numberline 1Cargando una molcula.5figure.

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K [1][-]section.3Uso B41sico de VMDK [1][-]section.3Uso B41sico de VMD
Universidad Andrs Bello
Facultad de Ciencias Biolgicas
Center for Bionformatics & Integrative Biology
Chile

Introduccin al uso de:

Visual Molecular Dynamics

Romina V. Seplveda
Daniel Aguayo V.
2015
1 INTRODUCCIN AL PRCTICO 2

1. Introduccin al prctico
Este prctico introduce al estudiante al uso y anlisis de protenas en VMD.

En este documento se otorgarn datos anexos y preguntas para profundizar la

informacin. Si existen dudas al respecto o hay errores, por favor avisar a los
profesores del curso.

Dependemos de ti para mejorar este tutorial.

Visual Molecular Dynamics. VMD es un programa de visualizacin

y anlisis de molculas desarrollado por el Theorical and Compu-
tational Biophysics Group de la Universidad de Illinois Urbana-
Champaign.

1.1. Programas Requeridos

El siguiente programa ser requerido en este prctico

VMD: Disponible en http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ (para to-

das las plataformas)
Programa de graficacin matemtica: Ser necesario utilizar progra-
mas para graficar las salidas de VMD. VMD tiene un programa bsico
incorporado. Algunos ejemplos de otros programas son:
Unix/Linux: xmgrace, http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/
Windows: Excel, http://office.microsoft.com/en-us/FX010858001033.aspx
(Pago)
Mac/Multiples Platformas: Mathematica, http://www.wolfram.com/
(Pago); gnuplot, http://www.gnuplot.info/(Descarga gratuita)
2 FORMATO PDB 3

2. Formato PDB
Antes de empezar el tutorial, revisaremos un archivo .pdb

Descargar estructura en Protein Data Bank Entre al siguiente link

http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=2HMI

Abrir el archivo con un editor de texto (Ej: Wordpad)

La primera parte del archivo comienza con REMARK, esta zona muestra
informacin sobre la obtencin de la estructura. VMD toma esta informa-
cin como comentarios y no la considera en la visualizacin.
Luego sigue la descripcin de la estructura secundaria de la protena,
determina los residuos de inicio y termino de cada elemento de estructura
secundaria (SHEET o HELIX).
A continuacin busque la linea donde empieza por ATOM
2 FORMATO PDB 4

El registro ATOM presenta las coordenadas atmicas para aminocidos

y nucleotidos. Tambin presenta la ocupacia y el factor de temperatura
por cada tomo. Otras molculas qumicas son descritas con el nombre
HETATM. Esta parte esta dividida por columnas de un espacio.

Columnas de 1-6 es el nombre del tipo de registro ATOM

Columnas de 7-11 es el numero serial (identificador nico) de cada tomo
Columnas de 13-16 es el nombre del tomo
Columnas de 18-20 Nombre de residuo

Columnas de 22 identificador de la cadena

Columnas de 23-26 Nmero de la secuencia del residuo
Columnas de 31-38 coordenada en X

Columnas de 39-46 coordenada en Y

Columnas de 47-54 coordenada en Z
Columnas de 55-60 ocupancia
Columnas de 61-66 factor de temperatura (beta factor)

Qu indica el valor de ocupancia y factor de temperatura?.

Genere un pequeo PDB con cinco tomos con coordenadas al azar. Visualice
en VMD.
3 USO BSICO DE VMD 5

3. Uso Bsico de VMD

Este prctico introduce al estudiante al uso del programa VMD. A lo largo
del texto se entregar material complementario en forma de cuadros indepen-
dientes, los que incluyen informacin y preguntas de distintos aspectos como
importancia biolgica, parmetros a profundizar y atajos para VMD.

En esta unidad utilizaremos VMD para visualizar y analizar la estructura de

un modelo, el cul servir en el resto de este practico.

Transcriptas reversa de VIH. La transcriptasa reversa crea una copia

del ADN proveniente del genoma de ARN de VIH. Esta protena es
un objetivo clave en el desarrollo de drogas contra el SIDA. Esta
estructura de cdigo 2HMI, incluye un pequeo segmento de ADN
en su sitio activo.

1 Para iniciar VMD haga doble-click en el icono de la aplicacin de VMD

en el escritorio, o haga click en el menu Inicio Programas VMD.

Visualizando una protena

Para iniciar se deben cargar las coordenadas de los distintos tomos de la pro-
teina, las cuales se pueden obtener desde distintas fuentes como el protein data
bank en el caso de protenas o directamente con VMD.

2 Elija el men File New Mo-

lecule... Fig. 1 en la ventana
VMD Main. Aparecer otra ven-
tana Molecule File Browser, la que
permite elegir los archivos dentro
de los directorios disponibles.

3 Use el botn Browse...New Mo-

lecule... para descargar automati-
camente la estructura 2HMI.pdb.
Note que luego de seleccionar este
archivo se encuentra nuevamente
en la ventana Molecule File Brow-
ser. Para cargar el archivo, presio-
ne el botn Load.

4 Observe la molcula utilizando

ventana OpenGL Display y el ra-
tn. Figura 1: Cargando una molcula.
3 USO BSICO DE VMD 6

5 Para volver a la visualizacin inicial presione Display Reset View

Diferentes puntos de observacin. El sistema se visualiza en la ven-

tana OpenGL Display. Utilice el ratn para rotar; para escalar la
representacin utilice el tercer botn del ratn o haga click la tecla
S en el teclado y luego mueva el cursor en la ventana OpenGL
Display. Para volver a rotar haga click en la tecla R en el teclado.
Para mover todo el sistema, utilice la tecla T.

6 En el men Menu Graphics elija

Representations. Se abrir la ven-
tana Graphical Representations,
en ella se destaca la representacin
que se est utilizando (activa) pa-
ra el sistema.(Figura 3)

La vieta Draw Style de la ventana

Graphical Representations elija, esta
permite cambiar el estilo de visuali-
zacin de cada representacin creada
a travs del men Drawing Method.
El mtodo o estilo predeterminado es
Lines, que muestra en forma de lineas
los enlaces entre tomos.

7 Cada mtodo de dibujo tiene sus

propios parmetros. Por ejemplo,
modifique el campo Thickness pa-
ra aumentar el ancho de la lineas
que representan los enlaces atmi-
cos.

8 Cambie el mtodo de dibujo a

VDW (van der Waals). Cada to-
mo es ahora representado como Figura 2: Ventana Graphical Represen-
una esfera, esto permite visualizar tations
la forma y el volumen de la pro-
tena. Elija ahora el mtodo de di-
bujo New Cartoon.

El mtodo New Cartoon permite visualizar de forma simplificada la estructura

secundaria de su protena. Las hlices se visualizan en forma de espiral, lminas
en forma de flechas y las otras estructuras en forma de un tubo delgado. Este
mtodo es el de mayor uso en representaciones de sistemas proteicos
3 USO BSICO DE VMD 7

Otros mtodos de dibujo. CPK y Licorice son mtodos de dibujo

que permiten observar estructuras con facilidad. La primera emula
los sistemas de bolas de radio variable y tubos utilizados en qumica
para visualizar molculas, mientras que la segunda representa los
tomos como esferas de radio fijo que no puede ser modificado.

9 En el men Coloring Method es posible elegir el color de la representacin.

Diferentes estilos se encuentran disponibles, por ejemplo: Nombre, tipo
de tomo, nombre del residuo, estructura, etc. Coloree la representacin
usando la informacin de estructura secundaria.

10 Explore el programa VMD libremente, luego cierre y reinicie VMD

3.1. Guardando imgenes

La imagen visualizada puede ser almacenada en archivo de imgenes (ver ms
adelante). Adems, las representaciones creadas pueden ser almacenadas utili-
zando un archivo de estado de VMD. El archivo de estado contiene la informa-
cin necesaria para reiniciar las sesiones de VMD sin perder el trabajo realizado.

1 VMD puede generar un archivo de imagen que puede ser utilizado en otros
programas. Elija el men File Render.... Se abrir una ventana llama-
da File Render Controls. Puede utilizar distintos mtodos para generar
la imagen, seleccione Snapshot el cual toma una imagen de su pantalla.
Escriba el nombre del archivo a generar en el campo de texto Filename ,
i.e., en windows guarde la imagen como imagen.bmp

2 Presione el botn Start Rendering y se generar el archivo con la imagen

que aparece en la ventana OpenGl. Esto puede tardar algn tiempo depen-
diendo de las capacidades del computador utilizado. Al finalizar, el archivo
se encuentra en el directorio seleccionado o en el directorio de trabajo.

3.2. Trabajando con representaciones

3 Que seleccin debe utilizar para visualizar la protena sin hlices ni l-
minas ? Agregue una imagen para cada tipo de estructura secundaria
escriba en Selected Atoms : (not helix) and (not betasheet).

Con el ratn se pueden crear y seleccionar diferentes representaciones. Adems,

estas pueden activar o desactivar haciendo doble-click sobre ellas o ser borradas
utilizando el botn Delete Rep button, etc.

4 Identifique la seleccin de tomos que representa solo aquellos de una

protena, luego desactvela haciendo doble click sobre la representacin.
3 USO BSICO DE VMD 8

1 La entrada de texto Selected

Atoms de la ventana Graphi-
cal Representations permite aco-
tar los tomos que se estn visua-
lizando. Reemplace la palabra all
por protein y presione Apply ( o
presione Enter en el teclado), lo
cual debe realizar cada vez que
modifica un campo en la ventana
Graphical Representations (fig 3.

2 En la ventana Graphical Repre-

sentations elija la vieta Selec-
tions. En la seccin Singlewords
se encuentran los diferentes cam-
pos por los cuales se pueden reali-
zar selecciones rpidas. Seleccione
beta en el campo de texto pa-
ra seleccionar solo los tomos de
la protena que se encuentran for-
mando lminas .
Figura 3: Ventana Graphical Represen-
tations

5 Para ver el complejo HIV-RT/DNA active la representacin en que se

encuentra seleccionada la proteina.

6 Cree una nueva representacin, sin borrar la existente, para esto utilice el
botn Create Rep.

En la vieta Selections en el campo Keywords es posible ver distintas palabras

claves que sirven para seleccionar tomos. Inspeccione en Keywords los nom-
bres de las moleculas que componen el sistema. Para este caso, se muestran los
nombres de los residuos aminoacdicos de la protena y un residuo de nombre
DC DT DG DA.

9 A que tipo de molcula los residuos resname DA DC DT DG. Cmo

podra identificar la secuencia?
3 USO BSICO DE VMD 9

7 Cree una nueva representacin,

para esto utilice el botn Create
Rep

8 Al crear una nueva representacin

se copian los valores de la selec-
cin anterior. Para seleccionar un
residuo de nombre conocido, por
ejemplo el residuo de nombre DA
DC DT DG, utilizaremos la pa-
labra clave resname seguida del
nombre del residuo como aparece
en el archivo PDB, para ello escri-
ba resname DA DC DT DG en
el campo Selected Atoms. Para
una mejor representacin cambie
el mtodo de dibujo por licorice y
coloree la representacin por nom-
bre de tomo. Figura 4: DNA RT-HIV

10 Para observar los residuos de la protena que se encuentran cercanos al

residuo DA DC DT DG se utiliza una seleccin de mayor complejidad.
Cree una nueva representacin y escriba la siguiente seleccin para los
tomos que estn a 4 de distancia de la molcula de DNA: protein
and within 4 of (resname DA DC DT DG). Utilice el mtodo de dibujo
CPK y coloree por nombre del residuo.
En la ventana OpenGl se observan tomos de distintos colores, sin embargo, es
de mayor utilidad seleccionar los residuos que tienen tomos que cumplen una
condicin.

11 Reemplace la seleccin anterior por: protein and (same residue as within

4 of (resname DA DC DT DG)).

13 Utilice el ratn para orientar la visualizacin. Para volver a la visualizacin

inicial presione Display Reset View.
Operadores lgicos. Habitualmente utilizamos los operadores boo-
leanos Y, O y NO. El primer es un operador incluyente, el
segundo de exclusin, mientras que el tercer operador es conside-
rado de reunin o suma lgica. Podemos ver la diferencia entre
ellos observando la cantidad de tomos de selecciones que las inclu-
yan como: protein or x>0], protein and x>0] y protein
and not x>0].

Cuales son los parmetros necesarios para que se formen? tiene alguna
relacin la formacin de puentes de hidrgeno con la estructuras observadas?.
3 USO BSICO DE VMD 10

12 Para observar los residuos de la

protena que se encuentran cerca-
nos al residuo DA DC DT DG
se utiliza una seleccin de ma-
yor complejidad. Active las repre-
sentaciones que muestran a Bioti-
na, avidina y aquellos residuos que
tienen tomos a 4 de distancia
entre ellos. El resultado debe ase-
mejar a la figura 5

Figura 5: Representacin Final

14 Los puentes de hidrgeno entre las molculas del complejo se pueden visua-
lizar utilizando el mtodo Hbond en la ventana de representaciones. Active
la representacin de puentes de hidrgeno y aumente el tamao de linea a 3.
Los puentes de hidrgeno se visualizan como lineas de color amarillo.

15 Cree una representacin para la protena. Utilice el mtodo de dibujo New

Cartoon coloreando la estructura por estructura secundaria.

16 Cree una representacin para el ligando. Utilice el mtodo de dibujo Lico-

rice coloreando la estructura por nombre de tomo.

17 Para reconocer un residuo especfico es posible utilizar el ratn y la ventana

OpenGl para conocer su identificador. Para ello en la ventana VMD Main,
elija el men Mouse Query y haga click sobre un tomo de inters. Al
hacerlo, aparecer en pantalla informacin bsica del tomo seleccionado.
Para obtener mayor informacin en la ventana VMD Main elija el men
Graphics Label, que abrir una ventana con la descripcin del tomo
seleccionado.

18 Seleccionando en la ventana VMD Main el men Mouse Labels Bond

es posible conocer la distancia entre dos tomos de inters. Al hacerlo,
aparecer en la ventana Label bajo la etiqueta Bonds value la distancia
entre los tomos seleccionados en la configuracin actual.

Usando lo aprendido, genere una imagen que muestre el sistema destacando el

extremo amino y carboxilo terminal.
4 CONSOLA TK 11

Cuales aminocidos son los que interactan con el segmento de ADN? (a menos
de 4)
Cual es la secuencia de la secuencia de ADN? TIP: Main...Analysis...Sequence
Viewer...
Cuantas cadenas posee la protena? Cuantos tomos posee toda la estructura?
Cuantos aminocidos tiene cada cadena?
Esta protena se encuentra cristalizada unida a un anticuerpo. Identifique cual
cadena cadena es el anticuerpo.

4. Consola TK
VMD provee que lenguajes de programacin (Python y Tcl) para que el usuario
pueda crear sus propias herramientas. La interfaz que provee VMD para realizar
cdigos se encuentra en VMD Main Extensions Tk console
Ud. puede manipular la estructura a travs de lineas de comandos.
4 CONSOLA TK 12

Figura 6: Comandos en Tcl mas usados en VMD