Desenredar el origen del virus y su impacto en la evolucin

celular
Abstracto
El origen y la evolucin de los virus siguen siendo un misterio. Aqu, nos
centramos en la distribucin de replicones virales en organismos huspedes,
sus caractersticas morfolgicas, y la evolucin de protenas altamente
conservadas y estructuras de cidos nucleicos. La aparente incapacidad de
replicones virales de ARN para infectar especies akaryotic contemporneos
sugiere un origen temprano de virus de ARN y su posterior prdida de
akaryotes. Un censo de morfotipos de viriones revela que las formas avanzadas
eran propios de los virus que infectan a un supergrupo especfica, mientras que
se observaron formas ms simples de virus que infectan organismos en todas
las formas de vida celular. Los resultados apuntan hacia un origen antiguo de
los virus de un virus ancestral que alberga los viriones ya sea filamentosos o
esfricas. Por ltimo, los rboles filogenticos construidos a partir de protenas
de dominio y las estructuras de ARNt en miles de genomas sugieren que los
virus han evolucionado a travs de la evolucin reductiva a partir de clulas
antiguas. El anlisis presenta un relato completo de la historia evolutiva de las
clulas y virus, y se identifican los virus como agentes cruciales que influyen
en la evolucin celular.
Introduccin
El hecho de que los virus que infectan a anfitriones alejadas comparten
protenas especficas (por ejemplo, las principales protenas de la cpside y el
envasado de ATPasas) que carecen de homlogos en los proteomas de los
organismos celulares sugiere que el modo de vida viral se origin muy
temprano en la evolucin. Este argumento se ve apoyada por la gran
diversidad visto en las estrategias de replicacin viral (por ejemplo, ADN, ARN y
virus retrotranscribir) y morfologas de viriones. [ 1, 2 ] Sin embargo, todos los
virus modernos requieren un entorno intracelular para la sntesis de protenas
virales. Por lo tanto, es difcil predecir la naturaleza de los virus antiguos y
cmo sobrevivieron antes de la aparicin de clulas modernas. Una explicacin
es que los virus se originaron a partir de clulas antiguas por la prdida de
genes o la evolucin de reduccin. [ 3-5 ] Recientemente, esta idea se ha
popularizado con el descubrimiento de muchos virus gigantes (por ejemplo,
mimiviruses, pandoraviruses, megaviruses y pithoviruses) que superan muchas
especies parsitas celulares en el tamao de partcula y el genoma. [ 6-9 ]
Sorprendentemente, los virus gigantes tambin codifican algunas protenas
clave implicadas en la traduccin de protenas (por ejemplo, aminoacil-ARNt
sintetasas), [ 10 ] lo que sugiere que tal vez un aparato de traduccin completa
o rudimentaria fue una vez presente en el virus ancestral [ 7, 11 ] (para un
punto de vista opuesto, ver Ref. [ 12 ]).
El escenario reductiva de orgenes virales tambin es apoyado por la
observacin de que la tendencia a perder o reemplazar los genes dentro de un
husped celular es un fenmeno que se repite en parsitos celulares. Por
ejemplo, muchas especies bacterianas poseen altamente genomas reducen y
sobreviven como endosimbiontes de otras especies. [ 13 ] Un caso extremo de
evolucin de reduccin es la mitocondria, que es el resultado de la prdida de
genes sustancial en ancestral -proteobacteria y la integracin permanente en
el celular el maquillaje de su husped primordial. [ 14, 15 ] Sin embargo, un
fenmeno similar para la evolucin viral rara vez se invoca (excepto ver Refs.
[ 3-5 ]), a pesar del hecho de que todos los virus son parsitos intracelulares
obligados y deben infectar o se convierten en parte de los genomas celulares
(por ejemplo, los retrovirus endgenos) para reproducir. A su vez, la evolucin
viral se le atribuye en gran parte a los efectos de la absorcin de gen de las
clulas a travs de transferencia horizontal de genes (HGT), [ 16 ]
principalmente porque algunas protenas virales clave muestran altos
similitudes de secuencia con las protenas en los organismos celulares. Sin
embargo, los estudios evolutivos basados en la secuencia en gran medida no
han podido pintar el cuadro completo de la evolucin viral. Lo ms importante,
una gran fraccin de proteomas virales no muestra significativa similitud de
secuencia con cualquiera de las protenas celulares conocidas (por ejemplo,
vase la Ref. [ 17 ]). Sin embargo, el uso de la estructura molecular (y funcin)
se ha convertido recientemente popular en los estudios evolutivos de clulas y
virus. [ 11, 18-20 ] dominio de protena y ARN estructuras secundarias son
tpicamente menos propensos a los efectos de mutaciones y son
evolutivamente ms conservada que las secuencias de nucletidos o protenas.
[ 21 ] Recientemente nivel, el uso y distribucin de los dominios de protenas
definidas en la superfamilia veces (FSF) de la Clasificacin estructural de
protenas (SCOP) [ 22, 23 ] se compar travs de proteomas de los virus de
ADN de doble cadena grandes y organismos celulares. [ 11 ] Los resultados
sugirieron un origen temprano de grandes virus de ADN a partir de clulas
antiguas y posterior adaptacin al parasitismo. [ 24 ] Sin embargo, un origen
similar puede ser difcil de determinar por otros virus, especialmente virus de
ARN de sentido positivo, como que codifican muy pocas protenas y se parecen
a las formas simplificadas de ARNm celulares. De este modo, podran de hecho
ser productos de las clulas modernas que escaparon de control celular y se
convirtieron infecciosa. En otras palabras, es posible que los diferentes grupos
de virus aparecieron en varias veces en la evolucin y a travs de mecanismos
evolutivos distintos.
Estas consideraciones piden una pregunta importante. Qu hiptesis
completamente y adecuadamente explica el origen del virus y lleva a la
mxima potencia explicativa? Dado que los estudios basados en la secuencia
no pueden captar por completo la diversidad de la virosphere, le sugerimos
que se centra en las caractersticas atpicas de responder objetivamente esta
importante cuestin. En este documento de opinin, proponemos tres
prometedoras lneas de investigacin que podra ayudar a probar diferentes
escenarios de origen viral y la evolucin: (1) interacciones virus-husped, (2)
las similitudes morfolgicas y estructurales de partculas de viriones, y (3) las
relaciones evolutivas de organismos celulares y virus derivan usando dominios
de protenas y molculas de ARN. En primer lugar, una revisin de los datos
recientes relativos a cada una de las tres lneas de investigacin y luego
discutimos la forma en que se podran utilizar para mejorar nuestra
comprensin de los virus y su evolucin. Tratamos de adoptar un enfoque
equilibrado y poner de relieve los pros y los contras de cada una de las tres
principales lneas de investigacin.
Qu preferencias de huspedes del virus nos dicen acerca de la
evolucin viral?
Todos los virus deben replicarse dentro de un husped celular. A veces, esto da
lugar a una infeccin de la clula husped, mientras que en otros casos ambos
genomas virales y celulares coexisten. [ 25 ] Se argumenta que la fuerte
dependencia celular del virus indica una interaccin simbitica similar a largo
plazo que ha influido en gran medida la evolucin y la composicin de las
clulas modernas. Hay sesgos significativos en la gama de huspedes de los
virus que albergan diferentes tipos de replicn que podran ser muy informativo
para inferir el orden de aparicin de diferentes replicones virales. Por ejemplo,
los virus de ADN gigantes infectan a los miembros de varios grupos de
eucariotas importantes (por ejemplo, Opisthokonts, Amoebozoa,
Archaeplastida), lo que sugiere que estaban presentes desde muy temprano en
la evolucin eucariota. Del mismo modo, la mayora de las especies de virus de
ARN son especficos de los eucariotas. [ 1 ] Estos incluyen los ARN de sentido
negativo, retrovirus y pararetrovirus. Por el contrario, no tienen (todava) ha
detectado en especies microbianas, incluyendo akaryotes (es decir, las clulas
sin ncleo; procariotas). [ 26 ]
A primera vista, estos datos sugieren que los virus de ARN se originaron tarde
en la evolucin y podra haber evolucionado a partir de familias de ARN dentro
de las clulas eucariotas (es decir, a favor de la hiptesis de escape para la
evolucin viral). A su vez, los virus de ADN pueden ser muy antigua, ya que
cubren un amplio espectro de huspedes en el rbol de la vida (TOL). Sin
embargo, ya pesar de su atractivo, interpretaciones como stas deben tomarse
con precaucin. Una fuente de error podra ser el sesgo de evaluacin. Por
ejemplo, hay una fuerte motivacin para estudiar / aislar humano (y de
vertebrados / planta) virus, debido a razones mdicas e industriales evidentes.
Por lo tanto, muchos virus akaryotic probable que han escapado a la deteccin,
as como su diversidad podran ser infravalorado. Del mismo modo, algunas
limitaciones tcnicas tambin pueden obstaculizar el descubrimiento del virus.
Por ejemplo, un estudio reciente inform el aislamiento de nuevos virus de ARN
de sentido positivo de una comunidad rica en organismos archaeal. [ 27 ] Esta
propuesta, sin embargo, espera la confirmacin, como hasta la fecha no los
virus de ARN se ha demostrado para producir una progenie infecciosa en
Archaea . Por otra parte, los propios autores reconocieron una posible pero
poco probable fuente de contaminacin a partir de organismos bacterianos que
tambin estaban presentes en la muestra. En otras palabras, el conocimiento
actual acerca de los virus y sus preferencias husped puede ser incompleta,
debido a sesgos de muestreo y las dificultades tcnicas. A pesar de estas
deficiencias, y como hemos demostrado en el pasado, [ 1 ] el conocimiento
acerca de los virus y su especificidad de husped es una gran promesa para
inferir la evolucin de ambos virus y clulas y debe ser una lnea de
investigacin muy activa.
Si nos limitamos a los datos disponibles y recientes sobre los virus y sus
anfitriones (tomados del Centro Nacional de Informacin Biotecnolgica (NCBI)
viral recursos genomas), [ 28 ] es evidente que relativamente pocas familias de
virus de ARN infectan anfitriones akaryotic y un nmero mayor infectar a los
organismos eucariotas (discutido en detalle en la Ref. [ 1 ]) Este argumento
tiene sentido, ya que es probable que la incapacidad para infectar un host en
particular no se produjo por casualidad, sino principales innovaciones
evolutivas ms implicados que result en la prdida de viral linajes en
organismos huspedes potenciales. Los autores especulan que la prdida de
los virus de ARN, tanto en arqueas y bacterias puede ser una explicacin ms
parsimoniosa que el origen tardo de virus de ARN. Por ejemplo, muchos
miembros de la archaeal dominio de la vida han sido aisladas de ambientes
hostiles que favorecen muy altas temperaturas y condiciones de salinidad.
Dada la inestabilidad del ARN a temperaturas excesivas, es razonable pensar
que las clulas de arqueas emergentes adaptados a ambientes extremos para
escapar de la invasin de los virus de ARN. [ 29 ] A su vez, las bacterias
evolucionaron paredes celulares que contienen peptidoglicano que son difciles
de penetrar [ 30 , 31 ], salvo por la mayora de los virus de cabeza-cola que
pertenecen al orden Caudovirales , que a menudo median el intercambio
gentico entre las especies bacterianas y la evolucin bacteriana probable
ayuda de accionamiento. [ 1 ] por el contrario, los eucariotas estn infectados
por un gran nmero de virus a partir de todos los tipos de replicn y es
probable que se benefici de la carrera de armamentos evolutiva virus-clula. [
29, 32, 33 ] Este fenmeno todava puede estar ocurriendo, como las clulas
modernas son constantemente desafiados por un gran nmero de nuevos
linajes virales emergentes (por ejemplo, virus del bola, Oriente Medio
respiratoria El virus del sndrome, y el virus de la gripe). El resultado ms
esperado de la constante batalla entre el virus y las clulas modernas es
invocar nuevos mecanismos de escape de las infecciones virales (es decir, por
la prdida de replicones virales). Esta batalla en curso o bien dirige la evolucin
de los organismos hacia la simplicidad (como en akaryotes) o ms complejidad
(como en eucariotas). [ 1 ] Otro factor que probablemente condujo a la
seleccin de los virus en akaryotes y eucariotas podran ser las diferencias en
los sistemas de defensa antiviral. Sorprendentemente, arqueas y bacterias
utilizan defensa antiviral similar (es decir, agrupado interspaced regularmente
repeticin capica corto (CRISPR) mediada) para proteger contra los fagos y
plsmidos. A su vez, la pequea interferencia de ARN de interferencia (siRNA)
es muy popular entre los eucariotas. [ 34, 35 ] En conjunto, la seleccin de los
virus podra ser un factor importante en la evolucin celular.
En resumen, los primeros orgenes de los virus de ARN es incompatible con la
actual distribucin de replicones virales en organismos huspedes, a menos
que uno invoca la prdida temprana de replicones de ARN a partir de microbios
akaryotic. Proponemos que el escenario de prdida puede ser ms probable
dada la estructura fisiolgica y molecular de clulas modernas y porque los
virus de ARN son de menor tamao y son propensos a la mutacin, lo cual es
consistente con el sistema gentico percibida del ltimo ancestro celular
universal (Lucella) . [ 36 ] Ms apoyo de este argumento proviene de la
observacin de que hay un camino a partir de ARN de virus de ADN a travs de
los virus retrotranscribir. [ 37 ] Por lo tanto, si se interpreta con cuidado, y
suponiendo que los sesgos de muestreo no har una diferencia drstica,
disponible datos sobre las preferencias de huspedes del virus pueden
proporcionar pistas importantes sobre el origen y evolucin de las diferentes
familias virales.
Los muchos morfotipos de viriones conocidos probablemente se
origin a partir de un nmero relativamente pequeo de diseos
estructurales
Cuando nos fijamos en las diferentes formas de viriones asociados a los virus
que infectan a los tres dominios celulares de la vida, Archaea, Bacteria y
Eukarya, observamos que los morfotipos ms complejas se limitaron a
cualquiera de arqueas (archaeoviruses) o virus eukaryal (eukaryoviruses; Fig.
1 ) . A su vez, no se detect morfologa nica en los
virus bacterianos (bacterioviruses). Por lo tanto,
archaeoviruses son ms diversos en el nmero de
morfotipos de bacterioviruses. [ 2 ] Por el contrario,
bacterioviruses se limitan en su mayora a la cabeza-
cola Caudovirales y carecen de la diversidad
morfotipo.
Figura 1.
Morfotipos de viriones compartidos entre y nico
para archaeoviruses, bacterioviruses y
eukaryoviruses. El diagrama de Venn muestra que no
fue exclusivo de morfotipo bacterioviruses
(modificado a partir de la Fig. 1 en la Ref. [ 1 ]).
Viriones imgenes fueron tomadas de ViralZone.
[ 39 ]
Desde el punto de vista de tensegridad, los
morfotipos esfricas y filamentosas compartidos por los virus de los tres
dominios de la vida son las arquitecturas de viriones simples. Parece que hay
un patrn interesante derivada de estos diseos comunes. Los virus
filamentosos difundir su diseo hacia Archaea y la esfrica / polidrica hacia
Eukarya. La morfologa de la cabeza-cola comn en bacterias y arqueas
probable que combina los dos diseos comunes en una sola. En otras palabras,
un conjunto comn de formas ms simples da lugar a una multitud de
estructuras complejas.
Sin embargo, las similitudes morfolgicas no siempre pueden ser el resultado
de la evolucin vertical y necesidad de ser apoyados con otros datos
moleculares. Curiosamente, los cabeza-cola Caudovirales estn unidos por la
presencia de la HK 97 veces la protena de la cpside y las esfricas / virus
polidricos por la doble pliegue de protenas de la jalea en eventos. [ 39 ] virus
miembros de estos dos morfotipos infectan organismos de todos los dominios
celulares de vida y probablemente evolucionado antes Lucella. Sin embargo, se
requiere un trabajo mucho ms estructurales para confirmar si el morfotipo
lineal (es decir, las formas filamentosas y en forma de bastn) se origin a
partir de la evolucin vertical u convergente. A partir de ahora, las estructuras
3D de las principales protenas de la cpside de cuatro familias de virus
lineales ( Lipothrixiviridae , Rudiviridae , Virgaviridae , y Inoviridae ) estn
disponibles para la comparacin. De stos, Lipothrixiviridae y Rudiviridae
poseen genomas de ADN bicatenario e infectan Crenarchaeota hipertermoflico.
Virgaviridae incluye los virus de ARN de sentido positivo que infectan a las
plantas, mientras que Inoviridae son virus ssDNA de bacterias.
Sorprendentemente, las cpsides de Lipothrixivirdae y Rudiviridae son
sorprendentemente similares y poseen un nico haz de cuatro hlices en el
extremo C-terminal. [ 40 ] Tambin pueden compartir hasta 10 genes a nivel de
genoma. [ 40 ] Debido a estas similitudes, se ha propuesto que
Lipothrixiviridae y Rudiviridae agruparse en un nuevo orden " Ligamenvirales "
a la exclusin de virus lineales bacterianas y eucariotas. [ 40 ] Curiosamente, la
protena de la cpside del virus del mosaico del tabaco (Virgaviridae) tambin
posee un haz de cuatro hlices, pero difiere sensiblemente en disposicin de
hlice. [ 41, 42 ] por lo tanto, los virus lineales pueden tener orgenes
independientes. [ 40 ] Sin embargo, se requieren ms datos estructurales para
confirmar esta idea, y el descubrimiento de los virus lineales novedosos
pueden llevar a la revisin de esta propuesta.
En resumen, las similitudes estructurales entre los virus aparentemente muy
alejadas tambin tienen fuertes indicios en cuanto a la evolucin de los virus.
Las muchas formas diferentes de viriones observados en los virus actuales se
remontan a un pequeo nmero de diseos estructurales (esfricas y
filamentosas que podran haber aparecido de manera independiente en la
evolucin) que estaban presentes en los virus ancestrales.
Estructuras de protenas de dominio dicen mucho sobre la historia
evolutiva de las clulas y los virus
SCOP FSFs incluyen dominios de protenas que son evolutivamente
relacionados. En este nivel de la jerarqua de la SCOP, dominios de protenas
exhiben muy poca identidad de secuencia (tan bajo como <15%), pero
comparten propiedades estructurales y bioqumicas que son indicativos de
origen comn. [ 22, 23 ] Debido a la estructura molecular es relativamente ms
robusto frente a las mutaciones que cambiar la secuencia de nucletidos o
protenas, [ 21 ] dominios FSF proporcionan los personajes ideales para
estudiar la evolucin a largo plazo. [ 43 ] Por ejemplo, las protenas de la
cpside de anguila picornavirus 1 y hemorrgica del conejo exhibicin virus de
la enfermedad muy poco identidad de secuencia (no ms de un 28%), pero an
puede ser reconocido por SUPERFAMILIA HMM (ver Refs. [ 45 ] y [ 46 ] para la
asignacin de secuencias FSF) como compartir el pliegue de la jalea en
eventos. Este enfoque ha sido utilizado previamente en un gran nmero de
estudios con proteomas tanto virales y celulares. [ 11, 18, 43, 46 ]
Otra ventaja de usar dominios FSF es la capacidad de hacer inferencias fiables
en cuanto a la edad de proteomas modernas. FSF evolucin sigue un
comportamiento similar a un reloj que se ha relacionado con el registro
geolgico. [ 47 ] Por lo tanto, FSFs proporcionar estimaciones fiables acerca de
la aparicin de los eventos clave en la historia evolutiva de los organismos. En
este caso, se investiga la propagacin de 1,993 FSFs que se detectaron en
4.211 proteomas celulares y virales a lo largo de una escala de tiempo
evolutivo derivado de un rbol phylogenomic de estructuras do-principal, con
el tiempo proporcionado como una distancia nodo ( nd ) (Fig. 2 ), un sustituto
de la verdadera edad de un FSF, calculado directamente del rbol. [ 18, 48 ] el
modelo asume que filogentico FSFs que son ms abundantes y generalizadas
deberan ser ms antigua en relacin con las personas con baja abundancia y
estrecho diferencial. Por ejemplo, el P-bucle que contiene los nuclesidos
trifosfato (NTP) dominios hidrolasa y algunos otros pliegues metablicas que
son universales entre los organismos celulares probable que apareci por
primera vez en la evolucin. A su vez, la FSF organismo especfico, como por
ejemplo la superfamilia de las inmunoglobulinas que es especfico de los
eucariotas, no es la ms antigua veces a pesar de su gran abundancia en
eucariotas proteomas. De este modo, tanto la abundancia FSF y propagacin
en proteomas modernas determinar la edad evolutiva de cada FSF en una
escala de tiempo relativa de 0 (ms antigua) a 1 (la ms reciente). La asuncin
de anidacin en los linajes expansin se apoya en uno de los tres axiomas
fundamentales de la evolucin: slo existe una filogenia universal y es la
columna vertebral de la descendencia con modificacin. Se puede argumentar,
sin embargo, que un margen estrecho de algunos FSFs podra ser el resultado
de los cuellos de botella evolutivos o sesgos de muestreo proteoma. Sin
embargo, los cuellos de botella graves pueden afectar linajes seleccionados
pero no disponer fcilmente de FSFs (especialmente aquellas que son muy
abundantes y de edad), debido a que generalmente representan colectivos de
estructuras de dominio variante codificados por muchos genes y que albergan
multiplicidades de funciones. Por otra parte, los cuellos de botella masivas
distorsionara el reloj molecular de pliegues que observamos cuando nos
Enlace de estructura para el registro geolgico. [ 47 ] Sin dicha distorsin ha
sido identificado. Por otra parte, se centra
en el repertorio entero FSF minimiza el
posible impacto de los cuellos de botella
y toma de muestras. En otras palabras, un
aumento artificial o la disminucin de la
abundancia y la propagacin de algunas
FSFs (probablemente de origen reciente)
no debe afectar drsticamente los
patrones histricos fundamentales y
profundas en la evolucin de las
clulas y los virus, como el modelo
filogentico es impulsado desde el anlisis global . Ahora discutiremos
tres de estos patrones.
Figura 2.
Dominio compartir FSF y la evolucin en las clulas y los virus. FSFs en cada
uno de 15 posibles grupos de distribucin de Venn a lo largo de una lnea de
tiempo de la evolucin de protenas de dominio, con la edad de dominio ( nd )
definido por el nmero relativo de los nodos en los linajes de un rbol de
dominios FSF. Un total de 1.993 dominios significativa FSF ( E valor <0,0001)
fueron detectados cuando 4.211 proteomas virales y celulares completamente
secuenciado se realizaron bsquedas en contra SUPERFAMILIA modelos ocultos
de Markov de asignacin de la estructura. [ 44, 45 ] El conjunto de datos viral
incluyeron 1.125 ADN de doble cadena, 453 ssDNA, 122 dsRNA, 806 plus-
ssRNA, 95 menos-ARN de cadena simple, y 114 virus retrotranscribir. Los datos
celulares establecidas incluyen proteomas de 114 arqueas, bacterias 1.062, y
320 especies de Eukarya. Grupos virales y celulares eran de color rojo y azul,
respectivamente. El rbol de dominios utilizados para la construccin de la
lnea de tiempo fue la (longitud = 857984 ndice de rbol consistencia (CI) =
0,11, ndice de retencin (RI) = 0,78; IC del reescalado = 0,09; un solo rbol
ms parsimonioso g 1 = -0.06) y descrito la evolucin de 1.993 FSFs (taxones)
usando 4.211 proteomas (caracteres). Los estados de caracteres se
normalizaron los valores de abundancia para cada FSF en cada proteoma.
Especficamente, el valor de abundancia en bruto de cada FSF en cada
proteoma se log-transformado y normalizado por el valor de abundancia
mxima en toda la matriz mediante la siguiente ecuacin ( g ab_norm =
redondo (ln ( g ab 1) / ln ( g max + 1) 23); ver Ref. [ 48 ] para obtener ms
detalles). La transformacin se hace cargo de las diferencias en el tamao del
genoma y las varianzas desiguales. Los valores normalizados se reajustarn
entre 0 y 23 para dar 24 posibles estados de caracteres que eran compatibles
con PAUP * (ver. 4.0b10) de software. [ 49 ] El rbol ms parsimonioso se
calcul mediante una bsqueda de mxima parsimonia basado en heurstica.
Observamos que la mxima parsimonia se comporta mejor que los mtodos de
probabilidad cuando el anlisis consiste en un gran nmero de personajes que
evolucionan a ritmos diferentes. [ 50 ] Se espera que la longitud del rbol a ser
mayor en un anlisis de esta magnitud que implica 1.993 taxones y 4.211
caracteres. FSFs que marcan el inicio de cada evento evolutivo estn
etiquetados. C.37.1 FSF es la P-bucle que contiene NTP FSF hidrolasa. Otros
FSFs se describen en el texto. Las barras verticales indican la distribucin
dentro de cada grupo medianas. Los nmeros de la FSF se dan entre
parntesis. Las dos fases evolutivas principales se destacan en diferentes
orgenes.
FSF nmeros indican las trazas verticales en la evolucin de las
clulas y los virus
Hay 15 posibles combinaciones de Venn para FSFs correspondientes a los
cuatro supergrupos de la vida, Archaea (A), bacterias (B), Eukarya (E), y los
virus (V) (Fig. 2 ). El tamao de cada grupo de Venn es representativa de la
fuerza de la relacin evolutiva entre los supergrupos. [ 19 ] Cuando se combina
con la informacin evolutiva, este ejercicio retrata los eventos clave en la
historia evolutiva de los organismos y sirve al propsito de una ToL, sin la
reconstruccin del rbol. El supuesto tpico es que las caractersticas
compartidas indicar el origen comn. Por ejemplo, las clulas comparten una
serie de caractersticas que apoyan su ascendencia comn. Estos incluyen el
intercambio de un ncleo de genes universalmente conservadas y que poseen
membranas celulares y los ribosomas y la capacidad de llevar a cabo el
metabolismo primario. Nuestros datos se extienden esta idea a nivel molecular
y revelan que aproximadamente una cuarta parte (492 / 1.993) de los FSFs
totales fueron compartidos solamente por los organismos celulares, que van
desde akaryotes microbianas a los vertebrados y los seres humanos (grupo
ABE). Este es un fuerte apoyo para el origen comn de los organismos
celulares. Se argumenta que una lgica similar se puede extender a los virus,
como otro una quinta parte (395/1993) de los FSFs totales fueron compartidos
por las clulas y los virus de todos los tipos de replicn (grupo ABEV). De
hecho, el grupo ABEV incluye tanto los FSFs muy antiguas y muy recientes ( nd
rango = 0-1). Sin embargo, el grupo se enriqueci en su mayora con FSFs de
origen antiguo (mediana nd = 0,35). Esto sugiere que tres o cuatro de los
supergrupos retenidos ms o menos 45% de los FSFs totales. La explicacin
ms simple y parsimoniosa de los grandes tamaos de los grupos de EBA y
ABEV es la evolucin vertical de las clulas y los virus de un ancestro celular
(leer ms abajo). Sin embargo, se puede argumentar que los virus gigantes
(por ejemplo, mimiviruses y megaviruses) contribuyeron la mayor parte de los
FSFs ABEV simplemente debido a su gran tamao proteoma. Sin embargo, slo
25 (~ 6%) de los 395 FSFs ABEV fueron compartidos nicamente entre las
clulas y los proteomas de Mimivirus y Megavirus. De hecho, ABEV FSFs se
detectaron en los proteomas de los virus que albergan todo tipo de replicn (es
decir, dsDNA, ssDNA, ARN de cadena simple, ARN de doble cadena, y
retrotranscribir) definidos por el esquema de clasificacin de Baltimore. [ 51 ]
Esto indica que todos los tipos de estrategias de replicacin eran utilizado en
las clulas antiguas, lo que sugiere que la mayora de los modernos protenas
de replicacin de ADN y tal vez el propio ADN fue inventado por los antiguos
virus ( sensu Refs. [ 38 ] y [ 52 ]).
Evolucin de los virus y Archaea por la prdida reductiva de FSFs
antiguas
Filogenmica estructurales revela que la mayor parte de los 15 grupos de Venn
apareci en diferentes momentos en la evolucin y en todos los casos
representados los principales acontecimientos histricos (Fig. 2 ). Por ejemplo,
la aparicin del grupo ABE seguido directamente de la del grupo ABEV. La ms
antigua ABE FSF es la protena de transporte de membrana METI similar a la
FSF (f.58.1) que es una protena celular muy abundante, especialmente en
akaryotes. Se detect en el 99% de archaeal, 98% de bacterias, y 9% de
proteomas eukaryal que se muestrearon. Sin embargo, fue completamente
ausente de los proteomas virales. Explicamos esto como resultado de la
evolucin de reduccin. Se argumenta que la ausencia de una antigua (y muy
abundante) FSF en slo uno de los cuatro supergrupos es probable que una
prdida en un solo lugar de la ganancia en tres supergrupos, ya que esta
ltima es comparativamente menos parsimoniosa. Esto es especialmente
cierto si la FSF particular, est muy extendida en los miembros de supergrupos
individuales. Como se explic anteriormente, la evolucin reductiva parece un
escenario ms realista para explicar la evolucin viral debido a su parecido con
el estilo de vida parsitos celulares. [ 3-5 ] tendencias evolutivas reductivos
ms tarde fueron experimentados por los organismos archaeal cuando la FSF
lisozima similar (D.2.1) era completamente perdido de archaea en nd = 0,15
(grupo BEV). Una vez ms, D.2.1 estaba muy extendida en el resto de grupos
con 15%, 93% y 73% de presencia en proteomas virales, bacterianas, y
eukaryal. En conjunto, nuestros datos y diagrama de lnea de tiempo que se
resumen en la figura 2 ponen de manifiesto una existencia celular temprana
del virus y la aparicin de tendencias evolutivas reductoras en los genomas y
proteomas de los miembros emergentes de los primeros supergrupos, virus y
Archaea [ 18, 53 ]
Aparicin de nuevos FSFs y las clulas modernas diversificadas y virus
parsitos
Grupos de Venn y lneas de tiempo evolutivo de dominios de la protena
tambin apoyan la transformacin esperada del mundo de protenas, de la
innovacin inicial medida por la prdida reductora para repertorios nicos
confinados a los miembros celulares y virales de los supergrupos emergentes
(Fig. 2 ). La nueva fase evolutiva implic la aparicin de nuevos FSFs-
supergrupo especficos que identifican grupos de organismos celulares y los
virus. Sus estructuras no se recapitulan otras estructuras y no pueden ser el
resultado de HGT. Todas las ganancias se produjo tarde en la evolucin, por
primera vez en bacterias ( nd = 0,46), y luego en los virus, arqueas, y Eukarya
( nd = 0,59). Sorprendentemente, el grupo de 67 FSFs especficas del virus que
careca homlogos en proteomas celulares (grupo V) aparecieron juntos en una
ventana muy pequea de la lnea de tiempo ( nd = 0,59 hasta 0,64). Su gran
nmero sugiere que: (1) los virus son capaces de crear la novedad gentica,
[ 33, 43 ] y (2) proteomas virales no crecen nicamente por HGT. Por otra
parte, FSFs-virales especficos incluyen la mayora de las protenas de la
cpside / de la capa y dominios relacionados con la patogenicidad-requeridos
para infectar con xito los organismos celulares (datos no publicados).
Curiosamente, algunos de los cpside FSFs populares / relacionados con la
capa-virales tales como la jalea-roll y HK97 pliegues no eran estrictamente
especfica para los virus. El pliegue de la jalea-roll pertenece a SCOP b.121
veces (nucleoplasmin-como VP (protenas de la cubierta viral y de la cpside),
que incluye siete FSFs. El pliegue jelly-roll est presente en una amplia gama
de virus albergar diferentes tipos de replicn, pero sobre todo en los virus de
ARN. [ 39 tambin se detectaron] los parientes estructurales del pliegue de la
jalea-roll en histonas chaperones. [ 54, 55 ] el doble pliegue jalea-roll
corresponde a b.121.2 FSF y tambin se detect en unos eucariotas proteomas,
pero era probablemente debido a HGT de virus de acoger. a su vez, el pliegue
HK97 corresponde a dos FSFs SCOP, d.183.1 (detectado en Caudovirales ) y
e.48.1 (detectado en Herpesviridae ). Curiosamente, tambin se detect
d.183.1 en un gran nmero de proteomas celulares que se muestra (~ 24%).
Esta es quizs atribuible al hecho de que encapsulins archaeal comparten
dominios homlogos con el HK97 veces visto en Caudovirales [ 56 ] o para HGT
de virus a los hosts. Esto sugiere una superposicin entre la cpsida viral FSFs /
relacionados con escudo y las protenas celulares (vase ms adelante). Los
dos pliegues aparecieron en la evolucin cuando los virus comenzaron a
parasitar las clulas modernas ( nd ~ 0,6). Antes de este punto, se especula
que las formas primitivas de la jalea-roll y HK97 pliegues estaban implicados en
el ensamblaje del virin y la liberacin (ver a continuacin).
Sorprendentemente, los estrechos apariciones de AV, BV, y EV FSFs vez
repertorios especficos de sus respectivas supergrupos celulares diversificado
en la evolucin fortalecer el vnculo entre los ciclos de vida esperada y
parasitarias emergentes organismal linajes. Los FSFs de estos grupos de Venn
fueron transferidos probablemente a partir de clulas de los virus modernos (o
viceversa) a travs de HGT y / o eran innovaciones estructurales que ayudaron
a establecer ciclos de infeccin viral. Finalmente, debido a los genomas virales
pueden ser parte de genomas celulares, esperamos que las protenas virales
no se limitan al grupo V. A su vez, el AV, grupos BV, EV, y ABEV probable que
incluyen muchas protenas de origen viral que fueron tomadas de virus
endgeno en oa travs de HGT. As, las protenas virales pueden ser repartidos
en otros grupos, y el nmero real de las protenas de origen viral pueden ser
incluso ms alta que la reportada en nuestro estudio.
Molculas de ARNt revelan el origen temprano de virus de ARN
Slo unas pocas familias de ARN son universales, y de estos, la familia ARNt se
supone que es el ms antiguo. [ 57 ] Su composicin estructural lleva la
historia evolutiva de profundidad. [ 58, 59 ] Una filogenia reconstruida a partir
de la secuencia y estructura de 571 ARNt molculas, sin embargo, no pudieron
revelar un ToL con agrupaciones claras de tRNAs virales y celulares [ 60 ] (Fig.
3 a). En lugar de ello, se coloca molculas con un brazo de la variable en la
base del rbol. Esto probablemente se debe a mltiples episodios de
reclutamiento estructural y funcional en la historia de esta molcula.
Figura 3.
 Lneas de tiempo evolutivo de
supergrupos inferidas a partir de la
secuencia y la estructura de 571
molculas de ARNt recuperado de la
base de datos de Bayreuth ARNt
( http://trnadb.bioinf.uni-leipzig.de ).
[ 61 ] Este conjunto de datos nico
incluye secuencias obtenidas en el ARN
nivel de informacin acerca de las
modificaciones de bases. De los 571
ARNt, 134 pertenecen a las bacterias,
arqueas a 59 y 17 a los virus. Los
restantes 361 son de Eukarya. Entre los
ARNt eukaryal, 105 son de animales, 31
de las plantas terrestres, 70 de hongos,
6 de algas verdes, 5 de ciliados, 3 de
euglnidos, 86 de las mitocondrias y
cloroplastos de 55. Restriccin se
realizaron anlisis para buscar los
rboles ptimos basados en topologas
de rboles pre-especificados utilizando la opcin de "hacer cumplir la
restriccin topolgica" de PAUP *. [ 49 ] El nmero de pasos adicionales (S)
necesarios para obligar (limitar) determinados taxones en grupos monofilticos
eran se utiliza para definir una distancia evolutiva con la cual evaluar hiptesis
filogenticas alternativas o para comparar las hiptesis que no son
mutuamente excluyentes. Este ltimo enfoque se utiliz para construir lneas
de tiempo evolutivo, en el que los valores ms bajos correspondieron a S ARNt
antiguas, una tendencia que se deriva de los rboles con raz (y los supuestos
implcitos de la polarizacin). Las restricciones se basan en la agrupacin de
molculas de ARNt por el sper-reinos organismal (A = Archaea, B = Bacterias,
E = Eukarya) o virus (V = virus, V B = virus asociados con las bacterias, V E =
virus asociados con Eukarya) utilizando mxima parsimonia anlisis de la
estructura y la secuencia de datos combinados de ARNt. Cada grupo
restringido se da entre parntesis. La longitud del rbol ms parsimonioso
derivada del conjunto de datos combinado fue de 10.083 pasos (CI = 0,069 y
0,069, con y sin caracteres poco informativos, respectivamente; RI = 0,681;
reescalado CI = 0,047; g 1 = -0,107). (A) Ejemplo de anlisis de las limitaciones
que muestra cmo forzar supergrupos celulares en monofilia aade 367 pasos
adicionales para la reconstruccin del rbol ms parsimonioso. (B) Subconjunto
de definiciones de restricciones y valores S asociados utilizados en el anlisis.
(C) de la lnea de tiempo de la diversificacin supergrupo que muestra cmo la
restriccin que representa no competitivos (crculos abiertos) y competir
(crculos azules) hiptesis ilustran las relaciones de linaje ms parsimoniosa y
su coalescencia. Las reas sombreadas de la lnea de tiempo estn delimitados
por coalescencia linaje y describen tres pocas evolutivas. El segmento de
rama en rojo indica la superposicin de la historia celular viral y diversificada y
sugiere la aparicin tarda de los ciclos de vida virales modernas.
Con el fin de descubrir patrones de origen y evolucin de los linajes, ARNt se
vieron obligados a grupos monofilticos (grupos que comparten un ancestro
comn) mediante la restriccin de la bsqueda de los rboles ptimos para
topologas de rboles pre-especificados. [ 60 ] El nmero de pasos adicionales
(S) necesarios para limitar taxones en una variedad de grupos alternativos (un
conjunto seleccionado se muestra en la Fig. 3 definir distancias linaje de
coalescencia y fue utilizado para construir lneas de tiempo (que muestran S
aumentando con el tiempo transcurrido; crculos abiertos) B) o probar hiptesis
alternativas de origen por la seleccin de los crculos azules (ms
parsimoniosa) (Fig. 3 C). Por ejemplo, el rbol de ARNt (10.083 pasos) se vio
obligado a cumplir con el ((A, B, E), V E , V B ) la restriccin de la puesta en
comn de ARNt de Archaea (A), bacterias (B), y Eukarya (E ) en un solo grupo y
dejando tRNAs virales de eucariotas (V e ) o V bacteriana ( B ) origen sin
restricciones (Fig. 3 a). La construccin de este rbol requiere muchos pasos
adicionales (S = 367). Figura 3 C muestra los patrones notables obtenidos a
partir de este anlisis. En primer lugar, limitando cada supergrupo revel
individualmente la aparicin muy temprana de Archaea y los virus seguida por
la aparicin tarda de Eukarya y bacterias. Estas lneas de tiempo resultados de
los partidos obtienen a partir de los anlisis de filogenmicos FSFs (Fig. 2 ) y
pruebas adicionales considerables. [ 62 ] En segundo lugar, ARNt de
eukaryoviruses que incluyen varios linajes retrovirales basados en ARN aviares
y murinos apareci antes de lo bacterioviruses con estrategias de replicacin
de ADN bicatenario. Esto sugiere que los virus de ARN se origin a principios de
los virus de ADN, que coincide con la transicin desde sugerido a los genomas
basados en el ADN en la evolucin celular basada en ARN. Por ltimo, la
aparicin tarda de Eukarya y bacterias, que proporcionan anfitriones de los
grupos virales que probamos, sugiere que los virus establecen ciclos de vida
viral modernos cuando linajes diversificadas en estos supergrupos aparecieron
(ramas de color rojo en el rbol reconstruido; Fig. 3 C). Esto es consistente con
la relativamente tarda de FSFs-viral especfico en la lnea de tiempo evolutivo
de los dominios (Fig. 2 ).
Un modelo basado en datos de orgenes virales
Nuestro ejercicio genmica comparativa y phylogenomic ofrece un recuento
histrico de la evolucin de las clulas y virus, y se apoya en el anlisis
estructural y phylogenomic de casi 10 millones de dominios de la protena. Este
recuento histrico se despliega ~3.8 mil millones de aos de historia
planetaria. A la luz de nuestros datos, proponemos que los virus evolucionaron
a partir de las clulas antiguas por la reduccin del genoma. Estas clulas
antiguas podran ser referidos como los proto-virocells que alojan replicones
virales, pero carecan de la capacidad de producir viriones de hoy en da. Por lo
tanto, podran ser contrastadas con virocells de hoy en da [ 25 ] que producen
viriones elaborados (construidas a partir de jalea-roll y otras protenas de la
cpside). Esto no quiere decir que ninguna forma de viriones se produjo en los
proto-virocells. Tal vez los antiguos viriones eran vesculas que transportaban
los genomas virales dentro y fuera de las clulas. Este fenmeno secrecin de
vesculas que est muy extendida en las clulas modernas es considerado
como una herramienta de comunicacin intercelular [ 63 ] y un contribuyente
potencial a la infeccin viral [ 64 ] (ver Refs. [ 70 ] y [ 71 ] para otros
escenarios relacionados con vesculas de viral orgenes). Otra posibilidad es
que, tal vez, la protena no se pliega presente en los virus modernos se
utilizaron para construir viriones primitivos (vase la Fig. 4 para un modelo
pictrica de esta hiptesis de origen). En otras palabras, los virus antiguos eran
diferentes de los virus de hoy en da y existan en forma de clulas antiguas
que coexisten con los antepasados de
Archaea, Bacteria y Eukarya. Si bien el
concepto de una clula antigua
albergar replicones de virus aparece
novela, es muy similar a las clulas que
albergan modernas virus
endogenizados. Por lo tanto, nuestro
modelo postula que los virus siempre
han interactuado con las clulas y lo
hizo en un patrn bifsico. En un
principio, las clulas y componentes
virales hicieron un sistema altamente
integrado (apoyado por el tamao de
ABEV). A continuacin, los
componentes celulares y virales se
desintegraron (mediada por la
evolucin de reduccin / temprana
aparicin de ABE) como la lnea madre
de descendencia celular dio paso a la
maquinaria ribosomal y luego a los linajes diversificadas. Una vez que los ciclos
parasitarias estaban en su lugar, el componente viral (re) tom el control de
una clula moderna o se convirti en parte de su genoma (ayudado por el
repertorio de FSFs especficos del virus (V)). Este escenario explica
adecuadamente tanto el origen de FSFs especficos del virus y FSFs con
homlogos celulares y es lgicamente razonable, ya que todos los parsitos
celulares conocidos tambin evolucionan de manera similar (es decir,
reduccin del genoma seguido por dependencia host).
Figura 4.
Modelo que explica el origen y la evolucin temprana de los virus. (A) La
ilustracin representa a determinados aspectos de la compleja dinmica de
atrapamiento de vesculas de pptidos y protenas (trazas azul backbone),
cidos nucleicos (trazas rojas), y otras vesculas en las clulas primordiales. Las
vesculas se comportan como biorreactores de alojamiento pptidos antiguos y
protenas producidas por la traduccin no ribosomal, que a veces se insertan
en las membranas y aumentar la estabilidad de la vescula. Las vesculas
tambin regulan rea de superficie a travs de la energa trmica, aumentando
su superficie por la acrecin de hidrocarburos anfiflicos (funcin 1) o por fusin
con otras vesculas (2 y 3), y reducirla en microvesculas vertimiento (4 y 5).
Las vesculas tambin puede atrapar pequeas vesculas (similares a los
liposomas). Estas vesculas intracelulares pueden fusionarse con otras
vesculas internas, aumentando su superficie y el intercambio de sus
contenidos. Tambin pueden ser liberados de las clulas primordiales por
rotura de sus anfitriones o por gemacin de membranas (6). Si estas
microvesculas no son estables, se revientan, liberando su contenido en el
ambiente circundante (7 y 8). Proponemos que microvesculas que albergan
cidos nucleicos (en su mayora genomas de ARN primordiales derivadas de
tRNA) y estabilizadas por protenas de membrana traducidas a travs de
medios atpicos [ 67 ] podra haber establecido ciclos virocell similares (a la
derecha) en la que las vesculas virin como cambio de materiales genticos
entre el primordial Clulas. Estos ciclos exteriorizan el genoma de las virocells
primordiales. Otros sistemas celulares se abstuvieron de intercambio de
materiales de esta manera, se benefician en lugar de encapsulacin de cidos
nucleicos liberados por reventar vesculas y su internalizacin. Estos ciclos
similares a clulas (izquierda) conservan material gentico dentro de las
clulas primordiales, en vesculas internas o en el protoplasma. (B) La
caricatura muestra el nacimiento de las clulas modernas y virus de
estrategias de replicacin primordiales. La replicacin Virocell similar favoreci
la prdida selectiva de los repertorios moleculares de las microvesculas, mejor
estabilizacin a travs de protenas de la cpside similar especializados y
dependencias del ciclo de vida elaboradas. Prdida Molecular comenz
temprano (ABE grupo de Venn; nd ~0.04), pero estas tendencias evolutivas
reductivas continu a lo largo de la lnea de tiempo de los dominios (ver Fig.
2 ). Cell-como la replicacin se centr en cambio en el crecimiento, la
diversificacin y la integracin celular de vesculas internalizadas y sus
materiales genticos, culminando en acidocalcisomes (presentes en todos los
supergrupos celulares), orgnulos especializados, y el ncleo. Las clulas
tambin desarrollaron sofisticada maquinaria molecular, a partir de los
dominios catalticos de aminoacil-ARNt sintetasas del aparato de traduccin (en
nd ~0.05; Fig. 2 ) y terminando con un conjunto multifuncional ribosomal [. 48,
67 ] Por lo tanto, nuestra hiptesis de cuentas el desarrollo de las cpsides y
ribosomas en dos lneas troncales celulares distintos, responsables de virocells
y ribocells modernos, respectivamente. [ 24 ]
Un origen celular de los virus tambin parece necesaria, ya que el grupo ABEV
que incluye 395 FSFs (~ 20% de los FSFs totales que se muestrearon)
compartida entre todos los tipos de virus y clulas fue el grupo ms antiguo de
Venn (Fig. 2 ). Curiosamente, la mayora de los antiguos FSFs ABEV son
miembros de las protenas que se asocian con membranas. De manera similar,
los virus modernos estn ntimamente asociados con las protenas (por
ejemplo, cpsidas), por lo que requiere la existencia de algn tipo de estructura
de la clula de base para apoyar el metabolismo rudimentario y la traduccin.
Un corolario es la existencia de clulas de diferente tamao en nd ~ 0,1 (~3.3
GA). Sorprendentemente, la evidencia de microfsiles en camas de pedernal
negro y en depsitos siliciclsticas marinas poco profundas de esa edad revel
microestructuras celulares de dos amplios rangos de tamao de micras, ~5-25
y ~ 300 micras de tamao [ 68-70 ] (discutido en la Ref. [ 24 ] ). Sostenemos
que la variacin del tamao microfsil representa la coexistencia de lneas
celulares primordiales.

En conjunto, las observaciones refutan la idea de un origen precellular de los

virus, que es incompatible con la biologa del virus (ya que los virus, por
definicin, son dependientes de las clulas para la reproduccin). [ 71 ] Si bien
es probable que muchos tipos de clulas originadas pero no hizo hasta este
punto, los supervivientes conocidos de miles de millones de aos de evolucin,
son los tres tipos de ribocells, Archaea, Bacteria y Eukarya. Si, efectivamente,
los virus se originaron de una cuarta hermana de los ribocells, la lnea de proto-
virocell debi haber perdido FSFs muy temprano en la evolucin. Esto es
apoyado por la aparicin del grupo ABE poco despus ABEV en las lneas de
tiempo de las estructuras de dominio, junto con FSFs asociados con el
ribosoma y la traduccin. El grupo incluye ABE FSFs que se encuentran en los
tres tipos de ribocells pero no en cualquier tipo de virus modernos. Se
argumenta que la aparicin del grupo ABE surge de la prdida de las
estructuras en el linaje del emergente virocell, lo que sugiere que la
probabilidad de tres ganancias independientes es menos probable que la
prdida de uno. Este escenario temprano de la evolucin de reduccin de virus
debe ser considerado un precursor del fenmeno del parasitismo obligado que
es un fenmeno generalizado en todos los reinos de la vida celular. Es lgico
pensar que los virus podran evolucionar de una manera similar, especialmente
a la luz del apoyo proporcionado por los datos filogenmicos de su origen
antiguo (ver Refs. [ 3-5 ]).

Una crtica al escenario reductiva de orgenes virales es que no puede explicar

el origen de las protenas de la cpside viral que se cree que estar ausente en
las clulas. Varios pliegues de protenas de la cpside distintas ahora se han
caracterizado. Uno de estos pliegues, el pliegue de la jalea en eventos, est
muy extendida en los virus icosaedro y especialmente abundantes en los virus
de ARN. Sin embargo, los familiares estructurales del pliegue jelly-roll se
encuentran en las clulas, especialmente las chaperonas de histonas que
ayudan en el ADN carga en las histonas. [ 54, 72 ] Del mismo modo, las
estructuras icosadricas que son morfolgicamente similares a cpsidas virales
tambin se han detectado en las clulas akaryotic . Curiosamente, estos
llamados compartimentos de protenas almacenan enzimas, a diferencia de
cpsides virales, que almacenan los cidos nucleicos. Se ha planteado la
hiptesis de que tal vez un cambio de almacenamiento de enzimas para el
almacenamiento de cidos nucleicos llev a la origen de cpsidas virales en
una clula antigua. [ 59 ] Un ejemplo es la protena encapsulin que forma la
cubierta de protena de nanocompartments archaeal. Curiosamente, comparte
encapsulin dominios homlogos con el HK97 veces vistos en Caudovirales . [ 56
] Esto muestra claramente una superposicin entre ambos pliegues de la
cpside y las estructuras de la cpside similar en virus y clulas.
Otro compartimento de protena, la carboxisoma bacteriana, tambin es
icosadrica y se asemeja a cpsidas virales en la morfologa. [ 73 ] Sin
embargo, se construye a partir de un pliegue todava no se ve en cualquier
virus existente, que es o bien un derivado de la evolucin de un antiguo
cpside pliegue que era perdi en los virus modernos o un pliegue viral que
queda por descubrir (ambas alternativas apoyan nuestra hiptesis). De este
modo, se argumenta que las estructuras de la cpside similar no son tan ajeno
a las clulas como generalmente se cree y que nuestro conocimiento acerca de
la propagacin de cpsides virales es muy limitada. Es probable que el
descubrimiento de nuevos virus de hbitats atpicos y muchos anfitriones
diferentes mejorar nuestra comprensin de la virosphere y sus orgenes. De
hecho, el descubrimiento dramtico de virus gigantes con genomas alcanzar
hasta 2,5 Mb (por ejemplo, pandoraviruses [ 8 ]) sugiere que habr ms
sorpresas por venir. Notablemente, el genoma ~380 kb de un familiar
Mimivirus, el virus de la marea marrn (AAV), se inform recientemente como
el eslabn perdido en la evolucin Megavirus. [ 74 ] Alrededor del 47% de las
377 protenas putativas AAV careca de cualquier homlogos a la NCBI base de
datos no redundante. Para el 53% restante, los autores establecieron un origen
celular basada en la similitud de secuencia con las protenas celulares y
megaviral conocidos. Aunque los autores concluyeron que el virus ancestral
tena un genoma an ms pequeo y creci mediante la captura de genes de
diferentes fuentes, el gran nmero de genes de AAV sin homlogos celulares
sugiere un origen celular antigua. Es importante destacar que el proteoma AAV
podra dividirse en dos segmentos aproximadamente iguales con uno de origen
desconocido y la otra similitud que presenta con los genes codificantes de
protenas conocidas. Por lo tanto, el AAV confirma la existencia de un continuo
en los tamaos del genoma de los virus muy pequeas y sus valores atpicos
gigantes. Se espera que el descubrimiento de nuevos virus ayudar a cumplir
una lnea de tendencia casi lineal en el tamao del genoma de los virus (de
unos pocos kb a Mb). Si tal es el caso, sostenemos que el patrn lineal debe
surgir de las diferencias en el inicio de la evolucin reductora como virocell
linajes se diversifican.

Para concluir, podemos reconciliar nuestra hiptesis de origen con la

distribucin de virus infecciosos modernas en organismos husped y
proponemos (1) un temprano desarrollo de la lnea madre virocell primordial
que alberga los genomas de ARN sin entrar en los estilos de vida parasitarias
(desde virocells ARN eran probablemente ms antigua que virocells ADN), (2)
el aumento de archaeoviruses y bacterioviruses desplegar el modo de ADN que
fue reclutado en las clulas (la probable conectan a una transicin de ARN a
ADN en las clulas), y (3) el aumento de la diversidad viral RNA increble en
eucariotas.
Lo que nos espera?
Con el fin de revelar la verdadera historia detrs de origen viral y la evolucin,
le sugerimos que se centra en tres lneas prometedoras de la investigacin.
Estos incluyen el aprendizaje de cmo los diferentes grupos de virus infectan a
algunos hosts pero no en otros, la determinacin de las similitudes
estructurales y morfolgicas de los virus que infectan a hosts separados por
grandes distancias evolutivas, y el estudio de las caractersticas moleculares o
de organizacin que son altamente conservadas. Sera de importancia para
determinar si los virus que infectan a anfitriones lejanamente relacionadas
tambin comparten un nmero significativo de FSFs, ya que podra
proporcionar un fuerte apoyo adicional al antiguo origen de los virus. SCOP
dominios estructurales se conservan unidades evolutivas y por lo tanto
constituyen herramientas poderosas para retrodiccin. Sin embargo, hay otras
caractersticas en las molculas y composicin biolgica que tambin estn
altamente conservadas. Por ejemplo, nuestras exploraciones podran
complementarse con un anlisis similar de la evolucin de las funciones
moleculares definidos por la base de datos de ontologa de genes. [ 75, 76 ] Tal
vez el problema ms importante en el estudio de la evolucin viral es la
creencia generalizada de que los virus son simplemente "ladrones de genes."
[ 16 ] Esto se ve amenazada ahora por los datos de genmica comparativa y la
existencia de los pliegues de protenas especficas del virus. Sin embargo, ser
necesario determinar la proporcin de FSFs heredados vertical y
horizontalmente en cada uno de los 15 grupos de Venn y otras caractersticas
conservadas que pueden ser tiles para la investigacin viral. Esto asegurar la
solidez de inferencias extradas en la presente revisin.