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Concepto de transcripcin y caractersticas bsicas

La transcripcin es el proceso mediante el cual una secuencia de nucletidos de DNA es utilizada


como molde para la sntesis de una molcula de RNA, la cual puede ser mRNA, tRNA o rRNA, por
mediacin de la enzima RNA polimerasa DNA dependiente. La transcripcin en procariontes y
eucariontes difiere en varios aspectos por lo que se estudian por separado. En procariontes el
proceso es mucho ms sencillo y ha sido ampliamente estudiado en la bacteria E. coli.
Caractersticas bsicas de la sntesis del RNA:
1. Los precursores de la sntesis del RNA son los cuatro ribonucletidos 5 trifosfatos (adenosn 5trifosfato, guanosn 5-trifosfato, citosn 5-trifosfato y uridn 5-trifosfato).
2. En la reaccin de condensacin entre el grupo trisfosfato 5' del nucletido entrante y el grupo 3'OH del ltimo nucletido de la cadena, el nucletido entrante pierde sus dos grupos fosfato
terminales. Su grupo se utiliza en el enlace fosfodister que lo une a la cadena. Esta reaccin
ocurre en el sitio cataltico de la polimerasa.
3. Quin determina la secuencia del RNA a sintetizar? La secuencia de las bases en una
molcula de RNA est determinada por la secuencia de las bases en el DNA en dependencia del
apareamiento A-U, C-G. Teniendo en cuenta la definicin de gen como la secuencia de DNA que
se transcribe, su origen ha de considerarse como el punto donde comienza la transcripcin, que
se designa por +1, el segundo como +2 y la terminacin como el punto donde acaba, mientras que
el nucletido precedente al punto de iniciacin se denota como 1. Estas designaciones se refieren
a la cadena codificadora y no a la cadena empleada como molde en el DNA (3' 5'). La cadena
codificadora tiene idntica secuencia que el RNA transcrito excepto que en lugar de T tiene U. El
RNA, al igual que el DNA, se sintetiza en direccin 5' 3'.
4. Una unidad de transcripcin es un fragmento de DNA que se expresa a travs de la
produccin de una sola molcula de RNA y puede incluir ms de un gen. La UT est definida por la
accin de la RNA polimerasa cuando se une a una regin especial al principio del gen llamada
promotor que encierra el primer par de bases que se transcribe en RNA el cual se conoce como
punto de iniciacin. Desde este punto, la RNA polimerasa se mueve a lo largo del molde
sintetizando el RNA hasta que llega a la secuencia terminadora o terminador.

5. La molcula de DNA que se transcribe puede ser de simple o doble cadena, pero en el caso de
esta ltima, slo una cadena de la misma sirve como molde en una regin determinada. Para
transcribir un conjunto de genes bacterianos, la cadena molde no tiene que ser necesariamente la
misma. Quien determina en principio cul gen y en qu cadena se transcribe es el promotor.
6. Cmo va a estar dispuesto el molde respecto al RNA que se sintetiza? La cadena de RNA y la
cadena molde de DNA son antiparalelas, es decir el molde siempre se lee en la direccin 5'
&H8594; 3' y la cadena se sintetiza de 5' &H8594; 3'.
7. La velocidad de sntesis del RNA es de ~40 nucletidos/segundo a 37 C en el caso de la RNA
polimerasa bacteriana. Esta velocidad es aproximadamente la misma que la de traduccin (15
aminocidos/seg.) pero mucho ms lenta que la de replicacin del DNA (800 pb/seg).
8. La primera base en la iniciacin es un trifosfato siendo su grupo 3OH el punto de unin con el
nucletido siguiente, o sea que el terminal 5 de una cadena de RNA en crecimiento termina con un
trifosfato. Los RNA formados van a ser lineales y de simple cadena, aunque existen algunos que se
forman de manera circular. Sin embargo, debido a la posibilidad de apareamiento complementario
entre sus diferentes partes pueden adoptar conformaciones de doble cadena, que pueden ser ms
o menos extensas en dependencia del tipo de RNA, adems de que se pueden producir
interacciones laterales entre nucletidos, todo lo cual contribuye a que stos adopten su estructura
secundaria y terciaria. La conformacin que adoptan los RNA que se van formando influye en su
propia transcripcin.
La transcripcin no es un proceso continuo, sino temporal. Es decir, no todo el DNA se transcribe
simultneamente, sino que existen determinadas regiones que se transcriben en distintos
momentos, en dependencia de las condiciones fisiolgicas de la clula y en respuesta a diferentes
estmulos del medio externo e interno de la misma. El proceso de transcripcin est sometido a
control gentico al igual que la unidad de transcripcin. La transcripcin no es el nico medio por el
cual se sintetiza el RNA. Los virus con genoma de RNA especifican enzimas que sintetizan RNA de
un molde que es tambin RNA. Esas reacciones producen mRNAs que codifican protenas
necesarias en el ciclo infeccioso (transcripcin del RNA) y suministran los RNAs genmicos para
perpetuar el ciclo infeccioso (replicacin del RNA). Pero la clula slo sintetiza RNA mediante la
transcripcin de un DNA molde. Estudiaremos en detalle el proceso de la transcripcin en
procariontes para despus hacer referencia a diferencias o particularidades en los eucariontes.

La RNA polimerasa procariota


En procariontes el proceso de transcripcin se desarrolla en la clula por la RNA polimerasa DNA
dependiente, la cual se caracteriza por estar ampliamente distribuida, asociada siempre a los
cidos nucleicos. Las RNA polimerasas de diferentes fuentes son similares en el tamao de las
subunidades y en su composicin.
La RNA polimerasa de E. coli consiste en 6 subunidades: 2 subunidades idnticas y una de cada
uno de los tipos ,,. Las subunidades y ' juntas forman el centro cataltico de la enzima. Sus
secuencias son similares a las mayores subunidades de las RNA polimerasas eucariotas. Esto
sugiere que existen caractersticas comunes entre todas las RNA polimerasas.
La dimensin total de la RNA pol bacteriana es de ~90 x 95 x 160 . Su peso molecular se estima
en alrededor de
465 kDa siendo considerada una de las mayores enzimas conocidas. Esta enzima sola transcribe
todos los genes bacterianos. Las caractersticas de las subunidades que conforman la RNA
polimerasa se pueden apreciar en la siguiente tabla:
Subunidad

Gen

rpo C

rpo B

rpo D

rpo A

PM (kDa) Funcin
Unin al DNA molde; centro cataltico de la
160
enzima
Formacin del enlace fosfodister; centro
155
cataltico de la enzima
32-90
Confiere especificidad al sitio promotor
Ensamblaje de la enzima; reconoce el
40
promotor; enlaza algunos activadores

Durante la transcripcin la enzima se presenta en dos formas en dependencia del nmero de


subunidades. El trmino enzima mnima o core enzyme se utiliza para describir la unidad sin ,
sea, 2'.Cuando se emplea el trmino RNA polimerasa se refiere a la holoenzima o enzima
completa, 2'.
El "factor" sigma () se libera cuando la cadena de RNA alcanza entre 8 a 9 bases y entonces la
enzima mnima lleva a cabo la elongacin. La enzima mnima puede sintetizar el RNA utilizando el
DNA como molde pero no puede iniciar la transcripcin en los sitios adecuados. Slo la holoenzima
puede iniciar la transcripcin. La holoenzima tiene una fuerte afinidad por los sitios promotores
mientras que la enzima mnima la tiene por cualquier secuencia de DNA.
En una clula de E. coli, pueden haber alrededor de 7000 molculas de la enzima. Muchas estn
transcribiendo; probablemente entre 2000 y 5000 sintetizan RNA a la vez, dependiendo del nmero
de las condiciones de crecimiento de la clula. La RNA polimerasa es lo suficientemente grande
como para entrar en contacto con muchas bases del DNA simultneamente; en la prctica, se
conoce que cubre 60 pb.
La transcripcin tiene lugar mediante el conocido proceso de apareamiento de bases
complementarias, catalizada y chequeada por la enzima RNA polimerasa. La sntesis de RNA tiene
lugar dentro de una "burbuja de transcripcin", en la cual las dos cadenas del DNA se separan
temporalmente, y una cadena se utiliza como molde para la sntesis de la cadena de RNA.

A medida que la RNA polimerasa se mueve a lo largo del DNA, la burbuja se mueve con ella y la
cadena de RNA crece. Al moverse a lo largo del molde de DNA, la RNA polimerasa desenrolla la
doble cadena en la parte delantera de la burbuja (punto de desenrollamiento), y la vuelve a enrollar
en la parte trasera (punto de enrollamiento). La longitud de la burbuja de transcripcin vara entre
12 y 20 pb en dependencia de la fase de la reaccin de elongacin, pero la longitud del hbrido
RNA-DNA formado en su interior, es menor. Por conveniencia, la burbuja de transcripcin tiene
varios sitios activos:
1. Punto de desenrollamiento
2. Sitio para la cadena codificadora del DNA
3. Sitio para la cadena molde del DNA
4. Sitio de unin del RNA

5. Sitio cataltico
6. Punto de enrollamiento
En la versin clsica de la transcripcin, el hbrido RNA-DNA ocupa ~12 pb, aunque esta idea
surgi de evidencias indirectas referentes a la estructura de la regin del RNA dentro de la RNA
polimerasa. En realidad la distancia del hbrido nunca se ha medido de forma directa.
Recientemente se ha demostrado que las bases del RNA que estn a tres sitios del punto de
crecimiento, pueden ser cortadas por ribonucleasas que reconocen al RNA monocatenario.
El RNA permanece asociado con el DNA mediante 2-3 bases solamente, a partir del punto de
crecimiento, despus de lo cual probablemente ocupa un sitio de unin de alta afinidad en la
polimerasa. Por tanto, el hbrido RNA-DNA es extremadamente corto y transitorio, y no se extiende
ms all de lo necesario para conferir estabilidad a la reaccin de apareamiento de bases que
determina la especificidad de aadir nucletidos. A medida que la enzima contina su movimiento,
se vuelve a formar el DNA bicatenario y el RNA se separa en forma de cadena polinucleotdica
libre. Aproximadamente los ltimos 25 ribonucletidos aadidos a la cadena naciente forman un
complejo con el DNA y/o la enzima en cualquier momento.
La RNA polimerasa tiene las siguientes funciones:
1. Desenrollar y enrollar el DNA
2. Contener las dos cadenas del DNA y el RNA naciente
3. Catalizar la adicin de los ribonucletidos a la cadena naciente de RNA
4. Ajustarse a las dificultades que encuentra en su progreso cortando el RNA creciente y
recomenzando la sntesis del RNA con la ayuda de algunos factores adicionales.

El promotor
El promotor es la secuencia de DNA necesaria para que la RNA polimerasa se una al molde y
lleve a cabo la reaccin de iniciacin. Como secuencia del DNA cuya funcin es ser reconocida por
protenas, el promotor difiere de las secuencias cuyo rol es ser transcritas o traducidas. La
informacin para que un promotor funcione est directamente en una secuencia del DNA; su
estructura ser la seal. Por el contrario, las regiones expresadas tienen significado solamente
despus de que la informacin se transfiere en la forma de otro cido nucleico o protena.
Una cuestin clave al examinar la interaccin entre una RNA polimerasa y su promotor es cmo
puede la protena conocer un promotor especfico. Tiene la enzima un sitio activo que distingue la
estructura qumica de una secuencia de bases determinada en la doble hlice de DNA? Cun
especficos son sus requisitos? Los promotores varan en su afinidad por la RNA polimerasa; ste
pudiera ser un factor importante para controlar la frecuencia de iniciacin y as, la extensin de la
expresin gnica.
Cada promotor debe de tener o al menos, incluir, una determinada secuencia que sea reconocida
por la RNA polimerasa. En el genoma bacteriano, la longitud mnima que puede ofrecer una seal
adecuada es de 12 pb. Estas bases no tienen que ser contiguas y en realidad, si un nmero
especifico de pares de bases separa dos secuencias ms cortas que son constantes, su longitud
combinada pudiera ser menor que 12 pb, ya que la distancia de separacin, como tal, es parte de
la seal (an cuando esta secuencia intermedia en s es irrelevante).
Los intentos de identificar las caractersticas necesarias en el DNA para que la RNA polimerasa se
una, comenzaron comparando secuencias de diferentes promotores. En todos los promotores
debern estar presentes las secuencias nucleotdicas esenciales. Esta secuencia se dice que es
conservada o consenso y se define como una secuencia idealizada en la que cada posicin

represente la base que est presente con mayor frecuencia cuando se comparan muchas de estas
secuencias.
En E. coli se han secuenciado ms de 100 promotores y una caracterstica sorprendente es la falta
de conservacin de otras secuencias que no sean las 60 pb asociadas con la RNA polimerasa. La
secuencia de gran parte del sitio de unin es irrelevante. Pero algunos tramos cortos dentro del
promotor estn conservados, y son crticos para su funcin. La conservacin de secuencias
consenso muy cortas es una caracterstica tpica de los sitios de regulacin (tales como los
promotores) tanto en genomas procariotas como eucariotas.
En los promotores bacterianos hay cuatro secuencias conservadas:
1. el sitio de iniciacin
2. la secuencia -10
3. la secuencia -35
4. la distancia entre las secuencias -10 y -35.
Sus caractersticas son las siguientes:
El punto de iniciacin es casi siempre (>90% de los casos) una purina. Comnmente el punto de
iniciacin es la base central de la secuencia CAT, pero la conservacin de este triplete no es
suficientemente grande como para considerarla una seal obligatoria.
Justo antes del punto de inicio se puede reconocer una regin de 6 pb en casi todos los
promotores. El centro del hexmero est casi siempre cerca de 10 pb antes del punto de inicio; la
distancia vara en promotores conocidos de la posicin -18 a la -9. Nombrada por su situacin, el
hexmero se llama frecuentemente la secuencia -10. Su consenso es TATAAT, y puede resumirse
as:
T80 A95 T45 A60 A50 T96
donde el subndice denota el porcentaje en que aparece la base que con mayor frecuencia se
encuentra en esa posicin, con una variacin de 45-96%. Si la frecuencia de aparicin indica la
probable importancia de la unin de la RNA polimerasa, entonces pudiramos esperar que la TA
inicial altamente conservada y la T final casi completamente conservada de la secuencia -10, sean
las bases ms importantes.
Otro hexmero conservado est centrado 35 pb antes del sitio de inicio. Se llama la secuencia
-35. Su consenso es TTGACA; de forma ms detallada, su conservacin es:
T82 T84 G78 A65 C54 A45
La distancia que separa los sitios -10 y -35 tiene entre 16 y 18 pb en el 90% de los promotores;
en excepciones, puede tener 15 pb como mnimo 20 pb como mximo. Aunque la secuencia real
de la regin intermedia no sea importante, la distancia es crtica pues mantiene los dos sitios
separados adecuadamente para la geometra de la RNA polimerasa.
A partir de los datos de muchos promotores, se puede definir un promotor ptimo como la
secuencia que contiene un hexmero -35 separado 17 pb del hexmero -10, y situado 7 pb antes
del punto de inicio. En la siguiente figura se puede apreciar la estructura de un promotor mostrando
el rango de variacin permitido a partir del ptimo:

Las mutaciones en los promotores afectan el nivel de expresin del o de los genes que controlan
sin alterar los productos gnicos como tal. La mayora de las mutaciones se identifican como
mutaciones bacterianas que han perdido, o reducido grandemente la transcripcin de los genes
adyacentes. Estas se conocen como mutaciones bajas. Con menor frecuencia, se encuentran
mutantes en los cuales hay un incremento de la transcripcin debido al promotor. Estos tienen
mutaciones altas. Es importante recordar que estas mutaciones se definen con relacin a la
eficiencia "usual" con la cual funciona cada promotor en particular y esto vara ampliamente.
Es el promotor ms eficiente el que tiene las secuencias consenso exactas? Esta expectativa
nace de la regla sencilla que dice que las mutaciones altas generalmente aumentan la homologa
con una de las secuencias consenso o bien, hacen que la distancia entre ellas se acerque ms a
17 pb. Las mutaciones bajas generalmente disminuyen el parecido de cualquiera de los dos sitios
con el consenso o hacen que la distancia entre ellos est ms distante de 17 pb. Las mutaciones
bajas tienden a concentrarse en las posiciones ms conservadas, lo que confirma la importancia de
estas ltimas como determinantes principales de la eficiencia del promotor.
La secuencia -35 constituye la seal de reconocimiento para la RNA polimerasa, mientras que la
secuencia -10 permite que el complejo se convierta a una forma activa. La secuencia -35 se
pudiera ver como un "dominio de reconocimiento", mientras que la secuencia -10 es el "dominio de
desenrollamiento" del promotor.
La secuencia consenso del sitio -10 est constituido exclusivamente de pares de bases AT, hecho
que ayuda en la separacin inicial de las cadenas del DNA. La menor energa necesaria para
separar un par AT en comparacin con los pares GC significa que un tramo de pares AT
demanda una mnima cantidad de energa para separar las cadenas.
La secuencia que rodea el punto de inicio influye en la iniciacin. Y la regin que se transcribe
inicialmente (desde +1 hasta +30) influye sobre la velocidad a la cual la RNA polimerasa despeja el
promotor, y por lo tanto, tiene un efecto sobre la fortaleza del promotor. Por lo tanto, la fortaleza
total de un promotor no se puede predecir completamente por sus secuencias consenso -10 y -35.
Un promotor "tpico" descansa sobre sus secuencias -10 y -35 para ser reconocidos por la RNA
polimerasa, pero cualquiera de las dos secuencias puede estar ausente de algunos promotores
(excepcionalmente). En al menos algunos de estos casos, el promotor no puede ser reconocido por
la RNA polimerasa sola, y la reaccin requiere la intercesin de protenas auxiliares que eliminan la
deficiencia en la interaccin intrnseca entre la RNA polimerasa y el promotor. La eficiencia de
algunos promotores est influenciada por el grado de superenrollamiento. Lo ms comn es que el
superenrollamiento negativo ayude a la transcripcin.
A medida que la RNA polimerasa transcribe el DNA, ocurre enrollamiento y desenrollamiento. Esto
requiere que el complejo de transcripcin completo rote alrededor del DNA o que el propio DNA
rote alrededor de su eje helicoidal. A medida que la RNA polimerasa avanza a lo largo de la doble
hlice, genera superenrollamientos positivos (DNA enrollado ms apretadamente) por delante y
deja atrs superenrollamientos negativos (DNA parcialmente desenrollado). Para cada vuelta de
hlice recorrida por la RNA polimerasa, se genera +1 vuelta por delante y -1 vuelta por detrs. Por
tanto, la transcripcin tiene un efecto significativo sobre la estructura local del DNA. Como
resultado, se requieren las enzimas girasa (introduce superenrollamientos negativos) y la

topoisomerasa I (elimina superenrollamientos negativos) para rectificar la situacin que se crea


delante y detrs de la polimerasa, respectivamente.

Si se interfiere en las actividades de la girasa y de la topoisomerasa, la transcripcin provoca


cambios fundamentales en el superenrollamiento del DNA. Por ejemplo, en levaduras carentes de
la enzima que relaja los superenrollamientos negativos, la densidad de superenrollamientos
negativos es el doble en la regin transcrita. Una posible implicacin de estos resultados es que la
transcripcin es responsable de generar una proporcin significativa del superenrollamiento que
ocurre en la clula.

Mecanismo de la transcripcin
La reaccin de transcripcin se puede dividir en las siguientes etapas en las cuales se crea una
burbuja, comienza la sntesis del RNA, la burbuja se mueve a lo largo del DNA, y finalmente
termina:
Reconocimiento del molde que comienza con la unin de la RNA polimerasa a la cadena
bicatenaria de DNA en el promotor. Despus se separan las cadenas para que el molde est
disponible para el apareamiento de bases utilizando ribonucletidos. La burbuja de transcripcin se
forma mediante un desenrollamiento local que comienza en el sitio donde se une la RNA
polimerasa.
La Iniciacin que describe la sntesis de los primeros enlaces nucleotdicos en el RNA. La
enzima permanece en el promotor mientras que sintetiza los primeros ~9 enlaces nucleotdicos.
(La fase de iniciacin se retrasa debido a que ocurren eventos abortados en los cuales la enzima
hace transcritos cortos [<9 bases], los libera, y comienza de nuevo la sntesis del RNA). La fase de
iniciacin termina cuando la enzima extiende exitosamente la cadena ms all de esta longitud y se
escapa del promotor.
Durante la Elongacin, la enzima se mueve a lo largo del DNA y extiende la cadena creciente
del RNA. A medida que se mueve la enzima, desenrolla la hlice de DNA para exponer un nuevo
segmento del molde en forma monocatenaria. Los nucletidos se aaden covalentemente al
extremo 3' de la cadena de RNA naciente, formando un hbrido RNA-DNA en la regin

desenrollada. Detrs de la regin desenrollada, la cadena de DNA molde se aparea con su


compaera original para volver a formar la doble hlice. El RNA emerge como una sola cadena
libre. La elongacin implica el movimiento de la burbuja de transcripcin mediante una ruptura de la
estructura del DNA, en la cual la cadena molde de la regin transitoriamente desenrollada se
aparea con el RNA naciente en el punto de crecimiento.
La Terminacin implica el reconocimiento del punto en el cual no se aadirn ms bases a la
cadena. Para terminar la transcripcin, debe cesar la formacin de enlaces fosfodisteres, y el
complejo de transcripcin debe deshacerse. Cuando la ltima base se aade a la cadena de RNA,
la burbuja de transcripcin se desmonta en la medida que se rompe el hbrido RNA-DNA, el DNA
recupera su estado bicatenario, y ambos, enzima y RNA se liberan. La secuencia de DNA que se
requiere para estas reacciones se llama terminador.
Mecanismo de la iniciacin
La reaccin entre la holoenzima y el promotor comienza mediante la formacin de un complejo
binario cerrado. "Cerrado" quiere decir que el DNA permanece bicatenario. Esta reaccin es
reversible.
El complejo cerrado se convierte en un complejo abierto al separase las cadenas de DNA en una
regin corta dentro de la secuencia a la que se une la enzima. En los promotores fuertes, la
conversin en complejo binario abierto es irreversible y rpida.
El prximo paso es la incorporacin de los dos primeros nucletidos y la formacin de un enlace
fosfodister entre ellos. Esto da lugar a un complejo ternario que contiene RNA as como DNA y la
enzima. Para generar una cadena de RNA de hasta 9 bases, se podrn seguir aadiendo nuevos
nucletidos sin necesidad de que la enzima se mueva. Despus de la adicin de cada base, hay
una cierta probabilidad de que la enzima libere la cadena. Este evento se llama iniciacin
abortada, despus del cual la enzima comienza de nuevo con la primera base. Generalmente
ocurre un ciclo de iniciaciones abortadas que generan una serie de oligonucletidos cortos (2-9
bases).
Cuando la iniciacin finalmente tiene xito, la enzima libera a sigma y hace la transicin al
complejo ternario de elongacin compuesto por la polimerasa mnima-DNA-RNA naciente. El
parmetro crtico aqu es el tiempo que demora la polimerasa en dejar el promotor de manera que
otra polimerasa pueda iniciar. Este parmetro se llama tiempo de despeje del promotor. La enzima
entonces se mueve a lo largo del molde y la cadena de RNA se extiende ms all de 10 bases.

La forma en que la RNA polimerasa encuentra a su promotor no se conoce bien an, pero se sabe
que no es por un deslizamiento de la enzima sobre el DNA. La velocidad real a la cual encuentra la
polimerasa su promotor es demasiado grande para que este encuentro sea al azar o por simple
difusin por lo que se piensa que puedan haber intercambios directos de secuencias de DNA
involucradas en este mecanismo.

Control de la iniciacin
La iniciacin requiere una unin fuerte solamente a secuencias determinadas (promotores),
mientras que la elongacin necesita una asociacin estrecha con todas las secuencias con que la
enzima se encuentra durante la transcripcin. Este dilema se resuelve mediante la asociacin
reversible entre el factor sigma y la enzima mnima.La polimerasa de E. coli tiene que reconocer
cientos de promotores. Esta funcin est controlada por factores proteicos auxiliares que ayudan a
o interfieren con la enzima. El factor sigma sirve de control pues est comprobado que no es
idntico para cada tipo de promotor.
Como ya sabemos, el factor sigma reconoce los promotores de la mayor parte de los genes
procariotas. Sin embargo existen otros factores sigma que se unen a la enzima mnima para
transcribir un grupo de genes especficos, los cuales han sido encontrados en B. subtilis y en

algunos fagos, pero estos genes presentan en todos los casos sus peculiaridades en la
transcripcin bien porque son genes de expresin tarda o porque responden a funciones que se
expresan en circunstancias especficas.
Los cambios en los factores sigma aparecen en algunos casos cuando hay una reorganizacin
total de la transcripcin, por ejemplo, durante el cambio de vida que sufren las bacterias
esporulantes. La E. coli no sufre esos cambios dramticos pero utiliza factores sigma alternos para
responder a cambios ambientales. En E. coli, la 70 es responsable de la iniciacin de la
transcripcin en las secuencias promotoras estudiadas, mientras que otros factores sigma
diferentes conducirn a la RNA polimerasa a distintos conjuntos de genes. Cada subunidad sigma
diferente se une a un conjunto de promotores con una secuencia consenso que puede poseer
cierta homologa con la del promotor de la 70. A excepcin de esta diferencia, el mecanismo de
unin de todas las holoenzimas es similar.
Conozcamos mediante la siguiente tabla los factores sigma de E. coli que reconocen promotores
con diferentes secuencias consenso:
Fac.
70
32
24
54
28

Gen Masa (kDa)


rpoD
70
rpoH
32
rpoE
24
rpoN
54
fliA
28

Uso
general
choque trmico
choque trmico
nitrgeno
flagelar

Secuencia -35
TTGACA
CCCTTGAA
Se desconoce
CTGGNA
CTAAA

Separacin
16-18 pb
13-15 pb
Se desconoce
6 pb
15 pb

Secuencia -10
TATAAT
CCCGATNT
Se desconoce
TTGCA
GCCGATAA

Los factores sigma se nombran bien por el peso molecular del producto o por el gen. En B. subtilis
tambin han sido definidas varias subunidades sigma:
43 = estado vegetativo
55 = antes del comienzo de la esporulacin
60 = despus de la esporulacin.
En el reconocimiento de los promotores en general, pueden intervenir otras protenas que
interactan con la RNA polimerasa, bien bloqueando su accin como los represores o activando la
misma, actuando antes de la secuencia -35 y propiciando su reconocimiento por el factor ?. Estos
sitios de accin pueden quedar incluidos en el rango -150 al -50. La accin en este sitio puede
incrementar la eficiencia de la transcripcin.

Elongacin
Tradicionalmente, la elongacin se ha definido como un proceso monotnico en el cual la enzima
se mueve hacia delante 1 pb a lo largo del DNA para cada nucletido que se aade a la cadena de
RNA. Esto sucede en algunas regiones del DNA, pero en otras, el movimiento de la RNA
polimerasa se asemeja a una oruga (inchworm). Durante la elongacin, el lmite izquierdo de la
enzima se mueve uniformemente a medida que se extiende la cadena de RNA, pero el lmite
derecho permanece estacionario mientras se aaden varios nucletidos; entonces, de forma
sbita, se mueve entre 7 y 8 pb a lo largo del DNA.
Este movimiento implica compresin uniforme y expansin sbita de la enzima sobre el DNA;
se contrae uniformemente desde ~35 pb hasta ~28 pb, y despus se expande a ~35 pb. A medida
que la RNA polimerasa se comprime, la cadena de RNA naciente crece dentro de la estructura
enzimtica, y la burbuja de transcripcin monocatenaria se agranda entre 12-20 pb. Se cree que
estos cambios crean una tensin interna en la enzima que ser liberada cuando el extremo frontal
de la enzima salte de forma discontinua.

Terminacin
Una vez que la RNA polimerasa ha comenzado la transcripcin, la enzima se mueve a lo largo del
molde, sintetizando el RNA hasta que se encuentra con una secuencia terminadora (t). En ese
momento, la enzima deja de aadir nucletidos a la cadena creciente de RNA, libera el producto
terminado, y se disocia del molde de DNA. No se conoce en qu orden ocurren los dos ltimos
eventos. La terminacin requiere que todos los enlaces hidrgeno que mantienen unido el hbrido
RNA-DNA se rompan, despus de lo cual se vuelve a formar el DNA bicatenario.
Es difcil definir el punto de terminacin de una molcula de RNA que se ha sintetizado en la clula
viva. Siempre es posible que el extremo 3' de la molcula se haya generado por ruptura del
transcrito primario, y por tanto, no representa el sitio verdadero en el cual la RNA polimerasa
termin. Los terminadores en bacterias y en sus fagos han sido identificados como secuencias que
se necesitan para la reaccin de terminacin (in vitro o in vivo). Varan ampliamente tanto en su
eficiencia de terminacin como en su dependencia de protenas auxiliares, al menos in vitro.
Muchos terminadores necesitan que se forme una horquilla en la estructura secundaria del RNA
que se est transcribiendo. Esto indica que la terminacin depende del producto RNA y que no
est determinado simplemente por el escrutinio de la secuencia de DNA durante la transcripcin.
Las secuencias en los terminadores procariotas no muestran similitudes ms all del punto en el
cual se aade la ltima base al RNA. La responsabilidad de la terminacin cae sobre las
secuencias ya transcritas por la RNA polimerasa. Por tanto, la terminacin depende del escrutinio
del molde o del producto que la polimerasa est transcribiendo.
En E. coli los terminadores se diferencian de acuerdo a la necesidad que tiene la RNA polimerasa
de factores adicionales para terminar in vitro:
In vitro, la enzima mnima puede terminar en determinados sitios en ausencia de cualquier otro
factor. Estos sitios se llaman terminadores intrnsecos, y no parecen necesitar factores auxiliares
para que la RNA polimerasa termine en ellos.
Los terminadores rho-dependientes se definen por su necesidad de un factor rho in vitro y las
mutaciones muestran que este factor est implicado en la terminacin in vivo.
Los terminadores intrnsecos tienen dos caractersticas estructurales: una horquilla en la
estructura secundaria y una hilera de ~6 residuos uracilos en el mismo extremo de la unidad.
Ambas caractersticas son necesarias para la terminacin. La distancia tpica entre la horquilla y la
hilera U es de 7-9 bases. A veces la hilera U est interrumpida. La horquilla se genera por
apareamiento entre repeticiones invertidas (que forman el tallo) separadas por una corta distancia
(que forma el lazo). La longitud de la horquilla es variable: generalmente contiene una regin rica
en GC cerca de la base del tallo.

Las mutaciones puntuales que evitan la terminacin ocurren dentro de la regin del tallo de la
horquilla. Cul es el efecto de la horquilla en la transcripcin? Probablemente todas las horquillas
que se forman en el producto RNA hacen que la polimerasa haga ms lenta (y que probablemente
realice una pausa en) la sntesis del RNA. La pausa da la oportunidad para que ocurra la
terminacin. La pausa ocurre en sitios que se parecen a los terminadores pero que tienen un
aumento en la separacin (tpicamente de 10-11 bases) entre la horquilla y la hilera U. Pero si el
sitio de pausa no se corresponde con un terminador, generalmente la enzima se mueve de nuevo
para continuar la transcripcin.
Las series de bases U corresponden con una regin rica en AT del DNA, de manera que se ve que
las regiones AT son importantes en la terminacin intrnseca as como en la iniciacin. El factor
Rho se descubri como una protena cuya adicin a los sistemas in vitro permite que la RNA
polimerasa termine en determinados sitios, generando molculas de RNA con extremos 3'
exclusivos. Esta accin se llama terminacin rho-dependiente. Rho es una protena esencial para
E.coli, aunque su genoma contiene relativamente pocos terminadores rho-dependientes; la
mayora de los terminadores rho-dependientes conocidos se encuentran en genomas de fagos.
Las secuencias requeridas para la terminacin rho-dependiente tienen entre 50 y 90 bases y estn
delante del terminador. Su caracterstica comn es que el RNA es rico en residuos C y pobre en
residuos G. C es la base ms comn (41%) y G la menos comn (14%). Como regla general, la
eficiencia de un terminador rho-dependiente aumenta con la longitud de la regin rica en C / pobre
en G.
El factor Rho funciona exclusivamente en la etapa de terminacin. Es una protena de ~46 kDa,
probablemente activa como hexmero (275 kDa). Funciona como factor auxiliar de la RNA
polimerasa; tpicamente su actividad mxima in vitro se expone cuando est presente a ~10% de la
concentracin de la RNA polimerasa. El factor rho acta reconociendo el DNA, el RNA, o la RNA

polimerasa? Rho tiene una actividad ATPasa que es RNA-dependiente y que requiere la presencia
de un polirribonucletido de >50 bases o similar. Esto sugiere que rho se une al RNA. Rho se une
al RNA naciente en algunos puntos anteriores al terminador y probablemente necesita una
secuencia o tipo especfico de secuencia aunque la unin podra ocurrir en un extremo 5' libre o en
alguna otra secuencia expuesta. Entonces rho se desplaza a lo largo del mRNA. Rho se mueve a
lo largo del transcrito ms rpido que lo que se desplaza la RNA polimerasa a lo largo del DNA. La
enzima hace una pausa cuando llega al terminador y la terminacin tiene lugar si rho la alcanza
all.

En ausencia de la RNA polimerasa, rho tiene una accin helicasa 5'-3' que puede provocar que el
hbrido RNA-DNA se separe; se utiliza la hidrlisis del ATP para suministrar la energa necesaria
para la reaccin. Esto sugiere que rho puede ganar acceso directo al hbrido RNA-DNA en la
burbuja de transcripcin y hacer que se desenrolle. Ya sea como resultado de este
desenrollamiento o por alguna interaccin entre rho y la RNA polimerasa, la terminacin se
completa al liberarse rho y la RNA polimerasa de los cidos nucleicos. La hiptesis de que rho se
mueve a lo largo del RNA hace predecir una relacin entre la transcripcin y la traduccin. Rho
tiene que tener primero acceso a la secuencia de unin en el RNA, y despus debe poder moverse
a lo largo del RNA. Una o ambas de estas condiciones puede evitarse si los ribosomas estn
traduciendo un RNA. Por tanto, la posibilidad de que el factor rho alcance a la RNA polimerasa en
un terminador depende de lo que est sucediendo en la traduccin.
NusA es una protena auxiliar de la RNA polimerasa, es un factor de transcripcin general que
aumenta la eficiencia de la terminacin, probablemente aumentado la tendencia de la RNA
polimerasa a hacer una pausa en los terminadores. NusA se une a la enzima mnima de la
polimerasa, pero no se une a la holoenzima. Cuando el factor sigma se aade al complejo enzima
mnima-NusA, desplaza a la protena NusA reconstituyendo as la holoenzima. Esto sugiere que la
RNA polimerasa pasa por un ciclo en el que existe en dos formas alternas, una lista para iniciar la
transcripcin (2') y la otra lista para terminarla ( 2'NusA). Cuando la holoenzima (2') se
une al promotor, libera su factor sigma, y genera as la enzima mnima que sintetiza el RNA.
Entonces la protena NusA reconoce la enzima mnima y se une a ella, generando el complejo
2'NusA. La enzima mnima puede alternar entre asociarse con sigma durante la iniciacin o
asociarse al factor NusA durante la terminacin. Los factores sigma y NusA son asociados de la
enzima mnima que son incompatibles entre s.