Alat yang dapat menampilkan gambar 3D yaitu SPM (scanning Probe Microscope).

Pada
SEM dan TEM memanfaatkan manipulasi cahaya dan elektron, namun pada SPM
menggunakan Probe atau jarum yang disebut dengan cantilever. Jenis SPM
berdasarkanprnsip kerjanya yaitu STM (Scanning Tunneling Microscope), AFM (Atomic
Force Microscope) dan NSOM (Near-Field Scanning Opyical Microscope). Pada dasarnya
prinsip kerja dari ketiga alat tersebut sama. Namun, yang berbeda yaitu pada energi, kekuatan
serta gaya yang bekerja diantara cantilever dan sampel yang dijadikan dasar dalam
menentukan tekstur permukaan sampel. Energi, kekuatan dan gaya inilah yang menentukan
jenis SPM tersebut.

Pada gambar diatas cantilever dengan tip berukuran ~ 20 nm melakukan scanning pada
permukaan sampel sambil menjada jarak antara cantilever dengan permukaan sampel tetap
sama beberapa nanometer. Gaya tarik menarik dan tolak menolak yang terjadi diantaranya
menyebabkan perubahan posisi cantilever. Perubahan posisi cantilever selama melakukan
scanning permukaan sampel ditangkap dengan laser dan menyebabkan perubahan pantulan
laser pada sensor photodiode. Perubahan posisi tangkapan laser pada photodiode ini diolah
dengan rangkaian elektronik dan komputer untuk kemudian diwujudkan dalam bentuk citra
tiga dimensi pada layar monitor. Citra tiga dimensi inilah hasil pengamatan menggunakan
AFM yang merupakan tekstur permukaan sampel. AFM mempunyai perbesar sebesar sejuta
kali dengan resolusi lateral kurang dari 1 nm dan resolusi ketinggian kurang dari 1 angstrom.