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Durante los ltimos 20 aos se ha determinado que muchas protenas de diverso origen con una funcin
similar, tambin tienen secuencias similares de los aminocidos. As, existen las secuencias
correspondientes del DNA que son similares aunque la protena bajo anlisis ocurre en diversas
especies tales como ratones y seres humanos. As pues, se han buscado diferencias y semejanzas en el
nivel del DNA entre un ratn y un ser humano para muchas secuencias similares.
Desde el principio de los aos 90, muchos laboratorios han estado analizando el genoma completo de
varias especies tales como bacterias, levaduras, ratones y seres humanos. Durante estos esfuerzos de
colaboracin, se han generado cantidades enormes de datos los cuales se recogen y se almacenan en
grandes bases de datos, la mayora de las cuales son publicadas y accesibles.
Adems de recopilar todos estos datos, es necesario comparar estas secuencias de nucletidos o de
aminocidos a las semejanzas y a las diferencias de cada hallazgo. Puesto que no es muy conveniente
comparar las secuencias de varios (cientos) nucletidos o aminocidos de manera manual, varias
tcnicas de cmputo fueron desarrolladas para solucionar este problema. Adems, stos tienen menos
errores que un acercamiento de manera manual. El uso de tcnicas de cmputo para analizar datos
biolgicos se refiere como Biocomputing o Biocomputacin.
Con el incremento en complejidad y capacidad tanto de las computadoras como de las tcnicas de
investigacin, se necesitan "puentes" humanos que puedan entender ambas disciplinas y sean capaces
de comunicarse con los expertos de los dos campos.
Histricamente, el uso de los ordenadores para resolver cuestiones biolgicas comenz con el
desarrollo de algoritmos y su aplicacin en el entendimiento de las interacciones de los procesos
biolgicos y las relaciones filogenticas entre diversos organismos. El incremento exponencial en la
cantidad de secuencias disponibles, as como la complejidad de las tcnicas que emplean los
ordenadores para la adquisicin y anlisis de datos, han servido para la expansin de la bioinformtica.
Qu es bioinformtica?
Bioinformtica es una disciplina cientfica emergente que utiliza tecnologa de la informacin para
organizar, analizar y distribuir informacin biolgica con la finalidad de responder preguntas complejas
en biologa. Bioinformtica es un rea de investigacin multidisciplinaria, la cual puede ser
ampliamente definida como la interfase entre dos ciencias: Biologa y Computacin y esta impulsada
por la incgnita del genoma humano y la promesa de una nueva era en la cual la investigacin
genmica puede ayudar dramticamente a mejorar la condicin y calidad de vida humana.
Avances en la deteccin y tratamiento de enfermedades y la produccin de alimentos genticamente
modificados son entre otros ejemplos de los beneficios mencionados ms frecuentemente. Involucra la
solucin de problemas complejos usando herramientas de sistemas y computacin. Tambin incluye la
coleccin, organizacin, almacenamiento y recuperacin de la informacin biolgica que se encuentra
en base de datos.
Segn la definicin del Centro Nacional para la Informacin Biotecnolgica "National Center for
Biotechnology Information" (NCBI por sus siglas en Ingls, 2001):
"Bioinformtica es un campo de la ciencia en el cual confluyen varias disciplinas tales como: biologa,
computacin y tecnologa de la informacin. El fin ltimo de este campo es facilitar el descubrimiento
de nuevas ideas biolgicas as como crear perspectivas globales a partir de las cuales se puedan
discernir principios unificadores en biologa. Al comienzo de la "revolucin genmica", el concepto de
bioinformtica se refera slo a la creacin y mantenimiento de base de datos donde se almacena
informacin biolgica, tales como secuencias de nucletidos y aminocidos. El desarrollo de este tipo
de base de datos no solamente significaba el diseo de la misma sino tambin el desarrollo de
interfaces complejas donde los investigadores pudieran acceder los datos existentes y suministrar o
revisar datos
Luego toda esa informacin deba ser combinada para formar una idea lgica de las actividades
celulares normales, de tal manera que los investigadores pudieran estudiar cmo estas actividades se
vean alteradas en estados de una enfermedad. De all viene el surgimiento del campo de la
bioinformtica y ahora el campo ms popular es el anlisis e interpretacin de varios tipos de datos,
incluyendo secuencias de nucletidos y aminocidos, dominios de protenas y estructura de protenas.
El proceso de analizar e interpretar los datos es conocido como biocomputacin. Dentro de la
bioinformtica y la biocomputacin existen otras sub-disciplinas importantes:
El desarrollo e implementacin de herramientas que permitan el acceso, uso y manejo de varios tipos
de informacin
El desarrollo de nuevos algoritmos (frmulas matemticas) y estadsticos con los cuales se pueda
relacionar partes de un conjunto enorme de datos, como por ejemplo mtodos para localizar un gen
dentro de una secuencia, predecir estructura o funcin de protenas y poder agrupar secuencias de
protenas en familias relacionadas."
Se debe distinguir entre tres acepciones en las que se unen la biologa y la informtica, pero con
objetivos y metodologas bien diferenciadas:
Bioinformtica o Biologa Molecular Computacional: investigacin y desarrollo de la infraestructura y
sistemas de informacin y comunicaciones que requiere la biologa molecular y la gentica (Redes y
bases de datos para el genoma, microarrays, ...). (Informtica aplicada a la biologa molecular y la
gentica)
Biologa Computacional: computacin que se aplica al entendimiento de cuestiones biolgicas bsicas,
no necesariamente en el nivel molecular, mediante la modelizacin y simulacin. (ecosistemas,
modelos fisiolgicos). (Informtica y matemticas aplicadas a la biologa)
Biocomputacin: desarrollo y utilizacin de sistemas computacionales basados en modelos y materiales
biolgicos. (Biochips, biosensores, computacin basada en ADN, redes de neuronas, algoritmos
genticos). (Biologa aplicada a la computacin).
Genmica funcional
Con la genmica funcional el objetivo es llenar el hueco existente entre el conocimiento de las
secuencias de un gen y su funcin, para de esta manera desvelar el comportamiento de los sistemas
biolgicos. Se trata de expandir el alcance de la investigacin biolgica desde el estudio de genes
individuales al estudio de todos los genes de una clula al mismo tiempo en un momento determinado.
Protemica
El proteoma se puede definir como el conjunto de las protenas expresadas por un genoma. La
PROTEOMICA es el estudio de proteomas, as como la GENOMICA consiste en el estudio de
genomas. Configura una disciplina fundamental de la era post-genmica que trata de descubrir la
constelacin de protenas que otorgan a las clulas su estructura y funcin.
Distintas tecnologas permiten obtener y comparar "instantneas" de las protenas que se estn
expresando en un momento determinado en una clula (robtica, electroforesis 2D, espectrometra de
masas, chips, bioinformtica).
La Nueva Generacin de Bioinformtica
Se introduce el concepto de Bioinformtica de Segunda Generacin caracterizada por:
En los ltimos aos, la bioinformtica ha trabajado con muchas bases de datos que almacenaban
informacin biolgica a medida que iba apareciendo. Esto no slo ha tenido efectos positivos: muchos
cientficos se quejan de la creciente complejidad que representa encontrar informacin til en este
"laberinto de datos". Para mejorar esta situacin, se desarrollan tcnicas que integran la informacin
dispersa, gestionan bases de datos distribuidas, las seleccionan automticamente, evalan su calidad, y
facilitan su accesibilidad para los investigadores. Se habla de Bioinformtica Integradora. En ella no
deben faltar ayudas para la navegacin por la informacin, que cada vez, con ms nfasis, reside en
Internet y no en bases de datos locales.
Los procesos celulares son gobernados por el repertorio de genes expresados y su patrn de actividad
temporal. Se necesitan herramientas para gestionar informacin gentica en paralelo. Para ello se
emplean nuevas tecnologas para extraccin de conocimiento, minera de datos y visualizacin. Se
aplican tcnicas de descubrimiento de conocimiento a problemas biolgicos como anlisis de datos del
Genoma y Proteoma. La bioinformtica, en este sentido, ofrece la capacidad de comparar y relacionar
la informacin gentica con una finalidad deductiva, siendo capaz de ofrecer unas respuestas que no
parecen obvias a la vista de los resultados de los experimentos. Todas estas tecnologas vienen
justificadas por la necesidad de tratar informacin masiva, no individual, sino desde enfoques celulares
integrados (genmica funcional, protemica, expresin multignica,...). Los sistemas LIMS permiten la
integracin y gestin de los datos de laboratorio.
Bibliografia
http://www.iibce.edu.uy/2000-08/index.html
http://www.ugr.es/~eianez/Biotecnologia/forensetec.htm#3
http://www.ideal.es/waste/genomabiochip.htm
http://barrapunto.com/articles/100/02/10/2317259.shtml
http://www.bioinformacion.net/biochip.htm
http://www.inmuno.org/pdf/basesdedatos.pdf
http://www.seis.es/i_s/i_s19/i_s19l.htm