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El nitrgeno en forma de amonio puede ser absorbido sobre las superficies de las
partculas de arcilla en el suelo. El ion de amonio tiene una carga positiva y
molecular normalmente se lleva a cabo por los coloides del suelo de carga negativa.
Este proceso se denomina a veces la fijacin de micelas (vase la Figura 1).
Amonio se libera de los coloides por medio de intercambio de cationes. Cuando se
libera, la mayora del amonio es a menudo alterada qumicamente por un tipo
especfico de bacterias auttrofas (bacterias que pertenecen al gnero
Nitrosomonas) en nitrito (NO2). La modificacin adicional por otro tipo de
bacterias (que pertenecen al gnero Nitrobacter) convierte el nitrito a nitrato (NO3-
). Ambos procesos implican la oxidacin qumica y se conocen colectivamente
como la nitrificacin. A diferencia de amonio, nitrato est cargado negativamente
y por lo tanto no absorbe sobre la superficie de la arcilla netatively cargada. En
consecuencia, ntriate es muy mvil en el suelo y es fcilmente mediante
lixiviacin. Parte de este nitrato lixiviado fluye a travs del sistema hidrolgico
hasta que alcance los ocanos donde puede ser devuelto a la atmsfera por
desnitrificacin. La desnitrificacin es tambin comn en suelos anaerobios y se
lleva a cabo por las bacterias hetertrofas. El proceso de desnitrificacin implica
la reduccin metablica de nitrato (NO3-) en nitrgeno (N2) u xido nitroso (N2O)
de gas. Ambos de estos gases se difunden en la atmsfera, eliminando as el
nitrgeno del suelo, lo que representa el nombre, la desnitrificacin.