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protenas baseada em
sequncia e estrutura
Marcelo Querino Lima Afonso - Mestrando em
Bioinformtica
>Aluno14_AA
MSALVLHDDELDEECYRARLFLSLLGLKARIVAVDVVPGGLQDSPSFRAVSPAGLLPVLRIEGQEICGAGAVLLALAHKRGNWLP
DEPGAFAQVAHWLHFASGPLRPAIAARRASLFGGGEPDAALQRQGEAALRIMEDHMAHRRLDGGSWFVGDAPSVADIALFPSF
ALSRDWGVDHAFYPALRRWMRAVRTVPGFVGMSGIPEYA - 207AAs
Description
Max
Total Query
E value
Ident
Accession
409
409
100%
1e-144
100%
WP_012227621.1
404
404
100%
2e-142
98%
WP_012554786.1
209
209
99%
1e-65
52%
WP_065692721.1
207
207
99%
1e-64
50%
WP_070165291.1
207
207
99%
1e-64
51%
WP_071206777.1
206
206
99%
3e-64
52%
WP_037060144.1
206
206
99%
3e-64
53%
WP_028162669.1
206
206
99%
4e-64
52%
WP_057471795.1
206
206
99%
5e-64
50%
WP_071584469.1
203
203
99%
5e-63
49%
WP_012653792.1
Identidade
Similaridade
Gaps
Cobertura
WP_012227621.1
207/207(100%)
207/207(100%)
0/207(0%)
100%
WP_012554786.1
203/207(98%)
205/207(99%)
0/207(0%)
98%
WP_065692721.1
108/209(52%)
138/209(66%)
3/209(1%)
52%
WP_070165291.1
104/209(50%)
137/209(65%)
3/209(1%)
50%
WP_071206777.1
106/209(51%)
137/209(65%)
3/209(1%)
51%
WP_037060144.1
108/209(52%)
134/209(64%)
3/209(1%)
52%
WP_028162669.1
111/209(53%)
137/209(65%)
3/209(1%)
53%
WP_057471795.1
109/209(52%)
134/209(64%)
3/209(1%)
52%
137/209(65%)
3/209(1%)
50%
136/209(65%
3/209(1%)
49%
WP_071584469.1
WP_012653792.1
105/209(50%)
102/209(49%)
Glutationa transferases
Estas enzimas esto envolvidas em diversos processos de destoxificao
celulares tais como a reduo de molculas afetadas por radicais livres
decorrentes da respirao celular, a bioativao de compostos xenobiticos para
a formao de produtos de menor toxicidade que podem ser excretados.
Os dois tpicos domnios dessas protenas so encontrados em nossa sequncia.
Seu domnio N-terminal (enovelamento do tipo Tioredoxina) interage com uma
molcula de Glutationa enquanto um substrato hidrofbico se liga ao domnio
C-terminal cuja estrutura secundria descrita como completamente composta
por alpha hlices .
Uniprot
Entry
Entry name
A9H0N0
A9H0N0_GLUDA
Protein names
Uncharacterized
protein
Gene
names
Length
Organism
GDI3206 Gluconacetobacter
diazotrophicus (strain
ATCC 49037 / DSM
5601 / PAl5)
207
PSIPRED
Predio confirmou topologia esperada da
reviso bibliogrfica: No domnio N-terminal
(Resduos 6-82 ), vemos uma topologia do tipo
j anteriormente descrita. O domnio
C-terminal (resduos 92-191) apresenta um
conjunto de cinco -helices tambm j
caracterizado para esta famlia de protenas
Existem pelo menos quatro classes distintas de GSTs bacterianas (beta, chi, theta e zeta)
que tambm exibem funes de desintoxicao tais como as GSTs presentes em
Eucariotos.
So envolvidas em:
- Proteo contra o estresse oxidativo, na desintoxicao de agentes antimicrobianos
(especialmente antibiticos).
- Metabolismo basal e no suprimento de fontes de carbonos a clulas bacterianas
(incluindo a quebra de lignina e a utilizao de isopreno).
- Degradao de compostos monocclicos aromticos (tolueno, xilenos, fenois, e
atrazina) e de hidrocarbonetos aromticos policclicos
Buscas no banco de dados eggNOG 4.0 pelo cdigo Uniprot resultaram no grupo
aproNOG09855 contendo 15 protenas de 17 espcies diferentes. Interessantemente, neste
ltimo podemos ver a presena marcante de outras bactrias fixadoras de nitrognio tais
como as dos gneros: Agrobacterium, Gluconacetobacter, Rhodospirillum, Rhizobium,
Sinorhizobium, Novosphingobium e Methylobacterium.
SCOP, BLAST-SCOP
A busca no banco de dados SCOP por "uniprot=A9H0N0" no obteve nenhum
resultado para esta sequncia. Um blastp utilizando a sequncia desta protena
atravs do site: http://phosphatome.net/2.0/blast-scop/ no foi capaz de obter
bons alinhamentos com as protenas do banco de dados. O melhor hit de outra
GST (Class zeta GST Homo sapiens) possui E-valor de 0.022, Identidade em
21/66 resduos (31%), 39/66 resduos positivos (59%), e 1 gap em 66 posies
(1%).
Localization Scores:
Cytoplasmic
2.00
CytoplasmicMembrane 2.00
Periplasmic
2.00
OuterMembrane
2.00
Extracellular
2.00
Final Prediction:
Unknown
-----------------------PSORTb
Duas
GMP
sintases
(inferidas por redes gnicas
de
co-expresso;
score
0.757), duas subunidades
beta da fenilalanil-tRNA
sintase
(inferidas
experimentalmente;
score
0.678), trs outras GSTs e
duas protenas que contm
domnios
GST
(todas
determinadas
por
co-ocorrncia gnica; scores
0.729, 0.659, 0.646; e
scores 0.661. 0.650).
Description
Res.
84.7
84.7
88%
4e-20
31% 3M3M_A
1.75A
72.8
72.8
98%
1e-15
30% 3M8N_A
2.04A
67.4
67.4
88%
1e-13
32% 4HZ2_A
1.5A
66.2
66.2
86%
4e-13
25% 4L8E_A
1.7A
50.4
50.4
79%
2e-07
26% 4KH7_A
1.5A
Modelo
RMS
modelo 6
RMS
molde
SWISS
0.268
MHOnl
Ramachandran
R4
DOPE SCORE
GA341
-25089.498047
1.00000
R1
R2
R4-AAs
0.183
93.7%
4.3%
0.449
0.321
93.2%
6.3%
0.5% R80
-21277.2344
1.00000
0.281
95.1%
3.4%
-22424.87891
1.00000
0.237
96.6%
1.0%
-22105.44922
1.00000
0.335
94.6%
3.9%
-21941.46680
1.00000
0.261
94.1%
4.9%
1.0% G119,D177
-21994.42383
1.00000
0.296
94.1%
3.4%
-22405.14648
1.00000
0.242
95.6%
3.9%
0.5% R113
-22322.34961
1.00000
0.285
96.6%
1.0%
-22397.67383
1.00000
3.40.30.10
1.20.1050.10