Struktur yang mempengaruhi

sifat kimia dan fisika

Dr. Doddy KUSTARYONO

Pemahaman struktur dan ikatan pada molekul organik adalah hal yang penting untuk
dapat memahami sifat-sifat dan reaksi yang dapat terjadi. Ini disebabkan sifat dan reaksi
dikontrol oleh interaksi antarmolekul yang ditentukan oleh jenis ikatan dari molekul
tersebut.
Selain itu, pemahaman lokasi elektron adalah juga penting karena susunan elektron
membentuk ikatan di antara atom, selain itu, reaksi kimia merupakan reorganisasi dari
elektron-elektron untuk menghasilkan ikatan baru.

Atom
Semua materi tersusun dari atom, yang merupakan
gabungan berbagai partikel subatomik yang tersusun rapi.
Nukleus yang merupakan pusat atom terdiri dari proton dan
neutron, dan di sekeliling nukleus terdapat elektron. Gambar
di samping menunjukkan skema atom helium yang memiliki
dua proton, dua neutron, dan dua elektron.
Dalam kimia organik, senyawa akan ditemukan hanya terdiri dari beberapa atom saja,
yaitu umumnya H,C,N,O, senyawa halogenikF,Cl,Br,I ditambah beberapa logam
seperti Li, Na, Mg, Al, B, P, S.

Elektron dan Orbtials

elektron adalah partikel subatomik yang fundamental untuk ikatan kimia. Secara ringkas
dapat dikatakan bahwa reaksi kimia adalah penyusunan ulang ikatan dan ikatan ini
terjadi karena adanya elektron. Intinya, kimia adalah pelajaran tentang elektron.

Pada tahun 1897, elektron ditemukan dan dianggap sebagai partikel, tetapi pada tahun
1924, dibuktikan bahwa elektron memiliki sifat seperti gelombang yang merupakan
konsep dualitas gelombang-partikel oleh De Broglie.

Pada tahun 1926 Schrodinger menunjukkan bahwa elektron pada atom hidrogen dapat
dideskripsikan sebagai suatu fungsi gelombang, Y.
Elektron seringkali dianggap mengorbit di sekitar atom yang orbital ini adalah
persamaan matematis berdasarkan atas fungsi gelombang Y yang memodelkan gerakan
elektron.

Sebuah orbital adalah, sebuah fungsi matematis 4pr2Y2, yang mendeskripsikan daerah
di sekitar nukleus di mana elektron mungkin dapat ditemukan. Orbital dilambangkan
oleh permukaan batas yang menutupi daerah di mana terdapat kemungkinan 90-95%
ditemukannya elektron.

Pada kimia organik orbital yang biasa dipakai pada level orbital tipe s-danp-. Orbitalorbital ini dideskripsikan menggunakan bilangan kuantum. Bilangan kuantum berasal
dari fungsi gelombang dan mekanika kuantum. Orbital untuk elektron pada karbon dan
bilangan kuantum yang diperlukan diberikan di bawah. Nukleus dari atom karbon
berada pada sentral dari koordinat x,y,z.

Konfigurasi elektron dari sebuah elektorn menggambarkan bagaimana elektron dari sebuah
atom tersusun.
cth. Konfigurasi elektron dari karbon

simple
short form
orbital energy diagram

1s22s22p2
[He]2s22p2

Ikatan Kimia
Perlu diingat, kimia adalah segala sesuatu yang berhubungan dengan interaksi molekul
satu dengan yang lainnya.
Molekul adalah koleksi dari atom yang saling terikat oleh ikatan yang terbentuk akibat
interaksi antar awan elektron masing-masing atom.
Salah satu gaya dorong yang menyebabkan suatu ikatan menjadi disukai adalah keinginan
dari atom untuk menstabilkan diri dengan mencapai suatu valesni konfigurasi elektron
(yang adalah level dari energi valensi yang mengandung sebuah set lengkap dari elektron
Untuk atom-atom yang paling penting dalam kimia organik, kecual H, ini adalah aturan
oktet dari elektron, yang merupakan konfigurasi elektron dari gas mulia yang paling dekat
(cth. 2s22p6).
Ada dua cara di mana aturan oktet ini dapat tercapai oleh suatu atom, yaitu:

transfer elektron yang menghasilkan ikatan ionik, atau

pembagian elektron yang menghasilkan ikatan kovalen.

sebagian besar ikatan pada molekul organik adalah ikatan kovalen, tetapi perkecualian
yang umum adalah ikatan pada atom logam di mana atom logam dianggap sebagai ion.

Adalah penting untuk memerhatikan bahwa distribusi elektronpada ikatan kovalen tidak
selalu simetris. ini dapat terjadi jika atom-atom penyusunnya memiliki
kelektronegativan yang berbeda. Jika distribusi elektron tidak simetris maka ikatannya
adalah polar dan terjadi ikatan dipol.

ikatan C-CdanC-Hpada molekul organik biasanya tidak polar (cth.pada alkana).

Ini karena elektronegativitasnya mirip (2.5 dan 2.1)
ikatan C atau H pada atom seperti NdanOadalahpolar. Ikatan-ikatan ini penting
pada gugus fungsi.

Dasar Dasar Kimia Organik

Ikatan Kimia
Yaitu :interaksi elektron akibat gaya tarik antara dua atom atau
lebih sehingga atom - atom bergabung satu dengan yang lain.

Beberapa jenis ikatan / pengertian yang terkait

dengan ikatan dalam molekul organik :

Ikatan kovalen:
Yaitu ikatan yang terjadi karena penggunaan
bersama pasangan elektron.
7

Berdasar sifat keelektrongatifan atom yang membentuk ikatan ,

ada dua jenis ikatan kovalen :
a. Ikatan kovalen non polar, jika atom atom yang membentuk
ikatan mempunyai keelektronegatifan sama
Contoh ikatan kovalen non polar
Ikatan antara karbon karbon dan karbon hidrogen dalam molekul etana :
H

H
H

H
H

H
H

Atom pada pusat tetra hedral dalam molekul etana adalah atom karbon (C)
8

Ikatan antara Karbon Karbon dan Karbon Hidrogen dalam molekul

etana terjadi karena adanya interaksi antara elektron elektron pada atom
atom karbon dan atom hidrogen.
b. Ikatan kovalen polar, jika atom atom yang membentuk ikatan
memempunyai keelektronegatifan yang berbeda
Contoh ikatan kovalen polar
Asam karboksilat :

CH3
O

Atom H mempunyai elektronegatifitas yang lebih kecil dari atom O,

sehingga elektron cenderung berada lebih dekat kearah atom O. Akan
terjadi perbedaan kepadatan elektron antara atom H dan O , sehingga
terbentuk dipol pada ikatan H O ; Ikatan yang demikian disebut ikatan
kovalen polar
9

Ikatan Hidrogen:
Yaitu ikatan yang terjadi antara hidrogen yang terikat pada atom yang
bersifat elektronegatif dengan atom yang bersifat elektronegatif dalam
satu molekul atau dalam molekul yang berbeda.
CH3

O
CH3

H
O

IKATAN HIDROGEN ANTAR MOLEKUL

Contoh di atas adalah ikatan hidrogen yang terjadi atar molekul asam
karboksilat. Atom H terikat pada atom O yang bersifat elektronegatif
membentuk ikatan dengan oksigen (O) karbonil dari asam karboksilat
yang lain. Jadi, sebenarnya ikatan hidrogen adalah interaksi antar dipol
10

Contoh ikatan hidrogen yang terjadi dalam molekul KETO

KARBOKSILAT. Atom H terikat pada atom O yang bersifat
elektronegatif membentuk ikatan dengan oksigen (O) karbonil
dari molekul yang sama.
H
O

IKATAN HIDROGEN
O

Berdasar letak pasangan elektron terhadap poros ikatan antar

atom yang membentuk ikatan , ada dua jenis ikatan kovalen :

11

Elektronegativitas

Electronegativitas didefinisikan sebagai kemampuan dari sebuah atom untuk menarik

elektron kepada dirinya, salah satu sifat paling penting untuk merasionalisasi dan
memprediksi reaktivitas dari atom.

Perhatikan Tabel periodik di bawah ini yang mencantumkan skala elektronegatvitas

Pauling dari beberapa elemen penting.

Elektronegativitasmeningkat dari kanan ke kiri pada satu baris tabel periodikcth.C < N
<O<F
Elektronegativitasmenurun dari atas ke bawah pada satu grup dari tabel
periodikcth.F > Cl > Br > I
(setiap satu step turun pada satu grup meningkatkan radius atom karena
bertambahnya new shell (aduh lupa bahasa indonesianya) dari elektron dan muatan
intinya berkurang karena ditutupi oleh elektron pusat, sehingga kemampuan menarik
elektronnya berkurang)
F adalah atom yang paling elektronegatif
Logam seperti Li dan Mg lebih elektropositif daripada C

Diagram Lewis
diagram Lewis hanya digunakan untuk menunjukkan hubungan antara atom dalam
molekul. Diagram ini tidak memberikan informasi yang lengkap tentang susunan atom
dalam molekul dalam ruang 3D.

Muatan formal atom

Tidak semua atom dalam molekul netral adalah netral, lokasi dari muatan seringkali penting
untuk memahami reaktivitasnya, sehingga harus terbiasa dalam memberikan muatan dari
atom

Muatan sebuah atom dapat dihitung dengan rumus ataupun juga dengan insting

Memahami muatan formal suatu atom dari suatu struktur adalah bagian penting untuk
memahami letak elektron dan penting untuk membentuk dan memprediksi reaktivitasnya.

Meskipun muatan formal dapat dihitung dengan rumus, muatan formal dapat dihitung
menggunakan insting, berdasarkan pada struktur lain yang serupa. Metode dengan insting
tentunya lebih cepat, tetapi membutuhkan skill yang lebih tinggi dan pengalaman.

Rumus muatan formal didasarkan pada membandingkan jumlah elektron dari atom
individual dengan jumlah elektorn pada struktur:

Metode Insting
metode ini didasarkan pada membandingkan struktur dengan struktur neutral lain yang lebih
umum. Untuk menggunakan metode ini Anda perlu mengenali struktur netral yang umum: C
4 ikatan, N 3 ikatan dan 1 pasangan elektron bebas (PEB), F 1 ikatan dan 3 PEB, dan lain
sebagainya. Jika sudah bisa, metode ini jauh lebih cepat.
Di tengah diagram berikut adalah keadaan ikatan netral untuk C, N, O, dan F. Anggap saja
setiap ikatan atom sentral adalah terikat pada sebuah hidrogen.

Di samping kiri, sebuah ikatan telah hilang tetapi terkonversi menjadi PEB, sehingga atom
sentral mendapat 1 elektron dan menjadi ve.
Di samping kanan, ada dua elektron:
C dan F telah kehilangan elektron yang terbagi, sehingga kehilangan elektron dari
perhitungan dan menjadi +ve.

Muatan Formal

Adalah muatan hipotetik pada setiap atom, dimana jumlah muatan formal
= jumlah muatan senyawa kovalen.Menghitung muatan formal pada tiap
atom:

MF = no.gol - (e dlm ikatan) pas ebebas

Contoh, MF dalam HSO

Setiap H

= 1 - (2) 0 = 0

Setiap O ki/ka

= 6 - (4) 4 = 0

Setiap O ats/bwh = 6 - (2) 6 = - 1

MF S

= 6 - (8) 0 = 2

MF total = 2x0(H) + 2x0(O) + 2x(-1)[O] + 1x2(S) = 0

16

N dan O telah mengkonversi dua elektron yang tidak terbagi menjadi

sepasang elektron yang terbagi dalam sebuah ikatan, sehingga
kehilangan satu elektron dari hitungan dan menjadi +ve.

Isomer konstitusional
senyawa uang memiliki formula
yang sama tetapi struktur yang
berbeda disebut isomer. Ingatlah
bahwa isomerisme adalah sifat di
antara sepasang atau lebih
molekul, artinya sebuah molekkul
adalah isomer dari molekul lain.
Bergantung pada sifat dari
perbedaan antara struktur, adalah
mungkin untuk mengklasifikasi
isomer menjadi berbagai subtipe.
Diagram berikut akan membantu
Anda mengenali perbedaannya
berdasarkan YA/TIDAK yang
sederhana.

Isomer konstitusional/struktural adalah isomer yang berbeda pada urutan di mana atom
terhubung sehingga mereka memiliki gugus fungsi atau pola ikatan yang berbeda
(cth.percabangan)
contoh:isomer C3H8O adalah 1-propanol, 2-propanol dan ethyl methyl ether

Stereoisomer memiliki gugus fungsi dan percabangan yang sama, mereka hanya berbeda
pada penyusunan atomnya di ruang.

Pendorongan Elektron danPanah Kurva

Panah kurva adalah bagaimana kimiawan organik berkomunikasi dan berpikir tentang
mekanisme.
Kemampuan menggunakan panah kurva mungkin adalah salah satu kemampuan paling
penting untuk mensimplifikasi kimia organik.
Mengerti bagaimana menggunakan panah kurva dapat memudahkan Anda dalam
mempelajari kimia organik karea ia menunjukkan bagaimana reaksi berjalan dan
membantu mengurangi kebutuhan untuk mengingat reaksi. Panah kurva menunjukkan
bagaimana elektron dan ikatan tersusun ulang. Menyusun ulang ikatan
mengimplikasikan bahwa suatu reaksi telah terjadi.
Panah kurva seharusnya dapat menggambarkan seluruh perubahan ikatan, pemutusan
dan pembentukan yang terjadi pada suatu step.

Langkah-langkah untuk memahami panah kurva

ada dua tipe panah kurva:

Untuk sepasang elektron

Lebih umum

Untuk satu elektron

Misalnya pada reaksi radikal

Kita akan fokus pada panah yang lebih umum :

ingatlah bahwa sebuah ikatan adalah karena sepasang elektron di antara atom (kunci:
ingatlah struktur Lewis)
Panah kurva bergerak dari daerah kaya elektron ke daerah miskin elektron, atau
nukleofil ke elektrofil

Panah kurva harus dimulai dari pasangan elektron bebas atau ikatan ( or bonds)
Maka dari itu, adalah ide yang baik untuk menggambar seluruh PEB sebagai dua
titikcth. or khususnya pada atom oksigen dan nitrogen
Jika panah kurva dimulai dari PEB maka muatan formal dari atom sumber menjadi lebih
+ve karena elektronnya dipindahkan
Jika panah kurva dimulai dari sebuah ikatan maka elektron diambil dari ikatan tersebut
sehingga ikatannya terputus.
Panah kurva harus berakhir di antara sebuah atom atau pada atom.
Jika panah kurva berakhir di antara atom, sebuah ikatan baru terbentuk
Jika panah kurva berakhir pada sebuah atom maka muatan formal atom tersebut
menjadi lebih ve
Seimbangkan muatan! Muatan keseluruhan dari suatu step dari suatu mekanisme
harus selalu seimbang. Ini karena jumlah total elektron harus konstan.

Contoh :
Panah dimulai dari PEB pada O dan berpindah ke H
membentuk ikatan O-H
Muatan awal keseluruhan adalah +ve. Pada produk,
muatan O adalah +ve karena ia memberikan elektron
untuk membentuk ikatan O-H.

Ingatlah untuk mematuhi aturan valensi! (tidak lebih dari 8 elektron valensi
untuk C, N, O, F)
Panah kurva pada satu aliran step, harus digambar sesuai urutan agar tidak
saling berlawanan

Jangan menyatukan beberapa step mekanistik dalam satu diagram karena ini akan
membuat kesalahan lebih mudah terjadi. Gambarkanlah setiap step.

Resonasi
Pada beberapa kasus, molekul dapat direpresentasikan dengan lebih dari satu struktur
Lewis yang berbeda hanya pada lokasi dari elektron .
Elektron pada ikatan memiliki lokasi yang tetap dan mereka disebut sebagai terlokalisasi.
Kebalikannya, elektron yang dapat digambarkan pada lokasi yang berbeda-beda disebut
sebagai terdelokalisasi. Beberapa diagram Lewis yang menggambarkan satu molekul ini
adalah diagram struktur resonansi atau kontributor resonansi atau kanonikal resonansi.
Struktur sesungguhnya memiliki sifat dari masing-masing kontributor, dan seringkali
direpresentasikan sebagai hibrid resonansi.

Cara terbaik untukmenurunkan struktur resonansi adalah dengan

menggerakkan panah kurva dan memulainya dari struktur Lewis yang paling
mungkin.

Aturan untuk mengenali struktur resonansi:

Atom tidak pernah bergerak

Anda hanya dapat menggerakkan elektron pada ikatan p atau PEB yang terletak
pada orbital p.

Muatan keseluruhan sistem harus tetap sama.

Ikatan utama dari molekul harus tetap tersambung.

Contoh di atas adalah contoh untuk senyawa organik. Di bawah ini adalah contoh untuk
senyawa anorganik:

Resonansi

Ditimbulkan oleh deretan atom C atau unsur-unsur lain yang

hibridisasinya sp2 dan berkonyugasi antara sp2 dan sp3 atau antara
sp2 dan sp (melibatkan e- p dari C=C atau CC dan e- s dari C-C.

Dihasilkan beberapa struktur resonansi, struktur sebenarnya berada

diantara struktur resonansi yang disumbangkan.

27

Konjugasi
H

28

Konjugasi n
O

O
O:

Konjugasi
H2C

H2C

H2C

Resonansi pada konjugasi disebut hiperkonjugasi

29

Asam dan Basa

Dosen Anda mungkin akan bertanya tentang cara mengidentifikasi proton yang paling
asam atau daerah yang paling basa dari suatu molekul. Fakta-fakta ini dapat menjadi
penting untuk menentukan di mana molekul dapat bereaksi ketika diberi basa atau
asam. Beberapa topik yang akan dibahas di sini:

Definisi : Arrenhius, Bronsted, Lewis

Keasaman : Kadan pKa, Asam yang umum di kimia organik

Kebasaan, Basa yang umum di kimia organik

Ingatlah bahwa keasaman dan kebasaan didasarkan pada reaksi kimia yang sama
(namun dilihat dari sisi yang berbeda) dan keduanya terjadi secara simultan. Pada
contoh di bawah, si basa, B, mengambil proton dari asam,H-A:

Definisi
ada tiga teori yang digunakan untuk mendeskripsikan asam dan basa
Asam
Arrenhius

Terionisasi menghasilkan H+pada Terinisasi menghasilkan HO-pada

H2O
H2O

Bronsted-Lowry Donor proton

Lewis

Basa

Aseptor pasangan elektron

Terminologi:

Keasaman
ini adalah beberapa aturan umum untuk membantu
Anda mengerti tentang keasaman:
pertama, perhatikan persamaan umum untuk reaksi
asam yang sederhana:

Aseptor proton
Donor pasangan elektron

Semakin stabil basa konjugasi, A-, semakin kesetimbangan

bergeser ke arah produk (Ka > 1), artinya disosiasi H-A lebih
banyak

Semakin banyak disosiasi H-A maka asam H-A semakin

kuat,

Atau semakin kesetimbangan bergeser ke arah produk,

semakin banyak H+dan semakin asam H-A sebagai asam.

Semakin besar Kasemakin besar disosiasi H-A dan semakin

kuat keasaman HA.

Semakin besar Kaberarti pKasemakin negatif sehingga

semakin rendah pKa, semakin kuat asamnya..
Faktor-faktor kunci yang memengaruhi stabilitas basa konjugasi A-,
Elektronegativitas.Ketika membandingkan atom pada baris yang sama
dari tabel periodik, semakin elektronegatif atom anionik dari basa
HF > H2O > NH3> CH4
konjugasinya, semakin baik ia dalam menerima muatan negatif
Ukuran.Ketika membandingkan atom pada golongan yang sama pada
tabel periodik, akan semakin mudah untuk basa konjugasinya untuk
HI > HBr > HCl > HF
mengakomodasi muatan negatif (densitas muatan lebih rendah).
Ukuran dari gugus juga melemahkan ikatan H-X.
Resonansi. Pada ion karboksilat, RCO2-muatan negatif terdolokalisasi
RCO2H > ROH
ke dua O yang elektronegatif dan membuatnya lebih stabil daripada
terlokalisasi pada sebuah atom spesifik seperti pada alkoksida,RO-.

Keasaman secara general dari beberapa asam organik:

Nukleofil dan Elektrofil

Bronsted :

Asam Donor proton

Basa Akseptor proton

Asam :
HNO3 H+ + NO3CH3COOH H+ + CH3COOC6H5OH H+ + C6H5O-

Ion sebelah kanan : Basa konyugasi

Asam tidak didefinisikan sama untuk semua senyawa :

CH3NO2 H+ + CH2- - NO2
(CH3)3 NH + H+ + (CH3)3N
Al (H2O)6 +3 H+ + Al (H2O)5 OH -2

Bukan asam !

34

Basa
OH

+ H+

CO 3 -2 +

H 2O
H+

HCO 3 -

NH2 + H+

CH 3O - +

H+

+ H+

NH3

CH3OH

HO

Sebelah kiri (basa),

Sebelah kanan merupakan
asam konyugasi
dari basa.

35

Reaksi asam-basa Transfer ion H+ dari asam ke basa menghasilkan

asam konyugasi dan basa konyugasi.

Asam kuat merupakan pasangan basa konyugasi lemah, basa kuat

merupakan pasangan asam konyugasi lemah.
Asam

Basa
OH-

Basa
konyugasi
H2O

Asam
konyugasi
H2O

H3O
H2O

H-

OH-

H2

H2SO4

H2O

HSO4-

H3O+

CH3COOH

HCO3-

CH3COO-

H2CO3

H2O

H2O

OH-

H3O+

36

Asam-Basa Lewis

Asam Akseptor pasangan elektron

Basa Donor pasangan elektron
ASAM
Me
Me

H
+

Be
Me

PRODUK

BASA

H3 C

H3 C

H3 C

Et

Et

F
Et

O
Et

37

Asam Lewis (Elektrofil) : Fragmen yang kekurangan pasangan elektron

/ mempunyai orbital kosong.
Basa Lewis (Nukleofil) : Fragmen yang kelebihan pasangan elektron
/mempunyai orbital terisi penuh.
NUKLEOFIL

PRODUK

ELEKTROFIL

H
H3C
HO

HO

CH3

H3C

CH3

OH

HO

38

Metilen Aktif = Ion Karban

Suatu hidrokarbon yang diaktifkan oleh gugus penarik elektron (-I)

yang telah kehilangan H + oleh bantuan basa organik
RH +

BH

MEMPUNYAI KEASAMAN YANG CUKUP BESAR KARENA

BERTETANGGA DENGAN GUGUS PENARIK ELEKTRON (-I)

O
N

C
H

H
H

C
H

Metilen Aktif lainnya:

(= METILEN AKTIF)

CH3COCH3 CH3 (COOC2H5)2

CH3COH
CH3CN
39

Kebasaan
cara yang mudah untuk memahami kebasaan adalah dari keberadaan pasangan elektron...
semakin banyak, semakin mudah mendonasikan pasangan elektron untuk membentuk
ikatan dengan proton, dan semakin kuat kebasaannya.
Faktor utama yang memengaruhi keberadaan pasangan elektron dalam suatu basa, B:
Elektronegativitas.Ketika membandingkan atom pada
baris yang sama pada tabel periodik, semakin
elektronegatif atomnya, semakin tidak mau ia membagi
elektron dengan proton, mengakibatkan basanya lebih
lemah.
Ukuran. Ketika membandingkan atom dalam golongan
yang sama dari tabel periodik, semakin besar atom
semakin lemah ikatan H-X dan semakin rendah densitas
elektronnya sehingga kebasaannya merendah.

Kebasaan beberapa molekul:

CH3-> NH2-> HO-> F-

F-> Cl-> Br-> I-

keasaman dan kebasaan hanyalah kebalikan satu sama lain. DAN

maka dari itu, keduanya dipengaruhi faktor yang sama, hanya
dengan cara yang berlawanan.