2 corresponde al artculo titulado A proficient Enzyme
que esta en la carpeta de clase. Corresponde a una representacin grfica de la ecuacin de Arrhenius para la reaccin decarboxilacin del cido 1 metil ortico (crculos) y de la hidrlisis del dimetil fosfato descritas en la figura 1, ambas de primer orden. Si en una reaccin si ambos sustratos se encuentran en solucin a la misma concentracin, del comportamiento descrito en esta grfica, que caracterstica tendra la reaccin en relacin con el consumo de ambos sustratos, si la reaccin se lleva a cabo a: a)90C b)110C y c)130C
La grfica representa la ecuacin de Arrhenius, es decir el
logaritmo de la constante de velocidad contra el inverso de la temperatura. La pendiente depende de la energa de activacin para cada uno de los dos sustratos. Es evidente que a mayor temperatura mayor velocidad de reaccin, misma que depende linealmente de la constante, considerando que es una reaccin de primer orden. Un hecho particular ocurre en este sistema: dado que la influencia de la temperatura es mayor para la decarboxilacin, las rectas se cruzan en un punto que se ubica aproximadamente a los 110C. Por arriba de esa temperatura la velocidad de decarboxilacin es mayor que la de hidrlisis, mientras que por debajo de ella, es la hidrlisis la que sucede con mayor rapidez. En ese contexto, si en una reaccin se tienen los dos sustratos a la misma concentracin, el consumo de los sustratos ser a la misma velocidad a 110C, consumindose ambos en el mismo tiempo. Por arriba de 110C la decarboxilacin termina primero, mientras que por debajo de esa temperatura, es la hidrlisis la que termina antes.
2. Una reaccin enzimtica que obedece el modelo de
Michaelis Menten tiene valores de k2= 2 x 102 seg -1 de k1 = 2.5 x 107 (M s)-1 y de k-1 = 10 4 seg-1 para la reaccin de la enzima con su sustrato principal. a) Ser una reaccin controlada por el equilibrio o se encontrar en estado estacionario? La respuesta se puede dar simplemente observando que la reaccin de descomposicin del complejo ES nuevamente hacia Enzima (E) y sustrato (S) sucede a una velocidad (k -1 = 10 4 seg-1 ) 100 veces mayor que hacia la formacin de producto (k2= 2 x 102 seg -1 ). Pueden tambin calcular la Km ( k-1 + k2/ k1) que resulta igual a 4.04x10-4 M y compararla con la Ks (k-1/k1) que es igual a 4 x 10-4 M Todo para concluir que la reaccin estar controlada por el equilibrio en la formacin del complejo. b) Considera que podra mejorarse la actividad especfica de la enzima mediante algn proyecto de ingeniera de protenas? (justifique sus respuestas). La respuesta puede tener diversos mbitos, pero esencialmente todas basadas en la observacin de que la k2 es muy pequea comparada con k1, o mejor an, que la relacin k2/Km se encuentra muy lejos de los valores que se obtienen cuando las reacciones estn controladas por la difusin. c) A qu concentracin de sustrato hara el ensayo de actividad de la enzima? La actividad con la que se reporta y se caracteriza una enzima se mide en la saturacin, cuando la velocidad inicial corresponde a la mxima. Esto sucede a altas concentraciones de sustrato, pero sealamos que una referencia puede ser considerar 10 veces el Km cuando vi = 90.9% de Vmax
d) Si la enzima tiene un peso molecular de 10,000 Da y el
producto que Sigma ofrece como Enzima con 98% de pureza cuenta con 600 U/mg de protena. Cumple la enzima con la especificacin de pureza? La enzima tiene una k2 (kcat) de k2 = 200 mol S/mol E seg haciendo las conversiones para tener unidad pertinentes: k2 * (60 seg/min)* (1molg E)*( 103g /mg) 1200 mol S/min mg Que corresponde dada la definicin de unidad (UI= 1mol/min) a: 1200 U/mg Si el producto tiene 600 U/mg, en teora no tiene la pureza sealada (Sigma miente), pero tambin pudo haberse desnaturalizado y perder la mitad de la actividad. e) Un mes despus de mantener la enzima en la mesa de trabajo a temperatura ambiente, realiza usted un ensayo para medir la actividad a la temperatura y pH ptimos, colocando la concentracin de sustrato a la que decidi hacer el ensayo (pregunta c) una concentracin de enzima de 0.1 mg/L de la enzima de Sigma y encuentra que a los 10min de reaccin la concentracin de producto es de 72 mg/L (la reaccin es equimolecular y el peso molecular del producto es de 180 g/mol). Cunto vale la Vmax? Perdi actividad la enzima? Cuanta? La medicin de actividad, que corresponde a la Vmax considerando que la reaccin se encuentra en velocidad inicial es de:
Vi = Vmax = 72 mg/L / 10 min = 7.2 mg/L min
Haciendo las conversiones pertinentes: Vmax * (1mmols/180 mgs) * ( L / 0.1 mg E) * (103mol/1mmol) Vmax = 400 mol S/min mgE Vmax= 400 U/mgE Si inicialmente el producto enzimtico tena 600 U/mg, se ha perdido un 33.3% de la actividad inicial. f) Si un inhibidor se agrega a una concentracin de 0.1mM en dos reacciones, una con 0.4mM y otra con 4mM, y en ambos casos la velocidad inicial cae un 50%, De qu tipo de inhibicin se trata y cunto vale la constante de inhibicin? Hay una cada en la velocidad inicial debida a la presencia del Inhibidor. Si tomamos la relacin velocidad en presencia de inhibidor entre velocidad sin inhibicin, eso representa la cada (el % de prdida de actividad en presencia del inhibidor con respecto a la velocidad inicial en su ausencia), y lo que buscamos es una relacin en la que ese porcentaje de prdida NO dependa de cuanto sustrato usamos (el dato del problema dice que para dos concentraciones la cada fue igual). Por ejemplo, en la inhibicin competitiva (IC): vi (IC) / vi = Vmax S / [S + Km (1 + I/Ki)] / Vmax S / [S + Km] vi (IC) / vi = [S+Km] / [S + Km (1 + I/Ki)] Llegamos a una ecuacin en la cual vemos que la cada de velocidad inicial por la presencia del inhibidor DEPENDE de la concentracin de sustrato se haga la medicin. En cambio, para la inhibicin no competitiva (InC):
vi (InC) / vi = Vmax S / [(S + Km )(1 + I/Ki)] / Vmax S / [S +
Km] vi (InC) / vi = 1 / (1 + I/Ki) no es f(S) La cada de velocidad (en %) no depende de cunto sustrato se emplee en la medicin, sino solo de la cantidad de inhibidor y la constante de inhibicin. De ah: 0.5 = 1/ (1+ 0.1/Ki) Ki= 0.1 mM