Dogma Central de la Biologa Molecular.

Facultad de Qumica, UNAM Flujo de la Informacin Gentica

Replicacin

1630 Gentica y Biologa Molecular

Transcripcin.
Sntesis de RNA
Cdigo Gentico y Traduccin
Traduccin
Sntesis de
Protenas
Unidad 7

Comparacin de la expresin gnica entre eucariontes y procariontes Cdigo gentico:

DNA ------- Bases
Eucariontes Procariontes
RNAm ------- Bases
Protena ------- Aminocidos
Ncleo Transcripcin

Traduccin En DNA y RNA hay 4 bases pero en protenas:

Transcripcin 20 aminocidos
Combinaciones de bases para determinar un
aminocido:
Combinaciones de 2 bases: 42 = 16 (no alcanzan!!)

Traduccin
Combinaciones de 3 bases: 43 = 64 !! (ahora sobran!!)
Codn: Secuencia de tres bases en el RNAm que
especifica un aminocido en la secuencia de la
protena o causa la terminacin de la traduccin.

1
 61 codones determinan aminocidos 3
Nirenberg y Matthaei descifraron el cdigo gentico usando un lisado de
E. coli para sintetizar protenas in vitro al cual le agregaban RNAm Cdigo Gentico codones son non-sense y funcionan
como seales de trmino (stop) de la
sinttico poli-U, poli-A, poli-CA.....
traduccin

Segunda posicin

RNA
Primera
posicin

Protena

Solamente 61 de las 64 combinaciones posibles codifican para

aminocidos 18 de los 20 aminocidos estn determinados por ms de un
codn. El cdigo gentico es redundante.

Solamente Met y Trp estn determinados por un codn.
Codones sinnimos:
Para muchos aminocidos determinados por mas de un codn, las
2 primeras bases no varan y solamente hay cambio en la 3a
posicin.
Qu caracterstica comn tiene esa 3a base en los aminocidos
determinados por dos codones?
El cdigo gentico est altamente conservado
filogenticamente.
De hecho, por muchos aos, se consider que era UNIVERSAL,
hasta que se encontraron las excepciones que son mnimas.
La mayor parte de estas excepciones se identificaron en los
genomas mitocondriales y en algunos protozuarios.

Codn Cdigo Excepcin Genoma

gentico
Esta propiedad minimiza los efectos de alguna mutacin. AGA/ AGG Arg Ser Mitocondria animal
Sustitucin por transicin en el que hay un cambio de una CGG Arg Trp Mitocondria plantas
purina por otra purina.
UAA/ UAG Trmino Glu Nuclear protozuarios
AAG - AAA UGA Trmino Trp Micoplasma

2
 Para los aminocidos determinados por mas de un codn, estos no son
Para los aminocidos determinados por mas de un codn, estos no son
usados con la misma frecuencia.
usados con la misma frecuencia.

En el proceso de traduccin participan los RNAt, RNAr y RNAm. Marco de lectura abierto (Open Reading Frame)

Estructura de un RNAm maduro. UAA

Codones de
UAG Marco de Lectura 1
trmino
AUG
UGA
La misma
secuencia de
Cola de Poli-A
RNAm.
Regin codificante Marco de Lectura 2
Tres secuencias de
polipptidos
CAP distintas!!!
Marco de Lectura 3
Regin 5 no traducida Regin 3 no traducida
5-UTR 3-UTR

Solamente uno de los marcos de lectura es el correcto para la

traduccin.
Cmo es reconocido este marco por el aparto traduccional?

3
 Los RNAt son las molculas adaptadoras (traductoras) que
decodifican la informacin en el RNAm acarreando al
aminocido correspondiente.
Estructura y Funcin del RNAt
Los RNAt son las molculas adaptadoras (traductoras) que
decodifican la informacin en el RNAm acarreando al
aminocido correspondiente.

Los RNAt se sintetizan como precursores que son procesados

para generar molculas de 75 a 80 nts de longitud.

Generalmente tienen bases modificadas como:

Ribotimidina Dihidrouridina
Pseudouridina Inosina

Inosina

Funcin de los RNAt

Estructura Secundaria RNAt + Aminocido -- Aminoacil RNAt

del RNAt La reaccin ocurre en dos etapas:
1. Activacin del aminocido: Formacin del aminoacil adenilato

Asa D Brazo D Aminocido + ATP Aminocido-AMP + PPi

* El brazo variable (3- 21
nts) puede formar un tallo de
hasta 7 pb.
Brazo T. Tallo de 4-5 pb R

*
Se forma el aminoacil adenilato que tiene un enlace de alta energa.
La hidrlisis del pirofosfato inorgnico que se produce genera energa
para la reaccin.

4
 2. Formacin del aminoacil-RNAt Aminoacil RNAt sintetasas
A pesar de que catalizan la misma reaccin, estas enzimas
Aminoacil adenilato + RNAt Aminoacil-RNAt pueden ser muy diferentes.
+ AMP Algunas son monmeros, dmeros y tetrmeros.

La misma enzima
realiza los dos pasos
de la reaccin.
Tiene sitios de unin
para:
el aminocido
ATP
RNAt
El aminocido se une al extremo 3-OH
del RNAt. En el brazo aceptor.

El codn del RNAm es reconocido por la secuencia

Aminoacil RNAt anticodn del RNAt
sintetasas.
Reconocen secuencias en la
regin interna del RNAt.

Tienen muy alta especificidad

pues distinguen entre 40 RNAt
que tienen una estructura similar,
solamente con algunos cambios
en la secuencia de bases.

Reconocen elementos de
identidad en el RNAt que
incluyen:
Regin anticodn 5 C G C 3

Pares de bases en el tallo RNAm

aceptor. La interaccin ocurre por apareamiento de bases complementarias.
Las dos molculas de RNA son antiparalelas.

5
Hiptesis del bamboleo (wobble) Hiptesis del bamboleo (wobble)
Debido a que el cdigo gentico es redundante: La inosina es
Algunos aminocidos estn determinados por 6 codones una purina
que forma
Algunos aminocidos estn determinados por 4 codones
interacciones
Algunos aminocidos estn determinados por 3 codones dbiles con
C, U, A
Algunos aminocidos estn determinados por 2 codones

Algunos codones que determinan al mismo aminocido son

reconocidos por el mismo RNAt

Esto implica que hay I/U

apareamientos de bases tipo 5 C G C 3
Watson-Crick para las dos RNAm
primeras posiciones del codn,
pero no para la tercera.
Muchos RNAt tienen inosina en la posicin 5 del anticodn

Estructura de los Ribosomas

La sntesis de protenas se lleva a cabo en los
ribosomas Subunidad Pequea 30S Subunidad Grande 50S

2.76 x 106 Da
Lectura de los codones Polimerizacin de
El ribosoma procarionte se puede disociar en dos subunidades. Aminocidos
Cada una de stas se compone de RNAr y muchas protenas
21 protenas + RNAr 16S 31 protenas + RNAr 23S y 5S

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 El codn que marca el inicio de la traduccin es AUG que codifica
Sitio de unin al ribosoma para el aminocido metionina
En los RNAm procariontes hay una secuencia altamente
conservada que est entre 8 y 13 nts del codn de inicio.
5- UTR
Esta secuencia es rica en purinas y el consenso es:
5

5-AGGAGGU-3
En procariontes, el codn de En eucariontes, el codn de
Esta secuencia se aparea por interacciones de puentes de inicio AUG codifica para inicio AUG codifica para
formil metionina: metionina:
hidrgeno con la secuencia 3-UCCUCCA-5 que se encuentra
en el RNAr 16S de la subunidad pequea del ribosoma.

Se llama Secuencia de Shine-Dalgarno o sitio de unin al

ribosoma. Sirve para posicionar de manera correcta al RNAm
en el ribosoma con respecto al codn de incio.

Formacin del complejo de

Formacin del complejo de iniciacin Iniciacin.

Ensamblaje del ribosoma en el RNAm Los factores IF1 e IF3 se unen a la

subunidad 30S del ribosoma y previenen
Se requiere de: la unin de la subunidad 50S
Subunidad pequea del ribosoma
En procariontes, el
Subunidad grande del ribosoma codn de inicio es
RNAm reconocido por un RNAt
aminoacil-RNAt que
Aminoacil-RNAt (formil-Met) acarrea formil-Met
Factores de iniciacin (IF)
IF1 e IF3 => se unen a la subunidad 30S y
previenen la unin de 50S en ausencia de El grupo formilo se aade despus de la carga del RNAt, por una
RNAm enzima (transformilasa) que usa formiltetrahidrofolato.
IF2-GTP ayudan a la unin del aminoacil-RNAt
de iniciacin Solamente el RNAtf-Met se usa para formar el complejo de iniciacin.
Todos los dems aminoacil-RNAt requieren que el ribosoma est
completamente ensamblado.

7
Formacin del complejo
de Iniciacin. Fase de elongacin
Factores de elongacin EF
EF-Tu / EF-Ts/ EF-G
Aminoacil-RNAt del resto de los aminocidos.
La unin de AA-RNAt(fMet) al codn de
inicio es un proceso dependiente de la GTP
hidrlisis de GTP. El IF2 se une a GTP
acompaa al AA-RNAtf-Met
Complejo de Iniciacin

La fase de elongacin se divide en tres etapas

Al disociarse IF1, se une la subunidad Ocupacin del sitio aminoacil
50S del ribosoma. Formacin del enlace peptdico
Queda formado el complejo de iniciacin.
Translocacin

En el ribosoma se pueden distinguir tres sitios E, P y A, de los FASE DE ELONGACION

cuales el sitio P y A pueden ser ocupados por AA-RNAt Ocupacin del sitio Aminoacil por el siguiente AA-RNAt

Sitio P (Peptidil) del

ribosoma

EF-Tu GTP

GDP
5' 3'
Sitio A (Aminoacil) del
ribosoma P A EF-Ts
Sitio A (Aminoacil) EF-Ts regenera el GTP
Sitio P (Peptidil)
El AA-RNAtf-Met ocupa el sitio Peptidil en el ribosoma.

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FASE DE ELONGACION Mecanismo de Formacin del Enlace Peptdico
Formacin del enlace peptdico

El grupo amino del AA-RNAt El grupo amino del AA-RNAt del sitio A est bien posicionado
del sitio A est bien para atacar el enlace ster entre el RNAt que ocupa el sitio P el
posicionado para atacar el aminocido que acarrea.
enlace ster entre el RNAt
que ocupa el sitio P y el
aminocido.

5' 3'

P A

Mecanismo de Formacin del Enlace Peptdico Mecanismo de Formacin del Enlace Peptdico

El intermediario se cierra para

Se forma un intermediario formar el enlace peptdico y liberar
tetradrico que es estabilizado al RNAt que est ocupando el sitio P
por la peptidil transferasa.

Intermediario tetradrico

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 La actividad de peptidil
transferasa se encuentra en
el RNA ribosomal 23S con
participacin de algunas
protenas de la subunidad
grande del ribosoma.

El centro cataltico
responsable de la
5' 3'
actividad de la peptidil
A transferasa se
P encuentra altamente
conservado
filogenticamente.
El sitio P queda vaco.

Elongacin Elongacin
Translocacin

Translocacin

EF-G
EF-G

5' 3'
5' 3'
P A
P A
El RNAt que acarrea a la cadena polipeptdica creciente ahora ocupa el
La translocacin es mediada por el factor EF-G, guado por la sitio P. El sitio A queda desocupado para el siguiente AA-RNAt segn el
hidrlisis de GTP codn que est posicionado en el sitio A.

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Terminacin. El ribosoma llega al codn de trmino del
marco de lectura del RNAm El mecanismo que se ha propuesto para la liberacin se basa en la
semejanza estructural entre un AA-RNAt y los factores de liberacin.

Ruptura del enlace El factor de liberacin se une al sitio A del ribosoma y acarrea una
Factor de liberacin o de molcula de agua a la regin de elongacin de la cadena
ster terminacin (RF) polipeptdica.

Los codones UAA, UAG y UGA H

no son reconocidos por ningn UAA (codn de trmino) O
RNAt H
STOP La actividad de peptidil transferasa emplea
esa molcula de agua para romper el enlace
RF1=> UAA y UAG / RF2 => UAA y UGA ster y liberar al polipptido.

Polisomas. Un solo RNAm puede ser traducido por varios Varios inhibidores de la sntesis de protenas se han usado como
ribosomas de manera simultnea. antibiticos:

ANTIBITICO ACCIN

Estreptomicina Inhibe la iniciacin y causa una lectura incorrecta

del RNAm (Procariontes)
Tetraciclina Se une a la subunidad 30S del ribosoma e inhibe
la unin del aminoacil-RNAt (Procariontes)
Cloramfenicol Inhibe a la peptidil transferasa (Procariontes)
Eritromicina Se une a la subunidad 50S e inhibe la
translocacin (Procariontes)
Puromicina Causa terminacin prematura de la traduccin.
Acta como anlogo estructural del aminoacil-
RNAt
Cicloheximida Inhibe a la peptidil transferasa (Eucariontes)

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Traduccin en Eucariontes.
La principal diferencia en la traduccin entre procariontes y
eucariontes radica en la fase de iniciacin.

Los ribosomas en
Los RNAm eucariontes carecen de una secuencia consenso de
eucariontes son ms
unin al ribosoma (Shine-Dalgarno).
grandes y estn
formados por un nmero
mayor de protenas que
Hiptesis del scanning o barrido.
los ribosomas
procariontes. La subunidad 40S del ribosoma se une al extremo 5 del RNAm
y hace un barrido hasta encontrar el codn AUG. La subunidad
40S
Este codn se debe encontrar en el contexto correcto que es:

5-CCRCCAUGG-3

En eucariontes hay varios factores de iniciacin que se pueden El proceso de elongacin es similar a los procariontes y la
clasificar por su funcin: actividad de peptidil transferasa se encuentra en....

eIF6, eIF3, eIF4C que se unen a las subunidades del ribosoma.

El proceso de terminacin es similar al de los procariontes y se
eIF4(A,B,E,F) que se unen a la estructura del cap en el extremo reconocen los mismos codones de trmino:
5 del RNAm
eIF2, eIF2B que acarrean al AA-RNAt iniciador
UAA
UAG
UGA

12
 Transporte de las protenas en la clula. Secrecin de protenas en bacterias.
La localizacin final de una protena en la clula frecuentemente est La protena que se va a secretar
determinada por alguna secuencia corta de aminocidos presente en la tiene una secuencia de varios
protena. aminocidos en N-terminal que
funciona como seal.
En procariontes, los destinos
posibles de una protena: La protena SecB se une a la
protena recien sintetizada y
Secretada hacia el previene que se pliegue y
adquiera su estructura terciaria.
exterior de la clula
Las protenas SecY y SecE son
Membrana plasmtica protenas transmembranales que
forman un poro mediante el cual
Citosol
es transportada la protena que es
secretada.
Las bacterias Gram- Es un proceso dependiente de la
tienen varios sistemas hidrlisis de ATP
de secreccin.
La protena se pliega y el pptido
seal es procesado por una
proteasa.

En eucariontes, las protenas pueden tener varios destinos:

Transporte de protenas al ncleo.
Ncleo, mitocondria, peroxisomas, cloroplastos, retculo
endoplsmico, aparato de Golgi, lisosomas.
Protenas del metabolismo del
Las protenas contienen ciertas secuencias de aminocidos que
DNA y RNA requieren estar en el
son reconocidas por receptores en el organelo blanco o por otras
ncleo. Tambin las histonas y
protenas que las transportan.
otras protenas que se unen a la
cromatina.
Hay dos mecanismos generales:
El transporte de protenas hacia
Direccionamiento post-traduccional: ncleo, mitocondria, adentro del ncleo ocurre por los
cloroplasto peroxisoma. poros nucleares donde hay
Direccionamiento co-traduccional: retculo endoplsmico, aparato protenas que reconocen la
de Golgi, lisosomas, membrana plasmtica, secrecin. secuencia de localizacin nuclear
(NLS) en la protena que se va a
internalizar. Esta NLS es una
secuencia rica en aminocidos
bsicos. -PKKKRLV-

Hay protenas que carecen del NLS pero son cotransportadas al ncleo
junto con otra protena.

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 Degradacin y reciclaje de protenas.
Direccionamiento cotraduccional. La va secretora.
Las protenas tienen una vida media determinada por lo que son
hidrolizadas por varias vas.
1. La protena entra al RE conforme es Protenas oxidadas
sintetizada en el ribosoma.
Protenas mal plegadas
2. Las protena sale del RE en una Protenas que forman agregados
vescula
Protenas de sealizacin o regulatorias
3. Las protena viaja a travs de la
cisterna del aparato de Golgi
Degradacin de protenas por va lisosomal que contienen
muchas proteasas.
4. La protena entra en una vescula
secretora que se fusiona a la membrana
plasmtica.

5. Las protena es secretada.

Degradacin y reciclaje de protenas. Degradacin y reciclaje de protenas.

Ubiquitinacin. Ubiquitinacin.

La protena marcada
La ubiquitina es una protena de 76 a.a. que se une a protenas con ubiquitina es
que van a ser degradadas. reconocida por
proteasas en el
citosol que la
degradan.
1. Una enzima activadora se une al extremo C-terminal de la ubiquitina
(ATP)
2. La ubiquitina activada es transferida a una segunda enzima que
reconoce a la protena blanco
3. La ubiquitina activada se une covalentemente a residuos de Lys de
la protena blanco.
4. La protena marcada con ubiquitina es reconocida por proteasas en Una enzima activadora se une
el citosol que la degradan. al extremo C-terminal de
la ubiquitina (ATP)
5. Estas proteasas forman un complejo de unas 28 subunidades que La ubiquitinaactivada
tiene un alto P.M. (proteasoma). se une La ubiquitina activada es
covalentemente transferida a una segunda
a residuos de enzima que reconoce a la
Lys de la protena blanco
protena blanco.

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Estas proteasas forman un complejo de unas 28 subunidades que tiene
un alto P.M. (proteasoma)

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