Ribuan Spesies Ditemukan dalam Lingkungan Ekstrim

Danau di Kedalaman Es Antartika

Danau Vostok, terpendam di bawah gletser di Antartika, sebuah kawasan yang begitu gelap,
dalam dan dingin, yang dijadikan oleh para ilmuwan sebagai model untuk kondisi ekstrim di
planet lain, tempat yang diduga tak mungkin ditempati organisme apapun untuk hidup.
Namun, penelitian dari Dr. Scott Rogers, seorang profesor ilmu biologi di Bowling Green
State University, bersama rekan-rekannya, secara mengejutkan telah menyingkap berbagai
bentuk kehidupan yang bersemayam dan bereproduksi dalam lingkungan yang paling ekstrim
tersebut. Sebuah makalah yang dipublikasikan dalam jurnal PLoS ONE (Public Library of
Science) edisi 26 Juni, merinci ribuan spesies yang teridentifiksasi melalui pengurutan DNA
dan RNA.
Batas-batas pada apa yang layak huni dan apa yang tidak berubah, umbar Rogers. Hasil
studi kini menjadi artikel keempat yang dipublikasikan tim riset dalam menginvestigasi
Danau Vostok. Riset yang memakan biaya lebih dari 250 ribu dolar ini terwujud berkat
dukungan beberapa pendanaan: dua hibah di antaranya berasal dari National Science
Foundation, satu dari U.S. Department of Agriculture dan satu lagi dari Komite Riset
Fakultas Bowling Green State University.
Saat berpikir tentang Danau Vostok, Anda harus berpikir besar. Selain sebagai yang terdalam
keempat di dunia, danau ini juga yang terbesar dari sekitar 400 danau subglasial yang ada di
Antartika. Es yang menutupinya selama 15 juta tahun kini memiliki kedalaman sejauh lebih
dari dua mil, menciptakan tekanan yang besar pada danau. Beberapa nutrisi tersedia di sana.
Danau ini terletak jauh di bawah permukaan laut dalam sebuah tekanan yang sudah terbentuk
sejak 60 juta tahun yang lalu di saat lempeng benua bergeser dan terpecah-pecah. Iklim di
sana begitu keras dan sulit ditebak sehingga, untuk mengunjunginya, para ilmuwan harus
berbekal peralatan khusus dan pelatihan bertahan hidup.
Tidak hanya dianggap sebagai tak layak huni, Danau Vostok bahkan diduga sebagai
lingkungan yang steril. Namun apa yang ditemukan Roger lewat penelitian ini jauh di luar
dugaan. Bekerja dengan menyingkirkan bagian-bagian inti dari lapisan dalam es yang
menggumpal dari air danau yang membeku hingga ke bagian dasar gletser yang berhimpitan
dengan danau, Rogers meneliti es semurni berlian yang terbentuk dalam tekanan besar dan
suhu relatif hangat yang bisa ditemukan pada kedalaman seperti itu. Tim riset mengambil
sampel berupa beberapa inti dari dua area di danau tersebut; cekungan utama sebelah selatan
dan area dekat teluk di ujung barat daya danau.
Kami menemukan kompleksitas lebih dari yang dipikirkan siapapun, seru Rogers, Ini
sungguh menunjukkan kegigihan hidup, juga menunjukkan bagaimana organisme dapat
bertahan hidup di tempat yang mana beberapa tahun lalu sempat kami kira takkan ada yang
bisa bertahan hidup.

Dengan mengurutkan DNA dan RNA dari sampel gumpalan es, tim riset mengidentifikasi
ribuan bakteri, termasuk beberapa yang biasanya ditemukan dalam sistem pencernaan ikan,
krustasea dan cacing Annelida, selain jamur dan dua spesies archaea, atau organisme berseltunggal yang cenderung hidup di lingkungan ekstrim. Spesies lain yang teridentifikasi
berhubungan dengan habitat berupa sedimen danau atau laut. Psychrophiles, atau organisme
yang hidup di lingkungan dingin yang ekstrim, ditemukan bersamaan dengan penghuni
lingkungan panas, thermophiles, menunjukkan adanya ventilasi hidrotermal di danau
tersebut. Menurut Rogers, keberadaan spesies laut dan air tawar ini mendukung hipotesis
bahwa danau tersebut pernah terhubung ke laut, dan bahwa air tawar tersimpan ke dalam
danau oleh gletser yang tergeser ke dalam.
Jumlah spesies secara keseluruhan paling banyak ditemukan di area dekat teluk, termasuk
yang umumnya hidup di lingkungan air tawar, serta spesies laut, psychrophiles dan
thermophiles. Sejumlah besar spesies lain yang ditemukan masih belum teridentifikasi. Teluk
di area danau tersebut tampaknya banyak berisi aktivitas biologis.
Banyak dari spesies yang kami urutkan merupakan jenis yang bisa kita temukan di sebuah
danau, ungkap Rogers, Sebagian besar organisme tampaknya mahkluk air (air tawar), dan
banyak spesies yang biasanya hidup di sendimen laut atau danau.
Bagi Yury Shtarkman, salah satu bagian dari tim riset, proyek ini terbukti sangat
mengasyikkan, dan bahkan berhasrat untuk seumur hidup bisa terlibat dalam studi semacam
ini. Ini adalah proyek yang sangat menantang dan semakin Anda mempelajarinya, semakin
Anda ingin tahu, ujarnya, Setiap hari Anda menemukan hal yang baru dan menggiring ke
arah lebih banyak pertanyaan yang harus dijawab. Dalam mempelajari DNA dan RNA
lingkungan, kami memeriksa pada seberapa miripkah urutan-ururtan ini dengan urutan-urutan
organisme yang sudah diidentifikasi dalam database nasional. Kami menelusuri evolusi dan
ekologi danau itu sendiri.
Sebelum 35 juta tahun yang lalu, Antartika merupakan kawasan beriklim hangat yang dihuni
oleh beragam tanaman dan hewan. Kemudian, sekitar 34 juta tahun lalu, terjadilah
penurunan suhu secara besar-besaran dan es menutupi kawasan danau di saat danau itu
mungkin masih terhubung dengan Samudera Selatan. Peristiwa ini menurunkan tingkat
permukaan laut hingga sekitar 300 meter, yang serta merta memotong Danau Vostok dari
lautan lepas. Lapisan es mengalami turun naik hingga akhirnya kembali terjadi penurunan
suhu besar-besaran sekitar 14 juta tahun yang lalu, menyebabkan permukaan laut mengalami
tingkat penurunan yang jauh lebih rendah dari sebelumnya.
Seiring merambatnya es hingga ke seberang danau, kawasan danau itu kian jatuh ke dalam
kegelapan total dan terisolasi dari atmosfer, menyebabkan meningkatnya tekanan dari bobot
berat gletser. Mungkin banyak spesies yang menghilang dari danau tersebut, namun
tampaknya banyak pula yang mampu bertahan seperti yang ditunjukkan Rogers dalam
penelitian ini.

Selama bertahun-tahun tim Rogers bekerja untuk mengidentifikasi dan mempelajari

organisme dalam gumpalan es Vostok dengan menggunakan prosedur yang melibatkan
koloni bakteri dan jamur yang terkultur, namun prosesnya sangat lambat, terutama bagi
mahasiswa pascasarjana yang membutuhkan hasil untuk tesis.
Kami mulai berpikir untuk melakukannya dengan cara yang berbeda, tutur Rogers. Alihalih menggunakan organisme hidup yang terkultur, mereka berkonsentrasi pada pengurutan
DNA dan RNA di dalam es. Metode ini, yang disebut metagenomics dan
metatranscriptomics, menghasilkan ribuan urutan dalam sekali waktu untuk kemudian
dianalisis menggunakan komputer prosedur yang secara kolektif disebut sebagai metode
Big Data. Sebaliknya, dengan prosedur lama biasanya dibutuhkan waktu bertahun-tahun
untuk menghasilkan organisme berkultur yang cukup untuk beberapa lusin urutan.
Masalahnya jadi berubah, dari yang tadinya memiliki terlalu sedikit urutan menjadi memiliki
terlalu banyak urutan untuk dianalisis, kata Rogers. Setelah dua tahun analisis komputer, hasil
akhir menunjukkan bahwa Danau Vostok berisi serangkai ragam mikroba, termasuk beberapa
organisme multiseluler.
Jauh sebelum mulai menggunakan metagenomics dan metatranscriptomics untuk
mempelajari es, Rogers dan timnya sempat mengembangkan sebuah metode untuk
memastikan kemurnian es. Bagian inti es direndam ke dalam larutan natrium hipoklorit
(pemutih), kemudian dibilas tiga kali dengan air steril, menyingkirkan lapisan luarnya. Dalam
kondisi yang sangat steril, inti es yang tersisa kemudian meleleh, tersaring dan membekuulang.
Dengan menggunakan metode ini, kami dapat menjamin kehandalannya hampir 100
persen, kata Rogers. Pada akhirnya, proses dalam metode ini menghasilkan pelet asam
nukleat yang mengandung DNA dan RNA, saatnya untuk bisa diurutkan.
Rogers merasa bahwa timnya melakukan kesalahan besar dari sisi konservatif dalam
melaporkan hasil-hasil riset tersebut, termasuk berupa urutan-urutan yang bisa saja hanya
berasal dari gumpalan es, namun banyak pula urutan lain yang ia rasa mungkin berasal dari
danau, membuka jalan awal untuk penyelidikan tambahan.
Urutan DNA yang sudah mereka hasilkan kini tersimpan dalam database National Center for
Biotechnology GenBank, dan tersedia bagi para peneliti lain yang melakukan studi lebih
lanjut.
Kredit: Bowling Green State University
Jurnal: Yury M. Shtarkman, Zeynep A. Koer, Robyn Edgar, Ram S. Veerapaneni, Tom
DElia, Paul F. Morris, Scott O. Rogers. Subglacial Lake Vostok (Antarctica) Accretion Ice
Contains a Diverse Set of Sequences from Aquatic, Marine and Sediment-Inhabiting
Bacteria and Eukarya. PLoS ONE, 2013; 8 (7): e67221 DOI:
10.1371/journal.pone.0067221