Les premiers replieurs franais : Michel Goldberg lInstitut Pasteur

et Jeannine Yon Orsay

Rsum
Briques lmentaires du vivant, les protines font lobjet depuis les annes 30
dexpriences visant mieux comprendre la formation de leur structure tridimensionnelle.
Cette structure, appele conformation, dtermine la fonctionnalit de la protine. Au dbut des
annes 60, lhypothse dAnfinsen stipulait que la conformation de ltat natif, dans lequel la
protine est fonctionnelle, correspondait ltat dans lequel lnergie libre tait la plus basse.
Un principe thermodynamique expliquait donc le repliement des protines. Au mme
moment, lInstitut Pasteur, Jacques Monod et ses collgues sintressaient aux phnomnes
de rgulation qui prennent place dans la cellule. Le modle de lallostrie, qui fut dvelopp
dans ce cadre, eut une grande influence sur les travaux de deux chercheurs franais, Michel
Goldberg et Jeannine Yon. Cette dernire tait une spcialiste des enzymes et avait tudi les
changements de conformation qui accompagnent la formation du complexe enzyme-substrat.
Michel Goldberg, quant lui, tait biochimiste, jeune polytechnicien converti la biologie.
Ayant choisi lInstitut Pasteur comme cole dapplication, Michel Goldberg tait au cur des
discussions marquant lessor de la biologie molculaire en France.
Les travaux de ces deux chercheurs ont permis de remettre en cause lhypothse
dAnfinsen, en montrant que le contrle du repliement ntait pas que thermodynamique mais
galement cintique : on devait ds lors sintresser la vitesse de repliement et aux tapes
intermdiaires. Jeannine Yon a mis en vidence un intermdiaire de repliement pour la
-galactosidase du colibacille et Michel Goldberg a propos le modle des globules pour
designer des rgions des chanes polypeptidiques qui se repliaient de faon autonome. Si le
repliement des protines est encore aujourdhui un problme ouvert, ces deux chercheurs ont
particip la naissance de la protomique, discipline mergente permettant dune part de
tirer profit des squenages obtenus pour diffrents gnomes et, dautre part, de mieux
comprendre certaines maladies dues des anomalies de repliement, comme la maladie
dAlzheimer ou la maladie de Creutzfeldt-Jakob.

Le 8 dcembre 1999, une dpche dans un grand quotidien rapporte [qu]IBM vient
dannoncer le lancement dun projet de 100 millions de dollars pour dvelopper un
supercalculateur capable deffectuer un million de milliards doprations par seconde. Ce
projet a t baptis Blue Gene, car loutil qui en rsultera sera dans un premier temps utilis
pour modliser le repliement en trois dimensions des protines, qui conditionne leur bon
fonctionnement. 1
Le journal ne fait que reprendre le communiqu de presse de lentreprise multinationale et
nindique rien des enjeux ayant motiv un tel financement. Alors que le dcryptage du
gnome humain a bnfici dune trs large mdiatisation, les tudes sur les protines ont t
jusquaux annes 90 les parents pauvres de la biologie. Ce nest que lorsquen 1996, une
nouvelle variante dune maladie neuro-dgnrative issue fatale, la maladie de CreutzfeldtJakob, a t identifie en Grande-Bretagne que le repliement des protines a fait une premire
et discrte apparition dans les mdia. Lagent pathogne responsable de cette maladie est une
protine appele prion existant sous deux formes, replies diffremment, dont lune
savre particulirement dangereuse. Le biochimiste ayant introduit ce nologisme pour
dcrire une proteinaceous infectious particle, Stanley Prusiner, se voit remettre le Prix
Nobel de physiologie ou mdecine lanne suivante, en 1997.2 Cette rcompense peut tre
considre comme un signe de reconnaissance, tardif mais non moins rel, de limportance de
ce problme scientifique, voire de la communaut des replieurs, tous ces scientifiques
intresss par la question du repliement des protines.
Le recul apport par lhistoire des sciences permet aujourdhui de mieux comprendre
limportance de ce domaine de recherches et dapprcier les orientations qui ont dj t
choisies. De nombreux biochimistes, cristallographes, informaticiens ou encore spcialistes de
biologie cellulaire, ont travaill depuis les annes 30 sur ce quon nomme aujourdhui le
repliement des protines. Parmi tous ces acteurs, deux Franais ont apport ds les annes 60
des contributions importantes ; il sagit du biochimiste Michel Goldberg lInstitut Pasteur et
de Jeannine Yon au Laboratoire dEnzymologie Physico-Chimique dOrsay. Avant daborder
la gense de ces travaux, quelques prliminaires sont ncessaires, tant sur le plan scientifique
quhistorique ou pistmologique, pour tre mme dapprcier le contexte dans lequel ces
travaux prennent place.

I Pourquoi sintresser au repliement des protines ?

Les grandes tapes dans la comprhension des mcanismes de repliement
Les protines sont des macromolcules fonctionnelles de la mme faon que les acides
nucliques (comme lADN) sont des macromolcules informationnelles.3 Constituants
essentiels du vivant, les protines peuvent avoir des rles trs diffrents pour la structuration
1 Le Monde, 8/12/1999, p. 29.
2 Le site du Muse Nobel, http://www.nobel.se/, apporte de prcieux renseignements sur les prix et les travaux
des laurats.
3 Sur lhistoire de la mtaphore informationnelle en biologie, voir Kay, L. (2000). Who Wrote the Book of Life ?
A History of the Genetic Code. Chicago, University of Chicago Press, ou le chapitre 7 de notre thse de doctorat
ladresse http://www.mpiwg-berlin.mpg.de/staff/segal/thesis/.

(kratine des ongles et des poils), le transport (hmoglobine pour le transport de loxygne), la
rgulation (enzymes) ou encore le stockage (ovalbumine de luf), la dfense (anticorps) ou
la motricit (actine des muscles). Les protines sont constitues de chanes linaires dacides
amins dont lordre ou la squence est dfinie par les gnes. Cet ordre correspond ce quon
appelle la structure primaire mais il ne suffit pas expliquer la fonctionnalit des protines.
Celle-ci dpend de la forme que prend la protine dans lespace, appele conformation ou
structure tertiaire.4
Ce sont l les quelques rudiments de biologie ncessaires aujourdhui la dfinition des
protines mais jusquaux annes 30, la nature molculaire des protines tait inconnue ; on
parlait alors de collodes. Lorsque des protines en solution perdent leur forme dorigine
(appele forme native), on observe en effet la formation dune substance collodale (comme
du blanc duf cuit) et on parle alors de dnaturation. Les expriences menes dans les
annes 20 par M.L. Anson et A.E. Mirsky aux Etats-Unis ainsi que par Hsien Wu en Chine,
ont permis de montrer quil pouvait y avoir rversibilit et donc renaturation des protines
dans leur tat natif. Le fait que les protines puissent galement tre cristallises, cest--dire
agences selon des motifs gomtriques priodiques, a par ailleurs amen Wu a supposer que
chaque protine possdait une forme tridimensionnelle bien dfinie. Plus tard, au dbut des
annes 50, deux types de formes spcifiques ont t prcises grce aux travaux de Linus
Pauling, lhlice et le feuillet . Lidentification de ces formes constitue la structure secondaire
dune protine.5
Au cours des annes 50, la structure primaire de quelques protines a t lucide.
F. Sanger a ainsi t rcompens du Prix Nobel en 1958 pour avoir identifi la squence
dacides amins qui composent linsuline. La mconnaissance de la structure tertiaire, et donc
des mcanismes de repliement, a longtemps empch la synthse industrielle de cette
molcule pourtant si importante pour les diabtiques.6 A la fin des annes 50, des modles de
structures tertiaires ont t tablis par cristallographie, notamment pour lhmoglobine
(travaux de Max Perutz) et la myoglobine (John Kendrew). Si les techniques de
cristallographie ont permis de connatre de nombreuses structures tertiaires, elles ont aussi eu
linconvnient de prsenter les protines sous une forme fige qui ne se prtait pas ltude
du repliement, dynamique par essence. Lhypothse thermodynamique du biochimiste
Christian Anfinsen a constitu une tape importante, au dbut des annes 60, dans lhistoire
4 Limportance de la forme se retrouve dans ltymologie du mot, Prote ayant reu de son pre, Posidon, le
don de changer de forme volont. Lhistoire des travaux concernant les protines est aborde dans le livre de
rfrence de Claude Debru avec une attention particulire aux enjeux philosophiques sous-jacents (Debru, C.
(1983). L'esprit des protines : histoire et philosophie biochimique. Paris, Hermann). Sur la question spcifique
du repliement, on consultera Yon, J. and C. Ghlis (1972). Protein Folding. New York, Academic Press.
5 On parle galement de structure quaternaire pour dcrire lagencement des protines constitues de plusieurs
sous-units.
6 Ce sont des biologistes chinois qui, sous la direction de Y.L. Wang, sont parvenus les premiers, en 1965, la
synthse dinsuline biologiquement active (information de Jeannine Yon dveloppe dans un livre paratre sur
lhistoire du repliement des protines).

des thories concernant le repliement. Celle-ci stipulait, partir de travaux exprimentaux

portant sur la ribonuclase, que la conformation dune protine correspondait ltat dans
lequel lnergie libre tait la plus basse et que, par consquent, puisque le repliement
seffectuait selon des contraintes thermodynamiques, cette conformation ne dpendait que de
la suite des acides amins (structure primaire).7 Leffet paradoxal de ces travaux fut de
dtourner des biologistes de la question du repliement, puisque cette dernire tape semblait
rgie par un dterminisme thermodynamique immuable, relevant donc davantage du domaine
des physico-chimistes que de celui des biologistes molculaires. Francis Crick avait stipul en
1957 dans le dogme central de la biologie molculaire que le flux dinformation ne pouvait
se faire des protines vers les acides nucliques (lADN ou lARN qui sert dintermdiaire
entre lADN et les acides amins). Les travaux dAnfinsen permettaient de prolonger ce
dogme en expliquant la structure tertiaire de la protine uniquement partir de la structure
primaire.

Les diffrents enjeux du repliement

Pendant une trentaine dannes, une bonne partie des crdits de recherche a t concentre
sur la gntique molculaire et des tapes importantes dans la comprhension des mcanismes
de repliement ont t pour ainsi dire passes sous silence. Il en va ainsi des travaux de Cyrus
Levinthal qui ont permis dintroduire, au milieu des annes 60, lide de chemin de
repliement. Ce biophysicien a montr que si une protine devait essayer chacune des
conformations gomtriquement acceptables, cela prendrait un temps beaucoup trop grand par
rapport aux repliements observs, et que, par consquent, le repliement se faisait selon un
chemin.
Maintenant que de nombreux gnomes ont t squencs, les protines arrivent sur le
devant de la scne mais les annes dhgmonie de la gntique molculaire marquent encore
les nouvelles appellations : on parle de gnomique structurale , post-gnomique ou
deuxime traduction du gne pour ce qui pourrait se nommer plus simplement
protomique .
Les enjeux du repliement savoir comment les protines acquirent leur forme dans
lespace ne sont pas que scientifiques mais aussi industriels si lon pense aux marchs
correspondant la synthse de quelques hormones ou enzymes importantes. Des espoirs
thrapeutiques sont aussi ns du progrs des connaissances dans le domaine du repliement des
protines, notamment dans le cas de maladies neuro-dgnratives comme celle dAlzheimer.

7 Epstein, C. F., R. F. Goldberger, et al. (1963). The Genetic Control of Tertiary Protein Structures: Studies with
Model Systems. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, Vol. XXVIII, Synthesis and Structure of
Macromolecules. Cold Spring Harbor,New York: 439-449. Anfinsen fut rcompens pour ces travaux du prix
Nobel en 1972, voir aussi Anfinsen, C. B. (1973). Principles that Govern the Folding of Protein Chains.
Science 181: 223-230, pour sa confrence Nobel (Nobel Lecture).

Sur le plan pistmologique, la complexit du problme du repliement donne naissance

des travaux thoriques au statut ontologique variable : des hypothses ou postulats
deviennent des dogmes ou principes en quelques annes et ltat actuel des connaissances
se rsume depuis quelques annes dans une new view. 8 Par ailleurs, lutilisation des
ordinateurs pour les tudes de dynamique molculaire amne aussi repenser le statut de
lexprience en biologie et le repliement des protines est un des domaines de recherche o
lide dexprience in silico prend tout son sens.9

II Deux biophysiciens dans deux institutions diffrentes10

Une jeune humaniste lInstitut de Biologie Physico-chimique
Durant ses tudes, Jeannine Yon a conserv le plus longtemps possible la diversit de ses
centres dintrts. Aprs avoir obtenu deux baccalaurats, en philosophie et mathmatiques,
elle passe une licence pluridisciplinaire, alliant mathmatiques, physique et chimie. Elle
sinitie ensuite la biologie et la physiologie puis, attire par la physique autant que par la
biologie, elle retrouve grce au cours de biophysique dispens par Ren Wurmser un
questionnement philosophique qui lui tient cur : lexplication rationnelle de la vie.
En octobre 1949, elle entre alors logiquement lInstitut de Biologie Physico-Chimique
(IBPC), puisque Wurmser y dirigeait le service de biophysique (voir larticle de M. Morange
dans ce numro, spcialement consacr cet institut). Vittorio Luzzati, un cristallographe
tmoin de cette poque, dcrit lIBPC comme un havre dinterdisciplinarit o des sciences
mergentes (biochimie, biophysique) taient destines spanouir .11 Dans cet institut,
Jeannine Yon rencontre parmi ses collgues Jean-Pierre Changeux, qui travaillait la frontire
entre lembryologie et lenzymologie. Cest elle qui, en octobre 1958, oriente le jeune
normalien vers le laboratoire de Jaques Monod lInstitut Pasteur.12 De son ct, Jeannine
Yon fonde son propre laboratoire, en 1961, dabord au sein de la Facult des sciences de
Paris, puis sur le campus dOrsay, partir de 1963.

8 Un DEA dEpistmologie et dhistoire des sciences a rcemment t consacr ces questions : F. Wieber, Le
repliement protique Analogie, modlisation et tradition de recherche en chimie biologique (Universit Paris
VII, sous la direction de Claude Debru, 2001).
9 Les progrs dans le domaine du repliement se font souvent en alliant le travail la paillasse et les simulations
(cf. Dobson, C. M., A. Sali, et al. (1998). Protein Folding: A Perspective from Theory and Experiment.
Angewandte Chemie International Edition 37: 868-893).
10 Les indication biographiques proviennent pour lessentiel des intresss eux-mmes, avec lesquels nous nous
sommes entretenus le 15 avril 1999 (M. Goldberg) et le 27 septembre 2001 (J. Yon).
11 Entretien de V. Luzzati avec J.-F. Picard, septembre 2000, http://picardp1.ivry.cnrs.fr/~jfpicard/Luzzati.html.
12 Changeux, J.-P. (1980). Une thse avec Jacques Monod : Prhistoire des protines allostriques. Les origines
de la biologie molculaire. A. Lwoff and a. Ullmann. Paris, Etudes vivantes: 197-208.

Un polytechnicien lInstitut Pasteur

La formation de Michel Goldberg (n en 1938) est aussi clectique que celle de sa collgue
Jeannine Yon. Devenu polytechnicien alors quil envisageait des tudes de mdecine,
Goldberg choisit lInstitut Pasteur comme cole dapplication, en octobre 1962. Il fait une
licence la Facult de Sciences en 1963/64 puisquil ny avait pas dquivalence possible
pour un polytehnicien, puis un certificat de troisime cycle en recherche biochimique.
Michel Goldberg intgre ensuite le service de biochimie cellulaire dirig par le professeur
Monod dans lequel David Perrin, le petit-fils de Jean Perrin, avait ralis des expriences
importantes de dnaturation et renaturation : il sagissait de dformer des protines et de leur
redonner ensuite leur forme originale. Il avait utilis pour cela une protine ttramre (divis
en quatre sous-units), la -galactosidase, dont chaque chane est compose de plus de mille
acides amins, soit beaucoup plus que pour la ribonuclase monomre qui avait servi aux
travaux dAnfinsen.13 Certains mutants obtenus par D. Perrin ne formaient pas de ttramres
et cest lassemblage des sous-units de cette protine qui permit alors Michel Goldberg de
se poser le problme de la relation entre structures tertiaire et quaternaire de la protine
(lassemblage des sous-units). Les expriences entreprises permirent de montrer lexistence
dun tat intermdiaire stable dans le processus de repliement de cette protine, entre ltat
natif, caractris par une forme dans lespace qui rend la protine fonctionnelle, et ltat
dnatur, dans lequel la protine nest pas fonctionnelle. Intress par ce rsultat, Jacques
Monod suggra Michel Goldberg de travailler plus spcifiquement la question du
repliement pour sa thse de doctorat.14

III Jacques Monod, un parrain dans lombre pour les replieurs ?

Monsieur Monod
Jeannine Yon fut trs probablement la premire, avant Michel Goldberg, faire la
connaissance de Jacques Monod. Depuis 1947, celui-ci animait dans les locaux de lIBPC les
sances du Club de physiologie cellulaire , auxquelles Jeannine Yon participait. Elle
raconte a posteriori : La pense de Jacques Monod ma beaucoup fascine. Je lai surtout
connu quand nous avons sig ensemble aux commissions du CNRS. 15 Le milieu de ce
quon allait appeler la biologie molculaire tait en effet un microcosme dans lequel les
scientifiques se retrouvaient souvent. Jeannine Yon prcisait au sujet de ses changes avec
J. Monod : Je nai pas travaill avec lui mais jai beaucoup discut avec lui. 16
13 Cette protine permet la bactrie colibacille dassimiler le sucre lactose.
14 Goldberg, M. (1996). Selective interactions and protein polymorphism : from allosteric proteins to the
prion. Bulletin de l'Institut Pasteur 94(N3): 157-171.
15 Entretien du 27/9/01 Orsay.
16 Dans ses Titres et travaux, Jeannine Yon considre sa rencontre avec Monod comme un apport

De la mme faon, Michel Goldberg dcrit souvent dans ses publications ladmiration quil
vouait et voue toujours son mentor, au point de toujours marquer sa dfrence par
lutilisation de lexpression Monsieur Monod dans toutes ses publications.17 En mme
temps, si Jacques Monod faisait office de figure tutlaire, il nintervenait pas directement dans
le travail de M. Goldberg et celui-ci rappelle, tout comme Jeannine Yon, quil navait pas de
relles collaborations scientifiques avec lui mais plutt des discussions.18

Linfluence du modle de la transition allostrique

Parmi ces discussions, celles qui concernaient lallostrie allaient tre dterminantes.
Intresss par les problmes de rgulation, Jacques Monod et Franois Jacob avaient introduit
au dbut des annes 60 le concept dopron pour dcrire un ensemble de gnes dont
lexpression tait coordonne. Avec lallostrie, ils rendaient compte cette fois-ci des
rgulations par des effets de structure. Ils distinguaient deux formes allostriques, tense et
relax, pour dcrire lactivit dune protine et plus prcisment le passage entre une forme
contrainte et une forme o ces contraintes taient relches.19
En opposition avec les travaux des cristallographes, le modle de lallostrie offrait une
vision dynamique des protines dans laquelle ltape de repliement tait valorise. J. Yon fit
venir J. Monod Orsay pour exposer lessentiel de la thorie de lallostrie avant mme que
larticle clef de Monod, Wyman et Changeux ne soit publi.20 Les discussion au sujet de ce
modle permirent aussi Michel Goldberg de se mettre en contact avec Robert Baldwin,
actuellement considr comme le pape du repliement aux Etats Unis, qui passait alors une
anne dans le laboratoire de F. Jacob mais discutait souvent avec J. Monod de la symtrie des
protines oligomriques.21 Cest Stanford, dans son laboratoire, que Michel Goldberg se
rendit pour parfaire sa formation dans le domaine de la chimie physique des protines. 22
Durant les deux annes passes aux Etats-Unis (1964-1966), le jeune chercheur franais
sintressa aux liens entre les aspects cintiques et thermodynamiques du repliement. Les
inestimable (p. 6).
17 Ibid p. 157 : I admired and respected him immensely, and treasure the profound bond of friendship and
mutual confidence that existed between us.
18 ibid. : among all of Jacques Monods students, I was the one who had the least direct scientific
collaboration with him
19 La gense des thories de lallostrie, pour lesquelles Monod et Jacob reurent en 1965 avec A. Lwoff le prix
Nobel de physiologie-mdecine, est dcrite en dtail dans le chapitre 5 de Debru, C. (1983). L'esprit des
protines : histoire et philosophie biochimique. Paris, Hermann, et plus rapidement dans Morange, M. (1994).
Histoire de la biologie molculaire. Paris, La Dcouverte. L encore, les Nobel Lectures disponibles sur le site
rfrenc ci-dessus (note 2) sont trs utiles, tout comme la fin du livre de J. Yon (1969). Structure et dynamique
conformationnelle des protines. Paris, Hermann.
20 Monod, J., J. Wyman, et al. (1965). On the nature of allosteric transitions: a plausible model. Journal of
molecular biology 12: 88-118.
21 Lexpression est utilise par M. Goldberg et J. Yon dans les entretiens quils nous ont accords.
22 Cest grce aux actions concertes menes par la DGRST que Goldberg a pu partir. Sur le rle de cet
organisme fonctionnant partir de 1959, voir Polanco, X. (1990). La mise en place d'un rseau scientifique, les
rles du CNRS et de la DGRST dans l'institutionnalisation de la biologie molculaire en France (1960-1970).
Cahiers pour l'histoire du CNRS 7 et sur lhistoire des travaux de M. Goldberg Stanford, Goldberg, M. (1980).
Le chemin de la recherche : plier ou ne pas plier. Les origines de la biologie molculaire. A. Lwoff and a.
Ullmann. Paris, Etudes vivantes: 189-195.

premiers concernent par exemple la vitesse laquelle le repliement seffectue ou lexistence

de pauses lors du repliement (tats intermdiaires), alors que les seconds sont lis des
considrations nergtiques sur ltat final indpendantes de la faon dont la protine acquiert
sa forme structure tridimensionnelle. Lobjectif de la thse de doctorat de Michel Goldberg
tait prcisment de mler ces deux types dapproche.23

IV Premiers pas dans la communaut internationale des replieurs

Au temps de la prhistoire de la bioinformatique
Ds son retour Paris, en 1966, J. Monod demande Michel Goldberg de prsenter le fruit
de son travail Stanford lors dun sminaire. Pour sa deuxime thse, ncessaire lpoque
pour lobtention du doctorat, M. Goldberg est ensuite invit faire quelques recherches,
essentiellement bibliographiques, sur le thme Relations entre la structure primaire et la
structure tridimensionnelle des protines . Le texte de dix-neuf pages correspondant ne se
contente pas de faire le point sur ltat des connaissances, comme il tait demand, mais ouvre
dj de nouvelles voies. Le besoin de nouvelles techniques de calcul est clairement tabli, en
rfrence au programme pour machines calculer propos en 1965 par Nemethy et
Scheraga.24 M. Goldberg conclut la partie sur les tudes thoriques par ces mots :
On peut ainsi esprer quune association entre les machines calculer et
limagination humaine permettra de traiter correctement le problme de la prdiction
des structures tertiaires partir des structures primaires. Mais cela ne pourra se faire
que si ltude des proprits thermodynamiques des interactions aboutit une
meilleure connaissance de la nature des forces qui entrent en jeu.
En conclusion, il rappelle galement limportance de pouvoir disposer dun procd de
visualisation des protines , ce qui laisse supposer quil avait t attentif au rle jou par
lordinateur dans les travaux de Levinthal, qui permettait davoir une reprsentation
dynamique et interactive du repliement.25
A lInstitut Pasteur, cest au dbut des annes 70 quun ordinateur est achet (un LINC 8 de
Digital Equipment) mais il nest pas utilis au dpart pour travailler sur le problme du
repliement. De mme Orsay, dans le laboratoire dirig par Jeannine Yon, ce nest quen

23 Pour simplifier, on ne sintresse dans lapproche thermodynamique qu ltat final alors que dans
lapproche cintique, on tudie le chemin et les ventuelles tapes qui permettent d'arriver cet tat. Plus
prcisment, la question pose tait de savoir si la prsence de sous units natives de la tryptophane synthase
modifiait lefficacit et la vitesse de renaturation de la chane alpha.
24 M. Goldberg a eu la gentillesse de nous donner une copie de ce travail, dont nous citons ici les pages 8, 13 et
19.
25 M. Goldberg cite dans sa bibliographie cet article fondamental de Levinthal : Levinthal, C. (1966).
Molecular Model-Building by Computers. Scientific American 214: 42-52. Sur la question de lhistoire de la
visualisation, voir Francoeur, E. and J. Segal (2002, sous presse). Protein Structure, from model kits to computer
screens. Displaying the Third Dimension: Models in the Sciences, Technology and Medicine. S. d. Chadarevian
and N. Hopwood. Stanford, Stanford University Press.

1980, avec la venue de Martin Karplus comme professeur invit, que lordinateur a t utilis
dans des tudes de dynamique molculaire.
Le principal enjeu la fin des annes 60 tait dabord pour M. Goldberg et J. Yon de
montrer que contrairement ce que supposait lhypothse dAnfinsen, le contrle qui
sexerait lors du repliement, orientant celui-ci dans un chemin (pathway selon lexpression
de Levinthal), ntait pas que de nature thermodynamique mais galement cintique : une
tude sur les vitesses permettait de mettre en vidence des intermdiaires de repliement ou le
repliement autonome de sous-units.

Le modle des globules

En poursuivant les tudes menes lInstitut Pasteur sur la -galactosidase, M. Goldberg
parvint montrer quil existait des intermdiaires dans le repliement de chacun des
monomres. Dans un article paru en 1969 dans le prestigieux Journal of Molecular Biology, il
introduisait le terme de globule pour designer des rgions des chanes polypeptidiques qui se
repliaient de faon autonome, autour de centres de nuclations indpendants, avant que ne
slabore la structure tertiaire complte de la protine. 26 Dans les archives de J. Monod
relatives la prparation de ses cours au Collge de France sur les protines (en 1969), on
trouve la trace sur un schma de cette ide de globule puisquil est fait mention de plusieurs
centres de nuclation . M. Goldberg raconte quil avait demand J. Monod de cosigner la
publication puisque mme sil navait pas particip au travail exprimental, il avait jou un
rle crucial dans le dveloppement du concept . Celui-ci refusa (peut-tre pour laisser son
disciple un champ qui serait uniquement le sien) et le rsultat fut que la publication de
M. Goldberg neut que trs peu dchos.27
Un modle similaire celui des globules fut propos en 1973 par D. Wetlaufer avec la
notion de domaines et ce fut finalement cette dnomination qui simposa.28

26 Goldberg, M. (1969). Tertiary Structure of Escherichia coli beta-D-Galactosidase. Journal of Molecular

Biology 46: 441-446.
27 M. Goldberg se souvient que 350 de ses 400 tirs part restrent dans son bureau. Cf. Goldberg, M. (1987).
Protein Folding, or the Second Translation of the Gene. From Enzyme Adaptation to Natural Philosophy:
Heritage from Jacques Monod. E. Qualgliariello, G. Bernardi and A. Ullmann. Amsterdam, Elsevier: 69-75, et
Goldberg, M. (1996). Selective interactions and protein polymorphism : from allosteric proteins to the prion.
Bulletin de l'Institut Pasteur 94 (N3): 157-171.
28 Wetlaufer, D. B. (1973). Nucleation, rapid folding, and globular intrachain regions in proteins. Proceedings
of the National Academy of Sciences USA 70: 697-701. Il y a l une tude smiologique mener, sur le choix
des nologismes lors de lintroduction de nouvelles thories. Une partie de laura des travaux de Prusiner tient
par exemple dans lutilisation du mot prion dont nous donnons lorigine en introduction.

A partir des tudes sur la formation du complexe enzyme-substrat

De nombreuses ractions chimiques prenant place dans les phnomnes du vivant sont
catalyses par des protines appeles enzymes, qui se fixent spcifiquement sur des substrats.
Travaillant dans ce domaine (appel enzymologie), J. Yon sintressa dabord lhypothse
de Linderstrm-Lang selon laquelle dans une raction de protolyse enzymatique
(fragmentation des protines en peptides et en acides amins), lenzyme agissait tout dabord
en dnaturant la protine, tandis que lacte catalytique, cest--dire la coupure chimique de la
liaison peptidique se produisait ensuite. Jeannine Yon montra que la protolyse de la
-lactoglobuline native et dnature se produisait avec la mme nergie dactivation et quil
ny avait donc pas dnergie de dnaturation.
Un peu plus tard, en utilisant comme les pasteuriens la -galactosidase du colibacille (sur les
conseils de J. Monod), Jeannine Yon mit au point une mthode de comptition nuclophile
pour dmontrer que la raction enzymatique passait par un intermdiaire chimique quelle
parvint identifier, le galactosyl-enzyme. En 1964, elle permit dapporter des prcisions sur le
mcanisme gnral du repliement en montrant que dans la dnaturation thermique irrversible
des protines, ltape essentielle tait une transformation rversible. Ce faisant, elle allait
participer avec Michel Goldberg, et indpendamment de lui, la remise en cause du modle
deux tats (tat natif et tat dnatur, caractriss par la seule approche thermodynamique).

Lhistoire du temps prsent

Ce nest que depuis quelques annes que lon peut parler dune communaut de replieurs.
Michel Goldberg et Jeannine Yon ont travaill paralllement, souvent isols du reste de la
communaut scientifique, mme sils taient tous les deux en troit contact avec J. Monod
durant la premire partie de leur carrire (jusquau milieu des annes 70). Limportance de
leurs travaux ne fut que tardivement reconnue en raison de lhgmonie de la gntique
molculaire reposant sur le dogme central, souvent interprte de faon errone lorsquon
affirme que le flux dinformation ne se fait que de lADN vers lARN puis vers les protines.
Lhistoire des travaux de J. Yon amne repenser plus largement la place de lenzymologie
dans lhistoire de la biologie molculaire. Aujourdhui, au dbut du XXI e sicle, le problme
du repliement est encore loin dtre rsolu mais on sait un peu mieux ce quon ne sait pas. En
loccurrence, on sait que lidentification de la structure protique ne permet pas de rendre
compte entirement de la fonction biologique. Des maladies comme celle dAlzheimer, qui
touche dans certaines rgions des pays riches plus de 10% des personnes ges de plus de 65
ans, sont dues un dfaut de repliement de certaines protines. Ce nest pas un hasard si un
rcent article de Science esquissant des pistes pour une thrapie, rend longuement hommage
aux travaux pionniers de Michel Goldberg.29
Lhistoire, ici brivement bauche, des premiers travaux de M. Goldberg et J. Yon relve
en dfinitive de lhistoire des sciences du temps prsent. Aux ambiguts que lon connat en
29 Taubes, G. (1996). Misfolding the way to disease. Science 271: 1493-1495.
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histoire, sur le plan pistmologique, lorsquon se confronte au prsent avec un manque de

recul vident, vient ici sajouter la difficult de pouvoir rendre compte de travaux
scientifiques particulirement ardus. De longues pages de lhistoire du repliement des
protines restent assurment encore crire.

Remerciements
Nous tenons remercier Jeannine Yon et Michel Goldberg, non seulement pour le temps
quils nous ont accord mais encore pour la mansutude dont ils ont tmoign en nous
expliquant certains de leurs travaux. Nos remerciements vont aussi Bruno Strasser et Michel
Morange pour leur lecture critique de ce texte.

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