KODE GENETIK

MATAKULIAH GENETIKA 1
Disusun untuk memenuhi tugas matakuliah
Genetika I yang dibina oleh Prof. Dr. Agr. Mohamad Amin S.Pd, M.Si

Oleh
Kelompok 2/ Offering I
Faiza Nur Imawati Ningsih (150342607763)

Fitria Maulita (150342606010)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
MARET 2017
Kode Genetik

Gen dikendalikan struktur polipeptida, urutan empat pasangan basa DNA dapat
mengontrol urutan dari 20 asam amino yang ditemukan dalam protein. Dengan ditemukannya
perantara mRNA, urutan empat basa hadir dalam molekul mRNA bisa menentukan asam
amino urutan polipeptida. Kode genetik juga disebut kode nonoverlapping karena masing-
masing asam amino ditambah inisiasi polipeptida dan penghentian (terminasi) yang
ditentukan oleh kodon RNA yang terdiri dari tiga nukleotida. Kode genetika memiliki sifat
atau ciri yaitu:

a. Kode genetik terdiri dari tiga nukleotida yang sama. Tiga nukleotida mRNA di
tentukan satu asam amino dalam produk polipeptida; dengan demikian, masing-
masing berisi tiga kodon nukleotida.

b. Kode genetik adalah nonoverlapping. Setiap nukleotida di mRNA milik hanya satu
kodon kecuali dalam kasus yang jarang terjadi di mana gen tumpang tindih dan urutan
nukleotida dibaca di dua frame yang berbeda.

c. Kode genetika bersifat bebas koma. Tidak ada koma atau bentuk lain dari tanda
baca dalam daerah pengkodean molekul mRNA. Selama penerjemahan, kodon dibaca
berturut-turut.

d. Kode genetik bersifat degenerasi. Semua kecuali dua dari asam amino yang spesifik
lebih dari satu kodon.

e. Kode genetik bersifat ordered. Beberapa kodon untuk asam amino tertentu dan kodon
untuk asam amino dengan sifat kimia yang mirip berhubungan erat, biasanya berbeda
oleh nukleotida tunggal.

f. Kode genetik bersifat dapat memulai dan menghentikan kodon. Kodon spesifik yang
digunakan untuk memulai dan untuk mengakhiri rantai polipeptida.

g. Kode genetik bersifat universal. Dengan pengecualian kecil, kodon memiliki makna
sama dalam semua organisme hidup, dari virus ke manusia.

Tiga Nukleotida per Kodon

Dua puluh asam amino yang berbeda digabungkan selama terjemahan. Dengan
demikian, setidaknya 20 kodon yang berbeda harus dibentuk dengan menggunakan empat
basa yang tersedia di mRNA. Dua basis per kodon akan menghasilkan hanya 42 atau 16,
kemungkinan kodon-jelas tidak cukup. Tiga basis per kodon menghasilkan 43 atau 64
kemungkinan kelebihan-kodon. Pada tahun 1961, Francis Crick dan rekannya, menemukan
bukti kuat pertama untuk mendukung dari kode triplet (tiga nukleotida per kodon). Crick dan
rekan kerjanya melakukan analisis genetik mutasi induksi di lokus rII bakteriofag T4 oleh
proflavin kimia. Proflavin adalah agen mutagenik yang menyebabkan penambahan pasangan
basa tunggal dan penghapusan.

Crick dan rekannya berpendapat bahwa mutasi asli adalah pasangan basa tunggal
yang mengalami penambahan atau penghapusan, mutasi supresor harus tunggal karena
mengalami penghapusan pasangan basa atau penambahan, masing-masing, yang terjadi di
sebuah situs atau situs dekat mutasi asli. Jika triplet nukleotida berurutan dalam mRNA
menentukan asam amino, maka setiap sekuen nukleotida dapat dikenali atau dibaca selama
translasi dalam tiga cara yang berbeda. Sebagai contoh, AAAGGGCCCTTT urutan dapat
dibaca (1) AAA, GGG, CCC, TTT, (2) A, AAG, GGC, CCT, TT, atau (3) AA, AGG, GCC,
CTT, T. Frame mRNA adalah triplet nukleotida yang dibaca (diposisikan di ribosom) selama
translasi. Tambahan pasangan basa tunggal atau penghapusan akan mengubah kerangka
pembacaan gen dan mRNA untuk bagian distal dari gen mutasi.
Penerjemahan Kode

Penerjemahan kode dengan menentukan:

1. Kodon yang spesifik dengan asam amino
2. Jumlah dari kemungkinan 64 kodon yang digunakan
3. Bagaimana kode diselingi
4. Apakah spesies yang berbeda menggunakan kodon yang sama atau tidak
 Penemuan MW Nirenberg (penerima hadiah nobel 1968) dan JH Matthei dan kemudian
S. Ochoa (penerima hadiah nobel 1959) dan rekan kerjanya menunjukkan bahwa sintesis
molekul RNA dapat digunakan sebagai mRNA buatan untuk sintesis protein in vitro. Ketika
ribosom, tRNA aminoasil, dan faktor-faktor protein terlarut yang dibutuhkan untuk
penerjemahan yang dimurnikan dari mRNA alami, komponen ini dapat dikombinasikan in
vitro dan dirangsang untuk mensintesis polipeptida dengan penambahan molekul RNA
disintesis secara kimia. Jika komposisi sintesis molekul-molekul mRNA diketahui, komposisi
sintesis polipeptid dapat digunakan untuk menentukan kodon asam amino. Penetapan kodon
pertama (UUU untuk fenilalanin) dibuat ketika Nirenberg dan Mathaei mendemonstrasikan
bahwa Polyuridylic acid [poly U= (U)n] didahului oleh sintesis fenilalanin [(fenilalanin) n].
Ochoa melanjutkan dengan menggunakan RNAs sintesis dengan urutan acak dari komposisi
nukleotda yang telah diketahui. Frekuensidari triplet yang berbeda ini dapat dengan mudah di
kalkulasi.

Pada jenis percobaan kedua, ribosom yang diaktifkan dengan mini-mRNA hanya tiga
nukleotida panjang. Kemudian, penelitian di lakukan pada aminoasil tRNA-dirangsang untuk
mengikat ribosom diaktifkan dengan masing-masing messager trinucleotide.

Degenerasi dan Ketidakstabilan

Keseluruhan dari asam amino kecuali metionin dan triptofan ditentukan oleh lebih
dari satu kodon. Khususnya tiga asam amino, leusin, serin, dan arginin, yang masing-masing
ditentukan oleh enam kodon yang berbeda. Isoleusin memiliki tiga kodon. Asam amino
lainnya masing-masing memiliki dua atau empat kodon. Degenerasi adalah proses terjadinya
lebih dari satu kodon per asam amino. Proses degenerasi terjadi secara teratur. Beberapa
kodon ditentukan suatu asam amino dengan pola tertentu yaitu base ketiga atau 3 'dari kodon.
Degenerasi kode gen, harus ada memiliki tRNA berbeda untuk mengenali
kodon yang baru agar dapat menentukan asam aminonya atau antikodon
dari tRNA yang diberikan harus sesuai dengan beberapa kodon yang baru,
beberapa tRNA mengenali lebih dari satu kodon. Ikatan hidrogen antar
basa dalam antikodon tRNA dan kodon mRNA muncul untuk mengikuti
aturan pemasangan basa yang terikat kuat, hanya untuk dua basa kodon
pertama. Pasangan basa yang melibatkan ketiga kodon terbaik yang
tampak kurang kuat , sering disebut dengan goyah atau tidak stabil.
Terdapat 2 jenis degenerasi yaitu:
1. Degenerasi parsial terjadi ketika base ketiga dapat berupa salah satu dari dua
pyrymidines (U dan C) atau sebaliknya, salah satu dari dua purin (A dan G). Dengan
degenerasi parsial, mengubah base ketiga dari purin ke pirimidin, atau sebaliknya,
akan mengubah asam amino yang ditentukan oleh kodon.
2. Degenerasi lengkap terjadi ketika salah satu dari empat basa dapat hadir pada posisi
ketiga dalam kodon, dan kodon masih akan menentukan asam amino yang sama.
Misalnya, valin ditentukan oleh GUU, GUC, GUA, dan GUG.
Kode genetik telah dipastikan memiliki peran dalam meminimalisir
mutasi yang bersifat letal. Adanya penambahan basa pada posisi kodon
ketiga tidak mengubah asam amino yang ditetapkan oleh kodon.
Berdasarkan jarak molekuler dan sterik ( tiga - struktur dimensi ) dipertimbangkan ,
ketidakstabilan tersebut akan menghasilkan beberapa jenis tertentu,yaitu pasangan pada dasar
kodon ketiga dalam interaksi kodon-antikodon. tRNA serin yang telah ditandai sebagai
berikut.
1. tRNAser 1 (antikodon AGG) mengikat kodon UCU dan UCC
2. tRNAser 2 ( antikodon AGU ) mengikat kodon UCA dan UCG
3. tRNAser 3 ( antikodon UCG ) mengikat untuk kodon AGU dan AGC

Inisiasi dan terminasi kodon

Kode genetik memiliki informasi genetik pada level translasi. Tiga kodon UAA,
UAG, dan UGA merupakan rantai polipeptida terminasi. Kodon-kodon tersebut dikenali oleh
protein Release factor (RF) dari pada tRNAs. Protein tersebut adalah RF-1 yang mengenal
UAA dan UAG dan RF-2 yang mengakbitkan terminasi pada kodon UGA dan UAA. Kodon
AUG dan GUG dikenali oleh initiator t RNA, t RNAi met, tapi hal itu hanya ada saat
mengikuti urutan nukleotida yang tepat saja pada leader segments molekul m RNA. Pada
posisi internal, AUG dikenali t RNA met dan GUG dikenali valine t RNA.
Kode Genetik Hampir Bersifat Universal
Kode genetik bersifat universal, karena kodon memiliki arti yang sama. Pengecualian yang
paling penting untuk universalitas kode genetik terjadi pada mitokondria mamalia, yeast, dan
beberapa spesies lainnya. Dalam mitokondria manusia dan mamalia lainnya, (1) UGA
menentukan triptofan bukan pemutusan rantai, (2) AUA adalah kodon metionin, bukan kodon
isoleusin, dan (3) AGA dan AGG adalah kodon terminasi rantai, bukan kodon arginin. Tetapi,
karena pengecualian ini jarang terjadi, maka tidak semua kode genetik bersifat secara
universal.

Suppessor mutasi yang memproduksi tRNAs dengan mengubah kodon pengenal

Suppressor mutasi adalah mutasi yang muncul dari effek mutasi lain karena site pada
gen tRNA yang dapat mengubah kekhususan sifat pengenal kodon oleh tRNAs. Suppressor
mutasi yang mengubah kekhususan tRNA adalah suppressor dari mutasi yang memproduksi
akhiran-rantai triplet UAG dalam mengkode rangkaian structural gen atau disebut mutasi
amber, yang terjadi akibat dari sintesis dari akhiran fragmen asam amino yang menetapkan
polipeptida sebagai gen.
Mutasi yang menghasilkan triplet rantai terminasi dengan gen
disebut nonsense mutasi, berkebalikan dengan mutasi missense yang
mengubah sebuah triplet menjadi triplet lain yang menghasilkan asam
amino berbeda.
Tidak terlihatnya suatu mutasi pada nonsense menunjukkan efek mutasi pada gen
tRNA yang disebabkan adanya mutasi dari tRNAs untuk mengenali kodon nonsense
(antisense) (UAG, UAA, or UGA). Ketika salah satu dari supressor tRNA berupa UAG dari
mutasi su3 berada pada satu baris yang sama maka hal tersebut akan mengubah antikodon.
Pada amber penekan mutasi yang terjadi pada tRNA tyr2. Pada antikodon nonsuspensor
tRNAtyr2 menunjukkan 5-GUA-3 (dimana G merupakan derivat dari guanin). Sedangkan
pada antikodon dari mutasi (suppressor) tRNAtyr2 merupakan 5-CUA-3. Mutasi antikodon
ini dapat berpasangan dengan 5-UAG-3 kodon amber (Berpasangan dengan ujung yang
berlawanan) seperti:
3-AUC-5 (antikodon)
5- UAG-3 (kodon)
Suspensor tRNAs mengizinkan polipeptida yang telah lengkap untuk
disintesis dari mRNAs yang mengandung kodon antisense. Polipeptida akan
berfungsi selama asam amino disisipkan oleh suppressor tRNAs pada posisi yang tepat dan
nantinya akan menghasilkan gen-gen yang fungsional. Strain Escherichia colli yang
mengandung gen supresor menunjukkan tingkat pertumbuhan yang
sebanding dengan strain tanpa gen supresor. Penyebab mengapa strain
penekan tidak menunjukkan efek merugikan seperti "read-through" belum
terungkap jalan keluarnya. Mungkin sebagian gen seperti fag MS2 mantel
gen yang berakhir dengan dua atau lebih kodon stop yang berbeda.

Keterangan (a) Pembentukan sebuah amber (UAG) mutasi rantai-terminasi. (b)

Efeknya pada produk gen polipeptida tanpa adanya suppressor tRNA. (c) Adanya suppressor
tRNA
Pertanyaan

1. Mengapa ketika satu nukleotida dihilangkan, semua triplet setelah dihapus

menjadi tidak teratur sehingga hasil gen virus tidak berfungsi? Karena penghapusan
dapat menyebabkan perubahan pada reading frame yang tiap kelompok terdiri atas 3
basa. Reading frame triplet pada semua DNA memberikan kodon mRNA yang salah
dan menghasilkan asam amino yang salah pada produk polipeptida. Ketika
terjadi penghapusan pada dua basa, reading frame yang dihasilkan tetap tidak
berfungsi.
2. Mengapa degenerasi kode gen memiliki tRNA yang berbeda untuk
mengenali kodon yang baru? Untuk menentukan asam aminonya
atau antikodon dari tRNA yang diberikan sesuai dengan beberapa
kodon yang baru, beberapa tRNA mengenali lebih dari satu kodon.
Ikatan hidrogen antar basa dalam antikodon tRNA dan kodon mRNA
muncul untuk mengikuti aturan pemasangan basa yang terikat kuat,
hanya untuk dua basa kodon pertama.