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PROTEMICA
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PROTEMICA
LILA CASTELLANOS1, LUIS JAVIER GONZLEZ1 Y GABRIEL PADRN1
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INTRODUCCIN.
ALGUNOS CONCEPTOS BSICOS
Una vez concluida la secuenciacin del genoma humano, es necesario disponer
de tcnicas que permitan comprender la relacin entre la expresin de los genes
y los problemas biolgicos. Este es precisamente el campo de la protemica,
ciencia dedicada al estudio de la expresin de las protenas y de sus cambios en
dependencia del contexto biolgico. A diferencia de las tcnicas clsicas utilizadas
en la bioqumica, la protemica se basa en la separacin y la identificacin de
muchas protenas (en el orden de mil o ms) simultneamente. Muchos de los
mtodos utilizados en protemica permiten obtener un despliegue (u ordenamiento
o arreglo) fsico de mezclas muy complejas de protenas, separadas mediante la
combinacin hbil de dos (o ms) tcnicas de separacin.
El proteoma [1] es el conjunto de protenas expresadas por un organismo (o
por una parte de l, por ejemplo un tipo de tejido) en un momento dado. La
protemica comprende tanto las tcnicas para el estudio en gran escala de las
protenas expresadas (proteoma) como las aplicaciones de estas tcnicas al
anlisis de problemas biolgicos. Mientras que el genoma de un organismo es
esencialmente constante a lo largo de la vida, el proteoma tiene un carcter
dinmico: la expresin de protenas cambia en diferentes etapas del ciclo celular
pero tambin en respuesta a acciones externas. En particular, las diferencias
entre un estado normal y uno patolgico se traducen tambin a nivel molecular
en cambios en los patrones de expresin de protenas. Es precisamente esta
variabilidad del proteoma lo que lo hace tan atractivo para la investigacin
biomdica. Recientemente, la protemica ha comenzado a dar una contribucin
importante a nuestra comprensin de la biologa y de la medicina.
Los avances logrados en genmica no se traducen directamente en nuestro
conocimiento de los respectivos proteomas: muchos genes carecen de funcin
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conocida, a muchos otros se les adjudica una funcin por analoga con otros
genomas estudiados previamente. Si se extrapola la situacin encontrada con la
levadura, ms de la mitad del genoma humano no tiene una funcin conocida en
estos momentos.
La protemica incluye diversos campos de investigacin:
P OR
QUE LA PROTEMICA ?
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E LECTROFORESIS
BIDIMENSIONAL
(2DE)
Para los organismos cuyos genomas han sido ya secuenciados es posible calcular
el proteoma terico. Estos abarcan aproximadamente desde pI 3 hasta pI 12-13
y desde 1,000- 2,000 Da hasta aproximadamente 500 kDa. Pero la mayor parte
(posiblemente alrededor del 70 %-80 %) de las protenas estn concentradas
en una zona mas estrecha que va aproximadamente entre pI 3.5 y pI 10 y masa
entre 10 y 100 kDa. Esta es la zona que generalmente se estudia con las tcnicas
de electroforesis bidimensional.
En adicin, un tercer elemento tiene que ser considerado: el grado de
hidrofobicidad de las protenas. Este es muy variable y va desde estructuras
hidroflicas hasta estructuras muy hidrofbicas. Las protenas hidrofbicas
abundan en las membranas, y tienen regiones o dominios cuyas propiedades de
solubilidad son ms cercanas a las de los polmeros orgnicos convencionales
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P R E PARACIN
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DE MUESTRAS
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CROMATOGRAFIA
LIQUIDA
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en series del extremo N-terminal (an , bn , cn ) o series del extremo C-terminal (xn ,
yn , zn ) en dependencia de cul de los dos extremos del pptido original se
conservan en sus estructuras. El subndice que acompaa cada tipo de
fragmentacin se corresponde con la cantidad de residuos aminoacdicos que
posee el in fragmento (ver Figura 20.4).
Figura 20.4. Nomenclatura de las fragmentaciones que se obtienen por Disociacin Activada
por Colisiones en experimentos MS/MS. Los fragmentos a, b y c contienen el
extremo N-terminal y los fragmentos x, y y z conservan el extremo C-terminal. Los
subndices que acompaa cada tipo de fragmentacin se corresponden con la
cantidad de residuos aminoacdicos en el in fragmento. Ntese que los fragmentos
b y y se obtienen por ruptura del enlace peptdico y por tanto son complementarios
en la informacin sobre la secuencia. Son adems, en general, los iones mas intensos
en el espectro MS/MS.
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SE C U E N C I A C I N
D E UNA M E Z C L A D E PPTIDOS .
E SPECTROS MS/MS
Figura 20.6. Espectro MS/MS del pptido VLFSSDGGVVK. Puede observarse que la mayora de
los iones presentes corresponden a los fragmentos y, algo frecuente en los espectros de
pptidos trpticos que poseen un aminocido bsico en el extremo C-terminal y por
tanto conservan la carga en ese residuo. En este ejemplo es posible deducir con relativa
facilidad la secuencia completa del pptido, algo que no siempre ocurre.
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Figura 20.8. Resumen de las Estrategias de Identificacin de Protenas. Las 3 principales estrategias
son: 1. Huella de masas de la protena. Se obtiene el espectro de masas de la mezcla
de pptidos proteolticos. Los valores de las masas obtenidos se comparan con las
digestiones tericas de las protenas en las bases de datos para la identificacin. 2.
Etiqueta de secuencia. Requiere de espectros MS/MS. Se seleccionan uno o varios
pptidos, se obtiene el espectro MS/MS y se determina una secuencia parcial. Es
suficiente 3-4 residuos para identificar la protena en las bases de datos. 3. Huella de
masas MS/MS. Igualmente requiere del uso de MS/MS pero a diferencia del anterior
no es necesaria la determinacin de una secuencia parcial. Se basa en que los iones
fragmentos de un pptido son caractersticos y por tanto basta para encontrar un
pptido idntico en las bases de datos e identificar la protena correspondiente.
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APLICACIONES DE LA PROTEMICA
Las mltiples aplicaciones de estas tcnicas pueden agruparse en dos categoras
principales:
1. Caracterizacin del proteoma de un organismo. El propsito de este estudio
es la identificacin del mayor nmero de protenas expresadas por un
organismo en una condicin biolgica particular. En el caso de organismos
unicelulares o de clulas en cultivo, muchos trabajos se han propuesto la
separacin y la identificacin de protenas en preparaciones de protenas
totales y ya existen mapas en bases de datos para numerosos organismos.
Sin embargo, para lograr un nivel superior de informacin se prefiere
descomponer el estudio del proteoma en el estudio de subproteomas
correspondientes a organelos subcelulares (Figura 20.9). Actualmente la
Organizacin del Proteoma Humano (HUPO) tiene en curso 3 proyectos
internacionales destinados a la construccin de los primeros mapas
protemicos de rganos o tejidos. Estos son: cerebro, hgado y plasma.
2. Protemica Comparativa (Figura 20.10): consiste en evaluar los cambios en
la expresin de protenas de un organismo sometido a dos o varias condiciones
biolgicas diferentes, generalmente una de ellas es una condicin control
que se utiliza como referencia de la expresin de protenas en condiciones
normales. Este tipo de trabajo suministra informacin a nivel molecular de
los cambios causados por la accin de un agente externo (por ejemplo un
medicamento), por cambios en las condiciones de cultivo, las diferencias
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entre una lnea celular normal y una tumoral, la evaluacin de los cambios
producidos por un agente infeccioso, el desarrollo de los mecanismos de resistencia
a quimioteraputicos o antimicrobianos. Este tipo de investigacin es de alto
valor en ciencias biomdicas. Para los trabajos de protemica comparativa es
necesario disponer de un diseo experimental cuidadosamente planificado. Aqu
resulta de gran utilidad la existencia de una hiptesis previa que oriente la bsqueda
hacia determinado tipo de protenas que pueden ser seguidas por inmunodeteccin
con anticuerpos especficos o que se suponen localizadas esencialmente en un
organelo subcelular . Por ejemplo, algunos proyectos se orientan especficamente
hacia la identificacin de cambios en los patrones de fosforilacin de protenas.
En este caso, la deteccin del subconjunto de protenas fosforiladas puede
facilitarse mediante el uso de anticuerpos especficos.
Figura 20.9. Confeccin de un mapa bidimensional anotado. Como resultado de las identificaciones
efectuadas por espectrometra de masas, el mapa bidimensional de protenas se
enriquece con abundante informacin que incluye la identificacin de la naturaleza
de las protenas, el punto isoelctrico y la masa experimental y terica, y las
propiedades reportadas anteriormente en la literatura.
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Figura 20.10. Protemica comparativa. El esquema resume los pasos principales que permiten
la comparacin de la expresin de protenas en dos condiciones biolgicas y la
consecuente identificacin de los cambios.
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