El trmino flora intestinal se acu porque antes las bacterias se consideraban
vegetales unicelulares, por lo tanto el trmino flora intestinal era predominante. En la actualidad, y gracias a que un hombre llamado Whittaker distribuy a los organismos en los cinco reinos clsicos de la taxonoma biolgica: Metaphyta o Plantae, Metazoa o Animalia, Monera, Protista y Fungi, sabemos que esto no es as, las bacterias no son "plantas" como para llamarlas "flora". Posteriormente un eminente microbilogo llamado Carl Woese describi el sistema de los tres dominios: Eukarya, Bacteria y Archaea. El trmino actual y correcto es MICROBIOTA INTESTINAL. Este mismo trmino debe ser utilizado en microbiota normal de la piel, microbiota cervical, microbiota oral, etctera.