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EPIDEMIOLOGA MOLECULAR DEL VIH

INDICE
1. ORIGEN DE LA DIVERSIDAD GENTICA EN EL VIH
2. RECOMBINACIN COMO FUENTE DE HETEROGENEIDAD GENTICA
3. VARIANTES Y CLASIFICACIN DEL VIH
3.1. TIPOS DEL VIH
3.2. GRUPOS Y SUBTIPOS DEL VIH-1
3.3. FORMAS RECOMBINANTES ENTRE SUBTIPOS DEL VIH-1 (CRF Y URF)
3.4. GRUPOS DEL VIH-2
4. DISTRIBUCIN DE LOS SUBTIPOS Y RECOMBINANTES DEL VIH-1
5. IDENTIFICACIN DE NUEVOS SUBTIPOS GENTICOS O CRF
6. TCNICAS PARA DETECTAR SUBTIPOS DEL VIH
6.1. MTODOS GENTICOS
6.1.1. Secuenciacin del VIH y anlisis filogentico posterior
6.1.2. Tcnicas de subtipaje rpido
6.1.3. Ensayo de movilidad de los heterodplex (HMA)
6.1.4. Polimorfismo de los fragmentos de restriccin (RFLP)
6.2. MTODOS SEROLGICOS
7. IMPORTANCIA EPIDEMIOLGICA DE LAS VARIANTES NO-B EN LA PANDEMIA
7.1. VARIANTES DEL VIH QUE CIRCULAN EN ESPAA
7.2. VARIANTES DEL VIH QUE CIRCULAN EN LATINOAMRICA
8. IMPLICACIONES CLNICAS DE INFECCIONES POR VARIANTES NO-B DEL VIH-1
9. CONCLUSIN
10. LECTURA RECOMENDADA

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FIGURAS y TABLAS
Figura 1. Ejemplo simplificado de cuasiespecie del VIH.
Figura 2. Recombinacin en el VIH.
Figura 3. Estimacin epidemiolgica de casos de VIH hasta finales de 2012.
Figura 4. Prevalencia global del VIH en adultos.
Figura 5. Clasificacin de las variantes del VIH.
Figura 6. Estructura mosaico de los dos CRF del VIH-1 ms prevalentes.
Figura 7. Agrupacin en familias de CRF en gag-pol.
Figura 8. Distribucin mundial de subtipos y formas recombinantes del VIH-1.
Figura 9. rbol filogentico del VIH y SIV.
Figura 10. Ejemplo de determinacin del subtipo del VIH-1 mediante anlisis filogentico
en un triple recombinante: gag (U), pol (CRF10_CD) y env (A1).
Figura 11. Distribucin de variantes en la Cohorte CoRIS segn varias herramientas de
subtipaje.
Figura 12. Variantes del VIH-1 en adultos (cohorte espaola CoRIS) y en la cohorte peditrica
de Madrid, Espaa.
Figura 13. Variantes del VIH-1 en pacientes de la Cohorte de nios y adolescentes de Madrid
infectados por VIH nacidos antes y despus del ao 2000.
Figura 14. Impacto de la diversidad del VIH.

Tabla 1. Causas de la alta variabilidad gentica del VIH.


Tabla 2. Diferencias biolgicas entre VIH-1 y VIH-2.
Tabla 3. Mtodos para detectar variantes del VIH-1.
Tabla 4. Herramientas de subtipaje rpido disponibles online.
Tabla 5. Efectos de los polimorfismos naturales en genes dianas de terapia antirretroviral.

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La epidemiologa molecular es la ciencia que permite estudiar los factores genticos


virales que influyen en la infeccin y propagacin del virus en una poblacin. Tambin
se encarga de identificar las distintas cepas del VIH en cada rea geogrfica para
evaluar la extensin de la pandemia y establecer las estrategias de prevencin ms
eficaces en cada caso.
1. ORIGEN DE LA DIVERSIDAD GENTICA EN EL VIH
La gran heterogeneidad gentica del VIH es una de las causas de que existan
tantas variantes de este virus. Fundamentalmente, es el resultado de la elevada tasa
de mutacin (bases incorporadas incorrectamente por nucletido y por ronda de
replicacin del ARN viral), con la aparicin de 1-10 cambios de media en cada cadena de
ARN por ciclo replicativo. Esto es debido a que la retrotranscriptasa (RT) del VIH
carece de actividad correctora de pruebas. Ello quiere decir que no es capaz de
eliminar los nucletidos errneos incorporados durante la replicacin viral, a diferencia
de lo que hacen las ADN polimerasas.

Por ello, las poblaciones de VIH replican como distribuciones complejas de genomas
diferentes, pero genticamente relacionados, llamadas cuasispecies. Ese espectro de
mutantes o conjunto de virus mutantes en una poblacin de virus ARN que forma la
cuasiespecie viral est sometido a procesos de seleccin (positiva y/o negativa) y
sucesos al azar, que permiten evolucionar genticamente al virus. Los eventos de
seleccin pueden cambiar la secuencia consenso o mayoritaria representativa de la
poblacin viral. Un ejemplo de presin selectiva sera la presencia de antirretrovirales.
stos pueden ejercer como seleccin negativa eliminando a virus salvaje o wild type de

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la poblacin viral, o pueden ejercer como seleccin positiva seleccionando en la


cuasiespecie viral las variantes virales con mutaciones de resistencia al frmaco
administrado (Figura 1). En la Figura 1 cada lnea representara una cadena de ARN
del genoma del VIH y cada smbolo en color a una mutacin puntual en una cadena de
ARN del genoma viral. La flecha roja seala a la secuencia consenso representativa de
la poblacin viral, que lleva en cada posicin el nucletido ms frecuente en el conjunto
de las variantes del VIH.

Figura 1. Ejemplo simplificado de cuasiespecie del VIH.

Sin embargo, la variacin gentica en el VIH no solamente puede ocurrir por


mutaciones puntuales, sino tambin por adiciones o deleciones de nucletido y por
procesos de recombinacin (Tabla 1). Por ello, el grado de diversidad gentica de una
cuasiespecie depende de varios factores, como el turnover viral, las altas tasas de
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mutacin y de recombinacin, los procesos selectivos y las restricciones genticas y


fenotpicas a la variacin. Todos esos mecanismos hacen que en cada paciente infectado
coexistan mltiples poblaciones virales diferentes, cuyas secuencias consenso pueden
variar segn las presiones selectivas a las que sean sometidas.

Tabla 1. Causas de la alta variabilidad gentica del VIH.


1. Alta tasa de replicacin viral
2. Alta tasa de mutacin
3. Alta tasa de recombinacin
4. Inserciones/deleciones de nucletidos

En un individuo infectado por VIH-1 existen del orden de 1012 partculas virales, y
stas pueden presentar un amplio rango de fenotipos respecto a virulencia, tropismo
celular, velocidad de replicacin, composicin antignica y susceptibilidad a los
frmacos antirretrovirales, dando al virus la capacidad de escapar al sistema inmune y
a los tratamientos. Por lo tanto, el control del VIH constituye una tarea difcil por la gran
plasticidad gentica y el enorme potencial evolutivo de este patgeno. Tambin se
conoce que la accin de ciertas protenas celulares, como la familia de las APOBEC,
pueden contribuir a la tasa de mutacin del VIH-1 y a fenmenos de hipermutacin
viral.

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2. RECOMBINACIN COMO FUENTE DE HETEROGENEIDAD GENTICA


La recombinacin en el VIH sucede in vivo como consecuencia de la presencia
en un individuo de varias variantes del VIH. Ocurre durante el paso de
retrotranscripcin y antes de la integracin. Es dependiente de la encapsidacin en un
mismo virin de dos ARN virales diferentes. Ello requiere la presencia simultnea en la
misma clula de dos cepas del VIH, y la integracin posterior de dos provirus
parentales

distintos

en

el

mismo

ncleo.

La

expresin

simultnea

el

empaquetamiento correcto del ARN viral da lugar a una primera poblacin heterocigota
de partculas virales. La recombinacin ocurre slo tras la reinfeccin de esa primera
generacin de virus heterocigotos en nuevas clulas, despus de entrar en el
citoplasma como molculas de ARN diferentes y ser retrotranscritas. En este paso, la
RT puede saltar de una molcula de ARN a otra, generando una segunda generacin
de provirus recombinantes, los cuales llevarn genomas (ARN) recombinantes (Figura
2).
Se sabe que durante la replicacin del VIH la recombinacin es frecuente,
estimndose entre 3 y 9 eventos de recombinacin por genoma y por ciclo replicativo, o
incluso ms segn algunos artculos. Adems, ya se ha publicado la existencia de sitios
del genoma viral predispuestos para fenmenos de recombinacin (hotspots).

La recombinacin y la transmisin de virus entre especies en la naturaleza han


sido procesos frecuentes, y han contribuido a la complejidad gentica, a la evolucin
del VIH, y a la expansin geogrfica de sus variantes. Las cepas recombinantes se
pueden generar no slo tras coinfecciones (infeccin simultnea del individuo con dos
cepas genticamente diferentes del VIH), sino tambin por procesos de superinfeccin
(infeccin por VIH en un paciente previamente infectado). Tanto en un caso como en el

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otro, una de las cepas coexistentes podra llegar a ser predominante en la infeccin de
esos individuos.

Figura 2. Recombinacin en el VIH.

(adaptado de AIDS 2002, 16:S:3-S16)

La infeccin dual en humanos tiene gran relevancia en la patognesis,


epidemiologa y control del VIH, ya sea utilizando antirretrovirales o vacunas.
Asimismo, es importante destacar que la generacin de nuevas variantes del VIH
podra alterar el curso de la enfermedad.

3. VARIANTES Y CLASIFICACIN DEL VIH


La epidemia global de SIDA es uno de los grandes retos a los que se enfrenta
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nuestra generacin. Se estima que en el mundo ms de 35 millones de personas viven


con el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) (Figura 3). De ellas, 25 millones
estn en frica subsahariana, aunque la epidemia se est expandiendo con velocidad
alarmante en otros continentes, como en Asia, ciertos pases de Europa del Este y de
Amrica Latina.
Figura 3. Estimacin epidemiolgica de casos de VIH hasta finales de 2013.

En frica subsahariana y Asia se concentran la mayora de los pases con mayor


prevalencia de la Infeccin (Figura 4).

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Figura 4. Prevalencia global del VIH en adultos.

El estudio de la variabilidad gentica del VIH es importante desde el punto de


vista epidemiolgico y teraputico. Ello se debe a que la alta heterogeneidad gentica
del VIH, causante de que existan tantas variantes de este virus, dificulta su control por
antirretrovirales y vacunacin. La clasificacin gentica del VIH es un primer paso
necesario para identificar las cepas del VIH responsables de la infeccin en cada rea
geogrfica. Con esta informacin, puede evaluarse la expansin de la pandemia y las
estrategias de prevencin ms eficaces en cada caso.

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3.1. TIPOS DEL VIH


El VIH es un miembro del grupo de los lentivirus. Se han identificado dos tipos
dentro de los lentivirus que infectan a humanos, llamados VIH-1 y VIH-2. El VIH-1 es el
ms extendido, y el responsable de la mayor parte de casos de infeccin por VIH en el
mundo. El VIH-2 se identific en 1986 a partir de dos pacientes africanos con SIDA que
no presentaban reactividad serolgica frente a VIH-1. Actualmente causa de 1 a 2
millones de infecciones, con altas prevalencias en frica Occidental, pero tambin
presente en Europa Occidental, Asia y Norte Amrica. En Europa se han descrito ms
de un millar de sujetos infectados por VIH-2. En Espaa, los primeros casos de
infeccin por VIH-2 se describieron en tres emigrantes africanos en 1988, y
actualmente hay registrados cerca de 250 casos. Las diferencias biolgicas entre el
VIH-1 y VIH-2 se describen en la Tabla 2.

Tabla 2. Diferencias biolgicas entre VIH-1 y VIH-2.


VIH-2 presenta perodos de latencia clnica ms largos que VIH-1
Patognesis
La progresin de la enfermedad es ms lenta en VIH-2 una vez que aparecen los
sntomas de inmunodeficiencia
Transmisin
Carga viral
Tratamiento

Las tasas de transmisin horizontal y vertical son menores en VIH-2


Los individuos asintomticos infectados con VIH-2 presentan una menor carga viral
que los portadores asintomticos del VIH-1.
VIH-2 es resistente a los inhibidores de la RT no anlogos de nuclesido
VIH-2 se encuentra bsicamente confinado a frica occidental

Epidemiologa

En Europa se ha identificado VIH-2 generalmente en inmigrantes procedentes de


regiones endmicas

Tanto el VIH-1 como el VIH-2 son capaces de disminuir el nmero de clulas


CD4+ y causar SIDA en personas infectadas, aunque difieren en su epidemiologa y en
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su historia natural. El VIH-2 es ms cercano filogenticamente al virus de la


inmunodeficiencia del simio (SIV) que al VIH-1, y parece ser menos patognico y
menos transmisible que el VIH-1. Por otra parte, la organizacin genmica del VIH-2 es
similar a la del VIH-1, pero su regulacin gentica es diferente. La tabla 2 muestra las
diferencias biolgicas entre el VIH-1 y el VIH-2.

3.2. GRUPOS Y SUBTIPOS DEL VIH-1


Como resultado de la alta variabilidad gentica, el VIH-1 se ha clasificado en
cuatro grandes grupos (Figura 5). Esta clasificacin se ha hecho en base a la
homologa gentica de secuencias gnicas completas o parciales, principalmente en
los genes gag y env, y actualmente en pol. Los 4 grupos dentro del VIH-1 son: grupo M
(main o principal), grupo O (outlier), grupo N (no M, no O) identificado en Camern, y el
grupo P, del que casi no se han descrito infecciones salvo casos aislados en Camern.
Los virus de los grupos O y N del VIH-1 presentan baja prevalencia, siendo
mayoritariamente encontrados en frica subsahariana occidental, aunque se han
descrito infecciones por VIH-1 grupo O en otras partes del mundo. Prcticamente la
mayora de infecciones por VI-1 estn causadas por variantes del grupo M, que se ha
sido subdividido en 9 subtipos hasta el momento (A-D, F-H, J, K). Dentro de algunos
subtipos se han distinguido sub-subtipos: 5 sub-subtipos (A1, A2, A3, A4 y A5) dentro
del subtipo A y dos (F1 y F2) dentro del subtipo F. Para el grupo O, los anlisis
filogenticos tambin han permitido reconocer varios subtipos en funcin de la regin
gentica analizada. De la clasificacin de los recombinantes del VIH-1, cada vez ms
importantes en la pandemia, se hablar posteriormente.

La diversidad gentica entre subtipos vara entre el 5 al 35% para distintos


genes. Considerando la secuencia de nucletidos del gen de la envuelta viral (env),
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dentro de un mismo subtipo del VIH-1, los aislados varan del 2-20%, entre un 20-30%
entre distintos subtipos del grupo M, y en un 35% entre aislados de los grupos M, O y N
del VIH-1. Las secuencias nucleotdicas del VIH-1 slo tienen un 50% de homologa
con las del VIH-2. Las distancias genticas entre subtipos son, en promedio, dos veces
mayores que para aislados separados del mismo subtipo.

Es importante recordar que a lo largo del genoma viral existen polimorfismos


genticos asociados a subtipos que actan como marcadores genticos especficos de
variante y que se han fijados en las secuencias virales durante la evolucin viral.
Algunos de ellos aparecen en ciertas posiciones relacionadas a resistencias a
antirretrovirales en genes que codifican a las dianas de esos frmacos en variantes del
VIH-1 concretas, con efectos que comentaremos ms adelante.

3.3. FORMAS RECOMBINANTES ENTRE SUBTIPOS DEL VIH-1 (CRF Y URF)


Es de inters sealar que, tras secuenciar genomas completos de varios
aislados del VIH-1, algunos de ellos no pueden considerarse subtipos puros sino que
son virus recombinantes intersubtipos que llevan fragmentos genmicos de distintos
subtipos de los viriones parentales. Los recombinantes intersubtipos con secuencia
completa y puntos de recombinacin comunes y reconocidos en ms de tres individuos
no relacionados epidemiolgicamente se llaman CRF (circulating recombinant forms o
formas recombinantes circulantes).

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Figura 5. Clasificacin de las variantes del VIH.

CRF, formas recombinantes circulantes: http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/HIV/CRFs/CRFs.html.


URF, formas recombinantes nicas.

Algunos CRF han sido responsables de la infeccin por VIH en ciertas regiones
geogrficas. Hasta enero de 2014 se ha publicado la existencia de 65 CRF, cada una
designada por un nmero y los subtipos genticos que estn presentes en su genoma,
representados por colores diferentes (Figura 6). La estructura gentica de la mayora de
las

72

CRF

se

puede

ver

http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/HIV/CRFs/CRFs.html.
Figura 6. Estructura mosaico de los dos CRF del VIH-1 ms prevalentes.

CRF01_AE

CRF02 AG

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en

Sin embargo, el nmero de formas recombinantes nicas (URF), con una


estructura gentica diferente a las CRF, va en aumento. Los URF se han encontrado en
individuos

aislados

en

grupos

de

personas

infectadas

relacionadas

epidemiolgicamente, no compartiendo los puntos de recombinacin intersubtipo con


los CRF conocidos, lo que no permite agruparlos con ellos. Cada vez se describen ms
recombinantes URF, en parte por la secuenciacin ms extensa de los diferentes
aislados.

La prevalencia de infeccin por VIH recombinantes es elevada, con una


dispersin geogrfica considerable. Ms de la mitad de los aislados del VIH-1 que han
sido secuenciados en una regin genmica lo suficientemente larga son recombinantes
entre virus que pertenecen a subtipos genticos diferentes y no subtipos puros como
se cres. Esto sugiere que la frecuencia de variantes recombinantes probablemente se
subestima, al no realizarse generalmente secuenciacin de fragmentos largos del
genoma del VIH. Esto se debe al coste elevado, tiempo requerido y laboriosidad del
proceso.

Los primeros CRFs caracterizados fueron los CRF01_AE, CRF02_AG,


CRF03_AB y CRF04_cpx (cpx, complex o complejo). El CRF01_AE originariamente fue
descrito como subtipo E, pero despus se observ que era un recombinante entre los
subtipos A y E (Figura 6). Est extendido por el sudeste asitico y fue responsable del
inicio de la epidemia del VIH en Tailandia en los aos 90.

Una de las formas recombinantes con ms relevancia desde un punto de vista


epidemiolgico es la CRF02_AG, recombinante entre los subtipos A y G, que est
causando varios millones de infecciones (Figura 6). Las cepas CRF02_AG son las
variantes ms prevalentes en frica occidental, siendo las responsables del 50-70% de
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las infecciones en esos pases. La epidemia de VIH en ciertas regiones de Rusia ha


sido causada por aislados de CRF03_AB. Las variantes CRF06_cpx incluyen
recombinantes entre cuatro o ms subtipos (A, G, J, K y regiones no clasificables a
nivel filogentico), y es la segunda variante ms prevalente en frica occidental. Las
cepas CRF07_BC y CRF08_BC son las mayoritarias en el colectivo de adictos a
drogas por va parenteral infectados en China. Los CRF que incluyen los subtipos B y F
circulan principalmente en algunos pases de Amrica Latina.

Dado que cada vez el nmero de CRF est aumentando, y muchos de ellos
comparten los mismos subtipos pero difieren en los puntos de recombinacin, nuestro
grupo ha propuesto recientemente la agrupacin de los CRF por familias (Figura 7).

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Figura 7. Agrupacin en familias de CRF en gag-pol.

Adaptado de Torrecilla E, Llcer T and Holgun A. Plos One 2014;9(2):e88099:


New findings in cleavage sites variability across groups, subtypes and recombinants of HIV-1.

La recombinacin entre variantes del mismo subtipo gentico tambin ocurre,


pero es ms difcil de detectar. No slo existen recombinantes intersubtipo del VIH-1,
sino que tambin se han detectado recombinantes entre aislados de VIH-1 y VIH-2 en
India y Brasil, y entre variantes de los grupos M y O del VIH-1 en Camern. Asimismo
se han descrito recombinantes entre distintos CRF en lugares de frica donde dos CRF
distintos circulan y tambin algunos ya se han descrito en Espaa. Tambin existen
recombinantes entre CRF y uno o varios subtipos. As varios CRFs (CRF11, CRF13,
CRF15, CRF22, CRF27, CRF33, CRF34, CRF36, CRF37, CRF48, CRF52, CRF53,
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CRF54, CRF55 y CRF59) incluyen en alguna regin de su genoma secuencias


CRF01_AE. Por otra parte, las variantes CRF09, CRF30, CRF36, CRF37, CRF43
incluyen

secuencias

CRF02_AG

http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/HIV/CRFs/CRFs.html).

(ver

Es

previsible

que

nuevos CRF se caractericen en un futuro y que cada vez se encuentren ms


recombinantes entre ellos, generando nuevos URF. De hecho, la lista de variantes
recombinantes CRF est creciendo constantemente, as como los URF descritos en la
literatura. Ello es consecuencia de la aparicin de nuevos recombinantes en zonas
donde varios subtipos y/o recombinantes cocirculan.

Debido a la alta frecuencia de cepas recombinantes del VIH-1 en la pandemia, la


prevalencia de cada subtipo en cada rea geogrfica depender de la regin gentica
viral subtipada. Si utilizamos secuencias pol (proteasas y/o retrotranscriptasa virales)
obtenidas para los anlisis de resistencia a antirretrovirales y caracterizamos el subtipo,
deberemos siempre decir que esa variante es el subtipo caracterizado en esa regin
secuenciada de pol, y no podremos asegurar que en otro gen pertenecer al mismo
variante hasta que no confirmemos el subtipo por anlisis filogentico con la secuencia
del mismo aislado en la regin viral correspondiente. As, el subtipaje de otras regiones
virales adicionales podra permitir detectar cepas recombinantes entre los subtipos
no-B

considerados

previamente

como

puros

en

esa

regin

analizada

filogenticamente. Por tanto, el nmero de cepas recombinantes en la pandemia podra


ser muy superior a la estimada y podr tener repercusiones clnicas importantes a la
hora del diseo de vacunas.

3.4. GRUPOS DEL VIH-2


Para el VIH-2 se han descrito ocho subtipos (A-H) (Figura 5), siendo el A y en
menor medida el B los ms frecuentes a nivel mundial. Actualmente hay registrados
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entre ms de 1 milln de infecciones registradas por VIH-2 en el mundo y cerca de 250


casos de VIH-2 en Espaa, caracterizndose como grupos A y B la mayora de los
aislados de los que se conoce el subtipo.

4. DISTRIBUCIN DE LOS SUBTIPOS Y RECOMBINANTES DEL VIH-1


La distribucin geogrfica de los subtipos del grupo M del VIH-1 es muy
heterognea, aunque poco a poco, los lmites geogrficos entre subtipos van
desapareciendo. Esto se debe a la gran movilidad de la poblacin favorecida por
diversos factores, como el turismo y la emigracin. Esto provoca un aumento cada vez
mayor de infecciones mixtas en pases donde varios tipos de virus estn presentes. Es
importante destacar que los subtipos C y A y las formas recombinantes CRF01_AE,
CRF02_AG del VIH-1 son responsables del 70% de los cerca de 35 millones de
infecciones a nivel mundial. Slo el subtipo C causa el 50% de todas las infecciones. La
aparicin de recombinantes por la circulacin de varias variantes (subtipos y/o
recombinantes) del VIH en una misma regin complica hacer mapas definidos de la
distribucin de las variantes del VIH-1, ya que la heterogeneidad de las cepas en cada
regin sera mucho mayor que la que se conoce. La Figura 8 muestra en distintos
paneles la distribucin de los subtipos y recombinantes ms relevantes en la pandemia
en las distintas regiones, mostrando su prevalencia con distinto grado de sombreado.

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Figura 8. Distribucin mundial de subtipos y recombinantes del VIH-1.

(Tomado del Hemelaar J, Journal of Infection 2013;66:391-400)

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5. IDENTIFICACIN DE NUEVOS SUBTIPOS GENTICOS o CRF


En 1995 se establecieron las siguientes bases para definir subtipos genticos
nuevos: 1) Necesidad de que al menos dos aislados epidemiolgicamente no
relacionados se agrupen juntos entre s, pero separados de los subtipos conocidos en
los rboles filogenticos. 2) Disponibilidad de secuencias contiguas de al menos 1,5
Kb. 3) Ausencia de fragmentos subgenmicos de esa secuencia que se agrupen con
otros subtipos conocidos. As, se descarta que el nuevo subtipo sea un recombinante
con subtipos ya identificados. Para identificar nuevos CRF se requieren, al menos, tres
aislados con estructura quimrica comn, que se agrupen filogenticamente, y que
hayan alcanzado una prevalencia suficiente.

6. TCNICAS PARA DETECTAR SUBTIPOS DEL VIH


Hay diferentes metodologas para detectar variantes y comparar a nivel
molecular aislados del VIH. As existen mtodos genticos, que determinan subtipos, y
mtodos serolgicos, que definen serotipos (Tabla 3).

Tabla 3. Mtodos para detectar variantes del VIH-1.


1. Serolgicos

Detectan serotipos

2. Genticos

Detectan variantes genticas o genotipos

2.1. Secuenciacin y anlisis filogentico posterior


2.2. Tcnicas online de subtipaje rpido
2.3. Ensayo de movilidad de heterodplex (HMA)
2.4. Polimorfismo de los fragmentos de restriccin (RFLP)

La eleccin de un mtodo de subtipaje u otro depender de la disponibilidad del


laboratorio y de la magnitud del estudio a realizar. A efectos prcticos, la secuenciacin
del material gentico viral y posterior anlisis filogentico se considera la metodologa
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de referencia para confirmar la presencia de variantes virales (subtipos y


recombinantes) del VIH, a pesar de no ser til para estudios epidemiolgicos a gran
escala por razones econmicas, tcnicas y de tiempo. As, las tcnicas de serotipaje,
los ensayos de movilidad de heterodplex (HMA), y de anlisis de los polimorfismos de
los fragmentos de restriccin (RFLP) prcticamente en la actualidad no se emplean. Sin
embargo pueden ser utilizadas en un primer screening en la poblacin estudiada, para
realizar una vigilancia de la poblacin y poder detectar nuevos subtipos o cambios de
patrones en los subtipos circulantes.

6.1. MTODOS GENTICOS


6.1.1. Secuenciacin del VIH y anlisis filogentico posterior
La secuenciacin de varias regiones del genoma del VIH y su anlisis
filogentico es el mtodo definitivo y ms fiable para determinar el subtipo gentico del
virus o CRF. El anlisis filogentico de las secuencias genticas se realiza a partir del
material amplificado por RT-PCR o PCR, segn se utilice ARN viral obtenido de plasma
sanguneo o fluidos biolgicos infectados del paciente o ADN proviral obtenido de
clulas o tejidos infectados. El anlisis filogentico permite analizar secuencias
parciales o el genoma total del VIH, y detectar recombinantes. Se recomienda analizar
un fragmento lo ms largo posible. La situacin ideal sera secuenciar el genoma
completo del aislado viral, pero en la mayora de los casos esto no es factible. Por ello,
se analizan fragmentos ms cortos que comprenden determinadas regiones genticas.
Actualmente, por su disponibilidad, se emplean con mucha frecuencia las secuencias
pol que codifican para la proteasa y retrotranscriptasa viral (principales dianas de los
frmacos anti-VIH en uso clnico) que se han generado en la rutina clnica para el
anlisis de resistencias a antirretrovirales durante el seguimiento clnico de los
pacientes.
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En el anlisis filogentico hay varias etapas clave. Una vez obtenida la


secuencia consenso viral, sta se alinea con un conjunto de secuencias de referencia
de los distintos subtipos y CRF, que estn disponibles en algunas bases de datos (p. ej.
Los lamos: http://www.hiv.lanl.gov/content/index). A continuacin, con el alineamiento
definitivo realizado con distintos programas informticos, se procede a la construccin
del rbol filogentico, para lo que se pueden emplear varios mtodos. Por ltimo, se
realiza lo que se conoce como bootstrap, que es un mtodo estadstico que se utiliza
para dar robustez a la topologa del rbol. A mayor bootstrap, mayor es la fiabilidad de
los resultados obtenidos. Se considera aceptable aquel rbol con un valor de bootstrap
superior al 70%.

En la Figura 9 se muestra un rbol filogentico donde aparecen los tipos del VIH
(VIH-1 y VIH-2), los grupos del VIH-1, algunos subtipos del VIH-1 grupo M, y
secuencias del virus de la inmunodeficiencia de simio (SIV). As, por ejemplo, si nuestra
secuencia se incluye en una agrupacin o cluster de secuencias de un subtipo o CRF
del VIH-1 concreto con bootstrap mayor del 70%, podremos decir que el virus
recuperado del paciente pertenece a esa variante del VIH-1 en la regin gentica
secuenciada. El anlisis filogentico tambin nos puede ayudar a identificar
recombinantes con distinto subtipo en regiones secuenciadas virales diferentes en un
paciente (Figura 10).

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Figura 9. Ejemplo de rbol filogentico del VIH y SIV.


Grupo O VIH-1

Grupo N VIH-1

SIV

Grupo M VIH-1

VIH-1
VIH-2

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Figura 10. Ejemplo de determinacin del subtipo del VIH-1 mediante anlisis
filogentico en un triple recombinante: gag (U), pol (CRF10_CD) y env (A1).

6.1.2. Tcnicas de subtipaje rpido


Hemos visto cmo el anlisis filogentico de secuencias del VIH-1 es el mtodo de
referencia para su clasificacin en subtipos y recombinantes CRF. Sin embargo, debido
a su complejidad, alto coste y necesidad de personal entrenado, no estn implantados
de manera rutinaria en la prctica clnica para la identificacin de variantes del VIH. Por
ello, muchos profesionales de la salud utilizan herramientas automatizadas de
subtipaje, que son rpidas, fciles de usar y, en su mayora, gratuitas. stas son
pginas web disponibles en internet, en las que se introducen las secuencias del VIH-1
de los pacientes generadas en la rutina clnica para el estudio de resistencias virales y,
de manera automtica, asignan un determinado subtipo o recombinante CRF por
similitud con determinadas secuencias de aislados virales de referencia (Tabla 4).

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Tabla 4. Herramientas de subtipaje rpido disponibles online.


NCBI Genotyping Tool
(National
Center
for
Biotechnology
Information, Bethesda, MD, EE.UU.)
Stanford HIVdb (Universidad de Stanford,
EE. UU.)
EuResist Prediction System
(Red Europea EuResist)
jpHMM-HIV (Universidad de Gotinga)
REGA 2.0 (Universidad de Leuven)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genotyping/form
page.cgi

COMET (CRP-sant)

http://sierra2.stanford.edu/sierra/servlet/JSierra?action
=sequenceInput
http://engine.euresist.org/data_analysis/viral_sequence/
new
http://jphmm.gobics.de/submission_hiv.html
http://www.bioafrica.net/regagenotype/html/subtypinghiv.html
http://bioafrica.mrc.ac.za:8080/rega-genotype3.0.2/hiv/typingtool
http://comet.retrovirology.lu/

SCUEAL (Universidad de California)

http://www.datamonkey.org/dataupload_scueal.php

REGA 3.0 (Universidad de Leuven)

STAR (University College de Londres)

http://www.vgb.ucl.ac.uk/starn.shtml

Sin embargo, a pesar de que se estn extendiendo a nivel clnico y pueden ser
tiles para la identificacin del subtipo B y ciertas variantes no-B, las tcnicas rpidas
de subtipaje han presentado limitaciones a la hora de identificar ciertos subtipos no-B y
recombinantes, sobre todo URF, mostrando discrepancias con los anlisis filogenticos
en esos casos y entre distintas herramientas. As, nuestro grupo analiz y compar la
distribucin de variantes del VIH-1 en 670 secuencias virales pol obtenidas de
pacientes diferentes infectados de una cohorte nacional de adultos infectados por VIH1 en Espaa (Cohorte CoRIS) usando anlisis filogenticos y 8 herramientas de
subtipaje

rpido

(Figura

11).

Observamos

discrepancias

importantes

en

la

identificacin de ciertas variantes con distintas webs, sobre todo recombinantes que
eran mal identificados e incluso clasificados como subtipo B.

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Figura 11. Distribucin de variantes en la Cohorte CoRIS segn varias


herramientas de subtipaje.

(Phy, anlisis filogentico. Tomado de Yebra G et al., Antiviral Research 2011;89:19-25)

Este estudio mostr que la sensibilidad de estas tcnicas online de subtipaje


rpido depende de la proporcin de subtipos B en la poblacin estudiada, siendo mayor
cuanto mayor es el porcentaje de pacientes infectados por cepas B en la poblacin de
estudio. Observamos que la sensibilidad y especificidad de estas tcnicas rpidas
disminuyen drsticamente en zonas donde las variantes no-B y recombinantes ms
complejos prevalecen. Por ello no seran de gran fiabilidad en pases donde circulan
simultneamente un gran nmero de subtipos y recombinantes diferentes, como es el
caso de frica subsahariana, entre otros. Otra conclusin de este estudio fue el
demostrar que la distribucin de variantes del VIH-1 en cualquier poblacin infectada
que se analice depende de la herramienta de subtipaje que se emplee. Es decir, los
resultados de un estudio de epidemiologa molecular del virus cambiaran dependiendo
de la herramienta que se utilice y de la prevalencia de no-B, especialmente
recombinantes, lo cual podra tener repercusin importante en el diseo de vacunas
frente al VIH.

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Se requiere una optimizacin de estas tcnicas rpidas incluyendo ms


secuencias de variantes diferentes al subtipo B y CRF en sus bases de datos para
aumentar su eficacia en un futuro y mejorar su correlacin con los anlisis filogenticos.
As se podr extender su uso en la prctica clnica de una manera ms fiable. Por tanto
actualmente, aunque las tcnicas de subtipaje rpido pueden ser tiles para la
identificacin del subtipo B y ciertas variantes no-B, sobre todo en un primer muestreo
o screening, el anlisis filogentico sigue siendo la tcnica de referencia para identificar
correctamente todos los subtipos y CRF del VIH-1 en estudios de epidemiologa
molecular. Adems, debera ser realizada para confirmar las variantes sospechosas de
ser subtipos no-B o recombinantes.

6.1.3. Ensayo de movilidad de los heterodplex (HMA)


La tcnica del heterodplex de ADN (HMA, heteroduplex mobility assay) est
basada en la distinta movilidad que presentan en geles de poliacrilamida los
heterodplex de ADN que se forman entre secuencias relacionadas, que es
proporcional a su grado de divergencia. Para ello, una muestra de ADN de un aislado
desconocido es amplificada mediante PCR y se hace hibridar con secuencias
amplificadas de ADN de distintas cepas de referencia de subtipos conocidos para
formar heterodplex. Los dos amplificados del mismo tamao se mezclan y,
posteriormente, se desnaturalizan y reanillan, tras lo cual se someten a electroforesis
en geles de poliacrilamida. Se observan varias bandas: una corresponde a homodplex
(dos cadenas hibridadas de ADN de la misma muestra) y las otras a heterodplex (dos
cadenas hibridadas de ADN de muestras distintas). Las ltimas migran ms
lentamente, sufriendo un retardo en su movilidad electrofortica que es proporcional a
la distancia gentica (% de cambios de nucletido) entre las cepas analizadas. Cuanto
ms prxima es la relacin entre secuencias, ms rpidamente migra el heterodplex.
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Con este mtodo la Organizacin Mundial de la Salud hizo en un pasado


estudios epidemiolgicos a gran escala, clasificando genticamente un gran nmero de
cepas del VIH-1 antes de la expansin de la secuenciacin viral. Es una tcnica rpida,
y barata. Sin embargo, no siempre permite hacer una interpretacin correcta de los
resultados obtenidos, y requiere una continua seleccin de subtipos de referencia que
circulen en la regin geogrfica donde la muestra problema es aislada, para cubrir toda
la diversificacin viral existente posible. Adems slo permite analizar subtipos en la
envuelta viral y ya su uso en estudios de epidemiologa molecular es mnimo.

6.1.4. Polimorfismo de los fragmentos de restriccin (RFLP)


Es una tcnica gentica basada en el polimorfismo de los sitios de restriccin
(RFLP, restriction fragment length polymorphism) que se ha empleado para identificar
algunos de los subtipos genticos del VIH-1 y/o VIH-2, e incluso infecciones mixtas
entre subtipos del VIH-1. Ciertas regiones especficas del genoma del VIH se
amplifican mediante la reaccin de la polimerasa en cadena (PCR) usando como molde
ADN proviral extrado de linfocitos de sangre perifrica o ARN viral procedente de
plasma sanguneo o sobrenadantes de cultivo viral. A continuacin, se trata el material
amplificado con enzimas de restriccin especficas, cuyos sitios de corte tienen una
secuencia determinada y aparecen slo en algunos subtipos del VIH. De esa manera
se genera un patrn de migracin electrofortica que es visualizado en un gel de
poliacrilamida. Las diferencias en la movilidad electrofortica de los productos de la
digestin permiten un reconocimiento rpido de algunos subtipos filogenticos. Si la
infeccin es causada por virus de un nico subtipo, se detecta un nico patrn de
restriccin. Por el contrario, en las infecciones mltiples causadas por una o ms cepas
virales de distintos subtipos, se observan varios patrones de digestin en un mismo
individuo. Una de las mayores limitaciones de esta tcnica es que la variabilidad
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gentica en las regiones empleadas en el anlisis puede generar o eliminar sitios de


restriccin, alterando los patrones de bandas esperados. Actualmente es una tcnica
que no se usa para estudios de epidemiologa molecular del VIH.

6.2. MTODOS SEROLGICOS


Detectan serotipos, no subtipos genticos del VIH. Se basan en ELISA
diferenciales que utilizan pptidos derivados del dominio V3 de la glicoprotena de
superficie gp120 de la envuelta del virus. Los pptidos sintticos representan las
secuencias consenso de algunos subtipos, pero no de todos. Es necesario emplear en
el ELISA un panel de pptidos representativo de cada uno de los diferentes subtipos, lo
que complica tanto la elaboracin como la interpretacin de la tcnica. Estas tcnicas
estn en continua optimizacin, ya que la diferenciacin entre subtipos no siempre es
absoluta. En algunos casos hay variaciones de slo dos aminocidos en los pptidos
utilizados, y esto explica la elevada reactividad cruzada entre subtipos. Por otra parte,
los serotipos de neutralizacin no se correlacionan siempre con los subtipos genticos,
por lo que actualmente no se usan para los estudios de epidemiologa molecular del
VIH.

7. IMPORTANCIA EPIDEMIOLGICA DE LAS VARIANTES NO-B DEL VIH-1 EN LA


PANDEMIA

Los variantes no-B del VIH, que incluyen a los subtipos diferentes del B y a los
recombinantes CRF y URF, tienen gran relevancia epidemiolgica, porque causan
cerca del 90% de los ms de 35 millones de infecciones en el mundo. Las variantes no-B
del VIH-1 son mayoritarios en pases en vas de desarrollo, principalmente en frica
subsahariana, donde se encuentran entre 25 millones de pacientes infectados por
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VIH-1. All se han encontrado todos los subtipos del VIH-1 y multitud de recombinantes
diferentes. Los subtipos B del VIH-1, a pesar de slo causar el 10% de todas las
infecciones por VIH a nivel mundial, son los ms estudiados desde el punto de vista
gentico, biolgico y teraputico. Ello se debe a que son prevalentes en la mayora de
pases de altos recursos, donde la terapia antirretroviral est extendida, incluyendo
Amrica y Europa Occidental, y donde principalmente se disean los frmacos frente al
VIH, las tcnicas de cuantificacin de la viremia y las de diagnstico gentico y serolgico.
Sin embargo, el aumento en la inmigracin y los movimientos de poblacin desde pases
endmicos para subtipos no-B y recombinantes del VIH-1 han contribuido en gran medida
a su introduccin en pases donde las infecciones por subtipos B del VIH-1 eran
mayoritarias y donde ha ocurrido su posterior expansin en pacientes tanto inmigrantes
como autctonos.

En los ltimos aos se est observando un aumento de subtipos no-B en Europa y


E.E.U.U., entre otros, y su prevalencia es cada vez mayor, introducindose ya en
poblacin nativa y teniendo una representacin importante entre los nuevos diagnsticos
en algunos pases europeos. Ello se ve favorecido por la gran movilidad de la poblacin
por el turismo y la emigracin. Se estima que ms del 10% de las nuevas infecciones
por VIH-1 en muchos pases de Europa occidental estn causadas por subtipos no-B.
Incluso se han encontrado porcentajes mucho mayores en pases con relaciones
socioeconmicas estrechas con zonas donde estas cepas son endmicas o donde el
fenmeno de la inmigracin de personas de esas regiones est ms arraigado. La
proporcin de subtipos no-B y recombinantes entre los nuevos diagnsticos vara entre
los pases. Se han publicado prevalencias de infecciones por subtipos no-B en hasta el
50% de los infectados en ciertos pases europeos que tuvieron colonias en Africa
Subsahariana y, por tanto, han mantenido un intercambio de poblaciones fluido y
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continuo desde hace largo tiempo. Ya se han observado brotes epidmicos causados
por ciertas CRF en algunas partes del mundo.

7.1. VARIANTES DEL VIH QUE CIRCULAN EN ESPAA


Aunque la variante mayoritaria en Espaa es el subtipo B del VIH-1, varios
estudios han estimado que la prevalencia de subtipos no-B y recombinantes oscila
entre el 10-15%, segn la cohorte estudiada, aumentando hasta ms del 90% entre los
infectados procedentes de frica subsahariana. Se ha publicado una similar tasa de
infecciones por variantes no-B en poblacin peditrica y adulta infectada (Figura 12).
En Espaa se ha detectado la presencia de todos los subtipos no-B del VIH-1, y de un
gran nmero de recombinantes CRF y URF, favorecida por los movimientos de
poblacin desde zonas donde estn presentes estas variantes, principalmente de frica
subsahariana y ciertas zonas de Latinoamrica. Incluso se ha detectado la presencia
de infecciones causadas por recombinantes entre dos CRF diferentes. De hecho, la
mayora de cepas no-B encontradas en nuestro pas son formas recombinantes, siendo
el recombinante el CRF02_AG la variante no-B ms frecuente en prcticamente todos
los estudios realizados Espaa. En Galicia se detect un brote entre ADVP producido
por el subtipo G procedente de Portugal, que conllev la formacin en esta regin de
recombinantes entre B y G. En la actualidad, algo similar est ocurriendo tambin en
esta regin con el subtipo F procedente de Brasil entre hombres infectados por
relaciones homosexuales. Tambin se han encontrado personas infectadas por
variantes del grupo O del VIH-1 y del VIH-2 en Espaa, aunque son variantes con muy
baja prevalencia.

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Figura 12. Variantes del VIH-1 en adultos (cohorte espaola CoRIS) y en la cohorte
peditrica de Madrid, Espaa.

(Tomada de Yebra et al., JCM 2012;50:407-13; de Mulder et al.,PIDJ 2012;31:e213-21)

Se ha publicado que la prevalencia de infecciones por cepas no-B ha ido


aumentando entre los nuevos diagnsticos en Espaa en los ltimos aos, tanto en
poblacin nativa como en inmigrantes infectados procedentes de frica y de
Latinoamrica. Ello se ha confirmado para poblacin peditrica infectada en
seguimiento clnico en la Comunidad de Madrid, al incrementarse el nmero de
infecciones por variantes no-B, principalmente recombinantes. As se ha comparado la
variante del VIH-1 en 41 nios infectados por va vertical nacidos a partir del ao 2000
respecto a 191 pacientes adolescentes nacidos antes (Figura 13). Esta parece que
ser la tendencia que siga la epidemia en en los prximos aos, puesto que el nmero
de virus recombinantes del VIH-1 identificados sigue en aumento en Espaa y en el
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resto de pases que reciben inmigracin de zonas endmicas para subtipos no-B y
recombinantes del VIH-1.

Figura 13. Variantes del VIH-1 en pacientes de la Cohorte de nios y adolescentes de


Madrid infectados por VIH nacidos antes y despus del ao 2000.

7.2. VARIANTES DEL VIH QUE CIRCULAN EN LATINOAMRICA


En Latinoamrica la mayor parte de las infecciones se deben al subtipo B del
VIH-1. Sin embargo tambin circulan simultneamente otros subtipos, como el subtipo
F, C, D y G, entre otros. Ya se ha publicado la presencia de recombinantes entre los
subtipos B y F (CRF12, CRF17, CRF28, CRF29, CRF31, CRF39, CRF40, CRF44 y
CRF46) en distintos pases de Latinoamrica, incluyendo Brasil, Argentina, Cuba,
Mjico, y Uruguay, entre otros. Tambin se han identificado recombinantes BC
(CRF31_BC), BG (CRF20, CRF23, CRF24) y BD, as como variantes CRF02_AG,
CRF06_cpx, CRF16_A2D y otros recombinantes ms complejos que incluyen 2 o ms
subtipos del VIH-1.

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8. IMPLICACIONES CLNICAS DE LAS INFECCIONES POR VARIANTES NO-B DEL


VIH-1

El reconocimiento de subtipos no-B y recombinantes del VIH-1 puede tener


implicaciones ms all del mero inters epidemiolgico. La extraordinaria variabilidad
gentica puede tener relevancia biolgica para su patogenicidad, transmisibilidad,
diagnstico, repuesta al tratamiento antiviral y respuesta a posibles vacunas. Algunos
trabajos han demostrado las implicaciones clnicas de las infecciones por distintas
variantes del VIH-1, aunque an se requiere ms investigacin al respecto. La Figura
14 resume el impacto clnico y biolgico de la diversidad del VIH, existiendo extensa
bibliografa que refuerza cada aspecto presentado.

Figura 14. Impacto de la diversidad del VIH.

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Ya se ha confirmado la influencia del subtipo gentico en la progresin de la


enfermedad. As, los pacientes infectados por cepas del subtipo D del VIH-1 progresan
ms rpidamente a SIDA y mueren antes que aquellos infectados por el subtipo A del
VIH-1. Tambin se observ mayores niveles de demencia en pacientes infectados por
subtipo D frente a los infectados por subtipo A.
Asimismo,

se

han

encontrado

algunas

diferencias

en

el

uso

de

quimiorreceptores por parte de distintos subtipos asociado al tropismo viral. Algunos


autores han descrito que cepas del subtipo C utilizan con menor frecuencia el
correceptor CXCR4 que se asocia al tropismo por linfocitos T, y su mayor uso del
correceptor CCR5 le permite las mucosas genitales frente a otros subtipos, lo que ha
sugerido su mayor transmisin por va vertical y heterosexual. Por otra parte, no se han
encontrado cepas de subtipos D con tropismo dual. Algunos estudios han sugerido una
mayor transmisin heterosexual del subtipo A frente al subtipo D y mayor transmisin
vertical del subtipo C que de los subtipos A y D.
Tambin se ha observado en experimentos in vitro que cepas del grupo M del
VIH-1 tienen una capacidad replicativa 100 veces mayor que aislados del VIH-2 y
stos, a su vez, 100 veces mayor que aislados del grupo O. Se observ que aislados
del grupo M fueron capaces de competir con xito en cultivo viral frente a las cepas del
VIH-2, y stas, a su vez, mostraron ventaja selectiva tras competirlas con variantes del
grupo O del VIH-1. Asimismo recombinantes CRF02_AG presentan mayor ventaja
replicativa que sus subtipos parentales A y G y el CRF33_01B que sus parentales
CRF01_AE y subtipo B.
Se han encontrado polimorfismos genticos especficos de variante en
regiones del virus esenciales para el ciclo viral o que interaccionan con protenas
celulares implicadas en el ciclo viral, lo que hace necesarios ms estudios de las
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consecuencias de esa variabilidad en el ciclo infectivo de las cepas que muestran los
cambios. Tambin se ha publicado que distintos subtipos genticos presentan
variaciones de longitud de sus protenas gag, y que existe variabilidad gentica en los
sitios de procesamiento de lpoliprotenas precursoras virales gag y gag-pol y en las
protenas gag implicadas en la salida viral de la clula en los distintos subtipos.
Recientemente se han descrito diferencias en la retrotranscripcin viral asociadas a
subtipos que afectan a la replicacin del VIH. Por otro lado, hay trabajos que muestran
cmo el subtipo influencia en los niveles de CD4 en la seroconversin y en la cada de
linfocitos CD4+.
La presencia de subtipos virales diferentes puede causar problemas en el
diagnstico molecular del genoma del VIH en nios menores de 18 meses de madres
seropositivas y en la cuantificacin de la carga viral en las personas infectadas.
Estas tcnicas estn basadas en el uso de sondas o cebadores que han sido diseados
tomando como referencia secuencias del subtipo B del VIH-1, mayoritarias en pases
industrializados pero poco prevalentes en la pandemia a nivel mundial. La variabilidad
de las secuencias de los aislados del VIH-1 puede dar lugar a la no hibridacin de las
sondas o cebadores con la secuencia viral correspondiente. Esto originar un
resultado negativo falso, o un resultado de carga viral errneo. Se han observado
divergencias en los valores de carga viral obtenidos en aislados de distintos subtipos y
recombinantes del VIH-1 cuando fueron analizados con distintas tcnicas de
cuantificacin disponibles comercialmente y, en algunos casos, incluso con versiones
diferentes de la misma tcnica.
Durante los ltimos aos las casas comerciales han estado optimizando sus
ensayos de carga viral para mejorar la cuantificacin de las distintas variantes del VIH.
Sin embargo, an queda trabajo por hacer para asegurar una correcta cuantificacin de
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los recombinantes virales ms complejos y para conseguir la concordancia de


cuantificacin de viremia de todas las variantes del VIH-1 entre los distintos ensayos,
tanto comerciales como no comerciales. Tambin es necesaria la optimizacin de
ensayos que permitan cuantificar correctamente todos los subtipos del HIV-2.

Otro problema de la variabilidad viral se refiere a la eficacia de los


antirretrovirales. As, se ha observado cmo la variabilidad gentica de las cepas
puede afectar a la susceptibilidad a frmacos anti-VIH, como ocurre con los aislados del
grupo O y del VIH-2, que presentan resistencia natural a los inhibidores de la RT no
anlogos de nuclesidos. Sin embargo, el impacto del subtipo gentico en la respuesta
clnica a la terapia antirretroviral no es bien conocido.

Los subtipos y recombinantes del grupo M del VIH-1 presentan un alto grado de
polimorfismos naturales especficos de variantes en codones asociados con
resistencia a antirretrovirales del gen pol. Estos cambios pueden influenciar la
aparicin de virus resistentes, modular el grado de resistencia y/o la capacidad
replicativa, pueden aumentar o disminuir la barrera gentica para alcanzar resistencia a
ciertos frmacos, modificar las vas de adquisicin de resistencia en algunos subtipos, y
las afinidades de unin a los frmacos (Tabla 5). Otros autores han demostrado que
algunos polimorfismos naturales en la PR confieren una gran susceptibilidad a IP en
ciertos subtipos no-B del VIH-1 in vitro, como se observ para nelfinavir en cepas
CRF02_AG e indinavir para subtipos C. Sin embargo, hasta el momento, no existe
evidencia clnica que apoye que individuos infectados por dichas variantes muestren
hipersusceptibilidad a IP in vivo y respondan mejor a terapias que los incluyen. Hay
ciertas mutaciones de resistencia que ocurren en unos subtipos pero no en otros, y

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variantes del VIH-1 que presentan vas de resistencia diferentes para ciertos frmacos
permitiendo, en algunos casos, llegar a la mutacin de resistencia ms rpidamente.

An queda mucho por conocer acerca del efecto del subtipo gentico y la
evolucin de resistencias a frmacos en distintas variantes. Por ello, se hace necesario
interpretar correctamente el grado de polimorfismos naturales en posiciones de los
genes diana relacionadas con resistencia a frmacos antirretrovirales en subtipos no-B,
y encontrar los posibles nuevos patrones o vas de adquisicin de resistencia en estas
variantes.

Tabla 5. Efectos de los polimorfismos naturales en genes dianas de terapia


antirretroviral.
1. Aceleran seleccin de mutaciones puntuales de resistencia a drogas
2. Modulan el grado de resistencia
3. Impactar en la susceptibilidad de frmacos in vitro: (resistencia o hipersusceptibilidad)
4. Favorecer rutas alternativas de resistencias
5. Pueden alterar respuesta a frmacos antirretrovirales especficos
6. Influyen en la interpretacin de los algoritmos de resistencia genotpica
7. Influyen en la eficiencia de ensayos de resistencia genotpica y fenotpica
8. Influyen en la capacidad replicativa del virus
(adaptado de Holgun et al., AIDS Reviews 2006;8:98-107)

La influencia del subtipo gentico en la interpretacin de los algoritmos de


resistencia gentica ha sido tambin motivo de estudio. As se han publicado
discordancias en la interpretacin que diversos algoritmos para algunos frmacos y
ciertas variantes del VIH-1. Estas diferencias podran ser atribuidas a que algunos de
esos algoritmos no consideran como mutaciones de resistencias a polimorfismos
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especficos de subtipo que aparecen en esas posiciones de resistencia, pero otros


algoritmos s, generando las diferencias de interpretacin entre ellos para una misma
secuencia viral. Tambin se requiere adaptar los algoritmos de interpretacin de
resistencias actuales para variantes del grupo O del VIH-1 y para VIH-2.
La presencia de mltiples variantes del VIH-1 afecta tambin a la eficacia de las
tcnicas subtipaje rpido que, como hemos explicado anteriormente, no siempre
identifican correctamente ciertas variantes del VIH-1, sobre todo recombinantes
complejos. As se ha observado que la sensibilidad de las herramientas automatizadas
disminuye drsticamente para los recombinantes distintos al CRF01_AE y CRF02_AG,
pobremente representados en las bases de datos de estas herramientas. Tambin se
han observado limitaciones de las herramientas bioinformticas de prediccin de
tropismo viral, sobreestimando el uso del correceptor CXCR4 para ciertas variantes,
como los recombinantes CRF01_AE y CRF02_AG.
Para controlar al virus es necesario tener en cuenta la evolucin gentica del
VIH y las variantes circulantes en cada regin geogrfica para anticiparnos al virus con
nuestros tratamientos y estrategias de prevencin. Sin embargo, el actual diseo de
los nuevos frmacos y la mayora de los estudios de eficacia clnica de los frmacos
antirretrovirales estn diseados principalmente para los aislados de virus de subtipos
B del VIH-1. An no se ha podido demostrar una peor respuesta a frmacos en
pacientes infectados por ciertos subtipos no-B y recombinantes, aunque los estudios
que se han realizados hasta el momento comparando las respuestas clnicas a la
terapia antirretroviral en pacientes infectados por los distintos subtipos presentan
limitaciones y han sido realizados en periodos menores a 1-2 aos. Por ello se
requieren ms estudios para conocer si las terapias actuales sern igualmente
eficaces en pacientes infectados por subtipos no-B del VIH-1 a largo plazo, optimizando
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su diseo, analizando la respuesta a frmacos concretos para cada subtipo y


recombinantes mayoritarios por separado. Adems, se necesitara incluir un nmero
representativo y similar de pacientes infectados por cada uno de ellos, aunque eso no
siempre es fcil, por la prevalencia desigual de variantes VIH-1 en los pases donde se
suelen realizar ms ensayos clnicos.

Por ltimo, la alta diversidad gentica podra tener serias implicaciones en los
esfuerzos por controlar la pandemia de SIDA mediante procesos de vacunacin,
complicando cualquier diseo de las vacunas dirigidas a inducir inmunidad protectiva
frente al virus.

9. CONCLUSIN

Existen varias razones por la cules se considera importante la identificacin y


estudio de los subtipos y recombinantes del VIH-1. Primero, se ha descrito una tasa
diferente de progresin a SIDA en sujetos infectados con determinados subtipos no-B.
Adems, hemos observado cmo la variabilidad gentica tiene implicaciones clnicas
importantes. Segundo, polimorfismos naturales en la proteasa y retrotranscriptasa
virales, las dianas ms habituales de los frmacos antirretrovirales, estn presentes
con frecuencia segn un patrn especfico de subtipos. Estas caractersticas
cambiantes podran influir en la susceptibilidad a drogas, as como a la seleccin de
vas diferentes y/o ms rpidas en el proceso de emergencia de resistencia a frmacos,
con el consecuente posible fallo teraputico a largo plazo. Si el subtipo del VIH-1
tuviera un impacto en la eficacia frente ciertos frmacos, podra ser un factor a tener en
cuenta a la hora de elegir un primer rgimen teraputico, optimizndose las terapias en
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pases donde esas cepas no-B del VIH-1 fueran endmicas. Tercero, las diferencias
genticas entre variantes del VIH-1 y la continua aparicin de recombinantes cada vez
ms complejos generados por fenmenos de coinfeccin o superinfeccin puede
comprometer la fiabilidad de las tcnicas de diagnstico gentico por PCR en nios y
monitorizacin de pacientes infectados por VIH, incluyendo las valoraciones de carga
viral. Cuarto, la propagacin constante de recombinantes podra tener serias
implicaciones en los esfuerzos por controlar la pandemia de SIDA mediante procesos
de vacunacin. Por ello es esencial conocer los subtipos y recombinantes circulantes
que infectan a las personas dentro del estudio previo a cualquier ensayo de vacunas en
una poblacin, idealmente empleando anlisis filogentico, incluyendo idealmente
eptopos inmunognicos protectivos conservados en todas las variantes del VIH.

Por todo ello, sigue siendo necesario apoyar los estudios de epidemiologa
molecular del VIH-1 como parte de programas de vigilancia nacional del VIH y SIDA en
los distintos pases y fomentar el uso de anlisis filogentico de secuencias virales
frente a otros para identificar correctamente todas las variantes. Adems, se deberan
promover estudios que ayuden a entender las consecuencias epidemiolgicas,
diagnsticas, biolgicas y clnicas de la presencia de estos subtipos no-B y
recombinantes del VIH-1 mayoritarios en la pandemia.

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IDEAS PARA LLEVARSE A CASA


1. La alta heterogeneicidad gentica del VIH generada conduce a un alto nmero de
variantes que se clasifican segn su homologa gentica en tipos, grupos, subtipos y
recombinantes.
2. La diversidad de las variantes est aumentando por generacin de recombinantes del
VIH-1 cada vez ms complejos.
3. En el mundo cerca de un 90% de los 35 millones de infecciones estn causadas por
variantes no-B del VIH-1, que incluyen los subtipos diferentes al B y a todos los
recombinantes. Sin embargo los subtipos B, aunque slo causan la infeccin en 1 de
cada 10 infectados a nivel mundial, son los ms estudiados por ser prevalentes en
pases con ms recursos econmicos y desarrollo tcnico.
4. La distribucin de variantes del VIH en el mundo no es homognea. La prevalencia de
cada subtipo y recombinante del VIH-1 difiere en la pandemia y en cada regin.
5. El anlisis filogentico de las secuencias virales es la tcnica de referencia para la
correcta identificacin de variantes del VIH, presentando ventajas frente a las dems
tcnicas.
6. Las infecciones por las distintas variantes del VIH-1 pueden tener implicaciones clnicas,
diagnsticas, biolgicas y teraputicas importantes. Por ello se deberan de promover
estudios sobre el efecto de la variabilidad gentica del VIH sobre todos estos aspectos.

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10. LECTURA RECOMENDADA


1. Global

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