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Guia do Usurio
Sobre o InVesalius
InVesalius um software pblico para a rea de sade que realiza anlise
e segmentao de modelos anatmicos virtuais, possibilitando a confeco de
modelos fsicos com o auxlio da prototipagem rpida. A partir de imagens
em duas dimenses (2D) obtidas por meio de equipamentos de Tomografia Computadorizada (TC) ou Ressonncia Magntica (RM), o programa
permite criar modelos virtuais em trs dimenses (3D) correspondentes s
estruturas anatmicas dos pacientes em acompanhamento mdico.
O nome InVesalius uma homenagem ao mdico belga Andreas Vesalius
(1514-1564), considerado o "pai da anatomia moderna". O software InVesalius desenvolvido pelo CTI (Centro de Tecnologia da Informao Renato
Archer), unidade do Ministrio da Cincia e Tecnologia (MCT), desde 2001.
Inicialmente, apenas o programa de instalao era distribudo gratuitamente.
A partir de novembro de 2007, o InVesalius foi disponibilizado como software
livre no Portal do Software Pblico (www.softwarepublico.gov.br), consolidando comunidades de usurios e de desenvolvedores. Trata-se de uma ferramenta simples, livre e gratuita, robusta, multiplataforma, com comandos em
Portugus, com funes claras e diretas, de fcil manuseio e rpida quando
executada em microcomputador PC.
O uso das tecnologias de visualizao e anlise tridimensional de imagens
mdicas, integradas ou no a prototipagem rpida, auxiliam o cirurgio no
diagnstico de patologias e permitem que seja realizado um planejamento cirrgico detalhado, simulando com antecedncia intervenes complexas, que
podem envolver, por exemplo, alto grau de deformidade facial ou a colocao
de prteses.
O InVesalius tem demonstrado grande versatilidade e vem contribuindo
com diversas reas, dentre as quais medicina, odontologia, veterinria, arqueologia e engenharia.
Sumrio
1 Introduo
6
1.1 Conceitos importantes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
1.1.1 DICOM (Digital Image Communications in Medicine)
7
1.1.2 Tomografia Computadorizada - Mdica . . . . . . . . . 7
1.1.3 Tomografia Computadorizada - Odontolgica . . . . . . 8
1.1.4 Ressonncia Magntica . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
1.2 Recursos necessrios . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.2.1 Configuraes mnimas . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
1.2.2 Configuraes recomendadas . . . . . . . . . . . . . . . 11
2 Instalao
12
2.1 MS-Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
2.2 Mac Os X . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
3 Importao
20
3.1 DICOM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.2 Analyze . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
4 Manipulao de Imagens (2D)
4.1 Reconstruo Multiplanar . . . . . . . . .
4.1.1 Orientao axial . . . . . . . . . . .
4.1.2 Orientao sagital . . . . . . . . . .
4.1.3 Orientao coronal . . . . . . . . .
4.2 Correspondncia entre as orientaes axial,
4.3 Mover . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3
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. . . .
sagital
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e
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coronal
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26
26
27
27
28
29
31
4.4
4.5
4.6
4.7
4.8
Rotacionar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Ampliar (Zoom) . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.5.1 Maximizando as janelas de orientao .
4.5.2 Ampliando ou reduzindo uma imagem
4.5.3 Ampliando uma rea da imagem . . .
Brilho e contraste (Janelas) . . . . . . . . . .
Pseudocor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Tipo de projeo . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8.1 Normal . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8.2 MaxIP . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8.3 MinIP . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8.4 MeanIP . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8.5 MIDA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8.6 Contorno MaxIP . . . . . . . . . . . .
4.8.7 Contorno MIDA . . . . . . . . . . . . .
5 Segmentao
5.1 Limiar (Threshold ) . . . . . . .
5.2 Segmentao manual (Edio de
5.3 Watershed . . . . . . . . . . . .
5.4 Operaes booleanas . . . . . .
5.5 Limpeza total da mscara . . .
. . . . . .
imagens)
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32
32
33
33
34
37
42
42
43
43
44
45
46
46
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48
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63
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67
67
68
69
70
7 Medies
71
7.1 Medio linear . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
4
7.2
7.3
Medio angular . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
Medio volumtrica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
8 Gerenciamento de dados
75
8.1 Mscaras . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
8.2 Superfcies 3D . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
8.3 Medies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
9 Visualizao simultnea de imagens e superfcie
79
10 Visualizao volumtrica
10.1 Padres de visualizao .
10.2 Personalizao de padro
10.3 Personalizao de padro
10.4 Corte . . . . . . . . . . .
82
82
85
87
89
. . . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . .
com Brilho e Contraste
. . . . . . . . . . . . . .
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11 Exportando dados
91
11.1 Superfcie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
11.2 Imagem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
12 Customizao
12.1 Menu de ferramentas . . . . . . . . . . . . . . . .
12.2 Posicionamento automtico de volume/superfcie .
12.3 Cor de fundo da janela de volume/superfcie . . .
12.4 Exibir/ocultar textos em janela 2D . . . . . . . .
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95
95
96
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98
Captulo 1
Introduo
Este manual tem como objetivo mostrar o uso das ferramentas do InVesalius
e tambm apresentar alguns conceitos para facilitar a utilizao do software.
O InVesalius um software para auxiliar o profissional de sade no diagnstico e no planejamento cirrgico. Cabe ressaltar, porm, que todo
software no contexto de diagnstico totalmente suplementar, pois todo e
qualquer ato cometido de inteira responsabilidade do profissional de sade.
Alm da medicina, possvel utilizar o software em outras reas, como arqueologia, veterinria, ou mesmo em aplicaes industriais. Como requisito
bsico, basta que as imagens a serem analisadas estejam no padro DICOM
(Digital Imaging Communications in Medicine). At o presente momento,
o InVesalius reconstri imagens provindas de tomgrafos e de aparelhos de
ressonncia magntica. Para operar o software, basta ter conhecimentos bsicos de informtica. Noes bsicas sobre imagens mdicas podem contribuir
para o melhor entendimento das operaes.
1.1
Conceitos importantes
Nesta seo, discutiremos alguns conceitos necessrios para melhor entendimento e operao do software.
1.1.1
DICOM um padro relativo transmisso, ao armazenamento e ao tratamento de imagens mdicas. O padro prev diversas modalidades de imagens
mdicas, como imagens provindas de equipamentos de tomografia computadorizada, ressonncia magntica, ultrassom, eletrocardiograma, entre outras.
Uma imagem DICOM composta por 2 itens principais, uma matriz
contendo os pixels da imagem e um conjunto de meta-informaes. Essas
informaes contm, por exemplo, o nome do paciente, a modalidade da
imagem e a posio da imagem em relao ao espao (no caso de tomografia
e ressonncia).
1.1.2
1.1.3
1.1.4
Ressonncia Magntica
A ressonncia magntica um exame realizado sem o uso de radiao ionizante. Em vez disso, utilizado um forte campo magntico para alinhar os
tomos de algum elemento presente em nosso corpo, comumente o hidrognio. Aps o alinhamento, so disparadas ondas de rdio, e os tomos so
excitados. Os sensores medem o tempo que os tomos de hidrognio demoram para se alinhar novamente. Com isso, possvel determinar qual o
tipo de tecido, pois tecidos diferentes apresentam quantidades diferentes de
tomos de hidrognio.
Para evitar interferncias e melhorar a qualidade do sinal de radiofrequncia, alm de o paciente ficar dentro do equipamento, colocada uma bobina
9
na regio de interesse.
1.2
Recursos necessrios
1.2.1
Configuraes mnimas
1.2.2
Configuraes recomendadas
11
Captulo 2
Instalao
2.1
MS-Windows
Para instalar o InVesalius no MS-Windows, basta executar o programa instalador. Quando aparecer uma janela pedindo para confirmar a execuo do
arquivo, clique em Executar.
12
13
14
Clique em Avanar.
15
Clique em Instalar.
16
Caso seja a primeira vez em que o software instalado, ser exibida uma
janela para selecionar o idioma do InVesalius. Selecione o idioma desejado e
clique em OK.
17
18
2.2
Mac Os X
Mantenha o boto esquerdo pressionado sobre o cone do software InVesalius e arraste-o para o cone Applications ambos contidos no instalador.
19
Captulo 3
Importao
O InVesalius importa arquivos no formato DICOM, incluindo arquivos compactados (JPEG sem perdas e com perdas) e arquivos no formato Analyze
c
(Mayo Clinic)
.
3.1
DICOM
20
Clique em OK.
Enquanto o InVesalius procura por arquivos DICOM no diretrio, exibido o progresso do carregamento dos arquivos verificados, como ilustra a
figura 3.3.
21
22
Caso deseje importar uma srie com todas as imagens presentes, clique em
"+"ao lado do nome do paciente para expandir as sries a ele pertencentes.
D um clique duplo com o boto esquerdo do mouse sobre a descrio da
srie. Veja a figura 3.5.
original"em 60%, cada imagem resultante ter 307 x 307 pixeis. Caso deseje
abrir com a resoluo original selecione o valor 100.
24
3.2
Analyze
25
Captulo 4
Manipulao de Imagens (2D)
4.1
Reconstruo Multiplanar
26
Alm de criar a reconstruo multiplanar, o InVesalius segmenta a imagem, destacando, por exemplo, os ossos dos tecidos moles. O destaque
representado por meio da aplicao de cores sobre a estrutura segmentada,
isto , as cores formam uma mscara sobre a imagem destacando a estrutura
(figura 4.1). Isso ser discutido em mais detalhes nos prximos captulos.
Para esconder a mscara, usa-se o gerenciador de dados, localizado no
canto inferior esquerdo da tela. Basta escolher a aba Mscaras e clicar
uma vez com o boto esquerdo do mouse sobre o cone do olho ao lado de
"Mscara 1". Veja a figura 4.2.
4.1.1
Orientao axial
4.1.2
Orientao sagital
27
4.1.3
Orientao coronal
28
4.2
Para saber qual o ponto comum das imagens nas diferentes orientaes, basta
acionar o recurso "Cruz de interseo de fatias"pelo cone de atalho localizado
na barra de ferramentas. Veja a figura 4.7.
Figura 4.7: Atalho para mostrar ponto comum entre diferentes orientaes
Quando o recurso acionado, dois segmentos de reta que se cruzam perpendicularmente so exibidos sobre cada imagem (figura 4.8). O ponto de
interseo de cada par de segmentos representa o ponto comum entre as
diferentes orientaes.
29
30
4.3
Mover
Para mover uma imagem na tela, pode-se utilizar o cone do atalho "Mover"da barra de ferramentas (figura 4.9). Clique sobre o cone para ativar o
recurso e, em seguida, com o boto esquerdo do mouse pressionado sobre
a imagem, arraste-a para a direo desejada. A figura 4.10 mostra uma
imagem deslocada (movida).
4.4
Rotacionar
31
4.5
Ampliar (Zoom)
4.5.1
4.5.2
Para ampliar ou reduzir uma imagem, clique sobre o cone do atalho "Zoom"na
barra de ferramentas (figura 4.14). Mantenha o boto esquerdo pressionado
sobre a imagem e arraste o mouse para cima, caso deseje ampli-la, ou para
baixo, caso deseje reduzi-la.
4.5.3
4.6
Para melhorar a visualizao das imagens, podemos utilizar o recurso de window width e window level, popularmente conhecido por "brilho e contraste"ou
34
35
(a) Osso
(b) Pulmo
36
4.7
Brilho
Contraste
Exame
Exame
Alterado Alterado
350
50
80
40
500
-850
120
40
2000
-500
15
32
80
20
180
80
350
25
2000
300
450
50
1000
-600
1600
-600
4000
400
240
80
680
160
Pseudocor
37
39
40
41
4.8
Tipo de projeo
4.8.1
Normal
O modo normal a visualizao padro, ou seja, sem nenhum tipo de projeo, da maneira em que a imagem foi adquirida ou customizada previamente
seja com brilho e contraste ou pseudocor. Exemplificamos na figura 4.30.
4.8.2
MaxIP
4.8.3
MinIP
43
4.8.4
MeanIP
44
4.8.5
MIDA
45
4.8.6
Contorno MaxIP
4.8.7
Contorno MIDA
47
Captulo 5
Segmentao
Para selecionar um determinado tipo de tecido da imagem, utilizado o
recurso de segmentao, disponvel no InVesalius.
5.1
Limiar (Threshold )
Figura 5.3: Seleo dos pixels com intensidade entre 226 e 3021 (Osso)
Tambm existem valores pr-definidos de limiar de acordo com alguns
tipos de tecido, como mostra a figura 5.4. Basta selecionar o tecido desejado
e a mscara ser atualizada automaticamente.
50
51
5.2
52
53
54
5.3
Watershed
5.4
Operaes booleanas
5.5
60
(a) Mscara A
(b) Mscara B
(c) Unio (A B)
(d) Diferena (A - B)
(e) Interseco (A B)
61
Captulo 6
Superfcie (Malha de Tringulos)
No InVesalius, a superfcie 3D gerada com base em um modelo segmentado
(obtido a partir da segmentao das imagens). O mtodo utilizado para
gerar a superfcie o algoritmo marching cubes. Resumidamente, o algoritmo
transforma os voxels das imagens que foram "empilhadas"e segmentadas em
uma malha de polgonos simples - no caso, tringulos.
Os controles disponveis para a configurao de superfcies 3D no InVesalius encontram-se no painel esquerdo do software, dentro do item 3.
Configure a superfcie 3D, opo Propriedades da superfcie.
62
6.1
Criando superfcies
possvel criar uma nova superfcie com base em uma mscara de segmentao j existente. Para isso, no painel esquerdo, dentro do item 3. Configure
a superfcie 3D, clique no atalho ilustrado na figura 6.2.
63
(a) Frente
(b) Baixo
Figura 6.4: Superfcie com regio maior selecionada e com buracos preenchidos
(a) Frente
(b) Baixo
Figura 6.5: Superfcie sem a seleo da maior regio e com buracos abertos
J a figura 6.5 mostra o mesmo caso sem essas opes selecionadas.
Observa-se o suporte do tomgrafo e a superfcie aberta.
O item Mtodo de criao de superfcie tem as seguintes opes,
"Binrio", "Context aware smoothing" e "Padro, podemos visualizar
um exemplo de superfcie a partir dos 3 mtodos na figura 6.6.
O mtodo binrio, tem como partida a mscara que foi segmentada,
sendo a regio selecionada como 1 e o restante 0. Como existem somente 2
valores, as curvas na superfcie que o algoritmo gera so abruptas ou popularmente conhecida como "degraus".
No mtodo Context aware smoothing, inicialmente a superfcie gerada a partir do mtodo binrio, mas em seguida executado o algoritmo
64
(a) Binrio
(c) Padro
65
6.2
Transparncia
66
6.3
Cor
6.4
67
6.4.1
68
6.4.2
69
6.4.3
70
Captulo 7
Medies
O InVesalius permite realizar medies lineares e angulares em 2D (planos
axial, coronal e sagital) e em 3D (superfcies). Tambm possvel fazer
medies volumtricas em superfcies.
7.1
Medio linear
71
7.2
Medio angular
Uma medio angular em 2D ou sobre uma superfcie (3D) pode ser realizada
clicando-se no atalho ilustrado na figura 7.4.
73
7.3
Medio volumtrica
74
Captulo 8
Gerenciamento de dados
Nos captulos anteriores, mostrou-se como manipular superfcies, mscaras
para segmentao e medies. possvel exibir ou ocultar e criar ou remover
esses elementos pelo painel de gerenciamento de Dados, localizado no canto
inferior esquerdo da tela do InVesalius. O painel dividido em 3 abas: Mscaras, Superfcies 3D e Medies, conforme mostra a figura 8.1. Cada
uma das abas agrupa dados correspondentes aos elementos a que se referem.
75
76
8.1
Mscaras
8.2
Superfcies 3D
Na coluna Nome, so exibidos a cor e o nome atribudos superfcie. A coluna Volume mostra o volume total da superfcie. Por fim, a coluna Transparncia indica o nvel de transparncia em uso para exibir a superfcie. A
figura 8.7 traz um exemplo.
77
8.3
Medies
78
Captulo 9
Visualizao simultnea de
imagens e superfcie
A visualizao simultnea de imagens e superfcie pode ser acionada clicando
com o boto esquerdo do mouse sobre o atalho localizado no canto inferior
direito da tela do InVesalius. Veja a figura 9.1.
79
80
81
Captulo 10
Visualizao volumtrica
Para a visualizao volumtrica dos modelos, o InVesalius dispe de uma
tcnica conhecida como Raycasting. Trata-se de uma tcnica que, resumidamente, consiste em simular, para cada pixel da tela, o traado de um raio de
luz em direo ao objeto. A cor do pixel ser baseada na cor e na transparncia de cada voxel interceptado pelo raio de luz.
No InVesalius, existem diversos padres pr-definidos (presets) para visualizar determinados tipos de tecidos ou diferentes tipos de exames (tomografia
com contraste, por exemplo).
Para acessar esse recurso, basta clicar no atalho ilustrado pela figura 10.1,
localizado no canto inferior direito da tela (ao lado da janela de exibio de
superfcies) e selecionar um dos padres disponveis.
Para desativar a visualizao volumtrica, clique novamente no atalho
indicado pela figura 10.1 e escolha a opo Desabilitado.
10.1
Padres de visualizao
83
84
10.2
Personalizao de padro
85
86
10.3
87
Com o controle ativado, arrastando o mouse com o boto esquerdo pressionado sobre a janela do volume, possvel alterar os valores de window
width e window level. O procedimento o mesmo aplicado para as fatias
2D, visto na seo 4.6. Arrastando o mouse na direo horizontal, alterase o valor de window level. Para a esquerda, diminui-se seu valor e, para
a direita, aumenta-se seu valor. Arrastando o mouse na direo vertical,
altera-se o valor de window width. Para baixo, diminui-se seu valor e, para
cima, aumenta-se seu valor.
Com a manipulao desses valores, conseguem-se diferentes resultados de
visualizao. Por exemplo, para adicionar tecido visualizao, arraste o
mouse diagonalmente, do canto inferior direito para o canto superior esquerdo
da janela de visualizao. Para remover tecido da visualizao, faa o contrrio, ou seja, arraste o mouse diagonalmente, do canto superior esquerdo
para o canto inferior direito. Veja a figura 10.11.
(a) Osso
(b) Msculo
88
(c) Pele
10.4
Corte
89
90
Captulo 11
Exportando dados
Com o InVesalius, possvel exportar dados para outros softwares, em formatos de arquivo como OBJ, STL, entre outros.
O menu que contm as opes para exportao localiza-se no painel esquerdo do InVesalius, dentro do item 4. Exporte os dados. Caso o menu
no esteja visvel, d um clique duplo com o boto esquerdo do mouse sobre
o item para expandi-lo. A figura 11.1 mostra esse menu.
11.1
Superfcie
91
92
11.2
Extenso
.iv
.ply
.rib
.stl
.stl
.vrml
.vtp
.obj
Imagem
93
94
Captulo 12
Customizao
Algumas opes de customizao esto disponveis para o usurio do InVesalius. Elas so apresentadas a seguir.
12.1
Menu de ferramentas
95
12.2
96
12.3
97
12.4
Para exibir ou ocultar os textos que aparecem nas janelas de imagens 2D,
clique no atalho exibido na figura 12.7, localizado na barra de ferramentas.
98
99
Autores do Manual
Paulo Henrique Junqueira Amorim
paulo.amorim@cti.gov.br
Thiago Franco de Moraes
thiago.moraes@cti.gov.br
Fbio de Souza Azevedo
fabio.azevedo@cti.gov.br
Jorge Vicente Lopes da Silva
jorge.silva@cti.gov.br
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