Informtica y LIMS

Qumica computacional en
diseo de frmacos
diversa tanto en su contribu-
cin energtica como en su
Prcticamente la totalidad de los procesos biolgicos surgen en ltimo trmi- direccionalidad, incluyendo
no como resultado de la interaccin entre biomolculas. Probablemente cabe entre otras puentes salinos,
atribuir esta afirmacin a Emil Fischer, quien hace ms de 100 aos describi puentes de hidrgeno, interac-
ciones dipolo-dipolo o de van
el reconocimiento molecular como un evento similar al encaje entre una llave
der Waals. En segundo lugar, la
y su correspondiente cerradura1. afinidad est afectada por la de-
solvatacin de ligando y recep-
tor en el proceso de formacin
del complejo. En tercer lugar,
la interaccin puede conllevar
R. Pouplana, X. Barril (a) y F. J. impona una seria limitacin Ms recientemente, la qumi- cambios estructurales tanto en
Luque en la diversidad qumica que ca computacional se ha exten- el ligando como en el receptor.
Departamento de Fisicoqumica e poda ser explorada dentro del dido al diseo de compuestos Finalmente, otro factor a con-
Instituto de Biomedicina, Facultad universo qumico. Por ello, el que presenten no slo una ele- siderar es el cambio entrpico
de Farmacia, Universidad de resultado final dependa enor- vada afinidad por su receptor, traslacional y rotacional aso-
Barcelona y Red de Referencia en memente de la eleccin de los sino tambin una optimizacin ciado a la formacin del com-
Qumica Terica y Computacional compuestos ensayados. Estas de sus propiedades farmacoci- plejo, as como a la prdida de
(a)
ICREA limitaciones han sido mitigadas nticas (ADMET), que asegu- flexibilidad conformacional
gracias al desarrollo de la qu- ran un balance en la absorcin, intramolecular. Estos ltimos
Esta idea contiene en mica combinatoria, as como distribucin y metabolismo del tres factores tienen un impacto
esencia la base molecular de la a sistemas robotizados capaces frmaco, junto a su excrecin negativo sobre la afinidad, que
accin de un frmaco. Com- de efectuar un ensayo biolgico y toxicidad. Aunque las herra- debe ser compensado con la
prender los determinantes mo- a escala masiva. En los ltimos mientas de la qumica compu- contribucin positiva debida a
leculares que modulan el reco- aos, el diseo de frmacos se tacional estn hoy da sujetas a la energa de interaccin entre
nocimiento entre un pequeo ha beneficiado dramticamen- una constante revisin, benefi- ligando y receptor.
compuesto (ligando) y su diana te del desarrollo de la qumica cindose adems de los avances El xito del diseo de frma-
biolgica macromolecular (re- computacional. A partir de un en la potencia de clculo, existe cos reside en la optimizacin
ceptor), generalmente proteica, modelo hipottico acerca del un notable nmero de casos del balance entre dichos facto-
es absolutamente necesario de mecanismo de accin frente a que ilustran claramente su im- res. Ello conlleva la concepcin
cara a determinar las caracte- una diana determinada (Figura pacto en el desarrollo de nue- de una estructura qumica con
rsticas geomtricas y de reac- 1), la qumica computacional vos frmacos2. una distribucin espacial de
tividad qumica que modulan permite identificar y optimizar grupos funcionales que maxi-
no slo la afinidad entre ligan- compuestos de elevada afinidad Reconocimiento entre ligando mice la complementariedad
do y receptor, sino tambin la como potenciales candidatos a y receptor entre ligando y receptor. As,
selectividad y especificidad frmacos frente a dicha diana. La afinidad entre ligando y pues, cabe establecer una rela-
de dicha interaccin. A su receptor refleja el ba- cin subyacente entre la activi-
vez, ello es fundamental de lance existente entre dad biolgica de un compuesto
cara a poder establecer una bsicamente cuatro fac- dado con el grado de comple-
relacin entre la estructura tores. En primer lugar, mentariedad existente entre su
molecular del ligando y su la afinidad depende del estructura qumica y el recep-
efecto biolgico. conjunto de interaccio- tor. De esta forma, se utiliza el
Durante mucho tiempo nes establecidas entre concepto de farmacforo para
el descubrimiento de fr- los grupos qumicos designar el conjunto de requi-
macos ha sido un ejercicio presentes en el ligando sitos geomtricos y qumicos
de ensayo y error basado con los residuos del re- esenciales que debe presentar
en el screening de com- ceptor. Dichas interac- un compuesto para poder inte-
puestos en ensayos biol- Figura 1. Representacin esquemtica de las etapas involucradas en el ciones comprenden una raccionar de forma efectiva con
gicos. Ello necesariamente descubrimiento y desarrollo de frmacos gama de contribuciones su diana macromolecular.

28 lifescienceslab mar-abr
Diseo basado en ligando
El escenario de la qumica
computacional en diseo de
frmacos est determinado
principalmente por la disponi-
bilidad de informacin acerca
de la estructura tridimensional
del receptor. En ausencia de
sta, la aproximacin racional
al diseo de frmacos debe lle-
varse a cabo mediante tcnicas
basadas en ligando. La premisa
fundamental de estos mtodos
es que una propiedad macros-
cpica como la afinidad entre
ligando y receptor est asociada
en ltimo trmino a la natura-
leza, distribucin espacial y ca-
ractersticas qumicas presentes
en la estructura molecular del
ligando, que deben maximizar
la complementariedad con los
residuos que definen el centro
de unin del receptor. Por ello,
el objetivo principal consiste
en establecer una hiptesis de
farmacforo en base a la com-
paracin entre las diferencias
de actividad biolgica para una
serie de compuestos que ac-
tan sobre la misma diana y las
diferencias estructurales entre
dichos ligandos.
En este contexto, la relacio-
nes estructura-actividad cuan-
titativas (QSAR), establecidas
de forma sistemtica en la d-
cada de los 60, persiguen iden-
tificar la relacin existente en-
tre la actividad biolgica y las
caractersticas qumicas espec-
ficas presentes en la estructura
de ligandos que interaccionan
en el mismo centro de unin
del receptor. Tradicionalmen-
te, los mtodos QSAR utilizan
una combinacin de descripto-
res que reflejan las propiedades
electrostticas, estricas e hi-
drofbicas de los grupos qu-
micos presenten en el ligando.
De esta forma, dos compuestos
cuya estructura qumica sea
altamente similar, y por tanto
su forma y volumen, as como
su polaridad y lipofilia, sean si-
milares, deben dar lugar a res-
puestas biolgicas parecidas.
La versin actual de dicha
metodologa se conoce como
tcnicas 3D-QSAR, que utili-
zan como propiedades las me-
didas directas de campos mo-
leculares en regiones concretas
del espacio tridimensional que
rodea al ligando con objeto de
explicar la actividad biolgica.
Sin duda alguna, la metodolo-
ga 3D-QSAR ms extendida es
COMFA/COMSIA3,4, que pue-
de considerarse como una de
las piedras angulares del diseo
de frmacos basado en ligando.
Al igual que los mtodos QSAR
tradicionales, las tcnicas 3D-
QSAR permiten expresar dicha
relacin mediante una ecua-
cin matemtica. No obstante,
la principal ventaja consiste
en la posibilidad de poder vi-
sualizar grficamente aqullas
regiones del espacio donde las
caractersticas electrostticas,
estricas e hidrofbicas tienen
una particular relevancia en
la modulacin de la actividad
biolgica (Figura 2).
Por otra parte, mientras que
las tcnicas QSAR estn limi- Figura 2. Representacin farmacofrica en ciclooxigenasa 2 humana ilustrada mediante la interaccin con
2,4,6-trimetilfenol. (los contornos en amarillo y rojo corresponden a campos hidrofbico y electrosttico5).
tadas a series estructuralmente
similares de ligandos, las tc-
nicas 3D-QSAR permiten la
comparacin de compuestos receptor abre la posibilidad de adoptar el ligando, y finalmen-
con estructuras qumicas di- examinar la introduccin de te estimar la afinidad de unin
versas. cambios estructurales en el li- con el receptor.
gando con objeto de optimizar La bondad de los resultados
Docking y screening virtual su afinidad, hasta alcanzar va- de docking es actualmente li-
Cuando la estructura de la dia- lores en el rango nM. mitada y ello cabe atribuirlo
na es conocida, usualmente a La posibilidad de identificar a diversos factores. Sin duda,
partir de estudios de cristalo- hits est ntimamente asocia- uno de los aspectos ms crti-
grafa de rayos X, por resonan- da al desarrollo de tcnicas de cos es la dificultad de explorar
cia magntica nuclear (RMN) o docking, que permiten lleva a de forma completa los cambios
bien por tcnicas bioinformti- cabo el filtrado (screening) vir- conformacionales que puedan
cas como prediccin de estruc- tual de libreras de compuestos ocurrir no slo en el ligando,
tura basada en homologa de con la finalidad de seleccionar sino tambin en el receptor,
secuencia, la informacin acer- aquellos ligandos capaces de tanto en las cadenas laterales
ca de la estructura atmica del posicionarse de forma ptima de los residuos como especial-
centro de unin permite plan- en el centro de unin, as como mente en cambios que afecten
tear nuevas aproximaciones de poder establecer una pun- a la disposicin del esqueleto
al diseo de frmacos. As, en tuacin para su potencial afini- peptdico. Por otra parte, las
primer lugar cabe plantearse la dad (Figura 3). funciones de puntuacin de-
posibilidad de identificar com- En la prctica, el docking de ben ser capaces de incluir to-
puestos (hits) que, an teniendo ligandos presenta unos retos dos los factores que modulan
una actividad moderada (por importantes para la qumica la interaccin entre ligando y
ejemplo, una concentracin computacional, pues obliga a receptor, aunque manteniendo
para inhibicin del 50% del realizar una exploracin ex- una expresin computacional
orden 10 M), aporten una haustiva del espacio confor- que permita la exploracin de
estructura qumica novedosa macional de ligando, as como miles de compuestos de forma
no explorada. Por otra parte, discriminar entre los diferentes eficiente, para lo cual suelen
el conocimiento estructural del modos de unin que pueda recurrir a expresiones emp-
lifescienceslab mar-abr 29
 Informtica y LIMS
ricas ajustadas mediante una
parametrizacin basada en
complejos ligando-receptor co-
nocidos. Finalmente, no existe
actualmente un algoritmo efi-
ciente para determinar el papel
de aguas estructurales a la hora
de mediar el reconocimiento
entre ligando y receptor.
Ciertamente, en los ltimos
aos se han producido avances
importantes en la resolucin
de dichas dificultades, como
el uso de funciones de puntua-
cin consenso, la re-evaluacin
a posteriori de las afinidades de
ligandos mediante tcnicas o
la exploracin conformacional
mediante dinmica molecular
acelerada o metadinmica6.
A pesar de dichos avances, no
existe actualmente una res-
puesta unvoca a la pregunta
acerca del mejor programa de
docking. De hecho, es conve-
niente y necesario dedicar cier-
to esfuerzo en determinar la
bondad de diversos programas
de docking a la diana objeto de
inters, calibrando por ejem-
plo la capacidad de identificar
el modo de unin de ligandos
observado en estructuras re-
sueltas de complejos ligando-
receptor.
Diseo basado en estructura
del receptor
La disponibilidad de estruc-
turas de complejo ligando-
receptor es extremadamente
til, pues ello proporciona
30 lifescienceslab mar-abr
informacin detallada acerca
de las interacciones especficas
que guan el reconocimiento
y la unin del ligando, y abre
la puerta a la exploracin del
efecto de modificaciones en su
estructura sobre la afinidad de
unin, lo cual es de especial re-
levancia en la optimizacin del
ligando (lead optimization).
Ello es factible mediante estu-
dios avanzados de la unin li-
gando-receptor, que combinan
el uso de campos de fuerza cl-
sicos junto a metodologas que
permiten el muestreo exhaus-
tivo de los grados de libertad
del complejo, incluyendo una
representacin detallada del
entorno acuoso formado por
miles de aguas de solvatacin
y en determinadas condiciones
de fuerza inica7.
Entre dichas tcnicas cabe
destacar la perturbacin de
energa libre y la integracin
termodinmica, que represen-
tan la nueva alquimia compu-
tacional, pues permiten explo-
rar in silico la mutacin de un
compuesto determinado en
otro gracias al uso de ciclos ter-
modinmicos (Figura 4).
La mutacin se lleva a cabo
mediante el uso de un parme-
tro de acoplamiento, que per-
mite simular la conversin en-
tre dichos compuestos gracias
a la variacin progresiva tanto
en sus caractersticas geom-
tricas, as como de los respecti-
vos parmetros recogidos en el
campo de fuerza. Ello permite,
pues, explorar el impacto que
tiene la conversin, por ejem-
plo, entre sustituyentes o gru-
pos funcionales presentes en
ambos compuestos en su afi-
nidad relativa frente a la diana
macromolecular.
Tanto la perturbacin de
energa libre como la integra-
cin termodinmica represen-
tan las tcnicas ms poderosas
de cara a diferencias en afini-
dad con una precisin de 1
kcal/mol. Su mayor limitacin,
sin embargo, es el elevado coste
computacional que conllevan,
pues segn el tamao del sis-
tema, la naturaleza de la muta-
cin qumica entre compuestos
y la potencia de clculo puede
representar varios das por cada
ligando. Por ello, gran parte del
esfuerzo realizado en estos lti-
mos aos se ha centrado al de-
sarrollo de metodologas alter-
nativas que permitan reducir
de forma significativa el coste
computacional sin que ello su-
ponga una prdida drstica en
la capacidad para predecir las
diferencias de afinidad entre li-
gando. Probablemente, las tc-
nicas ms exploradas en la ac-
tualidad son los mtodos MM/
PBSA (o MM/GBSA), donde
se combina una descripcin
discreta del complejo ligando-
receptor con un tratamiento
simplificado del solvente basa-
Figura 3. Representacin ilustrativa de los mltiples
modos de unin de un ligando a un receptor (izquier-
da). Cada solucin obtiene una puntuacin y aqulla
mejor valorada se propone como modo de unin
real. A la derecha se compara la solucin propuesta
por docking (verde) con la orientacin observada
experimentalmente (azul).
do en un modelo continuo7,8.
Prediccin de propiedades
ADMET
Si bien la afinidad entre ligando
y receptor es una de las carac-
tersticas ms importantes en
el desarrollo de un frmaco,
existe una progresiva concien-
cia acerca de la necesidad de
evaluar a priori las propiedades
farmacocinticas, con el fin de
excluir aquellos compuestos
que puedan tener problema de
biodisponibilidad, una meta-
bolizacin inadecuada o bien
dar lugar a problemas de toxi-
cidad. En este sentido, la posi-
bilidad de disponer de filtros
adecuados que permitan foca-
lizar el esfuerzo exclusivamen-
te en compuestos con buenas
cualidades tipo frmaco es de
vital importancia de cara a re-
ducir el enorme coste asociado
al desarrollo de un nuevo me-
dicamento.
Gran parte de esta preocu-
pacin cabe atribuirla a los
estudios de Lipinski9, quien
sugiri un conjunto de reglas
empricas que deba reunir un
compuesto para ser conside-
rado como drug-like, tales
como una masa molecular
inferior a 500, un coeficiente
de particin-agua inferior a 5,
un nmero de grupos dadores
inferior a 5, y un nmero de
grupos aceptores de puente de
hidrgeno inferior a 10. El im-
pacto de estos estudios ha sido
tan grande que ha motivado su
extensin a otras propiedades,
como la capacidad de frmacos
que deben actuar en el sistema
nervioso central para atravesar
la barrera sangre-cerebro.
La identificacin de las posi-
bles biotransformaciones me-
tablicas que puede sufrir un
 naturaleza como receptores de ms posibilidades para el desa-
membrana, como es el caso de rrollo de tratamientos terapu-
receptores acoplados a protena ticos innovadores.
G, o bien identificando posibles
estados conformacionales en 1
F ischer, E. Ber. Dtsch. Chem. Ges. 1894, 27,
el caso de receptores flexibles. 2985.
Por otra parte, un rea de par- 2
Gohlke, H.; Klebe, G. Angew. Chem. Int. Ed. 2002,
41, 2644.
ticular relevancia es la elucida- 3
Cramer, R. D., III; Patterson, D. E.; Bunce, J. D. J.
cin de aquellas reas del re- Am. Chem. Soc. 1988, 110, 5959.
ceptor, como centro catalticos 4
Klebe, G.; Abraham, U.; Mietzner, T. J. Med.
o alostricos, susceptibles de Chem. 1994, 37, 4130.
acomodar pequeos ligandos Ruiz, J.; Pouplana, R. QSAR 2002, 21, 605.
5

Figura 4. Ciclo termodinmico usado para calcular el efecto de una sustitucin sobre la energa libre de unin
ligando-receptor.
frmaco es relevante de cara
comprender su eficacia farma-
colgica. Por ello, se est dedi-
cando un notable esfuerzo en la
prediccin de los procesos me-
tablicos que puede sufrir un
candidato a frmaco en la fase
de descubrimiento, y en base
nalmente, la incorporacin de
relativamente grandes, tales
como quinasas, proteasas o
receptores nucleares. En estos
casos, es posible plantear un
screening inverso con objeto de
determinar la capacidad de un
ligando de interaccionar con
diversos posibles receptores12.
con elevada afinidad14, pues
ello permitir evaluar la capa-
cidad de dicha diana de poder
tener un efecto teraputico
destacado en el tratamiento de
una determinada patologa. Fi-
9
informacin relativa a grandes
complejos multimricos inte-
grados en rutas de sealizacin
o redes de regulacin conduci-
r a un conocimiento detallado
de la respuesta biolgica de un
frmaco15. Sin duda, ello facili-
tar una comprensin mucho 14
ms completa y detallada de la
accin y eficacia teraputica de 15
un frmaco, y abrir muchas
6
In silico Screening. Luque, F. J.; Barril, X. En Pro-
tein Surface Recognition: Approaches for Drug
Discovery (Giralt, E.; Peczuh, M.; Salvatella, X.;
eds.) John Wiley & Sons. 2008.
7
Orozco, M.; Luque, F. J. Chem. Rev. 2000, 100,
4187.
8
Stoica, I.; Sadiq, S. K.; Coveney, P. V. J. Am. Chem.
Soc. 2008, 130, 2639.
Lipinski, C. A. Adv. Drug. Deliv. Rev. 1997, 23, 3.
10
Cruciani, G.; Carosati, E.; De Boeck, B.; Ethiraju-
lu, K.; Mackie, C.; Howe, T.; Vianello, R. J. Med.
Chem. 2005, 48, 6970.
11
Merlot, C. Curr. Opin. Drug. Discov. Devel. 2008,
11, 80.
12
Aumann, T.; Matter, H. J. Med. Chem. 2002, 45,
2366.
13
Overington, J. P.; Al-Lazikani,B.; Hopkins, A. L.
Nat. Rev. Drug. Disc. 2006, 5, 993.
Seco, J.; Luque F. J.; Barril, X. J. Med. Chem.
2009, en prensa.
Aloy, P.; Russell, R. B. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol.
2006, 7, 188.

a dicha informacin decidir si

dicho compuesto debe ser eli-
minado o bien si es necesario
modificar su estructura para
incrementar su estabilidad qu-
mica. Un ejemplo de dicho es-
fuerzo es el programa MetaSite,
que permite explorar en base a
la estructura del ligando posi-
bles modificaciones metabli-
cas asociadas a su interaccin
con citocromos 10.
La prediccin de la toxicidad
de un compuesto es particular-
mente delicada, pues los efectos
txicos dependen en gran me-
dida de diversos factores, como
el rgano donde se encuentra
la diana teraputica y del tiem-
po considerado11. No obstante,
entre las reas exploradas cabe
mencionar la posible aparicin
de efectos txicos debido a la
falta de selectividad del ligan-
do, por cuanto ello permite su
interaccin con dianas diferen-
tes de aqulla para la cual fue
diseado. Ello es especialmente
relevante en dianas que perte-
necen a familias de protenas
Perspectivas futuras
Si bien la evolucin de la qu-
mica computacional en las l-
timas dcadas ha considerado
tanto aspectos farmacodin-
micos como farmacocinticas,
no hay duda de que una de los
campos de aplicacin futura
ser la validacin de posibles
dianas teraputicas. Aunque
existe incertidumbre acerca
del nmero de nuevas dianas
que podrn ser propuestas en
bases a los estudios de genmi-
ca y protemica, cabe esperar
que se identifiquen un nmero
elevado de posibles dianas, que
a su vez debern ser validadas
de cara a su uso en el diseo de
estrategias teraputicas13. En
este punto, la qumica compu-
tacional puede contribuir en
diversas facetas. Una de ellas
comprende la prediccin y refi-
nado estructural de las dianas,
lo cual es especialmente impor-
tante en aquellos casos donde
la elucidacin estructural es
problemtica, bien debido a su
Fe de Erratas:
Artculo Lipoxigenasa y glutamato racemasa: dos dianas
teraputicas, editado en el nmero 2 de Life Sciences Lab:
Por un error tipogrfico, los siguientes superndices no aparecieron
correctamente:
Prrafo inicial: ...la velocidad de una reaccin entre 107 y 1012 veces,
llegando incluso en algunos casos a factores de 1019?
Pg. 30.2 columna. ...esta molcula presenta ms de 107
conformaciones...
Sobre la Autora:
Angels Gonzlez-Lafont naci en Barcelona en 1961. Estudi en la Universitat
Autnoma de Barcelona, donde recibi su Licenciatura en Qumica en 1984
y el Doctorado en Qumica en 1989. Realiz una estancia Post Doctoral con
una beca Fullbright en la University of Minnesota (USA) bajo la supervisin del
Prof. D. G. Truhlar. En diciembre de 1992 consigui una plaza permanente de
Profesor Titular en el Departamento de Qumica de la Universitat Autnoma
de Barcelona. Hasta el da de hoy ha publicado ms de 100 artculos en
revistas de alto nivel y ha supervisado 8 tesis doctorales en qumica terica.
Su investigacin est centrada en el estudio terico de los mecanismos
involucrados tanto en procesos atmosfricos como en reacciones de
catlisis enzimtica. El estudio de estos mecanismos va desde los aspectos
puramente electrnico-estructurales hasta la inclusin de la contribucin
dinmica de los ncleos. El clculo terico de las constantes de velocidad
de estos procesos en funcin de la temperatura y/o la presin, se hace
mediante el uso de la Teora Variacional del Estado de Transicin y la inclusin
del efecto tnel juntamente con la resolucin de la Master Equation

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