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MOLECULAR
RECOGNITION
Interaction of the small
molecule with the
biological target
PHARMACOKINETICS
When carrying out a drug design
1
17/02/2017
the drug has to be tested to ensure that it is safe and effective, and can
be administered in a suitable fashion.
Development 10 17 years
http://www.medivir.se/v5/en/RnD/forskning.cfm
2
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procura do
5
Nature Publishing Group 2004
COMO FRMACOS
COMO MEDICAMENTOS
6
3
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Novos frmacos
ORIGEM
NATURAL SINTTICA
composto biologicamente
ativo
(desenvolvimento)
MEDICAMENTO 8
4
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- Ensaios in vitro
Nature Reviews, Drug Discovery, 2003 (2), 259-266
9
Science, 2004, 303, 1810-1813.
O hit ideal...
10
5
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Nonleadlikeness
pan-assay interference
compounds, or PAINS
Do HIT ao ..................LDER.......................................................MEDICAMENTO
6
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- Ensaios in vitro
- Ensaios in vivo
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COMPOSTO LDER
Estrutura qumica
Atividade biolgica/
definida
farmacolgica pretendida
Caractersticas indesejveis:
- alta toxicidade, insolubilidade,
problemas metablicos, etc.
Modificaes
sintticas
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OH
cido
saliclico Acetilsalicilatos
(- de sdio, de alumnio,
ster de clcio, de lisina)
Derivado acetilado
COOH
(c. Acetilsaliclico) ASPIRINA
OCOCH3
F
Derivado de substituio
no ncleo aromtico COOH
F
OH
Diflunisal
15
the drug has to be tested to ensure that it is safe and effective, and can
be administered in a suitable fashion.
8
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Fontes
Mtodos
Estratgias
17
HIT
18
Nature Reviews, Drug Discovery, 2003 (2), 369-378
9
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- Serendipismo
- Screening de produtos naturais
- Etnofarmacologia
- Frmacos j existentes
- me too drugs
- aproveitamento de efeitos secundrios
- Ligandos ou moduladores naturais
- ligandos naturais para receptores
- substratos naturais para enzimas
- produtos de reaces enzimticas
- Bibliotecas de compostos sintticos
- Sntese combinatria
- Computao (dados de Raios X para o local activo da protena)
- RMN
19
PRODUTOS NATURAIS
FRMACOS J EXISTENTES
Mtodos
OBSERVAO E DESCOBERTA ACIDENTAL
RASTREIO NO CASUAL
ESTRATGIAS CLSSICAS
10
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Fontes
21
01/1981-06/2006 (N 1184)
V_ Vacina
B _ Biolgico
N_ Produto Natural
ND_ PN com modificaes moleculares
S_ Sntese total
S*_ Sntese total mas o farmacforo teve ou tem origem num PN
NM_Mmico de PN 22
11
17/02/2017
V_ Vacina
NM_Mmico de PN
S*_ Sntese total mas o farmacforo teve ou tem origem num PN
S_ Sntese total
ND_ PN com modificaes moleculares
N_ Produto Natural
B _ Biolgico
Fontes
- ORIGEM VEGETAL
- ORIGEM MARINHA
24
12
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PRODUTOS NATURAIS
Metabolitos secundrios de origem vegetal
HO
Usados HO
tal e qual N
O MeO
N CH3
N
HO
Morfina (1806-pio) Quinina (casca de Quina-1650)
Analgsico narctico Antimalrico
H3C COOCH3
N
O
O
Modelo para
outros frmacos
H
Cocana (coca-1860)
Modelo para a sntese de
anestsicos locais 25
PRODUTOS NATURAIS
R2
N
R1
OH
R4CO
OR Vinca
R R1
(Catharantus roseus)
R2 R3 R4
13
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Metabolitos secundrios de
origem vegetal TAXOL
Teixo
(Taxus baccata)
Isolamento em 1969
Introduzido na teraputica em 1994 (NCI)
actividade
antitumoral
27
O O
O
H H
O
O
Artemisina
Introduzido na teraputica em 2004 (WHO)
actividade
antimalrica
Scott Bauer/USDA-ARS Image Gallery
Artemisia annua
28
14
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ANTIBITICOS...
Staphylococcus
aureus PENICILINA
29
VENENOS...
agentes anti-hipertensores
inibidores da ECA
novos analgsicos
fortes
TOXINAS...
30
15
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31
Veneno de
pptido Dezembro 2004
Ziconotida
Derivado de sntese da w-conotoxina MVIIA
analgsico no opiide/no AINE
bloqueador do canal de clcio
Conus magus
27 aa 32
16
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ORIGEM MARINHA
33
ORIGEM MARINHA
Correntes
geotermais
Algas e alcalinas
Esponjas
Coelenterados
Molusculos
Outros invertebrados
Antrctida
Fonte largamente
inexplorada
Diversidade qumica
34
17
17/02/2017
Outubro 2007
trabectedina (Yondelis)
Ecteinascidia turbinata
36
18
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As pequenas molculas so
caracterizadas por Sntese combinatria
propriedades/descritores
Produtos Naturais
espao multidimensional
desses descritores
38
19
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1828
Sntese
Sntese orgnica
estereosseletiva
orgnica em
fase slida
39
Fontes
hesitate to consider because they are too difficult, too involved, too
complicated
20
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Estratgias em sntese:
O
I
O O
H
SNTESE H H
CLSSICA MeO
H
VER QOI e
MeO MeO
CuXLi
QOII
- anlise sinttica a partir de materiais de partida simples e reaes so planeadas para formar estruturas
complexas e diversas. Schreiber SL, Science 2000, 287, 1964-1969.
SNTESE
BIOMIMTICA
Reaes multi-
componente
etc
Reaes sequenciais
41
Estratgias
VER
planeamento
racional
42
21
17/02/2017
Avanos
biologia molecular
High
Throughput
Screening
(HTS) sntese de elevado
n compostos
Metodologias em sntese:
Sntese combinatria
Sntese clssica
+ +
A B
A1-3 B1-3
C C1-9
43
Biblioteca combinatria
- otimizao de um - identificao de um
composto lder composto lder
22
17/02/2017
N total de componentes = n1 x n2 x n3 = 3 x 3 x 3 = 27 45
produto da reaco
fica ligado a uma
resina insolvel
46
23
17/02/2017
Metodologias em sntese
- clssicas
- automatizao
tecnologias de robtica
lab-on-a-chip
equipamento para a
(high-throughput) 47
Fontes
NH2 NH2
insulina
HN N
N
H
Neurotransmissor
Ligando
5-hidroxitriptamina
histamina
adrenalina NH
O
H3C H H S
O N
tiroxina N N
S CH3
HN
N N
CN N
Cimetidina Sumatriptano
Anti-histamnicos H2 Agonistas 5-HT1
48
24
17/02/2017
Fontes
Estratgias
Caratersticas drug-like
Superaram vrios ensaios clnicos!
49
Problemas
- Se comea com um frmaco podem no ser gerada diversidade suficiente
- Se for por screening ao acaso pode levar uma nova classe de compostos
50
25
17/02/2017
Mtodos
51
SERENDIPISMO...
Horace Walpole 1754
26
17/02/2017
53
A: Placa de Petri contendo uma cultura de Staphylococcus aureus e uma colnia de Penicillium
notatum
H H CH3
B: Esporos de Penicillium notatum H S
N
CH3
N
O
O COOH
ANTIBITICOS -LACTMICOS
PENICILINA G
54
27
17/02/2017
miniaturizao
automatizao
28
17/02/2017
Estratgias
57
PLANEAMENTO RACIONAL
Drug design
- Baseado na pequena molcula
- Baseado em estrutura da biomacromolcula58
29
17/02/2017
HO
simplificao
O
N
molecular
HO Morfina
ANALGSICOS Meperidina
OPIIDES
O
N
O
59
simplificao
O
O
N O
O N
O
O
H NH2
molecular
Procana
Cocana
anestsico local
60
30
17/02/2017
Material de
partida
A
Semelhana Molecular
B
com
compostos
C
bioativos...
61
N CH2NHCH3
previsto...
N
Cl O
N CH2Cl
N H3CNH2
Cl O NHCH3
N
Cl N
O
quinazolina
benzodiazepina
encontrado !
CLORDIAZEPXIDO
Librium 1960
62
31
17/02/2017
Transformaes
qumicas
Nova(s) molcula(s)
FRMACOS J EXISTENTES
Caractersticas drug-like
Pequenas alteraes
- mascarar sabor, novas formas de
administrao, aumento da durao de
ao, aumento de potncia, etc.
32
17/02/2017
Me too drugs
Uso de frmacos desenvolvidos por outras empresas farmacuticas como
compostos lder de srie para o desenvolvimento de novos frmacos
CH3
HS N
O COOH
N
Captopril N
CH3CH2OOC N
H O
COOH
Cilazapril
H2N (Hoffmann-LaRoche)
CH3
CH3CH2OOC N N
CH3CH2OOC N N
H O
COOH H O
COOH
Lisinopril Enalapril
(Merck) (Merck)
Me better drugs 65
Pequenas alteraes
66
33
17/02/2017
CLSSICAS
Observaes clnicas
Estratgia SOSA
67
O H O
H2N S N
N
O
H
Carbutamida
O H O
H3C S N
N
O
Tolbutamida
H
34
17/02/2017
Anti-hstamnicos H1 clssicos
S
CH3 CH3
N
N
N CH3
N
CH3
O CH3
N
H3C CH3
Fenbenzamina Prometazina Difenidramina
(Enjomin )
69
O CH
3
N
HN
OEt N
N
C H2C H2C H 3
O 2S
N
N
C H3
SILDENAFIL (VIAGRA)
70
35
17/02/2017
clulas
nervosas
RELAXAMENTO DA
MUSCULATURA LISA
DOS CORPOS
CAVERNOSOS
Influxo
de sangue
degrada o cGMP
ERECO
PDE 5 = fosfodiesterase 5 72
36
17/02/2017
O CH3 O
N N
HN HN
OEt N
N N
CH2CH2CH3 H2N N
O
O2S OH
N O
Viagra
N P O cGMP
CH3 O2
73
Metabolismo
74
37
17/02/2017
ANTIDEPRESSIVOS TRICCLICOS
N N
N-DESALQUILAO
CH3 CH3
N N
CH3 H
IMIPRAMINA DESIPRAMINA
Metabolito activo
Frmaco
75
BENZODIAZEPINAS H CH3CH2
H O O
O N
N N
OH COO-
N Cl N Cl N
Cl
Cl
pH gstrico -COO-
H 3C H H
O O O
N N N
N-desmet. [O] OH
Cl N Cl N Cl N
H H 2C
NHCH3 O O
N N N
N-desmetil.
Cl N Desam. Cl N Cl N
O oxid. O
CLORDIAZEPXIDO PRAZEPAM 76
DEMOXAZEPAM
38
17/02/2017
CLSSICAS
77
De notar
78
39
17/02/2017
PLANEAMENTO RACIONAL
Assistido por computador
SNTESE
ESTRUT. CO-CRISTALIZ
COMPLEXO ENZ.-INIB.
40
17/02/2017
DADOS SOBRE
O LOCAL ALVO
DESIGN DE
FRMACOS
Modelao Molecular
DADOS SOBRE
O LOCAL ALVO
DESIGN DE
FRMACOS
41
17/02/2017
PLANEAMENTO RACIONAL
baseado
SUBSTRATO
LOCAL ATIVO
LOCAL ACTIVO
ENZIMA ou RECEPTOR
PROTAGONISTAS
Miguel A . Ondetti
David W. Cushman
Bothrops jararaca
Http://www.laskerfoundation.org/library/1999/citation2.html
42
17/02/2017
Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe-His-Leu
ANGIOTENSIN
- CONVERTING ENZYME (ACE)
Enzima Conversora
da Angiotensina = ECA
His-Leu
Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe
Vasoconstrio
Aumento da presso arterial
ANGIOTENSINA II
AGENTE HIPERTENSOR
Bothrops jararaca
TEPROTIDE
INIBIDOR DA ECA
43
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Teprotide
Glu - Trp - Pro - Arg - Pro - Glu - Ile - Pro - Pro
Lder
Phe-Ala-Pro
Farmacforo
1 IECA by design mnimo
para se ligar
ao local activo
da ECA
Aprovado 1981
baseado na estrutura
da biomacromolcula
44
17/02/2017
http://grtc.ucsd.edu/lecture42.pdf
VRUS INFLUENZA
45
17/02/2017
biomacromolcula NEURAMINIDASE
ESTRATGIA
c. silico
Obter uma molcula, baseada na
estrutura do c. silico, que fosse
reconhecida pela neuraminidase
mas que a bloqueasse...
1 estrutura planeada
(desoxi derivado)
c. silico
grupo guanidino
http://www.omedon.co.uk/influenza/
46
17/02/2017
ORAL
INALAO (ster etlico)
47
17/02/2017
c. silico zanamivir
tamiflu
in vivo
96
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17/02/2017
2. Optimizao do 1 ligando
3. Screening do segundo ligando
Shuker, S. B., P. J. Hajduk, R. P. Meadows and S. W. Fesik (1996). "Discovering high-affinity ligands for proteins: SAR by NMR." Science 274(5292): 1531-4.
Planeamento
baseado em
fragmentos
49
17/02/2017
99
Definitive clinical
50
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QUMICA MEDICINAL
QUMICA COMPUTACIONAL
ENSAIOS BIOLGICOS
FARMACOLOGIA
- novos alvos
- isolamento/clonagem
de receptores
- criao de modelos
para ensaios
51