figure 6-1 part 1

Niveles de Organizacin en las Protenas

Figure 6-1 part 2

Niveles de Organizacin en las Protenas

Figure 6-1 part 3

Niveles de Organizacin en las Protenas

Figure 6-1 part 4

Grupo Peptdico en las Protenas

Estudios de estructura de Rayos X de
aminocidos y dipptidos indican que
el Grupo Peptdico es plano y rgido.

..

Exhibe
resonancia.

Enlace peptdico exhibe ~40% de

carcter de enlace doble.
El enlace CN (1.33 ) es ms corto
que el enlace NCa (1.46 ).
El enlace C=O (1.24 ) es 0.02 ms
largo que el enlace C=O de cetona.
Conformacin ms estable para el
grupo peptdico es trans, que
minimiza efecto estrico de cadenas
laterales en residuos adyacentes (10%
de los residuos de Prolina son cis).

Trans
Ca en lados
opuestos

Espinazo de la Cadena Polipeptida

El espinazo o la cadena principal de una protena se
refiere a los tomos envueltos en los enlaces peptdicos,
ignorando las cadenas laterales de los aminocidos.
Figure 6-3

F
El espinazo puede dibujarse como una secuencia de
grupos peptdicos planos (cuadros mostrados arriba).
La conformacin de la cadena principal de la protena puede
describirse con dos ngulos dihedrales F y Y (de rotacin o
de torsin) a cada lado del carbono a de cada residuo.

ngulos Dihedrales (Y, F) que Describen

Conformacin del Polipptido
YyF
Y:
Alrededor del

F:
Alrededor del

CaN

Figure 6-4

CaC

son 180
en la
conformacin
extendida del
polipptido, y
aumentan
hacia la
derecha
(clockwise)
cuando se
visualiza
desde el Ca.

Restricciones en las Combinaciones

Posibles para los ngulos Dihedrales (Y, F)
Consideraciones estricas limitan las combinaciones
posibles para los ngulos dihedrales (Y, F).
Las
conformaciones
de polipptidos
ms largos
producen
choques entre
residuos ms
alejados unos
de otros.

O
C
Ca
N

R
Figure 6-5

Choque
entre estos
tomos

Hay ngulos
en donde los
grupos estn
a menor
distancia
van der Waals,
por lo tanto,
chocan.

Animaciones de los
ngulos Dihedrales (Y, F)

Rotacin del polipptido alrededor del ngulo dihedral Phi (F):

http://employees.csbsju.edu/hjakubowski/classes/ch331/protstructure/pp180to0.gif

Rotacin del polipptido alrededor del ngulo dihedral Psi (Y):

http://employees.csbsju.edu/hjakubowski/classes/ch331/protstructure/pp0to180.gif

Pgina electrnica de Estructura de Protena del Dr. Jakubowski

http://employees.csbsju.edu/hjakubowski/classes/ch331/protstructure/olun
derstandconfo.html

Diagrama Ramachandran Indica

Combinaciones Y y F Permitidas en
Polipptidos
Para
todos los
residuos
excepto
Glicina y
Prolina.

Regiones
permitidas se
ven en azul.
Regiones con
ms choques se
ven en verde.

Estructuras 2
observadas
se ven en
anaranjado.

Figure 6-6

Glicina
(residuo menos
restringido) tiene
ms regiones
permitidas.
Prolina
(residuo ms
restringido) tiene
menos regiones
permitidas.

Diagrama Ramachandran
para Caso General, Glicina y Prolina

Prolina
Glicina

Caso General

Diagrama Ramachandran Indica

Combinaciones Y y F Permitidas en
Polipptidos
Regiones
permitidas se
ven en azul.
Regiones con
ms choques se
ven en verde.

Estructuras 2
observadas
se ven en
anaranjado.

Figure 6-6

Parmetros de Hlices en Protenas

Secondary
Structure

Residues per
turn n

Rise per residue Radius of helix

d ()
r ()

-helix
3.10 helix

+3.6
+3.0

1.5
2.0

2.3
1.9

left handed -helix

-3.6

1.5

2.3

-helix

+4.3

1.1

2.8

collagen helix

-3.3

2.9

1.6

Note that plus sign indicates a right-handed helix and negative sign a
left-handed helix. Values rounded to two significant figures

https://biomedapps.curtin.edu.au/biochem/tutorials/prottute/helices.htm

Definicin de Parmetros de Hlices

(Modified from Mathews and Van Holde (1996) Biochemistry 2nd Edition. Benjamin
Cummings Publishing)
https://biomedapps.curtin.edu.au/biochem/tutorials/prottute/helixfigures.htm#Figure1.1

Modelos de
Algunas Hlices
a-Hlice
310 Hlice
p-Hlice

http://www.cryst.bbk.ac.uk/
PPS2/course/section8/ss960531_5.html

Estructuras Secundarias
Regulares en las Protenas
Figure 6-7

Hlice a

Hoja b
Plegada

Son estructuras 2 regulares por

tener valores Y y F repetidos.
Algunos aminocidos favorecen
una estructura 2 sobre la otra.
Otros aminocidos rompen con
la estructura secundaria regular
(Pro: a, b ; Ile, Tyr: a).

Figure 6-10

Estructura Secundaria Regular:

Hlice a
Figure 6-7

Propiedades:
1. Gira hacia la derecha
2. 3.6 residuos / vuelta
3. Enlaces de hidrgeno
entre C=O y NH a
cuatro residuos de
distancia.
4. Largo promedio es de
12 residuos 18 .
5. Cadenas laterales (oro)
proyectan hacia afuera
de la hlice.

Figure 6-8

Estructura Secundaria Regular:

Hoja b Plegada
Figure 6-10

Propiedades:

1. Ocurre Antiparalela ()
y Paralela () .
2. 2 residuos a 7.0 .

Figure 6-11

3. Enlaces de hidrgeno
entre C=O y NH de
residuos bien distantes.
4. Pueden contener 2-22
Cadena lateral
cadenas polipptidas.
de color
5. Cadenas laterales (violeta) magenta.
sucesivas proyectan hacia
lados opuestos de la hoja.

Hoja b Plegada Antiparalela y Paralela

CN:
C-Ca-N

()
Notar los
Puentes de
Hidrgeno

()
Figure 6-9

NC:
N-Ca-C
La ms
comn es la
antiparalela,
donde ocurre
interaccin
via enlaces
de hidrgeno
ms efectiva.

Tipos de Protenas
Protenas Fibrosas:
Aquellas de conformacin alargada y rgida,
que tienden a formar fibras.
Ejemplos: a Queratina, Colgeno
Protenas Globulares:
Aquellas de conformacin compacta y de muchos
dobleces en la cadena polipptida.
Ejemplos:
Mioglobina

Hemoglobina

Exhiben estructura 2 regular

pero tambin la no-repetitiva.

Protena Fibrosa: a Queratina

Principal componente de la capa
epidermal: pelo, cuernos, uas, plumas.

No-Polares

Figure 6-15a

Consiste de dos hlices a que se enroscan

una alrededor de la otra (coiled coil).
Tiene una unidad repetitiva de 7 residuos
con cadenas laterales no-polares en las
posiciones a y d que promueven la
asociacin de las cadenas polipptidas.

Es rica en
Cistena que
forma enlaces
de disulfuro
que
entrecruzan
las cadenas
polipptidas.
El arreglo
coiled coil
tambin se
halla en las
protenas
globulares.

Protena Fibrosa: Colgeno

Componente importante del tejido conectivo tal como
hueso, diente, cartilado, tendn, y matriz fibrosa de
la piel y vasos sanguneos.
Consiste de tres hlices que NO son hlice a ya que
contienen residuos de Prolina que causan que la
cadena polipptida asuma conformacin de hlice con
giro hacia la izquierda donde se observan como
3 residuos por cada vuelta.

El 30% de los residuos son Glicina y 15-30% de los

residuos son Prolina o sus derivados hidroxilados.
La secuencia de aminocidos consiste de una
repeticin de la secuencia Gly-X-Y por un segmento de
~1000 residuos, donde X=Pro y Y=derivado de Pro.

Figure 6-17

Estructura Terciaria de Protenas Globulares

La estructura terciaria (3) describe el doblamiento de los elementos de
estructura secundaria (2) y especifica las posiciones de los tomos en la
cadena polipptida, incluyendo sus cadenas laterales o grupos R.

Las cadenas laterales de los aminocidos se distribuyen en las

protenas globulares segn su naturaleza qumica.
1. Los residuos no-polares (Val, Leu, Ile, Met and Phe) se encuentran en
el interior mayormente, lejos del contacto con solvente acuoso.
2. Los residuos polares cargados (Arg, His, Lys, Asp, y Glu) usualmente
se encuentran en la superficie de la protena en contacto con el agua.
3. Los residuos polares sin carga (Ser, Thr, Asn, Gln, y Tyr) pueden
encontrarse en la superficie de la protena pero tambin en el interior
donde participan de enlaces de hidrgeno con otros grupos.
4. La mayora de las protenas son compactas; es decir, su interior est
eficientemente empacado con tomos, excluyendo el agua.

Ubicacin de los Aminocidos

en Hlice a y en Hoja b Plegada
Distribucin de los
aminocidos:
Residuos
Polares:
Violeta

Residuos
No-Polares:
Oro

Residuos polares se
distribuyen en un lado y
residuos no-polares se
distribuyen en el otro lado de
la estructura secundaria.
Exterior de la protena
queda a la izquierda.
Interior de las protena
queda a la derecha.
Figure 6-26

Polar

Polar

Nopolar

Hlice a de
Mioglobina de ballena

Nopolar

Hoja b Plegada de
Concanavalina A

Ubicacin de los Aminocidos

en las Protenas Globulares

Residuos
Polares:
Verdes

Residuos
No-Polares:
Anaranjado

Exterior
de la
Protena

Interior
de la
Protena

Figure 6-27

Citocromo c equino
Atomos amarillos: Grupo hemo

Clasificacin de Protenas Globulares

Los elementos de estructura 2 ocurren en diferentes
proporciones y combinaciones en las protenas.
Contenido de hlice a y hoja b plegada puede usarse como
criterio para clasificar las protenas globulares.
Protenas a

Protenas b

Protenas a/b
~30% de
cada
elemento

Citocromo b562
Figure 6-29

Inmunoglobulina

Dehidrogenasa

Estructuras Supersecundarias en las

Protenas Globulares
Surgen de la combinacin de varios elementos de estructura secundaria
que forman estructuras supersecundarias llamadas motivos (motifs).
Figure 6-28

bab

Horquilla b

aa

Llave
Griega

Nota: Adems de estas estructuras regulares, las protenas

globulares tambin pueden exhibir estructura secundaria no-regular.

Dominios en la Estructura Terciaria

de las Protenas Globulares
Dominios:

Gliceradehido-3fosfato
Dehidrogenasa

Dominio
N-terminal
(azul claro)
enlaza NAD+, y
Dominio
C-terminal
(anaranjado)
enlaza
gliceraldehido-3fosfato
(sustrato de la
enzima que no
est mostrado ).

Dos o ms
agregados
globulares de
40-200 residuos
de aminocidos
que usualmente
tienen una
funcin
caracterstica.

Figure 6-31

Conservacin de la Estructura en vez de

Conservacin de la Secuencia en
Citocromo c de varios Organismos

Figure 6-32

Los elementos estructurales y funcionales son los que se conservan

en estas protenas en lugar de la secuencia de aminocidos.
Las diferencias estructurales mayores se encuentran en los
segmentos que se encuentran en la superficie de las protenas.

Estructura Cuaternaria de las Protenas

La estructura cuaternaria (4) describe el arreglo espacial de las diversas
cadenas polipptidas (i.e., subunidades) que componen la protena.
Figure 6-33

b2
Hemoglobina
consiste de 4
subunidades:
a1, a2, b 1, b 2.

a2

a1
b1

Estructura Cuaternaria de Hemoglobina

Protenas con
ms de una
subunidad
se llaman
oligmeros.

Base de Datos Almacenan Coordenadas

de la Estructura de Protenas

Bioinformtica Estructural:
rama de la bioinformtica
que trata de las estructuras
de macromolculas.

Fuerzas que Estabilizan las Protenas

1. Efecto Hidrofbico: La tendencia del agua a minimizar
contacto con las sustancias no-polares (efecto entrpico).
Es la fuerza principal.
2. Fuerzas van der Waals: Las interacciones no-covalentes
entre dipolos inducidos y dipolos permanentes. Son una
fuerza importante en el interior de las protenas.
3. Puentes de Hidrgeno: Las interacciones no-covalentes
entre grupos donantes (Hd+) y grupos aceptores (:d).

4. Interacciones Electrostticas: La interaccin entre grupos

inicos de cargas opuestas (par inico o puente salino).
5. Enlaces de Disulfuro: Las interacciones covalentes que
surgen entre las cadenas laterales de dos cistenas.
6. Interacciones con Metales: Ejemplos Zn2+ , Ca2+

Fuerzas que Estabilizan las Protenas

1. Efecto Hidrofbico:
El efecto hidrofbico, la tendencia del agua a minimizar
contacto con las sustancias no-polares, es la fuerza principal
que determina la estructura nativa de las protenas.

Figure 2-8

Figure 2-9

Agregacin de las cadenas laterales no-polares en el interior de la

protena es favorecido por el aumento en entropa de las molculas de
agua que logran desordenarse al no tener que formar estructuras
ordenadas alrededor de los grupos hidrofbicos.

ndice de Hidropata de los Aminocidos

Hidropata:
ndice que toma
en cuenta
la hidrofobicidad
y la hidrofilicidad
combinada de un
residuo de
aminocido.

Ms
hidrofbicos

Ms
hidroflicos

A mayor valor positivo

de hidropata para un
residuo,
mayor probabilidad
de encontrar el
residuo en el interior
de la protena
(lejos de la interaccin
con agua).

Uso de ndices de Hidropatas

Las hidropatas son buenos predictores de qu porciones de
la cadena polipptida se encuentran en el interior de una
protena y qu porciones se encuentran en el exterior.
regiones interiores de la protena

regiones exteriores de la protena

Figure 6-35

Fuerzas que Estabilizan las Protenas

2. Fuerzas van der Waals:
Las asociaciones no-covalentes
que surgen de las interacciones
electrostticas entre dipolos
inducidos y dipolos
permanentes, son una fuerza
importante en el interior de las
protenas porque estas fuerzas
actan a distancias cortas.

Figure 2-5

Fuerzas que Estabilizan las Protenas

3. Enlaces de Hidrgeno:

Las asociaciones no-covalentes que surgen de las

interacciones electrostticas entre grupos donantes (D) y
grupos aceptores (A) del enlace de hidrgeno.
DH= OH
NH
a veces S H .

D H A
d+ d

A = O, N, o S .
Figure 2-2

Esta interaccin hace el ajuste fino de la estructura

terciaria de una protena pero no es el factor
determinante de la estabilidad de la protena nativa.

Fuerzas que Estabilizan las Protenas

4. Interacciones Electrostticas:
La asociacion de dos grupos inicos de cargas opuestas en
las protenas se conoce como par inico o puente salino.
La mayora de
los pares
inicos se
encuentran en
la superficie
de las
protenas.

Esta
interaccin
contribuye
poco a la
estabilidad de
la protena
nativa.
Figure 6-36

Fuerzas que Estabilizan las Protenas

5. Enlaces de Disulfuro:

Las asociaciones covalentes que surgen entre las

cadenas laterales de dos Cistenas.
Cys

Cys
enlace de
disulfuro
Figure 4-6

Muchas protenas asumen su conformacin nativa sin la

intervencin de enlaces de disulfuro, que sugiere que
esta interaccin no es una fuerza estabilizadora esencial.
Sin embargo, puede ser crucial para trancar una
configuracin particular para la cadena polipptida.

Fuerzas que Estabilizan las Protenas

6. Interacciones con Metales:

Las asociaciones que surgen entre iones metlicos

(Zn2+) que interactan fuertemente con tomos (S, N, O)
de los residuos de aminocidos.

Protena que
enlaza DNA

Zn2+
Cys2
His2
Figure 4-6

Los iones metlicos pueden estabilizar dominios

pequeos en las protenas.

Fuerzas que Estabilizan las Protenas

1. Efecto Hidrofbico: La tendencia del agua a minimizar
contacto con las sustancias no-polares (efecto entrpico).
Es la fuerza principal.
2. Fuerzas van der Waals: Las interacciones no-covalentes
entre dipolos inducidos y dipolos permanentes. Son una
fuerza importante en el interior de las protenas.
3. Puentes de Hidrgeno: Las interacciones no-covalentes
entre grupos donantes (Hd+) y grupos aceptores (:d).

4. Interacciones Electrostticas: La interaccin entre grupos

inicos de cargas opuestas (par inico o puente salino).
5. Enlaces de Disulfuro: Las interacciones covalentes que
surgen entre las cadenas laterales de dos cistenas.
6. Interacciones con Metales: Ejemplos Zn2+ , Ca2+

Las Protenas son Estructuras Dinmicas

La estructura
tridimensional
de las protenas
es flexible y
altamente
cambiante,
aspectos
importantes
para su funcin.

La flexibilidad
en la
conformacin
de las
protenas se
asemeja al
proceso de
respiracin.
Figure 6-38

Mioglobina

Desnaturalizacin de las Protenas

Desnaturalizacin proceso mediante el cual se pierde la estructura
tridimensional activa (conformacin nativa) de una protena.
Se logra mediante diferentes maneras:
1. Calentamiento La protena se desdobla o se derrite exhibiendo
cooperatividad, es decir, de manera simultnea.
2. Cambios en pH Se altera la distribucin de carga y el patrn de
enlaces de hidrgeno en la protena.

3. Detergentes Los detergentes se asocian con los residuos no-polares

interfiriendo con las interacciones hidrofbicas.
4. Agentes caotrpicos El ion guanidinio y la urea (5-10 M) aumentan
la solubilidad de sustancias no-polares en agua, afectando el arreglo de
las molculas de agua y disminuyendo el efecto hidrofbico que
estabiliza la estructura de la protena.

Renaturalizacin de las Protenas

Renaturalizacin proceso mediante el cual se regresa a la estructura
tridimensional activa (conformacin nativa) de una protena.

Ribonucleasa A
Christian Anfinsen descubri en el 1957 que Ribonucleasa A (RNasa A)
poda ser desnaturalizada de manera reversible. RNasa A, de 124
residuos de aminocidos y 4 enlaces de disulfuro reducidos
qumicamente con 2-mercaptoetanol, poda ser renaturalizada si se
eliminaba la urea y el agente reductor (2-mercaptoetanol).

Experimento de Anfinsen con RNasa A

Algunas protenas pueden

regresar a su forma nativa
bajo condiciones fisiolgicas
(renaturalizacin).
La estructura primaria de
una protena determina su
estructura tridimensional.

Figure 6-39

Doblamiento de las Protenas

Las protenas aparentan doblarse en forma jerrquica, con elementos
de estructura local formndose primero (hlice a, hoja b plegada) y
colapsando en elementos estructurales ms grandes, que colapsan con
otros elementos para dar elementos de mayor tamao an, y as
sucesivamente hasta culminar en la conformacin nativa de la protena.

Figure 6-40

Colapso hidrofbico fuerza que mueve el doblamiento de las

protenas, que resulta de la tendencia de los residuos hidrofbicos de
evitar contacto con el agua, formando la parte central de las protenas.

Doblamiento de las Protenas

El doblamiento de la cadena polipptida aparenta ser un
proceso cooperativo, con pequeos elementos de estructura
acelerando la formacin de estructuras adicionales.

Hay cada vez

menos
conformaciones
posibles con
barreras leves
para la protena
que la llevan a
llegar a la
estructura nativa.

Una protena
procede desde
un estado de
entropa y
energa alto, a
un estado de
entropa y
energa bajo.

Figure 6-41

Trabajar los Problemas Sugeridos

del Captulo 6.