Transport Elctronique Dans l'ADN

Thse de Thomas HEIM, Lille 1, 2002
UNIVERSIT DES SCIENCES ET TECHNIQUES DE LILLE 1
THSE
prsente en vue de lobtention du titre de
DOCTEUR DE LUNIVERSIT
discipline : Sciences des Matriaux
par Thomas HEIM
Transport lectronique dans lADN
Soutenue le lundi 09 dcembre 2002 devant la commission dexamen
Prsidente du jury : Ghislaine COULON
Rapporteurs : Hlne BOUCHIAT

Jean Philippe BOURGOIN
Examinateur : Jrme CORNIL
Directeur de thse : Dominique VUILLAUME
2003 Tous droits rservs. http://bibliotheques.univ-lille1.fr/grisemine

Remerciements
Cette thse a t prpare au sein de lquipe M.C.M.O. (Matriaux et Composants

Molculaires Organiques) de lI.E.M.N. (Institut dElectronique de Microlectronique et de
Nanotechnologies) sous la direction de Dominique Vuillaume.
Je voudrais tout dabord remercier Dominique Vuillaume qui ma encadr pendant

cette thse et avec qui jai eu la chance de faire mes premiers pas dans le monde de la
recherche scientifique. Jai beaucoup apprci laspect pluridisciplinaire de ce travail
linterface de la biologie et de la physique.
Je suis trs reconnaissant envers Ghislaine Coulon qui ma fait lhonneur de prsider
la commission dexamen, ainsi quenvers Hlne Bouchiat, Jean Philippe Bourgoin et
Jrme Cornil pour leur relecture dtaille de ce manuscrit et lintrt quils ont marqu ce
travail.
Je remercie galement tous les enseignants et/ou chercheurs de lI.E.M.N., de lI.B.L.

(Institut de Biologie de Lille), de lI.S.E.N. (Institut Suprieure dElectronique du Nord), de
lE.N.S. (Ecole Normale Suprieure) de Paris et de Lyon et enfin de lI.G.R. (Institut Gustave
Roussy) qui, par leur sympathie et leur comptence ont contribu au bon droulement de mes
annes de thse, ainsi que tout le personnel administratif et technique qui jai eu affaire et
qui a trs souvent su rpondre rapidement et efficacement toutes les difficults que jai pu
leur soumettre.
Merci enfin tous mes amis, ma famille pour leur soutien moral quils mauront
fournis tout au long de la ralisation de ces travaux.

Sommaire
SOMMAIRE
Introduction gnrale 1
Chapitre I : Introduction
I. Introduction 4
II. Description de la molcule dADN 4

II.1. Structure chimique 4
II.2. Structure spatiale 6
II.2.1. Forme A 10
II.2.2. Forme B 10
II.2.3. Forme Z 10
II.2.4. Triplex et quadruplex 12
II.3. Dnaturation de lADN 12
II.4. Etirement de lADN 13
III. ADN en solution 14

III.1. Condensation des contre-ions 14
III.2. Neutralisation de la charge 14
III.2.1. Paramtres pertinents du systme 14
III.2.2. Solution une composante 15
III.2.3. Solution deux composantes 18
III.2.3.1. Effet de la valence des ions 18
III.2.3.2. Effets gomtriques 18
III.2.4. Interaction spcifique des cations 19
III.3. Condensation de lADN 20
III.3.1. Prsentation 20
III.3.2. Origine des structures ordonnes 22
III.3.3. Interaction entre molcules dADN 23
III.3.4. Consquences 24
III.3.4.1. Pour le dpt dADN 24
III.3.4.1.1 Structure avec beaucoup de brins 25
III.3.4.1.2. Structure intermdiaire 27
III.3.4.1.3. Structure avec peu de brins 27
III.3.4.2. Pour la conduction 27
IV. Mthodes de dpt 28

IV.1. Introduction 28
IV.2. Traitement des surfaces 29
IV.3. Diffrentes techniques 29
IV.3.1. Greffage 29
IV.3.2. Peignage molculaire 29
IV.3.3.Etirement par un flot 32

Sommaire
IV.3.4. Pige lectrostatique 33

IV.4. Mesure des hauteurs lAFM 33
V. Mesures lectriques 36
V.1. Introduction 36
V.2. Modles de conduction 36
V.2.1. Transfert intramolculaire 36
V.2.1.1. Vitesse de transfert 39
V.2.1.2. Super change 41
V.2.1.3.Cas de lADN 41
V.2.1.4. Distance de saut variable 42
V.2.1.5. Saut de polaron 43
V.2.2. Transport travers une molcule entre deux lectrodes 43
V.2.2.1. Injection des charges 43
V.2.2.2. Approche de Bardeen 44
V.2.2.3. Approche de Landauer 45
V.3. Mesures lectriques 45
V.3.1. ADN conducteur 45
V.3.2. ADN semi-conducteur 47
V.3.3. ADN isolant 49
V.3.4. Effet de la temprature 49
V.3.5. Effet de lenvironnement 50
V.4. Conclusion des mesures lectriques 51
VI. Conclusion Gnrale 52
Chapitre II :
Techniques exprimentales
I. Introduction 58
II. Microscopie champ proche 58

II.1. Introduction 58
II.2. Microscope effet tunnel 58
II.3. Microscopie force atomique 59
II.3.1. Le mode contact 59
II.3.2. Le mode non contact 60
II.3.3. Le mode intermittent ou tapping 60
II.3.4. Microscopie optique champ proche 60
II.3.5. AFM et STM ? 61
II.3.6. Le renouveau du mode non contact 61

Sommaire
II.4. Description de lappareil 61

II.4.1. Les pointes 63
II.5. Description des diffrents modes 64
II.5.1. Description de linteraction pointe surface 64
II.5.1.1. Courbe dapproche retrait 64
II.5.1.2. Mode contact 65
II.5.1.3. Modes oscillants 65
II.5.1.3.1. Oscillateur harmonique 65
II.5.1.3.2. Cas de loscillation verticale 67
II.5.1.4. Mode oscillation latrale 73
II.5.2. Application limagerie 74
II.5.2.1. Principe 74
II.5.2.2. Mode contact 74
II.5.2.3. Tapping mode 75
II.5.2.4. Tapping mode deflection 76
II.5.2.5. Mode non-contact 76
II.5.2.6. Mode oscillation latrale 78
II.5.2.7. Interprtation des images AFM 80
II.5.2.7.1. Effet de la dissipation 80
II.5.2.7.2. Cas de contraste dlasticit 80
II.5.2.7.3. Effet de la couche deau 82
II.5.2.7.4. Convolution 82
II.5.2.8. Conclusion : AFM en pratique 83
II.5.3. Mesures lectriques 86
II.5.1.1. Lift mode 86
II.5.1.2. EFM 86
II.5.1.3. Conducting AFM 89
II.5.1.3.1. Prsentation 89
II.5.1.3.2. Problmes du contact lectrique 89
II.5.1.3.3. Caractristiques courant tension 91
II.5.1.3.3.1. Protocole 91
II.5.1.3.4. Imagerie en courant 92
III. Mesures lectriques sur des lectrodes fixes 94
IV. Prparation des surfaces 94

IV.1. Dpt de molcules 94
IV.1.1. Principe du greffage 95
IV.1.1. Nettoyage du substrat 95
IV.1.2. Greffage de la molcule 96
IV.1.3. Silane amine 97
IV.1. Dpt de polymres 99
IV.1. SiH[111] 101
IV.1. Pentacne 101
V. Caractrisation des surfaces 102

V.1. Caractrisation avec les nergies de surface 102
V.1.1. Equation de Young Dupr 103

Sommaire
V.1.2. Equation dOwens-Wendt 103

V.1.3. Mise en uvre 105
V.2. Caractrisation lAFM 106
VI. Manipulation et observation de lADN 108

VI.1. Solutions dADN 108
VI.2. ADN fluorescent 109
VI.3. Observation au microscope 109
VII. Ralisation dlectrodes 111

VII.1. Lithographie lectronique 111
VII.2. Lithographie optique 113
VIII. Conclusion 115
Chapitre III : Dpt dADN

I. Introduction 118
II. Surface contraste chimique 118

II.1. Problmatique 118
II.2. Objectif 119
II.3. Obtention de contraste chimique 121
II.3.1. Test de greffage pleine plaque 121
II.3.2. Surface contraste chimique 123
II.3.2.1. Protocole 123
II.3.2.2. Masque utilis 125
II.3.2.3. Rsultats 128
II.3.2.4. Conclusion 129
III. Dpt dADN 130

III.1. Prsentation 130
III.2. Mthode de la goutte 130
III.2.1. Variante du peignage molculaire 130
III.2.2. Caractrisation de lADN dpos 131
III.2.2.1. Orientation des brins dADN 131
III.2.2.2. ADN entreml 131
III.2.2.3. Densit en fonction du pH 136
III.2.2.3.1. Protocole 136
III.2.2.3.2. Rsultats 139
III.2.2.3.3. Interprtation 140
III.2.2.4. Longueur de lADN 141

Sommaire

III.2.2.5. Densit en fonction du temps dincubation 143
III.2.2.5.3. Interprtation 144
III.2.3. Conclusion 145
III.3. Deuxime mthode : Schage dun goutte 145
III.3.1. Prsentation 145
III.4. Discussion 148
III.4.1. Point de fixation de lADN sur la surface 148
III.4.2. Structure de lADN sur la surface 150
III.5. Mesure de la hauteur de lADN 152
III.5.1. Protocole 152
III.5.2. rsultats 152
III.5.3. Interprtation 154
IV. Conclusion 155
Chapitre IV :
Mesures lectriques
I. Introduction 158
II. Mesures sur des lectrodes 158
III. AFM Conducteur 160

III.1. Introduction 160
III.2. Problme de la mtallisation 161
III.2.1. Configuration de la jonction lectrode/ADN 161
III.2.2. ADN pos sur llectrode 161
III.3. Mesure en imagerie de courant 163
III.3.1. Deux mesures directes avec du pentacne 163
III.2.3.1. Sur SiO2 163
III.2.3.2. Sur une surface termine amine 164
III.4. Caractristique courant tension 168
III.4.1. Introduction 168
III.4.2. Caractristiques principales des mesures de courant 169
III.4.2.1. Asymtrie 169
III.4.2.2. Dpendance vis--vis du sens de variation de la tension 169
III.4.2.3. Reproductibilit des mesures 170
III.4.2.4. Mesure en fonction du temps 170

Sommaire
III.4.3. Interprtation des rsultats 176

III.5. Mesure en fonction de la distance et de la taille du systme 177
III.5.1. Modle tunnel 177
III.5.2. Modle ohmique 178
III.5.3. Hopping 178
III.5.4. Conclusion sur les diffrents modles 179
IV. EFM 183
V. Fibres dADN 184
VI. Conclusion 187
Conclusion gnrale 189
Annexe A : AFM - aspect thorique 191
Annexe B : Corrlation phase hauteur sur quelques chantillons 215
Annexe C : Structure chimique des molcules utilises pendant la thse 225
Annexe D : Mise en vidence dune nouvelle forme de lADN 227
Annexe E : Complment sur les mthodes de dpt dADN en microscopie lectronique 231
Bibliographie 235

Abrviations
A, C, G, T : adnine, cytosine, guanine, thymine

ADN : acide dsoxyribonuclique
AFM : Atomic Force Microscopy, microscope force atomique
AFM conducteur : Conducting AFM (en anglais)
APTMS : 3-aminopropyltrimthoxysilane (H2N-(CH2)3-Si(O-CH3)3)
Arg ou R : arginine (acide amin)
C-AFM : Conducting Atomic Force Microscopy

CCD : Charge-Coupled Device (camras digitales)
COPO : copolymre de mthyl mthacrylate et de polymthylmthacrylate (PMMA)
Eau DI : eau dionise

EFM : Electrostatic Force Microscopy, microscope force lectrostatique
IPA : alcool isopropylique
kB : constante de Boltzmann (kB = 1,3805 x 10-23 J.K-1)
LFM : Lateral Force Microscopy

Lys ou K : lysine (acide amin)
MEB : Microscope Electronique Balayage

MES : (2-[N-Morpholino]ethanesulfonic acid)
MIBK : methylisobutylketone, mthylisobutylctone
MFM : Magnetic Force Microscopy
ODN : Oligodoxynuclotide (squence courte dADN)

OTS : Octadcyltrichlorosilane (H3C-(CH2)17-SiCl3)
PBS : Phosphate Buffered Saline

PFM : Photonic Force Microscopy
PMMA : Polymthylmthacrylate
SAM : Self-Assembled Monolayer, monocouche auto-assemble

SNOM : Scanning Near-field Optical Microscopy
STM : Scanning Tunneling Microscopy, microscope effet tunnel
TEM : Transmission Electron Microscopy, microscope lectronique transmission

Tris : Tris-(hydroxymthyl)aminomthane

Introduction gnrale
Introduction gnrale
La miniaturisation des composants lectroniques est un enjeu majeur depuis une

cinquantaine dannes dans la fabrication des circuits intgrs. Cette miniaturisation est base
sur la diminution de la taille des composants lectroniques de base des circuits intgrs. Une
approche diffrente consiste fabriquer partir de molcules des circuits capables deffectuer
des oprations logiques. Llectronique molculaire a pour objet dtudier les proprits
lectroniques de ces molcules. LADN est par sa capacit dauto organisation un candidat
idal pour la construction dassemblages molculaires [Mirkin 2000] [Mirkin 1996] [Alivisatos 1996]
[Umeno 1998] [Dekker 2001] [Simmel 2002]. De plus lempilement des paires de base dans la
double hlice favorise le recouvrement des orbitales des bases, et donc le transfert
lectronique [Dekker 2001]. Cette hypothse a t propose par Eley et Spivey [Eley 1962]
peu de temps aprs la dcouverte de la double hlice par Crick et Watson en 1953 [Watson
1953].
Les expriences rcentes de conduction dans lADN sont trs controverses et ne

permettent pas de conclure encore sur les vritables potentialits de cette molcule dans le
dveloppement de llectronique molculaire. Cest cette question qui a motiv le travail de
cette thse.
Le premier chapitre rappelle la structure de lADN, et quelques proprits

remarquables dauto organisation de cette molcule. Nous prsentons ensuite les diffrentes
techniques rencontres dans la littrature pour dposer lADN sur un substrat solide. On
termine le chapitre par une prsentation des mesures lectriques ralises rcemment sur
lADN ainsi que par quelques aspects thoriques du transfert de charge dans des molcules.
Le second chapitre dtaille lensemble des techniques exprimentales utilises au

cours de la thse. On insiste particulirement sur la prsentation de la microscopie champ
proche. Le microscope force atomique (AFM, EFM, C-AFM) est lappareil que nous avons
le plus utilis tout au long de la thse. Laspect thorique de linteraction pointe-surface est
abord et reprend des rsultats rcents dans ce domaine.
Nous prsentons ensuite les mthodes de prparation de nos surfaces et leur
caractrisation. Nous avons utilis principalement comme substrat de dpart des plaquettes de
silicium oxyd. Ces surfaces sont traites par greffage chimique ou par dpt de polymre la
tournette. La caractrisation de nos surfaces nest pas trs pousse. On se contente
principalement de calculer lnergie de surface (caractre hydrophile, hydrophobe).
On prsente la technique dobservation de lADN en microscopie fluorescence. On
peut observer des molcules dADN isoles. On termine ce chapitre par les mthodes de
fabrication dlectrodes avec un espace inter lectrode infrieur 100nm.
Le chapitre III prsente les rsultats obtenus au cours de la thse sur le dpt dADN.
On prsente au dbut de ce chapitre une mthode de prparation de contraste chimique sur
une surface. On devait se servir initialement de ces surfaces pour effectuer nos dpts. Nous
avons finalement utilis deux autres techniques trs simples (schage dune goutte de solution
contenant de lADN, ou incubation de la goutte quon enlve du substrat aprs quelques
minutes). Nous caractrisons ces deux techniques (densit de molcules sur la surface, aspect
des molcules, longueur, ) et nous proposons une explication pour expliquer les densits
dADN observes sur nos diffrentes surfaces.
1
Introduction gnrale
On consacre une partie importante la mesure de la hauteur de lADN lAFM. On

dduit de nos mesures une estimation de la hauteur dune seule molcule dADN pour
diffrentes surfaces.
Le chapitre IV est consacr nos mesures lectriques sur lADN. On utilise pour
dposer lADN les deux techniques dcrites au chapitre III. Les mesures ont t effectues sur
des lectrodes, et en AFM conducteur. Dans ce cas la pointe de lAFM sert imager
lchantillon et joue le rle dlectrode pendant la mesure lectrique.
On a obtenu deux types de rsultats. Des mesures avec beaucoup de courant en
AFM conducteur sur des cordes dADN sur lesquelles on a dpos du pentacne comme
seconde lectrode. Lutilisation dautres conducteurs comme lor ou le platine na rien donn.
Nous avons trs peu de mesures de ce type. En effet lvaporation de llectrode sur lADN
est un traitement destructif. LADN semble mieux rsister lvaporation du pentacne
puisque cest avec ce polymre conducteur que nous avons pu obtenir des rsultats. Nos
mesures ne permettent pas de distinguer entre une molcule conductrice qui ne serait pas bien
connectes llectrode et une molcule isolante.
Le deuxime type de rsultat a t obtenu en se servant du paquet dADN entre la
corde dADN et llectrode pour faire le contact lectrique. Une srie de mesures en fonction
de la distance parcourue par le courant, et de la taille des cordes dADN, nous permet de tester
diffrents modles de conduction rencontrs dans la littrature.
On termine ce chapitre par quelques mesures obtenues en EFM (qui permet de sonder
les proprits lectrostatiques des objets poss sur la surface), ainsi que quelques mesures
obtenues sur des fibres dADN.
2
Chapitre I
Introduction

I. Introduction
La problmatique de la conduction dans des molcules biologiques a 60 ans. En 1941

Szent-Gyorgyi [Szent 1962] propose que la conduction dans les protines joue un rle
majeur dans les processus biologiques. Peu de temps aprs llucidation de la structure de
lADN en 1953 [Watson 1953], Eley et Spivey [Eley 1962] proposent que lADN pourrait
conduire le courant. Lempilement des paires de base pourrait tre le support du transport
lectronique.
Nous prsentons dans ce chapitre la structure chimique et spatiale de lADN. Leffet
des contraintes mcaniques peut dformer la molcule. Ce dernier point est important
puisque la conduction dans lADN va a priori dpendre de la structure de la molcule.
La partie suivante prsentera les proprits remarquables dinteraction de lADN
avec son environnement avec lui-mme ou dautres molcules dADN.
Le dpt dADN sur une surface est une problmatique assez ancienne. Ltude au
microscope lectronique de cette molcule a ncessit la mise au point de techniques de
dpt parfois empiriques. Dautres techniques ont t mises au point depuis mais avec des
objectifs diffrents. On peut diviser ces techniques en deux grandes catgories. La premire
dont font partie celles utilises principalement par les microscopistes consiste dposer
lADN dans des conditions douces [Dubochet 1971] [Mayor 1968]. LADN est proche de sa
configuration en solution. La deuxime catgorie est plus contraignante pour la molcule,
puisquon impose lADN une certaine conformation sur la surface, gnralement tir pour
pouvoir se reprer facilement le long de la molcule dADN. Cette dernire technique a des
applications dans le reprage de squences sur le brin tir [Allemand 1998].
Etant donn la complexit de la molcule dADN, on doit sattendre une forte
dpendance des proprits de conduction avec la technique de dpt utilise. Cest
lexplication la plus probable de la grande varit de rsultats rencontrs dans la littrature.
Les mesures actuelles vont de lisolant la supraconductivit induite en passant par un
comportement semi conducteur. Un article rcent [Kasumov 2002] mets clairement en
vidence pour la premire fois cette dpendance entre la technique de dpt et les proprits
lectroniques de lADN. Ils ont les deux comportements : isolant et conducteur suivant la
technique utilise.
II. Description de la molcule dADN

II.1. Structure chimique
LADN est un macromolcules biologiques support de linformation gntique. La

particularit de cette molcule est quelle a en premire approximation toujours la mme
structure indpendamment de linformation quelle contient. On prsente dans cette partie la
constitution chimique de lADN.

Figure I.01 : Reprsentation des paires de base de lADN. A droite les paires de base G
(guanine) et C (cytosine) interagissent par trois liaisons hydrogne. A gauche les paires
de bases A (Adnine) et T (Thymine) qui interagissent par deux liaisons hydrogne.
Extrmit 5
b) c) Partie
a) 3 5 hydrophobe Partie
hydrophile
5
3
5
Grand Petit
4 1 sillon sillon
3
2
3
5
5 3
Extrmit 3
Figure I.02 : a) Constitution chimique dun brin dADN. Le monomre de base appel nuclotide est
compos dun groupement phosphate, dun sucre (pentose), auquel est attach une des quatre paire de base.
Lassociation de ces monomres donne un brin dADN. Lextrmit de la chane est compose dune fonction
alcool (non reprsent). Les paires de base sont plutt hydrophobes, tandis que le squelette phosphat est
charg et solubilise lADN. b) Les paires de base sassocient par paire. LADN est constitue de deux brins
antiparallles. On peut schmatiquement voir le groupement phosphate et sucre comme les montants dune
chelle et les paires de base comme les chelons. La structure spatiale de lADN est une double hlice droite
(dans la majorit des cas). Comme les paires de base forment un angle entre elles, il apparat un petit et un
grand sillon.

LADN est un polymre. Lunit de base qui le compose est appele nuclotide. Ce
monomre peut se dcomposer en trois sous structure (cf. figure I.02) :
Une base : Adnine, Guanine, Cytosine et Thymine

Le sucre : pentose
Un groupement phosphate : PO3-
Les paires de base sont au nombre de quatre : Adnine (note A), Guanine (G),
Cytosine (C) et Thymine (T). On distingue les paires de base en deux catgories suivant
quelles drivent de la purine (A et G) ou de la pyrimidine (T et C). Ces bases peuvent
sapparier spcifiquement par des liaisons hydrognes. A sassocie avec T, et G avec C. La
figure I.01 montre cet appariement ainsi que la formule chimique des bases. La liaison A-T
(deux liaisons hydrogne) est moins forte que la liaison G-C (trois liaisons hydrogne). On
notera que les points de fixation des bases (cf. figure I.01) sont excentrs par rapport aux
paires de base. Les paires de base forment ainsi un angle entes elles.
On peut assembler les nuclotides pour former un polymre. Lassemblage se fait par
lintermdiaire des ponts phosphates comme indiqu par la figure I.02. Le polymre est
orient. On distingue les extrmits de la chane en fonction des carbones du sucre (figure
I.02). Lextrmit 3 correspond au cot qui se termine par le carbone C3 du sucre. Lautre
extrmit sera alors note 5.
LADN est form par lassemblage de deux de ces chanes poly nuclotidiques. Ces
chanes sont antiparallles (cest dire que les deux brins sont orients en sens opposs). La
molcule ressemble schmatiquement une chelle dont les montants sont le squelette
phosphate et les barreaux les paires de base.
La longueur de lADN peut varier de quelques paires de base (quelques nm),
plusieurs millions (de lordre du mm). Il ny a pas de limite a priori leur assemblage. Par
exemple le chromosome de la mouche mesure plus dun centimtre de long pour 2nm de
diamtre.
La molcule dADN de part les interactions complexes de tous ces constituants va
adopter une gomtrie particulire.
II.2. Structure spatiale

Les paires de base de lADN sont plutt hydrophobes par comparaison aux
groupements phosphates. Ces derniers sont chargs et solubilisent la molcule dans son
milieu aqueux.
La molcule sous leffet des interactions hydrophobes entre les paires de base va
avoir tendance former une hlice pour avoir un meilleur empilement des paires de base
(figure I.02). Cest la forme en double hlice droite (comme un tire-bouchon) propos par
Watson et Crick en 1953 [Watson 1953 ].
Comme on la fait remarquer prcdemment, les points dattache des bases au
pentose ne sont pas symtriques par rapport laxe de la molcule. On a donc dans le plan
des paires de base plus despace dun cot que de lautre (cf. figure I.01 et I.02). Cela donne
respectivement le grand et le petit sillon de la molcule dADN.

Vu la complexit de cette molcule, on pourrait sattendre trouver toute sorte

darrangements spatiaux. En fait il nen nest rien, lADN occupe quelques formes bien
dtermines. Les carts que lon peut observer ces formes idales sont assez minimes
[Allemand 1998]. Nous dcrivons ci-aprs quelques formes les plus rencontres. Pour une
vue complte on reporte le lecteur larticle de Leslie [Leslie 1980].
Les formes les plus rencontres et les plus tudies sont les formes : A, B et Z. Des
tudes plus rcentes ont mis en vidence les formes appeles H, P et S,...
On peut distinguer les formes A, B et Z par trois critres gomtriques principaux :
1 : Le sucre peut adopter deux conformations. Un des atomes de carbone du

cycle se trouve hors du plan form par les autres atomes.
2 : Chacun des atomes de la chane comprenant le groupement phosphate
impose un angle la liaison avec les atomes voisins.
3 : Lhlice est soit droite (comme un tire bouchon), soit gauche.
Larrangement spatial des atomes a t dtermin par diffraction X sur des fibres
dADN. Ce sont les formes les mieux dtermines. On donne sur la figure I.03 la
reprsentation de ces trois forme de lADN.
Les formes P et S, sont beaucoup moins bien dtermines. On donne une
reprsentation de la forme P obtenue par simulation [Strick 1996]. Cette forme est trs
contrainte puisque les paires de base sont orientes vers lextrieur (vers le solvant). De plus,
les groupements phosphates des deux chanes se retrouvent cte cte et ont tendance se
repousser lectrostatiquement (cf. figure I.03). Le pas de lhlice et son allongement
concide avec ceux obtenus par des expriences dtirement de la molcule avec une torsion
contrle de la molcule [Allemand 1998]. Ces donnes pourraient concider galement avec
des mesures de diffraction X obtenue rcemment sur le gnome de virus Pf1 [Liu 1994]. La
forme S a t observe au cours dexprience dtirement de lADN la limite de la rupture
mcanique [Strick 1996] [Clausen-Schaumann 2000].
La forme H est localise sur certaines squences de lADN. Elle correspond
louverture locale de la double hlice. Un simple brin se retourne sur la rgion encore
apparie pour former une triple hlice. Lautre simple brin restant dsappari. On reparlera
plus loin de la formation de triple hlice et de structure avec quatre simples brins.
Les caractristiques gomtriques des diffrentes formes de lADN sont donnes

dans le tableau I.01 et dcrites ci-aprs. Les valeurs correspondent des moyennes. Il est
possible quil y ait quelques variations en fonction du contenu en paire de base de la
molcule. Par exemple, le nombre de paire de base par tour peut varier de 10.0 10.7 en
forme B. Ou bien une suite de paires de base A-T donne une double hlice plus rigide avec
un petit sillon plus troit dans la forme B.
Une proprit remarquable est que lADN adopte un nombre restreint de formes. En
particulier Strick et al. [Strick 1996] ont montr que la rponse de la molcule une
contrainte extrieure (torsion et tirement,) provoque la coexistence de diffrentes formes
sur une mme molcule plutt que ladoption dune forme intermdiaire (cf. annexe D). Par
exemple la forme Z (hlice gauche) peut relaxer une contrainte de torsion qui tendrait
drouler une molcule initialement en forme B (hlice droite).

Structure cristallographique
Simulation
Figure I.03 : Forme A, B, Z dduite partir de spectre aux rayons X de cristal d'ADN. La forme P est obtenue
par calcul numrique [Strick et al. 1996]. La forme B est la plus courante. On distingue nettement sur cette
forme le petit et le grand sillon de lADN. La forme A est plus compacte, le petit sillon est moins profond et le
grand sillon plus troit. La forme Z est compose dune hlice gauche, elle plus longue que la forme B. Le
grand sillon a disparu. Il ne reste plus quun sillon. La forme P correspond un sur enroulement de lADN.
Les paires de base sont orientes cette fois ci vers lextrieur et les chanes avec les groupements phosphates
vers lintrieur.
A B Z P
Taille par paire 0.23nm 0.34nm 0.38nm 2.38nm
de base
Diamtre de 2.55nm 2.37nm 1.84nm
lhlice
Sens droite droite gauche droite
Paires de base 11 10.4 12 2.6
par tour dhlice
Pas pour un tour 2.53nm 3.54nm 4.56nm 6.19nm
dhlice
Inclinaison des
paires de base 19 1 9
par rapport
laxe de lhlice
Tableau I.01 : Caractristiques gomtriques des diffrentes formes de lADN.

a) c)
Vue de cot
Forme B
b) d)
Vue du dessus
Figure I.04 : Reprsentation schmatique de lADN forme B. Le carbone C2 est hors du plan compos par les quatre
autres atomes du cycle du sucre. Le sucre est schmatis par un polygone dform. Les flches indiquent le sens 3 5.
En a) vue de cot du sucre, de la paire de base, ainsi que de la liaison dans la direction 5 et 3. En b) vue du dessus. En
c) et d) vue de cot et du dessus dun assemblage de plusieurs paires de base. Laxe de la molcule est perpendiculaire
aux paires de base. On notera que la chane polynuclotidique est bien rgulire. Les groupements phosphates
(reprsents par une sorte de V) sont orients vers lextrieur de lADN. Cela contribue la solvatation de la molcule
dans un solvant aqueux. [Herbomel 1993]
a) c)
Forme A Vue de cot
b) d)
Vue du dessus
Figure I.05 : Reprsentation schmatique de la forme A de lADN. Lhlice est droite. Le carbone C3 du sucre est hors
du plan compos par les quatre autres atomes du cycle. Les flches indiquent le sens 3 5. Le sucre est schmatis par
un polygone dform. En a) vue de cot du sucre, de la paire de base, ainsi que de la liaison dans la direction 5 et 3. En
b) vue du dessus. En c) et d) vue de cot et du dessus dun assemblage de plusieurs paires de base. Laxe de la molcule
fait un angle de 19 avec les paires de base. Le squelette phosphat nest pas aussi rgulier que dans la phase B. Les
groupements phosphates (reprsents par un trait sur le schma) sont repousss vers le grand sillon, et sont donc moins
disponibles pour interagir avec le solvant aqueux. La forme A est favorise lorsque lhumidit relative du milieu diminue.
[Herbomel 1993]

II.2.1. Forme A
Cette forme est schmatise sur la figure I.05. Lhlice est droite. Le sucre adopte
une configuration C3 endo (Le carbone C3 est hors du plan du cycle du sucre). Cette
proprit gomtrique dforme le cycle par rapport la forme B. La forme A est compacte
suivant la longueur de 30%. Les bases sont repousses vers la priphrie de lADN
augmentant ainsi son diamtre. Les phosphates sont orients vers le grand sillon le rendant
ainsi plus troit. En revanche le petit sillon est plus large et moins profond. Les paires de
base forme un angle de 19 avec laxe de la molcule. Les phosphates tant moins
disponibles pour les molcules deau, la forme A de lADN est favorise quand lhumidit
du milieu diminue. Par exemple la longueur dune fibre dADN diminue de 30% lorsquon
la sche, correspondant au passage de la forme B la forme A.
II.2.2. Forme B
Cette forme est schmatise sur la figure I.04. Lhlice est droite. Le sucre adopte
une configuration C2 endo (Le carbone C2 est hors du plan du cycle du sucre). Cette
proprit gomtrique dtermine la forme B. Les phosphates sont orients vers lextrieur.
On notera la rgularit de lenchanement des phosphates et des sucres. Les paires de base
sont perpendiculaires laxe de lADN. Cette forme est favorise en milieu aqueux puisque
les phosphates sont trs disponibles. En effet, ils sont orients loppos de la molcule
dADN. Les molcules deau et les ions peuvent accder facilement au groupement
phosphate. On distingue trs nettement le petit et le grand sillon (cf. figure I.03).
II.2.3. Forme Z
Cette forme est schmatise sur la figure I.06. Lhlice est gauche. Cette forme est
favorise par une alternance de paires de base G et C sur un mme brin. La forme en zigzag
du squelette phosphat lui a valu son nom. Les groupements phosphates se rpartissent
alternativement dans le petit et le grand sillon. La rpulsion lectrostatique rsultant
dstabilise cette forme.
Il faut de grandes teneurs en sel pour cranter la charge des phosphates voisins. En
forme Z, les paires de base ont tendance tre repousses vers lextrieur de lADN. Cet
effet provoque la disparition du grand sillon (cf. figure). Cette structure na donc quun
sillon ( la place du petit sillon). On voit clairement lalternance des sucres en conformation
C3endo et C2endo (cf. figure I.06). LADN Z est plus long que lADN-B. Son diamtre est
plus petit. La contrainte sur les sucres entrane un angle de 9 des bases par rapport laxe
de la molcule.
10

Rappel de la forme B 5
3 3
3
Figure I.06 : Reprsentation schmatique de la forme Z de lADN. Lhlice dans ce cas est gauche (sens inverse du
tire-bouchon). Cette forme est favorise par lalternance de paire de base G et C sur un mme brin (couleur orange
et bleu alterne sur les paires de base). La priodicit est double par rapport lADN A ou B. Le sucre a
successivement le carbone C3 (comme la forme A en rouge) puis C2(comme la forme B en vert) hors du plan du
cycle. On peut constater la forme en zigzag du squelette phosphat qui a donn son nom cette forme. Le
groupement phosphate est orient alternativement vers le petit sillon puis le grand sillon. Les paires de base forme
un angle de 9 par rapport l'axe de la molcule. [Herbomel 1993]
Figure I.07 : Courbe de dnaturation de lADN sous leffet de la temprature. Labsorbance leve correspond aux
deux brins de lADN compltement spars. La temprature de fusion correspond au point dinflexion de la courbe.
On constate que la transition est assez nette. Enfin, plus la proportion de paire de base G-C augmente, et plus la
temprature de fusion augmente. [Herbomel 1993]
11

II.2.4. Triplex et quadruplex
LADN peut former un autre type dappariement que celui de Watson et Crick entre
les bases A-T et G-C. Une troisime base peut se rajouter. On parle alors dappariement de
Hoogsteen [Vasquez 1998]. Ainsi la double hlice peut accueillir une troisime chane poly
nuclotidique. La structure forme est un triplex dADN. Sa stabilit dpend fortement des
paires de base. Elle est favorise par les molcules qui prsentent une forte asymtrie entre
les bases purines et pyrimidines entre les deux brins [Herbomel 1993].
La formation de structure trois brins est importante dans les processus biologique,
puisque linteraction de lARN avec lADN est de ce type.
LADN peut galement former des quadruplex. La formation de cette structure est
trs dpendante des paires de base. Par exemple deux simples brins dont la squence est
GGGCT4GGGC peuvent former un quadruplex [Gilbert 1999]. Les quadruplex sont
localiss sur un petit nombre de paires de base. Ce sont des petites structures.
Tera Muir [Muir 1998] utilisent ces structures comme rfrences pour montrer
lAFM et au STM que lADN est en gnral cras sur la surface et na pas la hauteur
attendue de 2nm. On reparlera de ce problme de la hauteur de lADN plus loin.
II.3. Dnaturation de lADN

La sparation des deux brins de lADN se nomme fusion de lADN. On peut sparer
les bases de lADN de diffrentes manires. La mthode la moins agressive est de chauffer
la solution. On peut suivre cette raction de fusion de lADN en mesurant labsorbance pour
une longueur donde donne. La longueur donde utilise est en gnral de 260nm. En effet
lADN simple brin et la double hlice nont pas la mme absorption cette frquence.
Lagitation thermique est responsable du dsappariement. Comme la liaison G-C est plus
forte que la liaison A-T, il faut chauffer dautant plus quil y a une forte teneur en paire
de base G-C dans la molcule. Cela correspond sur la figure I.07 au dcalage de la courbe de
fusion vers les hautes tempratures.
La teneur en sel stabilise la double hlice en crantant la rpulsion lectrostatique des
groupements phosphates.
La dnaturation peut tre provoque en milieu trs acide (pH<1) ou trs basique
(pH>11). Mais cette dnaturation nest pas quivalente la dnaturation thermique. Gani
[Gani 1999] ont observ des diffrences de comportement des simples brins obtenues dans
leurs expriences de dpt. Dans ce cas, le milieu acide ou basique ionise les bases qui se
repoussent lectrostatiquement.
Les extrmits de lADN sont plus sensibles aux conditions dnaturantes. Ainsi les
extrmits de la molcule peuvent interagir dune manire que ne peut pas faire le reste de la
molcule. Cela explique pourquoi ce sont dabord les extrmits de lADN qui se fixe en
premier sur la surface. Nous reverrons cela plus loin dans la partie sur le dpt dADN.
12

II.4. Etirement de lADN
LADN lorsquil est dpos sur une surface va subir un certain nombre de contraintes
qui dpendent de la technique de dpt utilise. La forme que la molcule va finalement
adopter dpend de la rigidit de la molcule, de lintensit de linteraction avec la surface, et
de linteraction de la molcule avec elle-mme. Cependant si les forces qui sexercent sur
lADN sont importantes, la situation est assez simple puisque linteraction de la molcule
avec elle-mme ou sa rigidit deviennent ngligeables. Cest le cas par exemple dune
technique comme le peignage (qui sera expliqu en dtail plus loin) qui sur tire
gnralement lADN.
Ltude de ltirement de lADN montre que pour une force denviron 70pN dans le
cas du -ADN on a une transition de phase sur la molcule dADN [Clausen-Schaumann
2000][Strick 1996]. La transition de phase dont on parle correspond au passage force
constante de lADN de la forme B la forme S. La transition est trs nette sur la figure I.08.
Dans ce cas lADN peut tre tir de presque deux fois sa longueur. La force de 70pN peut
tre atteinte avec la technique de peignage. Ce point sera discut plus loin. On peut constater
sur la courbe de la figure I.08 quil y a une deuxime transition qui correspond la fusion de
lADN. En effet la courbe de retrait est similaire celle dune molcule simple brin. Les
techniques de dpt ne permettent pas gnralement darriver la force ncessaire (200
300pN) pour une telle transformation.
Toutes ces contraintes sur lADN ont pour consquence de le dgrader. Nous verrons
au chapitre IV que cela peut tre une explication de labsence de conductivit de lADN.
Toutes les techniques de dpt ne sont pas aussi brutales. Si la force dinteraction
avec le substrat nest pas trop importante lADN peut adopter une configuration dquilibre
[Riveti 1996]. Dans ce cas des structures propres lADN peuvent apparatre. La description
de structures particulires de lADN est lobjet de la partie suivante.
A B
d
Figure I.08 : Courbe de force de lADN. Ces mesures dtirement sont faites en milieu aqueux dans un buffer.
Le dispositif exprimental est en insert de la figure A). LADN est positionn entre la surface et la pointe dun
AFM qui permet de modifier lextension d et de mesurer la force. Il existe dautres systmes comme les pinces
optique pour tirer sur lADN. A) On observe deux transitions. La premire transition de la forme B la forme S
correspond au plateau vers 100pN. Cette transition dmarre pour une extension correspondant la longueur de
lADN B. La seconde transition correspond la fusion de lADN. Les deux brins se dsapparient. B) On observe
dans certains cas une hystrsis lorsquon revient une extension nulle. Dans ce cas, un seul des deux brins
aprs stre spar reste accroch. En effet, dans ce cas la courbe de retour se superpose parfaitement celle
dun simple brin. On notera que lextension relative maximale de lADN vaut environ 2.2, en accord avec le
squelette phosphate compltement tendu.
13

III. ADN en solution

III.1. Condensation des contre-ions
LADN en solution est neutralis en partie par des contre-ions. Ce phnomne de
condensation des cations proximit de la surface se comprend aisment, vu les charges en
prsence. Linteraction lectrostatique des cations du solvant avec les groupements
phosphates est suffisamment forte pour que lagitation thermique soit ngligeable. Lobjectif
de cette partie est de prsenter quelques rsultats importants sur la neutralisation de la charge
de lADN en solution. En particulier la comptition entre cations de valence, et de taille
diffrentes. Les modles prsents considrent lADN principalement comme un tube semi
rigide charg uniformment. Dans cette hypothse les cations peuvent se dplacer le long de
lADN. On peut raffiner la thorie en tenant compte de la discrtisation de la charge. Dans
ce cas les cations auront tendance rester localiss proximit des groupements phosphates.
En gnral cet effet est mineur. Leffet majeur tant le phnomne de condensation des
contre-ions. On tiendra compte du positionnement des phosphates dans les structures
cristallines de lADN o tous les composantes du cristal sont plus localiss (molcules
deau, contre ions,). Nous prsentons dans la dernire section linteraction spcifique de
certains cations avec lADN.
III.2. Neutralisation de la charge
III.2.1. Paramtres pertinents du systme
Avant de rentrer dans le vif du sujet, nous dfinissons dans cette partie un certain
nombre de paramtres. La plupart des thories les utilisent. De plus, leur signification
physique clair permet dallger lcriture des quations, et de mettre clairement en avant
linterprtation physique des phnomnes. La liste des paramtres ainsi que leur
interprtation physique sont donns ci-dessous.
On appelle longueur de Bjerrum [Barrat 1996] la distance pour laquelle linteraction
lectrostatique entre deux charges units vaut exactement lagitation thermique. On a
directement lexpression ci-dessous (e, k, T, sont respectivement la charge unit, la
constante de Boltzmann, la temprature et la constante dilectrique du solvant). La
signification physique de cette longueur reprsente la comptition entre lnergie
lectrostatique et lnergie thermique. Par exemple, deux charges de signe opposes en
solution vont logiquement sattirer (lb grand), moins que lagitation thermique soit
suffisante pour arriver les loigner (lb petit).
e2
lb = (I.01)
4 kT
La dfinition de la longueur de Bjerrum nous mne directement dfinir la longueur

de Debye. Lorsquon considre une charge test positive (pour fixer les ides) dans un
solvant, les charges de signes opposes vont avoir tendance se placer autour jusqu la
neutraliser. Lagitation thermique soppose leffondrement des charges ngatives sur la
charge positive. Le potentiel lectrostatique d au nuage form par les charges ngatives
14

dcrot alors exponentiellement. La longueur typique de dcroissance est appele longueur

de Debye. Elle varie inversement avec la longueur de Bjerrum. Cest cohrent si on pense
qu temprature leve (lb petit) les ions vont avoir tendance empcher les charges
ngatives de sapprocher de la charge test, diminuant leffet dcran (lD grand). Dans
lexpression de la force ionique, ci et zi sont respectivement la concentration (ions/L dans la
formule ci-dessous on peut aussi lexprimer en mole/L) et la charge des ions en solution.
Plus il y a dions en solution, plus lcrantage est efficace (lD petit).
2
lD =
1
8Il b
avec I la force ionique I = 1
2
( c z )
i i i
2
(I.02)
LADN est une molcule linaire charge. Sa charge effective dpend de lcrantage
par les ions de la solution. On sait que deux charges interagissent condition dtre une
distance de lordre de lb. Ainsi la charge accessible est de lordre de lb.zm/b (o zm est la
charge dun monomre de lADN, et b la distance entre deux de ces charges sur lADN). On
dfinit alors le paramtre ci-dessous. Il reprsente une sorte de densit de charge. Ce
paramtre ne fait pas intervenir la concentration en ions de la solution, il ne dpend que de
lADN et du solvant. Il a t introduit par Manning [Manning 1978], pour dcrire les
polylectrolytes.
lb = 4.2 pour l' ADN dans l' eau

= (I.03)
b = 3.2 dans un mlange eau / mthanol (50 / 50)
Ces quelques paramtres sont les plus frquemment rencontrs. Dautres paramtres
correspondant des modles particuliers seront prsents par la suite.
III.2.2. Solution une composante
LADN en solution est entour de contre-ions qui neutralisent partiellement sa

charge ngative. Le fait marquant est que la concentration de cations condenss est trs
importante, de lordre de quelques mole/L indpendamment de la concentration de lespce
en solution. Ce comportement nest pas prdit si on considre une simple comptition entre
lattraction lectrostatique et lagitation thermique (Debye-Huckel). Lobjectif de cette partie
est de prsenter ce comportement non trivial.
Nous allons voir galement qu basse concentration en sel, la neutralisation de la
charge nest pas complte et sature une valeur qui augmente avec la valence du cation. Elle
est dautant plus efficace que le cation a une valence leve. La charge neutralise est
donne par lexpression (I.04). Cette neutralisation incomplte est une consquence directe
de la gomtrie cylindrique. Lorsque la teneur en sel et/ou la valence des cations augmente,
nous allons voir que les longueurs caractristiques du problme (lD et z dfinie aux
quations (I.02) et (I.05)) diminuent de telle sorte que la courbure de lADN devient
ngligeable. On se retrouve alors dans une gomtrie planaire. Dans cette gomtrie, la
charge est compltement neutralise. La concentration correspondant cette neutralisation
totale est de lordre de 0.1 1M.
15

Une faon simple daborder ce problme est de considrer une couche dune certaine
paisseur dans laquelle les ions sont fortement attirs vers la surface de lADN [Rouzina
1996-a]. Cela revient ngliger lagitation thermique. Le problme ainsi pos est en gnral
plus facile rsoudre. On na pas montrer quil y a effectivement une zone o les cations
sont condenss sur la surface, car cest une hypothse de travail. Limportant tant de
vrifier posteriori la validit de lhypothse.
r : proportion de charge neutralise

1 = 4.2 dans leau pour lADN (I.04)
r =1
z z est la valence des cations en solution

Nous verrons plus loin, lors de ltude de linteraction de lADN avec son
environnement, que lon peut avec une mthode de ce type rendre compte dune interaction
attractive entre brins dADN alors quils sont tous les deux chargs ngativement !
Il y a trois paramtres pertinents pour dcrire la condensation des contre ions : 1 le
rayon de lADN r ; 2 la longueur dcran de Debye, lD ; 3 La longueur caractristique sur
laquelle le potentiel lectrostatique varie de kT (Boltzmann) dans le champ uniforme cre
par la surface de lADN. De cette dfinition on dduit directement son expression.
: permittivit du solvant

kT : charge surfacique de lADN (I.05)
z =
4ez e : charge de llectron
z : valence du cation en solution
Ce dernier paramtre mesure la comptition entre lnergie lectrostatique et

thermique entre la surface et le cation, un peu comme le fait la longueur de Bjerrum pour
deux charges.
La figure I.09 illustre le phnomne de condensation pour diffrentes concentrations
du cation dans la solution. Pour lADN, s vaut environ 0.1nm, 0.075 et 0.04nm pour des
cations respectivement monovalent, divalent et trivalent. La longueur dcran de Debye
diminue lorsquon augmente la concentration en sels. On distingue deux transitions
correspondant au passage lD=a (pour C=0.1 1M a est le rayon de lADN) et lD=z (pour
des concentrations trs importantes). Cela dfinit les trois zones de concentration prsentes
sur la figure I.09.
Rgime linaire et non linaire : Tant que lD>s (pour I<10M), on est dans le
rgime non linaire de condensation. La concentration en cations prs de lADN est
indpendante de la concentration du cation en volume. Au-del (I>10M), la teneur en sel est
tellement importante que toutes les interactions lectrostatiques sont crantes. On retrouve
le rgime linaire de condensation (Debye-Huckel). Dans ce cas on perd lordre dans la
couche de cation au voisinage de la surface. Les cations deviennent plus mobiles.
16

I<0.1M
lD > a
I=0.1 1M
lD < a
I<0.1M
I=0.1 1M
a
I~10M I>10M
ADN
s
lD < s
Figure I.09 : Profil de densit des cations autour de lADN daprs Bloomfield. Trois cas sont reprsents
correspondant une force ionique faible (lD>a ou I<0.1M), moyenne (lD<a et I=0.1 1M), et enfin le cas
trs concentr pour lequel lD devient de lordre de grandeur de s (~0.1nm pour un cation monovalent et
0.4nm pour un trivalent). On a schmatis le profil de densit. Les profils de densit correspondant ces
diffrents cas sont reprsents en coordonnes normalise par s et ns (~1 10M). On peut constater que
mme pour de trs faible concentration en volume, on a une concentration importante de cations
condenss. Daprs [Rouzinaa 1996].
a) b) H3N+-(CH2)n-N+H3
(CH3)3N+-(CH2)n-N+( CH3)3
Figure I.10 : Dpendance du logarithme de laffinit relative de condensation (cf. texte) en

fonction de la taille relative des cations. En b), mesure exprimentale pour des polyamines de
taille variable. La formule des polyamines est indique sur le graphe. La courbe du bas
correspond lamine mthyle. On notera que les cations Ca2+ et Mg2+ ne rentre pas dans le
modle suggrant une interaction spcifique avec lADN.
17

Gomtrie cylindrique/plane : Tant que lD>a (pour I<1M), la gomtrie du systme

est cylindrique. En dessous, on passe progressivement une gomtrie plane. La charge de
lADN est compltement crante.
Nous verrons par la suite les implications de ces rsultats pour la condensation de
lADN. En effet, les molcules ne peuvent se rapprocher qu condition que les charges
soient neutralises. Cela implique le passage dune gomtrie cylindrique plane (i.e. forte
concentration en sel) ou bien une forte concentration dADN qui peut forcer la
condensation.
III.2.3. Solution deux composantes
III.2.3.1. Effet de la valence des ions
Dans le cas o il y a plusieurs espces dions en solution, les cations dont la valence
est la plus leve ont tendance chasser ceux de valence plus faible. Il y a en ralit un
quilibre en faveur du cation de plus haute valence. Rouzina [Rouzina 1996-a] proposent un
modle qui rend compte de ce phnomne. Le rsultat principal est que la proportion de
chaque cation autour de lADN dpend exclusivement du rapport des concentrations des
deux espces dans la solution avec un certain exposant : n2/n1z2/z1 (o ni et zi sont la
concentration et la valence de lion i).
On prsente dans la section suivante la dpendance de lcrantage en fonction de la
taille des cations.
III.2.3.2. Effets gomtriques
Dans un mlange de cations leffet de la taille est trs important. La comptition est
en faveur du plus petit cation. Comme ce dernier peut sapprocher plus prs de la surface, le
plus gros cation, voit un champ lectrostatique dj partiellement crant par le plus
petit. Il en rsulte une attraction plus faible. z dpend principalement du plus petit cation.
Rouzina [Rouzina 1996-b] utilise un modle ou linteraction entre lADN et les
cations est purement lectrostatique sans tenir compte dventuelles interactions spcifiques.
Leur modle permet de calculer laffinit des ions avec la molcule dADN que lon note D
= p2/p1z2/z1 (pi et zi sont respectivement la quantit de cation i adsorb sur lADN, et la
valence du cation i). La figure I.10 donne la dpendance de D (en chelle logarithmique)
pour des cations de diffrentes tailles par rapport au cation Na+ (2/1 est le rapport des
tailles des cations dans leur tat hydrat. 1 correspond la taille de Na+).
On peut constater que le modle (correspondant aux droites sur la figure I.10) est
assez bien vrifi. Laccord est excellent pour les polyamines. De plus, le fait de mthyler
lamine (Et4N+) diminue dun facteur deux laffinit, et dun facteur quatre si la chane
carbone augmente (Bu4N+).
On notera que les cations Mg2+ et Ca2+ scarte du modle suggrant une interaction
spcifique de ces cations avec lADN.
18

III.2.4. Interaction spcifique des cations
Les cations Ca2+ et Mg2+ se fixent plus efficacement que dautres cations de mme
charge et taille. Linteraction est encore plus spcifique avec Mn2+, Cu2+ et Zn2+. Rakitin
[Rakitin 2001] a modifi des brins dADN pour des mesures lectriques avec des ions Zn2+
qui interagissent directement avec les paires de base. Il est connu que les cations mtalliques
divalents stabilisent des structures non B de lADN particulires dans un ordre defficacit
caractristique. Ainsi dans lordre Cu2+, Ni2+ > Co2+ > Mn2+ > Mg2+ les mtaux facilitent
souvent la transition de la forme B la forme Z [Guron 2000][Herbomel 1993], et
favorisent la courbure de lADN [Bloomfield 1996] (certainement en neutralisant la charge
dun cot de lADN). Cet ordre correspond lordre daffinit croissante pour les paires de
base [Herbomel 1993]. Lordre defficacit est invers pour la promotion de la forme H. Il
sagit cette fois de lordre daffinit croissante pour les groupements phosphates de lADN.
Linteraction des ions peut dpendre indirectement des paires de base par
lintermdiaire de la couche dhydratation. Les paires de base A-T sont plus hydrates que
G-C. Si le cation parvient rentrer dans cette couche cela provoque un relargage des
molcules deau dans la solution, dshydratant la molcule dADN. Ce phnomne peut tre
favoris entropiquement, dautant plus quil y a de molcules deau libres dans la solution.
La figure I.11 illustre le comportement du cation Mg2+ [Vitaly 1994]. Le cation arrive se
placer dans la couche dhydratation au niveau des paires de base G-C mais reste en dehors
dans le cas des paires de base A-T. On notera que leau sorganise galement autour des
cations. Linteraction du cation et de lADN peut se faire par couche dhydratation
interpose.
En accord avec les rsultats de la partie prcdente, les polyamines semble rester en
dehors de la couche dhydratation de la molcule dADN. Cela expliquerait en partie
pourquoi les dtails de la structure de lADN interviennent peu et que linteraction est
principalement de nature lectrostatique.
Cette couche dhydratation est prsente mme dans les phases condenses puisque
lespace entre les molcules dADN est de lordre du nanomtre.
Paires de base A-T
Paires de base G-C
Figure I.11 : Interaction des cations Mg2+ avec lADN [Vitaly 1994] Ils montrent que la dshydratation
provoque par linsertion du cation dans la couche dhydratation de lADN dpend des paires de base. Les
zones A-T sont fortement hydrates. Le cation forme un complexe en restant hors de la couche
dhydratation. En revanche les zones riches en paires de base G-C moins hydrates peuvent interagir plus
intimement avec les ions. Ce phnomne provoque une dshydratation supplmentaire.
19

Lindsay [Lindsay 1989] reporte des images STM de petits ADN circulaires subissant
un changement de conformation. En prsence de Mg2+, les brins donnent des cercles, alors
quen prsence de cations Zn2+, on peut observer lapparition des zones o les brins sont peu
courbs spars par des coudes. Les cations Zn2+ semble promouvoir la formation de telles
courbures pour des squences spcifiques. Ce comportement pourrait servir de mcanisme
de reconnaissance pour dautres molcules avec lADN dans les cellules [Herbomel 1993].
III.3. Condensation de lADN

III.3.1. Prsentation
LADN dans certaines conditions peut occuper un volume trs petit en comparaison
de sa forme tendue. La condensation peut tre intramolculaire (la molcule se
recroqueville sur elle-mme), ou bien intermolculaire (entre les molcules). Pour des
concentrations en ADN trs faible, la condensation intramolculaire est favorise.
Les conditions de condensation requirent la prsence de cations et/ou la dgradation

du solvant. La valence du cation intervient de manire cruciale. En solution aqueuse, des
cations de valence au moins trois (spermidine3+, cobalt hexamine Co(NH3)63+, spermine4+,
des polypeptides cationiques tel la polylysine, ou des protines comme les histones H1 et
H5,) sont requis pour provoquer la condensation. Les cations de valence deux (mtaux,
Mg2+, Li2+, , putrescine2+,) sont la limite de provoquer la condensation. Il suffit de
dgrader lgrement la qualit du solvant (mlange eau/alcool) pour la provoquer. On sait
que lthanol est couramment utilis en laboratoire pour prcipiter lADN. Les cations
monovalents peuvent provoquer la condensation de solution concentre dADN. Dans ce
cas, cest plus la dgradation de lenvironnement de lADN que la prsence du sel qui joue
un rle majeur. A ce titre, lajout dun autre polymre tel le polythylne glycol : PEG en
prsence de sels provoque sa condensation [Laemmli 1975]. On parle alors de psi-DNA
(acronyme de polymer and salt induced DNA). Ce mcanisme marche aussi avec des
polymres anioniques tel le poly-aspartate ou le poly-glutamate. L encore cest la
dgradation de lenvironnement de lADN qui entrane la formation dune phase condense
[Bloomfield 1996].
La proprit de condensation est remarquable quand on pense que dans le noyau de

la cellule du gnome la condensation est un processus qui consomme normment dnergie
(environ ATP hydrolys par paire de base). Le fait de raliser le mme genre de processus
en laboratoire en ajoutant uniquement une petite quantit dions dans la solution est assez
surprenant.
La condensation joue certainement un rle in vivo. De manire gnrale, le matriel
gntique est fortement condens dans le noyau des cellules. Le niveau de compaction de
lADN dans certaines cellules peut tre trs important. Cest le cas par exemple des ttes de
spermatozode, ou de certains virus. La distance entre les molcules dADN est de lordre du
nanomtre, soit juste la place pour quelques couches dhydratation [Schellmann 1984].
20

Figure I.12 : Condensation de molcules dADN en forme de tores observs au microscope

lectronique [Chattoraj 1978]. La dimension des tores est de lordre de 50 100nm. les
molcules sagrgent entre elles pour former toute sorte de structures.
Figure I.13 : Phase cristal liquide observe au microscope optique sous lumire polarise.
LADN est dans une phase cristal liquide hexagonal colonnaire qui est trs dense. Une phase
cholestrique moins dense peut galement tre observe. La solution dADN concentre
contient 0.1M de NaCl et 0.25M dactate dammonium. La formation des germes de cristal
liquide puis dune phase homogne est suivie au microscope. Les domaines observs
sarticulent autour de dislocation indique par un L. On indique une reprsentation
schmatique de cette phase cristalline. Les molcules sempilent en colonne dans une
direction. Ces colonnes forment un rseau hexagonal.
21

La condensation ne ncessite pas forcment lajout de sels dans la solution. LADN

peut condenser forte concentration. La prsence de trop de sels peut au contraire la
perturber par la formation de cristaux. Ainsi partir de 35g/L lADN commence par former
un gel [Fried 1984], puis une phase cristal liquide cholestrique pour 150g/L [Strzelecka
1987]. Une phase cristal liquide hexagonale colonnaire plus dense peut galement se former
[Livolant 1989] (cf. figure I.13). La formation dune phase cristal liquide par des polymres
semi rigides partir dune certaine concentration a t dabord dcrit par Onsager
[Onsager 1949] et dvelopp par Flory [Flory 1956] et dautres. Cette phase a t observe
in vivo dans des bactries [Reich 1994]. La formation de structure cristalline est obtenue
pour des molcules dADN de toute taille.
La condensation intermolculaire donne plutt des phases cristallines. En revanche,

la condensation intramolculaire de lADN donne des formes dune morphologie trs
particulire. La molcule ou un petit nombre condense (gnralement) en forme de tore
[Chattoraj 1978] (cf. figure I.12). Dautres formes ont t obtenues suivant les conditions
exprimentales : fleur, btonnet, sphre, En dessous dune certaine taille (estim 400
paires de base [Bloomfield 1996]) il ny a pas dagrgat ordonn. Savoir si ces diffrentes
formes correspondent des tats intermdiaires dun mme processus ou de chemin de
condensation bien distincts nest pas clair. Il semblerait que ces formes soient bien
distinctes. LADN est en gnral en forme B dans la phase condense. Le niveau de
condensation dans les tores est important (comme dans les phases cristallines : moins de 1
nm entres les molcules), en revanche lorganisation exacte de lADN dans le condenst
nest pas trs bien connu.
III.3.2. Origine des structures ordonnes
Le moteur de lorganisation de lADN dans les phases condenses a principalement

pour origine la forte anisotropie entre le diamtre de la molcule et sa longueur, ainsi que la
longueur de persistance de lADN (20 100nm suivant la teneur en sel) [Grosberg 1986]. La
longueur de persistance correspond la longueur sur laquelle lADN peut tre considr
comme rigide. Cette quantit dpend de la teneur en sel. Plus il y a de sels et plus la
molcule est flexible (longueur de persistance faible). Lexplication est trs simple dans ce
cas puisque la rpulsion lectrostatique entre les groupements phosphates dune mme
molcule est crante par les ions de la solution [Baumann 2000] [Strick 1996] [Bouchiat
1999]. Elle a alors tendance adopter une structure plus rigide.
La condensation inter molculaire qui donne un gel ou bien une phase cristal liquide,
est plus simple apprhender. Lordre dans la phase condense peut tre compar celui
que lon pourrait trouver dans des sels ioniques. Les contre ions se placent entre les
molcules dADN neutralisant compltement la charge et stabilisant la structure. En dautres
termes, chaque ion a autour de lui majoritairement des ions de charges opposes.
22

III.3.3. Interaction entre molcules dADN
La condensation de lADN est un problme difficile. La question sous jacente de

toutes les thories est lorigine de la force attractive qui entrane la condensation.
Post et Zimm [Post 1979] ont propos un calcul thermodynamique partir dun
modle o linteraction de lADN avec son environnement est dcrite par un seul paramtre.
Ce paramtre mesure la diffrence dnergie entre lADN en interaction avec le solvant et
lADN en interaction avec un autre segment de la mme molcule dADN ou dune
molcule diffrente. Ils prdisent lapparition dune phase condense en faisant un
dveloppement du Viriel de lnergie libre [Couture 1992]. Afin de rendre compte de cet
tat condens ils poussent le dveloppement lordre trois.
Cette approche met uniquement en vidence lapparition de la phase condense. Un
raffinement de la thorie prdit que la transition est dautant plus nette que la molcule
dADN est rigide.
La thorie ci-dessous a certes le mrite dtre simple, mais on ne voit pas clairement
lorigine de la force qui permet une molcule charge sur toute sa longueur de former une
structure compacte. Olvera de la Cruz [Olvera 1995] a propos un modle qui rend compte
du comportement des poly lectrolytes. Raspaud [Raspaud 1998] a appliqu ce raisonnement
au cas de la condensation de lADN. Le principe est que des cations au moins divalents
arrivent inverser localement la charge de lADN. Lattraction lectrostatique entre ces
zones charges positivement et le reste de la molcule provoque la condensation.
Ce modle sapplique dautres polylectrolytes que lADN (microtubules,
polystyrne sulfonate : PSS,). Il rend compte des rsultats exprimentaux sans paramtres
ajustables. Cependant comme pour le premier modle thermodynamique, il prdit
uniquement la formation dune phase condense sans expliquer comment est la molcule
dans cet tat.
Ils retrouvent galement le fait que le condenst se redissout en prsence dun excs
de sel multi valent (pour une concentration de lordre de 0.1M). Dans ce cas, cest
lcrantage des interactions lectrostatiques qui est lorigine de ce phnomne.
Le modle de Raspaud ne rend pas compte de lajout de sels monovalents. Wilson et

Bloomfield ont tudi empiriquement ce cas [Wilson 1979]. Ils ont constat que la
condensation avait lieu lorsque 90% de la charge de lADN tait neutralise. Le problme
est quil reste 10% de charges qui vont sopposer un niveau de condensation important.
Dans ce cas un autre mcanisme prend le relais pour stabiliser la forme compacte.
Un certain nombre de dveloppements thoriques tentent dexpliquer lorigine de la

force attractive par la formation avec les contre-ions et les groupements phosphates dun
cristal de type ionique [Rouzina 1996-c]. Dans ce cas, ce sont les corrlations de position
des ions sur les deux molcules qui est lorigine dune force attractive entre les brins. Ainsi
chaque ion a autour de lui principalement des charges de signe opposes comme dans un
cristal ionique.
Gronbech-Jensen [Gronbech 1997] a tudi dun point de vue analytique et par des
simulations la force attractive entre des cylindres rigides chargs. Leur interprtation de la
force attractive est similaire celle prsente ci-dessus (Rouzina et Bloomfield).
Loriginalit de ce travail est quil montre clairement que les corrlations de fluctuations des
23

contre ions temprature ambiante est un reste des corrlations temprature nulle. A
temprature nulle on a lquivalent dun cristal entre les charges ngatives de lADN et les
cations qui se trouvent entre les deux molcules dADN (considre comme un cylindre
charg uniformment dans les simulations). Ainsi les contre ions temprature ambiante ont
tout de mme une certaine mobilit.
Il gnralise un certain nombre de rsultats prcdents [Oosawa 1968]. De plus il
met en vidence que la force attractive est dautant plus forte que le cation et de petite taille
et peut sapprocher de lADN.
Les forces lectrostatiques jouent un rle majeur dans le phnomne de

condensation. Cependant il existe dautres contributions. Dans les thories exposes ci-
dessus les molcules deau sont considres comme un milieu avec une certaine constante
dilectrique. Il savre que les molcules deau sorganisent dune certaine faon autour de
la molcule dADN. Linteraction de deux brins dADN par molcule deau interpose
donne une force que lon dsigne par force dhydratation.
Ce concept de force dhydratation a t introduit directement de la mesure de
pression osmotique (elles ont t observes et mesures dans de nombreux systmes). Elles
jouent un rle majeur dans les processus biologique. Cette force peut tre rpulsive ou
attractive [Bloomfield 1996]. Elle est difficile prvoir car elle dpend dun grand nombre
de particules interagissant faiblement entre elles.
Nous avons prsent un certain nombre de rsultats sur lADN seul et en interaction
avec dautres molcules dADN. La section suivante prsente certaines implications
concernant le dpt dADN et les proprits de conduction.
III.3.4. Consquences
III.3.4.1. Pour le dpt dADN
On peut dire un certain nombre de choses sur le dpt dADN avant de parler de la
mise en uvre des techniques de dpt (objet de la partie IV de ce chapitre).
Les ingrdients principaux dont va dpendre le dpt sont linteraction de lADN
avec le substrat, linteraction de lADN avec lui-mme et les autres molcules dADN si la
concentration est importante. On a une comptition entre ces deux interactions. Enfin, les
sels prsents crantent suivant la concentration les interactions lectrostatiques (variation de
la longueur de Debye).
A cela il faut ajouter des effets de confinement qui modifie les proprits de lADN
(par rapport celles en solution) d la prsence de la surface. Ces effets sont non triviaux.
Par exemple, lADN dans un complexe lipidique est confine dans un espace deux
dimensions (entre deux bicouches lipidiques). Dans ce cas, les ions divalents suffisent
provoquer la condensation des molcules alors quune valence dau moins trois est requise
en solution [Koltover 2000]. En revanche, lADN dpos sur une bicouche lipidique [Mou
1995] nest pas confin dans un espace deux dimensions (il y a confinement dans un demi
24

espace). Dans ce cas les cations divalents ne condensent pas lADN sur la surface, au
contraire, il provoque une diminution de la concentration de molcules observes sur la
surface. On peut galement avoir un effet de corrlation si des molcules sont adsorbes sur
la surface mais peuvent encore se dplacer latralement sur la surface. Fang a observ la
condensation de molcules dADN en prsence de silanes cationiques (monovalent
trivalent) adsorbs sur une surface [Fang 1998] [Fang 1999].Toujours dans le mme ordre
dide une surface mtallique charge positivement nattirera pas lADN de la mme faon
quune surface charge positivement et dont les charges sont immobiles (surface silanise
avec un silane amine par exemple).
Enfin, ltape de retrait de la solution est crucial dans le dpt. Les sels contenus
dans la solution de rinage modifie la faon dont les molcules se rpartissent sur la surface.
Par exemple le rinage du substrat par des sels de mtaux lourds (sels duranium, de
thorium, ) ont la particularit de fixer lADN sur la surface (technique issue de la
microscopie lectronique). On notera quun excs de sel peut entraner la dshydratation de
la molcule dADN qui prcipite et peut se poser sur la surface.
On prsente quelques exemples de dpts qui illustrent la comptition entre ces
diffrentes interactions.
III.3.4.1.1 Structure avec beaucoup de brins
Dans le cas o la concentration dADN de la solution est importante, on peut arriver

dposer des structures comportant un grand nombre de brins dADN. On favorise les
interactions entre molcules. On peut former par exemple des cordes dADN [Cai 2000].
Nous avons galement observ de telles structures (cf. chapitre III). On peut galement
observer un rseau de molcules [Cai 2000] [Kanno 2000] comme indiqu par la figure I.14.
Lobtention dun rseau dADN dans les expriences de Cai ncessite une concentration
dau moins 50mg/l. En dessous de cette concentration on obtient des fibres. De plus lADN
quutilise Cai est de type poly (dG).poly (dC) ou poly (dA).poly (dT). Il peut former des
triplex. Ces structures doivent favoriser lobtention dun rseau. En effet dans ce cas les
molcules dADN peuvent interagir spcifiquement avec les paires de base.
On montre sur la figure I.15 une image obtenue en STM [Keller 1989] o les
molcules sont cte cte. On a une structure cristalline. La mthode de dpt utilise une
solution concentre dADN de thymus de veau (10mg/ml). Cette solution est fortement
agite et dpose directement sur un substrat conducteur.
Des structures o les brins sont cte cte ont t galement obtenue par Lee [Lee
1989] en prsence de spermidine (un cation trivalent) qui favorise les interactions latrales
de lADN (cf. partie sur la condensation au paragraphe III.3.).
25

Figure I.14 : ADN poly(dG).poly(dC)

dpos sur une surface de mica
frachement clive observ lAFM en
mode tapping [Cai 2000]. La
concentration de la solution dADN
est importante (50ng/l). On obtient
des fibres spares en-dessous de cette
concentration. La barre reprsente
250nm.
Figure I.15 : ADN dpos sur une

surface de graphite observ en STM.
Les molcules sont cte cte [Keller
1989]. Daprs Keller, lADN adopte
une phase cristal liquide sur la
surface. La barre reprsente 5.2 nm.
Figure I.16 : ADN dpos sur une

bicouche lipidique observ lAFM en
solution [Mou 1995]. Les molcules
sont spares dune distance
denviron 5nm. La barre reprsente
40nm.
Figure I.17 : Image AFM en mode

tapping dun fragment dADN de 1528
paires de base dpos sur du mica
pour deux traitements diffrents
daprs Rivetti [Rivetti 1996]. En a),
lADN est dpos sur une surface
frachement cliv. Les brins sont peu
courbs. En b) lADN dpos sur du
mica ayant subi un traitement plasma
Dans cette situation lADN est plus
compact.
26

III.3.4.1.2. Structure intermdiaire
On peut avoir une comptition quilibre entre linteraction entre molcules dADN
et la surface.
Par exemple lADN dpos sur une bicouche lipidique forme une structure o les
brins restent une certaine distance denviron 5nm les uns des autres comme le montre la
figure I.16 [Mou 1995]. Il est connu que lADN forme des structures organises avec des
lipides cationiques [Tanaka 1996] [Radler 1997]. La distance entre les molcules dADN
dans ces structures va de 2.4 5.7nm. Ces structures sont prometteuses en mdecine pour le
transport de molcules biologique dans les cellules des patients [Koltover 1998], ainsi que
pour les expriences de transport lectronique [Okahata 1998] (cf. partie V.2.).
Gani [Gani 1999] a mesur la quantit dADN dpos sur diffrentes surfaces en
fonction de la concentration de la solution. Ils observent trois rgimes de dpt. A basse
concentration (infrieure 1 2 mg/L) la quantit dADN dpose est proportionnelle la
concentration en volume. Les molcules sont indpendantes les unes des autres.
Linteraction se fait entre la surface et lADN. Lorsquon augmente la concentration la
quantit dADN sur la surface atteint un plateau. On ne dpose plus dADN mme si on
augmente la concentration de la solution. Linteraction entre les molcules dADN devient
non ngligeable. Lorsquon augmente encore la quantit dADN (suprieure 50mg/L) dans
la solution on finit par redposer de lADN.
III.3.4.1.3. Structure avec peu de brins
A faible concentration linteraction avec la surface est dominante. Dans ce cas si la

surface est collante lADN va se fixer irrversiblement sur la surface et adopter une
configuration qui correspond une sorte de projection sur la surface de la molcule telle
quelle tait dans la solution. La molcule apparat assez compacte. Si au contraire la
molcule interagit moins fortement avec la surface, elle a le temps dadopter une structure
dquilibre deux dimensions avant de se fixer sur la surface [Rivetti 1996]. Ces deux
configurations sont reprsentes sur la figure I.17.
III.3.4.2. Pour la conduction
La mobilit des ions dans les structures que lon dpose sur la surface (molcule
isole et corde dADN) doit tre relativement faible. En effet les cations qui neutralisent la
charge ne sont pas compltement figs dans la structure. Cette mobilit dcrot lorsque la
temprature diminue. La conduction ionique dans ces structures doit tre fortement
dpendante de la temprature. De plus, si linteraction des cations avec les paires de base est
spcifique, on doit avoir une conduction ionique plus faible. Mais inversement linsertion de
ces cations dans la structure mme de lADN peut priori favoriser un autre type de
conduction [Rakitin 2001] : la conduction lectronique ou par saut de charges sur la
molcule dADN (Les modles de conduction sont prsents dans la section V.2.).
27

IV. Mthodes de dpt

IV.1. Introduction
Lobjectif de cette partie est de prsenter certaines techniques de dpt de lADN. Il
en existe un trs grand nombre. Nous parlerons exclusivement de celles qui ont un rapport
avec la problmatique de la conduction dans lADN. On prsentera tout de mme la
technique de dpt sur des substrats pralablement soumis un plasma avec comme gaz de
la pentylamine qui est utilise en microscopie lectronique. En effet cette technique daprs
des rsultats rcents [Kasumov 2002] [Kasumov 2001] permet de dposer de lADN
conducteur.
La technique de dpt dpend bien videmment de lapplication envisage. On peut

tout de mme distinguer deux stratgies. Celle qui consiste prserver un maximum de
caractristiques (longueur, diamtre, interaction avec des protines,) de la molcule telle
quelle tait en solution avant le dpt. A la limite, lobservation in situ de lADN est
lobjectif ultime de cette premire stratgie. La deuxime consiste principalement
manipuler lADN pour quil soit plus facile observer. Gnralement lobjectif de ces
techniques est dtirer lADN. Cette deuxime stratgie est intressante pour les mesures
lectriques en dposant lADN entre des lectrodes mtalliques. Dans cette deuxime
catgorie on inclut les techniques de capture lectrostatique. Dans ce cas lADN est dpos
entre les lectrodes. Suivant lexcitation lectrostatique et la taille des lectrodes il est
possible dtirer lADN perpendiculairement aux lectrodes.
Ltape critique du dpt dADN est gnralement le moment o on enlve le

solvant. Cette tape peut tre recherche pour aligner lADN comme pour la technique de
peignage molculaire [Allemand 1997]. Leffet du retrait du solvant est double. Le
mouvement du fluide ainsi que le mnisque peuvent tirer lADN [Cai 2001]. Leffet le plus
important est celui du mnisque. Ainsi de lADN dj dpos sur la surface peut encore
bouger au moment o on enlve le solvant. Pour viter cela de nombreuses techniques ont
t mises au point. Lide est de fixer lADN pour quil ne soit pas sensible au passage du
mnisque en dshydratant le substrat [Kleinschmidt 1968] [Mayor 1968] ou en ajoutant une
solution saline comme de luranyle actate pour ancrer fortement lADN sur la surface
[Dubochet 1971] [Kasas 1997] (cf. Annexe E).
Un autre problme est davoir des surfaces capables dattirer lADN (pour que
lADN ne bouge pas au moment o on retire le solvant) sans que linteraction soit trop forte
sous peine davoir lADN cras sur la surface.
On prsente tout dabord la prparation des surfaces pour le dpt, puis les
techniques de dpt en elle-mme. On termine ensuite cette partie par une revue des
caractristiques de lADN dpos sur ces surfaces, en particulier la hauteur des molcules
(mesure en microscopie champ proche).
28

IV.2. Traitement des surfaces
Le choix des surfaces est trs vaste et dpend des applications. Parmi les surfaces
fonctionnalises par des molcules on peut distinguer les surfaces hydrophobes (termines
CH3, -CF3, -CH=CH2, ), charge (termine NH3+,-N+-R3,), hydrophiles (termine
COOH,).
On peut obtenir des surfaces charges en utilisant des lipides cationiques qui
sorganisent en bicouche sur la surface [Mou 1995] [Schouten 1999]. Le dpt de la
bicouche peut se faire par la technique de Langmuir Blodgett.
On peut utiliser des surfaces recouvertes de polymre comme le polystyrne, ou des
rsines comme le PMMA (polymthylmthacrylate) ou COPO (copolymre de PMMA et de
mthylmthacrylate) (cf. chapitre II rsines lectroniques).
Les surfaces peuvent tre traites par des plasmas. Les gaz les plus utiliss sont lair
atmosphrique, la pentylamine, largon, Ce traitement saccompagne dun dpt de
matire sur la surface. Le plasma avec de lair rend les surfaces hydrophiles, et avec la
pentylamine plutt hydrophobes.
On peut galement traiter les surfaces par des solutions salines. Les ions peuvent se
fixer sur la surface [Amrein 1989] ou remplacer dautres ions comme cest le cas pour le
mica [Rivetti 1996].
On prsente ci-dessous les techniques de dpt qui utilisent les substrats dcrits ci-
dessus.
IV.3. Diffrentes techniques

IV.3.1. Greffage
Les techniques de greffage de lADN sont trs varies. Le greffage peut tre de
nature chimique [Smith 2001] [Pirrung 2000] [Strother 2000] [Bambdad 1998] [Satjapipat 2001] [Melnyk
2002] ou par le biais dinteraction biologique du type biotine streptavidine [Strick 1998] ou
par des molcules capables de sintercaler dans lADN comme le psoralen [Higashi 1999],
ou de nature physique : interaction hydrophobe, lectrostatique,
IV.3.2. Peignage molculaire
Cette technique simple, permet dtendre de manire reproductible de lADN sur une
surface. Une des applications [Michalet 1997] est de pouvoir reprer sur le brin tendu des
squences ou des positions de gne,
Le principe de la technique est de retirer un chantillon perpendiculairement la
surface du liquide comme indiqu par la figure I.18. Le passage du mnisque va tirer
lADN. Le paramtre critique du dpt est le pH [Allemand 1997]. En effet, si il est trop
faible, lADN se dpose en pelote sur la surface et nest pas affect par le passage du
mnisque. Si le pH est trop lev, lADN ne se fixe pas. Il y a un pH intermdiaire pour
lequel lADN se fixe par ses extrmits et peut tre tir par le mnisque. Le point important
est que les extrmits de lADN se fixent prfrentiellement sur la surface [Kang 2001]. Il y
29

a donc une fentre de pH denviron 0.5 unit, pour laquelle les extrmits se fixent sur la
surface alors que le reste de la molcule dADN reste en solution [Kang 2001]. Le mnisque
va agir sur cette partie de lADN. Cette diffrence de comportement entre les extrmits et le
reste de la molcule peut tre mis en vidence par comparaison avec ltirement de lADN
circulaire (dpourvu dextrmits). Il sen dpose beaucoup moins sur la surface (10 fois
moins) [Allemand 1997].
La valeur de pH optimal correspond au maximum des courbes reprsentes sur la
figure I.18. Cette valeur peut varier dune surface une autre. Cela ncessite une prparation
des surfaces la plus reproductible possible pour pouvoir trouver le pH optimal sur des lames
tests (ce pH pouvant varier dun lot un autre) jusqu trouver la bonne valeur.
Le mnisque agit localement sur lADN. Ainsi, llongation est proportionnelle la
longueur du brin. Il ny a pas de parties de la molcule qui sont plus tires que dautres. Il
est ainsi possible dtirer des brins dADN trs long.
Llongation de la molcule dpend de la surface. LADN est sur-tir sur les
surfaces hydrophobes (polystyrne, silane termin vinyle, silane termin CH3). En
revanche il a quasiment la longueur cristallographique correspondant la forme B sur les
surfaces hydrophiles (SiO2, poly lysine,). Daprs les expriences d'tirement, la force
exerce par le mnisque pour sur tirer lADN doit tre de lordre de 100pN. La transition
B-S est dans cette zone de force. Comme la transition B-S se fait force constante on
sattend avoir soit la longueur correspondant la forme B (si la force exerce par le
mnisque est infrieure la force de transition B-S), soit la longueur de la forme S (si la
force est suprieure la force de transition). Des longueurs entre ces deux formes limites ont
t mesures par Bensimon [Bensimon 1994] et Allemand [Allemand 1997]. La diffrence
entre les expriences dtirement qui mettent en vidence la transition B-S et llongation
par un mnisque est que dans le deuxime cas la molcule peut se drouler puisque
lextrmit en solution est libre (on a alors un plus grand nombre de paires de base par tour
dhlice). Cela peut rendre la transition B-S moins abrupte. Dans ce cas il est normal que
lon puisse trouver des extensions intermdiaires entre la forme B et S.
Il est possible dabaisser la tension superficielle lorigine du sur-tirement de
lADN en rajoutant des surfactants non ioniques comme le tween 20, le dodecanol, Ce
compos se rpartit la surface du liquide rduisant langle de contact de leau avec le
substrat des valeurs correspondant des surfaces hydrophiles. On arrive ainsi tirer
lADN sans le contraindre.
Lobservation des molcules tires en microscopie fluorescence montre que les
molcules ont quelques points dattache sur le substrat. En effet, lADN intercal par du
YOYO-1 (molcule fluorescente) finit par tre cliv photochimiquement. Les brins finissent
par etre coups et se rtractent alors vers les points dattaches. Sur une molcule dADN
lambda de 16.2m de long, il peut y avoir quelques points dattache pour les surfaces
hydrophobes et un trs grand nombre pour des surfaces silanises avec une terminaison
amine.
Cette mthode ncessite demployer un volume important de produits puisque la
cuve fait quelques ml avec une concentration en ADN de quelques centaines de nM
(concentration en phosphate). Lutilisation de gros volume permet de maintenir le pH
constant au cours des expriences. Il est ncessaire de passiver la surface de la cuve pour
viter que lADN ne se dpose dessus. Cette opration peut se faire en laissant incuber de
lADN (peu onreux) de sperme de saumon qui va se dposer et prvenir tout dpt
supplmentaire.
30

a) b)
Eventuellement
Surfactant pour
abaisser la tension
superficielle :
Tween 20,
Figure I.18 : Principe de ltirement de lADN par un mnisque. A) Dispositif exprimental.

Lchantillon est tremp dans la solution dADN un certain temps. Il est remont doucement au bout de
quelques minutes. On reprsente la possibilit de rpandre un dtergent sur la surface afin dabaisser la
tension superficielle. On vite ainsi de sur tirer lADN. En b) est reprsent le pourcentage de brins
tirs parmi tout ceux dposs sur la surface. On voit clairement quil y a un pH optimal, et quon
scarte assez vite de la valeur qui permet davoir un bon dpt avec les molcules bien tires.
[Allemand 1997]
Figure I.19 : ADN peign sur une surface dalkylesilane

fluor laide de la technique dtirement par un mnisque.
Image obtenue en microscopie de fluorescence lIEMN. La
dimension de limage est de 64m 45m.
31

IV.3.3.Etirement par un flot
On trouve dans la littrature toute sorte de mthodes de dpt qui sont des variantes
de ce quon a dj prsent. Celle que nous prsentons maintenant utilisent la capacit
dtirement dun gradient de vitesse (flot) [Cai 2001]. La mthode la plus simple et la plus
adapte dans notre cas pour obtenir un gradient de vitesse est de dplacer le fluide le long de
la surface (cf. figure I.20). La vitesse du fluide est nulle au niveau de la paroi [Landau
1989]. Elle a une certaine valeur en volume dpendant des conditions exprimentales. Il y a
une paisseur intermdiaire pour laquelle on a un gradient de vitesse important (cf. figure
I.20). Une molcule dADN proximit de la surface va tre tire du moment quelle reste
suffisamment longtemps dans le gradient.
Un autre mcanisme dtirement est possible si lADN est fix la surface. Dans ce
cas cest lcoulement visqueux autour de lADN mais pas le gradient qui tire lADN. La
vitesse na pas besoin dtre importante pour arriver tirer compltement le brin (de lordre
de 0.1mm/s [Kang 2001]).
On peut avoir une combinaison de ces deux phnomnes. Si la surface nest pas
capable de fixer un bout de lADN, il a trs peu de chance de se retrouver tir sur la
surface.
a) b) y vx = y
: gradient de vitesse
>10s-1 tirement
Figure I.20 : a) Illustration de quelques possibilits pour dposer lADN par un flot
hydrodynamique. b) Mcanisme dtirement de lADN par le gradient de vitesse. On a galement
reprsent un brin dADN fix la surface tir par le mouvement du fluide.
Il y a plusieurs faons dobtenir ces conditions de dpt. On peut placer lchantillon

sur une tournette [Cai 2001]. La solution dADN est ensuite dpose sur lchantillon en
rotation. On peut laisser couler la solution sur lchantillon plac verticalement. Sur les
surfaces hydrophobes, on peut simplement aspirer rapidement la solution avec une torchette.
Le gradient de vitesse doit tre au moins de =10s-1 (=dv/dy>10s-1 [Haber 2000]). En
supposant que la vitesse du fluide varie sur une paisseur denviron 1mm, avec une vitesse
du fluide denviron 0.1m/s, on a un gradient de vitesse estim 100s-1. Cela signifie quon
est largement dans le domaine qui permet dtirer lADN.
32

IV.3.4. Pige lectrostatique
On peut dposer lADN par lintermdiaire dun champ lectrique. En effet une
molcule polarisable va tre attire par les zones de champ fort. Par consquent elle sera
naturellement attire entre les lectrodes. Cette mthode marche bien pour de petites
molcules [Bezryadin 1997].
Tant que la molcule est de petite taille et rigide il suffit dappliquer un champ
lectrique constant entre les lectrodes [Porath 2000].
Dans le cas de molcules de grandes tailles et flexibles comme le -ADN (16m de
long), il faut appliquer un champ lectrostatique variable. Lintensit du champ lectrique
doit tre de lordre de 1V/m, et la frquence de lordre de 1MHz [Washizu 1990]. Il peut y
avoir des instabilits. Nanmoins ds que les molcules sont tires entre les lectrodes elles
restent stables.
IV.4. Mesure des hauteurs lAFM
Une des principales caractristiques que lon mesure en microscopie lectronique est
le diamtre de lADN. En microscopie champ proche, on a accs la troisime dimension,
la hauteur.
On donne figure I.21 un rsum des principaux rsultats obtenus en microscopie

champ proche sur la hauteur de lADN. Elle na pas t mesure systmatiquement dans les
articles traitant du dpt dADN. Il est vrai que les premires tentatives dimagerie
donnaient des inversions de contraste [Thundat 1992], mettant en doute la validit de ces
mesures. Mme avec lamlioration des techniques dimagerie la hauteur attendue de 2nm
nest jamais mesure bien quun certain nombre dauteurs sen rapprochent [Bensimon
1998] [Mou 1995]. Dans ce cas lexplication principale de cette sous-valuation de la
hauteur est dune part leffet de convolution de la pointe, dautre part la contrainte
mcanique quimpose la pointe de lAFM sur lADN en mode contact [Vesenka 1992]. Bien
entendu le dficit de hauteur peut sexpliquer en partie par ces artefacts de mesure de lAFM
mais cela nexplique pas tout.
Sur une surface recouverte dune fonction amine lADN a une hauteur denviron
0.5nm, soit 25% de la hauteur attendue [Muir 1998]. De plus des triplex dADN et des
quadruplex ont une hauteur de respectivement 50% et environ 100% de leur hauteur
cristallographique [Muir 1998]. Ce rsultat est indpendant de la technique utilise (AFM,
LCSTM,). La conclusion qui simpose est que lADN a tendance tre cras sur la
surface. Leffet du substrat est moins important pour les structures plus importantes (triplex
et quadruplex dADN). Dans ce cas les interactions qui stabilisent la structure lemportent.
La figure I.22 propose un modle de lADN dpos sur la surface amine.
33

Mica
Mica / Sous vide
100 AP-Mica (Lyubchenko) En solution
Mica (Schulz)
HOPG (Keller)
AP-Mica
80
Humidit relative
bicouche lipidique (Mou)

Vinyle (Bensimon)
Mica sans pentylamine (Kasumov)
Mica avec pentylamine (Kasumov)
60
Avec un taux
d'humidit
40 variable
Humidit
croissante
20
Condition
ambiante
0
Sous vide
0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5

hauteur de l'ADN en nm
Figure I.21 : Mesure de la hauteur de lADN. La plupart des mesures sont en dsaccords avec la
valeur cristallographique attendue de 2nm. La hauteur mesure est plus importante lorsque
lchantillon est hydrat [Schulz 1998] [Lyubchenko 1997] [Mou 1995]. Lyubchenko et Schulz ont fait
des mesures en lAFM lair et en solution. Kasumov [Kasumov 2002] obtient une hauteur qui dpend
du traitement de surface. De plus, il obtient pour un des traitements une hauteur compatible avec le
diamtre de la forme B de lADN. Les deux mesures de Kasumov sont indiques par une flche. Les
donnes de la littrature sont des [Muir 1998] [Keller 1989] [Vesenka 1992] [Cherny 1998]
[Bustamante 1992] [Coury 1995] [Coury 1997] [Margeat 1998] [Hansma 1996] [Uchihashi 2000]
[Maeda 1999] [Nony 2001] [Bensimon 1994]
Figure I.22 : Modle dcrasement de lADN. Les cations divalents

pontent lADN la surface charge ngativement du mica. Cette force
est lorigine de lcrasement de lADN. Le quadruplex dADN nest pas
perturb par le substrat. [Muir 1998]
34

La figure I.21 reprend un certain nombre de mesures de la littrature. Les mesures

sont majoritairement infrieures 1 nm. Il y a tout de mme une forte dispersion entre les
diffrents auteurs et pour un mme auteur [Bustamante 1992]. La surface pour laquelle il y a
le plus de mesures est le mica. Les techniques utilises pour faire ces mesures sont lAFM
(en mode contact et tapping) lair, sous atmosphre inerte et en solution, en non contact
AFM sous vide, ainsi que du STM lair.
On peut constater que plus le taux dhumidit augmente, et plus la hauteur mesure a
tendance augmenter. Les mesures faites en solution donnent toutes une hauteur de lordre
de 1.5 2nm [Schulz 1998] [Lyubchenko 1997] [Mou 1995]. Lyubchenko et Schulz ont
mesur sur un mme chantillon la hauteur lair et en solution. Ils observent une
diminution de la hauteur mesure lorsque la solution est enleve.
Cette tendance parat logique puisque lADN en solution (ou lorsque le taux
dhumidit augmente) va sentourer dune couche dhydratation plus importante. De plus, la
prsence de leau peut stabiliser une forme moins contrainte de la molcule.
Les mesures de Keller (au STM) et Mou (AFM en phase liquide) qui donnent une
hauteur proche des 2nm sont particulires. Dans les deux cas, linteraction entre les
molcules dADN est importante et impose un certain ordre sur la surface [Keller 1989]
[Mou 1995].
Dans le cas de Keller (une image est donne figure I.15), les molcules dADN sont
trs proches les unes des autres et forment une structure cristalline. Il est tonnant que la
molcule dADN soit image en STM et donne les bonnes caractristiques gomtriques. On
peut suspecter que lADN soit plus conducteur dans ce cas par rapport dautres rsultats o
il apparat en creux [Bottomley 1992]. Cette ventualit de molcules dADN parfois
conductrices souvent isolantes a t envisage vers les annes 1990 face aux difficults
rencontres pour imager lADN au STM [Dunlapp 1996] [Amrein 1989] [Keller 1989].
Dans le cas de Mou, les molcules dADN sont espaces denviron 5nm. Cette
proximit des molcules doit certainement stabiliser les molcules dADN. Linteraction
entre les brins entre en comptition avec linteraction avec la surface. A cela il faut rajouter
les conditions dimagerie favorables en solution.
Une mesure rcente d Kasumov et al. [Kasumov 2002] est intressante car ils
obtiennent de manire reproductible une hauteur de respectivement 1.110.2nm et
2.40.5nm selon le traitement de surface. Les surfaces quils utilisent sont le mica et le
platine vapor sur une partie de la surface.
Les chantillons qui donnent la hauteur de 2.4nm sont pralablement traits par un
plasma avec comme gaz de la pentylamine. A part cela la technique quils utilisent est trs
classique . LADN est dpos en prsence de cations Mg2+.
La conclusion de cette partie est que lADN est gnralement contraint sur la surface
sur laquelle on le dpose. Il est finalement heureux et tonnant quavec un traitement
appropri il soit possible davoir un dpt avec la bonne hauteur de la molcule.
35

V. Mesures lectriques
V.1. Introduction
Depuis quelques annes un certain nombre dexpriences tentent de mesurer la
conductivit de lADN directement en le contactant entre deux lectrodes (cf. tableau I.02)
ou indirectement par EFM [Bockrath 2001] [Gomez 2002] ou par absorption micro onde
[Tran 2000] [Warman 1996]. Les rsultats sont trs controverss. Les comportements vont
de la supraconductivit induite [Kasumov 2001] isolant [De Pablo 2000] [Storm 2001] en
passant par un comportement semi-conducteur [Porath 2000] [Yoo 2001] [Lee 2002]. La
figure I.23 montre la dispersion des rsistances mesures tant au niveau de la distance entre
les lectrodes quau niveau des courants mesurs. Pour une revue rcente voir larticle de
Dekker et Ratner [Dekker 2001].
Malgr le dbat actuel sur la conduction de lADN, le sujet nest pas rcent. Eley et
Spivey [Eley 1962] suggrent ds 1962 que lADN peut conduire le courant. La conduction
se ferait par le recouvrement des orbitales des bases empiles les unes sur les autres.
Ltude de la conduction sest galement faite du point de vue du transfert de charge
en solution. Dans ce cas, la molcule dADN est modifie et possde un groupement
donneur et accepteur. Le groupement donneur peut tre excit de diffrentes manires :
chimiquement [Odom 2000], photochimiquement [Wan 1999], Le transfert de charge se
fait sur de courtes distances de lordre de quelques nm [Giese 2001] [Henderson 1999]. Les
thories qui decrivent ce transfert de charge rendent bien compte des rsultats
exprimentaux [Jortner 1998].
Les expriences rcentes tentent de mesurer directement la conductivit sur un petit
nombre de molcules. La grande varit des comportements observs et le peu de mesures
disponibles ne permettent pas de dgager une vue claire de la conductivit de lADN. De
plus la connexion de lADN aux lectrodes et linfluence de la surface jouent a priori un rle
crucial dans ses expriences. Cela pourrait expliquer en partie la grande varit de
comportements observs [Kasumov 2002]. On prsente ci-dessous un certain nombre de
modles thoriques.
V.2. Modles de conduction

V.2.1. Transfert intramolculaire
Deux mcanismes de conduction sont proposs pour le transfert de charge dans des
molcules et en particulier dans lADN : le mcanisme super change et le transport par
saut.
Ces deux mcanismes sappliquent au cas dune molcule qui possde un
groupement accepteur et donneur situs deux endroits distincts de la molcule. Le super
change correspond au passage de la charge en une seule tape du donneur laccepteur.
Pour le second mcanisme par saut, le transfert se fait dtats localiss de la molcule en
tats localiss.
Le mcanisme de saut peut saccompagner dune dformation de la molcule par la
prsence de la charge qui modifie a priori la gomtrie de la molcule.
36

Storm Porath
1E14
Yoo
1E13 Watanabe
Rsistance en
1E12 De Pablo
1E11 Cai
1E10
1E9 Rakitin
1E8
1E7 Fink
1000000
Kasumov
100000
10000
0 100 200 300 400 500 600 10000
Distance en nm
Figure I.23 : Rsultats de la littrature sur la mesure de courant sur un petit nombre de molcules dADN
(<2000 molcules). On peut constater le niveau de dispersion tant en longueur des structures quau niveau du
courant. La rsistance est calcule partir des niveaux de courant mesurs pour quelques Volts. Dans le cas
de Storm et De Pablo les mesures se situent au-dessus dune certaine taille (40nm pour Storm et 50nm pour
De Pablo), et il donnent une limite infrieure leur mesures de courant correspondant la sensibilit de leurs
appareils. Daprs [Storm 2001] [De Pablo 2000] [Cai 2000] [Kasumov 2001] [Fink 1999] [Rakitin 2001]
[Porath 2000] [Yoo 2001] [Watanabe 2001]
e-
e-
e-
e-
Figure I.24 : Transfert lectronique entre deux tats localiss. Lnergie libre est donne en fonction de la
coordonne de raction : q. G0, G* et correspondent respectivement lnergie libre entre les deux tats,
la barrire en nergie franchir et lnergie de rorganisation. Le transfert lectronique se fait au
croisement des deux paraboles. On reprsente la variation en fonction de la coordonne de raction en
modifiant la taille du carr et du cercle.[Jortner 1998] [Kergueris 1998]
37

a)
b)
Figure I.25 : Mcanisme de super change en a) et de saut en b). Le super change se fait en une
seule tape nergie constante. La structure lectronique de tous les tats de la molcule intervient
dans la probabilit de transfert. Ltat darriv se dsexcite thermiquement jusqu ltat final.
[Jortner 1998]. Le mcanisme de saut ncessite dinjecter les charges dans les tats intermdiaires et
un tat darrive faible en nergie qui peut capturer la charge.
Figure I.26 : Transfert travers une srie de paire de base A-T. A

partir de 3 paires de base on passe dun mcanisme de super change
fortement dpendant de la distance un mcanisme de saut
indpendant de la distance. [Giese 2001]
38

Le transfert de charge au sein dune molcule peut se faire par saut des porteurs dun
site un autre plutt que par propagation cohrente. Les expriences pour lesquelles un tat
excit de la molcule est activ par fluorescence ou par raction chimique sont assez bien
dcrites par ces thories ou la charge saute de site en site.
On considre deux cas extrmes dans le mcanisme de transfert. Le premier cas

correspond un transfert adiabatique. Dans ce cas, la fonction donde est dlocalise sur
toute la molcule. Le transfert de charge correspond un transfert de probabilit de prsence
deux endroits diffrents de la molcule pour chacun des tats [Kergueris 1998] [Couture
1992]. Le passage entre les deux tats dpend des mouvements des noyaux (de la forme de
la molcule).
Le deuxime cas que lon prsente ci-dessous correspond au transfert non

adiabatique. A la diffrence du cas prcdent, les tats donneur et accepteur sont localiss.
Ils sont faiblement coupls. Il y a un transfert tunnel entre les deux tats.
V.2.1.1. Vitesse de transfert
La vitesse du transfert dans le cas non adiabatique est donne de manire gnrale
par la formule ci-dessous (I.06). Comme les lectrons se dplacent beaucoup plus vite que
les noyaux des atomes, il est possible disoler les deux termes de la formule qui dcouplent
les mouvements lectroniques et nuclaires. En dautres termes, les noyaux sont immobiles
du point de vue des lectrons. Le premier terme correspond un transfert lectronique entre
les deux tats quantiques du donneur et de laccepteur nergie constante. Le second terme
rend compte du fait que le transfert implique une dformation de la molcule de telle sorte
que les niveaux dnergies du donneur et de laccepteur soient les mmes. Il donne donc la
probabilit davoir cette concidence des nergies de ltat donneur et accepteur.
2 2
k= TDA . f FC (I.06)
h
Premier terme : Terme de Franck Codon :
Couplage lectronique Il rend compte de la dformation pralable de
entre les tats de dpart la molcule (dplacements de noyaux) avant
et darrive le transfert lectronique.
Le couplage TDA entre le donneur et laccepteur dcrot exponentiellement avec la

distance. Il correspond au recouvrement des orbitales des deux tats par lintermdiaire de
lhamiltonien de couplage.
Il existe de nombreuses expressions donnant le terme de Franck Codon suivant les
hypothses effectues [Kergueris 1998] [Moser 1992].
39

La premire formulation du terme de Franck Codon est d Marcus [Marcus 1965].

Un tat excit dune molcule (tat donneur) implique une rorganisation des atomes. Si on
sloigne de cette configuration la plus stable, lnergie augmente. On peut prendre comme
modle loscillateur harmonique avec une variation parabolique de lnergie en fonction de
la coordonne de raction (qui rend compte du dplacement des noyaux). On a donc deux
paraboles pour ltat donneur et accepteur. Or le transfert lectronique ne peut se faire que
pour une configuration commune aux deux tats. Par consquent, il a lieu au croisement des
deux paraboles. La figure I.24 donne une reprsentation de cet tat intermdiaire. On utilise
alors la rgle dor de Fermi pour le transfert nergie constante entre les deux tats. Cela
nous donne le premier terme de la formule de Marcus (I.07). Le second terme correspond
la probabilit de se trouver dans la configuration commune (note T sur la figure ci-dessus).
Ce processus est activ thermiquement. G* est la barrire dnergie franchir pour raliser
le transfert. Un calcul simple mne lexpression [Marcus 1965] de G* = (+G0)2/4.
647 G *48

k=
2
TDA
2
.
1
exp
2
(
+ G 0 1

) (I.07)
h
Pr emier Terme 4kT 4 kT
Pr obabilit de transfert
entre l'tat D et A

Deuxime terme de Franck Codon
formule de marcus ( cas classique)
, k, G0, et T sont respectivement lnergie de rorganisation, la constante de

Boltzmann, lnergie libre entre les deux tats et la temprature. Lnergie de rorganisation
est indique sur la figure I.24. Elle correspond la diffrence dnergie si on faisait le
transfert lectronique configuration constante de la molcule. Cest galement lnergie
quil faut fournir pour dformer la molcule de la configuration darrive celle de dpart
sans transfert lectronique.
Cette thorie est le cadre de nombreux travaux thoriques. La plus grande partie du
travail consiste dterminer et G0. La mconnaissance de ces deux paramtres et la
varit des situations rencontres dans la littrature ont t lorigine de rsultats
contradictoires.
La thorie prsente rend compte de linteraction de la charge avec son

environnement. En particulier les molcules deau et les ions prsents dans la couche
dhydratation de lADN peuvent affecter le transfert de charge [Barnett 2001]. Les
vibrations de la molcule peuvent faciliter le dplacement de la charge. On parle alors de
transfert assist par polaron [Bruinsma 2000]. Les temps caractristiques de dplacement
des groupements phosphates et des sucres de lADN sont de lordre de 30-300ps [Henderson
1999]. Les tudes actuelles tentent de comprendre ces mcanismes.
40

V.2.1.2. Super change
La figure I.25 dcrit le transfert travers toute la molcule, de ltat de dpart

jusqu un tat de mme nergie parmi ceux disponibles. Ltat darrive se dsexcite
ensuite par couplage avec lenvironnement (cf. figure I.25). Ce transfert fait intervenir tous
les niveaux de la molcule par lintermdiaire du terme de couplage TDA. Ce terme dcrot
exponentiellement avec la distance. On perd typiquement un facteur 10 dans le couplage
tous les 0.1 1nm [Krzeminski 2001].
TDA exp( d ) avec 1 10 nm 1 (I.08)
V.2.1.3.Cas de lADN
On considre dans cette section le cas du transfert de charge dans lADN. Cette
molcule est un bon candidat pour le transfert lectronique grce au recouvrement des
orbitales des paires de base le long de la molcule. A cela il faut ajouter quune charge
positive est plus stable localise sur une paire de base G-C (ou un groupement de paire de
base G-C), que sur une paire de base A-T. Le transfert se fait alors entre les paires de base
G-C le long de lADN.
Le transfert entre ces sites dpend exponentiellement de la distance tant que la
distance parcourir est faible (mcanisme de super change). Au-del dune distance
critique (qui correspond un saut denviron 3 paires de base) on a une dpendance en
fonction de la distance qui est algbrique (cf. figure I.26). Les charges sont transportes sur
de longues distances mme si les paires de base G-C sont relativement loignes.
Lexplication de ce phnomne est lactivation thermique dun mcanisme de saut
entre les paires de base A-T [Bixon 2001]. Ltape limitante est darriver mettre la charge
de la base G-C sur la premire paire de base A-T. La charge peut alors se dplacer sur les
paires de base voisines qui sont des niveaux dnergie voisins ou infrieurs.
Le transfert de charge peut tre interrompu par une dsexcitation de ltat excit par
le solvant. On a donc une comptition entre le transport et la capture de la charge par le
solvant [Bixon 2001].
41

V.2.1.4. Distance de saut variable
Dans le modle que lon propose dans cette section la distance de saut peut tre
variable. Mott [Mott 1971] a propos ce mcanisme pour les solides dsordonns. La
conduction peut se faire par saut entre des tats localiss alatoirements en nergie et dans
lespace. Les lectrons pour se dplacer dans le solide doivent se placer sur un tat inoccup
le plus proche en nergie et en distance (R). Or plus la charge va loin, plus elle a de chance
de trouver un tat proche en nergie. Inversement si la charge ne va pas loin la probabilit P
de transfert est plus importante mais dans ce cas il y a peu de chance de trouver un tat
proche en nergie. Ce modle est mis en quation ci-dessous (I.08). On arrive une
dpendance de la conductivit en temprature donne par la formule ci-dessous (I.09bis).
T0 est un paramtre qui dpend de la densit et de la localisation des tats au niveau de
Fermi et d est la dimension du systme.
Cste
P = exp R (I.09)
RkT
Plus on sloigne, plus on a de

Dcroissance chance de trouver un tat proche
exponentielle avec la
en nergie. E varie en 1/R pour
distance
un modle unidimensionnel.
T 11+d
exp 0
Le meilleur compromis est obtenu pour
T

R ~ (1/T)0.5
Formule en
dimension d
daprs Mott
(I.9bis)
T 12
exp 0 Cas uni dim ensionnel d = 1
T

Dmonstration simplifie cas unidimensionnel
Ce modle de conduction a t utilis par Yu [Yu 2001] pour expliquer la

dpendance en temprature (80K temprature ambiante) de la conductivit des expriences
de Tran [Tran 2000] dabsorption micro-onde par lADN.
Yoo [Yoo 2001] a galement tudi la dpendance de la conductivit de lADN sur
une large gamme de temprature. Il mesure une dpendance de la conductivit qui ressemble
42

beaucoup celle de Tran. Mais ils interprtent leurs rsultats par un modle de saut de
polaron [Bottger 1985].
V.2.1.5. Saut de polaron
Comme nous lavons vu prcdemment, le transfert de charge saccompagne en

gnral dune rorganisation de la molcule. Le polaron, est une dformation du rseau
associe la charge. Cest lensemble de la dformation et de la charge qui se dplace.
Yoo [Yoo 2001] a utilis un modle de saut de polaron pour expliquer ses rsultats
exprimentaux. On retrouve le mcanisme de saut, mais cette fois ci un champ lectrique est
appliqu (par comparaison aux expriences de transfert de charge effectues en solution o
il ny a pas de champ lectrique appliqu). Ce champ lectrique abaisse la barrire dnergie
franchir pour effectuer le saut dun tat un autre. On a une dpendance exponentielle du
courant vis--vis du champ lectrique (cf. formule (I.10)). Le sinus hyperbolique correspond
la sommation du courant dans les deux sens.
a : dis tan ce de saut

ea V Ea
I sinh exp avecV / d : champ lectrostatique int erlectrode (I.10)
2kT d kT E : Energie d ' activation
a
V.2.2. Transport travers une molcule entre deux lectrodes
On prsente dans cette partie un certain nombre de rsultats sur le transport de charge
dans des structures Mtal / Molcule / Mtal. Deux approches sont dcrites ci-dessous. Ce
quon apporte en plus de la partie prcdente est lajout des lectrodes. Il se pose alors le
problme de linjection des charges pour initier le transfert.
V.2.2.1. Injection des charges
Le contact lectrique entre les lectrodes et la molcule peut tre trait globalement
en rsolvant lhamiltonien du systme et en calculant le coefficient de transfert entre les
lectrodes [Krzeminski 2001]. Cette approche fait lobjet des deux sections suivantes
(Bardeen et de Landauer).
Dans cette section nous prsentons brivement les phnomnes qui peuvent se passer
aux lectrodes. Dans lhypothse dun mauvais contact entre la molcule et les lectrodes,
les charges peuvent tre injecte par effet tunnel. La charge mise est attire par son image
43

lectrostatique donne par llectrode. Cet effet, abaisse la barrire dmission. On a alors
une dpendance du courant donne par la formule (I.11) o a est une constante qui dpend
de la charge de llectron et de la permittivit du vide, et E est le champ lectrostatique au
niveau de llectrode [Aviram 1998 p.141]. En particulier, linjection des charges peut
dpendre de la gomtrie des lectrodes. Le champ lectrostatique est plus important au
niveau dune pointe quau niveau dune lectrode plane.
E = a E
a E
I e
(I.11)
kT
Electrode
Dans le cas de lADN on peut sattendre observer dautres phnomnes comme une
accumulation dions de la couche dhydratation de la molcule au niveau des lectrodes.
Leffet dune telle accumulation est dcranter le potentiel lectrostatique. On peut
sattendre alors une forte diminution du courant.
De plus une fois que les charges sont injectes, la question est de savoir par quel
mcanisme elles vont atteindre lautre lectrode. La question se pose de savoir par o passe
le courant ? Par les ions de la couche dhydratation ou par les paires de base, ou par le
squelette.
Ainsi le mcanisme de transfert de charge travers la jonction Mtal / ADN / Mtal
nest pas simple a priori.
V.2.2.2. Approche de Bardeen
Le formalisme de Bardeen [Bardeen 1961], dcrit lorigine le passage des

lectrons par effet tunnel entre deux lectrodes spares par un isolant. Lhypothse utilise
par Bardeen est celle dun faible couplage entre les deux lectrodes. La molcule qui relie
les deux lectrodes est considre comme une perturbation. Ce traitement permet de dduire
une expression explicite du courant traversant la jonction.
Cette approche nest pas forcment adapte au problme de la conduction dans des
molcules qui couplent a priori fortement les deux lectrodes. Lapproche de Landauer est
mieux adapte ce genre de traitement.
44

V.2.2.3. Approche de Landauer
Landauer [Landauer 1957] traite la molcule qui relie les lectrodes comme un centre
diffuseur. Cette approche a lavantage de ne pas se limiter au cas o la molcule est
considre comme une impuret perturbatrice.
Le diffuseur possde une certaine probabilit de laisser passer un lectron (note T).
Ainsi lintensit qui passe dune lectrode lautre dpend de loccupation des niveaux sur
chaque lectrode et de cette probabilit. Si aucune tension nest applique au systme, il y a
autant de courant dans un sens que dans lautre. En revanche ds quune diffrence de
tension est applique il y a un dsquilibre des porteurs proportionnel la tension. A
temprature nulle on a alors une expression de la conductance (I.12).
e : charge de llectron
2e 2
g= T h : constante de Planck (I.12)
h T : Coefficient de transmission

Lorsque T = 1. Cest le cas par exemple dun conducteur dont les dimensions sont
plus petites que le libre parcours moyen des lectrons, on obtient une conductance de 77S
(~12k) pour un canal de conduction.
Cette expression est intressante puisque la rsistance minimale pour un canal de
conduction est fixe par les lois de la mcanique quantique 12k environ.
Le calcul de T peut se faire pour une molcule quelconque en calculant les
coefficients des fonctions donde transmises avec lquation de Schrdinger [Krzeminski
2001] [Emberly 1998].
V.3. Mesures lectriques

On reprend sur le tableau I.02 une grande partie des mesures de la littrature. On peut
distinguer trois types de mesure. Celles o lADN est conducteur : Fink [Fink 1999],
Kasumov [Kasumov 2001] [Kasumov 2002], groupe de Nakayama, Okahata et al. [Nakayama 2001],
Rakitin [Rakitin 2001], Shana OKelley [Kelley 2001] [Kelley 1999] celles o il est isolant :
Storm [Storm 2001], De Pablo [De Pablo 2000], et enfin toute une srie de mesures
intermdiaires o lADN se comporte plutt comme un semi-conducteur : Porath [Porath
2000], Yoo [Yoo 2001], Tran [Tran 2000], Ha [Ha 2002], Gu [Gu 2002-a] [2002-b], Watanabe
[Watanabe 2001], Cai [Cai 2000] [Cai 2001].
V.3.1. ADN conducteur
En 1998, Okahata [Okahata 1998-b] a mesur la conductivit dun film lipidique

contenant de lADN. La mthode de fabrication du film est indique sur la figure I.27. Par
tirement du film, ils arrivent orienter les molcules dADN dans le sens de ltirement. Il
trouve une rsistance de lordre de 20k. Leur mesure nest pas tant intressante par le
45

niveau de courant quils mesurent, mais par les expriences de contrle qui montrent
clairement que la conductivit passe par lADN. En effet lorsque les molcules dADN du
film sont places perpendiculairement aux lectrodes, ils mesurent du courant, sinon ils ne
mesurent quasiment rien. Les mesures sont stables dans le temps.
Rcemment, un article de Nakayama, Okahata et al. [Nakayama 2001] sur le mme
systme montre une dpendance en temprature qui met vidence une chute brutale de la
conductivit (3 ordre de grandeur) lorsque la temprature augmente au-dessus de 75. De
plus, lorsquils refroidissent lchantillon ils retrouvent le courant initial. Ils interprtent ce
rsultat par la fusion rversible de lADN. Cela suggre que la conduction dpend de la
structure de la molcule dADN dans le film qui est en forme B temprature ambiante
[Tanaka 1996]. Cela signifie galement que lADN simple brin est isolant.
Enfin, si les molcules qui composent le film lipidique ne sont pas assez longues
pour ponter les lectrodes, ils ne mesurent pas de courant. En effet, la mise sous tension le
courant dcrot trs rapidement vers zro (ils dduisent cependant une rsistance assez faible
par extrapolation dun diagramme Cole Cole comme le montre la figure I.28).
En 1999, Fink a mesur sur quelques molcules dADN une rsistance de lordre de
1M sur une distance de 600nm [Fink 1999]. Cette exprience a t ralise dans un
microscope transmission. Une pointe vient attraper une corde dADN suspendue dans un
creux dune grille de microscope. Une diffrence de potentiel est applique entre la pointe et
la grille de microscope. Il obtient des caractristiques courant-tension linaires.
La mesure qui a donn le niveau de courant le plus important rapport au nombre de

molcules prsentes dans le systme a t obtenu par Kasumov et al. [Kasumov 2001]. Ils
mesurent des rsistances de lordre de 100k pour moins dune dizaine de molcules (on est
trs proche de la rsistance minimale dun canal de conduction 12k). De plus ils
obtiennent une supraconductivit induite par les lectrodes en rhnium (qui est
supraconducteur 1K) en dessous de 1K. Leur exprience est mettre part des autres
mesures lectriques car ils sont les seuls utiliser un traitement de la surface avec un dpt
de pentylamine en phase plasma. Cette technique est utilise en microscopie lectronique
pour traiter les grilles de microscope recouverte de graphite. De plus lorsquils mettent
lADN en prsence de DNAse, le courant disparat. Ces mesures peuvent laisser perplexe
tant elles contrastent avec ce qui est mesur gnralement sur lADN [Dekker 2001].
Nanmoins, un rsultat rcent du mme groupe de recherche [Kasumov 2002] met en
vidence une relation directe entre la structure de la molcule et sa conductivit. En effet
avec un prtraitement de lchantillon avec de la pentylamine ils observent de lADN
conducteur et de 2.4nm de haut. En revanche sans le traitement avec la pentylamine, ils
trouvent un ADN isolant dont la hauteur est de 1nm. Leurs mesures sont faites en
conducting AFM. Par consquent, il ny a pas dambigut : le courant passe bien par
lADN.
Les expriences de Kasumov et Okahata suggrent un lien simple entre la structure et

la conductivit de lADN. Le bon empilement des paires de base semble tre une condition
pour le transport lectronique. Ce rsultat est en accord avec des mesures de courant
travers des films dADN [Kelley 2001] [Kelley 1999]. En effet ils montrent quun
dsappariement dune seule paire de base dans la molcule dADN la rend isolante. De plus
ils nobservent pas de dpendance du courant en fonction de la distance (sur quelques nm).
46

Les mesures de Rakitin [Rakitin 2001] sur des cordes dADN suspendue entre des
lectrodes spares de 10m mettent en vidence une conduction longue distance sur des
cordes dADN de 1000 molcules environ.
V.3.2. ADN semi-conducteur
Un certain nombre de mesures sur lADN donne des rsultats qui ressemblent au
comportement des semi conducteurs.
Porath [Porath 2000] a fait des mesures lectriques sur de lADN de 8nm de long qui
ne comporte que des bases G-C. (Poly(dG).Poly(dC)). Sur cet oligonuclotide, toutes les
bases G sont sur le mme brin. Il justifie son choix pour cette molcule par rapport aux
rsultats obtenus en solution o les bases G joueraient un rle crucial dans le mcanisme de
transfert de charge en stabilisant les trous (cf. paragraphe V.2).
Il a obtenu des caractristiques courant tension avec une tension de seuil (cf. figure
I.29). Le reste de la courbe est quasiment linaire avec une rsistance de lordre du G. Le
niveau de courant ne dpend pas des conditions de mesure (sous vide ou lair). En
revanche, la tension de seuil dpend de la temprature. Elle augmente avec la temprature.
Cette exprience a t interprte thoriquement par de nombreux auteurs [Hjort

2001] [Li 2001] [Cuniberti 2002]. Il est vrai que son systme se prte assez bien un
traitement thorique puisque lADN ne contient quun type de paire de base et il est de petite
taille. Porath a tent dexpliquer ses rsultats par le transfert lectronique par les tats de la
molcule dADN. La tension de seuil tant du au grand gap entre les niveaux dnergie qui
sont au-dessus et en dessous du niveau de fermi des lectrodes. Le courant commence
traverser lADN lorsque les niveaux de lADN sont en rsonance avec le niveau de Fermi
des lectrodes.
Laugmentation de la tension de seuil avec la temprature est assez tonnante. On
sattend leffet inverse pour un conducteur avec une structure de bande. Leffet de la
temprature tend dsorganiser le systme. On a donc moins de courant.
Les mesures les plus convaicantes du caractre semi conducteur de lADN ont t
obtenues par Yoo [Yoo 2001]. Ils utilisent du Poly(dA).Poly(dT) et Poly(dG).Poly(dC) pour
faire leurs mesures.
LADN est dpos par lectro trapping entre deux lectrodes. Une troisime
lectrode (cf. tableau I.02) permet dappliquer lquivalent dune tension de grille pour un
transistor lADN qui se situe entre les deux lectrodes spares de 40nm.
Leurs mesures mettent en vidence un comportement semi conducteur de type N
pour le Poly(dA).Poly(dT) et P pour le Poly(dG).Poly(dC).
Watanabe [Watanabe 2001] a galement fait de la modulation du courant traversant

lADN laide dune troisime lectrode. Son systme de mesure consiste en trois
nanotubes de carbone dont deux qui servent dlectrodes et quil peut manipuler avec une
prcision nanomtrique. Il mesure plus de courant lorsquil applique une tension de grille
importante (autour de 5V). Il dduit de ces mesures que le contact entre lADN et les
nanotubes de carbone est probablement de type Schottky.
47

Figure I.27 : Reprsentation du protocole pour lobtention dun film lipidique qui contient des brins
dADN orients. Les lipides se placent autour de lADN. Le complexe prcipite en solution aqueuse.
Il est rcupr, sch et redissous dans un solvant organique. On obtient un gel stable en laissant
vaporer doucement le solvant organique. Par action mcanique on oriente les cristaux qui forme le
gel. Les distances entre les brins et lespace inter lectrodes restent inchanges pendant ltirement.
Lespace entre les bases correspond la forme B de lADN. [Nakayama 2001]
Figure I.28 : Diagramme Cole Cole

pour des films lipidiques contenant des
molcules dADN de deux tailles
diffrentes. En (A) la molcule ponte
les lectrodes. En (B) ce nest pas le
cas. Dans ce dernier cas on extrapole
le diagramme pour en dduire une
rsistance sur laxe des abscisses.
Figure I .29 : Caractristique

courant tension de molcules
dADN poly(dG).poly(dC) de 8nm
de long. Le dispositif exprimental
et les lectrodes sont reprsents
en insert. [Porath 2000]
48

Une srie de mesures faites en conducting AFM [Cai 2001] [Cai 2001] [Gu 2002]
donnent des caractristiques courant tension avec redressement. Il y a peu de courant
faible tension puis il devient beaucoup plus important lorsque la tension augmente. Leurs
mesures donnent une dpendance exponentielle du niveau de courant avec la distance. De
plus la distance caractristique de dcroissance est 2 ordres de grandeur au-dessus de ce qui
a t observ avec les expriences faites en solution.
V.3.3. ADN isolant
Storm [Storm 2001], De Pablo [De Pablo 2000], Gomez-Navarro [Gomez Navarro 2002],
Bockrath [Bockrath 2001], ont tous observ un comportement trs rsistif de lADN par
diffrentes techniques.
Storm a dpos lADN entre des lectrodes espaces de plus de 40nm. Il na pas
mesur de courant au-dessus de 1pA. Il en a dduit une limite infrieure de 1012 la
rsistance de ses systmes.
De Pablo a effectu ses mesures laide dun conducting AFM. Ses rsultats sont en
dsaccord avec ceux de Cai [Cai 2000] [Cai 2001]. Ce dsaccord est dautant plus tonnant
que leurs systmes sont trs semblables. La diffrence peut tre dans la mthode de
mtallisation qui dans les expriences de De Pablo dtruit lADN. LADN est galement
diffrent entre les deux expriences.
Nos rsultats (cf. chapitre IV) suggrent une dgradation de lADN au cours du
dpt de llectrode.
Des mesures sans lectrodes ont galement t effectues en EFM. Dans ce cas,
Gomez Navarro et Bockrath, ont constat une constante dilectrique de lADN
incompatible avec celle dun conducteur. Pour arriver une telle conclusion ils comparent le
signal obtenu en EFM sur lADN par rapport au signal obtenu sur des nanotubes de carbone.
V.3.4. Effet de la temprature
Les mesures en temprature donnent deux types de comportement (cf. tableau I.02).
Soit la rsistance varie peu mme sur une trs grande plage de temprature [Kasumov 2001]
[Nakayama 2001] [Porath 2000], soit on a un comportement de type semi-conducteur : la
rsistance diminue lorsque la temprature augmente. Yoo [2001] et Tran [2000] ont observ
ce dernier comportement sur une large gamme de temprature. Leurs rsultats sont
similaires. En revanche linterprtation quils en donnent nest pas la mme. Yoo utilise un
modle de saut de polaron pour rendre compte de cette dpendance. Les vibrations de la
molcule dterminent la probabilit de saut. Laccord entre les rsultats exprimentaux et
thoriques est assez bon dans le cas de Yoo. Le seul point de dsaccord concerne la
49

dpendance de la distance de saut avec la temprature alors quelle ne devrait pas en

dpendre.
Les expriences dadsorption de Tran ont t interprts par Yu [Yu 2001] par un
modle de saut avec une distance variable. Finalement des rsultats assez similaires du point
de vue de la dpendance en temprature sont interprts de deux manires diffrentes.
Il est possible que le modle de Yoo [Yoo 2001] ne traite pas correctement le
problme du contact avec les lectrodes. La forme en S de ces caractristiques courant
tension peut tre d au mauvais contact entre la molcule et llectrode. En effet, les
expriences de conduction de Ha [Ha 2002] (Yoo est un des coauteurs de larticle) sur des
lectrodes donne une forme en S pour les caractristiques courant tension avec deux
pointes et une caractristique linaire pour les mesures 4 pointes. Par consquent, le modle
de saut de polaron utilis par Yoo [Yoo 2001] pour interprter ses rsultats ne marche pas
pour les expriences de Ha qui sont pourtant trs similaires. Il est vrai que les deux
expriences ne sont pas faites exactement dans les mmes conditions et on ne peut pas
rigoureusement dduire dune exprience des conclusions pour lautre.
On notera que lexprience de Yoo ressemble beaucoup lexprience de Porath

[Porath 2001]. Dans les deux cas lADN est captur lectrostatiquement entre les lectrodes.
LADN quils utilisent est le mme (Poly dG - dC), cependant il y a plus de molcules dans
le cas de Yoo. Linterprtation de lexprience de Porath fait intervenir des thories de
transport par bande [Hjort 2001] alors que Yoo [Yoo 2001] utilise un modle de saut de
polaron.
Nakayama [Nakayama 2001] observe galement une activation thermique de la

conduction lorsque les brins dADN sont trop petits pour ponter les lectrodes (cf. tableau
I.02). A ce titre leurs mesures sont intressantes car ils observent des mcanismes de
conduction diffrents avec la mme exprience (cf. figure I.28).
V.3.5. Effet de lenvironnement
Les rsultats sont controverss puisque certaines des mesures dpendent fortement de
lhumidit ambiante, alors que dautres nobservent pas de diffrence notable sous vide ou
lair (cf. tableau I.02). Les mesures qui ont donn le plus de courant (Kasumov, Rakitin,
Okahata) ne sont pas affectes par les conditions ambiantes.
Pour les mesures qui prsentent une dpendance vis--vis du taux dhumidit le
mcanisme de conduction est certainement de type ionique. Ce nest pas la seule explication
possible puisque la forme de lADN est sensible lhumidit ambiante. On pourrait attribuer
le changement du niveau de conduction au passage progressif dune forme de lADN une
autre. On peut noter (cf. tableau I.02) que dans les expriences de Gu [Gu 2002], la
rsistance varie sur 9 ordre de grandeur. De plus ils observent un changement brusque de
conductivit lorsque lhumidit ambiante dpasse 70%. Les auteurs indiquent que le
changement de conductivit saccompagne dun changement de la morphologie du film.
50

V.4. Conclusion des mesures lectriques

Nous avons prsent dans cette section les rsultats de la littrature sur la conduction
dans lADN. Le tableau I.02 donne le montage exprimental ainsi que quelques
caractristiques de toutes ces mesures. Les comportements observs vont de la
supraconductivit induite isolant en passant par semi-conducteur.
Il y a une forte dispersion entre les diffrents rsultats. Par exemple des expriences
trs similaires comme celles de Cai et De Pablo en conducting-AFM donnent des niveaux de
conduction trs diffrents (cf. figure I.23).
On a galement dsaccord entre toutes ces mesures au niveau de la dpendance en

fonction du taux dhumidit et de la temprature. Les mesures qui ont donn le plus de
courant ne dpendent ni de lhumidit ambiante ni de la temprature.
Les conditions qui permettent dobtenir du courant ne sont pas connues lheure
actuelle. On notera cependant une avance significative daprs les rsultats de Kasumov
[Kasumov 20002]. Un dpt pralable de pentylamine en phase plasma semble tre la bonne
technique pour dposer de lADN conducteur. Il sagit maintenant de comprendre pourquoi
ce traitement donne de bons rsultats du point de vue de la conduction.
Un autre aspect de la conduction de lADN est la possibilit de modifier cette

molcule pour modifier la conductivit. Ce travail a dj t entrepris en partie avec des
molcules intercalantes [Gu 2002] [Okahata 1998-b]. On peut envisager lutilisation dautres
molcules comme le cis platine qui ponte les paires de base, ou bien lintercalation dans les
sillons de lADN [garoff 2002] de molcules conjugus,...
51

VI. Conclusion Gnrale
Ce chapitre prsente la structure de la molcule dADN et ses principales

caractristiques (couche dhydratation, contre ions, formation de phase condense, ).
Les techniques les plus courantes de dpt dADN sur une surface sont ensuite
prsentes. Les tapes clefs du dpt dADN sont laccrochage de la molcule sur le
substrat, et le retrait du solvant. Suivant les techniques et le rsultat recherch (ADN tir ou
au contraire non contraint sur le substrat) on cherche minimiser ou accentuer chacune des
tapes. Du point de vue de la conduction lobjectif est dassurer un bon empilement des
paires de base.
On termine ce chapitre par la prsentation des mesures lectriques effectues sur

lADN. Le consensus qui semble se dgager des mesures lectriques est un comportement
assez rsistif de lADN.
Cependant les mesures de Kasumov [Kasumov 2001] [Kasumov 2002] et de
Nakayama, Okahata et al. [Nakayama 2001] [Okahata 1998] donnent des rsultats
reproductibles. De plus, leurs rsultats mettent en vidence une relation entre la structure de
lADN et ses proprits de conduction.
52

I(V) Rsistance Type Dpendance par rapport Dpendance par rapport Dispositif exprimental
dADN lhumidit relative la temprature
ohmique ~1M ADN- Mesure sous vide

sur 600nm Dans un microscope
transmission
Fink
Caractristi-que ~1G Poly(dG). Sous vide et lair

semi linaire sur la partie Poly(dC)
avec une tension linaire de la
Porath
de seuil courbe
ADN-
Kasumov
2002
100k ADN-
pour un petit
Kasumov
nombre de
2001
molcules (<10)
sur 500nm
53

ohmique De 400 ADN Sous vide et lair

sperme de
Nakayama
20k saumon
Okahata
pour un grand
nombre de
molcules
(~109) sur 5m
En S ~20M Poly(dA). Sous vide et lair
Ils interpolent pour le Poly(dG). Poly(dT)
leur donnes par Poly(dC) sur 40nm
Poly(dG).
Yoo
un sh(V)
~1G Poly(dC)
pour le Poly(dA).
Poly(dT) sur 40nm
(~100 molcules)
= 0.1 10 ADN- ADN en solution et Mesure dabsorption
(cm)-1 ADN sec micro onde
Tran
Ohmique ~20M Poly(dA).

(4 pointes) pour le Poly(dG). Poly(dT)
Poly(dC) en mesure
4 pointes sur 180nm Poly(dG).
En S
(2 pointes) Poly(dC)
Ha
0.1 1G
en mesure 2 pointes
sur 180nm sur
Poly(dG).Poly(dC)
54

Ohmique De 1k Poly(dA).
(RH>70%) (RH>70%) Poly(dT)

Gu
En S 100G Poly(dG).
(RH<70%) (RH<70%) Poly(dC)
Sur 10m
Ohmique avec et ~1G ADN- Sous vide et lair
sans seuil pour environ 1000 En prsence
Rakitin
molcules ou non de
sur 10m cations Zn2+
Ils observent des ~50M ADN A lair

paliers pour une molcule sperme de
sur 5nm
Watanabe
Avec une tension saumon

de seuil
~100M
pour une molcule
sur 25nm
Caractristi-que ~1G pour Poly(dA). A lair

linaire et de 50nm Poly(dT)
redressement
Cai
Conducting Poly(dG).
AFM ~10T pour Poly(dC)
250nm
55

Pas de courant R>10 T ADN- A lair

mesur
De Pablo
(I<10-12A)
Pas de courant R>1T Poly(dG).

mesur Pour une Poly(dC)
Storm
(I<1012A) distance
suprieure
40nm
EFM ADN de
ADN isolant diffrentes
tailles
Bockrath
Tableau I.02 : Ce tableau regroupe les mesures lectriques rcentes effectues sur lADN. Etude en fonction du taux dhumidit : Tran,
Ha et Gu
Etude en fonction de la temprature : Yoo, Tran, Ha, Porath (la tension de seuil dpend de T mais pas le niveau de courant)
On notera la supraconductivit induite dans lADN pour les mesures de Kasumov.
Daprs [Fink 1999] [Porath 2000] [Kasumov 2001] [Kasumov 2002] [Okahata 1998] [Nakayama 2001] [Yoo 2001] [Tran 2000] [Ha
2002] [Gu 2002] [Rakitin 2001] [Watanabe 2001] [Cai 2000] [Cai 2001] [De Pablo 2000] [Bockrath 2001] [Storm 2001]
56

Chapitre II : Techniques exprimentales
Chapitre II
Techniques exprimentales
57

I. Introduction
Ce chapitre prsente les techniques exprimentales que nous avons utilises au cours
de la thse. On commence par prsenter la microscopie champ proche et en particulier le
microscope force atomique (AFM). Lannexe A reprend en dtail le fonctionnement de cet
appareil.
On prsente ensuite les mthodes de prparation de nos surfaces : fonctionnalisation

chimique, dpt de polymre, prparation de surface SiH, La caractrisation de ces
surfaces a t faite par la dtermination de leur nergie de surface. Nous avons galement
vrifi lAFM la hauteur des molcules greffes chimiquement sur la surface.
La prparation de lADN en solution ainsi que son observation au microscope

fluorescence sont dcrites.
On terminera ce chapitre par les mthodes utilises pour prparer des lectrodes avec
un espace inter lectrode de lordre de 100nm sur une longueur de plusieurs microns.
II. Microscopie champ proche

II.1. Introduction
Dans les annes 1980 est apparue une nouvelle gnration de microscopes permettant
dobtenir des images dune surface avec une rsolution atomique. Le principe de ces
techniques dobservation repose sur linteraction entre une pointe de taille nanomtrique et le
substrat.
Lannonce de la rsolution atomique sur des surfaces de silicium par Bining et Roher
[Binning 1982] en microscopie effet tunnel a plong la communaut scientifique dans la
perplexit. En effet, il tait difficile de croire que linteraction pointe surface soit si spcifique
quelle permette une rsolution de lordre de lAngstrom. Nanmoins cette technique fut trs
vite adopte et valut ses inventeurs le prix Nobel en 1987. A peine vingt ans plus tard, la
microscopie champ proche est largement utilise dans le monde de la recherche et dans
lindustrie. La technique a t dveloppe en tirant parti de tous les types dinteraction
(mcanique, lectrique, magntique, optique, ) entre une pointe et une surface. A laide de
cette mthode on peut non seulement observer la surface, mais aussi la modifier
(manipulation datomes, de charges lectriques, gravure, raction chimique et
lectrochimique,...). Il y a potentiellement autant de microscopes ralisables quil y a
dinteractions physiques.
II.2. Microscope effet tunnel

Le premier microscope champ proche ralis est le microscope effet tunnel ou en
anglais Scanning Tunneling Microscopy (S.T.M.). Son principe repose sur leffet tunnel connu
depuis longtemps en mcanique quantique. Les lectrons peuvent franchir la barrire isolante
entre la pointe et la surface. En effet, les fonctions donde des lectrons du substrat stendent
au-del de la surface et recouvrent partiellement les fonctions donde de la pointe mtallique.
58

Les lectrons ont par consquent une probabilit non nulle de passer du substrat au mtal et
inversement. Lintensit du courant passant travers cette jonction tunnel dpend
exponentiellement de la distance entre la pointe et la surface. Typiquement le courant tunnel
chute dun facteur 10 lorsque la distance pointe-surface est augmente d1 Angstrm (k ~ 1-
1
).
I I 0 exp( kd ) (II.01)
Des cramiques piezo-lectriques sont utilises pour dplacer avec une prcision dune
fraction dAngstrm la pointe au-dessus de lchantillon de telle sorte que le courant tunnel
soit constant. Limage ainsi obtenue ne donne pas seulement la topographie de la surface,
mais aussi une image de la densit lectronique.
La dpendance trs forte du courant tunnel en fonction de la distance la surface a

pour consquence que seuls les quelques atomes lextrmit de la pointe contribuent de
faon majeure au passage du courant, permettant ainsi datteindre la rsolution atomique.
II.3. Microscopie force atomique

La microscopie tunnel a ainsi ouvert une nouvelle voie dans le domaine de la science
des surfaces qui na cess de se dvelopper depuis. En effet, la vue des images rsolvant la
structure atomique du silicium, il tait clair que la ralisation dun microscope similaire pour
des isolants tait porte de main [Quate 1994].
II.3.1. Le mode contact
Les premires tentatives utilisrent la force rpulsive entre la pointe (fixe

lextrmit dun levier souple) et la surface. On parle alors dAFM en mode contact.
Lobservation de la priodicit atomique de cristaux ioniques (NaCl par exemple) a montr la
faisabilit de cette technique [Quate 1994]. Ce rsultat est remarquable sachant que la pointe a
un diamtre de quelques dizaines de nm, cest dire environ cent fois plus grand que lobjet
observ. Nanmoins, labsence de dfauts et de marche atomique sur de telles images montre
quon na pas accs la vritable rsolution atomique. La pointe est sensible en quelque sorte
larrangement cristallin.
Pour accder une vritable rsolution atomique, il est ncessaire de rduire la taille
de la pointe pour arriver un petit groupe datomes. Pour que de telles pointes rsistent, le
levier doit tre extrmement souple, afin de rduire la force dappui. Malheureusement, la
prsence de forces attractives longue porte de type Van der Waals, ainsi que la pollution de
la surface par une fine couche deau (toujours prsente moins de se placer sous ultra vide et
de chauffer) qui attire la pointe par capillarit, provoque en gnral la dtrioration de la
pointe sur la surface rendant limagerie prcise illusoire. Le moyen le plus simple qui sest
alors impos est de plonger lensemble de la pointe et de lchantillon dans leau (ou tout
autre solvant). Les forces de Van der Waals sont alors fortement rduites. La rsolution
atomique sur une surface de calcite clive a t obtenue dans ces conditions [Ohnesorge
1993]. On y voit clairement les dfauts atomiques de la surface ainsi que des marches. On
59

notera quil est intressant pour les biologistes de disposer dun microscope capable dimager
dans des conditions physiologiques avec des leviers trs souples qui nendommagent pas
lchantillon [Henderson 1992].
II.3.2. Le mode non contact
Le mode contact prsente un dsavantage majeur : il est limite aux surfaces inertes.
En prsence de surfaces ractives, des liaisons chimiques peuvent se former, de la friction
peut apparatre1, etc. Lide a donc t de travailler loin de la surface sans la toucher et
dutiliser les forces attractives longue porte. On parle alors dAFM en mode non contact.
Ce mode est adapt pour les chantillons fragiles.
Pour dtecter la surface sans la toucher, lide est dutiliser les proprits dynamiques
dun oscillateur (le levier et la pointe). La pointe est excite mcaniquement pour vibrer
proximit de la surface. Les proprits de loscillateur vont tre modifies par le gradient de la
force dinteraction pointe / surface. On dtectera ces modifications par un changement de
lamplitude, de la phase (entre celle de lexcitation et celle du levier) et/ou dun dcalage en
frquence. La rsolution dun tel mode est mdiocre puisque la pointe oscille loin de la
surface (10 100 nm) avec une amplitude denviron 10nm. La dtection de proprits
lectriques ou magntiques est en gnral inspire de ce mode puisque ces interactions sont
longue porte et de forte intensit.
II.3.3. Le mode intermittent ou tapping
Entre le mode contact difficile mettre en uvre pour atteindre la rsolution

atomique, et le mode non contact de mauvaise rsolution, un mode intermdiaire sest impos
o la pointe vient taper la surface par intermittence. On parle de mode intermittent ou de
mode Tapping. La force moyenne exerce est environ 1000 fois plus faible quen mode
contact (de lordre de 10pN). Ce mode est trs intressant car il est trs simple mettre en
uvre et permet de scanner des chantillons fragiles pour un rsultat dimagerie excellent. On
atteint de manire routinire une rsolution latrale de quelques nm. En revanche, atteindre la
rsolution atomique dans ce mode est impossible vu le traitement que subit la pointe. Un
groupement de quelques atomes ne rsisterait pas longtemps des chocs rpts sur la
surface.
II.3.4. Microscopie optique champ proche
Tous les modes prsents ci-dessus jouent sur le fait que la pointe se dplace de bas en
haut par rapport lchantillon. En fait, il est galement possible dimager la topographie
dune surface sans la toucher en faisant osciller la pointe latralement. Ce mode utilise les
forces de cisaillement et de dissipation lapproche de la surface. On notera quune bonne
partie des forces a pour origine linteraction avec la couche deau adsorbe. Nanmoins, si on
enlve la couche deau adsorbe (sous ultra vide en chauffant), suivant le type de surface, on
peut avoir de la dissipation et du cisaillement jusqu des distances denviron 10nm !
[Courjon 2001] Si lon se rapproche davantage, la pointe frotte directement sur la surface.
1. Cet effet peut tre recherch pour diffrencier deux types de surface. On parle alors dAFM en mode friction.
60

Ce mode doscillation latrale est utilis en particulier en microscopie optique champ

proche pour atteindre une rsolution bien en dessous de la limite de diffraction. La pointe est
compose dans ce cas dune fibre optique. On rencontre ce mode sous le nom de SNOM
(Scanning Near Optical Microscopy) dans la littrature.
II.3.5. AFM et STM ?
Le mode avec une oscillation latrale de la pointe est intressant puisquon peut faire
un microscope la fois STM et AFM. La pointe oscille hauteur constante. La hauteur de la
pointe peut tre ajuste soit par linteraction entre la pointe et la surface, soit dans le cas o le
substrat est conducteur par le courant tunnel. On notera que ce genre de mesures est
impossible dans le cas du mode contact, non-contact et intermittent, puisque la pointe est soit
trop proche, trop loigne, ou les deux dans le cas du mode intermittent.
On peut craindre avec ce mode davoir la fois un mauvais STM et AFM. En effet,
loscillation latrale de la pointe limite videmment la rsolution latrale.
Cependant, comme dans le cas des autres modes la leon que lon peut tirer est que la
rsolution atomique peut tre atteinte condition que la partie qui interagit avec la surface soit
compose de quelques atomes. La condition supplmentaire dans le cas dune oscillation
latrale est que lamplitude doscillation de la pointe soit galement de lordre de grandeur de
la rsolution que lon veut atteindre. Une rsolution excellente a t atteinte par Freitag
[Freitag 2000] sur des nanotubes de carbone (loscillation latrale de la pointe sous leffet
dun quartz taill en forme de diapason est de quelques pm figure II.12).
Dtecter le mouvement dune pointe qui oscille avec une amplitude infrieure au
nanomtre est illusoire avec des mthodes optiques (les plus rencontres en microscopie
champ proche). En fait la dtection directe du mouvement de la pointe nest pas ncessaire
[Courjon 2001]. Si loscillateur qui excite la pointe est suffisamment sensible, sa rponse
frquentielle va tre modifie. On dtecte donc indirectement linteraction entre la pointe et la
surface.
II.3.6. Le renouveau du mode non contact
Rcemment, la rsolution atomique a t atteinte en mode non contact [Giessibl

1995] [Sugawara 1995], ce qui tait priori impossible . Les proprits non linaires de
loscillateur en interaction avec la surface et les facteurs de qualit trs importants atteints
sous vide (Q~105) rendent le systme extrmement sensible [Aim 1999]. Mais l encore, il
est ncessaire que lextrmit de la pointe ne soit compose que de quelques atomes et que la
pointe frle la surface sans la toucher au cours de loscillation. Cela ncessite de se placer
sous ultra vide pour ne pas tre gn par la couche deau adsorbe [Fukui 1999] [Maeda
1999].
II.4. Description de lappareil

Lappareil est schmatis sur la figure II.01. Il est constitu dun scanner, qui permet
de faire bouger lchantillon dans les 3 directions de lespace laide de cramiques pizo-
lectriques. Lamplitude de mouvement est de lordre de 1 100m suivant le type
dappareil.
61

Autres moyens de
dtection du mouvement
de la pointe
A-B
Laser Excitation du
Interfromtrie
Dtecteur piezo
A
t
B
Effet tunnel
Capacit
Piezo X
Contrainte
Piezo Z Y
Consigne
+
- Piezo Y
X
Figure II.01 : Principe de lAFM. Des cramiques piezo-
lectriques servent dplacer lchantillon dans les 3
directions de lespace. La surface de lchantillon est
scanne dans le plan Oxy en zig zag. Le cantilever est
compos dun levier avec une pointe en son extrmit. Les
dplacements du levier sont dtects par la rflexion dun
faisceau laser qui se rflchit en son extrmit vers un
dtecteur. On reprsente dans les encadrs les diffrentes
mthodes de dtection du mouvement du levier. La
technique la plus rpandue est celle indique sur le
schma principal. Le signal ou une partie du signal reu
par le dtecteur est compar un signal de consigne fix
par lutilisateur. Le mouvement du piezo Z est ajust de
faon minimiser la diffrence entre les deux signaux.
Lappareil est reprsent en mode oscillant. Le levier est
excit une pulsation proche de la rsonance. Le signal
recueilli par le dtecteur est sinusodal. Dans le cas du
mode contact, le cantilever noscille pas. Seule la flexion
du levier est dtecte.
62

La surface est scanne laide dune pointe trs fine de quelques microns de haut et de
rayon de courbure lextrmit (que lon appelle lapex de la pointe) de quelques dizaines de
nm. Cette pointe est elle-mme fixe lextrmit dun levier (cf. figure II.02). Lensemble
constitue un cantilever. Sur lappareil dont nous disposons (Nanoscope IIIa), la flexion du
levier est dtecte par un faisceau laser qui se rflchit en son extrmit. Cette mthode de
dtection optique est la plus rpandue.
Il existe dautres moyens de dtection du mouvement de la pointe : par effet tunnel,
par mthode interfromtrique, par mthode capacitive, par mesure de rsistance dpendante
de la contrainte La dtection interfromtrique est trs sensible mais plus complexe
mettre en uvre. La dtection par effet tunnel est de loin la plus sensible, mais elle ncessite
une surface sur le cantilever en regard bien plane, sous peine dimager des dfauts de cette
surface mtallique. La mthode utilise sur le Nanoscope IIIa (cf. figure II.01) est trs prcise
et de loin la plus souple. Le gain en prcision ne ncessite pas la perte de souplesse des autres
mthodes. L encore, il ny a pas de limite aux mthodes de dtection autre que limagination
de lexprimentateur.
Lexcitation du levier se fait par lintermdiaire dune cramique piezo-lectrique. La

pointe est excite une frquence proche de sa frquence de rsonance. Il existe dautres
modes dexcitation : par un champ magntique (utile en phase liquide pour exciter sans
perturbations parasites le levier, et rcuprer une belle courbe de rsonance) ou lectrique
oscillant,
Le Nanoscope III permet dimager laide de plusieurs modes, expliqus en dtail ci-
dessous (mode contact, modes oscillants contact intermittent et non contact, mode lift,
EFM). On peut passer trs facilement dun mode un autre.
II.4.1. Les pointes
Les cantilevers utiliss ont lallure indique sur la figure II.02. Chaque pointe est
prvue pour un mode distinct. Les paramtres pertinents (variant dun type de pointe un
autre) sont la frquence de rsonance, la souplesse du levier, lapex de la pointe, la rsistivit
lectrique du matriau pour faire passer du courant (Conducting AFM) ou imposer un
potentiel lectrostatique (EFM).
La taille optimale de lapex est de lordre de 5 10nm. En effet, en dessous de cette

taille la pointe est trs vite endommage, au-dessus il y a une perte en rsolution. Il y a
galement la possibilit dutiliser des nanotubes de carbone dont la rigidit et la taille
permettent dobtenir une trs bonne rsolution [Dai 1996].
On peut trouver dans le commerce des pointes dont la raideur du levier peut varier de
0.01 100N/m, avec une frquence de rsonance allant de 10kHz 600kHz, suivant le type
dapplication. La figure II.02 donne des exemples de caractristiques de cantilevers du
commerce et leur usage. Lutilisation dun cantilever pour une autre application que celle
prvue nest pas rdhibitoire. En effet, il est possible de modifier ou traiter des pointes pour
les adapter un usage particulier.
63

Type de cantilever : application AFM EFM, Conducting-AFM

Matriau Silicium dop n+ Silicium dop n+
0.01-0.025 cm Mtallis Pt/Ir
Raideur [N/m] 20-100 1-5
Frquence de rsonance [kHz] 200-400 50-70
Longueur [m] 120-130 250
Rayon de lapex [nm] 5-10 5-20
Figure II.02 : Vue de lextrmit du cantilever, et de ses dimensions caractristiques.

Le levier est fix un ensemble plus gros de quelques mm de cot qui permet de
manipuler facilement la pointe et den changer par un minimum dopration. Le
tableau indique les dimensions caractristiques des cantilevers les plus utiliss pour
les applications courantes : AFM, EFM, Conducting-AFM.
II.5. Description des diffrents modes

Cette partie est consacre expliquer linteraction entre la pointe et la surface, et
comment on peut se servir de cette interaction pour former une image AFM. Lobjectif
principal est de comprendre lorigine dventuels artfacts dans limagerie (effet de la
dissipation, prsence dune couche deau,). On prsente ensuite comment utiliser lAFM
pour sonder les proprits lectriques et lectrostatiques dobjets poss sur la surface.
II.5.1. Description de linteraction pointe surface
II.5.1.1. Courbe dapproche retrait
Linteraction pointe surface va tre lorigine de la diminution de lamplitude

doscillation lorsquon approche la pointe de la surface mme lorsque la force est attractive !
Les courbes dapproche retrait renseignent sur la nature de linteraction avec la surface. A
la limite elles donnent une cartographie de la force perpendiculairement lchantillon. Cest
pour cette raison quon les prsentera pour chaque type de mode.
Les courbes dapproche retrait ne permettent pas forcment de dduire

quantitativement linteraction entre la pointe et la surface. En effet dans le cas ou la pointe
oscille perpendiculairement lchantillon, le champ de force vu par la pointe au cours de
son oscillation est fortement inhomogne (figure II.06). La force est la plus importante
lorsque la pointe se trouve proximit de la surface. La consquence est quon a alors un
comportement fortement non linaire avec une hystrsis de lamplitude et de la phase entre
lapproche et le retrait de la surface (figure II.07).
64

Dans le cas o loscillation de la pointe est latrale, la situation est beaucoup plus
simple car la pointe reste altitude constante. Les quations restent linaires. Dans ce cas les
courbes dapproche retrait permettent de remonter la force que subit la pointe. On peut
rellement faire une cartographie en volume de la force. Linconvnient est quon accs
uniquement la force latrale.
On peut tout de mme observer un phnomne dhystrsis dans le cas o
lchantillon se dforme ou bien si il y a une fine pellicule deau sur lchantillon qui va
attraper par capillarit la pointe. On peut rechercher faire osciller la pointe dans la couche
deau ou au contraire lviter suivant les applications.
II.5.1.2. Mode contact
Le principe du mode contact est dutiliser la flexion de la poutre du cantilever pour

balayer la surface. Lorsque le levier touche la surface il flchit et dvie dautant le faisceau
laser.
La courbe dapproche retrait reprsente sur la figure II.03 renseigne sur les
proprits mcaniques de la surface. La pointe peut indenter la surface pour des chantillons
mous . Lindentation peut tre dfinitive ou rversible suivant le matriau. Dans les
conditions usuelles, la surface est recouverte par une fine couche deau. Il peut y avoir
dautres solvants ou impurets, mais en gnral il sagit deau. Une fois la pointe en contact
avec le liquide, la force de capillarit a tendance attirer la pointe vers la surface.
Cette courbe permet de calibrer le dplacement en Z de la pointe avec le signal reu
par le dtecteur. La raideur de la poutre permet alors de remonter la force dappui sur la
surface.
On notera que la force dadhsion dans le vide (donc sans couche deau adsorbe sur
la surface) peut tre importante au moment o la pointe touche la surface, surtout si les deux
surfaces sont identiques (1000nN pour une pointe en silicium sur une surface de silicium).
Lnergie de surface dans le vide peut tre 10 fois suprieure celle avec la prsence dune
couche deau (vide pointe surface ~1Nm-1). La pointe aura tendance rester colle sur la surface.
II.5.1.3. Modes oscillants
Lobjectif de cette partie est de comprendre comment linteraction de la pointe avec la

surface modifie loscillation de la pointe. Nous verrons dans la partie (II.4.2.) comment on
peut appliquer ces rsultats pour interprter les images AFM.
Lannexe A reprend en dtails les rsultats de cette section.
II.5.1.3.1. Oscillateur harmonique
On rappelle rapidement dans cette section quelques rsultats sur loscillateur

harmonique. Un exemple typique doscillateur harmonique est une masse suspendue un
ressort. Lquation de loscillateur harmonique est rappele ci-dessous (II.02). 0 est la
frquence de rsonance, Q le facteur de qualit, et f lamplitude de la force dexcitation.
Lamplitude et la phase (par rapport lexcitation) de loscillateur dpendent de la frquence.
Elles sont reprsentes sur la figure II.04.
65

Signal recueilli par

le dtecteur
Distance pointe-
chantillon
Echantillon dur. La
pointe ne rentre pas
dans la surface.
Echantillon mou
lastique.
Lindentation est
rversible.
Echantillon mou
dformable.
Lindentation est
dfinitive.
Figure II.03 : Courbe dapproche-retrait en mode contact. Ces courbes sont obtenues exprimentalement
en rapprochant puis en retirant la pointe de la surface. La fine couche deau qui recouvre lchantillon
attire la pointe, cet effet tant plus marqu lors du retrait de la pointe qu lapproche. La pointe peut
indenter des chantillons mous de manire rversible ou dfinitive. Un phnomne dhystrsis est alors
observ.
66

Leffet dune force dissipative ou dune force lastique sur la courbe de rsonance est
de provoquer respectivement un crasement de la courbe de rsonance et un dcalage en
frquence.
d 2 x 0 dx f dx
cos(t )
2
+ + 0 x = x (II.02)
dt 2 Q dt m dt
Force Force
dissipative lastique
2
0
Q = 400 u=/(20 )
-20
Dphasage en
a : amplitude rduite
1,0
u = /0 -40
0,8 a = A/A0 -60
2 Q'=Q/(1+Q/0)
A0=fQ/m0 -80
0,6
-100
0,4 -120
-140
0,2
-160
0,0 -180
0,990 0,995 1,000 1,005 1,010 0,990 0,995 1,000 1,005 1,010
u: frquence rduite u : frquence rduite
Figure II.04 : Courbe de rsonance de loscillateur harmonique en amplitude et en phase (le facteur de qualit
vaut 400). Les courbes sont traces en amplitude et en frquence rduite. Lexpression du dphasage et du
nouveau facteur de qualit sont donnes sur la figure.
II.5.1.3.2. Cas de loscillation verticale
Nous allons modliser le systme pointe levier par un oscillateur harmonique. On nest
pas en toute rigueur dans ce cas. On peut par exemple avoir deux pics de rsonances proches,
ou un anti-rsonance proximit de la rsonance, Nous traitons dans cette partie le cas
idal dun oscillateur harmonique. Il est possible de se rapprocher exprimentalement de ce
cas suivant le type doscillation (excitation magntique > excitation par piezzo).
Le facteur de qualit des cantilevers du commerce est de lordre de 100 1000 dans
lair. Par consquent la courbe de rsonance est trs pique (comme sur la figure II.04). Le
cantilever nest sensible quau phnomne dont la frquence est proche de la frquence de
rsonance.
La force qui sexerce entre la pointe et la surface a lallure typique donne par la
figure II.05. La force est attractive puis rpulsive quand on touche la surface. Les forces
dinteraction sont de diffrentes natures. Il y a la force de Van der Waals qui est attractive et
agit longue distance. Cette force a une intensit typique de quelques nN. Lorsquon touche
la surface, on a une force rpulsive. Le modle de Hertz [Burnham 1993] donne une
dpendance en loi de puissance de lindentation (quation II.04). Cette force rpulsive
67

augmente trs rapidement en fonction de lindentation. Son intensit est de lordre de 100nN.
Enfin, on a des forces dadhsion dont on a dj parl pour le mode contact. Cette force est
lie aux nergies de surface de la pointe et de la surface. Parmi les forces dadhsion on peut
rajouter la force capillaire entre la fine pellicule deau gnralement adsorbe sur le substrat et
la pointe. Cette force prsente une hystrsis (cf. figure II.06) entre lapproche de la pointe et
le retrait. Cette hystrsis est lorigine dune dissipation dnergie. Au cours de loscillation
de la pointe, lnergie dissipe est de lordre de 100eV par priode [Cleveland 1998].
Au cours de loscillation la pointe va donc subir une force variable. Elle est la plus
importante lorsque la pointe touche la surface. La figure (II.05) donne lallure de la force en
fonction du temps.
Le levier nest sensible qu la composante de Fourier de la force dont la pulsation est
proche de sa frquence de rsonance. On peut ainsi ngliger tous les autres harmoniques
[Tamayo 1999]. On peut grce cette approximation calculer le dcalage en frquence et
lamortissement en fonction des composantes de Fourier dordre 1 de la force.
Les expressions du dcalage en frquence et de lamortissement sont donnes ci-

dessous (II.06) (II.07). k=m02 est la raideur du levier, F1 et F1 sont les coefficients de
Fourrier dordre 1 de la force. On peut dduire de ces deux formules toutes les autres (II.08)
(II.09) (II.10). Pour un dveloppement plus complet de cette partie on rfre le lecteur
lannexe A.
15
(II.03) FVan der Waals = HR 0.05nN (D = 3nm)

6D 2
(Modle sphre plan) 10
(avec H = 20 20 J )
Force (nN)
(II.04) Fcontact = K R D1.5 100nN

(avec K 100GPa ) 0
(II.05) Fcapillaire = 2R 110 nN -5
(avec 0.1Nm 1 )
-0,5 0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0
Distance pointe surface (nm)

Figure II.05 : Allure de la force entre la pointe et la surface en trait plein. Les courbes en pointilles
correspondent au cas dissipatif. Laire entre la courbe laller et au retour donne lnergie dissipe (de lordre de
100eV). Les forces de frottements viscolastiques ainsi que la dformation plastique du substrat sont lorigine de
la dissipation. Linteraction pointe surface est attractive longue distance (force de Van der Waals) et rpulsive
lorsque lon touche la surface. La prsence dune fine pellicule deau peut rajouter une force attractive
supplmentaire lorsque la pointe est attire vers la surface par capillarit, ainsi quune dissipation supplmentaire
puisque il y a une forte hystrsis entre laller et le retour. La pointe reste capture plus longtemps au retour.
Lordre de grandeur des forces mises en jeu est indiqu. H est la constante de Hamaker, K est le module
dYoung rduit de la surface et de la pointe. La force de contact est obtenue partir du modle de Hertz. R est le
rayon de la pointe. est lnergie de surface. La force de Van der Waals est plus faible en prsence dune fine
couche deau (interaction lectrostatique plus faible dues la forte constante dilectrique de leau).
68

20
oscillation du levier
15
10
5
excitaion du levier
(unit arbitraire)
0
0 1 2 3 4 5 6
t (unit arbitraire)
25
Dcomposition de Fourier (nN)
0,4
ordre 1 cos()
ordre 1 sin()
20
0,2
avec dissipation
0,0
15 -0,2 ordre 0
Force (nN)
-0,4
0 1 2 3 4 5 6
10 t (unit arbitraire)
-5
-10
0 1 2 3 4 5 6
t (unit arbitraire)
Figure II.06 : La figure du dessus donne loscillation du piezo qui excite le cantilever (en pointill), ainsi que la
position de la pointe (trait plein). On voit le dphasage entre les deux. La courbe du bas reprsente la force qui
sexerce sur la pointe avec (pointill) et sans (trait plein) dissipation. La force ne sexerce que pendant un temps
trs court. Elle est en phase avec loscillation du cantilever. On reprsente galement en insert la premire
harmonique et le terme constant de la dcomposition de Fourier de la force. Lharmonique dordre 1 en sin() est
nul quand il ny a pas de dissipation. On remarquera lasymtrie entre lapproche et le retrait dans le cas de force
dissipative. On remarquera que malgr la trs forte non linarit des forces de contact, la pointe a toujours un
mouvement sinusodal. Le levier nest pas sensible aux termes de la force dordre suprieur
69

La formule (II.08) correspond au dcalage en frquence dans le cas ou lamplitude

doscillation est faible, ou bien si on est loin de la surface ou la force varie lentement en
fonction de la distance. On se place dans ces conditions pour faire de lEFM (Electrostatic
Force Microscopy). Ce point sera dvelopp plus loin dans la partie (II.4.1.2. EFM).
Les deux dernires formules (II.09) et (II.10) donnent une expression de la dissipation
et du dcalage en frquence [Cleveland 1998] en fonction de lamplitude et de la phase de
loscillateur. est le dcalage en phase.
k = m 0 2
F1
u avec 2T (II.06)
2ka F
1 = cos ( t )F(d po int e / surface ( t ) )dt
T 0.
2T
avec F'1 = sin (t )F(d po int e / surface ( t ) )dt
Q
Q' (II.07)
F' Q T0
1+ 1
ka
Il faut bien comprendre que les formules du dcalage en frquence et de

lamortissement de loscillateur en prsence de linteraction avec la surface sont fortement
non linaires. Lamplitude et la phase en fonction de la frquence ne donne plus les courbes
caractristiques de la figure II.04 (i.e. courbe en cloche pour lamplitude). Sous leffet de
linteraction avec le substrat les courbes damplitude et de phase sont fortement dformes.
La dformation dpend de lamplitude doscillation du levier (cf. figure II.07).
1 dF
u = Loin de la surface ou pour une faible amplitude (II.08)
2k dx
EdQ
2
= (sin ( ) + au ) Energie dissipe en fonction de u et . (II.09)
kA 0 a
1 cos( )
u = u 2 + 1 Dcalage en frquence en fonction de u et . (II.10)
2 Qa
70

u1 u2u3 u4
1,0
0,8
0,6
a
0,4
Branche contact
intermittent
0,2
0,9950 0,9975 1,0000 1,0025 1,0050
u
u1 u2 u3 u4
-20
Branche non
-40 contact
-60
-80

-100
-120
-140
-160
0,9950 0,9975 1,0000 1,0025 1,0050
u
Figure II.07 : Dformation de la courbe de rsonance et de phase dans le cas dune force attractive loin
de la surface et rpulsive au contact de la surface. Le sommet de la courbe est dcal vers les hautes
frquences, et le reste de la courbe plus ou moins dcale vers les basses frquences. Le dcalage en
frquence dpend essentiellement de la distance minimale entre la pointe et la surface ainsi que de
lamplitude doscillation la puissance 3/2 (cf. annexe A). Cela implique que plus lamplitude est faible,
plus le dcalage augmente (i .e. A diminue). On indique droite la branche o la pointe touche la surface
et la branche non contact o la pointe interagit avec la surface sans la toucher (les branches instables
sont en pointill).Ces courbes ont t obtenue partir dun potentiel rpulsif courte distance et attractif
longue distance (cf. Annexe A).
71

Exprimental
surface
1,1
1,0
0,9
0,8 u4
0,7 u3
u2
a
0,6
0,5 u1
0,4
0,3
A0=7nm
0,2
2 4 6 8 10
D (nm)
-20 REPULSIF - CONTACT INTERMITTENT

u1
-40 u2
u3
-60 u4
-80
-100
dissipation
-120
-140 sans dissipation

contact lastique
-160
ATTRACTIF - NON CONTACT
2 4 6 8 10
D (nm)
Figure II.08 : Courbes dapproche-retrait thoriques ( gauche) et exprimentales ( droite) pour diffrentes
frquences de travail. La courbe du dessus a t obtenue sur une surface de silicium, celle du dessous sur une
surface de mica [Nony 1999] et la troisime sur du graphite (carr) et sur une membrane (triangle) [Tamayo
1998]. Les comportements observs sont trs varis. On peut distinguer deux rgimes : attractif et rpulsif. Dans
le cas dune force attractive, la seule faon pour le levier de se rapprocher de la surface sans la toucher alors
que la force est attractive est dtre en opposition de phase (i.e. <-90). La surface est reprsente en pointille
pour la courbe du haut a=f(D). On peut ainsi distinguer clairement le cas ou la pointe touche la surface (cas u1)
du cas non contact (u3 et u4).
72

On peut tirer un certain nombre dobservation des figures II.07 et II.08. :

- On peut constater sur la figure II.07 que le dcalage en frquence augmente lorsque
lamplitude doscillation diminue [Hlsher 1999]. Ce rsultat est dmontr en annexe A. On
peut lexpliquer simplement par le fait que pour une amplitude faible, la pointe reste plus
longtemps au voisinage de la surface lorsquelle est au bas de son oscillation. Par consquent
la force agit pendant un temps plus long. Le coefficient de Fourrier F1 est alors plus
important. On a donc un dcalage plus important.
- On dduit des courbes de rsonance dformes de la figure II.07 les courbes

dapproche retrait de la figure II.08 pour diffrentes frquences (cf. Annexe A) [Haugstad
1998]. Exprimentalement la frquence est fixe pendant lacquisition de ces courbes. On
peut constater que nos courbes thoriques rendent compte de rsultats exprimentaux de la
littrature [Nony 1999] [Tamayo 1998].
- On observe un certain nombre de comportements sur ces courbes que lon retrouve
quand on fait de limagerie. Tout dabord, lamplitude doscillation peut diminuer sans que la
pointe ne touche la surface ! Cela correspond aux courbes qui ne touchent pas la droite en
pointill sur la figure II.08. La seule faon dexpliquer ce comportement est que la pointe
oscille en opposition de phase par rapport lexcitation. On peut constater en effet que la
phase est dans ces cas infrieure -90.
Dans le cas o la pointe touche la surface on peut constater que lindentation est
relativement faible [Nony 1999] et la phase est suprieure 90. Lexcitation donne de
lnergie la pointe.
- Un dernier comportement trs courant est la variation de la phase sous leffet de la

dissipation (cf. figure II.08) alors que lamplitude est peine affecte. On peut constater dans
de telles situations tout lintrt de la phase qui voit des choses que lamplitude ne voit pas.
La dissipation tend rapprocher la phase de -90. Ce comportement peut sexpliquer
de la faon suivante. La dissipation provoque un abaissement du facteur de qualit. Or comme
le montre la figure II.08, la courbe de phase se rapproche alors de -90 [Behrend 1999].
On prsente dans la partie suivante le cas de la pointe qui oscille latralement. Dans ce
cas le traitement thorique est beaucoup plus simple.
II.5.1.4. Mode oscillation latrale
Contrairement au cas de loscillation verticale de la pointe, loscillation horizontale

donne un comportement linaire. Les courbes de rsonance de loscillateur sont dcales et
amorties sans dformation supplmentaire comme le montre la figure II.09. Nous allons voir
dans la section suivante (II.4.2.) comment obtenir des images en utilisant les proprits de ces
systmes oscillants proximit dune surface.
73

Figure II.09 : Dformation des courbes de rsonance lorsque la pointe qui oscille latralement se
rapproche de la surface [coutjon 2001]. On voit clairement le dcalage en frquence ainsi que
lamortissement des courbes. Lobtention de chacun des spectres peut se faire trs rapidement. On
peut ainsi sparer trs prcisment la composante dissipative (diminution du maximum) et lastique
(dcalage en frquence) [James 2001].
II.5.2. Application limagerie
II.5.2.1. Principe
Le principe pour obtenir une image dune surface est comme dans le cas du STM de
fixer une valeur de consigne et dajuster la hauteur de lchantillon pour que la valeur
mesure concide avec la valeur de consigne. Dans le cas du STM, la valeur que lon mesure
et que lon ajuste (en dplaant lchantillon verticalement) est le courant.
On prsente pour chaque type de mode quelle est la valeur qui est maintenue
constante.
II.5.2.2. Mode contact
Limage est obtenue en ajustant la hauteur de lchantillon tout moment pour

conserver la dflection du faisceau laser constante. Les 3 coordonnes X, Y et Z de
lchantillon sont enregistres, et donnent une image tridimensionnelle de la surface.
Les gains en mode contact peuvent tre fixs une valeur importante de lordre de 1
5 pour le Nanoscope IIIa.
Gnralement comme lindique le nom de ce mode, on image la surface en la
touchant. Nanmoins, il est possible de limager en mode attractif. Dans ce cas, limage est
instable puisque la pointe si elle est attire par capillarit du mnisque de liquide peut
dcrocher de la surface. Avec les cantilevers que nous avons utilis qui sont assez rigides,
nous ne pouvons pas imager en mode attractif.
Dans le cas du mode contact les informations accessibles sont non seulement la
hauteur de la pointe, mais on peut galement avoir accs la torsion de la poutre. On mesure
ainsi la friction de la pointe sur la surface [Woon 1998].
74

II.5.2.3. Tapping mode
En mode dit tapping, la hauteur de lchantillon est adapt tout instant pour garder
lamplitude doscillation une valeur choisie par loprateur. En dautres termes la boucle de
rtroaction va minimiser lerreur entre lamplitude mesure et la consigne impose par
loprateur (cf .figure II.10).
Bien que lon parle de mode tapping, rien nempche de travailler sur une branche de
la courbe de rsonance o la pointe ne touche pas la surface. Ainsi le mode dit tapping
nimplique pas forcment un contact intermittent avec la surface. Cependant on vitera
toujours de travailler sur la branche non contact, dautant plus que plusieurs tats sont
possibles au dessus de la frquence de rsonance (u>1). On travaille donc en dessous de la
rsonance. Bien entendu, si la composante attractive de la force est importante, on peut avoir
des instabilits des deux cots du pic (cf. figure II.08).
Exprimentalement nous avons constat une drive de la courbe de rsonance au

cours de certaines images. Ce nest pas systmatique. Ainsi mme en ayant choisi au dpart
une frquence de travail infrieure la frquence de rsonance, on peut se retrouver avec le
dcalage du pic du cot droit du pic. Dans ce cas les images sont instables. Pour rsoudre ce
problme il y a deux stratgies. Dans ce cas le fait daugmenter lamplitude doscillation
amliore la stabilit de limage. Cependant la meilleure chose faire et de se replacer du
cot gauche du pic (mode sweep sur Nanoscope IIIa).
Il y a plusieurs explications ce dcalage en frquence. Le contact entre le cantilever
peut modifier lgrement la courbe de rsonance. Deuximement, la courbe de rsonance de
la pointe faite loin de lchantillon est dcale vers les hautes frquences par rapport celle
faite trs proche de la surface (de lordre de 100nm). Troisimement, il peut y avoir des
drives thermiques. Dans ce cas lappareil se stabilise au bout dun certain temps de lordre
de lheure,
relief
Figure II.10 : Principe de limagerie en tapping mode. La pointe oscille au-dessus de la surface. La
hauteur de lchantillon est ajuste afin de maintenir lamplitude doscillation constante. On peut
constater quau moment de rencontrer lobstacle lamplitude diminue pendant un cours instant
avant de revenir la valeur de consigne. La boucle de rtroaction nest pas parfaite.
La figure ci-dessus illustre la boucle de rtroaction. On voit que lerreur entre la valeur
de consigne et lamplitude nest pas strictement nulle. Sur Nanoscope IIIa, il est possible de
modifier les gains de la boucle pour la rendre plus ou moins ractive. Si elle est trop sensible
le risque est damplifier certaines composantes du bruit et dobtenir des oscillations parasites.
La vitesse laquelle la pointe parcourt la surface ne doit pas tre trop importante : de lordre
du m par seconde (en pratique nous navons pas dpass 6m/s). Nous avons utilis des
75

gains de la boucle de rtroaction assez faibles. Cette configuration nous a donn les images
les plus propres.
II.5.2.4. Tapping mode deflection
Dans toute la prsentation ci-dessus, on a nglig la dflection moyenne du levier. Cet

effet est faible puisque le dplacement moyen est de lordre de grandeur de lamplitude
doscillation divis par le facteur de qualit (de 100 1000 fois plus faible pour un facteur de
qualit Q~100 1000). Le tapping mode deflection se situe entre le mode contact et tapping.
La pointe oscille, mais on dtecte la dflection moyenne de lchantillon. Limage est obtenue
en maintenant la dflection moyenne de la pointe constante. En particulier, si on annule
loscillation du levier, on se retrouve dans un configuration de mode contact. On rappelle la
formule de la dflection moyenne x0 en fonction de F0 (coefficient de Fourier de la force au
premier ordre. Cest la moyenne de la force que subit la pointe au cours de son oscillation) :
F0 = k x0. F0 est en gnral trs faible par rapport la force en mode contact (la force est
divise par un facteur de lordre de Q~100-1000. Cf. Annexe A). En effet, les forces nagissent
que pendant une fraction de priode rduisant dautant sa valeur moyenne.
En mode tapping, on est sensible au dcalage en frquence et lamortissement de la
courbe de rsonance, alors quen tapping mode deflection, on est sensible la moyenne de la
force.
Nous avons utilis ce mode pour faire nos mesures lectriques en mode contact. Le
logiciel de commande du Nanoscope IIIa permet de passer du mode tapping au mode
deflection tout en continuant imager. Cela nous a permis de poser la pointe sur la surface et
de faire des mesures locales de courant. On reprend en dtail le protocole dans la section
(II.4.1.3.) sur le conducting AFM.
II.5.2.5. Mode non-contact
Ce qui diffrencie le mode tapping du mode contact est la boucle de rtroaction. (Il est
faux de dire quen mode non contact on ne touche jamais la surface et quen mode tapping on
touche la surface car ce qui dfinit ces modes est exclusivement la boucle de rtroaction). On
travaille autant que possible avec une prdominance des forces attractives.
En gnral la rsolution est moins bonne en mode non contact, puisque la pointe est
assez loin de la surface. Nanmoins en se plaant sous vide, il est possible datteindre la
rsolution atomique. En effet le facteur de qualit Q peut dans ces conditions atteindre une
valeur de 105. Bien que linteraction soit longue porte , La sensibilit du levier est telle
que lon arrive atteindre une rsolution latrale atomique lorsque la pointe effleure la
surface. Dans ce cas la dformation de la courbe de rsonance devient trs importante (cf.
figure II.11 - on peut atteindre une rsolution verticale de quelques pm). Il faut noter que sous
vide, linteraction de Van der Waals est plus importante, et la pointe peut approcher la surface
sans subir laction de leau en surface comme cest le cas lair libre. Comme la pointe ne
touche pas la surface, il est possible dutiliser des pointes dont lextrmit nest compose que
de quelques atomes. Cest la condition ncessaire pour avoir une rsolution atomique.
76

Dphaseur
Condition doscillation : dphasages = 0 [2]
Boucle pour
maintenir A
constant
Photodiode
Mesure u0 u1
de u
laser
1,0
d/a
0,8
piezo
1
0,6
a
0,4
0,2
u1 0,985 0,990 0,995 1,000 1,005 1,010 1,015
u
u0 0
frquence -30
-60
-90

relief -120
-150
-180
0,99 1,00 1,01
u
Figure II.11 : Principe du non contact AFM. On reprsente la courbe de rsonance et de phase pour trois
valeurs de d/a diffrentes. La sensibilit de la dtection de la frquence pour une phase donne est la meilleure
la rsonance (i.e. 90). Une premire boucle de rtroaction sert maintenir lamplitude doscillation
constante (on a reprsent le laser, la photodiode ainsi que le piezo excitateur du levier). A laide dun
dphaseur le systme va auto-osciller la condition que la somme des dphasages soit nulle modulo 360. On
travaille ainsi tout le temps la rsonance. Il y a uniquement un dcalage en frquence lorsque lchantillon
sloigne ou se rapproche de la surface. La hauteur de lchantillon est ajuste afin de garder la frquence
constante (u0 sur le schma). Sur un obstacle, la courbe de rsonance va se dformer. La frquence passe de u0
u1. Lchantillon se dplace verticalement pour revenir la frquence u0. On remarquera que le dcalage en
frquence diverge lorsque la pointe touche presque la surface (cf. encadr pour a/d1). Cest en travaillant
dans ces conditions que lon peut atteindre la rsolution atomique. Pour imager dans ces conditions on se place
gnralement sous vide. Si on reste assez loin de la surface, le dcalage est beaucoup moins important et la
rsolution beaucoup moins bonne.
77

La boucle de rtroaction est dfinie de la manire suivante : lamplitude et la phase

sont fixes. La phase est maintenue -/2 (i.e. la rsonance). Lorsque la pointe se rapproche
de lchantillon on observe un dcalage en frquence. On sarrte lorsquon atteint un certain
dcalage en frquence. On peut alors imager lchantillon en ajustant la hauteur pour
maintenir le dcalage en frquence constant.
Du point de vue de linstrumentation, loscillateur est maintenue une amplitude

doscillation constante par une boucle de rtroaction. Pour faire auto-osciller le levier on
rinjecte avec un certain dphasage le signal en sortie de la photo diode sur lexcitation du
levier. La condition doscillation est que la somme des dphasages sur toute la boucle soit
nulle (modulo 2). Comme on travaille la rsonance (o la sensibilit est la meilleure) on
impose un dphasage de -3/2. Le rglage fin pour tre exactement la rsonance est obtenu
lorsque lexcitation du piezo est la plus faible. Avec cette partie du dispositif on travaille au
sommet de la courbe de rsonance. On mesure donc un dcalage en frquence lorsque
l chantillon se rapproche ou sloigne de la surface (cf. figure II.11).
Pour obtenir une image en topographie de la surface on utilise une deuxime boucle de
rtroaction qui ajuste la hauteur de lchantillon afin de maintenir un dcalage en frquence
constant.
Ce mode est intressant dans la mesure o lamplitude doscillation est toujours

constante et la rsonance. On na plus de problmes dhystrsis comme ctait le cas en
mode tapping avec une boucle de rtroaction uniquement sur lamplitude. On peut avec ce
mode travailler galement avec une prdominance des forces rpulsives (en choisissant un
dcalage en frquence positif). Dans ce cas la pointe entre en contact avec la surface.
II.5.2.6. Mode oscillation latrale
Dans le cas dune oscillation latrale, la boucle de rtroaction peut se faire par le
dcalage en frquence ou lamplitude ou par la phase, ou par le courant tunnel dans le cas
dun chantillon et dune pointe conductrice.
On donne sur la figure ci-dessous (II.12) les rsultats obtenus sous vide sur une
surface de graphite [Courjon 2001] ainsi quune image obtenue par Freitag [Freitag 2000]
pour des nanotubes dposs sur une surface isolante et connects une lectrode. On peut
constater que la rsolution en courant est excellente. On donne galement sur la figure un
dispositif permettant dexciter et de dtecter en retour le mouvement de la pointe. Un
diapason est taill dans un cristal de quartz. Une pointe est alors fixe sur une des branches du
diapason. Des systmes de ce type sont maintenant commercialiss.
On peut constater que la sensibilit en courant est beaucoup plus importante (cf. figure
II.12) quen dcalage en frquence. On a une dcade de variation pour un dplacement
infrieure au nanomtre pour le courant et de lordre de 10nm pour le dcalage en frquence.
On notera galement que linteraction entre le graphite (HOPG) et la pointe linteraction a
lieu de manire significative jusqu 10 nm de la surface alors que la pointe oscille
latralement.
78

Diapason en
quartz excit
lectriquement.
Echantillon
Daprs Freitag
Sous vide daprs Courjon bainier Sous vide daprs Courjon Bainier
Figure II.12 : Description dun dispositif dexcitation dune pointe mtallise pour mesure de
courant par effet tunnel daprs Freitag [Freitag 2000] et Courjon Bainier [Courjon 2001]. Un
diapason en quartz permet de faire vibrer avec une amplitude trs faible une pointe mtallise.
- Courjon,Bainier : le courant tunnel, le dcalage en frquence, ainsi que lamplitude
doscillation sont reprsents en fonction de la hauteur par rapport lchantillon (bas
gauche). Les mesures sont faites sous vide avec une pointe en or et une surface de graphite
pyrolithique (HOPG). On peut en dduire lamplitude de la force lastique et de friction en
fonction de la hauteur avec une prcision de lordre du pN ! On remarquera que les forces
visqueuses et lastiques commencent oprer mme loin de la surface alors que lon est sous
vide. Lorigine de cette force aussi loin de la surface nest pas claire. La dpendance de ces
deux forces est environ exponentielle avec la distance. On peut constater (bas gauche) que le
courant tunnel est bien plus sensible que le dcalage en frquence pour dterminer la position
de la surface. Dans les deux cas la dpendance est exponentielle.
- Freitag : Leur dispositif est identique celui reprsent (haut droit). Il mesure les proprits
lectroniques de nanotubes de carbone connects des lectrodes en or. On peut constater que
la rsolution en courant tunnel (haut droit b) et c)) est excellente. Limage c) est un zoom du
carr sur limage b). On atteint presque la rsolution atomique par comparaison au mode
oscillant (haut droit a )).
79

Ce mode prsente galement la possibilit de scanner en volume linteraction pointe

surface. Ce mode consiste enregistrer en chaque point de limage des courbes dapproche
retrait. En effet, dans lhypothse o le film deau a t enlev (sous vide en chauffant) afin de
ne pas tre gn par la formation dun mnisque au niveau de la pointe, on a pas de problme
dhystrsis dans les courbes dapproche retrait puisque le systme est toujours dcrit par des
quations linaires.
II.5.2.7. Interprtation des images AFM
Cette partie va surtout prsenter les problmes dinterprtation des images en mode
tapping puisque peu prs toutes nos images ont t obtenues avec ce mode.
A partir de la connaissance de linteraction entre la pointe et la surface et la boucle de
rtroaction utilise, on peut en toute rigueur interprter les images AFM. Malheureusement,
ce nest pas aussi simple car le problme principal est quon ne connat pas linteraction entre
la pointe et la surface. Cette interaction est gnralement attractive longue distance et
rpulsive courte distance. On peut effectuer des courbes dapproche retrait pour tenter
dvaluer ces deux composantes. Malheureusement il faudrait en toute rigueur effectuer ces
courbes sur tout lchantillon. De plus, la pollution de la pointe peut modifier linteraction au
cours de limage [Neves 1999].
On peut tout de mme prsenter un certain nombre de situations que lon peut
interprter laide de tous ce quon a prsent. En particulier leffet de la dissipation, de
contraste de duret et en prsence dune couche deau.
Toutes les courbes prsentes dans les quelques exemples qui vont suivre ne sont
quun support pour illustrer le propos. Ces courbes ne correspondent ni des mesures ni un
modle particulier. Les cas ci-dessous correspondent limagerie en mode rpulsif.
II.5.2.7.1. Effet de la dissipation
On montre par soucis de clart leffet de la dissipation pure sur la topographie. On ne

reprsente ci-dessous (figure II.13) que le cas du mode tapping. La dissipation en mode non
contact est beaucoup moins importante. Le mode non contact est prsent plus loin. La partie
la plus dissipative apparat plus haute en topographie. Cet effet reste faible. En revanche la
variation de phase peut tre trs importante. On peut comprendre la formation dune bosse
alors que lchantillon est parfaitement plat. Pour simplifier, la dissipation diminue
lamplitude doscillation du levier. La surface doit donc sabaisser pour retrouver lamplitude
de consigne.
II.5.2.7.2. Cas de contraste dlasticit
Dans cette partie nous prsentons limagerie sur une surface prsentant des parties
plus ou moins dures.
Bien que la surface soit parfaitement plane (cf. figure II.14), on observe un effet de
topographie. Il ny aucune variation de phase sans dissipation. La partie la plus molle est en
gnral la plus dissipative. Dans ce cas, la phase diminue, et la diminution damplitude due
lnergie perdue entrane un dplacement de lchantillon vers le haut moins important.
Lorsquon abaisse lamplitude de consigne, lindentation sur la partie molle devient plus
importante.
80

0,8
Position de
la surface Sans dissipation
Avec dissipation
0,7
dissipatif
a
0,6
Avec dissipation
relief et la bonne amplitude
de consigne
0,5
phase 0,996 0,997 0,998 0,999 1,000 1,001 1,002
u
Figure II.13 : Effet topographique de leffet dissipatif. Lexplication est donn sur les courbes
de rsonance. La dissipation amortit la courbe de rsonance. Lamplitude diminue alors. La
surface doit donc sabaisser (i. e. une bosse en topographie) pour que lamplitude revienne la
valeur de consigne indique par un point. La nouvelle courbe aprs le dplacement de
lchantillon est donne en pointill, ainsi que la position correspondante de la surface. La
pointe rentre moins profondment dans la surface.
1,0
+ lastique
0,8
Position de
la surface
0,6
Sans dissipation relief
a
Position de
0,4 la surface
phase
0,2
0,994 0,996 0,998 1,000 1,002 1,004 1,006
Avec dissipation sur la u

partie plus lastique
Figure II.14 : Observation dun effet topographique entre deux matriaux de duret diffrente. La
pointe indente plus profondment la partie molle de la surface comme indiqu. Afin de maintenir
lamplitude doscillation constante, il est ncessaire de rapprocher lchantillon (par commodit on a
trac le dplacement du levier). On a reprsent les courbes de rsonance correspondant deux
amplitudes de consigne diffrentes (respectivement a=0.62 et 0.9), pour les deux parties de la
surface : lastique (en pointills) et dure (trait plein). Les flches indiquent la position de la surface.
Plus la consigne est faible, et plus la pointe indente lchantillon mou. On reprsente galement
leffet de la dissipation. On voit que celle ci fait diminuer la phase et que laugmentation du relief est
moins importante.
81

II.5.2.7.3. Effet de la couche deau
De la mme manire que prcdemment, on traite le cas dune surface prsentant deux
rgions diffrentes. Ce qui les distingue est la prsence dune couche deau sur une zone. On
obtient ce genre de comportement sur des surfaces prsentant par exemple des zones
hydrophiles et hydrophobes.
Leffet de la couche deau est assez complexe. Leau en faible paisseur a une
structure plus organise quen volume [Han 1998]. Par consquent, elle se comporte en partie
comme un solide qui va repousser la pointe. Cependant, si la pointe chaque oscillation est
capture par le film de liquide par la formation dun mnisque, cela va rajouter une
composante attractive et dissipative. La contribution majoritaire vient des forces dissipatives.
On se ramne donc au cas prsent prcdemment au II.4.2.6.1.
On a donc une surestimation de la hauteur mesure. Lannexe B dcrit une mesure que
nous avons faite o lon interprte la surestimation de la hauteur de lADN par la prsence
dune couche deau autour de lADN. En effet, la dissipation va tendre diminuer lamplitude
doscillation de la pointe qui doit sloigner de la surface pour retrouver lamplitude de
consigne.
II.5.2.7.4. Convolution
Le dfaut le plus classique est lapparition de pointe double ou triple. On parle alors de
convolution de la pointe (parler de convolution est un abus de langage. Ca ne correspond pas
rigoureusement lopration mathmatique). La rsolution dpend du rayon de courbure
lextrmit de la pointe. En effet on ne peut accder une bonne rsolution que si linteraction
pointe surface est localise. Leffet de convolution est illustr ci-dessous. On observe ce genre
de phnomne lorsque lobjet que lon veut observer est plus petit que la pointe. En dautres
termes, la surface image la pointe. Cet effet se remarque trs facilement puisque lon retrouve
sur toute la surface le mme motif.
Figure II.15 : Artefact de topographie. La

taille de lextrmit de la pointe donne la
rsolution que lon peut atteindre. Le schma
ci-dessus illustre leffet en mode contact. Il en
est de mme en mode oscillant. La figure du
dessous montre que des pollutions qui habillent
la pointe peuvent altrer la topographie. La
surface donne en quelque sorte une image de la
pointe.
82

II.5.2.8. Conclusion : AFM en pratique
La meilleure faon davoir de bonnes images AFM, et de bien rgler lappareil

pendant la mesure. Le bon rglage dpend de ce quon veut observer.
Pour observer un contraste entre deux matriaux diffrents on essayera de se placer

dans des conditions o la phase peut varier de manire importante : faible amplitude et fort
amortissement. En effet faible amplitude la pointe possde peu dnergie cintique (cf.
quation II.09). Par consquent elle sera plus sensible aux forces dissipatives. Enfin on peut
voir sur les courbes dapproche retraits (cf. figure II.09) que la diffrence de phase entre la
courbe avec et sans dissipation est la plus importante fort amortissement.
Dans le cas de deux matriaux diffrents il est difficile de se fier la variation de
hauteur puisquon ne peut pas savoir si cest un artefact de mesure ou si on a rellement une
variation de topographie. On se fiera donc plutt la phase.
On notera quon ne peut pas diminuer lamplitude doscillation autant quon veut. Plus
on diminue lamplitude doscillation plus le bruit va perturber la mesure. De plus les pieds des
courbes de rsonance des cantilevers ne correspondent plus un oscillateur harmonique. On a
souvent dautres pics de rsonance ou danti - rsonance,
Pour avoir la topographie de la surface on se placera plutt dans des conditions o la

phase varie peu : amplitude doscillation importante. En effet dans ce cas, la diffrence entre
la hauteur relle dun objet et celle quon mesure va dpendre uniquement de la profondeur
dindentation de la pointe. Or cette profondeur dindentation est faible (de quelques Angstrm
en gnral).
Cest sur les images avec de forte variation de phase quon a eu le plus de problme.
La figure II.16 donne lexemple de molcules dADN dposes sur une surface mthyle et
images en mode tapping. On a une variation en phase de lordre de -20 sur les molcules.
La hauteur de lADN sur ces images est suprieure 3nm alors quon attend plutt 1nm (cf.
chapitre III).
Nous avons observ un phnomne similaire de survaluation de hauteur sur un
chantillon avec de lADN et du pentacne. On observe dans ce cas une corrlation entre la
hauteur mesure et la phase (cf. Annexe B).
On peut proposer des modles pour expliquer ces mesures, mais ces modles se basent
sur la connaissance des conditions dimagerie : savoir si on est en mode rpulsif (sur la
branche du mode intermittent cf. figure II.09), ou attractif, ou si on passe de lun lautre en
cours dimage. La figure II.17 donne un exemple o lon voit sans ambigut le passage du
mode attractif au mode rpulsif sur la molcule. On observe des changements brusques de
hauteur. Cela donne des creux sur la figure II.17. Mais savoir si on est en mode attractif ou
rpulsif nest pas toujours aussi vident. On peut se baser sur la valeur de la phase et la
comparer celle de loscillateur libre (i.e. quelques dizaines de nm au-dessus de la surface).
On peut ainsi savoir de quel cot de la courbe de rsonance on travaille (cf. figure II.07).
Dans le cas de la surlvation de hauteur de lADN observe sur quelques unes de nos
images, nous proposons dans lannexe B un modle o lADN est entour dune couche
dhydratation importante. Ce modle semble cohrent, mais comme nous lavons soulign, on
ne peut vritablement interprter les images AFM que si on a not les conditions
exprimentales dimagerie (position sur la courbe de rsonance, amortissement, gain, vitesse
de balayage, ). On ne peut pas vrifier a posteriori ces informations (cf. figure II.16).
83

Les rsultats les plus fiables que lon peut obtenir lAFM sont ceux o on a sur une
mme image ce que lon veut mesurer et une rfrence. Pour la hauteur de lADN par
exemple Muir [Muir 1998] sest servi de triplex et quadruplex dADN comme rfrence.
Dans le mme genre dide, les rsultats que lon prsente en Annexe B sur la
corrlation entre la phase et la hauteur mesure de lADN ont tous t dduits dune mme
image. On naurait pas pu tablir cette corrlation entre des images faites sur des chantillons
diffrents et/ou avec une pointe diffrente.
On notera que la thorie que nous avons prsente sur linteraction pointe - surface
correspond au rgime permanent. En ralit la pointe est soumise des forces qui changent en
permanence. Le temps quil faut pour que loscillateur atteigne une nouvelle configuration
dquilibre est de QT~1 5 ms (o Q est le facteur de qualit et T la priode doscillation).
Avec une vitesse de la pointe de quelques m/s, la pointe parcourt une distance de lordre de
10nm avant datteindre sa nouvelle configuration dquilibre. En ralit le temps indiqu est
sur estim car la boucle de rtroaction sert justement faire osciller la pointe toujours avec la
mme amplitude. Nanmoins on retiendra que lon peut avoir une variation de topographie
amplifie ou uniquement de au mauvais rglage de la boucle de rtroaction (vitesse trop
importante, gain trop faible, ).
En pratique, pour savoir si les rglages de lappareil sont corrects, on peut commencer
par comparer la topographie que donne la pointe sur une ligne laller et au retour. Les deux
traces doivent se superposer. On peut galement faire plusieurs images un mme endroit en
changeant les rglages (gain, vitesse de balayage, amortissement, amplitude doscillation de la
pointe) [Ferreiro 2000]. Dans le cas particulier de mesure de hauteur, on a ainsi une ide de
lerreur que lon commet entre la plus petite et la plus grande valeur mesure. On peut
galement pour enregistrer un maximum dinformation sur la topographie de la surface
effectuer une image en force volume. Dans ce cas, on enregistre des courbes dapproche
retraits chaque point de limage.
Enfin, on terminera cette section en insistant sur le fait quil est important de ne pas
changer les rglages au cours de lacquisition dune image. Cela implique que lappareil soit
stabilis en temprature, dautant plus si le temps dacquisition est long (jusqu 45 minutes).
Nous avons galement constat quen balayant plusieurs fois la mme zone, limage a
tendance samliorer.
84

Topographie Phase
Mthyle 1.7m*1.7m
= -20
Figure II.16 : Image en mode tapping de brins dADN. La variation de phase est de -20 sur le brin
dADN. La hauteur mesure sur ces brins dADN est suprieure 3nm alors quon trouve
gnralement des hauteurs de lordre de 1nm On interprte cette variation de la phase par une
dissipation plus importante au niveau des molcules. La variation de la phase est cohrente avec le
mode rpulsif. La pointe touche la surface.
Mthyle 500nm
h = -0.5nm = +30
Figure II.17 : Image en mode tapping de brins dADN. La variation de phase est de +30 sur le brin
dADN. On interprte la brusque variation de hauteur (la flche indique une zone ou il y a un creux) au
passage du mode attractif au mode rpulsif. Laugmentation de la phase saccompagne de la formation
de creux denviron 0.5nm.
85

II.5.3. Mesures lectriques
Nous avons utilis lAFM pour faire une partie de nos mesures lectriques. On
prsente dans cette partie comment on met en uvre cette technique et ce quon peut en
attendre.
II.5.1.1. Lift mode
La version Nanoscope IIIa permet de travailler en LiftMode. Ce mode consiste faire

deux passages sur une mme ligne. Les rglages ainsi que les paramtres de la boucle de
rtroaction peuvent tre ajusts indpendamment. Le vritable intrt de ce mode est de
pouvoir au second passage utiliser la topographie enregistre au premier passage. La pointe
peut se dplacer altitude constante ou suivre la topographie de lchantillon (prcdemment
enregistre au premier passage). En dautres termes, on arrive dcoupler la topographie
dautres proprits de lchantillon.
Sonde
Trajectoire de la
sonde
Figure II.18 : Mode Lift. Un premier passage permet de dterminer la topographie de la

surface (non reprsent). Un second passage (reprsent) permet de se dplacer par
rapport la surface hauteur constante ou distance constante. Ce mode est utilis par
exemple pour la dtection de proprits lectriques (EFM) ou magntique (MFM),...
On prsente ci-dessous diffrentes possibilits. Il est en gnral difficile de scanner en

mme temps deux proprits de la surface. Par exemple, si on polarise lchantillon face
arrire pour dtecter des proprits lectriques, la pointe dans ce cas sloigne tellement de
lchantillon (plusieurs dizaines de nm), que lon perd la rsolution en topographie. Il est
impratif dans ce cas de travailler en mode Lift. Cest lapanage des systmes linaires de
pouvoir en envoyant plusieurs frquences dans le systme rsonant, rcuprer une information
distincte pour chaque frquence sans couplage parasite (cf. mode oscillation latrale).
II.5.1.2. EFM
Le principe de lEFM est dutiliser la pointe pour dtecter les proprits

lectrostatiques du substrat que lon tudie. On utilise le mode Lift pour mettre en uvre cette
technique. En effet, il est ncessaire pour sonder les proprits lectrostatiques de
lchantillon dappliquer une tension entre la surface et la pointe. Or il nest pas possible
86

dimager la surface et dappliquer une tension simultanment. La rsolution devient mdiocre.

Le mode Lift permet de connatre la topographie au premier passage et de mesurer leffet des
forces lectrostatiques au second passage.
Au second passage la pointe subit une force lectrostatique sous leffet de la tension
applique. La courbe de rsonance va donc tre dcale sous leffet de cette force
supplmentaire. La quantit quon mesure est soit le dcalage en phase frquence constante
ou bien le dcalage en frquence phase constante. Comme en EFM on fait osciller la pointe
assez loin de la surface, le dcalage en frquence va dpendre du gradient de la force au
niveau de la pointe. On a alors la formule ci-dessous du dcalage en frquence (II.11).
1 d 2C 2
u = V (II.11)
4k dz 2
Notre objectif est dtudier les proprits lectriques dune molcule dADN. A priori
cette technique ne doit pas tre capable de distinguer un objet forte constante dilectrique et
un objet conducteur. Dans les deux cas, le potentiel ne varie pas ou trs peu lintrieur de
lobjet. En revanche, si la molcule est isolante, le signal que lon va dtecter va tre faible
par comparaison celui dune molcule conductrice. Bockrath [Bockrath 2001] et Gomez
Navarro [Gomez 2002] ont tudi de cette faon la conductivit de lADN par comparaison
celle de nanotube de carbone. LADN ne donne aucun signal contrairement aux nanotubes de
carbone. Bockrath a galement mis en vidence une dpendance du dcalage en phase en
fonction de la longueur des nanotubes conducteurs. Les points exprimentaux ainsi que les
quations du modle sont donnes ci-dessous. Les notations sont celles de larticle de
Bockrath. Le modle quil utilise considre une capacit par unit de longueur entre le
substrat et la molcule. Il modlise la pointe, le nanotube de carbone et le substrat comme
deux capacits en srie. Lquation (II.12) ci-dessous dcoule immdiatement de ce modle et
de la formule du dcalage en frquence (II.11) donne plus haut.
Q d 2 C tt 1 2 1
a = V
2
2k dz
C
b = a tt
C0
1 2 = a + bL1 avec
C tt : Capacit entre la po int e et la molcule
C : Capacit par unit de longueur de la molcule
0
(II.12) V : Tension entre la po int e et le substrat
L : Longueur de la molcule

87

Figure II.19 : Dcalage en phase observ sur des nanotubes de carbone

et de lADN. LADN ne donne aucun signal. Le signal donn par les
nanotubes dpend de leur taille. [Bockrath 2001]
Nous avons simul le potentiel dans une configuration proche de celle de nos
expriences dEFM sur de lADN en supposant que lADN est conducteur (cf. chapitre IV).
La figure (II.20) montre le rsultat dune simulation. On a calcul la force et la charge sur la
pointe pour diffrentes hauteurs. Avec k=1N/m, et 0=2 50kHz, on trouve un dcalage en
frquence de 3Hz pour 1V. Cette valeur donne un ordre de grandeur de ce quon attend
comme dcalage en frquence (cf. chapitre IV pour nos rsultats exprimentaux).
z
1.0 V b) V
y
Pointe 0.8 V
x
a) isolant
0.6 V
Avec ADN
c)
34
Sans ADN
0.4 V 32
k=1N/m
Force (pN)
30 0=2 . 50kHz
On en dduit f ~ 3Hz
28
0.2 V
26
24
0.0 V 22
80 90 100 110 120
y Distance la surface (nm)

x
Figure II.20 : Simulation du potentiel lectrostatique entre une pointe de forme parabolique et la
surface avec au milieu un objet conducteur (en a)). On reprsente le potentiel dans le plan Oxz et
Oyz. LADN se trouve 50nm de la surface. Le dispositif que lon a simul correspond la situation
b). On a pris un indice de 1 pour lisolant afin de limiter le temps de calcul. La force en fonction de
la distance de la pointe la surface conductrice est trace en c). On en dduit un dcalage en
frquence de 10Hz pour un cantilever EFM dont les caractristiques sont donnes sur la figure c).
88

II.5.1.3. Conducting AFM
II.5.1.3.1. Prsentation
En mode contact, il est possible de se servir du cantilever comme dune lectrode. La

figure ci-aprs (II.21) prsente le montage exprimental. La pointe est au potentiel nul. La
tension est applique sur llectrode. On utilise de la laque largent pour contacter
llectrode au support de lchantillon. Par consquent la face arrire de nos chantillons est
galement polarise.
La mesure est enregistre sur un Semiconductor Parameter Analyser 4145B (Helwett -
Packard). La tension est un crneau ascendant ou descendant. Lamplificateur courant tension
est plac dans la tte du microscope afin de limiter le bruit des appareils. En ajoutant en plus
un amplificateur de tension en sortie de lamplificateur courant tension (Stanford Research
System SR560), on peut obtenir une rsolution de lordre du fA (10-15 A). On ne peut pas dans
cette configuration mesurer des courants suprieurs au nA (10-9 A). Dans ce cas, on peut
brancher directement la pointe sur un amplificateur de courant tension, extrieur (Stanford
Research System SR590).
On utilise le dispositif de deux manires diffrentes (cf. figure II.22). Soit on fait une
image en topographie en mode contact avec une force dappui de lordre de 10nN, soit on
dpose la pointe un endroit donn de la surface, et on fait une mesure du courant en fonction
de la tension applique. Lavantage du balayage qui donne une image en courant de la
surface, est quon peut distinguer nettement le contraste entre un objet conducteur, et isolant.
Malheureusement, le balayage se fait tension constante. On ne peut pas faire de courbe
courant tension. Pour cela la pointe doit tre immobile.
II.5.1.3.2. Problmes du contact lectrique
Un des problmes que nous avons rencontr lors de nos mesures lectriques est de
russir obtenir un bon contact lectrique au niveau de la pointe.
Dans le cas de surface conductrice comme lor, le platine ou le pentacne, il faut

appuyer assez fort sur la surface (~10 100 nN) pour commencer mesurer du courant [Cai
2001]. La figure II.23 donne lexemple de courbe dapproche retrait avec mesure du courant
sur une surface dor. La tension applique est de 0.1V. Il y a moins de courant laller quau
retour. La force quil faut appliquer pour commencer avoir du courant nest pas
reproductible dune courbe sur lautre au mme endroit.
En appliquant une tension assez leve on arrive galement faire passer du courant.
Nous navons pas vrifi systmatiquement ce dernier point car le courant augmente
brutalement, et peut endommager lamplificateur courant tension.
Finalement nous avons constat que lon mesure plus de courant si il y a un matriau
mou (comme lADN) sous le mtal. On interprte ce rsultat par la dformation de la surface
par la pointe. La surface de contact est alors plus importante. On peut logiquement sattendre
mesurer plus de courant.
Dans le cas des mesures sur lADN nous avons eu beaucoup moins de problmes de
contact dans le sens o le courant naugmente pas brutalement de plusieurs ordres de
grandeur. Il ny a pas de variation brusque du courant au cours des mesures.
89

R=1010
U=-RI
R=1010
Substrat isolant
Figure II.21 : Prsentation de lAFM en mode conducting. A gauche est reprsent llectrode. La pointe
sert de deuxime lectrode. Pour un bon contact lectrique, il est ncessaire que la pointe touche la
surface. Un amplificateur courant tension est plac dans la tte du microscope afin de limiter au
maximum le bruit dans les composants. La sensibilit du dispositif est de lordre du fA (10-15 A). Dans le
cas de courant important au-dessus du nA (10-9 A), on peut brancher directement la pointe sur un ampli
de courant. On a reprsent schmatiquement comment peut se placer lobjet (ici de lADN dpos en
paquet, en corde ou en brin unique) tudier par rapport llectrode : au-dessus ou en dessous.
Topographie en Image en courant I(V) local

Mode contact
Figure II.22 : Les mesures lectriques sont faites de deux faons. A gauche, le mode
imagerie de courant. La pointe balaye la surface en mode contact avec une force dappui
de lordre de 10nN et tension constante. Le courant est enregistr pour chaque point et
forme une image. A droite, la pointe est maintenue immobile en contact avec la surface. On
mesure alors le courant en fonction de la tension.
90

Les tensions quon applique pour les mesures sur lADN vont jusqu 10V. Les
niveaux de courant sont faibles (infrieure 10nA). De plus lchantillon est polaris face
arrire.
LADN est entour dune certaine quantit deau (nos mesures sont faites lair dans
des conditions ambiantes). Il y a un certain taux dhumidit dans lair. De plus la prsence
dions plus ou moins mobiles autour de lADN favorise un crantage important du potentiel
lectrostatique. En dautres termes la chute de potentiel a lieu principalement proximit de
la pointe.
0.1V appliqu
Dflection
20nm/div
Courant
100pA/div
Saturation de
lampli
Figure II.23 : Mesure du courant et de la dflection du levier au cours dune approche

retrait en mode contact (la pointe noscille pas) sur une surface dor avec une tension de
0.1V applique entre la pointe et la surface. La raideur du levier est de 1N/m. On a une forte
hystrsis du courant. Il faut appuyer assez fort (80nN) pour avoir du courant. Le courant
persiste plus longtemps au retour. Ces courbes dapproche retrait sur des conducteurs
sont peu reproductibles. La force seuil change dune courbe une autre.
II.5.1.3.3. Caractristiques courant tension
II.5.1.3.3.1. Protocole
Les caractristiques courant tension sont obtenues en posant la pointe sur la surface.
On applique une force de lordre de 10 30nN. Comme le piezo X et Y ont une certaine
drive, il est difficile de rester longtemps au point de mesure. Lordre de grandeur du temps
dont on dispose pour faire les mesures est de 1 minute. On observe la topographie de la zone
de mesure aprs avoir enregistr la caractristique courant tension.
On fait toujours deux mesures conscutives voire plus (si la drive du pizo est faible),
afin de vrifier le niveau de reproductibilit de nos caractristiques. Le problme est quon ne
sait pas pendant la mesure si la pointe a boug. Dans le cas o lADN est dgrad on ne peut
pas savoir quel moment a eu lieu la dgradation. On peut raisonnablement supposer que cela
correspond au moment o on ne mesure plus de courant.
91

Le protocole de mesure est le suivant. On se sert du tapping mode deflection pour

immobiliser la pointe sur la surface avec une certaine force dappui.
1. On image la surface. On repre lobjet analyser. On zoome dessus en plaant

le point de mesure au centre de limage.
2. On zoom sur 0-2nm.
3. On stoppe la vibration du piezo. La pointe doit alors se rtracter.
4. On passe en Tapping mode dflection. On doit en gnral augmenter les gains
pour que la boucle de rtroaction ne soit pas trop lente. Il faut vrifier que la
consigne soit ajuste de manire ce que la pointe ne puisse rentrer en contact
avec la surface. On la met 9V. La pointe est ainsi toujours rtracte
5. On rgle la consigne de la dflection du levier jusqu obtenir le contact.
6. On fait la mesure I(V).
7. On remet la consigna 9V La pointe doit alors se rtracter.
8. On baisse les gains. On remet loscillation du piezo.
9. On passe en mode tapping. En agrandissant le balayage 100-500nm, on peut
voir le point de mesure (La mesure modifie en gnral localement la surface :
accumulation de matire, dformation du substrat,). On peut vrifier quil
ny a pas eu de drive. Le point de mesure doit tre au centre de limage.
LADN est en gnral modifi par la mesure. On observe dans la majorit des cas une
lgre accumulation de matire au point de mesure (cf. figure II.27). On a galement observ
la destruction ou la coupure de la molcule.
Cette dtrioration dpend de la force applique sur la molcule par la pointe, de la
surface sous jacente, de la tension applique, Pour les surfaces mthyle et polystyrne
lADN nest pas bien fix sur la surface. Par consquent la molcule peut tre dplace (cf.
figure II.25), coupe avec rtraction vers le point dattache le plus proche (cf. figure II.26),
Nous avons galement observ la destruction de cordes dADN (cf. figure II.24). Dans
ce dernier cas on ne sait pas exactement quel moment a lieu la dtrioration de lchantillon.
On a observ plusieurs fois ce phnomne lorsquune mesure tension positive importante
(>5V) puis tension ngative sont faites simultanment. La mesure tension ngative donne
du courant qui varie linairement avec la tension, puis il devient nul. Si on rpte la mesure on
nobserve plus de courant.
II.5.1.3.4. Imagerie en courant
Limagerie en courant se fait tension constante. On veille ce que la pointe se

dplace une vitesse de lordre de 1m/s.
Nous avons constat que le contact lectrique est meilleur quand on balaye la surface.
La figure II.28 donne un exemple o on distingue nettement un grain de pentacne.
92

Figure II.24 : Image en mode tapping avant et

aprs une mesure de courant ponctuelle. La corde
dADN est dpose sur une surface amine. La
taille de limage est de 500nm 500nm.
Figure II.25 : Image en mode tapping aprs une

mesure de courant ponctuelle. La corde dADN
est dpose sur une surface de polystyrne. La
taille de limage est de 1m 1m.

mesure de courant ponctuelle. La corde dADN
est dpose sur une surface mthyle. On voit
llectrode en or. Le brin a t coup et sest
repli sur la zone indique par une flche. La
taille de limage est de 3m 3m.

mesure de courant ponctuelle. On voit un lger
paississement indiqu par la flche. La majorit
de nos mesures sont de ce type. La corde dADN Majorit
est dpose sur une surface amine. La longueur des cas
de la corde reprsente est de 500nm.
Mode contact Courant

Echelle : 20pA
a) b)
Figure II.28 : Imagerie en courant. En a) et b)

Mode tapping image en topographie et en courant obtenue sur
un grain de pentacne dpos sur une surface de
SiO2. Les dimensions de limage sont 3m 1m.
La tension applique est de 5V, la vitesse de la
pointe est de 0.5m/s. En c) image en mode
tapping de cordes dADN dpose sur une surface
de polystyrne aprs une mesure lectrique. On
voit clairement que les brins sont abms par le
c) passage de la pointe. La dimension de limage est
de 3m 2m.
93

Le balayage de la pointe est en gnral destructif comme le montre la figure II.28.

LADN est coup lors du passage de la pointe. Pour limiter ce problme, il faut augmenter les
gains de la boucle de rtroaction du mode contact de lAFM. En effet si les gains sont trop
faibles, lAFM na pas le temps de ragir pour viter de percuter le brin ou la corde
dADN.
Le chapitre IV donne quelques rsultats intressants obtenus avec cette technique.
III. Mesures lectriques sur des lectrodes fixes
Pour effectuer nos mesures lectriques sur des lectrodes, nous avons utilis un banc
de mesure reli un ampremtre (Helwett-Packerd 4140B). On peut effectuer les mesures
sous vide (1mTorr) ou lair. La mesure est pilote par ordinateur.
Toutes nos mesures sur des lectrodes se sont soldes par des checs. Il ny a que sur
des fibres dADN que nous avons pu effectuer des mesures lair et sous vide.
Toutes nos mesures sont effectues tension constante ou avec des rampes de tension
qui varie lentement. Lacquisition dune courbe est de lordre de la minute.
IV. Prparation des surfaces
Nous avons utilis un grand nombre de surfaces diffrentes au cours de la thse. On

prsente dans cette section leur protocole dlaboration. On prpare gnralement nos
surfaces sur des plaquettes de silicium compltes. On clive ensuite ces plaquettes en morceau
denviron 1cm de cot. Ces chantillons sont stocks sous flux dazote pour les protger de la
pollution atmosphrique et des poussires.
IV.1. Dpt de molcules
On prsente le greffage covalent de molcules, sur des plaquettes de silicium ainsi que
sur des lames et lamelles de verre. Les molcules forment une sorte de tapis de molcules.
Les molcules que lon greffe possdent un groupement silane (-Si-(O-CH3)3 ou Si-
(Cl)3) qui peut former des liaisons covalentes avec les liaisons -Si-OH de la surface et avec les
groupements silane des autres molcules.
Pour que le greffage soit de bonne qualit il est ncessaire de faire un nettoyage de la
surface pour deux raisons principales. La surface doit tre hydrophile et le nettoyage active les
groupements silanol (-Si-OH) de la surface afin que les molcules puissent sy greffer.
Notre objectif nest pas dobtenir des surfaces parfaites du point de vue structurel. Si
les molcules ne sont pas parfaitement ordonnes (cf. partie sur la caractrisation des
surfaces) cela naffecte pas en gnral nos dpts dADN.
94

IV.1.1. Principe du greffage
Suivant le type de molcules que lon greffe on peut avoir une couche dense et
ordonne de molcules. On parle dauto assemblage des molcules sur le substrat [Brzoska
1992]. Cest le cas de toutes nos molcules sauf pour les silanes amine quon prsente part
(cf. partie IV.1.3.).
Les molcules que lon utilise possdent des chanes carbones plus ou moins longues
(de 3 18 carbones), une extrmit hydrophile (du cot du silane qui se greffe sur la surface)
et lautre plutt hydrophobe (terminaison vinyle, mthyle, fluor et amine). Ces molcules sont
reprsentes en annexe C.
On utilise des solvants organiques (hexadecane, hexane, tetrachlorure de carbone) et

les ractions chimiques sont faites dans une boite gants sous atmosphre sche dazote.
Comme la molcule ne possde quune tte hydrophile (du cot du groupement
silane), cest cette partie de la molcule qui va sorienter vers le substrat lui-mme rendu
hydrophile par le nettoyage du substrat (cf. partie suivante). A ce titre, il est ncessaire mme
si on travaille sous atmosphre sche dazote, quil y ait tout de mme une fine pellicule deau
sur le substrat [Silberzan 1991]. Le rle de cette couche deau est de capturer la partie
hydrophile de la molcule ainsi que de permettre la molcule de se dplacer latralement sur
cette couche deau.
Grce cette mobilit latrale, les chanes latrales des molcules vont se rapprocher
sous leffet des forces de Van der Waals. Plus la chane carbone est longue et plus les
interactions de van der Waals vont tre importante. Cest ce mcanisme qui est lorigine de
lorganisation dans ces films de molcules auto assembls [Breuil 2000] [Lenfant
2001]. Les molcules peuvent former des liaisons siloxane entre elles et avec le substrat
comme le montre la figure II.31.
Pour obtenir une couche dense et ordonne avec des molcules de petite taille il faut
abaisser la temprature du bain en dessous dune temprature critique [Brzoska 1992]. Pour
une chane de 18 carbones on peut travailler temprature ambiante. Pour 8 carbones, il faut
travailler en dessous de -3C.
Le nombre de points dancrage de cette monocouche sur le substrat dpend du

nettoyage de la surface. Si il y a beaucoup de groupements silanols disponibles on aura une
bonne fixation de la monocouche. Cependant, il nest pas ncessaire quil y ait beaucoup de
ces liaisons pour avoir une couche de bonne qualit. Par exemple il est possible de dposer sur
une surface hydrophile dor une monocouche de silane alors quil ny a pas de raction
possible avec ce substrat. Le simple fait quil y ait une pellicule deau sur le substrat suffit
pour que la monocouche sorganise [Finklea 1986].
IV.1.1. Nettoyage du substrat
Le premier nettoyage consiste enlever les graisses et poussires dposes sur la

surface. On a utilis principalement du chloroforme. Lchantillon est soumis des ultrasons
pendant 5 minutes. On peut galement utiliser le nettoyage par trois solvants diffrents dans
lordre indiqu avec 5 minutes dultrason chaque fois : actone, alcool isopropylique, eau
dsionise (18M).
95

La deuxime tape de nettoyage est la plus importante. Cest cette tape qui va rendre
la surface ractive. Nous avons adopt deux mthodes qui ont donn des rsultats quivalents
pour le dpt dADN.
Premire mthode : mlange piranha : La solution de nettoyage est compose dun

mlange de 2/3 dacide sulfurique concentr (96%) et de 1/3 deau oxygne. Le mlange est
trs exothermique. Lchantillon est laiss 15 minutes dans la solution. Si on veut que le
nettoyage soit vraiment efficace, il faut chauffer. Lchantillon est ensuite rcupr et
abondamment rinc avec de leau dsionise.
Un critre ncessaire dun bon nettoyage est que la surface soit compltement
mouillante. Si le film de liquide ne recouvre pas compltement la surface, il faut
recommencer le nettoyage.
Attention, ce mlange piranha est extrmement corrosif et peut ragir violemment
avec des composs organiques. Il doit donc tre manipul avec prcaution et en prenant les
protections qui simposent (hotte, gant, blouse, lunette).
Deuxime mthode : plasma O2 : Nous avons nettoy une partie de nos chantillons
avec un plasma. Le gaz utilis est de loxygne. Les conditions du plasma sont (P = 0.1mTorr,
Dbit = 20sccm, Puissance = 100W, temps = ~1 minute). Nous avons utilis un bti
plasmalab80plus (Oxford Instruments).
Eventuellement : UV-Ozone : On peut aprs avoir nettoy le substrat rajouter une tape
de nettoyage photochimique. Lchantillon est plac pendant 45 minutes dans une enceinte
sous flux doxygne, quelques centimtres dune source de rayonnement ultra violet (185nm
et 254nm). Ce rayonnement crent par photodissociation, respectivement de lozone O3 (pour
la raie 185nm) et des radicaux O* (pour la raie 254nm). Ces gaz viennent attaquer les
contaminants organiques rsiduels prsents sur la surface. Nous avons constat que cette tape
nest pas indispensable pour obtenir une monocouche de qualit suffisante nos besoins
(dpt dADN).
IV.1.2. Greffage de la molcule
Le substrat nettoy est plong dans le bain de silanisation. Le tableau reprend les
solvants, concentration en silane, temps de silanisation et prcaution particulire pour chaque
molcule. Les molcules que lon a utilises sont (ces molcules sont reprsentes en Annexe
C) :
Silane termin mthyle : OTS (Octadecyltrichlorosilane) : H3C-(CH2)17-SiCl3

Silane termin Fluor : 1H,1H,2H,2H-perfluorodcyltrichlorosilane : (F3C-(CF2)7-(CH2)2-SiCl3)
Silane termin vinyle : 7-octnyltrichlorosilane : (H2C=CH-(CH2)6-SiCl3)
Lhexadecane ou lhexane sert solubiliser les chanes carbones des molcules. Le

tetraclorure de carbone sert solubiliser le groupement -SiCl3. La silanisation avec un silane
amine est particulire. On donne dans le tableau plusieurs protocoles pour ce silane. La
concentration en silane nest pas donne prcisment. Ce nest pas un paramtre critique. On
96

prsente plus en dtail les particularits de la silanisation amine dans la section suivante
(IV.1.3.).
Le bain de silanisation est plac dans une boite gant afin de limiter la prsence deau.
En effet, si il y a trop deau dans la solution les molcules peuvent rticuler entre elles avant
de se fixer au substrat. Dans ce cas on ne peut esprer obtenir une monocouche dense et
ordonne. Lobligation de travailler dans des conditions contrles nest pas aussi importante
pour tous les silanes. LOTS (octadecyltrichlorosilane) donne les meilleurs rsultats. Le silane
qui demande le plus de prcaution est le silane avec une fonction fluor. Dans ce cas, la
verrerie ainsi que les solvants doivent tre anhydre. En pratique nous avons tuv la verrerie
(170 - 1heure) avant de la placer dans la boite gant. Le silane Fluor est trs ractif. La
silanisation se fait trs rapidement. On vitera de laisser lchantillon trop longtemps dans le
bain de silanisation afin dviter la formation de multicouche.
Dans le cas o la chaine de carbone est courte (silane vinyle et Fluor) il faut travailler
basse temprature : -3C. La boite gant dont on dispose est quipe dune plaque qui
permet de thermaliser le bain de silanisation. Le problme principal dans ce cas est de
thermaliser lchantillon. Dans ce cas, nous prparons deux solutions lune avec le silane et
lautre de faible volume sans le silane. Lchantillon est tremp quelques instants dans le bain
sans silane afin dtre thermalis. On verse ensuite la solution avec le silane dans le bcher
qui contient lchantillon. On pourrait utiliser quun seul bcher et injecter le silane aprs la
thermalisation de lchantillon. Le problme dans ce cas, est que la concentration en silane
nest pas homogne. La consquence est une non uniformit du greffage sur la surface.
Les silanes OTS et perfluor (cf. Annexe C) que lon utilise sont distills avant usage
et places dans des ampoules scelles sous vide. En revanche on a utilis en ltat les
solutions du commerce (ABCR) pour le silane vinyle. Les solutions sont conserves sous
atmosphre sche dazote. Malgr tout, on ne peut pas les garder trs longtemps (quelques
mois). Les traces dhumidit finissent par provoquer la rticulation des molcules entre elles.
Molcule Solvant 1 Solvant Nombre T temps Csilane rincage remarque

terminaison 2 de
Carbone
Mthyle HD CCl4 18 Ambiante 2h 1-5mM Chloro Boite gant
60% 40%
Fluor Hexane CCl4 10 -3C 30mn 1-5mM Chloro Boite gant
60% 40%
Vinyle Hexane CCl4 8 -3C 2h 1-5mM Chloro Boite gant
60% 40%
Amine Tolune 3 Ambiante 30mn 1-5mM Chloro Boite gant
Amine Mthanol Eau 3 Ambiante 30mn 0.1mM Chloro
95% 5%
Amine 3 Ambiante 2h Phase vapeur
HD : Hexadcane
Chloro : Chloroforme
Tableau II.01 : Protocole de silanisation des diffrentes molcules que nous avons utilis.
IV.1.3. Silane amine
Le silane amine que lon a utilis est le 3-aminopropyltrimethoxysilane (NH2-(CH2)3-

Si-(O-CH3)3) (de chez ABCR). Cette molcule est reprsente dans lannexe C. Il existe de
nombreux protocoles de silanisation pour cette molcule (cf. tableau II.01).
97

Flux dazote
Echantillon Silane
Figure II.29 : Dispositif exprimental pour dposer le silane amine en phase vapeur.
Figure II.30 : Reprsentation de la polymrisation du silane amine la

surface du substrat SiO2. [Martel 2000] [Vandenberg 1991]
Figure II.31 : Reprsentation en a) de la monocouche dans le cas du silane mthyle. On

reprsente en b) la premire tape du greffage. La tte greffante des molcules se place
la surface du film deau prsent sur lchantillon. Les molcules peuvent se dplacer
latralement sur ce film.
98

Nous avons utilis le protocole de silanisation en phase gazeuse et celui avec du

tolune [Vrancken 1992] [Vrancken 1995] comme solvant. Le protocole avec une proportion
importante deau est galement prsent pour information.
Dans le cas du silane amine le groupement qui se greffe est beaucoup moins ractif
que le SiCl3 des molcules prsentes prcdemment. La prsence deau permet dhydrolyser
la tte greffante de la molcule pour obtenir un groupement Si-(OH)3. Il y a une comptition
entre le greffage sur la surface et la rticulation des molcules en solution. Les diffrents
protocoles jouent sur les paramtres exprimentaux pour optimiser la raction (temprature,
temps de raction, ultrason, ). [Martel 2000].
Lchantillon aprs ltape de greffage peut tre mis tuver pendant 15 minutes
110C pour favoriser la raction des groupements silane qui nont pas encore ragi. On peut
galement mettre lchantillon sous vide afin dvaporer toutes les molcules qui ne sont pas
fixes de manire covalente. Nous navons pas effectue ces tapes sur nos chantillons. Nous
les avons stocks lair pendant plusieurs semaines afin que la raction de rticulation des
silanes soit complte.
Le film de molcules nest pas organis comme lillustre la figure II.30. La molcule
que lon utilise a deux extrmits plutt hydrophiles. Le groupement -NH2 peut sorienter vers
la surface. De plus, comme la chane carbone est trs courte, cela ne va pas favoriser lordre
dans le film molculaire. On a constat que lpaisseur de silane dpos croit continment en
fonction du temps suggrant une rticulation anarchique dans le film.
La silanisation en phase vapeur a lavantage de limiter le nombre de manipulation sur

lchantillon. Il est laiss pendant 2 heures environ sous une cloche avec un flacon ouvert
contenant le silane amine. On fait passer un flux dazote trs lger pour chasser lair ambiant
et garder une atmosphre sche. Cette condition est importante pour viter la polymrisation
du silane. La quantit de molcules que lon dpose crot avec le temps. Lchantillon est
ensuite retir et stock en ltat. Nous avons constat que les proprits de mouillage changent
avec le temps pass lair libre [Petri 1999]. En quelques semaines lchantillon devient plus
hydrophobe certainement d la rticulation progressive de toutes les molcules de silanes
entres elles.
IV.1. Dpt de polymres

Cette partie prsente le dpt de polymre la tournette. Cest avec cette mthode que
nous avons dpos les rsines optique et lectronique pour la ralisation dlectrodes (cf.
partie VI.). Les polymres que lon a utiliss sont : le polystyrne 280000MW 10%
(aimablement fourni par V.Croquette), les rsines optiques (S1818, ), et les rsines
lectroniques (PMMA et COPO).
Le principe du dpt la tournette est dtaler par un mouvement de rotation un
polymre sur une surface. Cette technique est adapte pour des chantillons ronds (plaquette
de silicium). En particulier, le rsinage de lame de microscope pose problme. En effet,
lpaisseur nest pas homogne sur toute la surface. De plus, on a des bourrelets de rsine au
bord de lchantillon qui peuvent tre trs gnants pour des tapes ultrieures de masquage
(cf. partie VI.).
La mesure de lpaisseur de polymre dpos se fait en mesurant la profondeur dune
entaille faite dans le polymre avec un profilomtre (Tencor).
99

1. 2. 3.
Etuve (sous N2)
170C
30 minutes
(PMMA, COPO)
Acclration = 3000 tr/min/s Plaque chauffante
Vitesse = 3000 tr/min T=80 110C (1mn)
Temps = 10s
Figure II.32 : Mthode de dpt la tournette. Les paramtres de vitesse, dacclration et de temps pour
les chantillons dont on se sert pour faire du dpt dADN sont indiqus sur la figure. Pour la fabrication
dlectrodes, les paramtres sont donns dans la partie VI. Lchantillon est plac sur une plaque
chauffante pour lvaporation du solvant dans lequel tait le polymre. Les rsines lectroniques (PMMA,
COPO) subissent un recuit supplmentaire dans une tuve sous azote 170C pendant 30 minutes
SiH [111] SiH [111]

1m 1m 200nm 200nm
Figure II.33 : Surface de silicium [111] passive hydrogne. On voit les terrasses atomiques. Les
triangles que lon voit sont une signature de Lorientation [111] de notre substrat. On peut voir sur
limage de droite que la surface est rugueuse mme au niveau dune terrasse. Image obtenue en
AFM mode tapping.
Pentacne
2m 1.5m
Figure II.34 : Dpt de pentacne sur

une surface amine. On voit clairement
les terrasses molculaires. La vitesse
du dpt est infrieure
0.1Angstrm/seconde. Image obtenue
en AFM mode tapping.
100

Les paramtres pertinents du dpt sont lacclration, la vitesse, et le temps de

rotation. Plus le polymre est visqueux, plus le dpt sera pais. Lpaisseur diminue si on
augmente la vitesse, lacclration et le temps de rotation. Une fois le polymre dpos on
place lchantillon sur une plaque chauffante pour faire vaporer les solvants. Les rsines
lectroniques (PMMA et COPO) subissent un recuit supplmentaire dune demi heure
170C dans une tuve sous atmosphre dazote. On peut dposer plusieurs paisseurs de
polymre.
Les chantillons que nous avons prpars avec cette technique nous ont servi deux
choses. Ceux dont on se sert pour faire des dpts dADN. Dans ce cas, les paramtres
typiques dacclration de vitesse et de temps sont indiqus sur la figure II.32. Les
chantillons utiliss pour fabriquer des lectrodes ncessitent des paramtres de dpt
particuliers chaque rsine. Ces paramtres sont indiqus dans la partie VI.
IV.1. SiH[111]
Les surfaces SiH[111] sont prpars partir de plaquette de silicium [111] recouverte
dun oxyde natif (1 2nm). Le substrat est dabord nettoy avec un mlange piranha (2/3
acide sulfurique : 1/3 eau oxygne). On utilise du NH4F (40%) pour enlever loxyde et
passiver hydrogne la surface. Pour information on utilise du HF pour enlever loxyde sur les
plaquettes orientes [100].
Les triangles que lon voit sur la figure II.33 proviennent de la structure
cristallographique de la surface. On peut constater que les terrasses ne sont pas trs tendues.
De plus, on a observ quelques fois une forte rugosit sur les terrasses.
Afin de limiter ce phnomne, il faut chasser loxygne de la solution de NH4F. En
effet loxygne prsent va roxyder les marches (les faces [100] sont plus ractives que les
faces [111]), et le NH4F va enlever loxyde former et ainsi de suite. Cela explique en
particulier la formation des triangles que lon voit sur la figure II.33. Pour enlever loxygne
on fait buller de lazote une demi heure dans la solution. De plus, lutilisation de substrat
dpolis sur une face donne de meilleurs rsultats. Dans ce cas, la face dpolie joue le rle de
pige oxygne. Lchantillon est rinc avec de leau dsionise [Linford 1993] [Linford
1995] [Allongue 2000].
On peut observer la structure cristalline du substrat lAFM mme aprs quelques
jours. Ce comportement est diffrent des surfaces SiH[100] qui se roxydent en quelques
heures.
IV.1. Pentacne
Nous avons utilis le pentacne lorigine pour contacter lectriquement lADN (cf.
chapitre IV.). Nous avons constat que lon pouvait obtenir des terrasses de taille assez
importante surtout faible paisseur (cf. figure II.34). Le pentacne est dpos sous vide (10-6
Torr) par vaporation. La vitesse de dpt est infrieure 0.1Angstrm/seconde.
101

V. Caractrisation des surfaces
Les surfaces que nous avons prpares sont destines principalement au dpt dADN.
Nous navons pas cherch les caractriser trs prcisment. Le critre principal tant la
russite du dpt dADN.
La seule caractrisation que nous avons faite pour tous nos chantillons est la mesure
dangle de mouillage de diffrents liquides dposs sur la surface. On a ainsi accs lnergie
de surface. Dans le cas de substrats modifis par greffage de molcules, cette mthode nous
permet de savoir rapidement si on a russi le greffage.
On a galement mesur lAFM la hauteur des films molculaires. Cette tude est
intressante dans le cas du silane amine pour savoir quelle est lpaisseur de la couche de
molcules.
V.1. Caractrisation avec les nergies de surface
Lorsquon dpose une goutte sur une surface, chacun peut constater quelle peut selon
les cas staler ou au contraire ne pas mouiller la surface. On peut quantifier ce phnomne en
mesurant langle de mouillage de la goutte sur la surface (cf. figure II.36). Pour des mesures
reproductibles, la surface doit tre la plus plane possible. La rugosit de la surface modifie les
proprits de mouillage. Par exemple une surface trs rugueuse peut devenir compltement
hydrophobe [Barthlott 1997]. Dans le cas de leau, si langle est suprieur 90 on parle de
surface hydrophobe et hydrophile sinon. La mesure avec dautres liquides permet de remonter
lnergie de surface.
Nous allons rappeler ci-aprs une relation thermodynamique (II.13) dfinissant un

angle lquilibre que doit former la goutte avec le substrat (cf. figure II.35).
En ralit, il nexiste pas un angle de contact unique. Si on tente de dplacer la goutte
(en penchant le substrat), langle de contact sur le front de la goutte ou larrire ne sont pas
rigoureusement les mmes. On note avance et recul ces deux angles. La valeur quilibre se
situant entre ces deux valeurs. La mesure de langle de contact peut varier suivant les
conditions exprimentales (volume de la goutte, ). Lorigine de cette hystrsis est ltat de
surface, la prsence de contaminant, Nous avons constat que lindtermination (de
quelques degrs) augmentait pour les liquides les plus mouillants (angle de contact < 50). En
revanche, lindtermination est trs faible (~1) lorsque langle mesur est grand (angle de
contact de lordre de 90). Afin dvaluer la reproductibilit des mesures, plusieurs sont
rptes au mme endroit et plusieurs endroits de la surface puis moyennes. De plus, le
dpt de la goutte se fait toujours de la mme faon, avec la mme quantit de liquide.
Lincertitude sur nos mesures tant tout fait acceptable, nous navons pas jug utile daller
plus avant dans la dtermination des angles de contact. Lutilisation de surfaces trs planes
telles que des wafers de silicium (rugosit de lordre de 0.1nm) dans un environnement
contrl (salle blanche), limite la pollution et les effets gomtriques lorigine du
phnomne dhystrsis.
102

V.1.1. Equation de Young Dupr
On peut voir les phnomnes dinterface dun point de vue des forces. En effet, on
peut considrer la surface comme un film capable dexercer une force sur la ligne dancrage.
Par exemple, la pression dans une bulle de savon est suprieure la pression atmosphrique,
dautant plus que la bulle est petite. La courbure du film liquide exerce une force qui
comprime le gaz emprisonn.
l cos() = sg sl (II.13)
Dans le cas dune goutte dpose sur un substrat la ligne dancrage est soumise trois
forces correspondant aux trois interfaces : solide - liquide (sl), liquide gaz (lg) et solide
gaz (gs) (cf. figure). Le bilan des forces dans le plan de la surface donne la relation ci-dessus
(II.13). La tension superficielle du liquide et du gaz vaut en fait celle du liquide. On la note l
= lg.
V.1.2. Equation dOwens-Wendt
En toute rigueur, on ne peut parler que de la tension superficielle dune interface, qui
dpend des deux composs de part et dautre. Nanmoins, empiriquement, on constate quil
est tout de mme possible de sparer la contribution de chaque matriau. Tout dabord, dans
lhypothse o un matriau A serait en contact avec une surface inerte ne prsentant pas ou
trs peu dinteraction (lair par exemple, ou le vide), alors il se cre un dsquilibre la
frontire de ce matriau. Le comportement linterface nest plus le mme quen son cur, il
peut par exemple apparatre des charges dans le cas de solution ionique avec plusieurs espces
(double couche). De plus, deux particules qui interagissent avec un certain potentiel dans le
matriau massique auront une interaction diffrente proximit de la surface. Les contraintes
qui apparaissent sont relaxes sur une zone trs fine proche de linterface. On peut caractriser
dun point de vue macroscopique ce rarrangement par une nergie de surface que lon note
A.
Si on met le matriau A en contact avec un matriau B, le dsquilibre peut tre
accentu ou au contraire relax. La prsence de B induit une rponse dans A et
rciproquement. On peut donner une relation empirique de la tension de surface de linterface
AB en fonction de A et B [Ulman 1991].
AB = A + B 2 A B (II.14)
On notera que dans la limite o les deux matriaux sont identiques, on a bien une
tension de surface nulle. Dans la limite o il ny a quun seul compos (i.e. B = 0), on
retrouve la valeur du compos A. Linteraction est une moyenne gomtrique des deux
tensions de surface.
103

gaz
lg
liquide
sg sl
solide
Figure II.35 : Forces qui sappliquent au niveau de la ligne triple. La

somme des forces projete sur le plan du substrat donne la relation 000.
seringue
source lumineuse
chantillon
camra

Surface de
lchantillon
Figure II.36 :Digidrop de la socit GBX. Cette appareil permet de dposer et de mesurer langle de contact
dune goutte pose sur une surface. On claire la goutte sur le ct. Une camra CCD permet de saisir
limage de la goutte. Un logiciel de traitement dimage permet de remonter langle de contact. Si le liquide
est de leau aigu<90 une surface hydrophile, sinon la surface est hydrophobe. On reprsente langle que
forme une goutte deau (photo de gauche) et une goutte dhexadcane (photo de droite) sur une surface
doctadecyltrichlorosilane (OTS). On mesure H2O=109 et HD=42.
104

Pour pouvoir aller plus loin, il faut distinguer entre les diffrents types dinteraction.
On peut distinguer la composante polaire et dispersive correspondant respectivement
linteraction entre diple comme dans leau, et linteraction de Van der Waals. Ces deux
contributions ninteragissent pas entre elles ou trs peu. On a alors la formule plus complte
[Ulman 1991].
AB = A + B 2 A d B d 2 A p B p (II.15)
V.1.3. Mise en uvre
Lappareil que lon utilise est un goniomtre Digidrop de la socit GBX. La goutte
(quelques dizaine de l) est dpose sur le substrat laide dune seringue, est claire sur le
cot par un faisceau de lumire blanche. Une camra enregistre la forme de la goutte, et un
logiciel de traitement dimage permet dextraire langle partir de limage (cf. figure II.36).
A partir des quations (II.14) et (II.15) on peut dduire les quations (II.16) et (II.17).
Cette quation exprime la composante polaire et dispersive de la surface en fonction de celle
de diffrents liquides. Les liquides ayant une composante polaire non ngligeables sont : eau,
dithylne glycol, diiodomthane, alcool benzylique. Les liquides dont on peut ngliger la
composante polaire sont tous les alcanes. On dispose de : hexadecane, undecane, decane et
octane.
Si on trace le premier membre de lquation (II.17) en fonction de (lp/ld) on doit
obtenir une droite dont la pente est la valeur lorigine donne les deux composantes
dispersive et polaire de lnergie de surface (cf. tableau II.02).
Pour les surfaces ayant une faible composante polaire, on utilisera plutt des alcanes
comme liquide. Dans ce cas la formule (II.17) se simplifie. On obtient la relation (II.18). On
trace alors cos () en fonction de la composante dispersive de lnergie de surface des
diffrents alcane.
l (1 + cos()) = 2 l d s d + 2 l p s p (II.16)
En conclusion, on notera que chaque liquide est sensible un certain type

dinteraction. Par exemple, dans le cas dune surface mthyle rate , on peut trouver un
angle de contact avec leau de 109, alors quon va mesurer presque 0 avec lhexadecane
alors que la valeur attendue est de 42. Ce dsaccord peut tre interprt par le fait quon a
dans ce cas une couche dsordonne. Les molcules dhexadecane sinsrent dans la
monocouche. Cela explique ltalement de la goutte [Bain 1989]. Cet exemple illustre le fait
que leau nest pas sensible lordre dune surface mthyle contrairement aux alcanes. On
notera galement quon peut vrifier trs rapidement si on a greff une couche dense et
ordonne. Cette remarque est valable pour les surfaces vinyle et fluor.
Inversement, pour la surface amine on se fiera plutt langle obtenu avec leau. Les
surfaces frachement prpares ont un angle avec leau de 40 50. Aprs quelques semaines
langle augmente jusqu 70 [Petri 1999].
105

l (1 + cos())
d
2 l
Mthode dOwens - Wendt
g (
l 1 + cos ( ))
q d p

g l
p

= g s + g s
d d
2 g g l OTS=19.7 + 0.6 = 20.3mJ/m2
l
(II.17)
p
l
d
l
Dispersive Polaire Totale
[mJ/m2] [mJ/m2] [mJ/m2]
Eau 21.6 51.2 72.8
Diodomthane 48.5 1.3 49.8
Dithylne glycol 39.1 5.7 44.8
Alcool benzylique 31.1 3.7 34.8
Mthode de Zisman
l
cos() 2
s OTS=20.5mJ/m2
(II.18)
Tableau II.02 : Mesure de la composante dispersive et polaire dune surface mthyle (OTS) par la mthode de
Zisman et dOwens Wendt. On donne la composante polaire et dispersive des diffrents liquides. On trouve
pour chaque mthode les valeurs de 20.3mJ/m2 et 20.5mJ/m2. La composante polaire mesure par la mthode
Owens Wendt est de 0.6mJ/m2. Elle est trs faible comme on pouvait sy attendre pour une surface mthyle.
V.2. Caractrisation lAFM

Nos surfaces pour le dpt dADN doivent tre planes. Cest gnralement le cas.
Nous avons eu le plus de problme avec les surfaces vinyle et fluor qui ont tendance se
polluer rapidement. De plus, les surfaces fluor peuvent tre trs rugueuse par la formation de
multicouche. Cest pour cette raison que nous avons peu dimages lAFM de molcules
dADN dposes sur ces surfaces.
106

Volume de Volume de Temps de Hauteur

tolune silane silanisation mesure
40ml 10l 6mn 2.2nm
40ml 10l 6mn 2.656nm
40ml 10l 20mn 1.865nm
40ml 5l 30mn 1.69nm
30ml 20l 30mn 3.893nm
30ml 20l 1h 8.707nm
30ml 20l 2h 1.565nm
30ml 50l 2h 1.715nm
30ml 100l 2h 12.14nm
Tableau II.03 : hauteur mesure du silane amine

greff sur SiO2. On a une forte dispersion des
valeurs. La hauteur dune monocouche de
molcule est de 0.86nm
Figure II.37 : Allure de la zone de mesure de

lpaisseur des films molculaires. Cette image a
t faite en mode tapping. Les dimensions sont
2m 1.53m.
Nous avons galement vrifi lAFM lpaisseur des films molculaires que lon
greffe (cf tableau II.03 et figure II.37). Pour cela nous avons fait des ouvertures dans une
rsine lectronique. Nous avons avant chaque silanisation fait un plasma O2 de lchantillon
pendant 1minute pour nettoyer les ouvertures et prparer la surface pour le greffage des
molcules. On enlve la rsine une fois quon a fini le greffage et on mesure la hauteur du
film molculaire par AFM.
Dans le cas du silane amine (greffage en solution), nous avons pu constater que
lpaisseur du film augmente continment avec le temps (cf. tableau II.03). De plus,
lpaisseur mesure nest pas reproductible dune silanisation lautre et dun endroit
lautre de lchantillon. Le film molculaire nest pas organis (cf. figure II.30).
Cette mthode nous a permis de constater que les silanes amine se greffe effectivement
avec notre protocole en solution, que lADN polymrise continment sur la surface et enfin
quil est difficile dobtenir une hauteur reproductible [Choi 2000].
Finalement le protocole que nous avons choisi pour la silanisation amine est celui en
phase gazeuse par la simplicit de mise en uvre et par le fait que les surfaces prpares par
cette mthode sont trs propres et homognes lAFM. Nous navons pas vrifi avec ce
protocole en phase gazeuse la hauteur du film en fonction du temps.
Dans le cas du silane OTS, on doit trouver une hauteur de 23Angstrm [Breuil 2000].
Nous avons trouv un peu moins que la hauteur attendue car la couche forme nest pas dense
(cf. figure II.38). On distingue des lots sur la zone silanise.
107

a) b)
h=1.907nm h=1.873nm
Figure II.38 : Greffage slectif du silane OTS. On peut constater en b) que la couche nest pas
complte [Breuil 2000]. En a) la monocouche est plus homogne. On attend une hauteur de 2.3nm.
On mesure une hauteur infrieure car la couche que lon greffe nest pas complte
VI. Manipulation et observation de lADN

VI.1. Solutions dADN
LADN que lon utilise est le -ADN (Roche Biomedicals) et du poly (dG).poly(dC)
et poly(dA).poly(dT) (Amersham Pharmacia Biotechnology Inc.). LADN que lon reoit est
dcongel une premire fois pour tre aliquot en portion de 5l puis recongel.
Les tampons que lon utilise sont le Tris et le MES de chez Aldrich (cf. Annexe C).
Ces molcules sont reprsentes dans lAnnexe C. On utilise ce tampon gnralement
10mM. Afin de limiter laction dventuelles enzymes sur lADN, on rajoute de lEDTA
1mM. On a galement prpar des tampons avec du MgCl2. Dans ce cas on ne met pas
dEDTA.
Nous avons prpar 1L de solution 10mM de la forme basique et acide du tris ainsi
quune solution de MES. Nous avons galement prpare le mme jeu de solution avec 1mM
dEDTA en plus. Nous avons donc 6 solutions mres de 1L stocke dans des bouteilles en
verre labri de la lumire. Les bouteilles en verre ont t nettoyes avec un piranha et
abondamment rince leau dsionise (une dizaine de fois).
Pour prparer nos tampons de Tris, nous mlangeons les solutions de la forme basique
et acide du tampon sachant que le Tris est un acide faible de pKa = 8.1. Nous prlevons un
chantillon de cette solution et nous en mesurons le pH. Il est possible surtout sil y a de
lEDTA (qui a 4 acidits) que le pH de la solution prpare soit loin de celui quon attendait.
Dans ce cas on recommence jusqu arriver au bon pH.
108

Pour prparer les tampons de MES, on rajoute de la soude ou bien de lacide

chlorhydrique pour ajuster le pH.
Nos solutions sont prpares et stockes dans des flacons de 100ml en plastique. Elles
se gardent au moins six mois. Nous avons toujours manipul ces solutions avec prcaution
pour viter toute contamination.
Pour prparer une solution contenant de lADN, on verse dans un petit flacon en
plastique le tampon on y rajoute 5l de la solution mre dADN. Avec une dilution de 1000
fois on arrive une concentration dADN de 10pM environ. Cette solution est conserve
4C. Elles se gardent environ 1 mois. Au del nous avons constat une perte de
reproductibilit de nos expriences de dpt.
VI.2. ADN fluorescent

Pour observer lADN au microscope, il faut pralablement insrer dans la double
hlice des molcules fluorescentes. Nous avons utilis du YOYO-1 (cf. Annexe C).
Attention : cette molcule sintercale dans lADN. La notice toxicologique prcise que cet
agent peut tre mutagne. Cette molcule est reprsente dans lannexe C.
Cette molcule peut sintercaler entre les paires de bases de lADN. Elle nest
fluorescente quune fois intercale [Matsumoto 1981]. On sarrange pour avoir une molcule
fluorescente tous les 20 paires de base environ. Nous avons constat que ctait suffisant pour
bien distinguer les molcules dADN. Lorsquon met plus de YOYO-1, on a observ plus de
fluorescence parasite. De plus lintercalation fragilise lADN. Sous leffet du rayonnement
lors de lobservation au microscope la molcule dADN finit par tre coupe.
On a procd de la manire suivante pour prparer notre solution dADN. On dilue la

solution mre dADN ainsi que la solution mre de YOYO-1 100 fois. On mlange les deux
solutions et on laisse incuber quelques heures 4C. Une fois cette tape termine on finit
alors de diluer la solution jusqu obtenir la concentration de travail.
Nous avons constat que si on mlange directement lADN et le YOYO-1, on forme
une sorte de prcipit. Inversement, si on utilise des solutions trop dilues, on a constat quil
faut laisser incuber la solution plus longtemps pour que tout le YOYO-1 ragisse avec lADN.
Enfin, lors du mlange des deux solutions il faut agiter pour quelle se mlange rapidement.
En effet dans le cas contraire, on a observ que les brins dADN nont pas tous le mme
niveau de fluorescence. Lexplication viendrait du fait que sans agitation, on a une
inhomognit de concentration de YOYO-1. Par consquent on peut sattendre ce que les
molcules naient pas la mme quantit de molcules fluorescentes intercales.
VI.3. Observation au microscope

Nous utilisons un microscope (Leica DMLS) pour observer lADN dans lequel on a
insr les molcules de YOYO-1 (oxazole homodimer). Lexcitation se fait une longueur
donde de 491nm (bleu). On rcupre le signal une longueur donde de 509nm (vert). La
slection de la frquence de travail et le filtre de coupure constitue sont placs respectivement
sur le trajet aller et dobservation de la lumire (cf figure II.39).
109

En prsence dune solution dADN qui contient beaucoup de sels (>0.1M), on observe
une fluorescence parasite importante. On a certainement un relargage du YOYO-1 dans la
solution.
Lorsquon observe lADN continment on constate que le signal de fluorescence
diminue. On parle de photoblanchiement. On peut utiliser du mercaptothanol que lon
rajoute 4% dans la solution dADN. Cela limite leffet de photoblanchiement. De plus, la
molcule finit par tre abme au cours de lobservation. Elle est en gnral coupe [Kang
2001]. En effet la dsexcitation de la molcule fluorescente peut se faire par voie chimique au
lieu de se faire par mission de photons. En particulier, le squelette phosphate peut tre coup.
La coupure des deux brins rompt dfinitivement la molcule. On peut observer ce phnomne
au microscope.
On utilise un objectif Leica DML/HCX-PL Fluotar ( 100) immersion dans lhuile.

Louverture numrique de lobjectif est de 1.3. Cela signifie quon rcupre quasiment toute
la lumire mise. Lclairage pour lobservation en fluorescence doit tre de bonne qualit. Il
faut clairer lchantillon avec une intensit suffisante pour pouvoir observer de faible niveau
de fluorescence. La lampe quon utilise est une lampe au mercure haute pression.
Lmission de la lumire se fait sur une zone denviron 1 mm de diamtre. Les ampoules
quon utilise ont une dure de vie de 100 heures. Au-del, il y a un risque dexplosion de
lampoule.
Le microscope est muni dune camra noir et blanc (Coolsnap photometrics). Le

dtecteur est refroidi par effet peltier. Cette camra est dune sensibilit lgrement suprieure
lil.
Camra refroidie
par effet Peltier
Filtres Lampe Mercure

Excitation : 491nm (bleu)
Retour : 509nm (vert)
100W haute
pression
Huile
Figure II.39 : Schma dun microscope fluorescence. Lobjectif est immersion grande ouverture
numrique. Lclairage provient dune lampe mercure haute pression. Un jeu de filtre permet de
slectionner la longueur donde dexcitation du YOYO 1 (509nm). Un deuxime filtre slectionne la
longueur donde dmission (491nm). Une camra refroidie par effet Peltier est relie au microscope
pour lacquisition des images. Pour les chantillons de petite taille, on utilise une lamelle qui plaque
lchantillon contre le support (Le dispositif est reprsent en insert).
110

Enfin, comme les chantillons quon utilise sont trs petits (moins de 1cm de
diamtre), nous avons adapt la plateforme du microscope pour maintenir lchantillon
laide dune lamelle en verre. De plus comme lchantillon nest pas en contact avec lhuile,
on peut ensuite lobserver lAFM (cf. figure II.39).
VII. Ralisation dlectrodes

On prsente dans cette partie les techniques de lithographies. Le principe consiste
faire des ouvertures dans une rsine et mtalliser lchantillon. Lorsquon enlve la rsine il
ne reste que le mtal dpos directement sur la surface (Lift off).
Suivant la rsolution que lon veut atteindre on choisira la lithographie lectronique
pour des dimensions infrieures 1m et la lithographie optique sinon [Williams 1984].
VII.1. Lithographie lectronique

Lchantillon pour cette technique doit tre conducteur pour pouvoir vacuer les
charges que lon envoie sur le substrat. Cette technique est adapte aux plaquettes de silicium
mme si elles comportent un oxyde pais (300nm doxyde dans notre cas).
Les rsines que lon utilise sont le PMMA (polymthylmthacrylate) et COPO

(copolymre de PMMA et de MMA (mthylmthacrylate)). Ce qui diffrencie les diffrentes
rsines sont la masse molaire du polymre et sa concentration. On dpose gnralement la
rsine en bicouche pour faire des profils casquette. Cela permet de crer une coupure dans le
film de mtal quon dpose sur lchantillon (cf. figure II.40). Ainsi lorsquon enlve la rsine
lors de la dernire tape (cf. figure II.40) on na pas de problme de pont de mtal qui reste
entre les lectrodes, Ces problmes deviennent non ngligeables lorsque la taille des motifs
diminue.
On arrive obtenir un profil casquette car la premire couche de rsine est plus
sensible que la deuxime. Ainsi, mme si les deux rsines reoivent la mme dose de
bombardement lectronique, la rsine la plus sensible va donner une ouverture plus
importante. On obtient ainsi le profil casquette (cf. figure II.40).
Pour la ralisation dlectrodes, il faut dterminer la dose optimale (lintensit du

faisceau dlectron). Pour cela on fait une variation de dose. Cela consiste rpter le mme
motif pour diffrentes doses. On mtallise, on enlve la rsine (avec de lactone), puis on
observe le rsultat au microscope lectronique. La meilleure dose correspond aux lectrodes
non court circuites avec les ouvertures compltement dgages. Il ne doit pas rester de
rsine au fond.
Il est tout fait possible de trouver pour la dose optimale un espace inter lectrode
plus petit que ce quon a dessin (cf. figure II.41). Cela est du des effets de proximit. En
effet, le faisceau dlectron passe de part et dautre de lespace inter lectrode (pour crire les
lectrodes). De ce fait, la rsine cet endroit reoit des lectrons diffuss ou retrodiffuss
[Williams 1984] [Cahn 1996]. Dans le cas de plaquettes de silicium ce problme nest pas trs
gnant. Ces effets de proximit dpendent de la gomtrie des lectrodes. On peut tirer parti
de cet effet pour diminuer lespace inter lectrode. On peut arriver ainsi des distances de
20nm. Pour information, la rsolution du masqueur LEICA a t amliore rcemment
(~7nm). Actuellement la ralisation dlectrodes spares de quelques dizaine de nm ne
devrait poser aucun problme particulier.
111

Le dpt de mtal se fait par vaporation sous vide. On dpose une couche daccroche
en titane avant de dposer lor ou le platine. Il vaut mieux utiliser du platine comme mtal.
Avec des lectrodes en or, nous avons eu des problmes de dformation des lectrodes (cf.
chapitre 4) qui finissaient par tre court-circuites puis dtruites.
Dpt de la rsine la tournette Rsine : COPO 4% (MMA 8.5)

a = 5000 ; v = 3000 ; t = 20s ; e = 40 50nm
Recuit sur plaque chauffante T = 80C ; t = 1mn
Recuit dans ltuve sous atmosphre dazote T = 170C
t = 30mn
Dpt de la deuxime rsine Rsine : PMMA 3% 495K
a = 5000 ; v = 3000 ; t = 20s ; e = 40 50nm
t = 30mn
Exposition Dose = ~180C/cm2 (dpend du motif et du
substrat)
Rvlation Rvlateur : Mlange IPA/MIBK (2 : 1)
t = ~60s ( optimiser avec la dose)
Rincage IPA
Tableau II.04 : Protocole de lithographie lectronique pour les motifs de taille
nanomtrique
Dpt de la rsine la tournette Rsine : COPO 11% (MMA 8.5)

a = 1000 ; v = 2000 ; t = 12s ; e = 700nm
t = 30mn
Dpt de la deuxime rsine Rsine : PMMA 5% 50K
a = 5000 ; v = 2000 ; t = 12s ; e = 800nm
t = 30mn
Exposition Dose = ~180C/cm2 (dpend du motif et du
substrat)
Rvlation Rvlateur : Mlange IPA/MIBK (2 : 1)
t = ~60s ( optimiser avec la dose)
Rincage IPA
Tableau II.05 : Protocole de lithographie lectronique pour les motifs de taille
micromtrique.
a : acclration de la tournette. v : vitesse de la tournette. t : temps de rotation de la tournette
e : paisseur de la rsine dpose
COPO x% (MMA y) : copolymre issu dun mlange de x% en masse de PMMA et de y % de MMA (mthyl
mthacrylate) dans un solvant dthyl lactate.
PMMA x% yK : x% en masse de PMMA (polymthylmthacrylate) de poids molculaire y1000 dans un solvant
danisole.
MIBK : methylisobutylketone.
IPA : alcool isoprpylique.
112

VII.2. Lithographie optique
Les rsines que lon a principalement utilis en lithographie optique sont : AZ1505, et
S1818. Lchantillon sur lequel on a dpos la rsine est insol par des ultra violets travers
un masque que lon dpose sur lchantillon. La rsolution va dpendre de la qualit du
contact entre le masque et la surface.
On peut si ncessaire obtenir des profils casquette. Dans ce cas on peut durcir la
surface de la rsine. Par consquent au moment de la rvlation la surface sera moins grave
par le rvlateur que le dessous de la rsine.
Dans le cas o on dpose de faibles paisseurs de mtal le profil casquette nest pas
indispensable. Nous avons travaill dans cette configuration.
Nous avons utilis la rsine S1818 pour la prparation de lames de microscope en vue
dobtenir des contrastes chimiques (cf. chapitre III).
Le dpt mtallique se fait de la mme faon que pour la rsine lectronique.

La lithographie optique est plus facile et rapide mettre en uvre. Le temps dcriture
dune plaquette en lithographie lectronique peut prendre plusieurs heures alors quil prend
quelques secondes en optique. De plus dans le cas du masqueur lectronique il faut rajouter au
temps dcriture le temps de pompage pour faire le vide.
Les protocoles de lithographie sont donns pour les deux rsines dans le tableau II.06.
Rsine S1818 Rsine : AZ1505

Promoteur dadhrence HMDS HMDS
de la rsine (facultatif) a = 4000 ; v = 2500 ; t = 12s a = 1000 ; v = 3000 ; t = 12s
Dpt de la rsine la a = 2500 ; v = 2500 ; t =12s a = 3000 ; v = 3000 ; t =15s a = 5000 ; v = 2600 ; t =10s
tournette
Recuit sur plaque T = 110C ; t = 1mn T = 120C ; t = 3mn T = 100C ; t = 1mn
chauffante
Exposition A puissance = 9mW/cm2 A puissance = 17.5mW/cm2 A puissance = 9mW/cm2
t = 6s t = 4s t = 1.5s
Rvlation Rvlateur : MF319 Rvlateur : MF319 Rvlateur : MIF 726
t = 25-30s t = 20s t = 15s
Rincage Eau dsionise Eau dsionise Eau dsionise
Recuit sur plaque T = 120C ; t = 2mn T = 110C ; t = 3mn
chauffante
Tableau II.06 : Protocole de lithographie optique.
a : acclration de la tournette.
v : vitesse de la tournette.
t : temps de rotation de la tournette
113


Lithographie Lithographie
optique lectronique
Rsine bicouche
Insolation
Masque
optique
Ecriture +
dveloppement
Profil casquette
Mtallisation avec une
couche daccroche.
Ti/Or ou Ti/Pt
On enlve la rsine
(Lift off en anglais)
Figure II.40 : Protocole de lithographie lectronique et optique. Nous navons pas utilis de profil
casquette pour la lithographie optique. En revanche le profil casquette est ncessaire en lithographie
lectronique pour des motifs de petite taille (~100nm).
a) b)
Figure II.41 : Electrodes ralises en lithographie lectronique. En a) les dimensions de lespace

inter lectrode sont 15m 500nm (mtal Ti/or). En b) les dimensions de llectrode sont 20nm
100nm (mtal Ti/Pt).
114

VIII. Conclusion
Ce chapitre a prsent lensemble des techniques exprimentales que nous avons
utilise au cours de la thse.
Une partie importante de ce chapitre est consacr la microscopie champ proche.

LAFM est lappareil que nous avons le plus utilis pour faire des images et des mesures
lectriques. Nous avons vu quil existe de nombreuses variantes de lAFM en particulier le
mode doscillation latrale.
Nous avons prsent laspect thorique de linteraction pointe surface afin de donner
des bases pour interprter les images. La mesure des hauteurs dpend des conditions
dimagerie mais reste de manire gnrale fiable. A ce titre une partie du chapitre III est
consacr la mesure de hauteur de lADN dpos sur diffrentes surfaces.
Les mesures en conducting AFM ne sont pas videntes raliser car le contact
lectrique entre la pointe et lobjet dont on veut mesurer les proprits de conduction nest pas
tout fait reproductible.
Nous prsentons rapidement le matriel utilis pour les mesures lectriques avec des
lectrodes. Nous avons obtenu trs peu de rsultats sur les lectrodes (cf. chapitre IV).
La suite du chapitre nous a permis de prsenter la manire dont on a prpar tous nos
substrats (traitement et fonctionnalisation de surface) et leur caractrisation. Cette
caractrisation par la mesure de langle de mouillage de diffrents liquides est assez simple.
En pratique cette mthode sest avre suffisante. Nous navons pas essay de caractriser
davantage nos surfaces.
La manipulation de lADN est dcrite ensuite. LADN que nous avons utilis est
dispers dans diffrents tampons avec ou sans sels divalents. Lobservation de lADN au
microscope optique se fait par fluorescence. On utilise pour cela un intercalant fluorescent :
YOYO-1. Toutes nos expriences de dpt dADN en fonction du pH, du tampon, des sels
prsents, ont t faite en microscopie optique. Cette technique est adapte pour regarder un
grand nombre dchantillons rapidement.
On termine finalement ce chapitre avec les mthodes de lithographie qui nous ont
permis de raliser nos lectrodes.
115

116

Chapitre III
Dpt dADN
117

I. Introduction
On prsente dans ce chapitre les rsultats concernant le dpt dADN sur une surface.
Lobjectif de nos dpts dADN est de pouvoir faire par la suite des mesures lectriques sur
les molcules.
En premire partie, on dcrit une mthode pour obtenir des surfaces avec contraste
chimique. Notre objectif tait de greffer une extrmit de lADN sur une partie de
lchantillon et de dposer le reste par tirement hydrodynamique sur une partie voisine
traite diffremment (cf. figure III.01).
Avec ce contraste chimique on peut esprer greffer une grande quantit de molcules
sur une zone bien dlimite du substrat, en particulier proximit dune lectrode en vue
deffectuer des mesures lectriques. De plus on peut tester diffrents traitements de surface au
niveau des lectrodes, puisque le greffage des molcules dADN se fait sur une autre zone de
lchantillon.
Cette mthode malgr tous les avantages quelle prsente est assez lourde mettre en
uvre. Nous avons finalement utilis deux autres mthodes de dpt plus simples. Ainsi
mme si nous navons pas opt au final pour la mthode avec contraste chimique, le travail
prsent ici a servi V.Haguet pour la prparation de ces substrats pour la dtection de
processus biologique [Haguet 2002].
Les deux mthodes que nous avons utilises pour le dpt dADN sont le dplacement
dune goutte contenant de lADN sur lchantillon et la mthode o on se contente de la faire
scher sur place. Ces techniques sont trs simples mettre en uvre et prsentent un bon
niveau de reproductibilit. Les caractristiques du dpt sont donnes pour les deux
techniques (forme, orientation, taille, hauteur, )
II. Surface contraste chimique

II.1. Problmatique
Nous avons vu au chapitre I que la technique du peignage molculaire permet dtirer
lADN condition quau moins une de ses extrmits soit fixe la surface alors que les
segments sont encore libres en solution. Le paramtre clef pour y arriver est le pH. A haut pH,
lADN ne se fixe pas, alors qu bas pH il se fixe compltement (extrmits et segments)
[Kang 2001]. LADN dans ce cas se met en pelote sur la surface. Il y a un pH intermdiaire
pour lequel lextrmit de lADN sadsorbe sur la surface sans que les segments ne se fixent.
Par consquent quand on retire lchantillon de la solution, le passage du mnisque
ventuellement conjugu avec le flot hydrodynamique permet dtirer la molcule sur la
surface.
Le problme de cette mthode dtirement est que la fentre de pH pour laquelle on

arrive tirer lADN est peu tendue (denviron 0.5 unit pH). De plus le pH optimal peut
varier lgrement dune surface une autre avec le mme traitement de surface. Etant donn
que notre objectif est davoir une densit suffisante de molcule pour tre sure den avoir sur
118

nos lectrodes, notre objectif tait de rduire cette incertitude : donc de faire un dpt peu
dpendant du pH.
Notre objectif tait donc de greffer lADN sur le substrat pour contrler la densit. De
plus pour viter quil y ait trop de molcules sur le substrat nous avons choisi de limiter
certaines zones proximit des lectrodes, les sites daccrochage (figure III.01).
II.2. Objectif
Nous avons choisi de greffer lADN par la raction entre une fonction -oxo aldhyde
et le semi carbazide dpos sur la surface. Par consquent, lADN doit tre modifie pour tre
muni de cette fonction. La stratgie que lon comptait employer tait de prparer des
oligomres de 12 paires de base complmentaire dune des extrmits de lADN , avec cette
fonction -oxo aldhyde. Par hybridation et par laction dune enzyme qui referme le
squelette phosphate, on obtient notre molcule dADN fonctionnalis COCHO. La fonction
-oxo aldhyde est galement appel COCHO qui correspond la composition chimique de la
fonction (cf. figure III.02).
La fonction semi carbazide est obtenue par transformation dune fonction amine
comme le montre la figure III.02. Ce protocole [Melnyk 2002] est dtaill dans la thse de
V.Haguet [Haguet 2002]. Cette transformation chimique est faite lInstitut de Biologie de
Lille (IBL).
On recherche fixer lADN sur le semi carbazide mais pas sur les molcules B (cf.
figure III.01).
Avant deffectuer les tests avec lADN nous avons voulu vrifier que lon arrive bien
obtenir des contrastes chimiques. Nous avons test un certain nombre de molcules B. Les
silanes que lon a utiliss ont des terminaisons : mthyle1, fluor2 et vinyle3 (cf. annexe C).
Pour effectuer les tests nous avons utilis une molcule fluorescente : un dipeptide
fonctionnalis avec la terminaison -oxo aldhyde : le Rhodamine-Lys-Arg-NH-(CH2)3-NH-
CO-CHO. La lysine (Lys) et larginine (Arg) sont des acides amins.
Bien entendu, cette sonde fluorescente ne ragit pas a priori comme lADN, surtout
pour ladsorption non spcifique. Lutilisation dune molcule fluorescente ne nous a servi
qu tester notre protocole pour obtenir des contrastes chimiques. La chimie du greffage de la
molcule fluorescente est indique sommairement sur la figure III.02.
On a essay un certain nombre de silanes diffrents (mthyle1, fluor2, vinyle3) pour

pouvoir effectuer des tests de dpt avec lADN et choisir la surface qui convient le mieux
du point de vue des mesures lectriques.
On part du principe que le greffage covalent est plus efficace que ladsorption non
spcifique. On espre donc que lADN se fixera en plus petite quantit sur le silane B
(mthyle, fluor, vinyle) que sur la fonction semi carbazide. Ce nest pas vident priori. Nous
ne sommes pas arriv jusque l. Ce projet sest arrt en cours de route. Nous avons juste
effectu les tests pour vrifier le protocole dobtention de surfaces avec contraste chimique.
Ce travail a t repris par V.Haguet pour la prparation de ces substrats pour la dtection de
processus biologiques [Haguet 2002].
1 : OTS (Octadecyltrichlorosilane) : H3C-(CH2)17-SiCl3
2 : 1H,1H,2H,2H-perfluorodcyl trichlorosilane (F3C-(CF2)7-(CH2)2-SiCl3)
3 : 7-octnyltrichlorosilane (H2C=CH-(CH2)6-SiCl3)
119

Semi
carbazide
B B
Substrat SiO2
Figure III.01 : Prsentation de la technique de greffage covalent de lADN modifi COCHO sur une
surface fonctrionnalise semi carbazide. Le passage du mnisque permet dtirer la molcule sur la partie
de la surface modifie avec une molcule B.
Peptide
peptide
Peptide rhodamin
peptide NH
rhodamin
NH C
H
C O
H C
C O N
Transformation NH2
de la fonction O
HN HN
H H
amine en semi
C C
carbazide O
N O
HN HN
O Si O
- H2O
Si
O Si
O O O O
O O
SiO2
Figure III.02 : Transformation de la fonction amine en fonction -oxo aldhyde, puis greffage
covalent du dipeptide rhodamin sur la fonction -oxo aldhyde. La rhodamine est une molcule
fluorescente qui permet de tester le rendement de lensemble des ractions qui mne du substrat nu
la sonde rhodamine.
120

II.3. Obtention de contraste chimique

II.3.1. Test de greffage pleine plaque
Nous avons effectu le protocole de transformation de la fonction amine en semi

carbazide puis le greffage du peptide rhodamin pour chacun des silanes dont on dispose
(amine, mthyle, fluor et vinyle). Tous nos tests sont effectus sur des lames de microscope.
Dans le cas du silane termin amine (APTMS cf. annexe C), nous avons deux
protocoles de silanisation. Les lames prpares lIEMN sont silanises en phase liquide avec
du tolune comme solvant (cf. chapitre 1). Les lames prpares lIBL sont silanises avec un
mlange dalcool et deau (cf. chapitre 1).
Le protocole qui mne de la fonction amine la fonction semi carbazide puis le

greffage du peptide rhodamin a t ralis lInstitut de Biologie de Lille (IBL). Il ny a que
sur le silane termin amine que lon sattend avoir un greffage covalent de la sonde
fluorescente. Eventuellement on peut avoir une raction parasite avec le silane termin vinyle.
Les silanes termins fluor et mthyle sont neutres chimiquement.
Des contrles avec une sonde rhodamin sans la fonction -oxo aldhyde sont
effectues. Ce test permet de savoir quelle est la proportion de greffage chimique et
dadsorption non spcifique.
Les lames sont caractrises au scanner fluorescence Affymetrix 418 Array. Afin de
pouvoir comparer les lames entre elles, les images sont toutes enregistres avec le mme
niveau dexcitation et la mme sensibilit dacquisition (puissance du laser = L35, tube photo-
multiplicateur = PMT50). Lordre des couleurs est, en niveaux croissants de fluorescence :
noir, bleu, vert, jaune, rouge, blanc. On notera que les produits utiliss lIBL ainsi que la
chimie qui mne de la fonction amine jusquau greffage de la rhodamine COCHO sont
rgulirement tests.
Les rsultats sont prsents sur la figure III.03. Les lames silaniss amine que lon a
prpar lIEMN donne un signal relativement homogne au milieu de lchelle de
fluorescence (vert pomme). Les lames de lIBL donne un signal beaucoup plus important (au
niveau du blanc sur lchelle de couleur non reprsente sur la figure III.03).
Les lames fluor et vinyle donne un signal de fluorescence important. Dans le cas du
fluor, ladsorption est non spcifique. Dans le cas du vinyle, cest beaucoup moins vident.
Le signal sur les lames mthyle est trs faible. On remarquera que la gamme de couleur est
trs sensible au niveau du rouge et du blanc, pouvant donner limpression que les lames Fluor
et vinyle sont plus inhomognes que la lame mthyle. Un examen attentif montre quon a
autant de dispersion pour toutes les lames. Le choix de lchelle des couleurs donne une
meilleure sensibilit pour les niveaux les plus levs. Seul les lames amine ont un niveau de
fluorescence bien homogne.
On donne galement le cas dune lame silanise amine mais pour laquelle le bain de
silanisation a t pollu par de la rsine optique. En effet parmi les lames qui se trouvaient
dans le bain de silanisation, lune dentre elle tait recouverte partiellement de rsine optique.
121

C18 C18 NH2 pollu NH2
vinyle
Fluor
NH2
NH2 pollu
C18
NH2 Fluor Fluor vinyle vinyle
Figure III.03 : Greffage de rhodamine COCHO sur diffrentes surfaces. Le greffage est covalent sur les surfaces
amine. En revanche, on a beaucoup de dpt non spcifique (physisorb) sur les surfaces Fluor et vinyle. La surface
hydrophobe recouverte de silane 18 carbones nadsorbe quasiment pas de rhodamine. NH2 pollu rfre des
surfaces pour lesquelles le bain de silanisation a t pollu par de la rsine optique.
122

La non ractivit dans le cas des lames mthyle se comprend aisment puisque les
groupements CH3 sont neutres chimiquement et ne sont pas chargs. Il interagissent peu
avec la rhodamine ou bien avec les acides amins lysine et arginine qui sont chargs
positivement au pH de travail (entre 7.0 et 8.0).
En revanche dans le cas des silanes termins vinyle et fluor, ces groupements sont plus
riche en lectrons et peuvent interagir electrostatiquement avec les acides amins de la sonde
fluorescente qui sont chargs positivement. De plus, la rhodamine comporte des groupements
aromatiques (liaison ) qui peuvent certainement interagir spcifiquement avec les liaisons
terminales de la surface termine vinyle.
Nanmoins il nest pas exclu que le groupement vinyle ragisse partiellement au

protocole de transformation de la fonction amine en semi carbazide. Dans ce cas on aurait un
greffage covalent partiel de la sonde fluorescente.
Connaissant les niveaux de fluorescence dans le cas o le greffage du silane est pleine
plaque, on sattend retrouver ces mmes niveaux de fluorescence pour chacun des silanes
dans le cas o on a un contraste chimique.
II.3.2. Surface contraste chimique
II.3.2.1. Protocole
Le principe de lobtention de contraste chimique est de faire des ouvertures dans le

premier film de molcules greffes, puis de dposer la seconde molcule dans les ouvertures.
Le protocole est dcrit sur la figure III.04.
On utilise une couche daccroche en polystyrne dans le cas des lames mthyle. En
effet ces surfaces sont tellement hydrophobes que la rsine optique ne tient pas. Elle sen va
compltement lorsquon essaye de la dposer la tournette. On arrive en revanche taler du
polystyrne. Il doit tre suffisamment visqueux pour tenir sur la surface sous peine davoir des
zones non couvertes. Inversement il ne doit pas tre trop visqueux pour limiter lpaisseur du
film (entre 0.5 et 1m). On dispose pour cela de polystyrne dans le tolune diffrentes
concentrations. Il faut sy prendre souvent plusieurs fois pour russir le dpt de ce premier
polymre.
Une fois le dpt de polystyrne effectu, la suite des oprations est la mme pour
toutes les lames. On utilise la rsine optique S1818 (de la marque Shipley) pour faire les
ouvertures avec le protocole classique de lithographie optique (cf. chapitre II).
Les lames de microscope ne sont pas adaptes aux tournettes de microlectronique.
Tout dabord la forme de lchantillon ne permet pas un bon talement. On a des bourrelets
importants de rsine qui peuvent se former sur les bords. De plus les lames de microscope
sont assez lourdes et tiennent assez mal sur le support de la tournette. Par consquent il faut
absolument bien centrer la lame avant de faire le dpt et ne pas dpasser une certaine vitesse
de rotation. En pratique on ne dpasse pas 3000tr/min.
123

-CH=CH2 ; SiO2 ; -NH2 -CH3

Rsinage S1818
Rsine PS a ~3000tr/mn/s ;
Silane v~3000tr/mn ;t~10s
greff
Insolation UV
(4s avec P=17mW/cm2)
Rvlation
(20s au MF319)
Plasma O2
Plasma O2 10mn (Puissance=100W ;
30secondes
Dbit=20sccm ; P=0.1Torr)
vgravure PS=170nm/mn
vgravure S1818=200nm/mn
On enlve la rsine
Actone ;
Alcool isopropylique ;
tolune ; EDI ;
Deuxime silanisation
Figure III.04 : Protocole pour la prparation des surfaces avec contraste chimique. On utilise une
couche daccroche en Polystyrne (PS) pour que la rsine optique puisse tenir sur la surface
mthyle.
124

Une fois quon a fait les ouvertures dans la rsine optique, on peut passer ltape de
greffage du deuxime silane. Afin denlever les premires molcules greffes dans les
ouvertures dfinies par la rsine optique, on utilise un plasma O2 (cf. figure III.04). Dans le
cas du silane OTS (terminaison mthyle), on doit dabord graver toute la couche de
polystyrne avant dattaquer la monocouche de molcules. Sachant que la gravure des rsines
et du polystyrne est de lordre de 200nm/mn, on a un temps typique de plasma de 10minutes.
Le temps de gravure ne doit pas tre trop long car le polystyrne sous leffet des espces
ractives finit par durcir, et il nest alors plus possible de lenlever. De plus, la gravure sur la
lame nest pas homogne. Par consquent il faut surestimer le temps de plasma pour tre sure
quil atteigne la couche organique.
Dans le cas o la rsine optique a t dpose directement sur les molcules greffes
sans couche daccrochage en polystyrne (cas des silanes termins amine et vinyle) le temps
de gravure est beaucoup plus court de lordre de 1 minute puisquil ny a que la couche de
molcule graver. En toute rigueur quelques secondes suffiraient largement, mais afin
denlever des restes de rsine au fond des ouvertures on survalue le temps de gravure.
On a galement fait le protocole avec une lame sans traitement. On fait juste du
greffage dans des ouvertures. Nous avions utilis cette technique avec de la rsine
lectronique pour mesurer la hauteur de nos couches organique (cf. chapitre II). Dans ce cas
on fait la mme chose mais avec de la rsine optique.
Une fois que la premire couche organique a t grave, il reste effectuer la

deuxime silanisation. Avant toute chose, il faut enlever les polymres (rsine optique et
ventuellement polystyrne) dposs sur la surface sans polluer les zones de la lame
dcouverte et nettoye par le plasma. Cela peut se faire mcaniquement. Un jet de gaz haut
dbit peut tre suffisant pour arracher le polystyrne qui ne tient pas trs bien sur la surface
termine mthyle. Il ne faut pas insister trop longtemps avec cette mthode puisque le gaz
nest pas parfaitement pur et on finit par polluer la surface. On peut galement utiliser
diffrents solvants. On enlve le gros de la rsine en projetant lactone sur la lame. Il y a un
double intrt agir de la sorte. Premirement, on limite les risques de redposition. De plus,
la vitesse du solvant agit mcaniquement pour enlever la rsine. Une fois que toute la rsine
est enleve (inspection visuelle) on peut effectuer un nettoyage par ultrason avec comme
solvant de lactone, de lalcool isopropylique, du tolune, ou de leau dsionise (EDI). On
peut mme faire un ultrason avec le bain de silanisation (tolune + silane). Dans ce cas, le
tolune permet denlever la rsine et de faire la silanisation en mme temps. Cette dernire
mthode est intressante puisque on profite bien de la surface frachement prpare par le
plasma.
II.3.2.2. Masque utilis
Le masque que lon a utilis est reprsent sur la figure III.05. On a des carrs de
100m de cot. On a une densit variable de petite carrs lintrieur de ces carrs de 100m.
La rsolution du scanner ne permet pas de distinguer les dtails dans les ouvertures. On ne
voit que des motifs de 100m. On sattend avoir un niveau de fluorescence qui dpend du
taux de couverture. En particulier on a 30% de couverture pour le deuxime et le troisime
motif (cf. figure III.05) mais avec une rpartition diffrente. Cela nous permet de vrifier
linfluence de la gomtrie des motifs sur le greffage. Le taux de couverture du dernier motif
est 12%.
125

Enfin, on peut facilement observer les zones de gravure lAFM (cf. figure III.06). En
effet on na pas chercher longtemps les plus petits motifs. De plus, on sait sans ambigut si
on est bien sur une zone correspondant au masque. En effet le scanner de lAFM a une
amplitude de 15m dans le plan xOy. On peut donc observer le motif en entier. On ne mesure
pas dartefact.
30% 30% 12%
100m
Figure III.05 : Le masque optique utilis pour les tests de mise au point de la mthode de greffage
avec contraste chimique. On a quatre motifs rpts quatre fois. Ce sont des carrs de 100m de cot
composs de carrs de plus petite taille. La couverture dans chaque carr par rapport au plus grand
est de 30%, 30% et 12%..
-NH2
SiO2
Hauteur 2.0nm
Figure III.06 : Etat de la surface aprs une ouverture dans la premire molcule. Dans ce cas
louverture a t faite dans une couche silanise amine. On trouve le double de la hauteur attendue.
Il est difficile dobtenir une couche dense et ordonne avec les silanes termins NH2.Limage est
obtenue en mode tapping AFM.
126

Matrice Ouverture
-NH2 -CH3
La zone silanise amine

-NH2 CF3 ne donne pas toujours du
signal en fluorescence

-NH2 CH=CH2 ne donne pas toujours du
signal en fluorescence
-NH2 SiO2 ? Pas cohrent
Celui qui marche

-CH3 -NH2 le mieux

SiO2 -NH2 ne donne pas de signal
en fluorescence

CH=CH2 -NH2 ne donne pas de signal
en fluorescence
Figure III.07 : Rsultats reprsentatifs de tous les essais de greffage avec contraste chimique. La combinaison la
plus reproductible est la silanisation mthyle puis amine dans les ouvertures. Pour toutes les autres combinaisons
soit le silane amine ne sest pas greffs, soit on a carrment linverse de la combinaison attendu (image barre
dune croix). Les images encadres en pointill correspondent ce quon attendait. Lchelle des couleurs est la
mme que celle de la figure III.03.
127

II.3.2.3. Rsultats
Lensemble des rsultats est rsum sur la figure III.07. La combinaison la plus
reproductible est la silanisation pleine plaque du silane termin mthyle, puis le greffage de
lamine dans les ouvertures.
Le dsaccord principal que lon observe sur certaines lames est que les zones
silanises amine ne donnent aucun signal en fluorescence, ou bien le signal nest pas
homogne sur la surface. En revanche les autres molcules donnent le signal attendu
(correspondant au niveau de fluorescence du silane pleine plaque cf. II.3.1.). Il y a une
exception pour le silane termin mthyle qui a donn pour une lame un signal important alors
quon attendait un niveau de fluorescence faible (i.e. une couleur sombre). Ces dsaccords
peuvent avoir comme origine la pollution de la surface. Elle provient en partie de la rsine
optique utilise bien que ce ne soit pas la seule cause. Plusieurs observations vont dans ce
sens. En effet, la solution contenant la rhodamine COCHO de lIBL a cess dtre active
lorsquon y a tremp des lames sur lesquelles il restait de la rsine optique. De plus, les lames
traites dans les bains de silanisation qui contenait dautres lames avec de la rsine optique
nont pas donn de signal, suggrant un mauvais greffage de lamine ou la consommation de
la fonction amine par la rsine optique. Par consquent, avant chaque tape chimique, il faut
prendre soin denlever toute trace de rsine. Il est nanmoins difficile avec le peu
dexpriences effectues daffirmer quelle est lorigine exact des dsaccords dans les niveaux
de fluorescence observs.
100m
Figure III.08 : Contraste chimique obtenu sur une lame de microscope. La matrice est un silane OTS
(terminaison mthyle). On a greff un silane amine dans les ouvertures. Le niveau de fluorescence de
chaque zone est en accord avec le niveau que lon peut attendre pour un greffage pleine plaque. On
notera lhomognit du rsultat. Limage est en fausse couleur. Lchelle des couleurs est la mme
que pour la figure III.03. Les dimensions de limage sont 3mm 6mm.
128

On donne sur la figure III.08 le rsultat obtenu avec une matrice de silane OTS
(terminaison mthyle) avec un silane termin amine dans les ouvertures. On peut noter
lhomognit du rsultat. On trouve peu prs pour chaque zone le niveau de fluorescence
mesure dans le cas o la silanisation est pleine plaque. Le fait que cette combinaison marche
le mieux provient certainement du fait quon a utilis une couche daccroche en polystyrne
qui protge la surface de la pollution d la rsine optique.
La figure III.06 reprsente ltat de la surface aprs ltape de gravure du premier

silane et aprs avoir enlev la rsine. On peut constater quil y a des dbris sur la surface. La
zone grave est trs bien dfinie. On passe en quelques nm du silane termin amine la
surface de SiO2. La hauteur du film molculaire est de 2nm. Cela correspond deux fois la
hauteur de la molcule utilise. Ce nest pas tonnant de trouver une hauteur plus importante
pour le silane termin amine puisquil a tendance polymriser sur la surface [cf . chapitre II]
[Martel 2000].
On notera quon a moins de problmes de pollution avec les rsines lectroniques :

PMMA et Copolymre. En effet les tests de greffage de diffrents silanes donne une hauteur
de la molcule en accord avec la hauteur attendue. Tous ces rsultats sont donns au chapitre
II. En revanche, linconvnient de lutilisation de ces rsines est le temps dcriture au
masqueur lectronique (plusieurs heures dcriture avec la ncessit de travailler sous vide).
Cest pour cette raison que nous avons choisi les rsines optiques.
II.3.2.4. Conclusion
Parmi toutes les combinaisons essayes, cest la combinaison avec une matrice de
silane OTS (termin mthyle) et le silane termin amine dans les ouvertures qui a donn les
meilleurs rsultats. On interprte ce rsultat par le fait que le polystyrne que lon a employ
comme couche daccroche de la rsine optique protge en fait la surface de la pollution du la
rsine optique.
Par consquent la stratgie pour obtenir des contrastes chimiques est dutiliser une
couche de polymre (le polystyrne par exemple) avant de dposer la rsine optique. Les
rsines lectroniques sont moins problmatiques du point de vue de la pollution apporte,
mais dans ce cas, le temps dcriture au masqueur lectronique est rdhibitoire (cf. chapitre
II).
On peut envisager dautres moyens de graver la premire couche organique. Par

exemple avec un masque mcanique. Dans ce cas, on limite les problmes de pollution ainsi
que les tapes technologiques.
Faute de temps, nous navons pas utilis cette stratgie pour dposer lADN sur nos
surfaces. Le travail qui restait faire (principalement lIBL) tait la prparation de
loligonuclotide complmentaire des 12 paires de base pendantes du -ADN, muni dune
fonction -oxo aldhyde. Lhybridation et la ligation de loligo sur lADN permet alors le
greffage de lADN sur les zones initialement termines amine.
Ce travail a t repris par Vincent Haguet pour la ralisation de puces dtection
lectrique de processus biologique [Haguet 2002].
129

III. Dpt dADN

III.1. Prsentation
Cette section prsente les rsultats obtenus avec les deux mthodes que nous avons
finalement adopte pour raliser nos dpts dADN sur des surfaces.
La premire mthode consiste laisser incuber quelques minutes une goutte contenant
de lADN (250ng/ml). La goutte est ensuite retire en penchant lchantillon ou en aspirant la
goutte avec une torchette,
La deuxime mthode consiste laisser scher une goutte sur le substrat. Dans le
premier cas on arrive avoir des brins isols, et dans le deuxime on a des cordes dADN de
taille (hauteur et largeur) trs varie. La figure III.09 prsente les deux techniques. Un grand
nombre de surfaces avec des traitements chimiques diffrents ont t utilises. Leur
prparation est dcrite dans le chapitre II. La figure III.11 rsume comment nous avons
procd en pratique pour dposer lADN en fonction du type de surface.
Les deux techniques que lon prsente permettent dobtenir de manire reproductible
une bonne densit de molcules sur la surface. En particulier on arrive ainsi dposer les
molcules dADN sur des lectrodes de taille micromtriques.
III.2. Mthode de la goutte
III.2.1. Variante du peignage molculaire
Ltirement de lADN laide de la technique du peignage molculaire dcrite au

chapitre I [Allemand 1998] ncessite de travailler un pH optimal (cf. paragraphe I.3.2. du
chapitre I). La mthode que nous avons adopte est une variante de cette technique.
Ce qui change par rapport au peignage est que (1) la quantit de liquide est beaucoup
moins importante (quelques l contre plusieurs ml), (2) La solution dADN est uniquement en
contact avec le substrat et lair, et enfin (3) le mouvement du fluide est beaucoup plus rapide
que pour le peignage.
Le point (1) prsente lintrt de consommer trs peu de produits, mais linconvnient
est que le pH de la solution varie rapidement par dissolution de gaz atmosphriques
(principalement du CO2) dans le liquide [Gray 1985]. Le point (2) est intressant puisquon a
plus de problme dadsorption de lADN sur les parois du rcipient qui contient lADN. Il est
vrai que ce problme peut tre rsolu en traitant les parois (par exemple en les saturant avec
une autre molcule dADN). Mais nous avons choisi la mthode la plus pratique mettre en
uvre. Lutilisation dune goutte est un moyen simple et efficace dviter tous ces problmes.
Le point (3) est certainement le plus important puisque cest grce au mouvement rapide du
fluide quon arrive tendre lADN. En effet, l o le mnisque narrive pas tendre lADN
dj fix sur la surface, le gradient de vitesse conjugu avec ltirement par le mnisque arrive
ltendre compltement. La goutte sen va dautant plus rapidement que la surface est
hydrophobe. On peut estimer la vitesse de la goutte quelques cm/s. Lorsquon retire
lchantillon de la solution avec la technique de peignage on a plutt des vitesses de lordre de
100m/s. Nous verrons que cet tirement peut tre excessif (2 la longueur de lADN).
130

Limportance du gradient de vitesse est rvlateur dans le cas des surfaces termines
amine. En effet on arrive tirer lADN uniquement en faisant couler la solution le long du
substrat (cf. figure III.11 en (d)). En revanche si on laisse la solution incuber il se retrouve
dpos en pelote et cela quelque soit le pH entre 5 et 9 (cf. figure III.11 en (c)).
III.2.2. Caractrisation de lADN dpos
III.2.2.1. Orientation des brins dADN
La technique dcrite est reproductible. Les brins dADN sont orients diffremment
suivant la zone de la goutte. Les brins suivent le mouvement du liquide lorsquil scoule hors
du substrat. On obtient alors lorientation donne par la figure III.10. On remarquera que le
dpt est relativement uniforme et quon a une lgre dpltion au niveau du bord de la goutte
(image compltement droite de la figure III.10). On a observ cette lgre dpltion sur les
surfaces avec des groupements vinyle, fluor, et mthyle ainsi que sur le polystyrne.
Nanmoins, on finit par observer une accumulation lorsquon laisse incuber la goutte
longtemps. Lexplication de ce phnomne est lie lhydrophobicit de la surface. En effet
pendant le temps dincubation la goutte svapore lgrement. Ce changement de volume
provoque le dplacement du mnisque. Comme la surface est hydrophobe, on a peu
dhystrsis (cf. chapitre II) sur langle de recule et davance. Dans ce cas le mnisque
sajuste tout de suite (ce nest pas le cas des surfaces hydrophiles). Il ny a que si on laisse la
goutte trs longtemps quun dpt de sels peut se faire au niveau du mnisque. Dans ce cas
mme sur les surfaces hydrophobes on peut observer une accumulation dADN.
Le fait quon ait une densit uniforme est intressant pour lobservation lAFM car
on na pas chercher de zones plus ou moins denses. Si lAFM on nobserve pas dADN sur
la surface un endroit, on peut se baser sur cette observation pour en dduire quil ny en aura
pas ou trs peu sur le reste de la surface.
Dans le cas des surfaces termines amine, lADN se pose en boule sur la surface. Il
ny a que lorsquon fait couler la solution le long de lchantillon quon obtient des brins
tirs sur la surface. Dans ce cas lorientation des molcules se fait suivant la direction de
dplacement de la solution. On peut observer une direction majoritaire, mais lorientation
nest pas parfaite (cf. figure III.11 en d)).
III.2.2.2. ADN entreml
Un problme que nous avons le plus rencontr (5 10% des chantillons) avec ce type
de dpt est que les brins sentremlent au lieu dtre bien tirs (figure III.12 et III.13).
Il ny a pas de conditions particulires qui mnent ce genre de problme dtirement.
On la tout de mme observ plus souvent lorsque le pH est plutt faible. Deux chantillons
sur lesquels on fait le dpt en mme temps avec la mme solution dADN et le mme temps
dincubation peuvent pour lun donner des brins dADN entremls, mais pas sur lautre.
131

Schage
1 : Incubation quelques minutes
2 : On retire la goutte
a) b) c) d)
Figure III.09 : Deux mthodes de dpt de lADN. Incubation dune goutte quelques minutes
ou schage de la goutte. Les images a) et b) sont obtenues en microscopie fluorescence
(64m 45m). Limage c) est obtenue en microscopie optique classique (200m de cot).
Limage d) est obtenue en AFM mode tapping (2m 2m).
3 4mm
Bord de la goutte
Figure III.10 : Orientation des brins dADN. La goutte occupait un surface approximativement
sphrique. On lenlve dans la direction indique par la flche (en trait gras rouge). On remarquera la
grande homognit du dpt. Ces images correspondent une surface mthyle. Elles sont obtenues en
microscopie fluorescence. La dimension des images est de 64m 45m. Les images sont colles les
unes aux autres. On notera que la densit est lgrement plus faible sur le bord de la goutte.
132

C18, PS, vinyle et Fluor SiH NH2 SiO2 Pentacne
a) b) c)
d) j)
T incubation = 0
e) f) g) h) i)
Schage
1.2m
Figure III.11 : Mthode de dpt de lADN en pratique pour diffrentes surfaces. Le schage dune goutte donne des cordes
dADN, alors que la mthode pour laquelle on laisse incuber la goutte quelques instants donne des brins isols. Toutes les
images sont faites en AFM mode tapping sauf les images c) et d) qui sont obtenues en microscopie fluorescence. Les
dimensions des diffrentes images sont :
a) 3m 3m b) 0.6m 0.6m c) 64m 45m d) 64m 45m
e) 3m 6m f) 4m 4m g) 2.5m 2.5m h) 10m 10m
i) 2m 2m j) 2.4m 1.5m
133
134
Figure III.12 : ADN entreml. Les

brins peuvent former ce genre de
structure lorsque la densit est
importante. Image obtenue en
microscopie fluorescence : 64m
45m
Figure III.13 : Les brins nont pas t

tirs par le flot hydrodynamique et par
le passage du mnisque. Image obtenue
en microscopie fluorescence : 64m
45m
a) b)
SiO2 SiO2
Figure III.14 : LADN se fixe au niveau du mnisque. Lorsquon retire la goutte il y a

formation de cordes dADN. Images obtenues en microscopie fluorescence : 64m 45m
135

Dans le cas des surfaces SiO2 et NH2 qui sont plutt hydrophiles on constate une
accumulation de lADN sur le bord de la goutte. Dans le cas des surfaces fonctionnalises
avec le silane amine, lADN se met en boule et saccumule ainsi au niveau du mnisque. Dans
le cas de la surface SiO2 lADN semble saccrocher lendroit du mnisque. Lorsquon retire
la solution, tous ces brins sont tirs, se rejoignent, et forment des cordes. La figure III.14
illustre le phnomne.
III.2.2.3. Densit en fonction du pH
On donne la variation de la densit dADN dpos en fonction du pH pour diffrentes

solutions avec et sans tampon pour stabiliser le pH (les formules chimiques des tampons MES
et Tris sont donnes en annexe C) et diffrentes surfaces :
MES (10mM)
Tris (10mM)
MES(10mM) / EDTA(1mM)
Tris(10mM) / EDTA(1mM)
MES(10mM) / MgCl2(10mM)
Tris(10mM) / MgCl2(10mM)
eau dsionise (note EDI)
MgCl2 (10mM) (note EDI/MgCl2)
III.2.2.3.1. Protocole
Pour chaque solution, chaque pH et chaque surface nous avons prpar deux
chantillons. Ces chantillons sont observs en microscopie fluorescence. Nous avons
travaill aux pH : 5.0 - 7.0 - 7.4 7.8 8.2 9.3 pour les solutions qui contiennent du Tris, et
aux pH : 4.3 5 5.4 5.8 6.2 6.6 7.0 pour les solutions avec du MES. On indique en
gras les valeurs du pH o on est hors de la zone pour laquelle le tampon est efficace pour
stabiliser le pH. Les tampons que lon utilise : Tris et MES stabilisent le pH respectivement
entre [7 et 9] et [5 et 7]. En dehors de ces intervalles on a une indtermination plus
importante sur la valeur du pH qui peut varier au cours du temps.
La densit de molcules est dtermine en comptant pour chaque image le nombre de

brins dADN que lon voit. Dans le cas o la densit est trs forte, ou si les brins ne sont pas
bien tirs, on a une incertitude sur la mesure. Les densits mesures entre les deux
chantillons sont en gnral en bon accord. En cas de dsaccord, un troisime chantillon est
prpar.
Le temps dincubation est de 4 minutes. Lchantillon est recouvert pendant le temps

dincubation pour limiter lvaporation. La concentration dADN est de 10pM (250ng/ml).
Les surfaces sont prpares suivant les protocoles donns au chapitre II. La surface
SiO2 nest pas frachement prpare. Nous avons fait ce choix pour que cette surface ne soit
pas compltement hydrophile (le SiO2 aprs un nettoyage au piranha ou un plasma est
compltement hydrophile). Il est ainsi plus facile de retirer les gouttes dposes. De plus,
tant donn le nombre dchantillons, et le fait que les surfaces de SiO2 frachement prpares
ne se gardent pas trs longtemps, nous avons opt pour des chantillons de SiO2 qui ont
sjourn un certain temps dans une boite gants sous azote. Leurs proprits de surface sont
alors stables.
136

MES
26
24 OTS Tris
25
OTS
MES/MgCl2
22 Vitesse de la goutte
Tris/MgCl2 20
20
-2
MES/EDTA Rapide
10 Densit en cm
18 Lente
Tris/EDTA
16 15
14 EDI/MgCl2
12
N
10 10
8
6
6
5
4
2
EDI
0 0
4,0 4,5 5,0 5,5 6,0 6,5 7,0 7,5 8,0 8,5 9,0 9,5 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36
pH Longueur en m
26
Polystyrne MES 30
Tris
24
22
MES/MgCl2 25 Polystyrne
Tris/MgCl2
-2
20
10 Densit en cm
MES/EDTA 20
18 Tris/EDTA
16
14 EDI/MgCl2
15
12
N
10 10
8
6
6
5
4
2 0
EDI
0
4,0 4,5 5,0 5,5 6,0 6,5 7,0 7,5 8,0 8,5 9,0 9,5 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36
pH Longueur en m
50
16
Fluor
14
MES
Tris
Fluor
40
MES/MgCl2
-2
12
10 Densit en cm
Tris/MgCl2
10 MES/EDTA 30
Tris/EDTA
8
N
6 20
4
EDI/MgCl2
6
10
2
0
EDI 0
4,0 4,5 5,0 5,5 6,0 6,5 7,0 7,5 8,0 8,5 9,0 9,5 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36
pH Longueur en m
MES
35
Vinyle Tris
Tris/MgCl2
40
30
MES/EDTA
Tris/EDTA
Vinyle
-2
10 Densit en cm
25 30
20
15 20
N
10 EDI/MgCl2
10
6
0 EDI 0
4,0 4,5 5,0 5,5 6,0 6,5 7,0 7,5 8,0 8,5 9,0 9,5 10 15 20 25 30 35
pH Longueur en m
Figure III.15 : Densit surfacique dADN en fonction du pH pour diffrentes surfaces hydrophobes :
Mthyle (silane OTS), Fluor, vinyle, Polystyrne (PS). On reprsente galement lhistogramme des
longueurs mesures des brins. On rappelle que le -ADN fait 16.2m de long. LADN est donc fortement
surtir.
137

60
NH2 22 NH2
50 20
-2
10 Densit en cm
-2
18
10 Densit en cm
40 EDI/MgCl2
16
EDI/MgCl2
30 14
MES
Tris 12 MES
20 MES/MgCl2 Tris
10
MES/MgCl2
Tris/MgCl2
6
8 Tris/MgCl2
MES/EDTA
6
10 EDI
Tris/EDTA 6 MES/EDTA EDI
Tris/EDTA
0 4
4,0 4,5 5,0 5,5 6,0 6,5 7,0 7,5 8,0 8,5 9,0 9,5
4,0 4,5 5,0 5,5 6,0 6,5 7,0 7,5 8,0 8,5
pH pH
50
NH2 EDI/MgCL2 MES
50
Tris
45 MES/MgCl2 NH2
-2
Tris/MgCl2
10 Densit en cm
40
40
MES/EDTA
35 Tris/EDTA
EDI 30
30
25
N
20
20
15
6
10
10
5
0
4,0 4,5 5,0 5,5 6,0 6,5 7,0 7,5 8,0 8,5 9,0 9,5
10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36
pH
Longueur en m
Figure III.16 : Densit surfacique en fonction du pH pour trois lots de surface NH2 diffrentes. La mesure de
densit est faite sur les chantillons pour laquelle la goutte a incub 4 minutes et a t enleve. On obtient alors
lADN en pelote sur la surface. La mesure de longueur de lADN a t faite pour les prparations o lchantillon
est inclin et la solution scoule sur la surface. Des images des deux mthodes de dpt sont indiques en insert.
12
PMMA
PMMA : 10
Densit inhomogne et 8
trs faible. De lordre de
quelques centaines de 6
N
brins par cm2. 4
10 15 20 25 30 35
Longueur en m
SiO2
SiO2 :
20
Densit trs faible. De 15
lordre de quelques
milliers de brins par 10
cm2.
N
On a accumulation 5
dADN sur le Bord de la

0
goutte.
10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36
Longueur en m
Figure III.17 : Longueur de lADN observ sur les surfaces PMMA et SiO2. La densit observe sur ces
deux surfaces est trs faible.
138

III.2.2.3.2. Rsultats
La figure III.15 et III.16 donnent les rsultats de la densit dADN en fonction du pH.
Sur les surfaces PMMA et SiO2 la densit tant trs faible, nous navons pas pu la mesurer
avec une prcision suffisante. On a estim la densit environ 1000 brins/cm2.
Le niveau de reproductibilit des expriences peut tre dduit de la figure III.16. Nous
avons fait le dpt sur trois lots de surface termines amine. On a des variations du simple au
double sur les densits mesures entre des surfaces termines amine appartenant des lots
diffrents. De plus les surfaces de chaque lot ne se comportent pas exactement de la mme
faon vis--vis des diffrents tampons utiliss. Cest avec la solution Tris/EDTA quon a le
plus de reproductibilit (cf . figure III.16).
On ne pourra raisonnablement dduire de nos rsultats que des tendances. En
particulier, pour toutes les surfaces (sauf celle avec une fonction amine), la densit diminue en
fonction du pH.
On peut diviser nos surfaces en 3 groupes. On met part les surfaces SiO2 et PMMA
vu la faible densit observe :
(I) Surfaces : termine Mthyle (OTS) et Polystyrne

(II) Surfaces : Fluore et termine Vinyle
(III) Surfaces termines NH2
Pour les trois groupes les densits observes sont de lordre de 107 molcules par cm2
(cf. figure III.15 et III.16).
Pour les surfaces du groupe (I) (mthyle et polystyrne), les solutions dADN avec du
Tris donnent une densit plus importante par rapport aux solutions contenant du MES. La
prsence de MgCl2 dans le tampon MES augmente la densit dADN dpos. En revanche
cela ne change rien dans le cas o le tampon est du Tris.
Pour les surfaces du groupe (II) (fluor et vinyle), les solutions qui contiennent du MES
ne permettent pas de dposer dADN. Les densits mesures sont faibles. Avec comme
tampon le Tris, la densit diminue en fonction du pH de manire comparable aux surfaces du
groupe (I). Cest sur ces surfaces du groupe (II) quon a eu le plus de problme de
fluorescence parasite. Elle est parfois trs importante tel point quon distingue mal lADN.
En revanche on a pas eu ce problme avec les surfaces du groupe (I) et (III).
La solution EDI (prpare par simple dilution de la solution commerciale dADN- de

chez Aldrich 250g/ml jusqu avoir une concentration de 10pM) donne de mauvais rsultats
du point de vue de la densit de molcules dposes. Si on rajoute un sel divalent Mg2+ (par
lajout de MgCl2), on observe une densit beaucoup plus importante (cf. figure III.15).
On distingue les surfaces des groupes (I) et (II) par rapport la surface termine
amine (groupe (III)) vis--vis du comportement par rapport au cation divalent Mg2+. En effet
avec la solution EDI/MgCl2, on a une densit proche de celle observe pour les solutions
Tris/EDTA, Tris, Tris/MgCl2 pour les surfaces des groupes (I) et (II). En revanche, ce nest
pas le cas pour la surface termine amine. On gagne pour cette surface un facteur allant de 2
6 sur la densit mesure lorsquon rajoute du sel divalent alors quon gagne un facteur de
presque 100 pour les surfaces du groupe (I) et (II).
139

On notera que les courbes de densit (pour les surfaces hydrophobes) des solutions qui
contiennent du MES ont lair dcales par rapport au solution qui contiennent du Tris. On le
voit bien sur la figure III.15 dans le cas de lOTS. Cette observation est moins vidente sur les
autres surfaces.
III.2.2.3.3. Interprtation
La dpendance de la densit en fonction du pH correspond ce quont observ

dautres auteurs [Allemand 1998] [Kang 2001].
La charge des surfaces termines mthyle, vinyle et fluor, est peu affectes par le pH
de la solution. Il ny a que la surface termine amine qui est sensible au pH. En effet il y a une
fonction acide dont le pKa est de 9.0. Par consquent au pH o on travaille, cette surface est
toujours charge positivement.
Toutes nos observations sont cohrentes avec cette forte attraction entre lADN et la
surface termine amine. En effet, lorsquon fait couler la solution le long de lchantillon,
lADN est tir par le gradient de vitesse et ds que la molcule touche la surface elle se fixe
immdiatement. En revanche lorsquon laisse incuber la goutte, lADN se dpose en pelote.
Dans ce cas le mcanisme de fixation de lADN ressemble plus une sorte de projection
sur la surface de la molcule. Lobservation lAFM de nos chantillons confirme cette
hypothse [Rivetti 1996]. Enfin, nous verrons au III.2.2.5. que la dpendance en fonction du
temps de la densit dADN est en accord avec une forte attraction de lADN sur la surface qui
une fois fix ne bouge plus [Rivetti 1996].
On peut considrer les charges par leur effet dcran (cas linaire de Huckel Debye.
Cf. Chapitre I). Dans ce cas, on peut expliquer les courbes de densit quon observe pour les
surfaces hydrophobes par un crantage des interactions lectrostatiques.
Tout dabord on peut expliquer pourquoi on dpose trs peu de molcules lorsque la
solution dADN contient trs peu de sels. En effet, les interactions lectrostatiques sont peu
crantes. Or, lADN lorsquil sapproche de la surface va tre repouss par sa charge image
[Allemand 1998] [Jackson]. En prsence de sels quil soit divalent ou monovalent, les
interactions sont crantes. Dans ce cas, lADN peut sapprocher de la surface et sy fixer.
Cela permet dexpliquer pourquoi on retrouve le mme niveau de densit avec la solution
EDI/MgCl2, quavec les solutions Tris, Tris/EDTA, et Tris/MgCl2.
On peut expliquer galement pourquoi les courbes du MES sont dcales par rapport
aux courbes du Tris. En effet, la quantit dions dans la solution dpend du pH, puisquon a
des acides faibles (le Tris et le MES) dans la solution. Lorsque le pH diminue, on obtient la
forme acide du Tris (respect. MES) en dessous de pH = pKaTris = 8.1 (respect. pH = pKaMes =
6.1).
Dans le cas du Tris la forme acide est charge positivement alors que pour le MES elle
est neutre (la forme basique est charge ngativement). De ce fait pour le Tris, la charge
positive dans la solution va augmenter en dessous de pH = 8.1. En revanche, pour le MES a
ne change pas grand-chose puisque cette molcule nest pas charge positivement et ne peut
pas cranter les charges positives. On peut expliquer ainsi pourquoi le MES est un tampon
beaucoup moins intressant pour dposer lADN que le Tris.
Bien que lapproche de lADN prs de la surface dpend de lcrantage des
interactions lectrostatiques, une fois que lADN touche la surface il se fixe par des
140

interactions hydrophobes. En effet, vu le nombre de point dattache de la molcule sur la

surface, il est peu probable que linteraction soit de type lectrostatique.
En conclusion de cette section on a pu constater que cest la solution de Tris/EDTA

qui donne les rsultats les plus reproductibles.
Les expriences que nous avons effectues sur les surfaces SiO2 ne sont pas
concluantes. Il aurait certainement mieux valu utiliser des surfaces frachement prpares. On
peut esprer de meilleurs rsultats. Ce travail est en cours.
III.2.2.4. Longueur de lADN
Nous avons mesur la longueur des molcules dADN partir de nos images. Nous
avons calibr la camra du microscope fluorescence laide dun motif dont on connat la
taille. Les dimensions de nos images obtenues avec le microscope fluorescence sont 64m
45m.
Nous avons considr uniquement les molcules o on peut distinguer sans ambigut
les deux extrmits. La mesure est faite la rgle sur nos images. Par une rgle de trois on
remonte la taille de nos molcules.
On ne compte pas les brins dADN en dessous dune certaine taille (14m). Dans ce
cas il est probable quon ait uniquement des bouts de la molcule dADN. Il est peu probable
que les brins soient associs lun derrire lautre (2 16m = 32m). Dans ce cas on aurait
deux pics dans lhistogramme des longueurs.
Lhistogramme des longueurs pour une surface est tabli partir des images tous les
pH et pour toutes les solutions. Nous navons pas constat de dpendance en fonction de ces
deux paramtres. En procdant ainsi, on arrive obtenir suffisamment de mesures pour tablir
un histogramme reprsentatif.
La longueur des brins dADN est donne pour chaque surface sur les figures III.15,
III.16 et III.17. LADN est systmatiquement surtir. Il ny a que sur les surfaces termines
amine que la longueur que lon mesure est en accord avec la longueur de 16.3m de la forme
B de lADN-. Cela ne signifie pas que sur ces surfaces lADN soit en forme B.
Sur les surfaces hydrophobes ltirement est trs important. Il correspond lADN
presque en totalit en forme S (cf. chapitre I). La longueur maximale (cf. figure III.15) atteinte
est de 32m. Si on tire un peu plus lADN on provoquerait la rupture de la molcule. Le
rsum des longueurs mesures est donn au tableau III.01.
141

Ltirement dpend de la vitesse du fluide. En effet, nous avons vrifi dans le cas
dune surface termine mthyle que ltirement de lADN dpend de la vitesse laquelle on
enlve la goutte. Dans le cas o la goutte est dplace lentement sur lchantillon, on mesure
une longueur de 24m au lieu de 28m (valeur la plus probable sur la figure III.15, cas de
lOTS).
On ne distingue pas ni lAFM ni au microscope optique de zones diffrentes sur un

mme brin dADN suggrant que lADN est tir de la mme faon sur toute sa longueur.
Pour la surface PMMA, les longueurs stalent entre 15 et 32m avec un maximum
doccurrence peu prononc (cf. figure III.17).
Pour la surface SiO2 on peut constater que lADN est galement surtir. Ce rsultat
ne correspond pas ce quon peut trouver dans la littrautre de la littrature [Bensimon 1997].
Lexplication vient du fait que nos surfaces de SiO2 ne sont pas frachement prpares. Nos
surfaces ne sont pas compltement hydrophiles. Par consquent leffet du mnisque lorsquil
passe sur lADN peut tirer lADN.
En guise de conclusion on peut constater que notre mthode de dpt avec une goutte
dADN quon laisse incuber puis quon enlve ne donne pas des rsultats aussi intressants
quon lesprait. En effet, nous navons pu dtecter aucun courant (<10-15A) sur les
chantillons prpars avec cette mthode (cf. chapitre IV). Lexplication la plus simple et la
plus convaincante est que le surtirement trs excessif contraint la molcule qui devient
isolante dans lhypothse o elle aurait t conductrice dans une forme non contrainte.
LADN est certainement en forme S daprs ce quon a prsent au chapitre I [Clausen
2000]. On pourrait supposer galement un droulement de la molcule qui se retrouverait
comme une chelle dont les montants seraient les deux chanes phosphates et les paires de
base les chelons. Cette forme parat peu probable. Il faudrait que la molcule ait le temps de
se drouler sur toute sa longueur.
Surface Min*** (m) Maximum Max*** (m)

doccurrence (m)
Mthyle vitesse 23 24 25
lente**
Mthyle vitesse 23 28 32
rapide*
Polystyrne* 23 27 [27m+] 31
Fluor* 24 29 32
Vinyle* 23 29 33
SiO2* 17 25 [18m+] 30
PMMA* 15 25 32
+
NH2* 13 17 [20m ] 20
Tableau III.01 : Mesure de longueur de lADN pour diffrents types de surface avec la
mthode de la goutte.
* La goutte est enleve rapidement.
** La goutte est dplace lentement sur lchantillon.
*** Le min et le max correspondent lintervalle qui inclue environ 90% des brins.
+ Mesure obtenue par Bensimon [Bensimon 1997]. Leur surface SiO2 est frachement prpare, contrairement
nos surfaces. Nos surfaces SiO2 sont plus hydrophobes.
142

III.2.2.5. Densit en fonction du temps dincubation
Pour mesurer la densit en fonction du temps dincubation, lchantillon avec la goutte

est recouvert par un rcipient de petit volume (10cm3) afin de limiter lvaporation et davoir
un quilibre avec la pression de vapeur saturante. On limite ainsi la variation de pH de la
solution. Les mesures sont faites pH=7.0 dans un tampon Tris(10mm)/EDTA(1mM).
Lincertitude sur nos mesures est importante (de lordre de 10 20%).
Les courbes exprimentales sont donnes sur la figure III.18. Les points sont peu
prs aligns suggrant une densit en fonction du temps variant en t. La valeur de lexposant
est la plus importante pour la surface Fluore 0.84. Elle est de 0.51 pour la surface termine
amine, et de 0.24, 0.27, 0.34 pour les surfaces termines mthyle, vinyle et polystyrne
respectivement. On ne dduit pas dexposant des mesures sur la surface PMMA puisquon ne
dispose que de deux points.
Nanmoins les rsultats sont cohrents. Il ny a que la surface fluore qui pose
problme. La densit dADN augmente trs rapidement. On pouvait sattendre un
comportement similaire aux autres surfaces hydrophobes.
La densit la plus importante est obtenue sur la surface termine amine. Linteraction
lectrostatique entre la surface charge positivement et lADN charge ngativement est
lorigine de cette forte concentration.
Simulation
0.49
0.31
-2
0.22
10 * densit en cm
10 10 0.14
Densit (u.a.)
Fluor : 0.84
NH2 : 0.51
C18 : 0.24 temps moyen de rsidence
PS : 0.34 10000s
1 1 20s
vinyle : 0.27
10s
PMMA :
6
5s
100 1000 10000 100 1000 10000
temps en seconde temps en seconde
Figure III.18 : Densit dADN dpos en fonction du temps en chelle log-log. La pente de
la droite qui approche le mieux les points exprimentaux est indique pour chaque surface. A
droite rsultats de la simulation, et valeurs de lexposant dduites des courbes simules.
143

III.2.2.5.3. Interprtation
On propose un petit modle pour rendre compte de la variation observe

exprimentalement.
Le modle considre lADN comme un point qui se dplace au hasard dans lespace.
Les molcules dADN sont indpendantes. Cette hypothse est vraisemblable car on est
largement en dessous de la concentration pour laquelle on ne peut plus ngliger linteraction
entre les molcules dADN [Gani 1999]. Lorsque lADN rencontre la surface, il y reste un
temps caractristique puis repart en solution. On considre que lorsquil a touch la surface, la
probabilit par unit de temps quil reparte en solution est de 1/ (o est le temps
caractristique). On a simul cette marche au hasard pour diffrents valeur de : [5s 10s
20s 10000s].
On retrouve avec ce modle pour une valeur de importante ( = 10000s) la variation

en t0.5 caractristique dun processus de diffusion, et observe exprimentalement pour
diffrentes techniques de dpt dADN [Rivetti 1996].
En particulier la valeur de 0.84 trouv pour la surface fluore est aberrante. Une
explication satisfaisante serait que le pH diminue au cours du temps par dissolution du CO2
atmosphrique. Or nous avons vu que pour la surface fluore (cf. figure III.15) que la densit
augmente brutalement lorsquon diminue le pH de 7.0 6.6.
Lorsque prend une valeur plus faible, la densit tend vers une valeur dquilibre. En
chelle log log, on peut calculer la pente et comparer avec nos rsultats. On na pas
rigoureusement dans nos simulations une variation en t. Nanmoins on comparera tout de
mme les pentes exprimentales et simules en chelle log log.
Les surfaces polystyrne, vinyle et mthyle (C18 sur la figure) donne une volution
similaire. La pente est de lordre de 0.3. Daprs nos simulations, cela correspond un temps
de rsidence de 20secondes sur le substrat. Cette valeur est assez importante par comparaison
aux donnes de la littrature. Kang [Kang 2001] mesure un temps de rsidence caractristique
de lordre dune fraction de seconde. On est largement au dessus de cette valeur.
Pour expliquer ce dsaccord on peut dire que notre modle est trs simpliste. En effet
on rend compte avec un seul paramtre de linteraction entre la surface et la molcule dADN.
Le temps que nous avons calcul avec nos simulations ne correspond pas une mesure directe
du temps de rsidence de lADN sur la surface. En effet notre modle ne fait pas la diffrence
entre le cas o on a une dpltion dADN proximit de la surface et un temps de rsidence
trs long, et la situation o on a une accumulation dADN prs de la surface et un temps de
rsidence court. On dduit uniquement de notre modle un temps de rsidence effectif qui
rend compte de lensemble de linteraction de lADN avec la surface. Nanmoins ce modle
permet de trouver lallure de la densit en fonction du temps pour les diffrentes surfaces.
Dans nos simulations, on ne compte que les molcules qui se trouvent un instant
donn sur la surface. Cependant, les brins dADN qui sont proximit de la surface au
moment o on enlve la goutte peuvent se fixer (ce sont par exemple les molcules fixes en
dehors de la zone dincubation de la goutte). On devrait donc compter toutes les molcules se
trouvant une certaine distance de la surface. En affinant ainsi le modle on pourrait remonter
au vritable temps de rsidence des molcules sur la surface. Cependant nous ne disposons
pas assez de donnes pour un modle plus dtaill.
144

III.2.3. Conclusion
La technique de dpt o on laisse incuber une goutte dADN puis on lenlve est une
technique qui marche bien, mais qui prsente le dsavantage de surtirer lADN sauf sur les
surfaces termines amine.
Ce surtirement systmatique de lADN est certainement la raison pour laquelle on na
pas russi de mesures lectriques sur ces chantillons (cf. chapitre IV).
La solution qui donne les rsultats les plus reproductibles du point de vue du dpt est
le Tris(10mM)/EDTA(1mM).
Toutes ces tudes en fonction du temps du pH, des sels prsents dans les solutions
demandent tre complte afin de pouvoir remonter plus en dtail au mcanisme du dpt
de lADN. Il semblerait daprs nos rsultats que la concentration en sel joue un rle
important au niveau de lcrantage de la rpulsion lectrostatique donne par la charge image
de lADN sur la surface.
III.3. Deuxime mthode : Schage dun goutte
III.3.1. Prsentation
En laissant scher une goutte on obtient des cordes dADN. Plus la solution que lon
laisse scher contient de sel et plus les cordes que lon obtient sont de petite taille (en hauteur
et en largeur) comme le montre la figure III.19. LADN se fixe beaucoup moins lorsquon
diminue la concentration en sel. Ce rsultat est cohrent avec les densits que lon a mesures
en fonction des diffrentes solutions et du pH (cf. section III.2.). Les ions crantent les
interactions lectrostatiques, en particulier la rpulsion par limage lectrostatique de la
molcule donne par la surface.
mthyle
a) mthyle b) c) NH2
Sels : 10mM Sels : 10M Sels 10mM
8 m x 8 m Poly(dG).poly(dC)
3.5mx3.5m
Figure III.19 : Corde dADN obtenue par schage dune goutte dADN. En a) la teneur en sel est plus importante
quen b). Le dpt dADN avec une molcule dADN plus courte donne une structure arborescente de plus petite
taille.Toutes les images ont t obtenues en mode tapping AFM.
145

a) b)
9m 9m
Paquet
dADN
Topographie Phase
Mode Tapping AFM Mode Tapping AFM
c) d)
Figure III.20 : Schage dune goutte de solution contenant de lADN. On a deux types dchantillon. En c), la
goutte lorsquelle sche marque des temps darrt. Cela correspond aux auroles. LADN forme des cordes qui
schappent de ces structures. La goutte finit par former une zone avec beaucoup de sel et dADN (en orange sur
la figure). Plus on sapproche de cette structure plus les cordes dADN sont importantes (en hauteur et en
largeur). En d) la goutte sche sur place. Le mnisque ne se dplace quasiment pas. On a donc un amas de sel et
dADN sur toute la surface o on a pos la goutte. On ne peut rien faire avec ces chantillons. En a) et b) image
AFM en topographie et en phase dune zone proche du paquet dADN. On peut distinguer en phase la structure
dsordonne du paquet dADN et les cordes qui schappent de cette structure. La surface correspondant aux
images a) et b) est du SiO2. Le tampon quon a utilis est du Tris(10mM)/EDTA(1mM), avec 100pM dADN.
Pour les mesures lectriques on se placera plutt dans une zone indique par la flche. Dans ce cas, on est sr
davoir de lADN, et on est galement sr quil ny a pas encore de trop de sels sur la surface par rapport la
zone o la goutte sarrte (zone en orange).
146

La taille (hauteur et largeur) des cordes dADN augmente au fur et mesure quon
sapproche de la zone ou tout le sel a prcipit (cf. figure III.20). On a une arborescence. Les
cordes se rejoignent et forment des structures plus importantes. En pratique pour observer de
lADN l AFM il suffit de se placer proximit des paquets visibles loeil nu.
Larborescence semble tre lie lADN utilis. Le schage dune goutte de

poly(dG).poly(dC) donne une arborescence avec une dimension caractristique plus petite (cf.
figure III.19 en (c)). La taille de lADN est de 16m, alors que le poly(dG).poly(dC) a une
taille beaucoup plus petite denviron 100nm. De plus, ces molcules peuvent former entre
elles des triplex et quadruplex. Cela peut galement expliquer lallure diffrente du dpt.
Daprs Kanno [Kanno 2000] le poly(dG).poly(dC) forme une structure en rseau sur une
surface de mica (cf. figure I.14 au chapitre I). Kanno ralise ses dpts en laissant incuber
pendant 1 minute une solution dADN concentre (0.25mg/ml). Nos dpts ne ressemblent
pas ceux de Kanno.
Chen [Chen 2002] a obtenu des dpts trs similaires ce quon a observ sur la
surface amine (cf. figure III.19 en (c)). Pourtant la technique quil utilise est trs diffrente de
la notre. Dans son cas, il dpose lADN sur une monocouche de lipide cationique forme la
surface de leau. Il rcupre ensuite sur un substrat la couche lipidique et il lobserve
lAFM. Le point similaire entre nos deux techniques est lutilisation de surfaces charges
positivement.
Le mcanisme de formation des cordes est li la concentration dADN. En effet

lorsque la goutte sche, la concentration en sel et en ADN augmente. Ces conditions
favorisent la formation de structures ordonnes. En effet, partir denviron 1mg/ml (4 plus
concentr que la solution mre dADN : solution commerciale dADN de chez Aldrich)
lADN commence former une phase cristal liquide (cf. chapitre I) [Strzelecka 1987]
[Wissenburg 1995]. En effet, nous avons constat que si on prend une goutte de solution mre
dADN (0.250mg/ml), quon la dpose sur le substrat et quon la dplace sur ce substrat
doucement (comme pour la technique de la goutte objet de la section III.2.), on arrive
former des cordes dADN sur la surface. Les plus grosses cordes sont visibles loeil nu
(avec un clairage rasant) et font environ 1m de diamtre. La formation de cordes sur la
surface ressemble beaucoup la formation de fibre dADN la diffrence quelle se forment
directement sur la surface. On peut donc raisonnablement supposer que les cordes dADN
sont composes dun arrangement compact et relativement ordonn de molcules dADN.
III.3.2. Conclusion
La mthode de schage dune goutte malgr sa trs grande simplicit donne des
rsultats assez intressants. On notera que cest avec un dpt de ce type sur une surface de
graphite (HOPG) que Beebe a russi observer au STM la double hlice de lADN [Beebe
1989]. Il a observ une certaine dispersion sur la mesure du pas de lhlice et sur la hauteur de
la molcule, mais il trouve des valeurs proche de respectivement 36Angstrm pour le pas et
20Angstrm pour la hauteur !
Un problme li cette mthode est que on peut laisser beaucoup de sel sur la surface,
surtout si elle est hydrophile. On peut rsoudre ce problme en utilisant des sels volatils
comme lammonium actate (Nous navons pas fait lexprience). De manire gnrale nous
147

avons travaill avec le moins de sel possible et en vitant de faire nos mesures sur la zone o
la goutte forme les plus gros paquets (cf. figure III.20).
Lintrt dutiliser les chantillons prpars avec cette technique est quon dispose de
cordes dADN de toutes les tailles. De plus ces cordes sont connectes des paquets dADN
plus gros qui peuvent rsister une mtallisation (cf. chapitre IV).
III.4. Discussion
III.4.1. Point de fixation de lADN sur la surface
Lobjectif de cette partie est de mettre en vidence que lADN se fixe la surface au
niveau de quelques points seulement. Un des points de fixation de lADN est en gnral
lextrmit de la molcule [Kang 2001]. Mais les molcules peuvent galement se fixer au
niveau de la molcule.
On peut observer cela facilement au microscope optique fluorescence. En effet, dans

ce cas, il suffit dobserver suffisamment longtemps une molcule dADN pour quelle finisse
par tre clive photo chimiquement [Kang 2001]. Dans ce cas, la molcule se rtracte jusqu
son point dancrage le plus proche. Cest sur la surface polystyrne que lon a observ le plus
frquemment ce phnomne. LADN est trs peu fix sur la surface.
On peut galement observer les points de fixation en soumettant lADN dpos sur la
surface un tirement dans la direction perpendiculaire. On obtient un rsultat indiqu sur la
figure III.21. La molcule reste fixe ses points dattaches. Lorsquon la soumet une
contrainte perpendiculaire, les parties qui ne sont pas fixes sont emmenes par le fluide. On
obtient alors des boucles entre deux points dattache. On peut constater que la molcule est
fixe en un petit nombre de points.
Toutes nos surfaces ont donnes ce genre de rsultats sauf la surface termines amine.
Dans ce cas lADN dpos est insensible aux traitements ultrieurs avec nos solutions.
LADN est fix par interaction lectrostatique tout le long de la molcule.
Cette diffrence de comportement entre le point de fixation de lADN et le reste de la

molcule est assez tonnante. On peut lexpliquer par une diffrence de structure. On propose
sur la figure deux modles de fixation de lADN sur les surfaces hydrophobes par
lintermdiaire des paires de base. La molcule souvre localement pour exposer les paires de
base vers la surface. Dans le cas des surfaces charges (comme la surface termine amine),
linteraction se fait plutt avec les groupements phosphates [Nony 2001].
148

PMMA 200nm
a) c)
b)
SiO2 60m -CH3
Figure III.21 : Fixation de lADN par des segments et aux extrmits. On observe frquemment
une accumulation de matire plus ou moins importante au point de fixation de lADN. Ce nest
pas systmatique. Les images a) et b) sont obtenues en microscopie fluorescence. Limage c)
est obtenue lAFM en mode tapping. LADN sur limage c) une longueur denviron 20m.
a) b)
Figure III.22 : Modle pour laccrochage de lADN sur la surface. En a) accrochage aux extrmits. En
b) accrochage dun segment par ouverture de la double hlice. Les bases peuvent interagir directement
avec la surface. Ce modle est surtout valable pour les surfaces hydrophobes. En effet les surfaces
charges interagissent principalement lectrostatiquement avec le groupement phosphate de la molcule.
149

III.4.2. Structure de lADN sur la surface
Nous avons tudi jusqu prsent la densit et la longueur de lADN dpos. Cette
partie est consacre tenter dexpliciter la structure de lADN, en particulier savoir si deux
molcules peuvent former des plectonmes sur la surface (cf. chapitre I). Les images que nous
prsentons ont principalement t obtenues en AFM. Ce microscope est intressant pour
lobservation de lADN puisquil nest pas ncessaire de traiter la molcule pour pouvoir
lobserver comme cest le cas pour la microscopie fluorescence (intercalant fluorescent
entre les paires de base) ou la microscopie lectronique (traitement avec des protines, ou des
sels duranium, ou bien mtallisation en biais pour augmenter le contraste).
Les brins dADN que nous observons lAFM et au microscope sont rarement seuls.
Ils forment des cordes composes de quelques units plusieurs milliers. Dans le cas dun
petit nombre dADN, lAFM permet dans certaines situations (substrat trs plat, bonne
pointe,) de distinguer la formation de plctonme. Il est vrai que lobservation de telles
structures est la limite de rsolution de lappareil, mais il est fort probable que sur limage
obtenue sur SiH (cf. figure III.23) on ait effectivement un plectonme. De plus nous avons
observ de telles structures sur dautres surfaces (-NH2, mthyle). La priodicit de
lenroulement va de 30nm 50nm. Thundat a observ des plectonmes en mode contact
[Thundat 1992] sur des molcules dADN circulaires.
Sur la figure III.23 le brin dADN est fix en trois endroits de la surface SiH. Le sens
du peignage est indiqu par la flche. Lorsque deux brins se croisent il y a deux possibilits.
Soient ils restent lun cot de lautre. Soit ils senroulent lun sur lautre et forme un
plectonme.
Les deux hypothses sont reprsentes sur la figure III.23. La mesure de la hauteur des
brins est en accord avec la formation dun plectonme. En effet, si les brins taient cte
cte, on ne verrait pas de changement de hauteur (cf. point a, b et c sur la figure III.23).
Inversement, il est possible que cette image nous donne un artefact puisque lADN donne
galement des ondulations des endroits o il ny a quune seule molcule dADN. On peut
galement avoir un mixage des deux configurations. Cest certainement le cas de notre
molcule puisque londulation et la hauteur sont plus faibles sur la fourche (cf. zoom sur la
figure III.23).
De toute manire on ne peut esprer voir de plctonme que sur des molcules dADN
soumise une contrainte de torsion [Bednar 1994] [Sottas 1999]. Si le brin se fixe en
plusieurs endroits, le nombre de tour dhlice est fix entre les deux points dattache. Cest au
moment du peignage que la contrainte peut se retrouver localise un endroit et provoquer la
formation dun plectonme.
150

30 50nm
SiH
1.5m
Brins dADN cte
cte
c
a
b
Ou
Plectonme
Figure III.23 : Structure de lADN dpos sur une surface de SiH. On a certainement un
plectonme sur une partie au moins de la zone o il y a deux brins dADN. La flche indique le
sens du peignage. La hauteur au point c est double de celle au point a et b. Les images sont
obtenues en mode tapping AFM.
151

III.5. Mesure de la hauteur de lADN

III.5.1. Protocole
On rassemble dans cette partie toutes les mesures de hauteur que lon a effectu sur
lADN lAFM. On ne considre cependant que les cordes dADN les plus petites qui ne
comporte que quelques molcules dADN. Pour une surface donne, on prend toutes nos
images sur cette surface indpendamment de la mthode de dpt.
La question qui motive cette tude est dune part de savoir si lADN est contraint sur
la surface. Dautre part, un rsultat rcent [Kasumov 2002] met en vidence limportance de
la hauteur de lADN sur les proprits de conduction de lADN.
Dans le cas de la surface termine mthyle, nous avons rencontr des problmes pour
mesurer la hauteur de lADN. En effet, pour quelques images, on a obtenu une variation de
phase importante sur lADN et une hauteur de lADN toujours suprieure 3nm. Les mesures
de hauteur de ces surfaces nont pas t prises en compte pour tracer lhistogramme des
hauteurs de la surface mthyle. On discute dans lannexe B de ce problme de hauteur.
Dans Le cas des surfaces termines vinyle et fluor on na pas suffisamment de mesures
pour obtenir des histogrammes. Les quelques hauteurs quon a mesures dans ce cas sont de
lordre de 1nm.
Les histogrammes de hauteur sont reprsents pour chaque surface sur la figure III.24.
III.5.2. rsultats
On peut constater que quasiment toutes nos mesures sont infrieures 2nm (le
diamtre cristallographique de la forme B de lADN).
Les histogrammes des surfaces polystyrne, pentacne, et SiH prsentent deux pics
distincts. Le deuxime pic est beaucoup plus largi et situ une hauteur double du premier.
On a certainement des pics bien dfinis pour ces trois surfaces en partie parce quelles ont une
bonne planit, condition ncessaire pour bien distinguer des hauteurs de lordre du nm. Dans
le cas de la surface SiH les deux pics sont beaucoup moins nets que pour le pentacne et le
polystyrne. On a reprsent lintgrale de la rpartition de taille obtenue partir des donnes
brutes pour cette surface. On distingue mieux sur lintgrale les points daccumulation en
taille pour le premier et le deuxime pic.
Pour la surfaces SiO2 on peut distinguer un pic principal puis un deuxime beaucoup
plus largi.
Pour les autres surfaces : amine, PMMA, et mthyle, on ne distingue quun seul pic
trs largi, avec une taille minimale de la hauteur de lADN.
152

25
14
12
20
nombre de mesure
Nombre de mesure
10 SiO2
8
15
-NH2
6
10
5
2
0
0
0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0 3,5 4,0 4,5 5,0 5,5 0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0 3,5 4,0 4,5 5,0 5,5
hauteur (nm)
hauteur (nm)
9
20
18 8
16
nombre de mesure
nombre de mesure
Mthyle
14 6
12
5 PMMA
10
4
8
3
6
2
4
2 1
0 0
0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0 3,5 4,0 4,5 5,0 5,5 0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0 3,5 4,0 4,5 5,0 5,5
hauteur (nm) hauteur (nm)
18 20 50
16 18 40
16
nombre de mesure
Intgrale
14
Nombre de mesure
30
14
12
20
SiH
12
10
8
Polystyrne 10 10
8 0
6 0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5
6 hauteur (nm)
4
4
2
2
0
0
0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0 3,5 4,0 4,5 5,0 5,5 0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0 3,5 4,0 4,5 5,0 5,5
hauteur (nm) hauteur (nm)
Figure III.24 : Histogramme des hauteurs

10 de lADN. Les mesures sont faites en AFM en
mode tapping. On indique par des flches le
nombre de mesure
pentacne premier et le deuxime pic de lhistogramme.

6 Pour la surface SiH, on donne lintgrale de
4
la densit de hauteur pour bien distinguer
laccumulation de valeur autour de 0.6nm.
2
0
0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0 3,5 4,0 4,5 5,0 5,5
hauteur (nm)
153

III.5.3. Interprtation
Le fait quon puisse distinguer deux pics dont lun correspond une hauteur double du
premier, peut tre interprt comme la hauteur dune molcule pour le premier pic et la
hauteur de deux molcules pour le deuxime.
Si on mesure la hauteur dune molcule cela ne signifie pas quon a une molcule dans
la corde dADN. En effet deux molcules peuvent tre cte cte. Dans ce cas, on ne va
mesurer que la hauteur dun seul brin. La rsolution latrale de lAFM ne permet pas a priori
de distinguer entre deux molcules lune cot de lautre et une seule molcule.
De mme on peut supposer que la hauteur double observe correspond aux molcules
rparties sur deux niveaux. L encore on ne peut pas a priori lAFM dire combien il y a de
molcules cte cte.
Dans le cas o deux molcules forme des plectonmes, on peut sattendre un
doublement de la hauteur.
Le fait que lon ait trs peu de valeurs de hauteurs entre les deux pics (pour les
surfaces polystyrne, SiH et pentacne) est peut tre la signature dune structure ordonne de
lADN sur la surface.
LADN est certainement contraint sur la surface. Par consquent on peut donner une
autre explication des diffrentes hauteurs observes. En effet, il est possible que deux
molcules dADN lune cot de lautre se stabilise mutuellement [Mou 1995] [Keller 1989]
et adopte une configuration o la hauteur de chaque molcule est plus importante.
Cette explication permettrait dexpliquer les histogrammes obtenus sur les autres
surfaces. En effet, si lADN peut adopter diffrentes configurations on peut sattendre un
largissement des pics de lhistogramme.
Tous les histogrammes prsentent une valeur minimale de la hauteur mesure qui est
infrieure de moiti environ au pic principal. Ces mesures doivent certainement correspondre
des molcules dADN fortement contraintes, ou bien a des mesures sur des zones plus
rugueuses. Dans ce cas, la molcule suit la topographie de la surface et il est difficile de
remonter sa vritable hauteur.
On peut dduire de toutes ces mesures la hauteur moyenne dune molcule dADN sur
chaque surface :
SiO2 : ~0.5nm Amine : ~0.5nm Mthyle : ~1nm
PMMA : ~0.6nm Polystyrne : ~0.9nm SiH : ~0.3nm
Pentacne : ~0.5nm
Dans le cas de la surface termine mthyle nous avons eu pour certaines images une
survaluation de la hauteur de lADN (cf. Annexe B). Le problme dans ce cas vient du
contraste entre lADN qui est hydrophile et la surface qui est hydrophobe. Pour viter ce
problme nous avons mtallis lchantillon avec une fine couche de platine. Dans ce cas, on
mesure une hauteur denviron 1nm pour les molcules. Cette valeur est cohrente avec les
valeurs de hauteur de lhistogramme.
154

Dans le cas dun prtraitement avec de la pentylamine (en phase plasma) [Kasumov
2002], lADN a une hauteur de 2.4nm. De plus, ce traitement rend la surface de mica
relativement hydrophobe (H2O~90).
Il est tonnant que lon mesure sur nos surfaces termines amine une hauteur de 0.5nm
pour une molcule dADN alors que la composition chimique de nos surfaces termines
amine ressemble celles de Kasumov.
On notera enfin, que cest sur nos surfaces hydrophobes que lon mesure la hauteur la
plus importante pour une molcule dADN (sauf pour SiH et le pentacne). Le caractre
hydrophobe de la surface joue certainement un rle pour obtenir un dpt dADN avec la
bonne hauteur (~2nm). Dans notre cas, on peut attribuer la faible hauteur mesure sur nos
surfaces hydrophobes au sur tirement excessif de la molcule qui doit saccompagner dune
diminution du diamtre de la molcule.
Il serait intressant de vrifier quelle hauteur aurait lADN sur une surface avec une
monocouche mixte de deux silanes termins amine et mthyle
Dans le cas des surfaces SiH et pentacne qui sont relativement hydrophobes il est
tonnant de trouver des hauteurs aussi faibles (0.3nm et 0.5nm respectivement). Dans ce cas,
lADN interagit certainement de manire spcifique avec ces surfaces, par comparaison aux
surfaces termines mthyle ou polystyrne. Dans le cas de la surface SiH on peut galement
expliquer le dficit en hauteur par le fait quon a une roxydation partielle qui diminue le
caractre hydrophobe de la surface.
IV. Conclusion
Nous avons prsent dans ce chapitre nos rsultats sur le traitement de nos surfaces et
le dpt dADN.
Pour la prparation des surfaces contraste chimique, nous avons obtenu les meilleurs
rsultats avec une matrice mthyle et une silanisation amine dans les ouvertures. Cest
certainement par lutilisation dune couche daccroche en polystyrne qui protge la surface
de la pollution apporte par la rsine optique qui explique ce bon rsultat. Nous avons prpar
ces surfaces en vue de greffer chimiquement et slectivement lADN sur certaines zones.
La technique de dpt dADN avec une goutte que lon laisse incuber sur la surface
quelques minutes puis quon enlve est trs simple mettre en uvre mais sur tire
excessivement lADN. Il ny a que sur la surface termine amine que lADN a la longueur
attendue de 16m.
En revanche, lorsquon laisse scher une goutte de solution contenant de lADN, on
obtient des cordes dADN de toutes les tailles allant de quelques molcules plusieurs
milliers de brins jusqu des paquets dADN visibles loeil nu. Ces chantillons nous ont
permis dtudier la conductivit de corde dADN en fonction de la taille (nombre de
molcules dans la corde) du systme.
Nous avons dduit de lhistogramme de hauteur de lADN sur nos diffrentes surfaces
une hauteur par molcule dADN infrieure 1nm. Les surfaces hydrophobes donnent la
hauteur la plus importante lexception des surfaces SiH et pentacne.
155

On peut esprer en utilisant des surfaces hydrophobes charges positivement obtenir

des molcules dADN qui ne soit pas sur tires. Dans ce cas, on peut sattendre trouver
une hauteur plus importante que sur nos surfaces hydrophobes, o les molcules dADN sont
compltement surtires.
156

Chapitre IV : Mesures lectriques
Chapitre IV
Mesures lectriques
157

I. Introduction
Nous prsentons dans ce chapitre nos mesures lectriques sur des molcules dADN.
Une bonne partie des mesures nont rien donne (pas de courant). Cest particulirement vrai
pour lADN dpos sur des lectrodes. Dans ce cas, nous navons jamais mesur de courant.
En revanche lutilisation du Conducting AFM a donn des rsultats. Lintrt est de

pouvoir facilement tudier la conduction en fonction de la distance llectrode. Nos rsultats
sont peu dpendants de la surface sur laquelle repose lADN.
Les mesures effectues sur des chantillons o llectrode en mtal (or ou platine) est
vapore sur lADN nont pas donnes de signal en Conducting AFM. LADN est
certainement endommag au cours de lvaporation. Cela nous a pouss utiliser un
conducteur organique qui permet de contacter lectriquement lADN dans des conditions plus
douces. Mais l encore, les rsultats se sont avrs dcevants. Nous navons russi quun petit
nombre de mesures sur lensemble de la thse avec des niveaux de courant denviron 1nA (10-
9
A) pour 1V sur des distances dau moins 100nm. Toutes les autres mesures se sont soldes
par labsence totale de courant.
Afin damliorer le contact lectrique, nous avons utilis une interface qui consiste en
un amas dADN sur lequel on dpose le mtal de llectrode. La mesure lectrique en AFM
conducteur se fait sur des cordes qui dpassent de cet amas. Dans ce cas, nous avons
quasiment chaque fois mesur du courant un niveau de lordre du pA (10-12A). Le dfaut
dun tel systme est sa complexit. Nanmoins nous avons pu mesurer des caractristiques
courant tension, et dtudier le courant qui passe dans la structure en fonction de la distance
et surtout du nombre de brins dADN dans la corde (jusqu 10000 molcules).
Les mesures en EFM permettent de travailler dans des conditions mieux contrles
puisquon na pas le problme du contact avec les lectrodes. Nous comparons nos rsultats
avec des simulations afin destimer les proprits dilectriques de lADN.
Nos mesures les plus rcentes ont t effectues sur des fibres dADN de quelques
dizaines de microns de long. Les niveaux de courant sont assez importants (de lordre du nA
10-9A). Dans de telles structures la conduction est trs sensible aux conditions dhumidit
ambiante.
II. Mesures sur des lectrodes
Nous avons prpar deux sries dlectrodes selon la technologie dcrite au chapitre II.
La premire srie en or prsente des espaces inter lectrode de 100, 300 et 500nm sur 15m
de long.
Ces lectrodes nont pas permis dobtenir des rsultats satisfaisants. Nous avons
constat une augmentation du courant avec le temps indpendamment de la prsence dADN
dpos sur les lectrodes. Les lectrodes finissent par tre court - circuites. Lobservation au
microscope lectronique montre la formation de doigts dor qui finissent par ponter les
lectrodes (cf. figure IV.01). De plus, lorsque le contact se fait entre les lectrodes le courant
augmente brutalement et peut saccompagner de la destruction locale de llectrode (cf. figure
IV.01).
158

Avant la mesure
MEB 24m17m
Or
AFM 4.5m3m
Aprs la mesure
MEB 6m4m
Migration de lor
AFM
MEB 3m2m
Figure IV.01 : Premire srie dlectrodes en or. Les mesures ntaient pas reproductibles. Les
images droite montre la consquence dun court circuit sur llectrode. Des doigts dor
finissent par ponter les lectrodes. Le contact lectrique saccompagne en gnral dun
endommagement de llectrode (2 figures du haut avant et aprs une mesure lectrique). On voit
sur le zoom de llectrode gauche de lADN qui relie les lectrodes.
AFM 6m6m
AFM 1m1m
Figure IV.02 : Deuxime srie dlectrodes en platine. Nous navons mesur aucun courant sur
ces lectrodes. On voit dans le zoom de lADN qui ponte les lectrodes.
159

La deuxime srie dlectrodes en platine a donn des rsultats reproductibles.

Lespace inter lectrode est de 100, 200 et 300nm sur 5m de long (cf. figure IV.02). Le
courant vide est de lordre du bruit des appareils 10-15A (Helwett-Packerd 4140B).
Diffrents traitements de surface ont t essays entre les lectrodes : OTS, APTMS,
et alkyle silane fluor.
LADN est dpos avec la technique de la goutte prsente au chapitre III. Dans le cas
des surfaces hydrophobes (termine mthyle et fluore) on laisse incuber la solution (10mM
Tris / 1mM EDTA) contenant 10pM dADN quelques minutes puis on lenlve du substrat.
Dans le cas de la surface termine amine, on fait couler la solution perpendiculairement aux
lectrodes. On a environ 10 100 molcules dADN qui connectent les lectrodes. Dans tous
les cas, nous navons pas mesur de courant.
Finalement, les mesures sur des lectrodes nont pas donn de rsultats encourageants.
Nos mesures sont en accord avec celle de Storm [Storm 2001] qui trouve un ADN isolant
lorsquil est dpos entre deux lectrodes spares de plus de 40nm.
III. AFM Conducteur

III.1. Introduction
Lintrt de lAFM conducteur est de pouvoir se rapprocher plus prs de llectrode, et
de descendre facilement en dessous de 100nm. De plus, on peut observer la variation du
courant en fonction de la distance. Le principe de lAFM conducteur est dcrit dans le
chapitre 2 : techniques exprimentales.
Un dsavantage de ce systme est la dissymtrie entre les deux contacts lectriques.
Dun cot, on a une lectrode classique dpose sur lADN, et de lautre la pointe mtallise
de lAFM. Elle est pose sur lADN avec une certaine force dappui de lordre de 10nN.
La tension varie trs doucement pendant nos mesures. On peut considrer quon est en
rgime statique. Lenregistrement dune courbe dintensit du courant en fonction de la
tension applique se fait dans un temps de lordre de la minute.
Afin de vrifier le niveau de reproductibilit de nos mesures, nous avons essay autant
que possible de les faire plusieurs fois de suite, ainsi quen fonction du temps pour reprer une
ventuelle extinction de courant. Ce nest pas toujours possible de raliser ces contrles car la
drive du piezo fait bouger la pointe. Par consquent on nest pas rigoureusement dans des
conditions identiques tout au long de la ou des mesures. De plus, il arrive que le brin soit
endommag au cours de la mesure. Dans ce cas, on ne peut pas effectuer de seconde mesure
pour vrifier la reproductibilit des caractristiques courant tension.
Les mesures sont faites partir de diffrents points de polarisation et dans des sens
diffrents : tension basse vers tension haute, ou linverse. On essaye tant que cest possible de
commencer les mesures diffrentes tensions et dans des sens de balayage diffrents. On a
fait principalement des mesures de : [-V0 V0 puis V0 - V0], [V0 -V0 puis -V0 V0], [0
V0 puis V0 0], et [0 -V0 puis -V0 0]. Le rsultat peut dpendre fortement du sens de
balayage de la tension applique. Nanmoins, mme si lallure des courbes I(V) dpend de
lhistorique des mesures subies par lchantillon, le niveau de courant mesur est
reproductible.
160

III.2. Problme de la mtallisation
Nous avons utilis deux types de dpt dADN dcrit dans le chapitre 3. Le premier
type de dpt donne des brins dADN isols ou des cordes dADN constitues dun trs petit
nombre de molcules. La seconde mthode o on laisse scher la solution dADN sur le
substrat donne des cordes de tailles trs variables : de quelques units plusieurs dizaine de
milliers de brins. Ces cordes forment une structure arborescente.
Les premiers chantillons nont jamais donn de courant (I<10-15A). On peut
certainement mettre en cause la technique de dpt qui surtire systmatiquement lADN.
Tous nos rsultats ont t obtenus sur les chantillons du deuxime type sur lequel on a des
cordes de taille variable.
On discute dans cette section du contact entre lADN et llectrode. On montre que la
mtallisation endommage la molcule. De plus nos tentatives de dposer lADN sur
llectrode ne donne pas plus de rsultats. Dans ce cas, le contact lectrique est certainement
mdiocre. Enfin, lvaporation dun polymre organique (le pentacne dans notre cas) permet
davoir un contact intime entre llectrode et lADN dans des conditions dvaporation douce.
En effet le polymre est dpos sous vide. Il est chauff une temprature denviron 300C.
III.2.1. Configuration de la jonction lectrode/ADN
Toutes nos mesures avec une lectrode en mtal dpose directement sur lADN nont
pas donn de rsultats. Le mtal est vapor sous vide. Lchantillon est maintenu
temprature ambiante. On utilise un masque mcanique pour ne mtalliser quune portion de
lchantillon. On fait la mesure sur les cordes dADN qui sont relies au mtal comme le
montre la figure IV.03 et IV.04. En revanche, si le mtal est dpos sur le paquet dADN, on
arrive faire des mesures de courant. Le mtal est vritablement en cause dans labsence de
courant vu les brins qui donne un signal lectrique. En effet, toute corde dADN recouverte de
mtal ne donne pas de courant mme si elle est relie au paquet dADN. La conclusion qui
simpose est que le dpt de mtal endommage lADN.
III.2.2. ADN pos sur llectrode
Etant donn que le dpt de mtal dtruit les brins ou cordes dADN, on a essay le
dpt de lADN par-dessus llectrode. L encore, nos tentatives se sont soldes par des
checs. Il nest pas facile de dposer lADN correctement tir sur la surface et sur le mtal.
En revanche il est plus facile dy arriver avec le pentacne (qui est plutt hydrophobe) comme
le montre la figure IV.05. De plus lorsquon fait scher lADN sur lor ou pentacne le paquet
dADN se dpose sur lor. De ce fait les cordes dADN qui schappent de ce polymre
dADN sont assez loignes de llectrode. Dans le cas du pentacne, la goutte dADN va
scher sur la surface en vitant le pentacne. Dans ce cas on ne peut pas faire de mesures.
Puisque le paquet est en contact direct avec le polymre conducteur, il ny a pas de cordes
isoles sur lesquelles on pourrait faire des mesures.
161

Platine ou Or
X = Pas de
courant
~1pA
Figure IV.03 : Zone o lADN est conducteur. Les brins ou les cordes dADN
directement en contact avec le mtal ne donne pas de signal mme si elles sont relies
directement au paquet dADN. La croix signifie quon a rien mesur en conducting
AFM.
Pentacne Figure IV.04 : Paquet dADN sur

une surface termine amine. Du
pentacne est utilis pour contacter
lADN. Il est vapor sur lADN. Les
cordes qui schappent du paquet
dADN et qui sont partiellement
X = Pas de
recouverte de pentacne ne donnent
courant
pas de courant (indiqu par la
croix). En revanche on mesure un
~1pA courant de lordre de 1pA sur les
cordes qui schappent du paquet
dADN.
-NH2
-NH2 Figure IV.05 : ADN dpos sur

1.7m1.7m llectrode. En insert est indiqu la
position du brin dADN. Toutes nos
tentatives de mesurer du courant sur
ce type dchantillon ont choue.
Limage a t obtenue en AFM en
ADN
mode tapping.
Pentacne
162

Le pentacne forme des marches de 1.5nm de haut. Comme lADN a une certain
rigidit (lADN peut tre considr comme rigide sur une distance denviron 30nm dans les
solutions que lon utilise), il est peu probable que la molcule soit dforme par cette marche
au point de bloquer la conduction lectrique ce niveau.
Daprs ces expriences qui ne donne aucun courant, quelle est la conclusion qui
simpose ? LADN est-il un mauvais conducteur et/ou le contact est-il de mauvaise qualit. La
section qui suit prsente deux mesures particulires pour lesquelles on a eu du courant.
III.3. Mesure en imagerie de courant
III.3.1. Deux mesures directes avec du pentacne
Nous avons insist prcdemment sur le fait que les brins ou cordes dADN recouverts
de mtal ne donnent pas de courant. Nous prsentons dans cette section deux mesures qui ont
donn un courant de lordre du nA (10-9A). Dans ces expriences on a dpos du pentacne
directement sur les cordes dADN. La plupart des structures que lon a tudies se sont
avres isolantes lexception de quelques mesures. Cela signifie que lutilisation dun
conducteur organique est moins agressif pour lADN que le dpt de mtal.
III.2.3.1. Sur SiO2
LADN est dpos en laissant scher une goutte dADN (10mM TE, 10pM ADN) sur
une surface de SiO2. Lchantillon de SiO2 a t nettoy laide dun mlange piranha : 2/3
acide sulfurique concentr/ 1/3 eau oxygne (cf. chapitre II). Il est laiss quelques jours
lair pour le rendre moins hydrophile. Dans ce cas, lorsquon laisse scher une goutte de
solution contenant de lADN, elle ne sche pas sur place. Le mnisque se dplace au fur et
mesure que la goutte svapore. Lallure de lchantillon est schmatise sur la figure III.20
au chapitre III. On vite ainsi de laisser trop de sel sur la surface.
On dpose du pentacne sur une partie de lchantillon. Au premier passage de la

pointe sur la zone de mesure indique sur la figure IV.06, nous avons observ un courant en
parfaite corrlation avec limage topographique. Afin damliorer la rsolution de limage
lacquisition a t reprise par le bas de limage. Malheureusement le premier passage de la
pointe a endommag le brin. Il a mme t coup lendroit indiqu par la flche 1 sur la
figure IV.06. Cela explique labsence de courant lextrmit du brin et peu de courant
ensuite jusqu retrouver un niveau plus important sur la zone du brin qui navait pas t
image. La tension applique a t modifie lors du balayage comme indiqu par la figure
IV.06.
En conclusion on a observ le passage du courant dans une corde dADN constitues

denviron 300 molcules (On a estim le nombre de molcules partir de limage
topographique en considrant une aire de 3nm2 par molcule dADN dans la corde). Le
niveau de courant atteint est de lordre de 1nA pour 1V sur une distance de lordre de 1m.
On dduit une rsistance de contact de lordre de 1G, et une rsistance de la corde dADN
infrieure 0.2G soit > 0.03(cm)-1. La rsistance de contact est dduite du courant
obtenu sur lADN trs proche du pentacne. Lestimation de la rsistance de la corde dADN
163

est indique sur la figure IV.06. On considre la plus grande pente qui englobe nos valeurs de
courant en fonction de la distance. On en dduit connaissant la rsistance de contact une
valeur de rsistance de la portion de corde entre la pointe de lAFM et le pentacne.
Nous avons obtenu dautres mesures similaires sur cet chantillon (cf. figure IV.07).
Cependant nous navons pas retrouv de zone donnant des rsultats aussi nets. De plus toutes
les autres cordes (non reprsentes) qui ont donnes un signal lectrique sont trs proches du
pentacne (<200nm). On peut alors suspecter le polymre organique davoir migr le long de
la corde dADN pendant le dpt crant un chemin pour la conduction.
III.2.3.2. Sur une surface termine amine
Nous avons obtenu sur une surface termine amine une mesure de courant sur deux
molcules dADN.
Lchantillon a t prpar en laissant scher une solution dADN de 10pM dans un

tampon Tris(10mM)/EDTA(1mM). Du pentacne est vapor sur lADN.
Nous avons observ du courant sur cet chantillon sur une zone o se trouvent deux
brins dADN. Les cordes dADN plus importantes proximit nont donn aucun courant (cf.
figure IV.08). On peut constater sur la figure IV.08 en b) et c) que le courant sature (
0.25nA) au niveau de lADN. Lamplificateur met un certain temps revenir zro. Cela
explique que la largeur du signal sur limage en courant soit plus importante que la largeur de
lADN en topographie. En revanche, il est tonnant dobserver une zone (indique sur la
figure IV.08) sur lADN o il ny a pas de courant. Il est possible que lADN soit endommag
par le passage du courant, ou bien il ny a pas eu un bon contact de la pointe sur lADN cet
endroit. Il est peu probable que du pentacne se soit dpos autour de lADN car, on aurait
observ des terrasses molculaires typiques du pentacne autour de lADN.
Sur une surface termine amine en AFM conducteur nous navons obtenu quune seule
image avec du courant sur lADN. Un courant denviron 0.25nA pour 5V (la tension positive
est applique sur llectrode en pentacne) sur une distance de 100nm a t observ sur cet
chantillon. On peut estimer une rsistance de la portion dADN entre le pentacne et la
pointe de lAFM de lordre de 20G soit ~ 0.02(cm)-1.
LADN en topographie a une hauteur de 0.5nm en dsaccord avec les rsultats de
Kasumov [Kasumov 2002] o il trouve une hauteur de 2.4nm pour lADN conducteur.
164

5000 c)
0.2G
4000
0.5V
3000
distance (nm)
1V
1
2000
3V
2 1000
0
0 100 200 300 400 500 600 700
a) b)
Intensit (pA)
Figure IV.06 : Mesure de courant en AFM conducteur. En a) image en topographie. En b) image correspondante en courant. Un profil du courant dduit de limage b)
est trac en c). Le balayage de limage se fait de bas en haut. La vitesse de la pointe est de 1m/s. La tension applique est de 3V en dbut dimage puis 1V et 0.5V. Les
limites sont indiques sur la figure. Lchantillon est prpar en laissant scher une goutte de solution dADN (10mM Tris / 1mM EDTA / 10pM ADN) sur une surface
de SiO2. On vapore du pentacne sur lADN. On peut estimer une rsistance de la corde dADN (300 brins dADN) partir de la chute de courant en fonction de la
distance. Sur la zone o le courant est de lordre de 0.5nA on indique la plus grande pente qui englobe nos valeurs exprimentales. La rsistance correspondante est de
0.2G. La pointe a imag deux fois cet endroit. Les images reprsentes en a) et b) correspondent au deuxime passage. Le premier passage de la pointe a sectionn la
corde au niveau de la flche 1. La flche 2 indique lextrmit de la corde dADN o lon a observ du courant lors de la toute premire image (non sauvegarde).
165

166

a) Topographie b) Courant
6V appliqu
2.4m/s
1.2m 1.2m
c) d)
Figure IV.07 : Mesure de courant en AFM conducteur sur le mme chantillon que sur la figure IV.07. En a) et
c) topographie. En b) et d) images en courant correspondants aux images en topographie. Lchantillon est
prpar en laissant scher une goutte de solution dADN (10mM Tris / 1mM EDTA / 10pM ADN) sur une
surface de SiO2. On vapore du pentacne sur lADN. Limage est compose de 64 lignes. Chaque bosse de
courant (cf. flche) obtenue sur lADN en b) et d) correspond une ligne de limage. Le maximum du courant
mesur est de lordre de 200pA. Le courant varie peu en fonction de la distance.
a) pentacne b)
Pas de
courant sur
5V appliqu une portion
1.2m/s de lADN
-NH2 1.2m 1.2m
1.2m 1.2m
Saturation
250 pA
c)
120 nm
Figure IV.08 : Mesure de courant en AFM conducteur sur deux molcules dADN. Ces molcules sont
indiques par les traits pleins en insert de a). Lchantillon est prpar en laissant scher une goutte de
solution dADN (10mM Tris / 1mM EDTA / 10pM ADN) sur une surface termine amine. On vapore du
pentacne sur lADN. On peut constater quon observe un signal lectrique que sur une portion des
molcules dADN.
167

III.3.2. Conclusion
Cette section a prsent quelques mesures obtenues sur de lADN dans le cas o du
pentacne est utilis comme lectrode. Les niveaux de courant obtenus sont de lordre dune
fraction de nA (10-9A).
On peut estimer la rsistance des cordes dADN dans ces expriences dimagerie en
courant partir de la dcroissance du courant en fonction de la distance. On trouve des
rsistances qui vont de 0.2G (pour 300 brins dADN) 20G (pour 2 brins dADN). Cela
correspond une conductivit denviron 0.03 (cm)-1. Ces valeurs sont quatre ordres de
grandeur en dessous de celles obtenues par Fink [Fink 1999] et cinq ordres de grandeur en
dessous de celles de Kasumov [Kasumov 2001].
Le problme de ces expriences dimagerie en courant est leur manque de

reproductibilit. Sur les chantillons que lon a prpar, nous navons pas pu effectuer de
mesures courant tension. En effet, on na aucun moyen de savoir en observant lADN
lAFM (en mode tapping) quel brin dADN va donner un signal lectrique. Partir la
recherche de molcules conductrices en les testant une une peut tre trs long vu le peu de
mesures que lon a effectue en imagerie de courant.
Il tait donc impratif damliorer la reproductibilit des mesures. Pour cela nous
avons utilis le paquet dADN comme interface entre llectrode vapore et la corde dADN
dont on veut mesurer les proprits de conduction.
III.4. Caractristique courant tension
III.4.1. Introduction
Afin de pouvoir faire un nombre significatif de mesures lectriques nous avons utilis
le paquet dADN comme intermdiaire entre llectrode vapore et la corde dADN sur
laquelle on fait la mesure lectrique (cf. figure IV.09). Dans ce cas, on mesure sur quasiment
tous les chantillons du courant. Mais le prix payer est une perte dun facteur 1000 de
lintensit mesure. On dtecte du pA (10-12A) au lieu du nA (10-9A) des expriences
prsentes plus haut.
Ces mesures sont intressantes du point de vue de la variation de lintensit en

fonction de la distance. On peut esprer remonter une rsistance linique le long de lADN.
Llectrode et le paquet dADN peuvent tre vu comme une rsistance de contact (cf. figure
IV.09). Malgr tout un tel systme est complexe, et ne facilite pas linterprtation des
rsultats. Cependant, cest la seule mthode que nous avons pour arriver mesurer du courant
avec un minimum de reproductibilit. Un autre inconvnient est lasymtrie du systme. On a
la suite dinterface : Electrode /paquet dADN / Corde dADN / pointe de lAFM. La
prsence du paquet dADN renforce lasymtrie par rapport aux expriences dcrites
prcdemment o on a un contact direct entre la corde dADN et llectrode.
Le paquet dADN peut sparer la corde dADN sur laquelle on fait la mesure de
llectrode dune distance de lordre de 1 50m. Par consquent, il est fort probable que les
brins ne soient pas relis directement llectrode. On doit avoir un transport inter
168

molculaire dans le paquet dADN. Or ce transport est peu efficace [Nakayama 2001]. Cest
ce que nous avons constat vu les niveaux de courant obtenus.
Etant donn quon ne mesure pas beaucoup de courant, nous navons pas observ de
diffrence fondamentale entre une lectrode vapore de pentacne, dor ou de platine (i.e.
cest la rsistance du paquet dADN qui limite le courant).
Enfin, on vrifie systmatiquement le courant cot du brin dADN. La pointe est
pose sur la surface. Le courant que lon dtecte est infrieur ou de lordre de 10-15A. Il ny a
donc pas de courant de fuite sur la surface.
La tension est applique sur llectrode. La pointe est toujours au potentiel nul (cf.
figure IV.09). La force dappui sur lADN pendant la mesure lectrique est de lordre de 10
30nN. En dessous de cette force, on a un mauvais contact et on ne mesure pas de courant, au
dessus, on finit par endommager lADN.
Le nombre de molcules dans les cordes dADN est dduit des images
topographiques. On divise laire de la corde dADN par laire dune seule molcule. Avec un
diamtre de 2nm on a une aire par molcule denviron 3nm2.
III.4.2. Caractristiques principales des mesures de courant
III.4.2.1. Asymtrie
Nous avons toujours mesur plus de courant pour les tensions positives que ngatives.
Cette diffrence de comportement est la consquence de lasymtrie de notre systme. On
peut constater cette asymtrie sur toutes les courbes prsentes dans la suite.
III.4.2.2. Dpendance vis--vis du sens de variation de la

tension
On a une hystrsis dans les caractristiques courant tension. On a plus de courant

lorsque la tension est dcroissante que lorsquelle est croissante (cf. figure IV.11, IV.12 et
IV.14).
On observe une tension de seuil lorsque la tension est croissante (cf. figures IV.10,
IV.11 et IV.14). La tension de seuil dpend de la taille du systme. Plus la corde dADN est
importante, plus cette tension est faible. Nous avons constat que des mesures avec une
tension croissante que lon rpte plusieurs fois donne des tensions de seuil variables. Il ny a
pas de variation privilgie de la tension de seuil dans un sens ou dans lautre. La figure IV.16
donne lexemple obtenu sur une corde denviron 10000 molcules dposes sur une surface
termine mthyle. On peut expliquer la tendance observe par un effet dlargissement des
niveaux dnergie dans le paquet dADN qui rduit le gap (cf. figure IV.13). Cependant la
variation de la tension de seuil quon observe est trop importante en comparaison des
prdictions thoriques o elle est plutt de lordre dune fraction de volt. [Cornil 2001].
169

Avec un balayage croissant, au-del de la tension de seuil le courant augmente trs

rapidement et atteint le niveau correspondant au balayage dcroissant (cf. figure IV.14).
Nous avons galement constat que le contact entre la pointe et la corde dADN est
amlior aux tensions les plus leves. On peut constater sur la figure IV.10 (surface amine)
quon obtient plus de courant avec une tension dcroissante condition davoir au pralable
soumis lchantillon une forte polarisation (entre 5 et 10V) avant de faire la mesure en
ngatif. Malheureusement ce traitement endommage lADN sur la surface amine. Il est
difficile de savoir quel instant lADN est endommag. Cela correspond certainement au
moment o on ne mesure plus de courant (cf. figure IV.10 mesure numro 3). On peut
constater sur la figure IV.10 quil reste une couronne sur la surface. On na pas du tout ce
genre de comportement sur la surface polystyrne. LADN est vritablement coll la pointe
tel point quon ne peut la retirer quen arrtant dimager pour dgager compltement la
pointe. Lorsquon image nouveau la zone, on constate que la corde dADN a boug. Elle
rsiste plus ou moins bien ce traitement.
III.4.2.3. Reproductibilit des mesures
Lorsquon fait la mesure deux fois au mme endroit on a en gnral un peu plus de
courant et lallure des courbes varie (la tension de seuil varie,). Cependant nous avons fait
un certain nombre de caractristiques courant tension reproductibles (cf. figure IV.11, IV.14
et IV.16).
La reproductibilit du courant obtenu sur le paquet dADN (cf. figure IV.11) est assez
tonnante puisquon retrouve les mmes caractristiques pour des mesures des endroits
diffrents du paquet dADN, mais avec un niveau de courant variable.
De plus, on retrouve sur un grand nombre de nos mesures des bosses ou des pics
autour de -2 -4V pour les mesures avec une tension dcroissante (cf. figure IV.10, IV.11,
IV.12 et IV. 14). Cette caractristique se retrouve moins souvent et de manire moins
marque pour les tensions positives (cf. figure IV.14).
III.4.2.4. Mesure en fonction du temps
La mesure dun courant en fonction du temps sur nos structures nest pas aise puisque
la drive du piezo ne permet pas de rester sur la corde dADN trs longtemps. On reprsente
sur la figure IV.15 deux mesures effectues sur une corde dADN dpose sur une surface
termine amine. Le courant est stable pour la premire mesure. En revanche pour la
deuxime, on a une augmentation du courant puis une diminution lente. Cette diminution peut
tre attribue la pointe qui quitte la corde dADN, ou bien une saturation des charges au
niveau des lectrodes. A titre de comparaison, la dcroissance du courant est beaucoup plus
rapide sur des fibres dADN non conductrices.
170

Tension positive
applique
d
a) ---
+ Paquet
-
dADN
b) Rc RS RADN
Figure IV.09 : En a) reprsentation du dispositif exprimental pour une tension positive applique. La pointe est
au potentiel nul (masse virtuelle). Elle est charge ngativement. En b) modlisation par une rsistance de contact
et une rsistance srie du paquet dADN. La distance d correspond la longueur de la corde dADN.
2000
d ~ 150nm
Intensit en fA (10 A)
-15
1500
1
1000
500
3
0
2
-8 -6 -4 -2 0 2 4 6 8
Tension en V VT
Aprs la mesure
Avant
-NH2
N~30brins
700nm700nm 700nm700nm
Figure IV.10 : Mesure lectrique dpendante de lhistoire de lchantillon. On a effectue

trois mesures sur cet chantillon. Lordre des mesures est numrot sur le graphe. Il faut
appliquer une forte polarisation positive pour voir apparatre du courant en ngatif.
Cependant ce traitement sest accompagn de la destruction de la corde dADN.
171

LADN
habille la
pointe
12
Intensit en nA (10 A)
11
-9
10 0
Intensit en nA (10 A)
9
-9
8
7 Problme de
contact
6 -1
5 -10 -8 -6 -4 -2 0 2
Tension en V
4
3
2
1
0
-1
-10 -8 -6 -4 -2 0 2 4 6 8
Tension en V
VT
Figure IV.11 : Mesure sur le paquet dADN. Toutes ces mesures sont faites avec une tension dcroissante sauf la
mesure indique en gros pointille. Cest la mesure qui donne le moins de courant. Les mesures faites la suite
ont le mme type de trait (trait plein, pointill,). Le niveau de courant change mais lallure des courbes reste
identique. Un agrandissement de la courbe aux tensions ngatives est donn en insert. Le faible niveau de courant
au dbut de la mesure est du un problme de contact (cf. paragraphe III.4.3.). On retrouve un pic autour de -2V.
172

-12
Intensit en pA (10 A) 8
6 Distance : 1m
N~2000brins
1m
4
-2
Polystyrne
-10 -8 -6 -4 -2 0 2 4 6 8 10
Tension applique en V
Figure IV.12 : Mesure typique avec une tension dcroissante. On interprte, labsence de courant au dbut
de la mesure par un problme de contact. Le pic au tension ngative apparat dans beaucoup de nos
mesures principalement entre -2 et -4V. La zone de mesure est indique droite. La surface utilise est du
polystyrne. La distance de mesure est denviron 1m, et le nombre de brins qui composent la corde environ
2000.

a) VT b)
e
6

Tension de seuil (V)

4
Niveau de Niveau de
fermi de fermi de
2 llectrode llectrode
0
1 2 3 4
10 10 10 10
Nombre de molcules d'ADN
Une seule Un ensemble de
molcule molcules
Figure IV.13 : Tension de seuil en fonction du nombre de molcules dans la corde dADN (en (a)). Ces
valeurs sont dduites des caractristiques courant tension obtenues avec un balayage de tension croissant.
On propose une explication de cette dpendance par un largissement des niveaux lorsque il y a un grand
nombre de molcules couples entre elles (en (b)). La consquence est un abaissement de la valeur du gap
(2). La valeur de la tension de seuil dpend daprs ce modle de la valeur de . En effet, le courant passe
travers la structure lorsque le niveau de fermi de llectrode est en rsonance avec les niveaux de la
molcule et permet le passage du courant. Ce nest pas la seule explication possible. Les triangles sur la
figure correspondent la mesure un mme endroit dune corde dADN compose de 10000 molcules.
Ces points correspondent aux courbes de la figure IV.16. On peut constater que la dispersion est assez
importante.
173

N~1 5 brins
50 -NH2
130nm
40
-15
30
500nm
20
10
230nm
0
-10
0 2 4 6 8
Tension en V
N~1000 3000 brins

600 300nm
600nm 3m
2000nm
400 -NH2
-15
200
-200
-6 -5 -4 -3 -2 -1 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
Tension en V
5 Distance 1m
A)
N~500brins
-12
4
Intensit en pA (10
-1
-2 VT Polystyrne
-10 -8 -6 -4 -2 0 2 4 6 8 10 1m2m
Tension en V
Figure IV.14 : Mesures reproductibles obtenues sur diffrents chantillons et pour des cordes dADN de taille
diffrentes. Le lieu de la mesure est reprsent droite de chaque mesure. Les flches indiquent dans quel
sens ont t faites les mesures.
174

0,8
Intensit en pA (10 A) 0,6
0,4
-12
0,2 4V appliqu Pas de tension appliqu
0,0
Surface : -NH2
-0,2 N~3000brins
-0,4
-0,6
-0,8 3m
0 20 40 60 80 100
temps en secondes
0,8
0,7
Intensit en pA (10 A)
-12
0,6
0,5
0,4
4V appliqu
0,3
0,2
0,1
0,0
0 20 40 60 80 100
temps en seconde
Figure IV.15 : Mesure de courant en fonction du temps pour une tension applique de 4V. La zone de
mesure est indique sur limage de droite (la distance entre le point de mesure et le paquet dADN est
denviron 1m). La diminution du courant est plus sensible sur la deuxime mesure. On est limit dans le
temps de mesure par la drive du piezo.
500
Surface CH3
400
8m
-15
300 N~ 10000
200
100
-100
-8 -6 -4 -2 0 2 4 6 8
Tension en V
Figure IV.16 : Mesure obtenue sur une corde dADN dpose sur une surface mthyle. La tension
de seuil varie chaque mesure entre 1 et 4V. Les flches indiquent le sens de variation de la
tension pendant la mesure. On part toujours de la tension nulle dans ces mesures.
175

III.4.3. Interprtation des rsultats
On peut interprter par des effets lectrostatiques le fait quon ait plus de courant pour
une tension positive que ngative. En effet, le temps dacquisition de nos caractristiques
courant tension est denviron 1 minute. De plus des mesures rptes sur la mme zone sont
relativement reproductibles. Cela signifie que les charges ne saccumulent pas au niveau des
lectrodes mais sont injectes ou captes par le mtal. En effet, le nombre de charges que lon
peut esprer trouver sur la pointe est au plus de 1000 10000. Nos simulations du potentiel
lectrostatique entre la pointe de lAFM et la surface, prsentes au chapitre II prdisent une
centaine de charge sur la pointe. Or un courant de lordre du pA (10-12A) pendant environ une
minute correspond 109 charges. Une partie de ces charges sont transfres entre la corde
dADN et la pointe de lAFM. On a le mme phnomne sur lautre lectrode. Cependant,
linjection dlectrons doit tre facilit par la gomtrie de la pointe par rapport celle de
llectrode (effet de pointe). Cela peut expliquer en partie pourquoi on a plus de courant pour
les tensions positives. Nanmoins le mcanisme du transfert de charge nest pas clair. On peut
avoir une raction de type lectrochimique entre la pointe et lADN ou bien un transfert
directement vers lADN. Nos rsultats ne permettent pas de trancher.
Le fait quon ait plus de courant dans le sens de balayage ngatif que dans le sens
positif peut sexpliquer par un problme de contact entre la corde dADN et la pointe AFM.
Dans le cas de mesure sur le paquet dADN quand on commence par appliquer une tension
positive sur llectrode on constate que la pointe est attire par le paquet dADN en suivant le
signal renvoy par la photodiode. La capture de la pointe par le paquet dADN correspond
laugmentation de courant (cf. figure IV.11). La boucle de rtroaction bloque le piezo Z sa
valeur minimum pour tenter de dgager la pointe qui est colle au magma dADN. Ds quon
cesse la mesure, le piezo revient la valeur de consigne. Par contre il est tonnant quon nait
pas un effet semblable lorsquon commence par appliquer une tension ngative.
La prsence de bosses autour de -2 -4V est difficile interprter. De plus on a

souvent trs peu de courant aprs la bosse (pour V<-4V).
Pour les mesures sur le paquet dADN, la bosse autour de -2V semble sajouter une
caractristique plus lisse passant par lorigine (cf. figure IV.11). Il est possible que le transfert
de charge par la pointe pour une tension ngative soit fortement limit. La pointe doit injecter
des trous ou capter des lectrons. Le mcanisme de transfert est certainement de type
lectrochimique avec le solvant ou lADN.
Nous avons effectu quelques mesures sous azote afin de diminuer le taux dhumidit
ambiant de 50% (dans la pice de lAFM) moins de 20% sous flux dazote sec. Dans ce cas
on ne mesure plus de courant en accord avec les expriences de Gu [Gu 2002-b]. Daprs Gu
la perte de conductivit est denviron un facteur 1000 lorsque le taux relatif dhumidit passe
de 50% 20% (cf. chapitre I tableau I.02). On peut expliquer ce phnomne de deux
manires. Tout dabord, dans lhypothse dune conduction de type ionique, il est normal de
trouver une telle dpendance en fonction du taux dhumidit. Lautre explication considre
lhypothse o cest effectivement lADN qui conduit le courant. Dans ce cas la perte de
conductivit peut sexpliquer par un changement structurel de la molcule dADN. On a alors
certainement un passage de la forme B A (cf. chapitre I). Lhypothse implicite dans cette
explication est que la forme B est conductrice et la forme A est isolante.
176

III.5. Mesure en fonction de la distance et de la taille du systme
Nous prsentons dans cette partie la variation du niveau de courant en fonction de la

taille de notre systme et de la longueur de la corde dADN. Nos mesures sont ensuite
discutes suivant trois modles : tunnel, hopping (conduction par saut) et ohmique.
Pour calculer la rsistance de nos structures, on se base sur le niveau de courant
tension positive leve (suprieure la tension de seuil pour les mesures avec un balayage
croissant cf. paragraphe III.4.2.2.).
La figure IV.17 reprend les mesures effectues sur des surfaces de polystyrne, et
termine amine. La rsistance est donne en fonction de la distance en chelle log log. Sur
la surface de polystyrne les cordes dADN sont composes denviron 1000 brins, llectrode
vapore est du pentacne. Dans le cas de la surface amine, la taille des cordes va de quelques
molcules 1000 environ. Deux sries dchantillons ont t prpares avec du pentacne et
de lor comme lectrode.
III.5.1. Modle tunnel
Dans le cas du modle tunnel (cf. chapitre I) le courant dcrot exponentiellement avec
la distance : I I0e-d. La figure IV.18 donne la dpendance en fonction de la distance du
courant pour la surface polystyrne (mme donnes que pour la figure IV.17 mais en chelle
linaire - log). Dans ce cas, on peut distinguer deux rgimes tunnel. Pour les distances
infrieures 250nm on peut mesurer un premier coefficient et un second plus faible pour les
points de mesures pour d>250nm. Ces coefficients sont repris sur la figure IV.19.
Cest sur la surface polystyrne quon distingue le mieux le changement de rgime.

Pour les surfaces termines amine et mthyle, on ne distingue pas les deux rgimes.
Lexplication tient au fait que le niveau de courant sur le paquet dADN dans le cas de
lchantillon avec du polystyrne est important. On peut le voir sur la figure IV.20 en c).
La valeur du coefficient dattnuation obtenu par Cai [Cai 2001] est en accord avec
ce que nous avons mesur pour de petites structures (N<100) et si on considre la
dcroissance du courant pour de petites distances ( calcul pour d<250nm sur la surface de
polystyrne cf. figure IV.19).
Cependant, nos valeurs du coefficient dattnuation sont deux ordres de grandeur en
dessous de ce qui est obtenu par les expriences de transfert de charge en solution (de lordre
de 1 10nm-1).
La dpendance du courant en fonction de la distance est trop lente pour pouvoir tre
dcrite raisonnablement par un modle de conduction de type tunnel.
177

III.5.2. Modle ohmique
Si on regarde les rsultats en chelle linaire (cf. figure IV.20), on a une dpendance
presque linaire du courant en fonction de la distance. De plus, la figure IV.21 donne une
dpendance de la rsistance linique de la corde dADN inversement proportionnelle au
nombre de brins dADN dans la corde (cf. quation IV.01). Cela suggre une rsistance
linique par brin dADN de 10000 G/nm. Cela correspond une conductivit volumique de
3.10-7(cm)-1.
d est la dis tan ce entre le paquet

d' ADN et le po int de mesure
rL
R corde d ' ADN = .d o (IV.01)
N N est le nombre de molcules
d' ADN dans la corde
Le fait davoir un comportement ohmique pour la dpendance en fonction de la

distance et des caractristiques fortement non linaires nest pas cohrent, moins dexpliquer
les non linarits des caractristiques courant tension par des problmes de contact
lectrique entre les lectrodes et lADN.
III.5.3. Hopping
Le modle que lon prsente dans cette partie a t utilis par Yoo et al. [Yoo 2001]
pour expliquer leurs rsultats (cf. chapitre 1). Ce modle rend compte du transfert de charge
par saut sous leffet du champ lectrostatique entre la pointe de lAFM et llectrode. La
formule quutilise Yoo et al. [Yoo 2001] sapplique de lADN dpos entre deux lectrodes.
La formule est donne ci-dessous o a est la distance de saut, e la charge de llectron, V le
potentiel appliqu, k la constante de Boltzmann, T la temprature et d la distance entre le
polymre dADN et la pointe.
a : dis tan ce de saut

R 1 avec
sinh (eaV 2kTd ) V / d :champ lectrostatique
Lajustement entre les courbes thoriques et nos points exprimentaux marche assez
bien (cf. figure IV.22) si on ne prend pas en compte les points de mesure les plus proches du
paquet dADN o le courant dcrot trs rapidement (cf. figure IV.20 en c)). Le rsultat
178

intressant est que la distance de hopping dpend peu de la taille du systme. La distance de
hopping denviron 3nm est en accord avec la valeur trouve par Yoo et al [Yoo 2001]. Cela
correspond une distance de 10 paires de base sur lADN. Cette distance de saut est trs
importante. Nanmoins un transfert de charge sur de telles distances a t observ en solution
[Giese 2001] (cf. chapitre I). Mais dans ce cas le transfert de charge entre les bases G
(Guanine) se fait par des sauts intermdiaires par les bases A (Adnine). Par consquent le
modle que lon a utilis doit tre raffin pour dduire une valeur de saut plus raliste dans
lhypothse o on a bien un mcanisme de conduction par saut.
III.5.4. Conclusion sur les diffrents modles
Parmi les modles prsents ci-dessus, le modle tunnel semble sappliquer lorsque la
distance au paquet dADN est infrieure 250nm environ, bien quil ne soit pas
physiquement acceptable vu la faible dpendance du courant avec la distance.
Pour les distances plus importantes, on peut rendre compte plus ou moins bien des
rsultats laide dun modle de conduction par saut, et laide dun modle de conduction
de type ohmique. Le premier modle de conduction donne une distance de saut indpendante
de la taille du systme.
Le modle de type ohmique donne une conductivit volumique de lADN de 3.10-

7
(cm)-1. Les mesures sont faites lair et temprature ambiante. Les mesures prliminaires
montre que le courant diminue sous une atmosphre dazote sec. On peut interprter cette
diminution par une dshydratation de la corde dADN et du paquet dADN, suggrant un
mcanisme de conduction de type ionique. La conductivit mesure est en accord avec celle
quon pourrait mesurer dans des solutions salines. On peut galement interprter cette
diminution par un changement de forme de lADN sous leffet de la dshydratation qui
passerait de conducteur (ce serait la forme B) isolant (ce serait la forme A).
179

La rsistance est value partir du niveau de courant atteint

pour une tension applique suprieure la tension de seuil.
14
10
Resistance ()
13
10
12
10
100 1000
Distance (nm)
Figure IV.17 : Rsistance en fonction de la distance pour des mesures effectues sur trois type
dchantillons diffrents : les symboles pleins correspondent une surface de polystyrne et
une lectrode en pentacne. La taille des cordes est denviron 1000 brins. Les symboles creux
correspondent une surface termine amine avec une lectrode en or ({,V,,) et en
pentacne (Y,U). La taille des cordes va de quelques brins 1000 environ.
Polystyrne
1000 brins
10000 500 brins
1000 brins
200 brins
Intensit (fA)
220 brins
300 brins
1000
100
0 500 1000 1500 2000

distance (nm)
Figure IV.18 : Mesure de courant en fonction de la distance. Les mesures sont effectues sur
une surface de polystyrne. On distingue deux rgimes de dcroissance exponentielle (traits en
pointills fin et gras). Les valeurs du coefficient dattnuation sont donnes pour toutes nos
mesures sur la figure IV.19.
180

surfaces :
-NH2 (pentacne) : 5, 30, 50 et 2000brins
-NH2 (Or) : 10 300 brins
PS (d>250nm) : 200 1000 brins
0,1 PS (d<250nm) : 200 1000 brins
Valeur [Cai 2000] -CH3 : 10000 brins
=0.015nm-1
-1
0,01
en nm
N~1 10 brins
1E-3
1E-4
1 10 100 1000 10000
N
Figure IV.19 : Dpendance du coefficient dattnuation en fonction de la taille du nombre de brins dans la
corde dADN. Le type de surface et la nature du contact lectrique sont indiqus sur la figure. La valeur de Cai
et al. [Cai 2000] est en accord avec nos mesures pour N<1000 brins et si on ne prend en compte que les valeurs
pour une distance au paquet dADN infrieure 250nm (cas des mesures sur la surface polystyrne). Cependant
la valeur de est au moins deux ordres de grandeur en dessous des valeurs de obtenu par les expriences de
transfert de charge en solution.
a)
14
1.0x10
~220 DNA b) c)
13
~300 DNA
8.0x10 ~350 DNA pentacne
300 1000 brins
~600 DNA 9V appliqu /
Resistance ()
~1000 DNA Vitesse de la pointe : 2m/s

13
6.0x10
13
4.0x10
13 1.3m 1.3m
2.0x10
Topographie Courant
Polystyrne
0.0
0 500 1000 1500 2000
Distance (nm)
Figure IV.20 : Dpendance de la rsistance en fonction de la distance. On a une relation de type

ohmique : R d. Les mesures reprsentes en a) sont faites sur une surface de polystyrne avec des
cordes dont la taille va de 220 1000 molcules dADN. La zone de mesure est reprsente en
microscopie optique et en AFM conducteur (en b) et c)).
181

10000
Surfaces :
RL en [G /nm] C18
NH2 (Or)
1000 NH2 (pentacne)
PS
100
10
1
1 10 100 1000 10000
Nombre de brins d'ADN
Figure IV.21 : Rsistance linique des cordes dADN en fonction du nombre de molcules dADN
dans la corde pour diffrentes surfaces.
6
~220 DNA
14
10 ~300 DNA
Hopping distance (nm)
~350 DNA
~600 DNA 4
Resistance ()
~1000 DNA
13
10 2
0
0.0 2.0x10
-3
4.0x10
-3 200 400 600 800 1000
-1 Number of DNA molecules

1/distance (nm )
Figure IV.22 : Ajustement de nos rsultats exprimentaux avec le modle de conduction par saut. La valeur
du paramtre de conduction par saut ainsi que la barre derreur sont dduites de lalgorithme dajustement.
Les symboles correspondent ceux des figures IV.20 et IV.17.
182

IV. EFM
Les mesures par EFM permettent de sonder les proprits lectrostatiques dun objet
pos sur la surface. On dtecte le dcalage en frquence phase constante induit par le
gradient de force du champ lectrostatique (cf. chapitre II). En particulier, un objet isolant
donnera trs peu de signal en EFM. En revanche on ne peut pas affirmer quun objet est
conducteur. Cette mesure ne fait pas la diffrence entre un objet ayant une forte constante
dilectrique et un conducteur.
Topographie Frquence
A lair
0mn
a) b)
1m0.5m
N2
55mn
3 sous N2
dcalage en frquence en Hz
c)
2
1
0 l'air
g) -1
-2
sous N2
-3
N2
-4
1h43mn
-5
l'air d)
-6 l'air
0 100 700 800
temps en minutes
ADN
SiO2 A lair
h) 2h15mn
Si e)
Figure IV.23 : Variation du dcalage en frquence

sur lADN en fonction du temps dexposition sous
une atmosphre dazote sec puis remise lair (de
A lair
b) f)). La mesure est faite sur deux molcules
dADN (en topographie en a)) La tension applique 12h30mn
entre la pointe et lchantillon est de 5V. On f)
rappelle en h) le dispositif exprimental. LADN est
dpos sur une plaquette de silicium avec un oxyde
pais de 300nm. La tension est applique entre la
face arrire de lchantillon et la pointe.
183

Les mesures successives effectues sous azote et lair sont donnes sur la figure
IV.20 de b) f). LADN est dpos sur une surface termine mthyle. On constate la
disparition du signal EFM sous latmosphre dazote sec. La hauteur des deux cordes est de
3nm en topographie. Cette hauteur ne varie pas que lon image lair ou sous azote. On doit
avoir moins de 10 molcules dADN dans chacune des cordes sachant que sur une surface
termine mthyle la hauteur de lADN est de 1nm (cf. chapitre III).
La perte du signal sous une atmosphre sche dazote peut sexpliquer de deux
manires. Premirement, lADN contient une certaine quantit deau qui sen va en partie
lorsque lchantillon est expos latmosphre dazote sec. Comme leau a une forte
constante dilectrique, on peut sattendre une forte diminution du dcalage en frquence.
Lautre explication est un changement structurel de lADN qui passerait de conducteur
isolant. Il est connu que lADN dshydrat adopte prfrentiellement la forme A (dans
lhypothse o la forme B est conductrice et la forme A moins hydrate est isolante). La
deuxime hypothse est peu probable car nous avons estim daprs des simulations (cf.
chapitre II) quun objet conducteur doit donner un dcalage en frquence de 3Hz pour 1V
appliqu avec une pointe distante denviron 100nm du substrat. Pour nos expriences, la
tension applique est de 5V. Comme la force entre la pointe et le substrat varie en V2, on doit
donc diviser par 25 (=55) le dcalage en frquence mesur pour pouvoir le comparer la
simulation 1V.
On mesure un dcalage en frquence de 8Hz au maximum (cf. figure IV.23). On a

donc en divisant par 25, un dcalage de 0.3Hz. On est loin de 3Hz attendu pour un objet
conducteur. Mme si la simulation ne correspond pas exactement notre exprience, on ne
pourrait pas expliquer le facteur 10 (entre 0.3Hz et 3Hz) entre les mesures et les simulations.
Par consquent, lexplication de la perte de signal en EFM de lADN est une
dshydratation de la molcule.
V. Fibres dADN
Nous avons effectues quelques mesures prliminaires sur des fibres dADN dposes
sur des lectrodes ou suspendues entre deux pointes. On atteint de manire reproductible des
courants de lordre de 0.1nA pour 1V. Le courant disparat lorsquon met la fibre sous vide,
suggrant une conduction par le solvant qui entoure lADN.
Les fibres se prparent en laissant scher une goutte de solution dADN concentr
(0.25g/ml). Lorsque la consistance de la goutte ressemble un gel, on peut fabriquer une fibre
en trempant un objet (par exemple une pointe de micro manipulateur) dans la solution et en
lenlevant doucement. Une fibre se forme ainsi entre la goutte dADN et la pointe. Cette fibre
peut tre pose entre des lectrodes (cf. figure IV.24). On peut galement former une fibre
suspendue directement entre deux pointes conductrices (pour les mesures lectriques) en les
trempant dans la solution dADN. On pige alors une micro goutte entre les deux pointes. Il
suffit alors de les loigner pour former une fibre suspendue. Les fibres suspendues sont plus
irrgulires que celles quon obtient par traction dune pointe partir dune goutte dADN
184

concentr (cf. figure IV.24). Nanmoins les caractristiques courant tension sont plus linaires
pour les fibres suspendues (cf. figure IV.25).
Les mesures de courant sur des fibres dposes sur une surface donne une forte
hystrsis. Le courant est le plus important lorsque la tension augmente ou diminue partir de
zro. On peut observer une bosse en positif et en ngatif. En revanche lintensit aprs la
bosse reste faible. On peut attribuer ce comportement une saturation de la surface des
lectrodes par des contre ions qui crantent le champ lectrostatique et bloque la conduction.
Comme lespace entre les lectrodes est plus grand que la taille des molcules, la conduction
par lADN est dfavorise.
On notera que les mesures faites aprs quelques heures sont plus reproductibles et
donnent plus de courant que celles faites immdiatement aprs le dpt de la fibre (cf. figure
IV.24). Lexplication de ce comportement est certainement une relaxation des contraintes
imposes la fibre juste aprs le dpt. La conductivit que lon peut dduire de ces mesures
est de lordre de 10-5 (cm)-1.
Pour les fibres suspendues on a un comportement ohmique sur une zone rduite de
tension : entre -1V et 1V. La figure IV.24 donne les rsultats obtenues sur une fibre denviron
50m de long. Il est difficile destimer le diamtre de la fibre (environ 1m).
On peut dduire de la partie linaire de la caractristique une conductivit volumique

de lordre de 10-5 (cm)-1. Cette valeur de conductivit est 30 fois suprieure aux mesures
prsentes prcdemment sur des cordes dADN en AFM conducteur (cf. paragraphe III.5.2.).
Elle est en accord avec la valeur de conductivit volumique observ par Nakayama
[Nakayama 2001] (cf. chapitre I) lorsque les molcules dADN sont trop petites pour ponter
les lectrodes.
Dans les deux types dexprience ADN pos sur une surface et ADN suspendu, le
courant disparat si on dshydrate la fibre (humidit relative faible ou avec un flux dazote
sec).
185

a) b)
Mesure juste Mesure aprs
aprs le dpt quelques heures
4,00E-011
6,00E-010
3,00E-011
4,00E-010
Intensit en A
Intensit en A
2,00E-011 2,00E-010
1,00E-011 0,00E+000
-2,00E-010
0,00E+000
-4,00E-010
-1,00E-011
-6,00E-010
-2,00E-011
-12 -10 -8 -6 -4 -2 0 2 4 6 8 10 12 -12 -10 -8 -6 -4 -2 0 2 4 6 8 10 12
Tension en V Tension en V
d)
c)
Fibre de 60m de long et de ADN

diamtre de lordre de 1m
Figure IV.24 : Mesure sur une fibre dADN dpose entre deux lectrodes en platine. La mesure est rpte
plusieurs fois. On a fait deux sries de mesures juste aprs le dpt et le lendemain. Les mesures sont plus
reproductibles pour la deuxime srie. En c) une vue au microscope optique de la fibre et des lectrodes. La
mthode de fabrication de la fibre et le dpt sur llectrode est schmatise en d).
Fibre dADN 1,50E-010
suspendue de
1,00E-010
5,00E-011
Intensit en A
50m de long et
0,00E+000
1,50E-009 -5,00E-011
environ 1m de -1,00E-010
-1,50E-010
1,00E-009
diamtre -2,00E-010
-2,50E-010
Intensit en A
-1,0 -0,5 0,0 0,5 1,0

5,00E-010
Tension en V
0,00E+000
-5,00E-010
-1,00E-009
-1,50E-009
-10 -5 0 5 10
Tension en V
Figure IV.25 : Mesure sur une fibre dADN suspendue. La caractristique est linaire sur une
zone de tension rduite [-1 1V]. Image de la fibre a t obtenue au microscope optique.
186

VI. Conclusion
Nous avons prsent dans ce chapitre un certain nombre de tentatives de mesures

lectriques sur des molcules dADN.
Les mesures sur des lectrodes nont pas donn de rsultats. Nous navons pas mesur
de courant.
En revanche les mesures en AFM conducteur ont donn des rsultats plus intressants.
En particulier, nous avons observ des courants relativement importants (~nA) travers
lADN sur lequel on a vapor directement du pentacne. On trouve des conductivits
volumiques au moins gales 0.03 (cm)-1.
Lutilisation de mtal comme lor ou le platine vapor directement sur les molcules
na pas permis deffectuer de mesures de courant. LADN est certainement endommag dans
ce cas.
Lutilisation dun paquet dADN qui relie llectrode et la corde dADN nous a permis
de faire des mesures lectriques plus systmatiques. Ltude de la conductivit en fonction du
nombre de molcules dans la corde dADN et de la distance nous a permis de tester diffrents
modles.
Le modle tunnel donne une dpendance trop lente en fonction de la distance. Le
coefficient dattnuation a une valeur qui nest pas physiquement acceptable.
Le modle de conduction par saut (ou hopping), rend assez bien compte de la
dpendance du courant en fonction de la distance et donne une distance de saut indpendante
du nombre de molcules dans la corde dADN. Cette distance est de 3nm environ en accord
avec celles dduites des expriences de Yoo [Yoo 2001]. Cette distance de saut correspond
environ 10 paires de bases. Une valeur plus raliste du paramtre de saut pourrait tre dduite
en utilisant un modle plus raliste qui tiendrait compte des diffrents mcanismes de transfert
de charge dans lADN (transfert par le biais des bases Adnine).
Le modle de conduction ohmique est le plus simple et rend peu prs compte des
rsultats exprimentaux au niveau de la dpendance en fonction de la distance et du nombre
de molcules dans la corde dADN. On a pu dduire une conductivit volumique de lordre de
3.10-7 (cm)-1. Nanmoins, les caractristiques courant tension sont fortement non linaires
en dsaccord avec la loi dOhm. On peut expliquer ce dsaccord par des problmes de
contact entre lADN et llectrode ou la pointe de lAFM.
Toutes nos mesures ont t effectues lair et temprature ambiante. Les quelques
mesures sous atmosphre dazote sec nont pas donn de courant. Deux interprtations
peuvent rendre compte de cette observation. 1 : La conduction est de type ionique. Les
conductivits mesures sont compatibles avec celles de solutions salines 2 : lADN sous
leffet de la dshydratation peut passer de la forme B A. Cette transformation peut entraner
a priori un changement des proprits de conduction de lADN.
Les mesures en EFM sur de lADN dpos sur une surface mthyle ont mis en
vidence la dshydratation de lADN sous flux dazote. Le signal EFM que lon mesure nest
pas compatible avec une molcule conductrice.
187

Les mesures sur des fibres dADN donne une conductivit volumique de lordre de 10-
5
(cm)-1. Les fibres suspendues donnent les meilleurs rsultats. On a des caractristiques
courant tension quasi linaires sur une faible gamme de tension (entre -1V et 1V).
La conductivit chute brutalement lorsquon fait la mesure sous vide ou sous une
atmosphre dazote sec suggrant une conduction de type ionique dans la fibre. On trouve une
conductivit environ 30 fois suprieure celle obtenue sur les cordes dADN dposes sur
une surface.
Nos rsultats sur les fibres demandent tre complts. En effet il est tonnant que les
fibres suspendues donnent des rsultats diffrents des fibres dposes sur une surface surtout
dans lhypothse dune conduction de type ionique.
Enfin, les mesures sur les surfaces termines amine nont pas donn de rsultats aussi
intressants que ceux obtenus par Kasumov [Kasumov 2002] avec de la pentylamine. Pourtant
la structure chimique de cette molcule est assez semblable celle du silane que lon a utilis.
Linterprtation donne par Kasumov repose sur le caractre hydrophobe de la surface qui
limite les interactions avec lADN. Si cette interprtation est la bonne, cela devrait aussi tre
le cas pour nos surfaces hydrophobes. Malheureusement nous navons pas russi de mesures
sur ces surfaces car lADN est systmatiquement surtir pendant le dpt.
188

Conclusion gnrale
Conclusion gnrale
Dpt dADN :
Nous avons caractris le dpt dADN avec la technique de la goutte quon laisse
incuber un certain temps sur lchantillon et quon enlve du substrat au bout de quelques
minutes. Cette mthode permet davoir des cordes dADN comportant trs peu de molcules
tires sur la surface. Cette technique surtire systmatiquement lADN sauf sur la surface
termine amine. Ltude de la densit dADN dpos en fonction du pH nous permet de
proposer un modle simple de la dynamique du dpt. On distingue la surface termine amine
des surfaces hydrophobes. Pour les surfaces termines amine, linteraction est dorigine
lectrostatique entre lADN charg ngativement et la surface charge positivement. Pour les
surfaces hydrophobes la rpulsion lectrostatique entre lADN et sa charge image limite le
dpt dADN. En revanche, la fixation de lADN sur la surface se fait certainement par des
interactions de type hydrophobe. LADN sur ces surfaces se fixe en quelques points. On peut
sattendre une dformation importante de la molcule en ces points (ouverture locale de la
double hlice, ). Les images AFM ne permettent pas de distinguer ce genre de structures.
Nous navons russi aucune mesure lectrique sur lADN dpos avec cette mthode.
La mthode de dpt o on se contente de laisser scher une goutte de solution dADN

sur le substrat permet de dposer des cordes dADN de toutes les tailles sur la surface. La
taille des structures dpend galement de la teneur en sels dans la solution. Plus il y a de sels,
et plus les cordes dADN sont de petites tailles (peu de molcules dans la corde). Nos mesures
lectriques ont t ralises sur les chantillons prpars avec cette technique de dpt.
Nous avons partir de toutes nos images AFM mesur la hauteur des molcules. Nous
avons pu estimer la hauteur dune seule molcule dADN sur diffrentes surfaces. On est
systmatiquement en dessous des 2nm attendus. Nanmoins, nous avons constat que cest
sur la surface termine mthyle (hydrophobe et peu ractive) que la hauteur est la plus
importante. Malheureusement, lADN sur cette surface est tir jusqu deux fois sa longueur
(30m au lieu de 16m). Cela peut expliquer cette faible hauteur. De plus, il est tonnant de
ne mesurer que 0.5nm de hauteur pour lADN dpos sur une surface termine amine. En
effet rcemment une hauteur de 2.4nm a t mesure sur lADN lorsque lchantillon (surface
de mica) est trait au pralable avec de la pentylamine en phase plasma [Kasumov 2002]. Or
cette molcule est assez proche chimiquement du silane amine utilis pour traiter nos
surfaces. Les surfaces traites avec de la pentylamine sont plus hydrophobes que nos surfaces
termines amine. Lhydrophobicit de la surface semble un paramtre important du dpt
dADN.
Mesures lectriques :
Nous avons obtenu dans ce travail des conductivits de lADN sur plusieurs ordres de
grandeur. Nos mesures avec le plus de courant donne une conductivit quatre ordres de
grandeur en dessous de celles de Fink [Fink 1999] et cinq ardre de grandeur en dessous de
celle de Kasumov [Kasumov 2001]. Malheureusement ces mesures sont trs peu
reproductibles. Nous avons effectues trs peu au cours de la thse. Le dpt de llectrode
sur lADN endommage gnralement les molcules qui deviennent isolantes.
Nous avons amlior le contact lectrique en utilisant comme intermdiaire entre
lADN et llectrode vapore un paquet dADN. Ce genre de structures sont obtenues
facilement lorsquon laisse scher une goutte de solution dADN sur le substrat. Toute une
189
Conclusion gnrale
srie de mesures sur des cordes dADN en fonction de la distance au paquet dADN et du
nombre de molcules dADN dans la corde ont t ralises. Les rsultats sont indpendants
du traitement de surface.
On a test diffrents modles de la littrature. Le modle de conduction tunnel est
assez bien vrifi pour les faibles distances au paquet dADN (d<250nm). Cependant le
coefficient dattnuation que lon trouve nest pas physiquement accptable. Il est au moins
deux ordres de grandeur en-dessous de ceux dduits des expriences de transfert de charge en
solution. De plus ce facteur dattnuation diminue avec la taille de la corde dADN. Cette
dpendance nest pas cohrente avec un modle de conduction de type tunnel. Le modle de
conduction par saut utilis par Yoo [Yoo 2001] donne un assez bon accord avec nos rsultats
exprimentaux. Le modle ohmique est galement assez bien vrifi. De plus on vrifie
exprimentalement la dpendance linaire en fonction de la taille de la corde (i.e. en fonction
du nombre de brins dADN dans la molcule), ainsi quune dpendance inversement
proportionnelle en fonction de la distance. On dduit une conductivit volumique trs faible
de lordre de 10-7(cm)-1.
Les mesures faites sous atmosphre dazote sec ne donne pas de courant. Deux
mcanismes sont possibles pour expliquer ce rsultat. Soit on a de la conduction de type
ionique. Dans ce cas la conductivit mesure est compatible avec ce quon peut observer dans
des solution salines. Soit la dshydratation provoque un changement structurel de lADN
dune forme conductrice isolante.
Parmi nos mesures, celles faites sur le paquet dADN sont les plus reproductibles. En
effet on retrouve sur toutes les courbes les mmes caractristiques. Ces courbes sont assez
complexes et il est difficile de les interprter.
Les mesures de courant sur les fibres dADN donne des conductivits volumiques de
lordre de 10-5(cm)-1 en accord avec les valeurs mesures par Nakayama [Nakayama 2001]
dans le cas o les molcules dADN ne pontent pas les lectrodes.
Perspectives :
Il nous faut raliser les mmes expriences en faisant varier la temprature. En effet
ces mesures vont nous permettre de valider ou de rejeter diffrents modles de conduction.
Le problme de la hauteur de lADN mesur lAFM mrite attention. Nous allons
raliser des dpts dADN avec un traitement pralable avec de la pentylamine et vrifier si la
hauteur mesure est en accord avec les mesures de Kasumov [Kasumov 2002]. Ce travail a
dj dbut.
Dans un deuxime temps on pourra mesurer les proprits de conduction de ces
molcules.
Nous pouvons galement envisager dautres traitements de surface comme
limplatation dspces charges dans le substrat. Cette technique est utilise en
microlectronique pour doper localement les substrats.
Il serait galement trs intressant de pouvoir faire des mesures de courant en
microscopie champ proche mais avec un dispositif o la pointe oscille latralement. En effet
dans ce cas on contrle mieux la distance de la pointe la surface.
Enfin, on peut esprer que par lutilisation de cations multivalents (spermine,
spermidine,) on pourra former des structures plus organises et plus stables sur la surface
quavec des cations monovalents. On peut sattendre de meilleures proprits de conduction
sur ces molcules.
On peut galement envisager de raliser des mesures sur des cordes dADN
suspendues entre des lectrodes de tailles micromtriques.
190
Annexe A
Annexe A : AFM aspect thorique

Cette annexe reprend en dtail la thorie sur linteraction entre une pointe et une
surface. Elle complte la prsentation du chapitre II sur lAFM.
On prsente tout dabord quelques rsultats sur les oscillateurs harmoniques. On
gnralise au cas dune pointe oscillant dans un champ de force. On prsente le cas purement
attractif, puis rpulsif, puis on prsente le cas gnral dj prsent dans le chapitre II. On
dveloppe plus en dtail certain calcul comme lquation qui donne lnergie dissipe par
priode en fonction de la phase et de lamplitude.
I. Oscillateur harmonique amorti

I.1. Rgime sinusodal forc
On tudie un oscillateur harmonique amorti de frquence propre 0 et de facteur de

qualit Q >100 soumis une force extrieure sinusodale. Les quations sont indiques ci-
aprs. Elles sont normalises par rapport 0 et A0 (cf. 2 dernires quations). Dans le cas
dun oscillateur parfait, lamplitude la rsonance tend vers linfini. Ce sont les forces
dissipatives qui limitent lamplitude une valeur borne la rsonance. Cette valeur dpend
directement de Q (1/Q reprsente la proportion dnergie perdue par priode).
d 2 x 0 dx f
+ 0 x = cos(t )
2
2
+ (A.01)
dt Q dt m
A0
x= exp( jt )
( )
Q 1 u 2 + ju
(A.02)
1 (A.03)
a=
(
Q2 1 u 2 + u 2)
2
u
= arctan
Q u 2
( 1 ) (A.04)
A()
a = A : Amplitude rduite
0
A = fQ : Maximum de l' amplitude
0 2
avec m0 la rsonance
k = m : Raideur du levier
2
0
u =
: Frquence rduite
0
191

Annexe A
0
1,0
-20
0,8 -40
-60
0,6
-80
-100
a
0,4

-120
0,2 -140
-160
0,0
-180
0,990 0,992 0,994 0,996 0,998 1,000 1,002 1,004 1,006 1,008 1,010 0,990 0,992 0,994 0,996 0,998 1,000 1,002 1,004 1,006 1,008 1,010
u u
Figure A.01 : Lamplitude doscillation normalise 1 et la phase sont reprsentes en fonction
de la frquence rduite. Le facteur de qualit Q=400.
Gradient de force positif. Gradient de force ngatif.
1,0
0,8
Le maximum de la courbe de
0,6 rsonance nest pas modifi
par le gradient de force.
a
0,4
0,2
0,0
0,990 0,992 0,994 0,996 0,998 1,000 1,002 1,004 1,006 1,008 1,010
u
Figure A.02 : Le gradient de force a pour unique effet de dcaler lensemble de la courbe de
rsonance et de phase sans les modifier : vers les basses (hautes) frquences pour un gradient positif
(ngatif). Le maximum de lamplitude nest pas modifi. Cette proprit est remarquable.
192

Annexe A
I.2. Effet dun gradient de force
Le gradient de force a pour effet de provoquer un dcalage en frquence de la

rsonance. Cet effet se voit immdiatement sur les quations. La modification de la frquence
de rsonance correspond assouplir ou raidir davantage le ressort.
d 2 x 0 dx f 1 F
+ 0 x = cos(t ) + F0 + x + ... (A.05)
2
+
dt 2
Q dt m m x
d 2 x 0 dx 2 1 F f F
+ + 0 x = cos(t ) + 0 + ... (A.06)
dt 2
Q dt m x m m
d 2 x 1 dx f F
+ 1 x cos(t ) + 0
2
2
+ (A.07)
dt Q' dt m m
On obtient en modifiant lgrement les quations un nouveau facteur de qualit Q

quasiment gal Q, et une nouvelle frquence propre 1. La constante F0 a uniquement pour
effet de dcaler la position centrale de x. Comme la valeur du facteur de qualit est peu
modifie, leffet du gradient de force se ramne un dcalage en frquence de lensemble de
la courbe de rsonance (cf. figure).
I.3. Effet de forces dissipatives
On prsente ici les consquences dune force dissipative supplmentaire de type

visqueux (dernier terme de lquation ci-dessous) proportionnelle la vitesse. Ce nouveau
terme entrane une diminution du facteur de qualit.
d 2 x 0 dx f dx
+ + 0
2
x = cos ( t ) (A.08)
dt 2 Q dt m dt
d 2 x 0 dx f
dt 2 + Q' dt + 0 x = m cos(t )
2 (A.09)

Q
Q' = Q
(A.10)
1+
0
193

Annexe A
1,0
Q=400
0,8
0,6
a
0,4
Q=200
0,2
0,0
0,996 0,998 1,000 1,002 1,004
0
Q=400
u
-20
-40
-60 Q=200
-80
-100

-120
-140
-160
-180
0,996 0,998 1,000 1,002 1,004
u
Figure A.03 : Dformation de la courbe de rsonance sous laction dune
force dissipative. Cela se traduit par une diminution du facteur de qualit.
Equivalent
Piezo
x(t)
x(t)
Figure A.04 : Equivalence entre loscillateur harmonique amorti et lensemble cantilever et piezo
dexcitation.
194

Annexe A
II. Application au cas dun levier

II.1. Equivalence avec un oscillateur harmonique
Le cantilever soumis une excitation sinusodale peut tre modlis par un oscillateur
harmonique amorti en rgime sinusodal forc, de pulsation propre 0 et de facteur de qualit
Q de lordre de 100 1000 (cf. figure A.04).
Les forces dissipatives visqueuses reprsentent majoritairement le frottement de lair
sur le levier. En effet, sous vide, lorsque lnergie est dissipe dans le matriau du levier, le
facteur de qualit augment considrablement : Q 10000. Comme le facteur de qualit Q est
trs lev, la rponse de la pointe est celle dun filtre passe-bande trs slectif autour de 0.
La pointe nest donc sensible quaux excitations de pulsations proches de 0 , et quelque soit
la force excitatrice, la rponse de la pointe est une oscillation sinusodale proche de 0.
II.2. Effet dun champ de force

Nous allons tudier les dformations de la courbe de rsonance dans le cas dun
cantilever excit par une force sinusodale de pulsation proche de 0 et au contact dune
surface. Nous allons montrer que lon peut toujours se ramener aux deux cas prsents ci-
dessus : dcalage en frquence et/ou diminution du facteur de qualit.
II.2.1. Interaction pointe surface
La figure A.05 reprsente la force de contact en fonction de la distance la surface.

On observe un phnomne dhystrsis de la force lorsquon approche et on retire la pointe
(cf. figure A.05). Lasymtrie est la consquence soit de forces dadhsion, soit de forces de
type visqueux. La force dadhsion est due des effets surfaciques. En effet, on peut associer
toute surface une nergie (cf. partie sur les angles de contact). Le fait de mettre en contact
deux surfaces se caractrise par une diminution dnergie, dautant plus que les deux
matriaux sont identiques.
La force dadhsion sous vide dune pointe en silicium sur une surface de silicium est
de lordre de 1000nN (vide pointe surface ~1Nm-1). En prsence deau, il y a deux interfaces
(air/pointe et eau/pointe). Le liquide va se dplacer afin de minimiser lnergie. Cet effet se
caractrise de manire gnrale par une capture de la pointe par le liquide. La rsultante de la
force tend alors approcher le cantilever vers la surface. Les forces visqueuses ont pour
origine la dformation non lastique de la surface. En fait, la dformation de la surface
soppose au mouvement de la pointe. Tout phnomne dhystrsis se traduit par une perte
dnergie qui correspond ici laire entre la courbe dapproche et de retrait. Elle est de lordre
dune centaine deV par priode. Il y a un lien direct entre le phnomne dhystrsis et celui
de dissipation (i.e. diminution de Q).
Nous allons voir que leffet de toutes ces forces sur la pointe au cours de son
oscillation est en quelque sorte filtr par loscillateur. Les forces se ramnent de manire
quivalente une force lastique (assouplissement ou raidissement de la raideur du levier) et
une force visqueuse proportionnelle la vitesse.
195

Annexe A
15 b)
a)
FVan der Waals = HR 0.05nN (D = 3nm) (A.11)
10 6D 2
Force (nN)
(avec H = 20 20 J )
5
0
Fcontact = K R D1.5 100nN (A.12)
-5
(avec K 100GPa )
-0,5 0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0 Fcapillaire = 2R 110 nN (A.13)
Distance pointe surface (nm) (avec 0.1Nm ) 1
c) 15
Dissipation~100eV
10
par priode
Force (nN)
-5
-0,5 0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0
Figure A.05 : Allure typique en a) de la force entre la pointe et la surface. Linteraction pointe surface est
attractive longue distance (force de Van der Waals) et rpulsive lorsque lon touche la surface. Lordre de
grandeur des forces mises en jeu est indiqu en b). H est la constante de Hamaker, K est le module dYoung
rduit de la surface et de la pointe. La force de contact est obtenue partir du modle de Hertz. R est le rayon
de la pointe. En prsence dune fine pellicule deau (quelques nm dpaisseur), le mnisque peut capturer la
pointe en c). Cet effet rajoute une force capillaire prs de la surface. est lnergie de surface. La force de Van
der Waals est plus faible en prsence dune fine couche deau. Les courbes en pointills reprsente leffet
dhystrsis entre lapproche et le retrait de la pointe (cf. c)). Cette hystrsis a pour origine les forces de
frottements viscolastiques ainsi que la dformation plastique du substrat. Lnergie dissipe par priode
reprsente laire entre la courbe dapproche et de retrait. Elle est de lordre de 100eV par priode.
196

Annexe A
Distance pointe surface (nm) oscillation du levier

20
15
10
5
excitaion du levier
(unit arbitraire)
0
0 1 2 3 4 5 6
t (unit arbitraire)
25
Dcomposition de Fourier (nN)
0,4
ordre 1 cos()
ordre 1 sin()
20 0,2
avec dissipation
0,0
15 -0,2 ordre 0
Force (nN)
-0,4
0 1 2 3 4 5 6
10 t (unit arbitraire)
-5
-10
0 1 2 3 4 5 6
t (unit arbitraire)
Figure A.06 : La figure du dessus donne loscillation du piezo du cantilever (en pointill), ainsi que la
position de la pointe (trait plein). On voit le dphasage entre les deux. La courbe du bas reprsente la force
qui sexerce sur la pointe avec (pointill) et sans (trait plein) dissipation. La force ne sexerce que pendant
un temps trs court. Elle est en phase avec loscillation du cantilever. On reprsente galement la premire
harmonique et le terme constant de la dcomposition de Fourier de la force. Lharmonique dordre 1 en
sin() est nul quand il ny a pas de dissipation. On remarquera lasymtrie entre lapproche et le retrait
dans le cas de force dissipative. On remarquera que malgr la trs forte non linarit des forces de
contact, la pointe a toujours un mouvement sinusodal. Le levier nest pas sensible aux termes de la force
dordre suprieur
197

Annexe A
II.2.2. Expression du dcalage en frquence et de lamortissement
Pour calculer le dcalage en frquence et le nouveau facteur de qualit, on part des

deux quations (A.14) et (A.15). La premire est celle de loscillateur harmonique.
Lexpression de la force de contact pointe - surface est dcompose en srie de Fourier .
On se base ensuite sur le fait que la pointe nest sensible quaux forces ayant une
frquence proche de la frquence de rsonance (facteur de qualit trs lev). Dans
lexpression de la force de contact, la pointe ne sera donc sensible quaux termes du premier
ordre, seuls termes proches de la frquence de rsonance.
Comme la force est en phase avec loscillation de la pointe, on a la phase dans le
cosinus et le sinus. En dautres termes, on dcale lorigine des temps pour tre centr sur le
moment o la pointe touche la surface. On peut distinguer le cas dissipatif (F1>0) du cas non
dissipatif (F1=0).
d 2 x 0 dx f 1
2
+
2
+ 0 x = cos(t ) + Fpo int e surface (t ) (A.14)
dt Q dt m m
Fpo int e surface (t ) = F0 + F1 cos(t + ) + F'1 sin (t + )+ F2 cos(2t + 2) + F' 2 sin (2t + 2) + ...
ordre 0 ordre 1
F'1 = 0 (A.15)
SANS dissipation
F1 F0

AVEC dissipation F0 F1

F'1 > 0
On peut dvelopper x(t) en srie de Fourier et ne garder que le terme dordre 0 et 1

(A.16) et (A.17). En effet, les termes dordre suprieur sont ngligeables puisquils ont une
frquence en dehors de la bande passante. Le mouvement de la pointe est sinusodal. Cela
permet de rcrire la force en fonction de x et de sa drive.
x ( t ) = x 0 + x1 cos(t + )+ x 2 cos(2t + 2) + ....

ordre 0 ordre 1
(A.16)
x 2 , x 3 ,... << x1 (car Q ~ 100)
1 dx
Fpo int e surface (t ) F0 + F1 x x 0 + F'1 + termes d' ordre sup rieur (A.17)
x1 x1 dt
198

Annexe A
En identifiant les termes constants et les termes dordre 1 dans lquation de

loscillateur on arrive au rsultat principal. On retrouve lquation dun oscillateur
harmonique mais avec une nouvelle frquence propre et un nouveau facteur de qualit (A.18).
Le dcalage en frquence dpend uniquement du coefficient F1, et lamortissement (i.e.
diminution de Q) dpend uniquement de F1 (A.19). Par consquent, dans le cas non
dissipatif, on a uniquement un dcalage en frquence. Lamplitude maximale (cf. tude de
loscillateur harmonique) qui dpend de f, Q, m et 1 0 reste inchange. La forme de la
courbe est galement conserve. En revanche dans le cas dissipatif, on a la fois un dcalage
en frquence et un tassement de la courbe, puisque Q diminue.
d 2 x 0 dx f F0 F1 x x 0 F'1 1 dx
+ +
2
x = cos ( t ) + + + (A.18)
m m x 1
0
dt 2 Q dt m m
1x dt
0 F'1 F f F
(x x 0 ) + + (x x 0 ) + 0 2 1 (x x 0 ) = cos(t ) + 0 0 2 x 0
Q mx 1 mx 1 m m
Nouveau facteur Nouvelle (A.19)

de qualit pulsation
F1 1 0 F (A.21)
1 = 0 2m x ; u = = 1
2kx 1
0 1 0
d 2 x 1 dx f
+ + 1 x = cos(t ) Q 1
2
2 0 Q
dt Q' dt m Q' =
F'1 Q F'1 Q (A.22)
1 + 1 +
(A.20) m 0 x 1 m 0 x 1
Lorsquon identifie le terme constant dans lquation de loscillateur, on trouve

lexpression ci-dessous. On en dduit une estimation de x0 (flexion moyenne de la pointe) et
F0 (force moyenne exerce sur la pointe).
2
F0 = m 0 x 0 (A.23)
x1 1
x 0 ( puisque F 1 F0 et u ) (A.24)
Q Q

k
F0 x << kx1 (A.25)
Q mod e contact
(~10 nN )
mod e tapping
(~10 pN )
199

Annexe A
On peut constater que x0 et F0 dans les quations (A.24) et (A.25) sont diviss par le
facteur de qualit par rapport au mode contact. Le mode tapping est donc moins agressif
pour la surface. La force moyenne exerce sur la surface est plutt de lordre de la dizaine de
pN au lieu de quelques nN en mode contact.
II.2.3. Dpendance en amplitude du dcalage en frquence
Dans le cas o la pointe frle la surface, la force est concentre pendant un instant trs
court. Dans cette limite, on peut estimer le coefficient F1. Dans lintgrale ci-dessous (A.26),
cest la force F() qui varie le plus rapidement.
2T
cos(t ) F(A cos(t ) + D )dt
T 0
F1 =
2 1 + u2 u = t
( ( )) du
T 1
1 + O u 2
F A 1 + + D avec
cos(t ) 1 + u 2
2 2

La fonction f () var ie
plus rapidement que cos( t )
(A.26)
1
F(D A + v )dv avec v = A u
2
2
A Cette fonction n ' a
2 de valeur apprciable
qu ' autour de v = 0
1
F1 G (D A )
A
2
Finalement on a lexpression du dcalage relatif en frquence dans le cas o la pointe

est proche de la surface (A.27). Cette formule est trs diffrente du cas o lamplitude
doscillation est trs faible et/ou loin de la surface (A.28). On constate que lexpression du
dcalage dpend peu de lexpression exacte des diffrentes forces. Les rsultats qualitatifs
sont conservs. Seul compte lallure des courbes de force (cas attractif rpulsif, ordre de
grandeur des forces, position du minimum,).
1 Pr s de la surface (< 10nm)

(A.27) u G (D A )
D A : altitude min imale de la po int e
3
kA 2 2
1 dF
(A.28) u Loin de la surface ou amplitude faible
2k dx x D
200

Annexe A
II.3. Cas rpulsif
Avant de traiter le cas plus gnral de linteraction prsentant une composante

attractive longue distance et une composante rpulsive courte distance, nous allons tudier
le cas de la rpulsion pure. Lallure de la force pointe surface en fonction de la distance est
donne sur la figure A.07. Nous traiterons galement linfluence des phnomnes de
dissipation. Nous tudierons la stabilit des diffrents tats de loscillateur.
II.3.1. Construction des courbes de rsonance
Dans le cas dune force purement rpulsive, on peut construire point par point comme
indiqu ci-dessus la nouvelle courbe de rsonance.
Pour construire la courbe de rsonance en prsence de la force rpulsive, on se fixe
une amplitude doscillation. On peut calculer avec les formules () et () le dcalage en
frquence et le nouveau facteur de qualit. On peut donc tracer la courbe de rsonance dcale
et amortie. Comme on travaille amplitude constante on en dduit immdiatement (cf. figure
A.08) la nouvelle frquence et la nouvelle phase.
Dans la cas dissipatif (en pointill sur la figure A.08), on peut constater un
changement important de phase.
II.3.2. Stabilit des diffrents tats de loscillateur
La courbe de rsonance est fortement dforme dans le cas rpulsif (cf. figure A.09).
On constate droite de la rsonance (u>1) que plusieurs tats de loscillateur sont possibles
pour une mme frquence de travail. Parmi les 3 tats possibles, celui du milieu (cf. figure)
est instable. On vitera au maximum de travailler ces valeurs de la frquence. En effet la
possibilit de plusieurs tats est lorigine dinstabilit dans limage qui se caractrise par un
saut de phase et damplitude.
Pour montrer linstabilit de ltat intermdiaire (cf. figure A.09), on peut diminuer ou
augmenter lamplitude doscillation. La figure A.09 illustre le raisonnement dans le cas o
lamplitude diminue. Dans ce cas, le dcalage en frquence est moins important. Cela
implique une diminution supplmentaire de lamplitude et ainsi de suite jusqu atteindre
ltat du bas. Le raisonnement lorsque lamplitude augmente.
201

Annexe A
II.3.3. Courbe dapproche retrait
On peut dduire des courbes de rsonance les courbes dapproche-retrait en mode

tapping (cf. figure A.10). La courbe est obtenue frquence constante. Les cas dissipatif et
non dissipatif donnent peu prs la mme courbe en amplitude. En revanche la valeur de la
phase diminue fortement en prsence de dissipation. On notera que la phase est toujours
suprieure 90. En dautres termes, la pointe est en phase plus ou moins quelques degrs
avec lexcitation du piezo. Le fait que la phase soit au-dessus de 90 est une signature de
force rpulsive entre la pointe et la surface. Lorsque la dissipation devient trs importante, la
phase tend vers 90. Ce phnomne peut sobserver sur lvolution de la phase en fonction de
u. La courbe se rapproche de 90 lorsque la dissipation augmente. En choisissant une
frquence de travail au dessus de la frquence de rsonance (u>1), on pourrait mettre en
vidence une hystrsis entre lapproche et le retrait de la pointe. Cet effet nest pas prsent
car on ne se place jamais dans ces conditions pour imager.
Afin de clore cette section, on notera que les courbes dapproche retrait en ne tenant
compte que des forces rpulsives fournissent dj un certain nombre dinformations. sur
limportance de la dissipation et sur le caractre rpulsif dominant (>-90) ou attractif (>-
90, cf. section suivante).
50
45
40
35
Force (nN)
30
25
20
15
10
5
0
-5
-0,4 -0,2 0,0 0,2 0,4 0,6 0,8 1,0
distance pointe surface (nm)

Figure A.07 : Allure typique de la force rpulsive pure. On modlise la force
par le modle de Hertz. La force dinteraction est de lordre de la dizaine de
nN pour un dplacement dune fraction de nm. F1<0 entranant un dcalage
de la courbe de rsonance vers les hautes frquences. Lors du contact se
rajoute des forces viscolastiques qui sopposent au mouvement de la pointe.
202

Annexe A
1,0
0,9
0,8
0,7
1,0
Construction de la nouvelle
0,9 courbe de rsonance point
a
0,6
0,8 par point.
0,7
0,5
1. Choisir une amplitude.
a
0,6
0,5
0,4
2. Calculer les coefficients
0,4 F1 et F1 partir de
0,3
0,998 1,000 1,002 1,004
u lexpression de la force.
0,3 3. Calculer u et Q et
0,998 1,000 1,002 1,004
tracer la courbe de
0
u rsonance dcale et
amortie (cf. insert).
-20
4. Comme on sest fixe
lamplitude, on en dduit
-40 la nouvelle frquence.
5. Connaissant u, on en
-60
dduit la phase.
-80
0
-100 -20

-40
-60
-120 -80
-100

-140 -120
-140
-160
-160 -180
0,998 1,000 1,002 1,004
-180
u
0,998 1,000 1,002 1,004
u
Figure A.08 : Dformation de la courbe de rsonance dans le cas rpulsif. Pour simplifier, le
contact intermittent avec la surface borne lamplitude doscillation (la surface est indique en
pointille). Le levier ragit cette force par un dcalage en frquence de la courbe de rsonance et
de la courbe de phase. La force de contact augmente avec le dcalage en frquence. Le cas
dissipatif est indiqu en trait gras pointill. La dissipation a pour effet de rduire la courbe de
rsonance. On peut constater quun changement dallure assez mineur pour lamplitude provoque
des variations de phase importante. Le cot droit de la rsonance peut tre sujet des instabilits
puisque plusieurs tats de loscillateur sont possibles pour une mme frquence.
On illustre galement comment construire la nouvelle courbe de rsonance point par point.
Pour chaque amplitude, il y a un dcalage en frquence et un amortissement diffrent. Cela
explique cette dformation particulire de la courbe de rsonance. Pour tracer la nouvelle courbe
de rsonance, on se fixe une amplitude, on calcule le dcalage en frquence et lamortissement. On
trace alors (cf. insert ou en trait fin sur la figure) les deux nouvelles courbes de rsonance et de
phase. Comme on sest fix lamplitude, on en dduit les nouveaux points de la courbe en amplitude
et en phase. Pour obtenir la courbe complte, il faut rpter lopration pour toutes les amplitudes.
203

Annexe A
1,0
0,8
1,0
3 tats 1 tat
0,9
0,6
a
a
0,8
0,4
1 tat 0,7
1,0000 1,0005 1,0010 1,0015 1,0020
0,2 u
0,998 1,000 1,002 1,004 1,006 1,008 zoom
u
Figure A.09 : Dtermination des branches stables et instables de la courbe de
rsonance. Pour tester la stabilit on peut (cf. zoom droite) diminuer (augmenter)
lamplitude dune petite quantit. Le point de fonctionnement est u constant. Le
dcalage en frquence correspondant dcale la courbe de rsonance (en pointill) vers
les basses (hautes) frquences, entranant une nouvelle baisse (augmentation) de
lamplitude. Le point du milieu est donc instable. Les deux autres points sont stables.
La branche instable est indique en pointill.
204

Annexe A
0,8
A
0,7
0,6
~ Mode contact
0,5
sans dissipation D
0,4 u
surface
0,3
a
0,2 avec dissipation u = 0.998

0,8
0,1
0,6
0,0
a
surface
-0,1
0,4
-0,1 0,0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9
d 0,996 0,998 1,000 1,002 1,004
u
5 0
0 Sans dissipation -20
-5 -40
-10 -60
-15 -80
-20 -100

-25 -120
-30 -140
-35 -160
-40 -180
-45 0,996 0,998 1,000 1,002 1,004
-50 u

-55
La frquence est constante.
-60
Les courbes de rsonance et de
-65
phase sont seulement dcales vers
-70 Avec dissipation les hautes frquences dans le cas
-75
non dissipatif (trait plein)
-80
-85
entranant une augmentation de la
-90
phase. Il y a un crasement
-95
supplmentaire avec dissipation (en
pointill).
-0,1 0,0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9
d
Figure A.10 : Forme typique dune courbe approche retrait dans lhypothse dune force rpulsive
pour une frquence donne. Lamplitude et la distance la surface sont reprsentes sous forme
rduite par rapport lamplitude maximale de la courbe de rsonance A0. On notera la grande
diffrence entre le cas dissipatif (en pointill) et non dissipatif (trait plein) pour la phase alors que
lamplitude change peine. La courbe de rsonance droite explique laugmentation du dphasage
sans dissipation. Lorsque lamplitude diminue, les courbes de rsonance et de phase sont dcales
vers les hautes frquences sans dformation. On peut en dduire laugmentation du dphasage. La
pointe nindente quasiment pas la surface. La courbe en pointille sur le graphe a=f(d) indique le
niveau de la surface. Lamplitude finit par sannuler. Lorsquon rapproche encore lchantillon, le
levier flchit comme en mode contact. Lorsque la dissipation devient trs importante on se
rapproche de 90.
205

Annexe A
II.4. Cas attractif
Dans certaines conditions, linteraction entre la pointe et la surface peut tre attractive
(figure A.11). La force attractive entre la pointe et la surface peut avoir plusieurs origines :
lectrostatique (force capacitive, charge - charge, diple - charge, Van der Waals, ),
capillarit,
Nous allons prsenter dans cette section un rsultat non intuitif : en prsence dune
force purement attractive, la pointe ne touche jamais la surface. Mme lorsque la surface se
rapproche, lamplitude doscillation peut tendre vers zro sans quil ny ait jamais contact.
Leffet de ces forces est peu prs le mme que pour les forces rpulsives, sauf que le
dcalage est vers les basses frquences. Nanmoins, le fait que ces forces soient longue
porte et puissent diverger lorsquon approche la surface, (le cas de la force de Van Der
Waals), entrane une dformation de la courbe de rsonance, qui penche vers la gauche.
-2
F (nN)
-4
-6
-8
-10
0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 3,0
D (nm)
Figure A.11 : Allure typique dune force dinteraction attractive. Lordre de
grandeur de la force est denviron 1nN pour 1nm. Nanmoins elle peut tre beaucoup
plus importante selon les matriaux en prsence, selon la prsence ou non de charge,
de diples lectrostatiques, En gnral la courbe de force en approche est au-
dessus de la courbe de retrait. On reprsente en tiret leffet dune fine couche deau
qui capture la pointe.
La formule (A.27) donne une dpendance du dcalage en frquence en f(D-A)/A3/2.

Dans le cas dune force attractive la fonction f diverge lorsque (D-A) tend vers 0 (quation
A.29). Cette dpendance du dcalage en frquence qui diminue lorsque lamplitude
doscillation augmente a pour consquence dobserver ou non un phnomne dhystrsis
dans les courbes dapproche retrait (cf. figure A.13).
206

Annexe A
Le dcalage en frquence est dautant plus important que la raideur et/ou lamplitude
doscillation sont faibles. De mme plus la force attractive est importante, plus le dcalage
sera important. La figure A.12 montre la dformation de la courbe de rsonance avec et sans
dissipation. On constate (encadr dans la figure A.12) que lamplitude doscillation varie peu
contrairement la phase qui va augmenter avec la dissipation. Le film deau sur lchantillon
peut tre lorigine de la dissipation. Cest pour cela que les conditions dimagerie en mode
attractif se font dans des conditions contrles : sous vide, sous flux dazote,
D : Dis tan ce entre la position moyenne

de la po int e et la surface.
f (D A)
u A : Amplitude d ' oscillation de la po int e (A.29)
kA 3 / 2 f (D A) diverge pour A D

k = m 0 2 : raideur du levier
La figure A.12 reprsente les courbes de rsonance dformes en amplitude et en

phase pour des distances cantilever surface diffrente. On peut constater que ds que la pointe
sapproche de la surface loscillation du levier est en opposition de phase avec lexcitation.
Dit autrement, lexcitation soppose au mouvement de la pointe rduisant lamplitude
doscillation sans toucher la surface.
Selon le choix de la frquence de travail on peut observer ou non une hystrsis. Il

existe une frquence limite (uc<1 sur la figure page suivante) telle quon ait une hystrsis en
dessous (u<uc) de cette frquence mais pas au dessus (u>uc). Par consquent, on peut viter ce
phnomne dhystrsis en rapprochant la frquence de travail de la frquence de rsonance
(u proche de 1, mais infrieur 1). Enfin, est galement illustr le fait que lhystrsis
disparat (i.e. uc diminue) lorsque lamplitude et/ou la raideur du levier (de manire
quivalente la pulsation propre de loscillateur) diminue et lorsque la force attractive est
proportionnellement plus importante.
Enfin, La figure A.13 illustre un phnomne non intuitif. Lorsque le dcalage en

frquence est petit, cest dire lorsque la force attractive est faible, on peut observer un
phnomne dhystrsis. La limite o linteraction attractive tend vers zro ne correspond pas
au cas o elle est effectivement nulle (pas de force attractive).
207

Annexe A
1,0
1,0 0,8
0,6
a
0,8 0,4
0,2
0,6 0,9925 0,9950 0,9975 1,0000 1,0025 1,0050 1,0075
u
a
Avec dissipation : --------

0,4
0,2
0,985 0,990 0,995 1,000 1,005 1,010 1,015
0
u
-50
-30
-100

-60
-150
-90
0,9925 0,9950 0,9975 1,0000 1,0025 1,0050 1,0075

u
-120 Avec dissipation : --------
-150
-180
0,99 1,00 1,01
u
Figure A.12 : Courbes de rsonance et de phase en fonction de la pulsation rduite pour
diffrentes distances cantilever surface. Plus la surface est proche, plus la courbe de rsonance
est penche vers la gauche . Loscillateur peut occuper plusieurs tats pour une mme
pulsation. Le dcalage diverge lorsque la pointe finit par frler la surface. On rappelle comment
construire la nouvelle courbe de rsonance partir de celle de loscillateur harmonique (en
pointill) avec un dcalage en frquence (et un crasement en prsence de dissipation). Dans les
encadrs est prsent leffet de la dissipation. On voit que lallure gnrale des courbes est
conserve. Le maximum de lamplitude est plus faible. La phase augmente avec la dissipation et
se rapproche de 90. Les branches instables sont indiques en pointilles.
208

Annexe A
u1 uc u3
1,1 1,1 1,1 1,1 1,1
1,0 1,0 1,0 1,0 1,0
0,9 0,9 0,9 0,9 0,9

0,8 0,8 0,8 0,8 0,8
0,7 0,7 0,7 0,7 0,7
0,6 0,6 0,6 0,6 0,6
0,5 0,5 0,5 0,5
a
0,5
a
a
0,4 0,4 0,4 0,4 0,4
0,3 0,3 0,3 0,3 0,3
0,2 0,2 0,2 0,2 0,2
0,1 0,1 0,1 0,1 0,1
0,0 0,0 0,0 0,0
0,996 0,998 1,000 1,002 1,004 0,996 0,998 1,000 1,002 1,004 0,0
0,996 0,998 1,000 1,002 1,004 0,996 0,998 1,000 1,002 1,004 0,996 0,998 1,000 1,002 1,004
u u u u u
0 0 0 0
0
-50 -50 -50 -50

-50
-100 -100 -100 -100

-100

-150 -150 -150 -150

-150
-200 -200 -200 -200

-200 0,996 0,998 1,000 1,002 1,004 0,996 0,998 1,000 1,002 1,004 0,996 0,998 1,000 1,002 1,004
0,996 0,998 1,000 1,002 1,004
0,996 0,998 1,000 1,002 1,004
u u u u u
(a) (b) (c) (d)
k et/ou A0 grand k et/ou A0 petit

hystrsis pour u1 < uc pas dhystrsis
pas dhystrsis pour u3 > uc uc diminue
1,1
d a -20
d u1
1,0 avec
c
0,9 c -40 dissipation uc
b u3
0,8 -60
b u3
0,7 -80
0,6 a
uc -100
a
0,5
-120
0,4
u1 -140
0,3
Sans
dissipation
-160
0,2
0,1 -180
0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5 0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5
d d
Figure A.13 : Courbes dapproche retrait dans le cas dune force attractive pour trois frquences de travail u1,
uc et u3 (en bas). On reprsente pour certaines distances (en a, b, c et d, au-dessus) les courbes correspondantes
de rsonance et de phase. On observe une hystrsis pour une pulsation en dessous dune pulsation critique (uc.).
On remarquera que lamplitude diminue alors que la force est attractive et que la pointe ne touche jamais la
surface (Les courbes a=f(d) sont toutes en dessous de la courbe en pointill qui reprsente la surface). Ce
phnomne sexplique par le fait que la phase est infrieure 90. Loscillation du levier est ralenti par
lexcitation qui est quasiment en opposition de phase. Les courbes de rsonance et de phase pour A0 et/ou k
petit montre quil ny a pas dhystrsis dans ce cas. En effet la pulsation critique en dessous de laquelle on
nobserve une hystrsis diminue lorsque ces paramtres diminuent. En prsence de dissipation les courbes
dapproche-retrait en amplitude sont trs peu modifies. En revanche, la phase augmente jusqu atteindre 90.
209

Annexe A
II.5. Cas rpulsif attractif
Les deux cas prsents ci-dessus sont des cas extrmes puisque lon nest jamais
rellement en force rpulsive pure ou attractive pure. On peut nanmoins imager en mode
attractif en se plaant dans des conditions trs particulires : sous vide, o le facteur de qualit
Q peut atteindre des valeurs de lordre 105.
La force dinteraction a lallure indique par la figure A.14. Loin la force est attractive
et devient rpulsive lorsque lon touche la surface.
On reprsente sur la figure A.15 la dformation des courbes de rsonance. Par raison
de clart on ne reprsente pas leffet des forces dissipatives. On retiendra que comme dans les
deux cas prcdents (attractif et rpulsif pure), la dissipation entrane un lger tassement de la
courbe dont le maximum diminue, mais qui garde toujours la mme allure. Leffet est le plus
important sur la phase qui se rapproche de 90. On se contente de donner sur les courbes
dapproche-retrait (figure A.16) les branches correspondant au cas dissipatif et non dissipatif.
Loin de la surface, cest les forces attractives qui prdominent, et donc la courbe de
rsonance est dcale vers les basses frquences. Lorsque la pointe touche la surface, le
dcalage se fait vers les hautes frquences puisque cest la force rpulsive qui prdomine
alors.
On peut dduire de la dformation des courbes de rsonance les courbes dapproche

retrait de la mme manire que sur la figure A.13. Les frquences notes u1, u2, u3 et u4
correspondent sur les figures A.15 et A.16. Suivant la frquence de travail, loscillateur va se
retrouver en mode rpulsif ou non-contact, voire les deux (cas u2 sur la figure A.16). On
distingue nettement sur les courbes de phase les deux branches : non contact (phase < -90) du
cas intermittent (phase > -90). On constate que pour les frquences proches de la rsonance
(u proche de 1. Cas u3 et u4), on ne touche pas la surface. Inversement, lorsquon est
suffisamment en dessous de la rsonance, on est en mode rpulsif (cas u1). Pour les
frquences intermdiaires (cas u2), on passe du cas rpulsif non contact pour un mme
courbe dapproche retrait. On notera que lon observe une hystrsis pour la plupart des
courbes.
210

Annexe A
4 En contact F~100nN
Force (nN)
3 d=2nm F~0.05nN
2
-1
-2
-3
0,0 0,5 1,0 1,5 2,0 2,5

0,004 0,4
0,2
0,003
d=20nm
0,0 d=15nm
F1
d=10nm
d=6nm
0,002 -0,2
-0,4
0,001
0 1 2 3
d=20nm
Du
0,000
D-A (nm) d=15nm
d=10nm
d=6nm
-0,001
-0,002
-0,003
0 1 2 3
D-A (nm)
Figure A.14 : Reprsentation typique de la force dinteraction de la pointe avec la surface en
fonction de la distance. Elle comporte une partie attractive et rpulsive. La force attractive est
de lordre de la fraction de nN quelques nm de la surface, et de quelques dizaines de nN
pour la force rpulsive. Pour dfinir la surface on peut prendre lendroit o la force sannule.
La courbe du dessous donne le dcalage en frquence en fonction de D-A pour diffrentes
valeurs de D (6, 10, 15, 20nm). On notera la dpendance de u en f(D-A)/A3/2 f(D-A)/D3/2
pour D-A proche de zro (i.e. A~D). On a insr la dpendance en fonction de D-A de F1, la
composante de Fourier du premier ordre de la force.
211

Annexe A
u1 u2u3 u4
1,0
0,8
0,6
a
0,4
0,2
Branche contact
0,9950 0,9975 1,0000 1,0025 1,0050
intermittent
u
u1 u2 u3 u4
-20
-40
-60
Branche non
-80 contact

-100
-120
-140
-160
0,9950 0,9975 1,0000 1,0025 1,0050
u
Figure A.15 : Dformation de la courbe de rsonance et de phase dans le cas dune force attractive et
rpulsive. Le sommet de la courbe est dcal vers les hautes frquences, et le reste de la courbe plus ou
moins dcale vers les basses frquences. Le dcalage en frquence dpend essentiellement de la
distance minimale entre la pointe et la surface ainsi que de lamplitude doscillation la puissance
3/2. Cela implique que plus la courbe est crase , plus le dcalage augmente (i .e. A diminue). On
indique droite la branche o la pointe touche la surface et la branche non contact o la pointe
interagit avec la surface sans la touche (les branches instables sont en pointill).
212

Annexe A
Exprimental
surface
1,1
1,0
0,9
0,8 u4
0,7 u3
u2
a
0,6
0,5 u1
0,4
0,3
A0=7nm
0,2
2 4 6 8 10
D (nm)
-20 REPULSIF - CONTACT INTERMITTENT

u1
-40 u2
u3
-60 u4
-80

-100
dissipation
-120
-140 sans dissipation

contact lastique
-160
ATTRACTIF - NON CONTACT
2 4 6 8 10
D (nm)
Figure A16 : Courbes dapproche retrait thoriques ( gauche) et exprimentales ( droite) pour diffrentes
frquences de travail. La courbe du dessus a t obtenue sur une surface de silicium, celle du dessous sur une
surface de mica daprs [Nony 1999] et la troisime sur du graphite (carr) et sur une membrane (triangle)
daprs [Tomayo 1998]. Les comportements observs sont trs varis. On peut distinguer deux rgimes :
attractif et rpulsif. Dans le cas dune force attractive, la seule faon pour le levier de se rapprocher de la
surface sans la toucher alors que la force est attractive est dtre en opposition de phase (i.e. <-90). La
surface est reprsente en pointille pour la courbe du haut a=f(D). On peut ainsi distinguer clairement le cas
ou la pointe touche la surface (cas u1) du cas non contact (u3 et u4).
213

Annexe A
II.6. Calcul de lnergie dissipe

En tapping mode il est possible de sparer la partie dissipation de la force de la partie
lastique connaissant la phase et lamplitude. On a constat prcdemment (de manire
qualitative) quen prsence de dissipation la phase se rapproche de 90. Mais on peut
calculer de faon exacte lnergie dissipe et la force lastique en fonction de lamplitude et
de la phase mesure pour une frquence donne. En effet, partir de lquation de la courbe
de rsonance et de phase (quations A.30), on a un systme deux quations deux inconnues :
Q et u, connaissant a, Q et . On peut alors remonter lnergie dissipe et la composante
lastique de la force. u u reprsente le dcalage en frquence de la courbe de rsonance, et
Q le nouveau facteur de qualit d linteraction pointe surface.
Q' 0
2
Q 1
2

a =
avec u ' = =u 0

( ) 2
Q ' 2 u ' 2 1 + u ' 2
1 1 (A.30)

tan () = u'
(
Q' u ' 2 1 )
On peut facilement exprimer u en fonction de la phase et de lamplitude rduite. On
arrive ensuite lquation A.31 qui donne lnergie de dissipation directement en fonction des
paramtres connus : a (amplitude rduite), A0 (maximum de la courbe de rsonance), Q
(facteur de qualit), u (frquence de travail rduite). Pour arriver ce rsultat, on se sert de
lexpression A.22 qui donne Q en fonction de Q et F1=aA0Ed (coefficient dordre 1 en
sinus du dveloppement de Fourier de la force) qui est directement reli lnergie dissipe
par priode. On donne galement la variation de la raideur du levier (quation A.32) en
fonction des mmes paramtres : k=F1/A (F1 est le coefficient dordre 1 en cosinus du
dveloppement de Fourier de la force).
EdQ
2
= (sin () + au ) (A.31)
kA 0 a
cos()
k = k u 2 + 1 (A.32)
Qa
Leffet de la dissipation sur les courbes dapproche-retrait en phase est indiqu sur la
figure A.16. En mode intermittent ou en mode non contact, la phase se rapproche de 90
lorsque lamplitude tend vers zro. Dans le cas non dissipatif on retrouve les deux branches
qui tendent respectivement vers 0 en tapping et 180 en non contact.
Il y a une limitation ces formules. En gnral le spectre dun cantilever nest pas
aussi parfait que ceux prsents jusqu prsent. Il peut y avoir plusieurs pics de rsonance,
des pulsations o lamplitude est nulle (antirsonance). Dans ce cas, on travaille au niveau du
pic le plus important. Les comportements qualitatifs sont conservs, en revanche, plus on va
sloigner de la frquence de rsonance ou tre dans le cas de fort amortissement, plus les
formules ci-dessus seront prises en dfaut.
214

Annexe B
Annexe B
Corrlation phase hauteur sur quelques
chantillons
I.Introduction
Cette annexe prsente quelques images AFM en mode tapping o les hauteurs que lon
mesure posent problme et semblent corrles limage de phase.
On met en vidence cette corrlation dans le cas de lchantillon o on a dpos du

pentacne sur lADN. En effet dune ligne lautre de limage, le comportement de la pointe
sur lADN na pas donn le mme rsultat. Cest en comparant la phase et la topographie
entre ces diffrents lignes quon arrive dgager une corrlation entre ces deux donnes.
II. Cas du silane OTS

II.1. Image de phase
Sur une srie dchantillons termin mthyle, nous avons mesur une hauteur de
lADN toujours suprieure 3nm. De plus on narrive pas distinguer sur ces images le
nombre de brins quil y a dans les cordes (cf. figure B.01). Cette hauteur de 3nm pour lADN
nest pas en accord avec celle quon a mesur sur les autres chantillons silaniss OTS.
De plus la phase sur lADN est infrieure de 20 par rapport la surface environnante.
II.2. Hauteur en fonction du temps

Sur ces chantillons nous avons mesur lvolution de la hauteur de lADN en
fonction du temps. On constate (cf. figure B.01) que la hauteur de lADN diminue avec le
temps. On passe dune hauteur de 4nm 3nm en 1 heure.
215

Annexe B
III. Cas du pentacne

III.1. Dpt de pentacne sur lADN
Nous avons observ un effet similaire lchantillon prcdent (partie II.) sur un autre
chantillon o la phase diminue fortement sur lADN.
Lchantillon en question est une surface termine amine sur laquelle on a dpos de
lADN. Nous avons ensuite vapor une fine couche de pentacne.
Il est fort probable que le pentacne se place de part et dautre de lADN. En effet la
hauteur des cordes dADN (qui ne donne pas de creux en phase) au niveau des lots de
pentacne est plus petite denviron 1.5nm (la hauteur dun plan molculaire du cristal de
pentacne) par rapport lADN sur la surface amine sans pentacne (cf. figure B.05). De plus,
on peut constater sur la figure B.02 que les grains de pentacne sont dlimits partiellement
par les molcules dADN. LADN forme un obstacle pour le pentacne qui se place dun cot
ou de lautre de la molcule.
On peut constater que la phase diminue sur lADN uniquement au niveau des grains
de pentacne (cf. figure B.02). Cet effet est le plus net sur la corde la plus importante de
limage.
Si on trace la phase mesure sur lADN en fonction de sa hauteur on observe une
corrlation entre ces deux valeurs.
III.2. Corrlation phase - hauteur

III.2.1. Sur la surface termine amine
Les profils de topographie et de phase sont indiqus sur la figure B.02 dans le cas de
lADN directement pos sur la surface termine amine. Pour chaque ligne de limage, on
repre le minimum de la phase, la hauteur de la corde de lADN et la phase correspondante au
maximum en topographie de lADN (cf. figure B.02).
On trace sur les figures B.03 et B.04 les deux valeurs de la phase obtenues pour
chaque ligne de limage, en fonction de la hauteur de lADN.
On peut constater une dispersion denviron 0.5nm sur la hauteur de la corde dADN.
En revanche le minimum de phase et la phase correspondant au maximum en topographie
sont indpendants de la hauteur.
III.2.2. Sur le pentacne
On fait la mme chose que pour lADN mais cette fois ci sur les grains de pentacne.
Dans ce cas, on voit clairement une dpendance entre la phase et la hauteur mesure (cf.
figures B.03 et B.04). On observe le mme niveau de dispersion pour les hauteurs que dans le
cas de lADN sur la surface termine amine.
Cette dpendance est la plus nette entre le minimum de la phase et la hauteur de la
corde dADN (cf. figure B.03 en b) et B.04 en b)).
216

Annexe B
IV. Interprtation
Dans le cas de la surface termine mthyle on peut interprter la diminution de la

hauteur de la molcule par une dshydratation progressive de la molcule. On peut donc
supposer raisonnablement que lADN est entour dune couche deau. Nous navons pas
enregistr la phase pour toutes les images en fonction du temps (cf. figure B.01). Nanmoins
sur les deux images o nous lavons enregistre, le creux en phase sur lADN ne varie pas.
Nous avons galement observ sur deux type dchantillon (surface termin mthyle et
pentacne) une forte diminution de phase sur lADN.
Nous avons pu mettre en vidence une corrlation entre la phase et la hauteur de la
corde dADN.
Lorigine de ce phnomne est certainement li au contraste entre lADN qui est
hydrophile et le pentacne ou la surface termine mthyle qui sont hydrophobes.
Le modle que lon peut proposer dans le cas de lchantillon avec du pentacne sur
lADN est que le pentacne ne se dpose pas sur lADN mais cot. On a discut ce point au
III.2.1.
Ainsi, la variation de phase sur lADN peut sexpliquer par la prsence dune couche
deau plus ou moins importante au niveau de lADN (Notre Hypothse). Par consquent le
creux en phase que lon observe peut tre interprt par de la dissipation dans la couche deau
qui se trouve sur lADN.
Cas 1 : Dans le cas o la phase ne varie pas sur lADN, cela signifie daprs notre
hypothse quil ny a pas deau sur lADN, et la topographie quon mesure correspond la
surface de lADN (cf. figure B.06).
Cas 2 : Dans le cas o la phase donne un creux sur lADN, on doit avoir daprs
notre hypothse une couche dhydratation importante dont la hauteur peut aller jusqu 2
3nm (cf. figure B.06). Cette valeur de 2 3nm correspond la diffrence entre la hauteur de
lADN sans variation de phase (cas 1) et avec variation de phase (cas 2) (cf. figures B.03 et
B.04).
217

Annexe B
V. Conclusion
On propose dans cette annexe une explication de la hauteur trs importante de lADN
mesure sur certaines surfaces hydrophobes.
On interprte la hauteur mesure par la prsence autour de lADN dune couche
dhydratation importante (de lordre de 2nm).
Nous ne prsentons dans cette annexe que quelques images o on a observ ce
phnomne. Il nous faudra pour confirmer notre hypothse effectuer des mesures sur dautres
surfaces hydrophobes (Fluore, termine vinyle, ).
De plus, si notre la prsence deau joue un rle, on devrait observer une variation de
hauteur si on dseche lchantillon (par un sjour sous vide, sous atmosphre dazote, ).
Enfin, pour tudier lAFM ces variations de phase il faut trouver les conditions
dimagerie les plus favorables. En particulier les images quon a prsentes sont faites avec
une vitesse un peu trop grande puisque les profils de phase quon observe sur la figure B.02
sont typiques de rgime transitoire. La situation la plus dfavorable serait davoir une
dpendance vis--vis du traitement de surface de la pointe. Dans ce cas il faut compter sur la
chance pour avoir une bonne pointe car on ne matrise pas la pollution de la pointe au cours
de limagerie.
On remarquer que dans le cas de la surface termine mthyle, la hauteur de lADN est
de 3nm alors quon attend 1nm (cf. chapitre III). Si on considre une couche dhydratation de
2nm et quon les retire au 3nm, on arrive la valeur attendue de 1nm. Cette observation va
dans le sens de notre hypothse.
Enfin on terminera par le fait que lADN dpos sur du pentacne ne donne pas de
variation de phase. On peut supposer dans ce cas quil y a une diffrence de structure de
lADN. Peut tre lADN sur le pentacne est dans une forme dshydrate. Dans ce cas, on
naura pas de dissipation par leau et donc pas de signal en phase,
218

Annexe B
Topographie Phase
Mthyle
Instant : T
(~15 30 mn)
H = 4.15nm Creux en
phase de 20
sur lADN
1.7m
Instant : T+36mn
H = 3.53nm
Instant : T +47mn
H = 3.39nm
4,0
hauteur en nm
3,5
3,0
2,5
2,0
10 20 30 40 50 60 70
temps en minutes
Figure B.01 : variation de la hauteur de lADN frachement dpos sur une surface mthyle en fonction du
temps.
219

Annexe B
a)
b)
c) d)
B
Cf. figure B.03
et B.04
A A
e) f)
hA
B C
C Cf. figure B.03
C B et B.04
Sur lamine Sur le penta
hA
Figure B.02 : ADN dpos sur une surface amine et recouvert partiellement avec du pentacne. Nous avons
obtenu deux images (en b) et d)). On donne quelques profils en topographie et en phase pour chaque image
pour lADN sur la surface termine amine en a) et sur llot de pentacne en c). Le trait en gris correspond
la phase, et en noir la topographie. Les profils sur lADN donne un creux en phase (en f)), alors que sur la
surface termine amine on a une variation du type donne en e). On dduit partir de la phase en B et C, et
de la hauteur en A les figuresB.03 et B.04.
220

Annexe B
2
1
0
-1
-2 Sur la surface
a)
phase en
-3 termine amine
B (rond) -4
-5
et C (carr) -6
-7
-8
-9
-10
3,0 3,2 3,4 3,6 3,8 4,0 4,2
hauteur (nm)
0,0
-2,5
-5,0
b)
phase en
-7,5
C -10,0
-12,5
-15,0
Sur le pentacne
-17,5
-20,0
-22,5
0 1 2 3 4 5 6
hauteur (nm)
5,0
2,5
0,0
phase en
-2,5
c)
-5,0
B -7,5
-10,0 Sur le pentacne
-12,5
-15,0
-17,5
0 1 2 3 4 5 6
hauteur (nm)
Figure B.03 : Phase en fonction de la hauteur de lADN. Chaque point correspond la

mesure sur une ligne de limage en d) de la figure B.02. Chaque symbole correspond un lot
de pentacne diffrent de limage. En a), B (rond) et C (carr) en fonction de hA sur la
surface termine amine (les notations sont celles de la figure B.02). En b) C en fonction de hA
sur le pentacne. En c) B en fonction de hA sur le pentacne.
221

Annexe B
2
a) 0
B (rond) -2
-4
et C (carr)
phase en
-6 Sur la surface
-8 termine amine
-10
-12
-14
-16
-18
2,8 3,0 3,2 3,4 3,6 3,8 4,0 4,2 4,4
hauteur (nm)
0
-2
b)
-4
C -6
Sur le pentacne
phase en
-8
-10
-12
-14
-16
-18
1,0 1,5 2,0 2,5 3,0
hauteur (nm)
6
4
c) 2
B 0
Phase en
-2
Sur le pentacne
-4
-6
-8
-10
-12
1,0 1,5 2,0 2,5 3,0
hauteur (nm)
Figure B.04 : Phase en fonction de la hauteur de lADN. Chaque point correspond la
mesure sur une ligne de limage en b) de la figure B.02. En a), B (rond) et C (carr) en
fonction de hA sur la surface termine amine (les notations sont celles de la figure B.02). En b)
C en fonction de hA sur le pentacne. En c) B en fonction de hA sur le pentacne.
222

Annexe B
Figure B.05 : Cordes dADN recouverte partillment de pentacn. La corde

indique par la flche est entoure de pentacne. Le pentacne ne se dpose
pas sur lADN mais cot. On ne peut observer cet effet que sur les cordes
dADN qui ne donne pas de variation de signal en phase comme cest le cas
pour la corde dADN indique par la flche.
Figure B.06 : Modle du cas 1 et du cas 2 prsent dans le texte. Dans le cas 1 la molcule est
peu hydrate et la pointe de lAFM image le brin dADN. Dans le cas 2, lADN est recouvert
dune couche deau. La pointe dissipe de lnergie dans la couche deau. La hauteur que lon
mesure est environ celle de la couche dhydratation. La couche dhydratation est certainement
indente par la pointe.
223

Annexe B
224

Annexe C
Annexe C
3-aminopropyltrimethoxysilane (APTMS) [13822-56-5]
EDTA [60-00-4]
1H,1H,2H,2H,perfluorodecyltrichlorosilane [78560-44-8]
MES : (2-[N-Morpholino]ethanesulfonic acid) (forme acide)

[145224-94-8] pKa = 6.1
Octadecyltrichlorosilane (OTS) [112-04-9]
Pentylamine (1-aminopentane) [110-58-7] CH3 CH2 CH2 CH2 CH2 NH2
Tris : Tris-(hydroxymthyl)aminomthane (forme basique)

[77-86-1] pKa = 8.1
(7-octenyltrichlorosilane) [52217-52-4]
YOYO-1 (C49H58I4N6O2)
[143413-85-8]
225
Annexe C
226
Annexe D
ANNEXE D :
Mise en vidence dune nouvelle forme de lADN
On prsente dans cet annexe une exprience dtirement de lADN sur une molcule
unique laide dune bille magntique. La particularit de cette exprience est de pouvoir
matriser le niveau de torsion de la molcule. On peut ainsi mettre en vidence diffrentes
phase sur une seule molcule dADN (une partie en forme B et lautre en forme P, )
Ltude des courbes de force avec des pinces optique ou une pointe AFM ne permet
pas de travailler en dessous du pN (10-12N). De plus, le niveau denroulement de la molcule
nest pas contrl. Le dispositif dcrit ci-dessous permet datteindre ces deux objectifs [Strick
1996]. Un brin dADN est attach la surface ainsi que sur une bille magntique. On exerce
une force sur la bille par lintermdiaire dun aimant. Le moment magntique de la bille est
orient par la champ magntique. On peut donc contrler le niveau denroulement dune
molcule en faisant tourner laimant. La bille de taille micromtrique subit lagitation
thermique du liquide environnant. Le mouvement de la bille est suivi au microscope optique.
La hauteur de la bille est dduite de la figure de diffraction de la bille. Le position dans
lespace de la bille est enregistre. On peut dduire partir du mouvement brownien la force
exerce comme indiqu par la figure. Cette mthode est trs sensible puisquon a une
sensibilit de lordre de la dizaine de fN (10-14N).
Sud Nord
COURBE DETIREMENT
DISPOSITIF A FORCE CONSTANTE
Figure D.01 : Jokari molculaire. Ce dispositif permet de mesurer des forces de lordre de la dizaine de fN. Lintrt
est de pouvoir contrler le niveau de sur ou sous enroulement de la molcule. Le principe de la mesure consiste fixer
lADN une bille magntique. Cette bille a un mouvement brownien au sein du fluide. Un aimant plac proximit
permet dexercer une force sur la bille. LADN va sopposer cette force. Le mouvement de la bille reprsent ci-
dessus est suivi au microscope (la position en x, y et z est dtermine par la figure de diffraction de la bille) et permet
de remonter la force que la bille exerce sur lADN. Par exemple, lorsque la force est trs faible, la bille se dplace
presque sans contrainte et on a un halo sphrique. Inversement, lorsque la force est importante la bille est contrainte
dans une petite zone. Enfin, la bille est toujours oriente dans le sens du champ magntique. Pour enlever ou ajouter un
tour la molcule fixe, il suffit de tourner laimant. On reprsente lallure dune courbe de force avec le plateau
correspondant la transition B-S. On dduit la longueur de persistance 53nm partir du modle WLC (Worm Like
Chain).
227
Annexe D
1 2 3
=0 P=+3
=-1
25pN
Extension
1 3
F 3pN
0.5pN
Plectonme
a) ADN b) c) ADN B d) e) ADN
Figure D.02 : Reprsentation schmatique du diagramme de phase de lADN, daprs Croquette. Lchelle sur laxe
est dilate autour de =0, pour amliorer la lisibilit du schma. Croquette et al. mettent en vidence la coexistence de
plusieurs phases sur un mme brin. Les diffrents tats sont reprsents de a) e). LADN simple brin est reprsent en
trait fin, et les paires de base de lADN P sont reprsentes orientes vers lextrieur par une sorte de collier de perle.
La coexistence des deux phases est illustre en b) et c). Cette mthode a permis de dterminer les caractristiques
structurales de lADN P (cf. explication dans le texte). Il est 1.75 fois plus long que lADN B. Il y a 2.6 paire de base
par tour. LADN B relaxe la contrainte de torsion (ngative ou positive) en formant des plectonmes (comme les fils de
tlphone). En revanche quand on commence tirer sur le brin, il y a une force critique au del de laquelle il devient
plus intressant de relaxer la contrainte par un changement de forme sur une portion. Lextension augmente
brutalement pour cette force. Cette augmentation sexplique par la disparition des plectonmes. Il y a une force critique
pour la formation de bulle de dnaturation (en b) denviron 0.5pN, et une force critique pour lapparition de la forme P
(en d) environ 3pN. On peut dduire de ces mesures que lADN B ne supporte pas plus denviron 1% de torsion. On a
reprsent en trait gras rouge comment se place les trois courbes de la figure 2 dans le diagramme. La figure 1 et 3
correspondent au deux vue de cot.
228
Annexe D
La limitation de cette mthode est que la mesure de faible force ncessite lenregistrement du
mouvement de la bille pendant un temps qui peut tre trs long (de lordre de lheure). On na
que la valeur moyenne de la force sur la dure de la mesure.
Cette mthode permet dtudier linteraction de certaines protines avec lADN en

fonction du niveau denroulement de la molcule. On peut galement accder aux forces
mises en jeu. Lorsque la protine interagit avec lADN, la molcule est soit allonge ou
compacte. On peut galement suivre le niveau denroulement de la molcule.
On donne sur la figure D.01, lallure dune courbe de force. Elle est similaire celle
prsente prcdemment. On retrouve le plateau correspondant la transition B-S de lADN.
Les courbes de force sont modifies lorsquon exerce une torsion sur la molcule. En effet,
lADN B doit relaxer la contrainte de torsion impose par la bille. Tant que lenroulement
supplmentaire est faible, lADN qui possde une certaine lasticit peut rpartir la contrainte
sur toute la molcule. En revanche LADN B devient trs vite instable, ds que la torsion est
de lordre de 1% (0.99<<1.01). La contrainte peut tre relaxe en formant des plectonmes
(ce comportement est similaire celui des fils de tlphone). A force constante, lapparition
des plectonmes saccompagne dun diminution de la longueur de lADN (cf. figure D.02).
Lextension de la molcule en fonction de la torsion est symtrique par rapport la forme B
relax (=0. Cf. 2) figure 000).
Lorsquon tire sur lADN super enroul, les plectonmes vont devenir de plus en plus
instables. Il y a une force pour laquelle, il est plus favorable de relaxer la contrainte par
lapparition sur une portion de lADN dune nouvelle phase capable de relaxer toute la
contrainte de torsion. Au del de cette force, les plectonmes disparaissent au profit de la
nouvelle phase et la longueur de lADN augmente brusquement. Le sous enroulement est
relax par la dnaturation local de lADN. Il y a formation dune bulle de dnaturation. Cette
transformation se fait pour une force de lordre de 0.5pN. Le sur enroulement fait apparatre
une nouvelle forme de lADN note P (cf. dbut pour la description de cette forme). La force
critique est dans ce cas de lordre de 3pN. On peut noter que comme les paires de bases sont
orientes vers lextrieur, elles peuvent interagir entre elles pour former des ponts entre
diffrents segment de lADN. Ce phnomne est certainement lorigine de la force dau
moins 25pN quil faut exercer pour tendre significativement la molcule. Les courbes
dextension de la molcule en fonction de la torsion ne sont plus symtriques (cf. figure
D.02).
Ainsi, deux formes coexistent sur le brin. Une zone en forme B et une zone en forme P
ou dnatur. Lallure des courbes de force volue continment en fonction de la torsion. On
constate que ces courbes de force sont une combinaison linaire de celle de lADN forme P
ou dnatur et de lADN forme B. On a la relation Lp(F) = (/forme i)L( forme i) + (1-/forme
i)L(=0), o i correspond lADN dnatur ou en forme P (dnatur=-1 et P=3). On en dduit
ainsi certaines caractristiques structurales de lADN P : 2.6 paire de base par tour dhlice,
2.38nm entre les paires de base (LADN P est 1.75 fois plus long que lADN B). La forme P
avec les bases orientes vers lextrieur fait penser la forme propos par Pauling (1953).
Cette forme pourrait correspondre celle observe dans le virus Pf1 par Liu et al.
Il faut noter que les protines peuvent exercer des forces de lordre de 1-10pN sur
lADN, forces suffisantes pour faire apparatre cette nouvelle phase. La forme P pourrait donc
tre implique dans les processus cellulaires.
Cette exprience de manipulation de molcule unique dADN est un outil performant

pour tudier laction de certaines protines en particulier celles qui ont une action sur la
topologie de lADN (Topo isomrases, ).
229
Annexe D
230
Annexe E
ANNEXE E :
Complment sur les mthodes de dpt dADN en microscopie
lectronique
1. Introduction
On prsente dans cette annexe une technique de dpt dADN qui consiste rpandre
au pralable linterface liquide air des molcules avant de les transfrer sur un substrat
solide. Cette technique a beaucoup t utilise en microscope lectronique. Lintrt de cette
annexe est de prsenter ces mthodes simples et astucieuses mises au point lorigine pour
visualiser des molcules dintrt biologique.
On peut galement procder de manire inverse et transfrer des objets dposs sur
une surface vers linterface liquide air. Cest le cas par exemple du graphite qui se dcolle
facilement dune surface de mica et peut tre transfr vers un autre substrat. Cette mthode
est galement prsente dans cette annexe car les dpts dADN en microscopie lectronique
se font gnralement sur des grilles recouvertes de graphite.
2. Formation du complexe ADN - surfactant
Kleinschmidt et Zahn [Kleinschmidt 1959] furent les premiers proposer une mthode
de transfert de molcules dADN pralablement organises linterface eau air vers un
substrat solide. Ils utilisent une solution contenant de lADN, de lammonium actate
(~0.2M), du formaldhyde (~0.07M) et une protine le cytochrome c (~1.3g/ml). Cette
protine forme spontanment une couche linterface liquide air comme indiqu par les
figures E.01 et E.02. Lammonium actate sert promouvoir la fixation de la protine sur
lADN qui va ensuite se dposer lui aussi linterface par diffusion. Le formaldhyde
favorise le dpt de la protine linterface. Un faon de se passer de formaldhyde est de
toucher avec la protine dshydrate la surface de la solution contenant lADN et
lammonium actate. Cette opration suffit rpandre un film de protine linterface liquide
air.
Le dfaut li lutilisation de cytochrome c est que les protines dcorent la molcule
dADN. Cette mthode a donc t amliore avec des surfactants plus petits que le
cytochrome c. Vollenweider [Vollenweider 1975], propose dutiliser du
benzyldimethylalkylammonium (BAC) qui est une petite molcule en comparaison de la
protine. Lutilisation de formamide pour prparer la solution de BAC permet de rendre la
technique trs reproductible en vitant la formation de micelles. Rcemment, Bratosin-
Guttman [Bratosin 1992] propose dutiliser un surfactant, le tri-L-(dimethylaminomethyl)
phnol (DMP30) comme agent pour disperser lADN la surface de la solution.
Les techniques prcdentes sont assez empiriques. Lutilisation de film de Langmuir

Blodgett peut tre mise profit pour effectuer des dpts reproductibles. Dans ce cas, on peut
superposer les couches de dpt jusqu obtenir un film du complexe lipide ADN [okahata
1996]. Des lipides cationiques avec des groupements ammonium quaternaires sont utiliss.
LADN vient se fixer de manire lectrostatique sur le film de Langmuir Blodgett (cf. figure
E.01).
231

Annexe E
b)
a)
c)
Figure E.01 : Formation dun film de Lanfmuir Blodgett avec des lipides cationiques. Le film est
compress jusqu obtenir une couche dense. LADN se fixe lectrostatiquement sur le film. Le transfert
peut se faire de diffrentes manires. En a), lchantillon est retir de la solution. Dans ce cas la partie
hydrophile se retrouve en contact avec la surface. En b), cest la partie hydrophobe qui est en contact avec
la surface. En ressortant lchantillon on aura deux couches de lipides avec de lADN au milieu. En c),
lchantillon peut tre mis directement en contact avec la surface comme pour la technique de micro
diffusion. Dans ce cas, il faut ensuite dshydrater lchantillon. Le fait de tirer lchantillon peut orienter
partiellement les brins comme schmatis droite.
BAC
DMP 30
cytochrome
alcool
Figure E.02 : Dpt dADN par diffusion. On reprsente les tapes essentielles. Diffrents composs peuvent
tre utiliss pour la formation du film la surface de la goutte. Lutilisation dune goutte permet dconomiser
la quantit de produit utilis. On parle alors de technique de micro diffusion. Le compos peut ragir avec
lADN en solution (non reprsent). Pour transfrer le complexe ADN compos sur lchantillon, ce dernier
est mis en contact quelques instants avec la goutte. Sans attendre que le liquide sche, le substrat est mis en
contact avec un solution de rinage comme de leau par exemple (non reprsent). Pour enlever la solution
aqueuse, lchantillon est dpos la surface dune solution dalcool absolu. Cette tape dshydrate et
stabilise lchantillon qui peut tre ensuite sch sans prcaution particulire (non reprsent). Le rsultat
final est schmatis. LADN est en gnral entour du compos qui a servi la formation du film.
232

Annexe E
3. Transfert vers un substrat solide
3.1. Mise en contact direct
Le substrat peut tre mis directement en contact avec la surface comme indiqu par la
figure E.02. Dans ce cas, il reste du liquide sur lchantillon contrairement la technique de
transfert de Langmuir Blodgett ou lchantillon reste vertical.
Pour scher lchantillon, il est mis en contact avec une solution dalcool absolu. Cette
tape provoque la dshydratation de lchantillon. LADN se retrouve fix la surface car il
nest pas soluble dans ce type de solvant. On peut alors dsecher lchantillon sans prcaution
particulires en le mettant en contact avec une torchette qui va absorber le liquide. On peut
galement utiliser un jet dazote. Il est possible ensuite denlever lthanol et de le remplacer
par un autre sel volatil [Thundat 1994].
Entre ltape de transfert, et de dshydratation, il est possible de rincer lchantillon
avec de leau en gnral pour enlever les molcules qui ne sont pas bien fixes. On peut au
contraire rajouter des sels pour augmenter ladhsion de lADN sur le substrat (par exemple
de luranyl actate couramment utilis en microscopie lectronique). Lajout dun excs de sel
peut provoquer une dshydratation de lADN qui peut rester fix sur la surface.
3.2. Ascenseur
Le lipide cationique se place spontanment linterface liquide air, avec la chane

carbone hors de leau et la partie charge en contact avec le liquide. Ce film peut tre
compress jusqu obtenir une couche dense.
La technique de transfert est reprsente sur la figure E.01. Elle consiste dplacer de
bas en haut lchantillon en maintenant la pression sur le film de Langmuir Blodgett
constante. Il est possible de rpter lopration volont et de dposer des multicouches.
Suivant le sens du premier dpt on aura la partie hydrophile ou hydrophobe en contact avec
le substrat.
Les films ainsi fabriqus sont ordonns. En effet, lADN est en sandwich entre des
lamelles de bicouches lipidiques. Les molcules peuvent tre orientes par la technique de
transfert par ascenseur. En revanche il ny a pas dorientation pour le transfert direct par
contact du substrat paralllement avec le film. Lavantage de cette technique est de pouvoir
matriser la formation du film. Enfin, lADN est stable dans la structure du film. Des tudes
structurales montrent quil est en forme B. De plus, daprs la masse dpose la densit
dADN est trs importante (95% de couverture).
4. Cas particulier du mica
Une particularit du mica est de pouvoir transfrer linverse de la partie prcdente

des objets poss sur un substrat solide (du graphite) la surface de leau. La diffrence
daffinit de leau entre le carbone (hydrophobe) et le mica (hydrophile) peut expliquer
certainement pourquoi cette technique marche. En effet, une goutte deau dpose sur une
surface de mica va essayer de se loger entre le mica et le carbone. On peut amliorer le
dispositif en insrant lchantillon avec un ascenseur perpendiculairement la surface du
liquide, un peu comme la technique de Langmuir Blodgett reprsente page prcdente mais
en dposant quelque chose sur la surface.
233

Annexe E
Daprs Le Cam [Le Cam 1991], et dautres, cette technique permet dobtenir des
surfaces de carbone trs propre pour lobservation en microscopie lectronique. Il est possible
de transfrer de cette manire des films bidimensionnel fragiles qui seraient difficiles
manipuler autrement.
5. Conclusion
Les techniques prsentes utilisent la capacit dorganisation de molcules dADN

avec des surfactants linterface liquide air. Il est possible de transfrer ces molcules vers
un substrat solide et de les observer en microscopie.
Le mica permet de transfrer un film hydrophobe de carbone linterface liquide air
et de le transfrer sur un autre substrat (pour faire des grilles de microscope lectronique).
Cette mthode peut tre utile pour manipuler des films bidimensionnels.
234

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Transport lectronique dans lADN
Ce travail se situe dans le cadre des recherches en lectronique molculaire. La problmatique de la

conduction lectrique dans lADN a t pose en 1962 par Eley et Spivey peu de temps aprs la dcouverte de la
structure en double hlice de lADN par Watson et Crick en 1953.
A lheure actuelle, il ny a pas de consensus sur les proprits de conduction travers lADN. Le
transfert de charges sur des distances de quelques nanomtres a t tudi en solution et est assez bien compris.
En revanche, les mesures directes sur des lectrodes donnent des comportements allant de la supraconductivit
induite lisolant, en passant par semi-conducteur.
Notre travail a t motiv par cette controverse. Nous avons tudi les proprits lectroniques de
lADN dpos sur diffrentes couches molculaires auto-assembles sur des substrats de silicium.
La prparation des surfaces et le dpt dADN constituent la premire partie de notre tude. La
conductivit de lADN a ensuite t mesure entre des lectrodes fabriques sur un support isolant ou par le biais
dun AFM conducteur. Dans ce dernier cas, la pointe de lAFM permet tout la fois dimager la surface et de
servir de seconde lectrode pendant la mesure lectrique.
Deux types de rsultats ont t obtenus : les comportements vont de lisolant au conducteur, les
rsistances stalent sur au moins 6 ordres de grandeur, de 109 1015 , avec toutefois une plus faible
frquence de mesure des conductivits leves. Deux points permettent dexpliquer cette grande disparit : dune
part, lobtention dun contact lectrique entre llectrode et lADN et, dautre part, la mthode de dpt de
lADN sur la surface.
La formation dun contact lectrique entre llectrode et lADN ncessite des traitements en gnral
destructifs pour la molcule. Ce contact peut tre amlior en utilisant un paquet de molcules dADN comme
intermdiaire entre llectrode vapore et la corde dADN que lon tudie. Cependant, cette mthode ajoute une
rsistance srie importante. Des mesures systmatiques ont t ralises en fonction de la distance de la pointe
AFM au paquet dADN et du nombre estim de brins dADN dans la corde.
Le dpt de lADN tant un facteur primordial, nous concentrons nos efforts sur ce point pour
comprendre plus avant le lien entre la structure de lADN et ses proprits de conduction.
Mots-cls : Electronique molculaire, nanobiotechnologie, ADN, dpt dADN, Microscopie Force Atomique,
AFM conducteur, monocouche auto-assemble
Electronic transport in DNA
This work belongs to the field of molecular electronics. Questions about the electric conduction in DNA
was firstly put in 1962 by Eley and Spivey, after the discovery of the double helix structure of DNA by Watson
and Crick in 1953.
Until now, no consensus has emerged about the electric properties of DNA. Charge transfers over
nanometric distances have been studied in solution and are quite well understood. However, direct measurements
between electrodes present various behaviors, from induced supraconductivity to insulator or semiconductor.
This debate is at the basis of our work. We have studied the electronic properties of DNA deposited
over different self-assembled molecular layers on silicon substrates.
The first part of the study deals with the preparation of the surface and deposition of DNA. Then,
conductivity of DNA is measured between electrodes built on an insulating substrate or thanks to a conducting
AFM. In this last case, the AFM tip allows to image the surface and to be used as a second electrode during the
electrical measurement.
Two kinds of results have been obtained : insulating to conducting behaviors are observed. Resistances
are spread out over at least 6 orders of magnitude, from 109 to 1015 , but with a lower frequency of
appearance for high conductivities. Two points can be put forward to explain such a disparity : on the one hand,
production of an electrical contact between the electrode and DNA, on the other hand, DNA deposition method
over the surface.
Formation of an electrical contact between the electrode and DNA implies some treatments which
usually destroy the molecules. This contact can be improved by using piles of DNA molecules to link the
evaporated electrode and the studied DNA rope. However, this method adds a high series resistance. Systematic
measurements have been realized according to the distance of the AFM tip to the pile of DNA molecules, and to
the estimated number of DNA strands in the rope.
DNA deposition being a primordial parameter, this point is deeper studied to understand the link
between DNA structure and its properties of conduction.
Keywords : Molecular electronics, nanobiotechnology, DNA, deposition of DNA, Atomic Force Microscope,
conducting AFM, self-assembled monolayer

Transport Elctronique Dans l&#39;ADN

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Transport Elctronique Dans l&#39;ADN

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Thse de Thomas HEIM, Lille 1, 2002

UNIVERSIT DES SCIENCES ET TECHNIQUES DE LILLE 1

discipline : Sciences des Matriaux

par Thomas HEIM

Transport lectronique dans lADN

Soutenue le lundi 09 dcembre 2002 devant la commission dexamen

Prsidente du jury : Ghislaine COULON

Rapporteurs : Hlne BOUCHIAT

Examinateur : Jrme CORNIL

Directeur de thse : Dominique VUILLAUME

2003 Tous droits rservs. http://bibliotheques.univ-lille1.fr/grisemine

Cette thse a t prpare au sein de lquipe M.C.M.O. (Matriaux et Composants

Je voudrais tout dabord remercier Dominique Vuillaume qui ma encadr pendant

Je remercie galement tous les enseignants et/ou chercheurs de lI.E.M.N., de lI.B.L.

2003 Tous droits rservs. http://bibliotheques.univ-lille1.fr/grisemine

II. Description de la molcule dADN 4

III. ADN en solution 14

IV. Mthodes de dpt 28

2003 Tous droits rservs. http://bibliotheques.univ-lille1.fr/grisemine

IV.3.4. Pige lectrostatique 33

VI. Conclusion Gnrale 52

II. Microscopie champ proche 58

2003 Tous droits rservs. http://bibliotheques.univ-lille1.fr/grisemine

II.4. Description de lappareil 61

III. Mesures lectriques sur des lectrodes fixes 94

IV. Prparation des surfaces 94

V. Caractrisation des surfaces 102

2003 Tous droits rservs. http://bibliotheques.univ-lille1.fr/grisemine

V.1.2. Equation dOwens-Wendt 103

VI. Manipulation et observation de lADN 108

VII. Ralisation dlectrodes 111

VIII. Conclusion 115

Chapitre III : Dpt dADN

II. Surface contraste chimique 118

III. Dpt dADN 130

2003 Tous droits rservs. http://bibliotheques.univ-lille1.fr/grisemine

III.2.2.4.1. Protocole 141

IV. Conclusion 155

II. Mesures sur des lectrodes 158

III. AFM Conducteur 160

2003 Tous droits rservs. http://bibliotheques.univ-lille1.fr/grisemine

III.4.3. Interprtation des rsultats 176

IV. EFM 183

V. Fibres dADN 184

VI. Conclusion 187

Conclusion gnrale 189

Annexe A : AFM - aspect thorique 191

Annexe B : Corrlation phase hauteur sur quelques chantillons 215

Annexe C : Structure chimique des molcules utilises pendant la thse 225

Annexe D : Mise en vidence dune nouvelle forme de lADN 227

2003 Tous droits rservs. http://bibliotheques.univ-lille1.fr/grisemine

A, C, G, T : adnine, cytosine, guanine, thymine

C-AFM : Conducting Atomic Force Microscopy

Eau DI : eau dionise

IPA : alcool isopropylique

kB : constante de Boltzmann (kB = 1,3805 x 10-23 J.K-1)

LFM : Lateral Force Microscopy

MEB : Microscope Electronique Balayage

ODN : Oligodoxynuclotide (squence courte dADN)

PBS : Phosphate Buffered Saline

SAM : Self-Assembled Monolayer, monocouche auto-assemble

TEM : Transmission Electron Microscopy, microscope lectronique transmission

2003 Tous droits rservs. http://bibliotheques.univ-lille1.fr/grisemine

La miniaturisation des composants lectroniques est un enjeu majeur depuis une

Transport Elctronique Dans l'ADN

Transport Elctronique Dans l'ADN