BIOMOLCULAS.

1.-COMPOSICIN MOLECULAR DE LA MATERIA

VIVA.

Los compuestos qumicos de la materia viva reciben el

nombre de biomolculas. Antiguamente se les llamaba
tambin principios inmediatos, pero esta denominacin ha
cado en desuso. Las biomolculas se clasifican
en orgnicas e inorgnicas segn sean o no compuestos del
carbono. En el siguiente cuadro se muestran los distintos tipos
de biomolculas.
 En la tabla 3.1 aparece la composicin molecular
de Escherichia coli, bacteria comn de la flora intestinal
humana, con las cantidades relativas de los distintos tipos de
biomolculas. Se puede constatar que el agua es la
biomolcula ms abundante (70%), le siguen las protenas,
que constituyen un 50% del peso seco de la clula, y a
continuacin los cidos nucleicos seguidos de los azcares y los
lpidos.
 % del peso N aprox. de
espe-

Biomolcula celular total cies

moleculares

______________________________________________________________
___________

AGUA 70 1

PROTENAS 15 3000

CIDOS NUCLEICOS

DNA 1 1

RNA 6 > 3000

POLISACRIDOS 3 5

LPIDOS 2 20

SILLARES ESTRUCTURALES

E INTERMEDIARIOS 2 500

IONES INORGNICOS 1 20

Tabla 3.1.

En realidad, si dejamos de considerar las partes

relativamente inertes de los organismos vivos (exoesqueleto,
porcin mineral del hueso, depsitos de sustancias de reserva,
etc.), todas las clulas vivas contienen aproximadamente las
mismas proporciones de los principales tipos de biomolculas
que se muestran en la tabla 3.1. Podemos concluir que la
composicin molecular de la materia viva es universal, y este
hecho debe hacernos pensar una vez ms en un origen comn
de todas las formas de vida. Adems, los principales tipos de
biomolculas desempean idnticas funciones en todos los
seres vivos. As, los cidos nucleicos actan universalmente
almacenando y transmitiendo la informacin gentica; las
protenas son en todas las clulas los productos directos y
efectores de la accin de los genes, desempeando en ellas
una gran variedad de funciones entre las que destacan la
catalticas y las estructurales; los azcares y los lpidos
suministran y almacenan energa qumica para los procesos
celulares, o bien actan como elementos estructurales, en
todas las formas de vida. Se puede decir, con ciertas
precauciones, que protenas y cidos nucleicos
son biomolculas informativas mientras que azcares y
lpidos son biomolculas energticas. Por otra parte, las
biomolculas son enormemente verstiles en cuanto a su
funcin: la mayor parte de ellas desempean diferentes
cometidos celulares.

2.- JERARQUA DE ORGANIZACIN MOLECULAR

DE LA MATERIA VIVA.

En la tabla 3.1. se muestran, adems de sus

cantidades relativas, el nmero aproximado de especies
moleculares de cada uno de los principales tipos de
biomolculas presentes en la bacteria Escherichia coli. Se
puede comprobar que esta bacteria posee alrededor de 6000
compuestos qumicos diferentes, entre los que se encuentran
unas 3000 protenas y otros tantos tipos de cidos nucleicos.
Un anlisis semejante para organismos vivos de mayor tamao
y complejidad, como los animales o las plantas superiores,
arrojara cifras ms espectaculares: se calcula que el
organismo humano puede contener unas 30.000 protenas
diferentes y una cantidad similar de cidos nucleicos. Aunque
existen protenas de Escherichia colicon funciones anlogas a
las de algunas protenas humanas, no hay protenas que sean
idnticas en una y otra especie. Es ms, cada especie de
organismos vivos posee un conjunto de protenas y cidos
nucleicos que difiere completamente del de las dems
especies. Si tenemos en cuenta ahora que, segn
estimaciones, en la biosfera puede haber entre 1,5 y 2 millones
de especies de seres vivos puede calcularse que deben existir
en ella entre 1010 y 1012 protenas diferentes y una cantidad
equivalente de cidos nucleicos. Despus de muchos aos de
intenso trabajo los qumicos orgnicos "slo" han conseguido
identificar y conocer la estructura de algo ms de un milln de
compuestos orgnicos, una fraccin trivialmente pequea del
total que se cree existe en la biosfera. Por otra parte, no slo
las protenas y los cidos nucleicos, sino tambin algunos
polisacridos como el almidn y la celulosa son en
realidad macromolculas, con pesos moleculares muy
elevados y estructuras qumicas muy complejas.

El panorama que acabamos de dibujar es, a primera

vista, desolador. Se nos antoja tarea de titanes el que los
bioqumicos traten de aislar, caracterizar y averiguar la
estructura de tal inmensidad de compuestos qumicos; parece
fuera del alcance humano el llegar a comprender, siquiera en
parte, la organizacin molecular de la materia viva. Sin
embargo, a poco que se profundiza en el estudio de dicha
organizacin, se percibe que bajo esta aparente complejidad
subyace una simplicidad casi pasmosa: las clulas pueden
construir toda la inmensa variedad de macromolculas que
estamos considerando mediante el ensamblaje de un nmero
discreto de unidades estructurales ligadas entre s para formar
largas cadenas. Estas unidades son biomolculas de peso
molecular relativamente bajo y estructura relativamente simple
que reciben el nombre de sillares estructurales. As, los
aminocidos son los sillares estructurales de las protenas, los
nucletidos son los sillares estructurales de los cidos
nucleicos, los monosacridos lo son de los polisacridos y los
cidos grasos de la mayor parte de los lpidos. Los sillares
estructurales de los diferentes tipos de macromolculas que se
encuentran en las clulas se cuentan, como mucho, por
decenas: hay slo 20 aminocidos que forman parte de las
protenas, ocho son los nucletidos con los que se construyen
los cidos nucleicos, los polisacridos ms importantes se
forman a partir de un slo monosacrido (la glucosa) repetido
miles de veces, alrededor de una docena de cidos grasos
junto con la glicerina dan lugar a multitud de lpidos diferentes.

En definitiva, la organizacin molecular de la materia

viva parece seguir una estrategia de "construccin modular" en
la que el ensamblaje de unos pocos "mdulos prefabricados"
(los sillares estructurales) da lugar a una gran variedad de
"edificios" moleculares diferentes. Podemos afirmar que los
sillares estructurales son los "ladrillos" de construccin de la
"arquitectura" molecular de las clulas.

La relacin entre macromolculas y sillares

estructurales que acabamos de tratar forma parte de una ms
amplia jerarqua de organizacin molecular con varios
niveles de complejidad. Todas las biomolculas derivan en
ltimo trmino de precursores muy sencillos y de bajo peso
molecular obtenidos del entorno (CO2, agua, nitrgeno, etc.).
Estos precursores se transforman, a travs
de intermediarios metablicos de tamao molecular
creciente, en biomolculas sillares estructurales de peso
molecular intermedio. La unin covalente de estos sillares en
largas cadenas da lugar, como vimos, a macromolculas de
peso molecular elevado. Todava existen niveles de complejidad
superiores dentro de esta jerarqua: distintos tipos de
macromolculas se asocian mediante interacciones dbiles (no
covalentes) para formar a complejos supramoleculares,
como las membranas o los ribosomas. Estos complejos a su
vez pueden asociarse de modo no covalente
constituyendo orgnulos celulares (mitocondrias, cloroplastos,
etc.). La integracin de los distintos orgnulos da lugar a
la clula, que ya no pertenece al nivel molecular sino al
celular.

3.- ENLACES QUMICOS E INTERACCIONES

DBILES EN LAS BIOMOLCULAS.
 El ensamblaje de los distintos sillares
estructurales para dar lugar a los diferentes tipos
de macromolculas se lleva a cabo mediante enlaces
covalentes de gran estabilidad. Aunque como resultado de
reacciones qumicas entre diferentes grupos funcionales existe
en la naturaleza una gran variedad de este tipo de enlaces, un
reducido nmero de ellos es el responsable de la construccin
de la inmensa mayora de las biomolculas. As, los
monosacridos se ensamblan mediante enlaces
glucosdicos para dar lugar a los polisacridos, los aminocidos
mediante enlaces peptdicos para dar lugar a las protenas,
los enlaces ster predominan entre los componentes de los
lpidos y de los cidos nucleicos. La utilizacin de slo unos
pocos tipos de enlace qumico para construir sus biomolculas
resulta muy ventajosa para los seres vivos, ya que ello les
permite llevar a cabo un control muy eficaz y econmico de las
reacciones qumicas celulares.

En la formacin o rotura de enlaces covalentes entre

tomos vecinos se ve implicada una cantidad importante de
energa. Existe un tipo adicional de interacciones interatmicas,
denominadas interacciones dbiles, que son mucho menos
energticas y que por lo tanto pueden romperse o establecerse
con extraordinaria facilidad. Muchos de los acontecimientos que
a nivel molecular tienen lugar en las clulas vivas, entre los
que destacan la determinacin de la estructura tridimensional
de las macromolculas o la relacin estereoespecfica entre el
enzima y su sustrato, responden a este tipo de interacciones.
Las interacciones dbiles de importancia biolgica pueden ser
de varios tipos: puentes de hidrgeno, interacciones
inicas, interacciones hidrofbicas y fuerzas de Van der
Waals. La base fsico-qumica de estas interacciones se
comprender mejor en relacin con las propiedades de las
disoluciones acuosas, por lo que su estudio se pospondr para
un captulo posterior.

4.-ORIGEN DE LAS BIOMOLCULAS.

 Los compuestos orgnicos, tan abundantes en la
materia viva, se encuentran en la corteza terrestre, en el agua
del mar y en la atmsfera en cantidades muy pequeas
(incluso las llamadas rocas organgenas, como el carbn y el
petrleo, proceden de la actividad de seres vivos de pocas
pretritas). Cabe preguntarse, pues, cmo adquirieron los
primeros organismos vivos sus biomolculas constituyentes en
un entorno tan pobre en este tipo de sustancias. En 1922, el
bioqumico ruso Aleksandr I. Oparin formul una hiptesis
acerca del origen de la vida sobre la Tierra, que inclua una
explicacin sobre el origen de las primeras biomolculas.
Segn esta hiptesis, la primitiva atmsfera de la Tierra era
rica en gases como el metano, el amonaco y el vapor de agua,
y estaba prcticamente exenta de oxgeno; era, pues, una
atmsfera netamente reductora, muy diferente al entorno
oxidante que hoy conocemos. La energa liberada por las
descargas elctricas de las frecuentes tormentas y por la
intensa actividad volcnica, habra propiciado que estos gases
atmosfricos reaccionasen entre s para formar compuestos
orgnicos sencillos, que a continuacin se disolvan en los
primitivos ocanos. Este proceso dur millones de aos,
durante los cuales los ocanos se fueron enriqueciendo
paulatinamente en una gran variedad de compuestos
orgnicos; el resultado fue una disolucin caliente y
concentrada de molculas orgnicas: la "sopa primigenia". En
esta "sopa" algunos de estos compuestos simples reaccionaban
con otros para dar lugar a estructuras ms complejas, y as
fueron apareciendo las distintas biomolculas. La tendencia de
algunas biomolculas concretas a asociarse en estructuras cada
vez ms complejas culmin con el paso del tiempo con la
aparicin de alguna forma primitiva de organizacin celular,
que sera el antepasado comn de todos los seres vivos.

Los puntos de vista de Oparin fueron considerados

durante mucho tiempo como una mera especulacin, hasta que
un experimento, ya clsico, realizado por Stanley Miller en
1953 vino a corroborarlos. Miller someti mezclas gaseosas de
CH4, NH3, vapor de agua y H2 (los gases de la atmsfera
primitiva) a descargas elctricas producidas entre un par de
electrodos durante perodos de una semana o superiores; todo
ello en un dispositivo como el que se muestra en la Figura 3.1.
Las descargas elctricas tenan la finalidad de simular las
frecuentes tormentas de la atmsfera primitiva. A continuacin
analiz el contenido del recipiente de reaccin, encontrando
que en la fase gaseosa, adems de los gases que haba
introducido inicialmente, se haban formado CO y CO2,
mientras que en la fase acuosa obtenida por enfriamiento haba
aparecido una gran variedad de compuestos orgnicos, entre
los que se contaban algunos aminocidos, aldehdos y cidos
orgnicos. Miller lleg incluso a deducir la secuencia de
reacciones que haba tenido lugar en el recipiente.
 Experimentos posteriores al de Miller, realizados con
dispositivos ms avanzados, han corroborado que la sntesis
abitica de biomolculas es posible en condiciones muy
diversas. No slo las descargas elctricas, sino tambin otras
fuentes de energa que pudieron estar presentes en la Tierra
primitiva, como los rayos X, la radiacin UV, la luz visible, la
radiacin gamma, el calor o los ultrasonidos, pueden inducir el
proceso. Adems se demostr que no es imprescindible partir
de gases tan reducidos como el metano y el amonaco:
mezclas convenientemente irradiadas de CO, CO2, N2 y
O2 tambin dan lugar a gran variedad de compuestos
orgnicos.

En resumen, los experimentos sobre la formacin

espontnea de biomolculas en condiciones similares a las de
la Tierra primitiva indican que muchos de los componentes
qumicos de las clulas vivas pudieron haberse formado en
esas condiciones.

5.-IDONEIDAD DE LAS BIOMOLCULAS.

Es probable que la "sopa primigenia" contuviese

centenares de compuestos orgnicos diferentes. Sin embargo
slo un nmero reducido de ellos, alrededor de tres docenas,
fueron seleccionados para dar lugar a las actuales
biomolculas. Son las llamadas biomolculas primordiales.
Se cree que este proceso selectivo de debi a que este
conjunto de biomolculas presentaba unas propiedades que lo
hacan idneo para conferir a las clulas que lo posean una
mayor capacidad de supervivencia y reproduccin frente a las
que no lo posean.

6.- DIMENSIONES Y FORMAS DE LAS

BIOMOLCULAS: UNIDADES.
 UNIDADES DE MASA

1 Dalton = masa de un tomode H. = 1,68x10-24 g

1 picogramo(pg) = 1x10-12 g.

UNIDADES DE LONGITUD

1 nanmetro (nm) = 10-9 m. = 10 ngstrom

1 micrmetro (m )= 10-6 m. = 1000 nm = 10.000 angstroms.

Tabla 3.2

Es interesante familiarizarse con las dimensiones y

formas de las biomolculas ya que estos dos atributos tienen
una gran importancia bioqumica. Hay que recordar que las
interacciones entre las biomolculas, de las cuales depende el
mantenimiento del estado vital, se basan en una
complementariedad estructural entre unas y otras.

En la Tabla 3.2 se muestran algunas unidades de masa

y longitud de uso corriente en bioqumica. Antiguamente se
utilizaba mucho la unidad ngstrom para expresar las
dimensiones moleculares, sin embargo en la actualidad se
recomienda utilizar el Sistema Internacional de unidades. As,
en lo sucesivo, expresaremos las dimensiones moleculares
en nanometros (nm), las dimensiones celulares
en micrmetros (m o micras), las masas moleculares
en daltons, y las masas de las clulas en picogramos (pg).

Las frmulas estructurales con las que

habitualmente se representa sobre el papel la estructura de las
biomolculas son proyecciones planas en dos dimensiones que
poco nos dicen acerca de su forma tridimensional, siendo sta
de gran importancia en bioqumica. Por ello, los bioqumicos
construyen a menudo modelos moleculares a escala que les
proporcionan mayor informacin acerca de dicha forma
tridimensional. Los llamados modelos de bolas y varillas se
usan para estudiar los ngulos y distancias de enlace y las
posiciones relativas de los tomos. Por otro lado, los modelos
espaciales compactos representan el contorno de van der
Waals o superficie de la molcula, proporcionando una idea
ms certera de la forma tridimensional de la molcula tal y
como es "vista" por otras molculas con las que interacta.

En los ltimos aos, la posibilidad de generar

imgenes tridimensionales de las biomolculas mediante
aplicaciones informticas ha abierto nuevos campos a la
investigacin bioqumica.