En 1578 el Virrey Toledo dispuso la eliminacin de los eclesisticos regulares y

seculares del cargo de Rector de San Marcos pero poco despus (1581) adopt
una actitud de equilibrio. Quedaron eliminados los eclesisticos regulares y los
frailes de las diferentes rdenes, pero no los eclesisticos seculares y los
clrigos, quienes podan ser elegidos en forma alterna con los seglares o
civiles. De este modo, un ao se elega a un rector laico y otro ao a uno
eclesistico. Esta alternacia de redtores qued confirmada por una cdula de
13 de mayo de 1590, fechada en Aranjuez. Ambos rectores seran elegidos de
entre los doctores de la misma universidad. Ningn oidor,fiscal o alcalde de
Corte de Audiencia